新疆甜瓜地方品种资源的表型遗传多样性

 通过分析121份新疆甜瓜地方品种32个形态性状的数据,对其进行遗传多样性和亲缘关系研究。结果表明：121份新疆地方品种在蔓分支数、叶片长度、主蔓粗度、果实质量和果肉厚度等5个表型性状上差异显著;不同地区的地方品种之间在叶片长度、叶柄长度、果肉质地和风味等4个表型性状上差异显著,而在其余性状上差异不显著;121个新疆地方品种表型性状Shannon’s遗传多样性指数达0.74,不同地区地方品种的遗传多样性差异明显,新疆可能与栽培甜瓜的次生起源中心有关。121个地方品种的Euclidean遗传距离的平均值为0.42 ± 0.13,其中‘哈密野瓜’与其它地方品种的亲缘关系最远,遗传距离平均为0.76 ± 0.11。聚类分析结果表明：‘哈密野瓜’被单独聚为一个类群,其可能具有完全不同的遗传背景;其余地方品种被聚为3个类群和7个亚群,不同类群或亚群间的亲缘关系较远,各类群或亚群可能具有相互独立的遗传背景。‘哈密野瓜’属于野生甜瓜亚种Cucumis melo L. ssp. agrestis,其余地方品种属于C. melo L. var. cantalupensis和C. melo L. var. inodorus两个栽培变种。     

山东省黄瓜地方品种资源亲缘关系的AFLP 分析

 利用AFLP 技术对包括80 份山东黄瓜地方品种和24 份其他地区品种的遗传亲缘关系进行了研究。用11 对引物进行选择性扩增, 21%的扩增条带表现多态性。聚类分析结果显示: 山东黄瓜地方品种与日本品种和欧美品种分属不同类群或亚类群, 山东地方品种分为8 组, 各组内生态类型基本一致。试验得到不同生态型黄瓜的特征差异带和它们之间的遗传距离。     

引进国外的野生甜瓜种质资源果实形态多样性分析

【目的】探究从国外引进的野生甜瓜种质资源的遗传多样性和遗传关系,为野生甜瓜种质资源的评价、分类和高效利用提供参考依据。【方法】以国外引进的100份野生甜瓜种质为材料,采集果实性状数据用于分析野生甜瓜种质资源的遗传多样性,另以我国的薄皮甜瓜、厚皮甜瓜、‘看瓜’和野生甜瓜为参照,分析国外引进野生甜瓜与我国甜瓜种质资源之间的亲缘关系。【结果】国外引进野生甜瓜果实的质量性状和数量性状平均多样性指数分别为0.98和1.79,显示出果实的数量性状具有更丰富的多样性;聚类分析表明,在欧氏距离3.0处可将国外引进野生甜瓜种质资源分为野生和半野生2个类群,在半野生类群中又可分为2个亚群,其中亚群ⅰ包含了参照种质薄皮甜瓜,亚群ⅱ则包含了参照种质厚皮甜瓜。【结论】引进的野生甜瓜种质资源具有丰富的遗传多样性,以果实的数量性状最为突出,并可以分为野生和半野生2种类型,呈现出野生甜瓜向栽培甜瓜驯化的聚类结构,暗示这些甜瓜野生种质在栽培甜瓜的起源与驯化过程中起到重要作用。     

北方地区黑木耳部分主栽品种与野生菌株遗传多样性SSR分析

收集并采集黑木耳(Auricularia auricula-judae)野生菌株与主栽品种23份,以设计的10对SSR引物对其遗传多样性进行分析。结果表明,10对引物对23个菌株扩增的多态性信息含量在0.050~0.320,均值为0.216,Shannon信息指数0.100~0.690,均值0.455,引物MR005扩增效果最好,多态性最为丰富。对黑木耳23个菌株的聚类分析表明,北方地区黑木耳主栽品种与野生菌株可划分为4类,大部分主栽品种和野生菌株聚到了第三大类群(主栽类群),说明北方地区黑木耳栽培品种与野生菌株间遗传背景差异不大。     

鲜食番茄品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

选取市场上广泛使用和拟进入市场的75份番茄材料,利用栽培种间多态性丰富的48对InDel标记进行遗传多样性分析,并选取其中24对标记进行指纹图谱构建。结果表明,48对InDel标记中,45对呈现较好的多态性;75份番茄材料的遗传距离为0.16～0.91,平均遗传距离为0.52;聚类分析将75份材料分为5个类群,其中第Ⅰ、Ⅳ和Ⅴ类群以国内品种为主,第Ⅱ和Ⅲ类群主要集中了国外公司的一些品种;选取24对覆盖全基因组的InDel标记进行指纹图谱构建,基本可以将75份番茄材料进行识别。     

二十二份辣椒品种的亲缘关系分析

以22份辣椒品种为试材,对其11个植物学性状进行了聚类分析。结果表明:11个性状的变异系数为13.75%~138.12%,最大的是单果重,最小的是茎粗度;22份辣椒材料的遗传距离为1.036~7.618,根据遗传距离分类出了4个类群,第1类群包括11份材料;第2类群包括8份材料;8号遗传距离较远,单独归为第3类群;第4类群只有2份材料。     

SSR标记遗传距离与结球甘蓝杂种优势的关系分析

利用SSR标记对23份春甘蓝自交系和29份秋甘蓝自交系进行遗传多样性分析,结果表明:春甘蓝自交系在遗传相似系数0.61处可以划分为极早熟和早熟2个类群。秋甘蓝自交系在遗传相似系数0.58处可以分为中晚熟群、中早熟群和中熟群3个类群。从上述材料中挑选15份代表性材料作为亲本,采用完全双列杂交法组配105个杂交组合,对其进行杂种优势分析,同时探究SSR分子标记遗传距离与杂种优势之间的关系。结果发现,不同类群间杂交或同一类群不同亚群间杂交产生的后代杂种优势较强,遗传距离与全株质量中亲优势的相关性达显著正相关,表明基于SSR分子标记划分的类群对于杂种优势的预测具有一定的价值。此外还发现,在105个杂交组合中,全株质量中亲优势最强的10个组合的组配方式均为春甘蓝×秋甘蓝,表明春甘蓝×秋甘蓝可能是一种潜在的杂种优势利用模式。     

桃野生种和地方品种种质资源亲缘关系的AFLP分析

利用AFLP技术对94份野生桃种质资源进行了DNA多态性分析,从64对E+2/M+3引物组合中筛选出9对引物用于扩增基因组DNA,共获得清晰可辨的236个标记,其中多态性标记为141个,多态性检出率为59.9%。UPGMA聚类结果显示,在遗传距离约为0.3267时,普通桃、陕甘山桃、光核桃3个种被聚为一类,与这3个种相近的为新疆桃,其次为甘肃桃,最远为山桃(白花山桃、红花山桃)。在遗传距离0.2178处,五月鲜扁干、白黏胡桃和珲春桃3份材料各自聚为一类。在遗传距离约0.1997处,普通桃又可明显分为4个组:组I包括原产于南方和西北地区的地方品种,且大部分南方蟠桃主要聚在此类;组II仅有油桃(甘肃酒泉)一个野生材料;组III包括野生毛桃和大部分原产于北方的地方品种,北方硬肉桃主要聚在这一类;组IV由白碧桃和白花山碧桃2个观赏桃品种组成。     

部分芍药种质资源的RAPD分析

 对5种野生芍药和26个栽培芍药品种的亲缘关系进行了RAPD分析。17条引物在所有供试样本中共扩增出153条反应带，其中多态带149条。对RAPD扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，在遗传相似度0.32处，块根芍药(Paeonia anomala)被单独分为一类，其它30份材料归为另一类；在遗传相似度0.54处，川赤芍(P.veitchii)、草芍药(P.obovata)和美丽芍药(P.mairei)3个野生种先后从30份材料中分别单独分离出来，而野生种芍药(P. lactiflora)则与所有的栽培品种聚为一类。该结果表明26个品种间的遗传背景相对一致，并与野生种芍药的遗传基础最为近密，与其它4种野生芍药的遗传差异则较大。按照与栽培品种亲缘关系由近到远的次序，4个野生近缘种依次排布为：美丽芍药、草芍药、川赤芍和块根芍药。研究结果从分子水平揭示出中国芍药品种群遗传背景狭窄，利用野生近缘种改良现有品种尚具有广阔空间。     

西瓜种质资源的瓜氨酸含量分析及评价

【目的】测定西瓜果实中瓜氨酸含量,以期对西瓜种质资源总体瓜氨酸含量有较为全面的了解,为选育高瓜氨酸含量西瓜品种奠定基础。【方法】以195份西瓜种质资源为材料,用分光光度法测定成熟果实中瓜氨酸含量(以鲜质量计),通过聚类分析将195份西瓜资源分为不同的类群,进行资源分类与筛选。【结果】195份西瓜种质资源的瓜氨酸质量分数为0.49~2.55 g·kg~(-1),平均值为1.45 g·kg~(-1),变异系数为0.30。呈近似正态分布,大多数品种瓜氨酸质量分数集中分布在0.84~2.10 g·kg~(-1)。聚类分析表明,195份西瓜种质资源可划分为4个类群[极低型(Ⅰ)、低型(Ⅱ)、高型(Ⅲ)、极高型(Ⅳ)]。白瓤西瓜主要集中在含量较低的Ⅰ类群;黄瓤、粉瓤、红瓤西瓜主要分布在瓜氨酸含量较高的Ⅲ类群中。黄瓤、粉瓤、红瓤3种瓤色西瓜瓜氨酸含量无显著差异,但显著高于白瓤西瓜品种。地方品种、选育品种以及从国外引进的固定品种主要集中在瓜氨酸含量较高的Ⅲ类群中;黏籽西瓜主要分布在Ⅰ和Ⅱ类群中;而野生西瓜和籽瓜则主要分布在含量极低的Ⅰ类群中。地方品种、选育品种以及从国外引进的固定品种瓜氨酸含量差异不显著,但均显著高于野生西瓜、黏籽西瓜和籽瓜。【结论】西瓜瓜氨酸含量与西瓜瓤色及类型有关,不同瓤色和类型西瓜的瓜氨酸含量差异可能是由于人们对西瓜的选择、驯化造成的。本试验筛选出了23份高瓜氨酸含量西瓜种质资源(包括14份选育品种、4份地方品种以及5份从国外引进的固定品种),可作为选育高瓜氨酸含量西瓜品种的亲本材料。     

野生金针菇的分子鉴定及遗传多样性分析

针对采自全国7个自然保护区共计11个野生金针菇和2个常见栽培金针菇菌株,进行ITS-PCR和产物测序,经过与Gen Bank上已知序列的比对,结合传统形态特征鉴定,确定各菌株的拉丁名,并用MEGA6.0进行ITS序列的遗传距离分析和系统发育树构建。结果表明,金针菇的ITS1比ITS2进化速率快,变异位点和简约信息位点差异较大;13株金针菇种内遗传距离为0~0.014,种间遗传距离为0.029~0.045;ITS系统发育树也支持将13个菌株分为3个类群,即3个种,这与分子鉴定和传统形态鉴定结果相吻合,且同一菌种地域分布越近的菌株越容易聚为一支。研究表明,ITS序列分析可用于野生金针菇的分子鉴定和种间遗传多样性分析。     

基于SSR标记的海南54份榴莲种质资源遗传多样性和群体结构分析

对海南省引种种植的54份榴莲种质资源采用荧光SSR分子标记技术，进行SSR多态性分析、聚类分析、群体结构分析、遗传多样性分析。结果表明，筛选获得19对多态性较高的SSR引物，通过DNA扩增共检测出117个多态性等位基因，平均多态性等位基因数为6.158个，平均有效等位基因数为3.398个，香农指数平均值为1.372，观察杂合度和期望杂合度的平均值均为0.689，多态信息指数平均值为0.643，表明具有一定的遗传多样性。基于UPGMA方法进行聚类分析，在遗传距离0.6处54份榴莲种质资源可以分成3个类群，第一类群共45份种质资源，包括引种于不同国家的不同榴莲品种；第二类群共8份种质资源，均为引种于不同国家的猫山王榴莲；第三类群共1份种质资源，是引种于泰国的红榴莲。以遗传距离0.3为阈值，第一类群又可以分为9个亚群。基于Structure可以将54份榴莲种质资源划分为5个亚群。综合聚类和群体结构分析，明确了部分未知种质资源的品种所属，对不同亚群的遗传变异、遗传距离和遗传分化分析发现，个体的变异是总变异的主要来源，亚群5与其他亚群的遗传距离和遗传分化程度最大，不同亚群整体基因流较大，遗传分化...     

部分矮牵牛品种亲缘关系的SRAP分析

本文首次利用分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)对部分矮牵牛品种进行亲缘关系分析。采用88对引物对我国栽培的58个矮牵牛品种进行扩增,从中筛选得到20个多态性较高的引物组合,共产生389条多态性条带,平均每个引物组合产生19.5个多态性条带,每个引物组合分别产生13～40个扩增带,Jaccard's相似系数在0.55～0.87之间。在遗传距离(GD)为0.67处,可将58个矮牵牛品种分为4个类群,第一类群主要为暖色系列的品种,第二类群为黄色花品种,第三、四类群为冷色花品种,白色花品种聚类较散。本研究结果为开展矮牵牛新品种保护、种子纯度检测以及分子育种提供了分子生物学资料。     

云南25份石榴资源的RAPD分析

用RAPD标记技术分析了25份云南地方石榴材料(品种或类型)的亲缘关系,从128个随机引物中筛选出12个重复性好、条带清晰的多态性引物,并用这些引物对25份云南石榴材料进行RAPD扩增,共扩增出110条谱带,平均每个引物9.17条。多态性程度达到71.8%。用Statistic分析软件计算出的遗传距离为0.027～0.342,对25份材料进行了UPGA法聚类,亲缘关系树状图显示,25份云南石榴材料的遗传背景较复杂,难以划分类群。研究结果与生产上根据风味、花色、皮色、子粒颜色、核软硬程度等某一性状及栽培目的的分类方法不一致。     

西瓜核心种质枯萎病抗性与SRAP 分子标记的关联分析

 对35 份西瓜核心种质进行了抗枯萎病鉴定,再采用SRAP 分子标记技术对35 份核心种质进行多态性分析。从63 对引物组合中筛选出46 对多态性引物。SRAP 扩增共产生445 个条带,其中262条为多态性条带,多态率为58.88%。平均每对引物产生9.67 个条带。在对供试材料进行群体结构分析的基础上,利用TASSEL 软件对多态性标记与枯萎病抗性进行关联分析。群体遗传结构分析将35 份西瓜核心种质分为3 大群体：1 个野生西瓜群体和2 个栽培种群体。分析发现在2 个栽培种群体中存在基因渗透。聚类分析结果与群体遗传结构分析结果一致,分为4 个类群,其中第2 类群又细分为5 个小类群。聚类分析结果说明具有相同抗性水平的材料倾向于聚在一起。关联分析发现有1 个标记位点与枯萎病抗性显著关联（P < 0.01）,该位点对表型性状的解释率为0.2035。本研究结果表明利用SRAP 标记可以有效地对西瓜种质资源进行群体结构的划分,且关联分析能够找到与西瓜枯萎病抗性相关联的SRAP 标记,为西瓜抗病育种和分子标记辅助选择奠定了基础。     

基于SLAF-seq技术的不同类型越橘遗传变异和群体结构研究

【目的】利用越橘属栽培品种及野生资源在全基因组范围内筛选差异SNP分子标记，分析其遗传变异，了解不同类型群体间的遗传变异、基因交流、群体结构，为越橘种质创新提供遗传背景依据。【方法】以越橘属9个种的62份种质资源为材料，利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq)获得的基因组SNP标记比对到品种Draper参考基因组上，进行供试材料遗传研究。【结果】测序获得169.87 Mb reads数据，平均Q₃₀值94.99%，包含172 513个多态性SLAF标签，筛选到高质量SNP标记4 133 595个，均匀分布在越橘12条染色体上。基于SNP标记的系统进化树准确反映了供试野生、北高丛和南高丛类群遗传差异以及品种间系谱遗传关系，反映出野生类型与栽培品种遗传差异显著，供试野生种具有独立的遗传背景且种间无基因交流发生，但野生种到栽培种存在单向的基因流；栽培品种类群存在明显的亚群结构，亚群间存在普遍的基因交流；半高丛品种北陆和南高丛品种军号与北高丛类型紧密聚类，矮丛品种美登、半高丛品种北村、黑珍珠遗传背景倾向于野生种。【结论】栽培品种近亲杂交和骨干亲本高频率使用导致品...     

基于核心InDel标记樱桃番茄种质资源的遗传多样性分析与应用

在樱桃番茄育种进程中，遗传多样性丰富的材料有利于进一步培育重要目标性状的品种。利用从鲜食番茄和加工番茄重测序中挖掘和筛选出的48对核心In Del标记对110份樱桃番茄自交系和12个樱桃番茄商业种进行遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建。结果表明，122份樱桃番茄材料田间表型呈现明显的遗传多样性；48对核心In Del标记在参试樱桃番茄材料中也表现良好的多态性，122份材料的遗传距离为0～0.886 cM，平均遗传距离为0.473 cM；聚类分析结果将122份材料划分为3个主要类群，其中110份自交系分散在不同类群中，且在粉贝贝、粉贝妮所属类群中分布最多。对利用自交系配制的420个F₁组合进行综合评价，发现10个入选组合中6个表现产量较好组合的遗传距离接近或大于平均值，表现一定的杂种优势。利用48对核心InDel标记构建了10个组合的亲本和12个商业种的清晰指纹图谱，可将上述材料完全区分。     

莲藕部分种质资源数量性状的聚类分析与育种应用

对 17个不同地区、不同类型的莲藕资源进行了系统聚类分析 ,将莲藕分为野生资源类、地方品种资源类和改良品种类三大类群。品质性状野生资源最优 ,地方品种和改良品种相当 ;农艺性状改良品种最优 ,地方品种居中 ,野生资源最差     

我国南方长茄种质资源的ISSR标记分析

从分子水平用ISSR标记法对南方长茄资源的遗传多样性进行分析,从100个ISSR引物中共筛选出12个多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,对57个样品DNA共扩增出116条谱带,平均每个引物扩增出9·67条带,其中多态性位点84个(71%)。品种间遗传相似系数在0·51~0·98之间,表明茄子栽培种内品种间的遗传基础相对较狭窄。利用UPGMA聚类分析,能将57个南方长茄品种划分为6个类群,类群的划分与地方来源没有很大的关系。     

百合遗传多样性及亲缘关系的RAPD分析

 对百合野生种及栽培品种共60份材料进行了RAPD分析, 22条随机引物共扩增出224条带,其中163条为多态性带, 多态率为72.77%。UPGMA分类结果将60份百合材料分为两大类群, 第1类群为铁炮与亚洲百合杂交系(L /A) 、野生种、亚洲系百合(A) 、喇叭百合杂交系(T) 及东方与喇叭百合杂交系(O /T) 的聚合, 这一类群在阈值0.668处又被分为两个亚类群; 第2类群为1 份野生种(L. speciosum ) 及铁炮系百合(L) 和东方系百合(O) 的聚合, 其中东方系百合在阈值0.746处又被分为两个亚类群。根据此分类结果, 进行了类群间亲缘关系及品种起源形成分析, 60份百合材料被划分为14个群组。经统计分析, 各群组之间的遗传相似系数与遗传距离的变化呈现相反的趋势。