应用微卫星标记分析湘西黄牛与其他黄牛品种的亲缘关系

为了分析湘西黄牛与国内外其他品种的亲缘关系,利用8个微卫星标记对湘西黄牛进行了遗传多样性分析.结果发现湘西黄牛等位基因丰富,在57～72个之间;平均多态信息含量在0.8547～0.9024之间,为高度多态性;平均杂合度在0.8867～0.9248之间;各杂交牛之间都存在一些特有等位基因和缺失等位基因;通过Nei's聚类...     

微卫星标记测定湘西黄牛杂交牛的遗传多样性及其与生产性能的相关性研究

通过6对微卫星DNA标记对湘西黄牛及其与安格斯、夏洛来、利木赞和西门塔尔牛的杂交牛进行了遗传多样性分析,以期了解湘西黄牛及其杂交牛的群体遗传结构和育成情况.通过计算多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H),评估湘西黄牛遗传变异和各杂交品种间遗传相关.结果表明,6个微卫星座位共检测到52个等位基因,平均等位基因数为8.67个;6个微卫星座位的多态信息含量在0.6858～0.8576间.表现出较为丰富的信息含量;4个杂交品种与湘西黄牛之间的遗传距离为0.1620～0.2554;杂交牛与湘西黄牛间遗传距离与杂种优势率的相关系数为0.9142,平均基因杂合度与杂种优势率的相关系数为0.8517,呈高度正相关.结果表明,有效微卫星标记的利用能有效的测定湘西黄牛杂交牛的遗传多样性,提高其生产性能.     

湘西黄牛遗传多样性的初步研究

利用6个微卫星标记对湘西黄牛的遗传多样性进行了初步分析.6对微卫星引物在湘西黄牛中共检测到65个等位基因,平均每对引物上检测到9.3个等位基因;平均有效等位基因7.8759个,等位基因在湘西黄牛群体中的分布很均匀;平均观测杂合度为0.8669,平均期望杂合度为0.8829.6个微卫星座位在湘西黄牛中平均多态信息含量(PIC)为0.8297,均大于0.5,都是高度多态性的.湘西黄牛杂合子的比例较大,基因纯合率都偏低,群体的遗传变异度高,表明湘西黄牛遗传多样性丰富,具有较大的选择潜力,可承受的选择压比较大,这是开展新品种培育工作的有利条件.     

生长抑素基因第1外显子多态性与湘西黄牛体尺性状的关联分析

为探讨湘西黄牛分子遗传特征和寻找生长性状相关的分子标记,本试验采用PCR-SSCP方法检测湘西黄牛生长抑素(somatostatin,SST)基因第1外显子126 bp处g.934G>A位点的多态性,并进行了多态性与生长性状的关联分析。结果表明,湘西黄牛在g.934G>A位点有G和A两个等位基因,G等位基因占优势,检测到GG、AG和AA 3种基因型,呈中度多态,达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。湘西黄牛GG基因型个体的体高和体长显著大于AA基因型个体(P<0.05);GG和AG基因型个体的胸围和体重极显著大于AA基因型个体(P<0.01)。G等位基因对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重4个性状均为正效应。本试验结果提示,SST基因g.934G>A位点可能为湘西黄牛生长性状的分子遗传标记位点。     

湘西黄牛Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]通过Y-SNP分子标记方法研究湘西黄牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序与生物信息学方法,对24头湘西黄牛的2个Y-SNPs(UTY-19和ZFY-10)标记进行多态性分析。[结果]结果表明,湘西黄牛有Y1和Y3两种单倍型组,频率分别为12.5%和87.5%,表明湘西黄牛可能有普通牛和瘤牛2个父系起源。湘西黄牛的Y-SNP遗传多样度为0.2283±0.0978,表明湘西黄牛具有较低的父系遗传多样性,品种纯度较高。[结论]湘西黄牛的父系起源为瘤牛Y3单倍型组,其Y1单倍型组为国外肉牛杂交所致。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）;8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471,各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著;全部群体平均杂合度为0．2930;各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

云南昭通黄牛mtDNA D-loop区遗传变异分析

为检测云南昭通黄牛的遗传多样性,测定并分析了云南昭通黄牛线粒体D-loop区段全序列.结果显示,D-loop序列四种碱基A、T、C、G的频率分别是:32.9%、28.6%、24.8%和13.6%;共检测到48个变异位点,平均核苷酸差异(k)为22.762,核苷酸多样度(π)为2.504%,存在6个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.952±0.096,显示出极高的遗传多样性.检索了与昭通黄牛地理分布相近的8个黄牛品种的D-loop序列资料,统计分析发现,9个黄牛品种间的遗传距离在0.0000～0.0376之间,昭通与其他黄牛品种的遗传距离最远,提示云南黄牛有着特殊的起源地位.     

湘西黄牛毛色控制基因MC1R多态性研究

为了将毛色遗传标记作为湘西黄牛杂交组合选择、纯种鉴别、保种选育的科学理论依据,应用PCR-RFLP技术,研究了湘西黄牛黑素皮质素受体1(Melanocortin 1 Receptor,MC1R)基因对其黑毛色和红毛色表型的影响机制.结果表明:湘西黄牛中MC1R基因有三个等位基因 (ED 、E+、e );隐性的e基因在310处缺失一个碱基G 造成移码突变,在468处提前终止翻译,翻译出一个缩短了的失去功能的MC1R蛋白,表现或强或弱的红毛色;E+所对应的是野生型毛色,如黄色、灰色等;湘西黄牛中黄色个体优势等位基因为E,而红色个体优势等位基因为e,e相对E是隐性基因,只有在e等位基因纯合状态下,才表现为红色毛色; E+/e也表现为红色,可能湘西黄牛红色和黄色表型除了有MC1R基因控制外,还有其它基因参与作用.     

按运铁蛋白多态性分析青海黄牛与其它黄牛的遗传关系

按血清运铁蛋白等位基因频率分析了柴达木黄牛和青海东部黄牛与我国其它地方品种黄牛间的遗传关系，如果发现，黄牛与蒙古牛、延中、复 州牛、蒙山牛和安西牛等北方品种黄牛的遗传距离最短（0．00305－0．06131），且与这些品种牛聚成一个树系。由此将青海黄牛归属于诺－蒙古利亚系统的第一大类无峰牛内。     

湘西黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

[目的]为了探究湘西黄牛的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果]在33头湘西黄牛mtDNA D-loop区共检测到55个变异位点,界定了15个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.8750,核苷酸多样度为0.0144,表明湘西黄牛的遗传多样性较低。构建的系统发育树表明湘西黄牛具有普通牛和瘤牛两大母系起源。[结论]湘西黄牛的遗传多样性较低,属于中国南方黄牛,有瘤牛和普通牛两个母系起源,受瘤牛的影响更大。     

湘西黄牛与湘南黄牛主要种质特性的比较研究

[目的]为评价、保护和利用好湘西黄牛和湘南黄牛重要的遗传资源提供科学依据.[方法]按照DB43/T638-2011规定的方法对湘西黄牛和湘南黄牛的体型外貌、体重体尺、繁殖性能、生长发育性状、胴体性状、肌肉品质和役用性能等主要种质特性进行了研究和评价.[结果]湘西黄牛较湘南黄牛体型大,生长发育快,役力大；肌内脂肪高和肌肉...     

三江黄牛Prdm9域序列特征的初步研究

[目的]研究旨在分析三江黄牛Prdm9锌指域序列特征。[方法]实验选用三江黄牛(n=14),通过PCR扩增其Prdm9基因锌指域后进行克隆测序。[结果]结果显示,三江黄牛Prdm9锌指域中存在14种锌指,它们共构成9种锌指域(等位基因),其中1种锌指和4种锌指域在牛属动物上未见报道。各锌指间有1～5个氨基酸的差异,发生在6个位点,其中5个为正向选择位点。[结论]三江黄牛Prdm9锌指域的有效等位基因数、基因杂合度、多态性高,具有丰富的遗传多样性。并且通过Prdm9锌指域的分析比较,从一定层面上提示了三江黄牛可能与瘤牛间存在亲缘关系。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

湘西黄牛杂交组合育肥及肉质性能研究

选取18月龄湘西黄牛、西本（西门塔尔牛×湘西黄牛）、利本（利木赞牛×湘西黄牛）、西西本（西门塔尔牛×西本）、利西本（利木赞牛×西本）共24头,于舍饲条件下补饲精料,进行70d的育肥试验。结果表明：利西本三元杂交牛的增重水平和育肥效益明显优于其他组合和湘西黄牛,利西本三元杂交牛的日增重1.21 kg;屠宰率58.44%,净肉率47.68%;胴体质量与产量等级评定表明：利西本三元杂交牛牛肉指标达到了特级标准;产量达到了国内优质高档牛肉的重量标准。肉质特性测定表明：利本杂交牛肉品大理石纹较为丰富,利西本杂交牛肉品较细嫩、柔软;各组合间氨基酸含量差异不显著（P〉0.05）,而利西本和湘西黄牛臀肌总氨基酸含量、必需氨基酸含量显著高于背肌（P〈0.05）,其他组合间差异不显著（P〉0.05）。     

湘西黄牛保种模式比较

家畜优良品种资源保存是畜牧生产的重要内容之一。本文以湘西黄牛的保种工作为例,阐述了不同社会经济条件下,黄牛保种工作内容和方式的变迁,并对湘西黄牛保种过程中采用的行政保种、社会保种和市场 行政保种三种模式进行客观评价,指出了继续进行现代有效保种模式研究的思路。     

利用微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星标记分析了鲁西黄牛、布莱凯特肉牛、渤海黑牛和日本和牛4个品种185个个体的品种内遗传变异情况及各品种间的亲缘关系,共检测到58个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为5.8个,从4(BM1818)到8个(ETH225和TGLA53)不等;有效等位基因数为2.5417～3.5849个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.2270～0.5459、0.6082～0.7230和0.5482～0.6791,均属高度多态性位点。群体间遗传分化明显,有34.49%的遗传分化来自群体间的变异。以Nei氏遗传距离(D_A)构建UPGMA系统进化树,聚类结果表明,渤海黑牛与鲁西黄牛首先聚为一类,布莱凯特肉牛和日本和牛聚为一类。布莱凯特肉牛的3个微卫星座位10个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已提交GenBank,登录号分别为：GQ368896、GQ368897、GQ368898、GQ368899、GQ368900、GQ368901、GQ368902、GQ368903、GQ368904、GQ368905。10对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于4个肉牛品种的遗传多样性和系统发生关系分析。