基于线粒体Cyt-b序列的太湖湖鲚与短颌鲚种群遗传分析

为了解太湖的湖鲚(Coilia nasus taihuensis)与短颌鲚(Coilia brachygnathus)的遗传多样性及遗传分化情况,利用线粒体细胞色素b(Cyt-b)基因,开展了种群遗传学研究。结果显示,47条序列共有变异位点26个,其中,简约信息位点12个,共得到22个单倍型。两物种间Fst值达0.703,分化程度较高,种群间的基因流仅为0.212。湖鲚种群内平均Kimura双参数遗传距离为0.002,短颌鲚种群内为0.001,而湖鲚与短颌鲚种间平均Kimura双参数遗传距离为0.005,湖鲚与短颌鲚种间遗传距离高于湖鲚种群内部遗传距离,也高于短颌鲚种群内部遗传距离。系统发育树和单倍型网络图结果显示,湖鲚与短颌鲚分成2个大的类群,但有1个湖鲚个体与短颌鲚具有共有单倍型。总体结果显示,湖鲚与短颌鲚之间存在明显的遗传分化,Cyt-b序列可用于区分湖鲚与短颌鲚个体。     

鄱阳湖湖口水域鲚鱼的物种属性及资源现状

从外部形态和内部结构等方面阐述了鄱阳湖湖口水域鲚鱼的物种属性,同时分析了它的年龄组成及资源现状。结果表明,鄱阳湖湖口水域的鲚鱼为短颌鲚,其种群的年龄结构简单,渔获物中以小个体居多;鄱阳湖湖口水域在9、10月份出现鲚鱼渔汛。     

鄱阳湖饶河口溯河洄游型刀鲚研究

<正>鄱阳湖是我国最大的淡水湖泊,同时也担负着众多长江水生野生动物关键栖息地的功能,这其中就包括了长江刀鲚的产卵场。历史上鄱阳湖内的南部子湖(程家池湖、草湾湖、东湖等)均为刀鲚比较集中的产卵场(袁传宓等,1980)。但由于过度捕捞、湖滩开垦、湖区围堰等情况的存在,加上湖区内分布有资源量可观的刀鲚淡水定居种群——短颌鲚,     

6个不同水域刀鲚的形态特征与聚类分析

为研究刀鲚(Coilia nasus)不同水域形态特点和分布特点,运用多元统计方法对嵊泗群体(嵊泗海域)、长江流域群体(长江河口、长江泰州段与鄱阳湖)和湖泊群体(洪泽湖与巢湖)的刀鲚24个形态性状指标进行形态差异性分析。单因素方差分析结果显示,各群体之间除尾柄高外其余指标均存在显著差异(P<0.05)。聚类分析结果显示,长江流域群体与嵊泗群体之间形态最为接近相聚成一个类群,洪泽湖群体和巢湖群体分别形成两个类群,并运用差异系数检验显示,这三个类群之间形态多样性差异尚未达到亚种水平,属于同一种群。主成分分析提取了6个特征值大于1的形态指标,累积贡献率为75.784%,并发现各水域刀鲚形态差异表现在头胸部、腹部与尾部性状上。判别分析中,综合判别率为87.9%。研究结果表明,嵊泗群体和长江流域群体形态最为接近,说明嵊泗群体最有可能洄游进入长江;而湖泊群体与嵊泗群体、长江流域群体形态有显著差异,说明湖泊群体的刀鲚最有可能为淡水定居型长颌鲚。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区序列的高邮湖湖鲚(Coilia nasus)遗传多样性分析

本研究利用线粒体细胞色素b(Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查了高邮湖湖鲚(Coilia nasus)种群遗传多样性。结果显示,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。38条Cytb基因序列检出26个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.716±0.078和0.002 70±0.000 57;40条D-loop区序列检出53个变异位点,定义21个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.906±0.034和0.006 27±0.000 99。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0.001~0.014之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为1支;21个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0.001~0.019之间,NJ系统进化树显示单倍型聚为2支。中性检测结果和歧点分布图均表明高邮湖湖鲚种群稳定,近期没有发生种群扩张。整体来看,高邮湖湖鲚种质资源遗传多样性水平较高,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。     

基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析#br#

为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_st)为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_st显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。     

洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius) Cytb和COⅠ基因序列多态性分析

为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s Fs中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。     

洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)Cytb和COⅠ基因序列多态性分析

为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s F_s中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。     

鄱阳湖鲤鱼、鲫鱼的生长及捕捞种群结构分析

2018年6～10月在鄱阳湖湖区鄱阳、都昌、瑞洪及星子水域对397尾鲫鱼、575尾鲤鱼样本进行了生物学测定。在采集的样本中,鲫鱼最大体长25.5 cm,最大体重651 g;鲫鱼最小体长6.9 cm,最小体重12 g。鲤鱼最大体长为87 cm,最大体重18500 g;最小体长11.5 cm,最小体重31g。数据分析结果显示:鄱阳湖湖区鲤、鲫鱼体长体重关系为式为W_(鲤鱼)=2E-0.5L~(3.0445)(r=0.9951,n=575)、W_(鲫鱼)=2E-0.5L~(3.0383)(r=0.9939,n=397);在鄱阳湖湖区鱼类捕捞季节,鲤鱼、鲫鱼其捕捞规格分别以10～59.9 cm、10～14.9 cm为主,分别占70.25%和63.98%。     

河蚬微卫星引物筛选及洪泽湖野生群体遗传结构分析

利用磁珠富集法筛选了河蚬10对中高度多态性的微卫星引物,并分析了洪泽湖河蚬4个野生群体的遗传结构.结果表明,每个群体至少有4个位点经Bonferroni校正后显示杂合不足,显著偏离了Hardy -Weinberg平衡(P＜0.013);4个群体平均期望杂合度均大于0.752,显示出较高的遗传多样性水平,蒋坝、临淮群体遗传多样性高于高良涧和老子山群体;突变-漂移平衡分析结果显示,4个群体在IAM模型下偏离了突变-漂移平衡,高良涧群体在TPM模型下偏离了突变-漂移平衡,且表现杂合过剩,说明少数群体即将或曾经经历瓶颈效应,群体数量已出现波动;群体间AMOVA分析表明,洪泽湖河蚬群体间遗传分化程度较低(FST=0.017 7＜0.05),仅有1.77％的变异来自群体间,并没有形成显著的遗传结构,在种质资源保护和管理上可视作一个单元,这为河蚬种质资源保护和合理开发利用提供了理论指导.     

南水北调东线南四湖湖鲚种群的形态判别与地理亲缘关系

为澄清南水北调东线南四湖湖鲚种群的地理亲缘关系,运用多变量形态度量学方法,基于26项形态特征参数比较研究了4个水域的鲚（Coilia ectenes）种群之间的形态差异。检视南四湖湖鲚样本50尾、太湖湖鲚50尾、洪泽湖湖鲚50尾、利津水库刀鲚1980年代标本50尾。聚类分析结果表明：洪泽湖群体和南四湖群体之间的形态最为接近,首先聚为一支;太湖群体聚为另一支;黄河附属水体利津水库群体与其他3个群体的亲缘关系相对较远。以筛选10个性状的特征值建立的函数判别分析,判别准确率为洪泽湖群体82．7％、利津水库群体100％、南四湖群体84％和太湖群体84．9％,综合判别准确率为84．3％。主成分分析,洪泽湖群体、南四湖群体和太湖群体之间的重叠较多,群体间的遗传距离较近。单因子方差分析,4个鲚群体间有15项形态比例参数差异达到极显著水平（P ＜0．01）,其他11个形态比例参数的差异系数均小于1．28,表明 4个鲚群体间的形态差异尚未达到亚种水平,属于不同地理群体间的差异。从水系连通上推断,南四湖湖鲚为2002年长江向南四湖应急生态补水时由洪泽湖和骆马湖湖鲚群体扩散建群。     

淤泥湖、梁子湖、鄱阳湖团头鲂mtDNA序列变异及遗传结构分析

测定了淤泥湖、梁子湖及鄱阳湖团头鲂(Megalobrama amblycephala)共53尾样本的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列。结果显示:在获得的411 bp长度控制区序列中,检测到3个突变位点、5个单倍型。遗传多样性分析显示,3个种群的遗传多样性水平比较低,且淤泥湖种群最低。分子方差分析(AMOVA)表明,淤泥湖种群与其它两个种群有明显遗传分化,但梁子湖与鄱阳湖种群间未出现分化。     

鄱阳湖短颌鲚营养成分分析

以鄱阳湖水域短颌鲚样本为试验对象,分析其营养成分变化。试验结果表明,短颌鲚主要营养成分中水分含量为78.73%,粗灰分含量为2.59%,粗脂肪含量为4.59%,粗蛋白质含量为14.76%;共检测出21种脂肪酸,10种饱和脂肪酸占脂肪酸含量的36.61%,11种不饱和脂肪酸占脂肪酸含量的63.39%;廿碳五烯酸和廿二碳六烯酸占脂肪酸含量的7.02%;鄱阳湖短颌鲚含有17种氨基酸,其中包括人体必需氨基酸7种和非必需氨基酸10种,根据标准氨基酸评分和化学评分,短颌鲚的第一和第二限制性氨基酸均分别为缬氨酸和异亮氨酸。     

洪泽湖野生河蚬(Corbicula fluminea)线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002?0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。     

基于耳石微化学分析的丹东鸭绿江刀鲚不同生态表型生境履历的研究

为了解东北地区刀鲚(Coilia nasus)的生活史履历特征,2020年7月对丹东鸭绿江水域刀鲚进行调查,获得传统长颌鲚10尾、短颌鲚3尾,并首次采集到“杂颌鲚”6尾。通过电子探针微区分析技术对不同刀鲚进行了研究。耳石Sr和Ca定量线分析及Sr面分布图谱分析结果显示,长颌鲚既有具江海洄游生境履历的生态表型,亦有仅具淡水定居生境履历的生态表型;而短颌鲚及“杂颌鲚”个体则全为河口孵化起源、具江海洄游生境履历的生态表型。结果表明,丹东鸭绿江刀鲚类型的组成非常复杂,生境履历极富多样性,显示其可能是一个独特资源地理种群。     

长颌鲚与短颌鲚物种地位研究取得重要进展

正作为"长江三鲜"之首,刀鲚的资源保护一直备受关注。长江流域刀鲚资源组成复杂,除长颌鲚外,还分布有短颌鲚种群。两者皆有溯河洄游和淡水定居的生态表型的相似性,给刀鲚资源的精准保护带来了困难。长颌鲚与短颌鲚物种地位的争论由来已久。早期学者基于生态习性、形态学特征、可量性状和可数性状等将长颌鲚和短颌鲚视为两个独立的物种。21世纪初,一些学者基于线粒体或核基因标记的分析,否定了短颌鲚和长颌鲚的物种地位,而统称其为同一物种——刀鲚,并认为短颌鲚和长颌鲚均为刀鲚的不同生态型。     

基于线粒体Cytb和D Loop序列的大獭蛤5个地理群体遗传多样性研究

为揭示中国大獭蛤(Lutraria maxima)遗传多样性现状,基于线粒体Cytb和D-Loop序列,分析了北海、涠洲岛、湛江、厦门、福州大獭蛤5个地理群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:基于Cytb和D-Loop序列获得的单倍型数分别为73和27,总体单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子变异分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果显示,99.68%(Cytb)和101.16%(D-Loop)变异来自群体内,0.32%(Cytb)和-1.16%(D-Loop)变异来自群体间;遗传距离分别为0.001 8～0.002 9(Cytb)和0.000 8～0.002 0(D-Loop),群体间分化指数F_(st)值分别为-0.008 0～0.010 1(Cytb)和-0.014 3～-0.007 2(D-Loop),且均无显著分化(P>0.05)。中性检验Tajima’s D和Fu’s F_S值均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,这些都表明大獭蛤种群在近期经历过扩张现象,扩张时间约在更新世晚期,距今约为1.3×10~4～6.6×10~4年。上述结果表明,大獭蛤具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数的特征,群体间无明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。研究可为中国东、南海沿岸地区大獭蛤资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。     

淡水渔业研究中心在长颌鲚与短颌鲚物种地位研究方面取得重要进展

正长颌鲚与短颌鲚物种地位的争论由来已久。早期学者基于生态习性、形态学特征、可量性状和可数性状等将长颌鲚和短颌鲚视为两个独立的物种。21世纪初,一些学者基于线粒体或核基因标记的分析,否定了短颌鲚和长颌鲚的物种地位,而统称其为同一物种——刀鲚,并认为短颌鲚和长颌鲚均为刀鲚的不同生态型。鉴于此,淡水渔业研究中心院重点实验室杨健研究员领衔的研究团队利用耳石微化学与分子生物学学科手段交叉优势,对长颌鲚与短颌鲚的物种分化特征进行了深入研究。     

洪泽湖野生河蚬(Corbiculafluminea)线粒体COⅠ基因序列的遗传多样性分析

利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为0.870和0.045,平均碱基差异数(K)为27.370,单倍型序列间的遗传距离为0.002-0.095。采用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建COⅠ单倍型系统进化树,15个单倍型聚为两个明显分支,表明洪泽湖河蚬种群出现了遗传分化。中性检验结果和歧点分布图显示,洪泽湖河蚬种群大小保持相对稳定,未经历种群扩张。本研究结果表明,洪泽湖河蚬种群具有较高的遗传多样性水平,该结果可为合理开发、利用及保护洪泽湖河蚬野生种质资源提供科学参考。     

鄱阳湖通江水道短颌鲚生长特性初探

鄱阳湖是我国最大的季节性淡水湖泊,鱼类资源丰富,但湖区水深较浅、换水周期短,丰水期、枯水期、平水期的水面差异大,致使其稳定性和抗干扰能力差,鱼类资源安全风险大。水利枢纽工程建设是鄱阳湖生态经济区的重要支撑和保障,但工程建设同时也将对区域生态环境产生不利影响,包括水质水量和渔业资源等诸多方面,科学高效的评估将为鄱阳湖生态环境保护提供技术支持。2012年3月至2013年2月在鄱阳湖通江水道屏峰段逐月随机抽样测定定置网采集的短颌鲚(Coilia brachygnathus),2013年12月至2014年11月每月在湖口江段整船次或整网次随机采集渔获物,共获得短颌鲚样本1 403尾、18.8 kg,测定其体长和体重数据,运用Fi SAT II软件对短颌鲚的生物学参数及生长特性进行了初步分析。结果表明,鄱阳湖通江水道短颌鲚体长范围为5.6~32.5 cm,平均体长14.3 cm;体重范围为0.6~125.5 g,平均体重13.4 g;体长与体重关系式为W=0.003L3.022(R=0.985,P<0.05,n=1403);von Bertalanffy生长方程得出鄱阳湖短颌鲚渐近体长L∞=34.65 cm,生长系数k=0.390,理论生长起点年龄t0=-0.359;其拐点体重为38.6 g,拐点体长为22.8 cm,平均丰满度为0.32;总死亡系数Z=1.20,自然死亡系数M=0.75,捕捞死亡系数F=0.45,开发率E=0.37。