不同丹参种质的rDNA ITS序列分析

为测定丹参核糖体DNA的ITS序列,研究比较了28份不同来源丹参(Salviamiltiorrhiza Bge)种质的ITS序列。结果表明:丹参rDNA的ITS1、ITS2及5.8SrDNA的完全序列(长度范围在600～619bp之间),ITS1为227～228bp,5.8S为166bp,ITS2为206～224bp;ITS区的变异主要发生在内转录间隔区ITS1和ITS2区,其中ITS1、ITS2区的变异位点为31和25,分别占各自区位点的13.5%和11.2%;ITS序列在丹参种内比较保守,有些丹参种质之间有较小的差异,ITS序列可以作为丹参种质分子鉴定的依据。     

不同地区松茸ITS序列分析及系统发育研究

对吉林省延吉市和云南省昆明市松茸子实体的ITS序列进行遗传多样性研究。提取两个地区松茸子实体的基因组DNA,应用特异引物对其ITS序列进行PCR扩增及测序,并对云南省昆明市松茸样品进行克隆及测序。之后从GenBank上获取5个地区7条松茸ITS序列,并利用MEGA、BLAST、DNAMAN和ClustalX软件进行对比分析和构建系统发育树。对云南松茸样品克隆发现,ITS序列中有A与G、T与c的颠换,并插入1个碱基T。序列对比发现,松茸ITS序列长度在600bp～604bp范围内,G＋C含量在43．0％～44．2％之间,共有41个变异位点,ITS2变异位点数要多于ITSl的变异位点数。同时,多个位点存在着转换、颠换、插入和缺失,表明不同产地松茸ITS序列在进化过程中存在差异,为真菌分类、鉴定等研究提供了重要的资料和依据。     

石榴种质资源ITS序列分析

以13个石榴品种的嫩叶为试材提取DNA,进行ITS-PCR扩增。对扩增产物的测序结果构建进化树进行亲缘关系分析。结果表明,13个品种的ITS区段长度在619~704bp之间,转换和颠换比值0.75。系统发育树表明13个石榴品种资源聚为三类,与传统分类学相互支持。ITS序列分析与传统形态分类学相结合的手段为今后石榴的研究、鉴定、分类提供新的思路。     

基于ITS序列的胭脂萝卜亲缘关系分析

以胭脂萝卜为试材,采用PCR扩增其ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,研究了序列同源性并构建系统发育树,以期为胭脂萝卜亲缘关系分析提供参考依据。结果表明:胭脂萝卜ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列总长度为655bp,ITS1(G+C)含量为51.4%,长度为220bp;5.8SrRNA(G+C)含量为53.4%,长度为217bp;ITS2(G+C)含量为55.1%,长度为218bp。胭脂萝卜与台北的Mei-Hwa、南京的Cd-03、台北的Mei-Nong、南京的Yanghua、杭州的Baiyuchun、渥太华的SW77的同源性最高(99%),归为同一种。由系统发育树可得20个样品的总平均遗传距离是0.134,结合形态学特征表明待测胭脂萝卜可能由白皮白心萝卜进化而来。     

基于ITS序列分析鉴定灵芝属菌种

针对11个本所保藏灵芝属菌株及9个灵芝属野生菌株的ITS序列,应用特异引物进行PCR扩增,对其产物进行测序,并从GenBank上下载2条赤芝(Ganoderma luncidum)、1条黑紫灵芝(Ganoderma japonicum)和1条无柄紫灵芝(Ganoderma mastoporum)的ITS序列,以猴头菇(Hericium erinaceum)为外类群,用NJ(Neighbor-Joining)法构建系统发育树,结果表明,20个灵芝属菌株聚为4个簇,其中赤芝组和树舌亚属的菌株各自聚为1组,其组内同源性均达99.7%以上,紫灵芝组的菌株分成2组:无柄紫灵芝和黑紫灵芝。系统发育分析也表明仅根据形态学特征难以将灵芝属菌株进行有效的分类,利用分子生物学的技术手段对灵芝菌株进行分类是一种更有效的方法,ITS序列分析在近缘种的分类鉴定上很有价值。     

基于ITS序列分析黑龙江东部地区市售黑木耳品种遗传多样性

黑木耳(Auric ularia auric ula-judae)是一类栽培广泛的食药兼用菌,为调查黑龙江省东部地区市售黑木耳的种质资源,收集了东宁县黑木耳批发市场黑木耳干品11个和牡丹江市售黑木耳试管菌种6株.采用组织分离方法获得菌丝体,提取菌丝体DNA,扩增ITS片段并测序.测序结果发现,经比对,17株供试黑木耳菌株ITS序列同源性均在99%~100%,其中16株的ITS序列长度为559 bp;系统发育分析表明,供试17种黑木耳菌株可分为7种不同类型,表明市售黑木耳菌种存在商品名不同但实际为同一品种的情况.以上结果为黑木耳种质资源调查及当地黑木耳品种引进提供理论指导.     

基于细胞核ITS序列的变叶海棠起源新证据

在利用ITS序列初步证明苹果属植物变叶海棠(Malus toringoides Hughes.)杂种起源的基础上,对其3个自然居群(马尔康雅尔珠林场、柯河和下阿坝)47个样品(其中18个新样品)的核糖体DNA的ITS区进行了进一步测序分析。以窄叶海棠(M.angustifolia Michx.)、草原海棠(M.ioensis Britt.)和台湾林檎(M.doumeri Chev.)作为外类群,结合已报道的变叶海棠的ITS序列,对变叶海棠及其假定亲本的种间特异位点和系统进化关系进行了分析,并用软件RDP3beta27对变叶海棠的ITS序列进行了重组检测。结果表明,变叶海棠居群有3种ITS拷贝变异类型:1)与陇东海棠(M.kansuensis Schneid.)相似的ITS拷贝;2)与花叶海棠(M.transitoria Schneid.)相似的ITS拷贝;3)杂合的ITS拷贝。在ITS基因树上3类ITS拷贝分别与2个推测亲本单独聚在一支(自展值分别为100%和92%);杂合的ITS拷贝虽与花叶海棠聚在同一大支(B),但杂合的ITS拷贝在B支内形成具有94%自展值支持的次级分支。重组检测支持杂合ITS拷贝是假定亲本ITS重组进化的产物。上述结果为变叶海棠的杂种起源提供了进一步的分子证据。     

基于叶绿体rRNA ITS序列的兰科植物系统发育关系分析

叶绿体DNA(Chloroplast DNA,cpDNA)中的反向重复序列中的非编码区对于陆生植物的进化研究非常有指导意义,被越来越广泛的应用在不同的分类阶元的系统研究中.该研究在叶绿体rRNA ITS 序列的保守区设计引物,PCR扩增得到450 bp左右的叶绿体rRNA从4.5 S到5 S的片段,扩增产物直接测序,进而依据叶绿体rRNA ITS基因序列分析了兰科植物(Orchidaceae)的33个品种材料(12个兰属品种,14个兜兰属品种,7个石斛属品种)间的亲缘关系.通过最简约性分析产生的叶绿体rRNA ITS系统树表明,石斛属和兜兰属为两个自然类群,兰属可能为一多源组.兰属的碧玉兰位于系统树的基部,构成其余各种的姐妹支.兜兰属的白花兜兰、麻栗坡兜兰独立于属内其他种而自成一支.由于兰科植物叶绿体rRNA ITS序列变异率较低,最简约分析产生的分支得不到Bootstrap分析的高度支持,各亚属之间的关系也不明确.对兰科植物系统发育关系的研究尚需要更多的证据.     

基于ITS 序列石斛材料的鉴定及系统进化分析

 以核糖体DNA 内转录间隔区（Internal Transcribed Spacer,rDNA ITS 区）作为DNA 条形码对石斛种进行鉴定,并进行系统进化分析。收集获得43 个石斛样品,其中35 个为已知鲜样品,8 个为待确定种的干样品。从35 个鲜品中获得在GenBank 中未公布的海南石斛、华石斛以及秋石斛中的两个品种‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’ITS 序列。ITS 序列差异与形态特征的关系分析,结果显示,ITS 同源性的高低,与形态的相似性成正相关。以舌唇兰属为外类群,并从GenBank 中获得其他20 个石斛种的ITS 序列,对35 个已知样品和8 个待检测样品进行分析。结果显示,35 个已知样品分为5 支,其中大部分石斛种（24 个）聚在一支。竹叶石斛和苏瓣石斛聚在一支;华石斛、聚石斛和小黄花石斛聚在一支;短棒石斛单独为一支;竹枝石斛与‘白花红心秋石斛’和‘紫红条纹秋石斛’聚在一支;海南石斛和木石斛聚在一支。根据ITS 序列,大多数样品分组与传统分组相同,但按传统分组不在石斛组的重唇石斛、钩状石斛、鼓槌石斛和叉唇石斛分在了石斛组,并确定了檀香石斛分在石斛组。确定了8 个石斛干样品所属的种。     

应用核DNA ITS序列探讨广义花楸属（Sorbus L.）属下系统关系

 花楸属属内杂交和多倍化现象比较普遍,分类处理一直存在争议。选取核基因的ITS序列对花楸属（Sorbus L.）的46个种进行测序,并选取栒子属（Cotoneaster multiforus,Cotoneaster horizontalis）、白鹃梅属（Exochorda racemosa）、蔷薇属（Rosa hugonis）和樱属（Cerasus glandulosa）作为外类群,基于最大简约分析（Maximum parsimony analysis,MP）,最大似然分析（Maximum likelihood analysis,ML）和贝叶斯推断（Bayesian inference,BI）对花楸属进行分子系统发育重建。结果表明：花楸属为自然的单系类群,并且得到很高的支持率;Aria、Micromeles和Sorbus,3个亚属各自不能形成单系,甚至单叶类群和复叶类群的分类学界限都不是很清楚,这说明目前的分子系统发育证据与花楸属属内的分类划分并不十分吻合。     

濒危植物太行菊与长裂太行菊的ITS序列分析

对太行菊属（Opisthopappus）的太行菊（O. taihangensis）和长裂太行菊（O. longilobus）13个种群的核糖体DNA ITS进行测序,分析不同种、不同种群间的ITS序列差异。结果表明：排序后的ITS序列总长度为682 bp,含有15个简约信息位点;根据ITS序列差异共确定出18种单倍型,太行菊和长裂太行菊种群均表现出高的单倍型多样性和核苷酸多样性;两个种均有独有的单倍型,又有共有单倍型;聚类分析表明18种单倍型形成明显两支,Hn1和Hn8分别位于两支的中心为祖先单倍型。ITS序列将太行菊和长裂太行菊13个种群聚类成一个单源支系,但长裂太行菊中两个种群（林虑山LLS和石板岩SBY）与太行菊种群聚为一支,显示出两种之间存在着基因交流或杂交。在进化过程中,长裂太行菊可能经历了长距离侵殖,太行菊在太行山隆升之前经历了种群的扩张,随着太行山的隆升逐渐形成现今的分布格局。     

云南羊肚菌rDNA的ITS序列与亲缘关系分析

采用ITS(Internal Transcribed Spacers)序列比对技术分析了根据形态挑选的14个羊肚菌子实体(其中11个来自云南,3个来自浙江)。结果表明,云南的11个羊肚菌子实体(M1~M11)可分为4个种:高羊肚菌(Morchella elata),尖顶羊肚菌(Morchella conica),粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)和大孔(宽肋)羊肚菌(Morchella costata)。浙江的3个羊肚菌子实体(M12~M14)经鉴定为未知羊肚菌种。14个羊肚菌子实体样品和GenBank中黑脉(小顶)羊肚菌[Morchella angusticeps(AJ698476)]、美味羊肚菌[Morchella esculenta(AJ698475)]以及羊肚菌科常见属钟菌属Verpa conica(AJ544206)的ITS序列聚类,以钟菌(AJ544206)作为外类群,可分为三大聚类群:高羊肚菌、大孔(宽肋)羊肚菌和黑脉(小顶)羊肚菌为第1类群(Group1);美味羊肚菌和尖顶羊肚菌为第2类群(Group2);粗柄羊肚菌和浙江的3个羊肚菌为第3类群(Group3)。     

Classification of Morchella species from Yunnan and Zhejiang Provinces Based on rDNA ITS Sequences

Fourteen Morchella samples (eleven from Yunnan and three from Zhejiang Provinces) were selected on the basis of differences in fruit body morphology. Ribosomal DNA internal transcribed spacers (ITS) were amplified in each case using the universal primer pair, ITS-1 and ITS-4, and the amplification products were purified and sequenced. Comparisons with sequence data in GenBank revealed that the 11 Morchella isolates collected from Yunnan belonged to four species: Morchella elata, Morchella conica, Morchella crassipes and Morchella costata. The three isolates collected from Zhejiang Province (M12, M13 and M14) were designated as unknown Morchella species. When Verpa conica (AJ544206) (from the genus Verpa belonging to the same family as Morchella) was taken as the outgroup, the 14 isolates formed three groups, M. elata, M. costata (Group 1); Morchella esculenta, M. conica (Group 2); and M. crassipes, M12, M13 and M14 (Group 3).     

豆科绿肥对甘蔗抗旱生理指标的影响

在连作蔗地上种植花生、大豆和绿豆3种豆科绿肥并压青还田,研究其对甘蔗抗旱性的效应,探讨豆科绿肥压青改土对提高甘蔗抗旱性的作用和机理。结果表明,豆科绿肥压青改良土壤后有利于增强甘蔗的抗旱性。3种绿肥中以绿豆压青处理的甘蔗抗旱性最强,其次是大豆,再次是花生。     

基于ITS序列分析探讨我国栽培凤尾菇的分类地位

针对我国栽培凤尾菇(Pleurotus sajor-caju)及其近缘种共10个菌株的ITS序列,应用特异引物进行PCR扩增,对其产物进行测序,并从GenBank上下载侧耳属(Pleurotus)3个种7条ITS序列、韧伞属(Lentinus)的4条ITS序列和香菇属(Lentinula)的3条ITS序列,以冬虫夏草(Cordyceps sinensis)和蛹虫草(Cordyceps militaris)为外类群,用NJ(Neighbor-joining)法构建系统发育树,结果表明:凤尾菇在侧耳属分支上与侧耳属内种的相似性达98.5%以上,韧伞属和香菇属的属内相似性也均为98%以上,而侧耳属和韧伞属、香菇属的属间相似性仅约80%,故凤尾菇应归于侧耳属;在进一步研究中,将该凤尾菇与其近缘种的ITS1-5.8S-ITS2序列作碱基完全比对,结果发现它与肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)的碱基完全一致,而与其它近缘种均存在较大碱基差异,因此,目前我国广泛栽培的凤尾菇与肺形侧耳可能是同物异名种,建议订正其名称,将其拉丁名统一为P. pulmonarius.本研究首次将ITS序列分析和碱基比对结合对凤尾菇的分类地位及拉丁名进行研究,结果表明ITS序列分析在近缘种的分类鉴定上很有价值.     

基于ITS序列分析对秦岭冷水沟羊肚菌的鉴定

在秦岭中段宁陕县冷水沟采集10株野生羊肚菌,获得菌丝体,扩增其rDNA的ITS区,并进行分析比对,构建分子系统树,鉴定这10株羊肚菌都为粗腿羊肚菌(Morchella crassipes)。     

PBO对菜豆产量效应的研究

以不同浓度的促控剂PBO,1001、50、2002、50倍液,对菜豆(美国供给者品种)进行叶面喷施。结果表明:PBO能有效提高菜豆单荚重,对菜豆的产量有极显著地增加作用,尽管PBO也能增加菜豆结荚数,但对产量提高作用并不明显。在PBO各个浓度的处理中,以150倍液的PBO对单荚重增加的效应最为显著,比对照增加28.88%,为生产上适用的浓度,该试验的研究结果为菜豆施用PBO提高产量提供了理论依据。