荧光定量PCR检测方法在猪瘟诊断上的应用研究进展

实时荧光定量PCR技术是结合PCR技术、光谱技术和计算机技术发展起来的一种新型分子生物学定量检测技术,其融合了PCR技术的高灵敏性、DNA杂交的高特异性和光谱技术的高精确定量的特点,不仅实现了对核酸模板的定量,而且具有特异性强、灵敏度高、重复性好、准确性强、自动化程度高、速度快、全封闭反应、无污染等优点,在猪瘟疫苗的定量检测、猪瘟病毒的诊断以及猪瘟强、弱毒鉴别诊断中得到广泛应用,显示出良好的应用前景。本文就荧光定量PCR技术及其在猪瘟诊断上的应用概况作一综述,以期为我国猪瘟的综合防控提供参考。     

荧光定量PCR技术在分子检测上的研究进展

荧光定量PCR技术是近年来发展起来的一种核酸定量技术,因其特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确等优点成为核酸检测中的重要工具,作者将其研究进展作一综述,以供参考。     

猪瘟病毒荧光定量PCR检测方法研究进展

实时荧光定量PCR技术是结合PCR技术、光谱技术和计算机技术发展起来的一种新型分子生物学定量检测技术,其融合了PCR技术的高灵敏性、DNA杂交的高特异性和光谱技术的高精确定量的特点,它不仅实现了对核酸模板的定量,而且具有特异性强、灵敏度高、重复性好、准确性高、自动化程度高、速度快、全封闭反应、无污染等优点,在猪瘟疫苗的定量检测、猪瘟的诊断以及猪瘟病毒强、弱毒株鉴别诊断中得到了广泛应用,显示出了良好的应用前景。论文就荧光定量PCR技术及其在猪瘟诊断上的应用做一简要综述,为我国猪瘟的综合防控提供参考。     

实时荧光定量PCR技术研究进展及应用

实时荧光定量PCR(Real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,Real-time PCR)技术是20世纪90年代中期发展起来的一种新型核酸定量技术.它利用荧光实时检测PCR反应,具有灵敏度高、特异性强、节约时间等优点.文章就常用的4种方法,即DNA结合染色、水解探针、分子信标和杂交探针的原理和特点进行介绍,同时综述了荧光定量PCR技术在实践中的应用.     

饲料中鱼源性成分定量检测的实时荧光PCR技术的建立

根据鱼线粒体DNA(mtDNA)基因组序列,选择高度保守区域设计特异性引物和TaqMan探针,通过反应条件优化,建立了饲料中鱼源性成分检测的实时荧光PCR方法.结果显示,应用该方法只能检测到鱼源性成分,表明该方法具有良好的特异性,对饲料中鱼源性成分的最低检出限为0.05%,定量检测的线性范围0.018～18.46ng.试验结果表明,该方法能对饲料中鱼源性成分进行准确、快速的检测,具有特异性好、灵敏度高的优点,对防止饲料掺假、控制进出口饲料安全具有重要意义.     

实时荧光定量PCR技术及应用

实时荧光定量PCR技术是在常规PCR基础上发展起来的核酸定量技术,于1996年由美国Applied Biosystems公司推出.当前,实时荧光定量PCR技术应用范围很广,例如,能从粪便材料中分离出的细菌DNA来精确定量检测肠道菌,使我们能详细地分析肠道中优势菌与荧光原位杂交(FISH)及培养方法检测不到的非优势菌,为理解肠道菌群与机体状况关系提供重要线索.该技术从原理上分为荧光染料检测模式和荧光探针检测模式两方面.     

布鲁氏菌实时定量荧光PCR检测体系的建立及应用

本根据GenBank上公布的布鲁氏菌BCSP31基因保守区域序列设计合成一对特异性引物与TapMan探针,建立整套快速准确鉴定布鲁氏菌的实时定量荧光PCR检测体系。以实验室构建的克隆有布鲁氏菌目的片段的重组质粒为标准品,进行实时定量荧光PCR反应检测,通过优化反应条件,建立标准曲线。以标准品为模板,对该方法的特异性、敏感性与重复性进行检测与分析。并以临床样本进行检测的结果进行比较分析,结果表明,该检测体系的检测灵敏度高,重复性与特异性良好。本研究建立的实时定量荧光PCR可用于准确检测样本中的少量的布鲁氏菌,具有良好的应用前景和市场价值。     

实时荧光定量PCR检测布鲁菌方法的建立

旨在建立实时荧光定量PCR检测布鲁菌的方法。经选取高度保守的具布鲁菌属特异性的BSP31基因设计了一对引物及探针,并采用矩阵法优化反应体系,筛选出引物、探针、dNTP和Mg2+最优浓度配比,同时进行了特异性和灵敏性试验,建立了实时荧光定量PCR检测布鲁菌的方法。该方法可用于对布鲁菌病普查监测及进出境动物及其产品的检验检疫。     

沙门菌实时荧光定量PCR检测试剂盒的研制与应用

根据沙门菌保守的fimY基因序列设计合成了引物和TaqMan探针，建立了快速检测沙门菌的实时荧光定量方法，并对反应条件进行了优化，组装成快速检测试剂盒。通过对临床样品的检测，该试剂盒的检测灵敏度达4.5CFU（25μL反应体系），比常规PCR高100倍，而且稳定性良好，至少可以冷冻保存9个月。结果表明，所建立的沙门菌实时荧光定量PCR检测试剂盒具有操作简便、快速、特异性强、灵敏度高、重复性好、稳定性强等优点，适于大量样品的检测。     

实时荧光定量PCR技术

荧光定量PCR技术是一种目前国内外应用较为广泛的定量PCR技术,是通过始点定量和荧光检测系统实时监测累积荧光强度而实现的,具有灵敏度高、特异性强、线性关系好、操作简单等优点,不但能够用于基因定量检测,还能准确定量疾病相关基因的表达,现已广泛应用于人类和动物疾病的快速检测、定量分析、早期诊断、基因分型等方面。它可以采用绝对定量和相对定量2种方式实现定量检测,但都有各自的优缺点,需根据具体的试验选择合适的定量方式,从而得到更准确的试验结果。提高荧光定量PCR技术的特异性和灵敏度需从多方面着手,主要指特异性探针及引物的设计,选择合适的Mg2 浓度、引物和探针浓度、循环数等。     

实时荧光定量PCR技术原理与应用

实时荧光定量PCR(real-ti me fluorescent quantitative polymerase chain reaction,FQ-PCR)是在定性PCR技术基础上发展起来的核酸定量技术,它具有特异性强、PCR污染少、自动化程度高等特点。作者就实时荧光定量PCR技术的主要原理及目前在分子生物学领域,病原体和肿瘤等方面的检测和诊断应用进行了概述。     

利什曼原虫实时荧光定量PCR方法的建立

以利什曼原虫的小环状动基体DNA(Leishmaniak DNA)为靶基因,建立实时荧光定量PCR检测利什曼原虫的方法。根据GenBank报道的利什曼原虫小环状动基体DNA保守序列设计合成特异性引物,经PCR扩增后与pMD18-T载体连接,转化入大肠杆菌DH5α感受态细胞。挑选阳性克隆重组质粒经鉴定正确后,作为模板建立SYBR-GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线和熔解曲线。结果构建的标准曲线线性关系良好,相关系数为0.996,而且特异性强,重复性好。本研究成功建立了实时荧光定量PCR检测利什曼原虫的方法,该方法可用于利氏曼原虫病的诊断、流行病学监测和科学研究。     

鸡宿主限制因子SAMHD1实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种快速检测chSAMHD1表达量的方法,本研究以SPF鸡外周血单个核细胞总cDNA为模板,构建了包含chSAMHD1全长CDS的重组质粒pMD-chSAMHD1。跨chSAMHD1内含子设计1对荧光定量PCR特异性引物,以构建的重组质粒作为标准品,建立chSAMHD1实时荧光定量PCR检测方法,并对其敏感性、特异性及重复性进行验证,将其应用于1日龄SPF鸡组织chSAMHD1表达量的检测。结果显示:用建立的实时荧光定量PCR方法对5×10^8~5×10^4拷贝/μL的标准质粒进行检测,所得标准曲线呈现良好的线性关系;最低检测限为50拷贝/μL,灵敏度是普通PCR的100倍;特异性良好,仅能检测到鸡源细胞中SAMHD1基因;重复性好,组内和组间变异系数均小于2%;应用该方法检测1日龄正常SPF鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脑、神经、胸腺、法氏囊、十二指肠、腿肌、腺胃等组织的chSAMHD1基因拷贝数,结果显示chSAMHD1具有广泛的组织分布性。本研究为chSAMHD1功能研究提供了一种准确、有效的检测手段。     

TaqMan荧光定量PCR检测鸡产蛋下降综合征病毒方法的建立及应用

根据GenBank公布的鸡产蛋下降综合征病毒六邻体蛋白基因的高度保守序列,设计了2对特异性引物和1条TaqMan探针.以构建的阳性重组质粒为标准品,绘制标准曲线,建立了一种快速检测鸡产蛋下降综合征病毒的TaqMan荧光实时定量PCR方法.该方法最小检出量达10 copies·μL-1,在1.0×102～1.0×108copies· μL-1检测范围间有良好的线性关系,特异性、稳定性和重复性也较好.用建立的本方法检测感染鸡产蛋下降综合征病毒鸡群的产蛋分离物,与普通PCR相比,该荧光实时定量PCR方法具有更高的敏感性,可更好地用于鸡产蛋下降综合征病毒的临床检测.     

鸭甲肝病毒2型TaqMan实时荧光定量PCR方法的建立

研究利用全基因合成技术合成DHAV-2全基因组序列,并以此为标准品建立检测DHAV-2的TaqMan实时荧光定量PCR方法。结果表明:建立的方法敏感性高,最低检测限仅为33.7拷贝/μL;特异性强,对鸭甲肝病毒1型(DHAV-1)、鸭甲肝病毒3型(DHAV-3)、禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)、番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck reovirus,MDRV)、新型鸭呼肠孤病毒(Novel duck reovirus,N-DRV)、鸭源禽Ⅰ型副黏病毒(Duck-origin avian paramyxovirus type 1,APMV-1)和禽坦布苏病毒(Avian Tembusu virus,ATmV)均无交叉扩增;重复性佳,组内和组间变异系数最高分别为1.68%和2.19%。对2018年福建地区临床收集的128份鸭源病料进行检测,结果未检测DHAV-2感染阳性。研究结果为DHAV-2的快速检测试剂盒研究及储备DHAV-2检测技术奠定了基础。     

荧光定量RT-PCR检测猪日本脑炎病毒

通过RT-PCR方法克隆了日本脑炎病毒(JEV)N基因片段序列,构建重组质粒作为标准阳性模板,同时根据GenBank中的靶序列设计了荧光定量R-PCR的1对引物和1条TaqMan探针.通过条件优化,以定量的10倍系列稀释的质粒为标准品进行荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了JEV检测的荧光定量PCR方法.结果表明,该方法检测灵敏度可达1.0×100拷贝/μL,线性范围为109～100,达10个数量级;对起始浓度为1.0×109、1.0×108和1.0×107拷贝/μL的标准品的最终实际测得值(Ct)分别为17.33、20.52和23.90,变异系数分别为0.54%、0.74%和0.53%,均小于5%.对阳性组织病料的检测表明该方法的灵敏度高出常规PCR,与套式PCR(nested-PCR,nPCR)具有相近的灵敏度.     

猪圆环病毒2型荧光定量PCR检测方法的建立

通过条件优化,以定量的10倍系列稀释质粒pMD-ORF2(含PCV2-ORF2全基因)为标准品,进行荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了猪圆环病毒2型(PCV2)的荧光定量PCR检测方法。该方法检测灵敏度可达1.0×100拷贝/μL,线性范围为109~100,达10个数量级;对起始浓度为1.0×106、1.0×105、1.0×104拷贝/μL的标准品的最终实际测得值分别为1.000×106、0.935×105、0.987×104拷贝/μL,变异系数分别为2.527%、2.067%、2.092%。该方法的检测灵敏度与套式PCR(nPCR)相当,甚而高于常规PCR。     

实时荧光定量PCR检测畜禽肉制品中鸭源性成分

根据鸭mtDNA COX基因上的保守序列设计特异性引物和TaqMan探针,建立实时荧光定量PCR用于检测畜禽肉制品中的鸭源性成分。结果表明,建立的方法特异性强,与鹅、鸡、羊、牛等15种动物DNA无非特异性扩增;灵敏度高,可检测1.0pg/μL鸭源DNA的存在;重复性好,同DNA浓度所测得Ct值的变异系数均小于3%;应用该法对模拟混合样品进行检测,结果与预期相符,且常见肉类DNA的存在并不影响该法对鸭源性成分检测的灵敏度。说明本试验建立的鸭源性成分实时荧光定量PCR法特异、敏感、稳定,可快速准确检测畜禽肉制品中含有的鸭源性成分。     

牛病毒性腹泻病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的牛病毒性腹泻病毒(BVDV)5′端非编码区核苷酸序列,设计引物和TaqMan荧光探针,建立了BVDV的实时荧光定量PCR检测方法。建立的方法只能检测到BVDV,而与CSFV、BRV、MT及IBRV没有交叉反应,具有高度的特异性,在1010~102模板范围内具有良好的线性关系,所制作的标准曲线相关系数为0.991,最低可检测到100个拷贝的阳性质粒。所建立的BVDV实时荧光定量PCR检测方法具有快速、特异、灵敏等特点。