巴马小型猪主要细胞因子的克隆及序列分析

为了丰富广西巴马小型猪细胞因子生物学数据,本试验采取广西巴马小型猪的外周血,分离淋巴细胞,提取总RNA,利用设计的引物进行RT-PCR扩增,将克隆出的与目的基因大小相符的片段回收,再与T载体连接,转化到大肠杆菌DH5α中,筛选阳性克隆,将重组菌测序后提交NCBI,比较克隆序列与已知序列的同源性,并利用软件对克隆序列进行分析。结果表明,已克隆出的巴马小型猪细胞因子IL-2、IL-12、IFN-γ、TNF-α基因序列长度分别为338、377、380、402 bp,测序结果均与目的基因预期估计值吻合。序列分析结果发现与已知的家猪或野猪的相应基因同源性较高,IL-2、IL-12、IFN-γ、TNF-α序列同源性分别为98.9%、99.5%、99.2%、100%。研究巴马小型猪细胞因子基因序列不仅丰富了生物学数据,而且为细胞因子的功能研究提供了依据,也为细胞因子的定量检测奠定了基础。     

猪Toll样受体3、7和8基因的克隆与序列分析

为了对猪Toll样受体(TLR)3、7和8基因进行克隆与序列分析,本实验从猪肺泡巨噬细胞(PAM)中,利用RT-PCR方法分片段扩增猪TLR3、7、8基因,并克隆于pMD18-T载体中。根据测序结果分析,猪TLR3、7和8基因的ORF分别为2718bp、3153bp和3087bp,并分别编码906、1051和1029个氨基酸。同源性分析结果显示,它们与GenBank中登录的猪TLR的相应序列同源性达99%以上;与牛、马、羊和人的同源性较高,与鼠的同源性次之,与鸡的同源性最低,其蛋白分子结构预测表明猪TLR3、7、8均为跨膜蛋白。     

兔TLR2、TLR3和TLR4部分cDNA序列的克隆及分析

用RT-PCR技术从日本大耳白兔脾脏组织克隆出兔Toll样受体2、3、4基因（拟命名为RTLR2、R TLR3和RTLR4）的cDNA序列并进行测序,获得的3个Toll样受体基因序列长分别为128、150和139bp,并将其测序结果与GenBank中登录的穴兔（Oryctolagus cuniculus）的Toils核苷酸序列进行比对,发现本次克隆到的RTLR2与穴兔TLR2的基因序列（NM_001082781）相似性为99％,而RTLR3与TLR3（NM_001082219）和RTLR4与TLR4（NM_001082732）相似性均为100％。Protein Blast同源性结果显示,RTLR2、RTLR3和RTLR4的氨基酸序列与穴兔TLR2、TLR3和TLR4的同源性皆为100％,与马、人、野猪等其他8种动物TLRs的比较,与RTLR2同源性最高的是马的80％,其他的只有61％～78％;与RTLR3同源性最高是马和野猪的97％,其他也较高达93％～95％;而RTLR4与其他8种动物的同源性均较低75％以下。结果表明：RTLR2、RTLR3和RTLR4分别为免TLR2、TLR3和TLR4的部分cDNA基因序列;TLRs在不同物种的进化过程中存在种属特异性。     

广西巴马小型猪MyoG基因克隆及外显子3多态性分析

为了解RT-PCR扩增广西巴马小型猪肌细胞生成素(MyoG)cDNA序列,并分析与其他物种间的聚类关系,试验采用PCR-SSCP技术分析广西巴马小型猪、长白猪、杜洛克猪、大约克猪MyoG基因外显子3多态性,根据GenBank中已发表的猪MyoG基因序列设计PCR引物,以广西巴马小型猪肌肉组织总RNA为模板进行RT-PCR,所得目的片段经纯化、克隆、鉴定和测序;从4个猪种的耳组织中分别提取30个个体的基因组DNA,采用PCR的方法扩增出外显子3并进行SSCP分析。结果表明:克隆得到广西巴马小型猪MyoG基因编码区长675 bp,与四川野猪、人、奶牛、小鼠同源序列相似性分别为99.7%、93.8%、91.7%、90.5%,且不同物种间保守性较强;与四川野猪相比,克隆得到的广西巴马小型猪MyoG cDNA序列在第233位点及第642位点上发生基因突变;广西巴马小型猪MyoG基因的基因型只有AA型,而长白猪、杜洛克猪、大约克猪MyoG基因的基因型只有AB型,各群体内无多态性。     

广西巴马小型猪TXNIP基因真核表达载体的构建及鉴定

为了克隆广西巴马小型猪硫氧还蛋白相互作用蛋白基因(TXNIP)序列并构建真核表达载体,为生产转TXNIP基因的广西巴马小型猪奠定基础,试验采用RT-PCR技术从广西巴马小型猪胰腺组织中扩增出TXNIP基因编码序列,连接至p MD18-T载体,测序鉴定后提取质粒,用SalⅠ和EcoRⅠ限制性内切酶进行双酶切,回收的TXNIP片段连接至p EGFP-C1载体上,构建含TXNIP的真核表达载体p EGFP-C1-TXNIP;利用双酶切和测序对重组质粒p EGFP-C1-TXNIP进行鉴定,并将重组质粒转染β-TC6细胞24 h后观察细胞荧光表达情况。结果表明:广西巴马小型猪TXNIP基因编码区序列长1 176 bp,编码391个氨基酸,与Gen Bank已公布的猪TXNIP基因c DNA序列(序列号为DQ278874)对应区段同源性为99.7%;重组表达载体p EGFP-C1-TXNIP质粒转染β-TC6细胞能表现出绿色荧光。     

基于测序技术的海南地方猪TLR2基因多态性分析

为了解海南地方猪TLR2基因的多态性,本研究采用PCR法从五指山猪、临高猪和屯昌猪3种海南地方猪的血液中克隆Toll样受体2(TLR2)基因,并进行测序及序列分析。结果显示,3种海南地方猪TLR2基因的扩增长度均为2649bp,编码区长2358bp。3种猪TLR2基因序列的种内比对结果显示,五指山猪种内有7个核苷酸位点存在多态性,2处位于编码区;屯昌猪种内有5个核苷酸位点存在多态性,均在编码区外;临高猪种内有4个核苷酸位点存在多态性,1处位于编码区。种间比对结果显示3种猪有12个核苷酸位点存在多态性,其中3处为错义突变,导致氨基酸改变。同源性分析结果显示,3种猪的TLR2基因序列高度保守,同源性在99.6%~99.9%之间。蛋白质结构预测分析显示,海南猪TLR2基因在876、1454位点呈现的AG突变均引起了其蛋白质二级结构和三级结构的改变,提示可能存在TLR2功能的变化。本研究填补了海南地方猪TLR2基因多态性空白,为深入研究TLR2基因多态性与猪疫病易感性的关系提供基础研究资料。     

巴马香猪类固醇激素急性调节蛋白(StAR)基因真核表达载体的构建及鉴定

本试验通过RT-PCR扩增巴马香猪StAR基因,分析其序列的结构特点并构建真核表达载体,为StAR基因在猪睾丸间质细胞中的超量表达研究奠定基础.根据NCBI中猪StAR基因序列设计并合成引物,以巴马香猪睾丸组织总RNA为模板进行RT-PCR,将所得目的基因与pEGFP-C1进行双酶切后连接构建真核表达载体pEGFP-C1-StAR.结果显示,连接到pSURE-T克隆载体上的目的片段测序结果为858碱基组成,编码含有285个氨基酸残基的蛋白质,与NCBI报道的StAR基因比对,核酸同源性在99.3％以上,并成功构建了重组载体pEGFP-C1-StAR.     

广西巴马小型猪白细胞抗原经典Ⅱ类基因克隆及生物信息学分析

为探讨广西巴马小型猪SLA经典Ⅱ类基因分子结构特征及其在猪-人异种器官移植研究中的应用前景,本研究采集4头广西巴马小型猪的耳组织,经抽提RNA和反转录得到cDNA,通过PCR扩增,对SLA经典Ⅱ类基因(SLA-DRA、SLA-DRB1、SLA-DQA、SLA-DQB1)纯化和克隆,进行双向测序。结果,在4个SLA经典Ⅱ类座位中得到基因序列共8条,利用NCBI服务器中BLAST分析发现,8条基因序列中5条为已知的等位基因,另3条为新的等位基因。通过核苷酸和氨基酸水平的同源性比对,构建亲缘进化树,分析发现,广西巴马小型猪具有与人同源性较高的MHC遗传结构,显示该猪种在人-猪异种移植领域中有着潜在的利用价值。     

广西巴马小型猪脂联素cDNA的克隆及序列分析

为了克隆广西巴马小型猪脂联素基因的cDNA全序列及序列分析,试验利用引物悬挂延伸PCR法,以基因组总DNA为模板,先分别扩增得到编码脂联素的第2外显子和第3外显子的序列,再以这2个外显子为模板,进行第2轮PCR,纯化连接pMD 18-T载体后转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆体,鉴定后测序.结果表明:经PCR产物测序证明,得到大小与脂联素基因编码序列大小相同的片段,此片段长度为732 bp;同源性比较分析发现,广西巴马小型猪脂联素cDNA序列与GenBank中已报道的家猪脂联素同源性高达99.7%,有2处发生了碱基错义突变.     

一株猪葡萄球菌的分离鉴定

从患有渗出性皮炎的仔猪分离到1株革兰阳性球菌,生化试验、形态学观察进行初步鉴定,然后进行16 S rRNA基因片段的扩增和测序,将测序结果与GenBank上的已知序列进行同源性比较,结果与猪葡萄球菌的核酸序列同源性达到99.6%,综合可见该分离菌株为猪葡萄球菌,并将其命名为GDSH1。     

广西巴马小型猪IFN-Y基因的克隆和序列分析

将猪外周淋巴细胞进行体外培养,在刀豆球蛋白A(conA)刺激培养15h后,提取培养淋巴细胞总RNA,应用RT-PCR技术扩增广西巴马小型猪Y-干扰素(IFN-Y)基因,并克隆到PMD18-T载体上,进行测序。测序结果表明,扩增的cDNA全长558个碱基,包含501个碱基开放阅读框架,编码166个氨基酸,分子量为19．42ku。此cDNA与人、牛、山羊、马、狗和鼠的IFN-Y基因核苷酸比较,同源性分别为74．9％,86．5％,86．9％,81％,58．7％和63．3％,与其它猪种的IFN-Y基因核苷酸比较同源性为100％。     

猪胸膜肺炎放线杆菌外膜脂蛋白基因的克隆及序列分析

以国内主要流行的猪胸膜肺炎放线杆菌(APP)QH-1、HN-7菌株的基因组DNA为模板，通过PCR方法扩增出外膜脂蛋白(OML)基因片段，然后将其克隆至pMD18-T载体中，经酶切和PCR鉴定，对阳性克隆进行序列测定。将测序结果分别与标准菌株进行比较，QH—1株的核苷酸序列与血清1、9、11、12型参考株的同源性达99．1％～99．9％；HN-7株的核苷酸序列与血清7、3、4、6型参考株的同源性达97．3％～100％，与其他血清型参考株的同源性较低。     

基于测序技术的海南地方猪TLR4基因多态性分析

为了了解海南地方猪TLR4基因的多态性,试验采用PCR技术对五指山猪、临高猪和屯昌猪的TLR4基因组序列进行了克隆、测序,应用DNAStar和BioEdit软件分析其序列,SMART、SOPMA、SWISS-MODEL在线软件分析TLR4蛋白的结构,并预测二级结构和三级结构。结果表明:获得的三个品种海南地方猪TLR4基因DNA序列全长均为10 435 bp,其中编码区长2 526 bp,编码841个氨基酸。三个品种猪TLR4基因序列种内比对时,五指山猪在种内有1个核苷酸位点存在多态性;屯昌猪在种内有6个核苷酸位点存在多态性,2处位于编码区;临高猪在种内有3个核苷酸位点存在多态性,1处位于编码区。三个品种猪TLR4基因序列种间比对时,有27个核苷酸位点存在多态性,其中2个为错义突变,导致氨基酸改变。三个品种猪的TLR4基因序列的同源性在99.8%～99.9%之间,高度保守。海南猪TLR4基因在7 209位点的G→T突变和7 781位点的G→A位点突变引起了TLR4蛋白二级结构和三级结构发生改变。说明海南地方猪TLR4基因存在多态性,并且其多态性引起的结构改变可能使TLR4基因功能发生变化。     

猪Toll样受体7 cDNA的克隆及序列分析

本研究应用RT—PCR和RACE技术从肠系膜淋巴结组织总RNA中克隆出猪Toll样受体7（Toll—likere—ceptor7,TLR7）的cDNA序列。分析结果表明,克隆到的序列全长3834bp（GenBank登录号：EF469730）,其3150bp的开放阅读框编码1050个氨基酸残基的猪Toll样受体7蛋白。推导的氨基酸序列分析显示,在猪TLR7的胞外区,具有LRR-RI结构域,胞内具有TIR结构域,表现出典型的TLR家族结构特征,同源性分析结果显示,TLR7在进化过程中具有高度保守性,与牛、狗、人、猫和小鼠的氨基酸序列同源性分别为90．8％、87．4％、84．9％、86．7％和78．2％。     

副猪嗜血杆菌ompP2基因的克隆鉴定及序列分析

用PCR技术对华南地区分离的17株不同血清型副猪嗜血杆菌菌株ompP2基因进行克隆鉴定,并以CLUSTALS1和PHYLIP-3.68软件将ompP2基因序列进行比对和遗传进化分析.17株副猪嗜血杆菌茵株中均能扩出ompP2基因,克隆测序结果发现ompP2基因大小有所不同,与参考序列ABKM01000007的同源性在92％～99％之间.序列比较结果显示,ompP2基因与GenBank公布的副猪嗜血杆茵全基因组测序中的ompP2基因序列具有较高的同源性,不同菌株ompP2基因序列大小存在差异,为进一步验证ompP2蛋白的功能及相关研究奠定了基础.     

广西巴马小型猪MyoD1基因克隆及其真核表达载体的构建

本研究旨在对广西巴马小型猪成肌细胞决定基因1(myoblast-determining 1,MyoD1)进行克隆分析,并构建MyoD1基因真核表达载体pEGFP-N1-MyoD1,为进一步研究该基因在广西巴马小型猪骨骼肌发育中的调控作用奠定基础。以广西巴马小型猪的肝脏组织为材料,应用RT-PCR技术克隆得到广西巴马小型猪MyoD1基因编码序列,对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析,并构建该基因的真核表达载体,经过PCR和双酶切验证,通过脂质体转染,将重组质粒转染C2C12细胞,在细胞水平验证了该载体的正确性。结果显示,广西巴马小型猪MyoD1基因编码区序列长960 bp,编码319个氨基酸,核苷酸序列与猪、牛、水牛、绵羊、马、人、小家鼠、褐家鼠、家犬的同源性依次为99.7%、92.8%、92.9%、92.6%、91.5%、82.9%、82.9%、82.0%和90.9%;系统进化树分析表明,广西巴马小型猪MyoD1基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性;蛋白质结构分析表明,MyoD1蛋白为膜外蛋白,在第4-116位氨基酸处存在1个MyoD家族标志性的MyoD结构域,对广西巴马小型猪、猪和人的MyoD1蛋白高级结构比较发现其具有极高的相似性。本研究构建的广西巴马小型猪MyoD1基因表达载体pEGFP-N1-MyoD1,转染C2C12细胞后产生绿色荧光信号,表明MyoD1基因在C2C12细胞中成功表达。     

广西巴马小型猪MyoD1基因克隆及其真核表达载体的构建

本研究旨在对广西巴马小型猪成肌细胞决定基因1(myoblast-determining 1,MyoD1)进行克隆分析,并构建MyoD1基因真核表达载体pEGFP-N1-MyoD1,为进一步研究该基因在广西巴马小型猪骨骼肌发育中的调控作用奠定基础。以广西巴马小型猪的肝脏组织为材料,应用RT-PCR技术克隆得到广西巴马小型猪MyoD1基因编码序列,对其核苷酸序列和蛋白质序列进行生物信息学分析,并构建该基因的真核表达载体,经过PCR和双酶切验证,通过脂质体转染,将重组质粒转染C2C12细胞,在细胞水平验证了该载体的正确性。结果显示,广西巴马小型猪MyoD1基因编码区序列长960 bp,编码319个氨基酸,核苷酸序列与猪、牛、水牛、绵羊、马、人、小家鼠、褐家鼠、家犬的同源性依次为99.7%、92.8%、92.9%、92.6%、91.5%、82.9%、82.9%、82.0%和90.9%;系统进化树分析表明,广西巴马小型猪MyoD1基因在不同物种及进化过程中具有高度保守性;蛋白质结构分析表明,MyoD1蛋白为膜外蛋白,在第4-116位氨基酸处存在1个MyoD家族标志性的MyoD结构域,对广西巴马小型猪、猪和人的MyoD1蛋白高级结构比较发现其具有极高的相似性。本研究构建的广西巴马小型猪MyoD1基因表达载体pEGFP-N1-MyoD1,转染C2C12细胞后产生绿色荧光信号,表明MyoD1基因在C2C12细胞中成功表达。     

猪群感染圆环病毒3型病例的诊断和病毒鉴定

2017年8月,华南某猪场保育猪出现慢性消瘦和呼吸道综合征的病猪。经实验室PCR诊断,排除猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪圆环病毒2型(PCV2)后显示为猪圆环病毒3型(PCV3)阳性。采用特异性CAP段基因引物扩增该片段,使用DNAMAN7.0和MEGA6.06软件进行同源性分析。结果,成功克隆了该病毒的CAP段基因,序列长度为671 bp,并进行基因测序和遗传进化分析。序列同源性分析表明该毒株为PCV3,命名为PCV3/CN/Guangzhou/2017。     

日本大耳白兔TLR3部分cDNA克隆及mRNA在组织中的分布

采用RT—PCR技术从日本大耳白兔的脾脏组织克隆出兔的Toll样受体基因3（命名为。TLR3），并对其mRNA在兔的17种组织中的分布情况进行了检测。结果显示，RTLR3核苷酸序列与GenBank中登载的穴兔（Oryctolagus cuniculus）TLR3序列（登录号：NM_001082219）相似性为100％；兔的胸腺、脾脏、睾丸等14种组织中检测出TLR3 mRNA的转录产物，而在骨骼、胃和皮肤中未能发现。推导的氨基酸序列同源性比对表明，兔TLR3与人、野猪、牛、猫、褐鼠等动物的同源性最高，为80％-85％；与原鸡同源性次之，为61％；与草鱼、绿河豚等同源性在45％～48％之间；系统进化树分析表明，兔TLR3与马的亲缘关系最接近，与猪、人／绵羊、牛、猩猩／猫的亲缘关系依次渐远，与鼠的亲缘关系最远。可见，TLR3在不同种属动物及不同组织中所起的作用具有生物多样性。