贵州地方水稻品种的SSR遗传多样性分析

利用21对SSR引物对74份贵州"禾"水稻品种及6份国际上常用的典型籼稻和粳稻品种进行遗传多样性研究。共检测到92个等位基因,每个位点的等位基因数变幅为2~9个,平均4.381个;平均Shannon信息指数为0.935,变幅为0·2793~1.8732;期望杂合度为0.5145,范围在0.0988~0.8313;品种间遗传相似系数为0.64~0.98。UPGMA聚类分析表明,在相似系数为0.682处可将"禾"品种分为4大类,大部分材料被聚类到典型粳稻的附近,品种间的亲缘关系与地理来源关系不大;主坐标分析结果与UPGMA聚类结果基本吻合。SSR检测结果表明,贵州省水稻地方品种——"禾"的多样性程度较低,且大多数属于粳稻。     

浙江省裸大麦地方品种遗传多样性分析

为给保存和开发利用大麦地方品种资源提供参考信息,采用1个Nud基因特异标记和28对SSR标记,以23份浙江省皮大麦地方品种及江苏省的1份裸大麦和1份皮大麦地方品种作为参照,研究了66份浙江省裸大麦地方品种的遗传多样性。结果表明,所有检测的裸大麦地方品种在Nud基因位点都存在17kb的片段缺失,表明浙江省裸大麦地方品种裸粒性状是单一起源的。28对SSR引物共检测到91个等位基因,其中17个等位基因为裸大麦特有,3个等位基因为皮大麦特有。裸大麦的平均等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数、Nei’s基因多样性指数和多态性信息含量均高于皮大麦,表明浙江省裸大麦地方品种的遗传多样性比皮大麦地方品种更为丰富。聚类分析将裸大麦和皮大麦分别聚为1大类,表明浙江省裸大麦地方品种和皮大麦地方品种的遗传差异较大,而裸大麦又可分为3小类,但它们与品种地理来源无任何联系。     

布朗族当前种植稻作地方品种的SSR位点多样性分析

 调查收集了80份布朗族当前仍在种植的稻作地方品种,利用分布于水稻12条染色体上的72对SSR引物,进行了遗传多样性分析。共检测出271个等位基因,平均每对引物3.764个;197个有效等位基因,平均每对引物2.739个;多态性信息含量变幅为0.163~0.827,平均为0.582;稀有等位基因数20个。云南省内3个不同地区布朗族种植的地方品种遗传多样性有差异,表现为勐海县>双江县>墨江县。地方品种的遗传相似系数变幅为0.111~0.875,平均为0.411;在相似系数0.266处可以将供试品种分为籼粳两大类,但不能再将布朗族同一集居区的地方品种完全聚成同一亚类,暗示着布朗族不同集居区的条件对地方品种进化的影响还比较有限。最后还就布朗族对地方品种多样性的贡献及可能的原因等进行了讨论分析,对如何防止地方品种收集中同名异种和同种异名问题发生提出了建议。     

基于SSR标记的山西野生大豆种质资源遗传多样性分析

分析山西野生大豆资源的遗传多样性和遗传结构有助于了解山西野生大豆起源与进化,为野生大豆优异种质挖掘及资源高效利用等提供理论基础。本研究采用52对SSR分子标记对来自于山西省9个地区32个县市的70份野生大豆资源进行了遗传多样性分析。结果表明:共扩增出450个等位基因,平均每对引物扩增出8.7个等位基因,变幅为3～19。等位基因频率为0.185 7～0.885 7,平均0.421 0;基因遗传多样性指数为0.210 2～0.871 8,平均0.710 0;多态性信息含量为0.201 9～0.858 4,平均0.679 7。将所有供试材料按地理来源分类,并进行遗传多样性分析。结果表明,中部野生大豆资源的平均等位基因数、平均基因多样性指数和平均多态信息含量最高,北部次之,南部最低。而各组的平均主要等位基因频率结果与之相反。基于遗传结构和基于遗传距离的聚类分析都可将试验材料分为3个类群,两种分类结果基本相同。第一类群主要包括山西中部部分资源,第二类群主要包括山西中部部分资源和山西北部资源,第三类群主要包括山西南部资源。聚类结果与地理来源较为一致。山西野生大豆资源遗传多样性较高。中部野生大豆资源的遗传多样性最高,北部资源次之,南部资源最低。推测山西中部和北部曾经发生过种质交流,导致中部资源遗传多样性最高,该区域可能为山西野生大豆的遗传多样性中心。     

“黄金茶”特异种质资源遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记对珍稀地方种质资源“黄金茶”的110个株系进行遗传多样性和亲缘关系分析。从100条ISSR引物中筛选出18条多态性高、重复性好的引物,分别对供试材料的基因组进行扩增,共获得205条清晰可辨的谱带,其中多态性带187条,多态性比率达91.22%,反映了黄金茶群体基因组DNA多态性较高。110个黄金茶株系的平均有效等位基因数为1.51,平均Nei’s基因多样性指数为0.30,平均Shannon信息指数为0.45,说明黄金茶群体的遗传多样性较高。110个黄金茶株系间的Jaccard相似系数在0.22~1.00之间,平均值为0.55。根据相似系数平均值,用UPGMA法将供试的110个株系分成七大类群,并绘制ISSR聚类树状图,揭示了黄金茶群体各株系之间的亲缘关系。该研究为今后加强对黄金茶特异种质资源的保护和利用、优良品种的选育及杂交亲本的选配等从分子水平上提供了一定的参考依据。     

基于SSR标记的江苏省花生地方品种遗传多样性分析

为进一步了解江苏省花生地方品种的遗传多样性,用25对SSR引物评价了133份地方品种,共扩增出93个等位基因,平均3.72个;多态性信息量(PIC)变幅为0.066~0.749,平均为0.374;Shannon’s信息指数变幅为0.161~1.385,平均为0.671。品种间相似系数变幅为0.416~1.000,平均为0.830,4种类型品种相似系数均值排序为:普通型(0.899)龙生型(0.776)珍珠豆型(0.710)多粒型(0.700)。采用非加权平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0.600时,将133份地方品种划分为三大类群。研究结果表明,江苏省花生地方品种遗传多样性较丰富,普通型品种的遗传多样性低于其它3种类型。聚类分析结果为地方品种有效利用提供重要依据。     

“黄金茶”特异种质资源遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记对珍稀地方种质资源"黄金茶"的110个株系进行遗传多样性和亲缘关系分析。从100条ISSR引物中筛选出18条多态性高、重复性好的引物,分别对供试材料的基因组进行扩增,共获得205条清晰可辨的谱带,其中多态性带187条,多态性比率达91.22%,反映了黄金茶群体基因组DNA多态性较高。110个黄金茶株系的平均有效等位基因数为1.51,平均Nei’s基因多样性指数为0.30,平均Shannon信息指数为0.45,说明黄金茶群体的遗传多样性较高。110个黄金茶株系间的Jaccard相似系数在0.22~1.00之间,平均值为0.55。根据相似系数平均值,用UPGMA法将供试的110个株系分成七大类群,并绘制ISSR聚类树状图,揭示了黄金茶群体各株系之间的亲缘关系。该研究为今后加强对黄金茶特异种质资源的保护和利用、优良品种的选育及杂交亲本的选配等从分子水平上提供了一定的参考依据。     

基于SSR标记分析山西地方花生种质遗传多样性

用90对多态性SSR引物评价了山西省不同地理来源的72份花生地方种质资源的遗传多样性，结果表明，90对多态性引物共扩增出317个等位基因，平均每对引物3.5222个；基因多样性指数变化幅度0.1823~0.7711，平均0.4537；多态信息含量指数变异范围0.3283~0.7378，平均0.4047；Shannon's信息指数变异范围0.1657~1.6734，平均0.8092。聚类分析结果表明，72份种质资源可分为三大类群，类群Ⅰ 以多粒型为主，类群Ⅱ 以普通型为主， 类群Ⅲ 以珍珠豆型为主，聚类结果与花生的植物学分类基本一致。进一步对不同类型种质差异进行分析，结果表明，珍珠豆型的遗传多样性最为丰富，其次是多粒型，普通型最小。该结果从分子水平上揭示了山西省花生地方种质资源的遗传多样性，为花生优异种质发掘及资源高效利用提供理论基础。     

太湖流域粳稻地方品种的微卫星分析

 采用45对SSR引物对224份太湖流域粳稻地方品种进行遗传多样性分析,共检测到162个等位变异,每个位点等位基因数的变幅为2～7,平均为3.6。各位点Nei基因多样性指数变异较大,为0.009（RM169）～0.663（RM444）,平均为0.197。青稻、黄稻、红稻和白稻各传统生态型均具较低的遗传多样性。分子方差分析表明,SSR遗传变异绝大部分存在于传统生态型内。青稻与红稻间、青稻与白稻、红稻与白稻、红稻与黄稻间遗传分化显著。太湖流域粳稻地方品种SSR多样性较低,稀有类型等位基因较多。这对科学制定太湖粳稻地方资源的保护和利用策略具有指导意义。     

基于SSR标记的不同地理生态型野生大豆遗传多样性分析

为充分了解野生大豆的遗传进化特征,促进资源保护及高效利用,本研究利用29对SSR引物对6个不同地理生态型的126份野生大豆资源进行遗传多样性和遗传结构分析.结果 表明:共测到635个等位基因,平均等位基因数为21.897个,平均引物多态性信息含量为0.883,Shannon指数和预期杂合度分别为2.586和0.890....     

中国栽培稻等位酶的遗传结构及地理分布

对我国6330份栽培稻品种进行了5种等位酶12个位点的遗传结构分析,共检测到53个等位基因,平均等位基因数为4.41,多样性指数值为0.269,表明中国栽培稻具有丰富的等位酶遗传多样性。地方农家品种和现代育成品种遗传多样性指数差异不大,但现代育成品种等位基因较少,共有13个稀有等位基因仅存在于地方农家品种中。比较我国六大生态稻区的等位酶分布,发现西南稻区的等位酶基因最为丰富,为我国稻种资源的多样性中心,但华北和华中稻区在某些等位酶基因上的多样性以及某些稀有等位基因的存在暗示着淮河流域和长江流域可能与栽培稻的起源有关。利用等位基因聚类分析基本可以把地方农家品种分成两大类,分别是籼稻和粳稻,籼稻的遗传多样性大于粳稻。籼粳稻在等位酶位点上的差异不仅表现为单个等位基因形式和频率的不同,还表现为多位点非随机组合的遗传差异。     

梧州茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析

基于SSR标记对梧州六堡镇群体种和南渡镇野生大茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,并筛选出用于该种质资源鉴别的核心分子标记。研究结果如下：（1）17对SSR引物在供试材料中共扩增得到98个等位基因,每对SSR引物扩增的等位位点为3~8个,平均每个位点5.764 7个等位基因;（2）从17个SSR分子标记中筛选出8个核心标记组合即可区分每份种质资源;（3）六堡镇茶树种质资源的平均等位基因数（A）、基因型数、基因多样性（H）、多态性信息含量（PIC）分别为4.647 1、7.000 0、0.675 4、0.628 3,高于南渡镇野生大茶树种质资源,与栽培种茶树群体接近;（4）聚类分析表明,六堡镇茶树群体部分种质资源单独聚为一类,部分与云南的大叶种茶树,少量与浙江、贵州地方栽培种聚为一类;而南渡镇野生茶树种质资源单独聚为一类,仅有2个六堡镇的种质材料散落其间。综上所述,梧州茶树种质资源丰富,遗传多样性较高,研究结果为进一步开发和利用该资源奠定了基础。     

中国栽培稻选育品种等位酶多样性及其与形态学性状的

选取源自我国26个省（自治区、直辖市）不同选育时期、不同类型的744份栽培稻选育品种为试验材料,应用5种等位酶12个等位基因位点分析我国栽培稻选育品种的遗传多样性,并研究等位酶和形态学性状在多样性研究中的相关性。结果显示：等位酶多态位点百分率（P）、平均等位基因观察数（A）、平均等位基因有效数（Ae）、Shannon多样性指数（I）和Nei基因多样性指数（He）分别为100%、3.167、1.515、0.452和0.272;籼粳两类型等位基因频率分布有所不同,籼型多样性指数（I和He）明显高于粳型,分别为粳型的1.702和1.730倍;华中稻区遗传多样性指数最高（He=0.283）,东北稻区则最低（He=0.062）;除西南稻区外,其余稻区等位酶和形态学两类性状所获得的品种间距离矩阵呈显著或极显著相关,相关系数为0.163~0.390。     

利用InDel标记解析中国花生地方品种的遗传多样性与群体结构

为揭示InDel标记对我国地方花生品种遗传多样性和遗传结构的解析能力,本研究利用13个多态性InDel 标记检测4个典型生物学类型的90份中国花生地方品种材料。共扩增出42的等位基因,平均3个;Nei’s多样性指数 变幅为0.011~0.705,平均0.443;Shannon’s信息指数变幅为0.034~1.497,平均0.758。龙生型、普通型、珍珠豆型与多 粒型花生的Nei’s遗传多样性指数分别为0.3198、0.4407、0.4435和0.4372,结果表明龙生型的遗传多样性明显小于其 它生物学类型。种质间的遗传相似系数范围为0.077 ~ 1.000,平均为0.636;且普通型与龙生型花生之间遗传相似系 数最高,为0.636。群体分析结果表明密枝亚种与疏枝亚种、不同植物学类型之间遗传分化较小,且普通型与珍珠豆 型遗传结构相似,龙生型与多粒型花生遗传结构不同。利用非加权平均法（UMPGA）聚类分析将90份花生材料划分 为两类（G1、G2）,其中G1包括全部的龙生型、61.90%的普通型以及20.00%的珍珠豆型。本研究结果表明InDel标记 能够有效地揭示栽培种花生的遗传变异,可为花生杂交亲本的选择以及优异基因的挖掘提供重要参考。     

苎麻Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析

为了明确苎麻不同SSR的遗传差异性,利用Genomic-SSR与EST-SSR两种SSR标记对19个苎麻核心种质的遗传多样性进行分析。根据统计结果,Genomic-SSR平均检测到的观测等位基因数为3.4643、有效等位基因数为2.1982、Shannon多样性指数为0.8864、观测杂合度为0.5254、期望杂合度为0.5172;EST-SSR平均检测到的观测等位基因数为2.3333、有效等位基因数为1.9438、Shannon多样性指数为0.7120、观测杂合度为0.5128、期望杂合度为0.4778。Genomic-SSR和EST-SSR两种引物的有效等位基因数(Ne)和观测杂合度(Ho)差异不显著,Genomic-SSR的Shannon指数显著高于EST-SSR。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面,Genomic-SSR与EST-SSR均具有显著的遗传差异性,但是两种标记都能有效的鉴别不同基因型个体。Genomic-SSR可优先用于分子身份证、高密度遗传连锁图谱的构建和遗传多样性分析;EST-SSR用来研究苎麻近缘种间的遗传多样性、进化分析、连锁图谱和比较基因组学更有优越性。     

SSR荧光标记毛细管电泳分析24个广西常规香稻品种的遗传多样性

分析香稻品种的遗传多样性和理清香稻品种之间的亲缘关系,可为选育优质香稻品种提供参考。为分析广西审定的24个常规香稻品种的遗传多样性,明确其遗传差异,本研究利用SSR荧光标记毛细管电泳技术对24个广西常规香稻品种进行遗传多样性分析。结果表明,48对SSR引物共检测出170个等位基因位点;遗传多样性参数中观测等位基因数（Na）变化幅度为1～9,平均为3.54;有效等位基因数（Ne）的变化幅度为1～4.5534,平均为2.0736,其中有效等位基因数最高是RM21,其次是RM481、RM493和RM258,说明这4对引物有较高的检测效率;Shannon’s指数（I）的变化幅度为0～1.7942,平均为0.7726;多态信息含量（PIC）值的变化幅度为0～0.7541,平均为0.3732,属于中度多态位点,说明24个广西常规香稻品种具有一定的遗传变异。24个品种遗传相似系数范围为0.3299～0.9600,其中‘三香628’与‘农香32’遗传相似系数最小,说明这2个品种遗传基础差异最大,亲缘关系最远,‘万香696’与‘广粮香2号’遗传相似性系数最大,说明这2个品种遗传基础差异较小,亲缘关系接近...     

利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性

 为了揭示云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性,以元阳哈尼梯田过去种植（20世纪70年代收集于元阳县,现保存于种质库）的72个和当前种植的76个品种为材料,采用48个SSR分子标记进行多态性、遗传相似性和聚类分析。平均每个标记检测到的等位基因数、有效等位基因数、位点多态信息含量和基因型多样性指标在过去与当前的品种间,差异均未达显著水平。共有24个SSR标记的52个等位基因位点在过去与当前种植的品种中存在差异,其中,有18个SSR标记的32个等位基因位点在当前的品种中未检测到,同样,有16个SSR标记的20个等位基因位点在过去的品种中未检测到。基于48个SSR分子标记的平均遗传相似性系数,当前种植的品种为03340,过去为03313,过去与当前的品种分别在遗传相似性系数0203和0174处分为籼、粳两个亚种群。表明元阳哈尼梯田水稻地方品种经过30多年的自然与人工选择,虽有部分等位基因位点发生了变异,但仍保留了原有的遗传多样性;元阳哈尼梯田水稻地方品种存在明显的籼、粳分化。元阳哈尼梯田及其水稻地方品种是研究稻作籼粳演化的理想基地和材料。     

利用SSR标记分析木薯遗传多样性

应用简单重复序列(SSR)标记对国家木薯种质资源圃195 份国内(外)品种(系)进行遗传多样性分析。结果表明：44对引物共扩增出186个等位基因,每对引物平均扩增出2～8个等位基因,平均Shannon's信息指数I为1.01,平均多态性信息量(PIC)为0.49。195个品种(系)的遗传相似系数(GS)分布在0.57～0.99。聚类分析结果表明,在遗传距离0.71处,可将供试材料分为7个类群。     

吉林省玉米新品种SSR标记指纹数据库的构建及其分析

以SSR标记为技术手段,利用20对核心引物,构建吉林省2005～2009年审定的174份普通玉米新品种的DNA指纹数据库,同时分析不同年份间审定品种的等位基因频率、等位基因数目、多态性信息指数的变化.结果表明,2005～2009年供试174份材料的平均等位基因数目略有下降,但平均多态性信息指数没有明显变化,不同年份间玉米品种的个别等位基因频率变化比较明显,分析可能在育种过程中人为施加了较强的定向选择而保留了下来,说明随着年份的变化,个别稀有等位基因可能在减少,但遗传多样性并没有降低.同时说明在评价玉米品种遗传多样性变化时,多态性信息指数反映的应该更加客观-些.吉林省玉米品种不同年度间的遗传多样性无明显变化,说明近些年吉林省审定的品种在育种资源、育种模式以及育种方向上变化较小,没有较大的突破.     

稻属AA染色体组8个种间SSR多样性与亲缘关系

选用平均分布于水稻基因组的30对SSR 引物,对AA染色体组8个野生稻种共42份材料的遗传多样性及遗传关系进行了研究。结果显示,本试验选取的30个SSR标记均具有多态性,多态性位点百分率为100%。30个多态性位点共扩增出的等位基因数为224, 每个位点可扩增出3～10个等位基因,平均7.47个;等位基因有效数(Ae)变幅为1.25～891,平均5.45。多样性指数中,Shannon多样性指数(I)为0.454～2.386,平均1.826;而Nei基因多样性指数变幅为0.199～0.888,平均0.774。系统聚类和带型分析结果表明,亚洲栽培稻(Oryza sativa) 与普通野生稻(O. rufipogon) 的亲缘关系最近,非洲栽培稻(O. glaberrima) 则与巴蒂野生稻(O. barthii) 关系最为密切,杂草稻(O. spontanea) 与普通野生稻 (O. rufipogon)、亚洲栽培稻(O. sativa) 之间有较近的亲缘关系,而展颖野生稻(O. glumaepatula)、长雄蕊野生稻(O. longistaminata)与AA组其他稻种之间的亲缘关系较远。