猪MSTN基因的多态性和生长性状关联分析

基于肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因结构及功能研究报道,将其作为猪生长发育性状的候选基因进行多态性检测与关联分析,旨在为猪分子遗传标记提供依据。本研究以长白猪、大白猪、杜长大、通城猪、莱芜猪、五指山猪6个不同猪种基因组DNA为模板,通过克隆测序鉴定MSTN基因启动子区、第1内含子区、第2内含子区、第1外显子区、第2外显子区及3′UTR区SNPs位点;以长白猪和杜长大2个试验猪群为材料,利用基质辅助激光解吸飞行时间质谱法对MSTN基因进行SNP分型。建立最小二乘法分析模型,利用SAS软件分析数据。结果表明:在6个猪种76个个体中,共筛选出16个SNPs,其中有4个位于启动子区,5个位于第1内含子,7个位于第2内含子,在外显子1、外显子2和3′UTR区域并未检测到SNP位点。对MSTN基因的4个SNPs位点(P1、P3、P4、P5;其中P1、P3、P4位于启动子区,P5位于内含子1区)的生长性状关联分析显示,P4和P5 2个位点的多态性与猪生长性状显著相关(P<0.05)。P4和P5 2个位点具有作为分子标记辅助猪育种的潜在应用价值。     

大河乌猪钙蛋白酶抑制蛋白基因、脂肪细胞定向和分化因子1基因多态性及其与肉质性状的关联分析

利用PCR-RFLPs技术研究大河乌猪脂肪细胞定向和分化因子1(ADD1)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)的遗传酶切多态性及其与肉质性状的关联性。结果表明,在CAST基因的MspI-RFLP位点上C等位基因的频率为0.617 3,高于D等位基因的频率;HinfI-RFLP位点上B等位基因为0.512 3,高于A等位基因的频率;在RsaI-RFLP位点上E等位基因的频率为0.506 2,高于F等位基因的频率。在ADD1基因的Eam1104 I-RFLP位点上,等位基因H的频率为0.598 8,高于T等位基因的频率。在对大河乌猪CAST基因与肉质性状的关联分析中,在HinfI-RFLP位点上,肌内脂肪含量AA型与BB型差异显著(P<0.05);肉色评分BB型>AB型>AA型,各基因型间差异显著(P<0.05),失水率AA型显著高于AB型和BB型(P<0.05),贮存损失AA型与AB型差异显著(P<0.05);在MspI-RFLP位点上,失水率DD型显著高于CC型和CD型(P<0.05);在ADD1基因的Eam1104I-RFLP位点上,肌内脂肪含量HH型显著高于HT和TT型(P<0.05),失水率HH型显著高于HT型(P<0.05)。ADD1基因与CAST基因确实与猪的肉质性状存在一定的关联。     

猪眼肌面积的全基因组关联分析

为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集2 783头杜洛克猪和2 424头杜长大猪的LEA115数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。对杜洛克猪的基因型数据进行质量控制,去除个体基因型检出率<0.95的样品,去除单核苷酸多态性(single-nucleotide pdymorphism, SNP)基因型检出率<0.99、最小等位基因频率<0.05、哈代-温伯格平衡检验P值<1×10^-6的SNP位点;对杜长大猪不进行哈代-温伯格平衡检验,其余质量控制条件同杜洛克猪。利用ASReml软件对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行遗传参数估计,使用rMVP软件包提供的FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)模型对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行全基因组关联分析(genome-wide associ...     

甘肃金昌西门塔尔牛MSTN基因外显子多态性研究

[目的]为分析金昌地区西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的遗传多态性及变异特征。[方法]采用 PCR-SSCP 方法检测了61头西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的多态性。[结果]显示：金昌西门塔尔牛 MSTN 基因的第1外显子存在 A、B 两个等位基因以及AA、AB 两种基因型,其基因型频率分别为0.7705和0.2295;第2外显子存在 A、B 两个等位基因以及 AA、AB、BB 三种基因型,其基因型频率分别为0.0328、0.3443和0.6229;第3外显子只有 AA 一种基因型。序列分析表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子在269bp 发生了 A→G 的突变和第2外显子在41bp 发生了 C→T 的突变,但都未导致氨基酸发生改变,属于同义突变;外显子3并未检测到突变。[结论]统计结果表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态。     

北京黑猪FUBP3和USP43基因多态性与眼肌面积性状的关联分析

旨在研究上游远端元件结合蛋白3(far upstream element binding protein 3,FUBP3)及泛素特异性蛋白酶43(ubiquitin specific protease 43,USP43)基因多态性与北京黑猪眼肌面积性状的关系,从而在分子水平指导北京黑猪的育种工作。本研究选取408头北京黑猪收集眼肌面积性状数据并采集肉样提取DNA,根据FUBP3和USP43基因序列设计43对引物进行PCR扩增及测序,运用DNAstar软件分析测序结果,对FUBP3和USP43基因不同基因型与北京黑猪眼肌面积性状进行关联分析并运用荧光定量PCR对两基因进行基因表达差异分析。在FUBP3基因启动子区共有8个突变,其中rs701769847G>A与5~6肋眼肌面积和最后肋眼肌面积均关联显著(P<0.05),rs332131528C>G仅与5~6肋眼肌面积关联显著(P<0.05),rs325550799T>C、rs339464012T>C和rs326069041T>C只与最后肋眼肌面积关联显著(P<0.05);基因表达差异分析表明,rs701769847G>A位点GG型个体的FUBP3基因mRNA水平显著低于AA型个体(P<0.05)。USP43基因启动子区的rs335310752C>T和剪切区的rs323463345G>A均只与最后肋眼肌面积关联显著(P<0.05)。基因表达差异分析表明,rs323463345G>A中GG型个体和AA型个体的USP43基因mRNA水平差异不显著。上述两基因中共有两个位点与5~6肋眼肌面积性状关联显著(P<0.05),6个位点与最后肋眼肌面积性状关联显著(P<0.05),可以作为北京黑猪眼肌面积性状变异的候选基因功能位点,也可以作为潜在的眼肌面积性状分子标记。     

猪红细胞生成素受体基因外显子区多态性研究

研究以5头北京黑猪和5头东北民猪DNA混合池为模板,采用测序的方法研究猪红细胞生成素受体（erythropoietin receptor,EPOR）基因外显子区序列遗传变异。研究结果发现,EPOR基因外显子区共存在3个SNP位点,其中g.1147C＞G位于外显子2,可导致第50位氨基酸改变（Leu＞Val）;g.1645G＞A位于外显子3,可导致第92位氨基酸改变（Arg＞His）;g.4953C＞T位于外显子8,为同义突变。经检测,在一个30头的北京黑猪群体中,除g.1147C＞G位点外,另外2个位点均处于哈代－温伯格平衡状态。     

大河乌猪血浆胆固醇脂转移蛋白基因多态性与 生产性能的相关性分析

试验应用PCR-RFLP技术对云南培育品种大河乌猪4代(F4)、5代(F5)和6代(F6))共334头个体的血浆胆固醇脂转移蛋白(cholesteryl ester transfer protein,CETP)基因内含子1436 bp进行扩增,用限制性内切酶AvaⅡ对其酶切可得到3种基因型:BB、Bb和bb,F4、F5、F6都以b等位基因为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.5821、0.6042和0.6885。取不同基因型纯合子样品进行测序,共发现7个单核苷酸多态位点(SNPs),其有3个为转换,4个突变为颠换,多态位点分别位于19、69、132、175、203、224、234 bp处。应用最小二乘分析不同基因型和不同性别的基因型对生长性状(初生重、45日龄重、4月龄体重、6月龄体重、体高、体长、管围、背膘厚)的影响。结果显示,F4代Bb和bb基因型个体体长显著高于BB基因型(P＜0.05);bb基因型6月龄管围显著高于BB基因型(P＜0.05),与Bb基因型个体间差异不显著(P＞0.05);F5代Bb和bb基因型个体初生重显著高于BB基因型(P＜0.05),两者之间差异不显著(P＞0.05);F6代bb基因型个体初生重、45日龄重显著高于BB基因型(P＜0.05),与Bb基因型个体间差异不显著(P＞0.05);其余性状不同基因型间无显著差异(P＞0.05)。另外,bb基因型雄性和雌性个体在初生重都存在显著差异(P＜0.05)。研究结果提示,CETP基因对猪生长性状(特别是初生重)存在一定影响;选择带有b等位基因的个体有望提高猪体质量相关的生长性状,该SNP可能是改良猪生长速度性状的重要分子标记位点。     

猪FSHβ基因第2外显子多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测马身猪、杜洛克猪、大白猪、山西黑猪和山西白猪等5个猪种421个个体FSHβ基因编码区的多态性,采用单变量动物模型分析了多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明:在FSHβ基因第2外显子第48位上检测到C→T的转换突变为同义突变。在杜洛克群体中,C等位基因的频率为1;在马身猪群体中,T等位基因的频率为1;在山西白猪和山西黑猪中,等位基因C的频率相对较高,分别为0.65和0.89。不同基因型母猪总产仔数和产活仔数的差异不显著(P>0.05),可初步判断该突变位点对猪的产仔性能无显著影响。     

绵羊MSTN基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】探讨绵羊肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因多态性及其对绵羊肉质性状的影响,以期为绵羊肉用性能的选育提供有效的遗传分子标记。【方法】利用液相捕获测序技术获取MSTN基因在杜泊羊(D)、滩羊(T)和小尾寒羊(XH)共91只绵羊中的变异位点,并筛选出品种间差异显著的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点。针对筛选出的位点,利用飞行质谱检测技术对滩羊、小尾寒羊、杜泊羊和杜滩寒三元杂交羊(DTH)共30只绵羊进行基因分型,并与肉质性状进行关联分析。【结果】试验筛选出的MSTN基因rs129059715位点在4个绵羊群体中共检测到3种基因型,分别为15个CC基因型、9个CA基因型及6个AA基因型,C为优势等位基因(除杜滩寒三元杂交羊外)。在杜泊羊、滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在小尾寒羊群体中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05);在杜泊羊和小尾寒羊群体中均处于低度多态(PIC<0.25);在滩羊和杜滩寒三元杂交羊群体中均处...     

优质大河乌猪品种特征鉴定与评级

在大河乌猪数量性状遗传与生产性能测定、大河乌猪标准化繁育技术推广应用研究成果基础上,为规范大河乌猪的培育、选育与推广,统一大河乌猪的生产技术指标,规定大河乌猪品种特征、种猪鉴定评级、种猪出场标准的技术要求。     

大河乌猪磷酸酯转移蛋白基因内含子4的SNPs检测及其与生产性能的关联分析

本研究旨在阐明猪磷酸酯转移蛋白(phospholipid transfer protein,PLTP)基因第4内含子多态性及其与生长性状之间的关系。结果表明,该位点具有2种等位基因A/a,F4、F5、F6各群体中的基因频率分别为0.4172/0.5828、0.4155/0.5845、0.4309/0.5691。取不同基因型纯合子样品进行测序,共发现4个单核苷酸多态位点(SNPs),其有3个突变为转换,1个为颠换,多态位点分别为1085、1192、1286和1305 bp。应用最小二乘模型分析不同基因型对生长性状(初生重、45日龄体重、4月龄体重及6月龄体重、体高、体长、管围、背膘厚)的影响。结果显示,F4代各性状基因型间差异不显著(P>0.05);F5代Aa基因型个体初生重及背膘厚显著高于AA基因型(P<0.05),与aa基因型个体间差异不显著(P>0.05);F6代aa基因型个体4月龄体重及Aa基因型个体6月龄管围都极显著高于AA基因型(P<0.01),aa基因型个体6月龄体高显著高于AA基因型(P<0.05),Aa基因型个体初生重显著高于AA基因型(P<0.05)。另外,Aa基因型的雌性个体对初生重及膘厚性状的影响较AA基因型高(P<0.05);Aa基因型雄性个体对管围性状的影响较AA基因型高(P<0.01)。研究结果提示猪PLTP基因Aa基因型对生长性状有着重要的影响,该SNP可能是改良猪经济性状的重要分子标记位点。     

绵羊CLPG和MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在探究CLPG(Callipyge)与MSTN(Myostatin)基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,调查与绵羊生长性状相关的分子遗传标记。本试验以133只澳洲白羊×杜泊羊×湖羊杂交绵羊为研究对象,利用PCR产物直接测序及PCR-RFLP技术检测CLPG与MSTN基因的单核苷酸多态性,然后通过SPSS22.0软件GLM统计模型分析多态位点不同基因型及聚合基因型与绵羊生长性状的关联性。测序结果表明,CLPG基因STS序列232bp处检测到C→T突变位点C1,MSTN基因3'UTR区检测到G→A突变位点M1。PCR-RFLP分析显示,C1位点表现为2种基因型:CC和CT;M1位点表现为2种基因型:GG和GA。关联分析表明,C1位点与绵羊背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01),M1位点与绵羊体重、管围、背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01)。聚合基因型对体重、背膘厚和眼肌面积影响极显著(P<0.01)。研究揭示CLPG与MSTN基因多态性及其聚合基因型对绵羊生长性状具有显著影响,C1和M1位点可以考虑作为绵羊生长性状的有效遗传标记。     

松辽黑猪FOXA2基因第3外显子多态性及其与繁殖性状的关联分析

【目的】分析叉头框家族转录因子A2(forkhead box A2,FOXA2)基因第3外显子多态位点在地方猪种中的遗传多样性及其与松辽黑猪繁殖性状的相关性。【方法】采集90头健康经产松辽黑猪母猪耳组织,采用直接测序法检测FOXA2基因第3外显子SNP位点,利用SPSS 26.0软件分析FOXA2基因第3外显子SNP位点多态性(基因型频率、基因频率、遗传纯合度、遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量)及其与松辽黑猪母猪繁殖性状(总产仔数、产活仔数、乳头数以及仔猪初生重、3周龄重、断奶重、断奶仔猪数)的相关性。【结果】松辽黑猪FOXA2基因第3外显子共检测出3个SNPs位点,1 337 bp处SNP位点(C1337A)上发现CC、CA和AA 3种基因型;1 343 bp处SNP位点(C1343G)上发现CC、CG和GG 3种基因型;1 626 bp处SNP位点(C1626T)上发现CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验表明,松辽黑猪FOXA2基因第3外显子的C1337A、C1626T位点符合哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05),C1343G位点偏离哈迪-温伯格平衡状态(P&...     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

大河乌猪Ⅱ系雌激素受体基因、促卵泡素β亚基基因多态性及相关性状的研究

在对142头大河乌猪Ⅱ系核心群基础母猪ESR基因和FSH-β基因多态性检测的基础上,分析这两个基因座位的基因型及合并基因型对乳头数、初产仔数、经产仔数的影响。结果表明,FSH-β基因的3种基因型的产仔数、乳头数之间无显著差异;ESR基因初产仔数CC型>CD型>DD型,CC型比CD型多产仔1.72头,CC型初产仔数显著高于CD、DD型(P<0.05);ESR基因和FSH-β基因合并基因型初产仔数ABCC、BBCC和AACD型明显高于BBCD型(P<0.05)。这也证实ESR基因确实与产仔数有一定关联;但是在对乳头数和经产仔数的统计差异不显著。     

基于细胞色素b基因的大河乌猪群体遗传结构研究

为了弄清大河乌猪群体遗传分化水平和遗传结构,以曲靖市5个地理种群的46个大河乌猪样品为试验材料,采用分子生物学方法测定和分析所有个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因DNA序列。分子变异分析结果表明,大河乌猪群体遗传变异主要来自种群内(62.63％),说明该物种群体遗传结构不明显。中性检验结果进一步证实,大河乌猪群体曾发生过种群数量扩张。这种不显著的种群结构主要来自于大规模的引种和扩大繁育,致使各地理种群间的遗传趋同和遗传一致性。研究结果有望为大河乌猪分子遗传选育工作提供重要的基础数据,并为其遗传种质资源的保护提供重要参考。     

牛生长激素基因第五外显子Msp I多态性在几个牛种中的差异

牛生长激素基因位于第 1 9号染色体上 ,含有大约 1 793个核苷酸 ,由 5个外显子及 4个内含子序列组成。为了研究生长激素基因位点在不同牛品种中的多态性差异 ,根据ＧｅｎｅＢａｎｋ的登记号为Ｍ 5 776 4的牛生长激素基因序列 ,设计了一对引物 ,上游引物 :5’ＧＧＧＣＡＧＡＴＣ ＣＴＣＡＡＧＣＡＧＡ 3’ ;下游引物 :5’ＡＴＣＣＴＣＣＣＣＣＴＴＧＣＴＧＴＣＣ 3’。扩增片段从 2 1 6 5位至2 5 0 4位。产物长度为 34 0ｂｐ ,含第五外显子区。以西门塔尔牛 ( 1 2 6头 ) ,鲁西黄牛 ( 1 4头 ) ,纯种皮埃蒙特牛 ( 8头 ) ,皮埃蒙特×南阳杂种牛 …     

獭兔Tyr基因部分外显子多态性分析

Tyr基因编码的酪氨酸酶(TYR)是黑色素形成过程中的限速酶,在黑色素的生物合成过程中催化特定的反应,从而影响动物的毛色。本试验通过基因序列扩增测序,检测了白色獭兔、青紫蓝獭兔Tyr基因第1、第2和第5外显子的多态性。结果显示:獭兔Tyr基因第1,第5外显子未检测出多态位点。在第2外显子发现2个多态位点:SNP1(885 GA),SNP2(886 AC),SNP1为同义突变,SNP2为有义突变。研究表明Tyr基因突变可能与獭兔毛色有关联,但是该突变位点可能影响毛色变异的分子机理需进行一系列更加深入的研究。     

贵州香羊MSTN基因的多态性

肌肉生长抑制素（Myostatin,MSTN）是一种在骨骼肌中广泛存在的糖蛋白,是骨骼肌生长的负调控因子,其基因的缺失、插入或突变会引起肌细胞增生与肌纤维肥大从而提高产肉力。采用PCR-RFLP方法对67只贵州香羊MSTN基因进行了多态性分析。结果显示,5′UTR和外显子1没有出现变异,内含子1和外显子2中存在BspLⅠ、XmnⅠ、BmrⅠ、Hpy188Ⅰ4个酶切多态位点。纯合野生型（AA、CC、EE、MM）为优势基因型,杂合型（AB、CD、EF、MN）和纯合突变型（BB、DD、FF、NN）为非优势基因型,A、C、E、M等位基因为优势基因。