马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株致弱过程中不同代次病毒LTR的进化分析

为揭示马传染性贫血病毒(EIAV)弱毒疫苗的减毒机理,本研究对EIAV弱毒疫苗株在体外驴白细胞传代过程中不同代次毒株的长末端重复序列(LTR)进行扩增和分析。结果显示:随着病毒在体外传代次数的增加,各病毒株遗传多样性逐渐增加,并与致弱前亲本株EIAVDV117的遗传距离逐渐增大;EIAV在体外传代过程中LTR的变异主要集中在U3区和R区的转录起始位点,但随着传代次数的增加,在负调节区丢失了GATA结合位点,并在增强子区出现了E-box基序。此外,传代初期低代次病毒株与后期的高代次弱毒株在负调节区的AP-1结合位点和转录起始位点以及TAR的起始位点存在明显差异。     

猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组的遗传变异分析

参照已发表的猪瘟病毒基因组序列设计了9对引物，用RT-PCR从猪瘟兔化弱毒疫苗株细胞培养物中扩增得到了覆盖猪瘟病毒基因组全长的9个cDNA片段，将所得cDNA片段分别克隆至pMD18-T载体中，经测序和拼接后，获得了猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全序列。序列分析表明，猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全长12310个碱基，其5’非编码区（5＇-NCR）和3＇-NCR分别由373和239个碱基组成，在3’末端有富含T的碱基插入，其间为1个大的开放阅读框架，编码3898个氨基酸残基的多聚蛋白，与国内外已发表的另外7个猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组全序列相比，核苷酸同源性为98．7％～99．9％，氨基酸同源性为98．6％～99．9％。基因组全序列比较显示，猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组在遗传上相当稳定。     

马传贫驴白细胞弱毒疫苗毒和驴强毒全基因核苷酸序列测定

本项研究以马传贫驴白细胞弱毒疫苗毒感染细胞总ＤＮＡ和驴强毒感染驴外周血病毒ＲＮＡ为起始材料,应用ＰＣＲ和ＲＴＰＣＲ的方法,分段扩增出马传贫弱毒疫苗毒前病毒和驴强毒各基因,并将各基因克隆后进行测序。根据与国外发表的马传贫病毒核苷酸序列比较,推导出马传贫疫苗毒和马传贫驴强毒全基因组核苷酸序列。     

马传贫驴白细胞弱毒疫苗株基质蛋白基因的克隆与表达

从感染驴白细胞的马传贫驴白细胞弱毒疫苗株前病毒DNA中克隆了编码基质蛋白（p15)的基因，并在大肠杆菌中进行了表达，所表达的蛋白是一种可溶性的融合蛋白，其氨基端带有6个组氨酸的标签，因此可以用固定化金属离子亲和层析法在非变性条件下进行纯化，在间接ELISA和免疫印迹试验中，重组的基质蛋白可与马传贫阳性血清样品发生反应，而与健康马血清无任何反应，这表明该重组蛋白具有良好的抗原性和特异性，可用于马传贫弱毒疫苗株在体内外复制及在接种马体人免疫应答的研究中。     

马传染性贫血病毒第19、26代驴胎皮肤细胞弱毒前病毒DNA全基因序列分析

不同代次马传染性贫血驴胎皮肤细胞弱毒(Fetal donkey dermal virus,FDDV)的免疫保护效果各不相同,只有第10～15代驴胎皮肤细胞弱毒具有良好的免疫保护效果,可作为疫苗使用,继续传代则疫苗的保护率下降。为确定有、无免疫保护效果的FDDV在基因水平上的差异,本实验对无免疫保护效果的第19、26代驴胎皮肤细胞弱毒前病毒DNA进行了全基因序列测定,并与已测序的疫苗毒株进行序列比较。第19代和第26代FDDV全基因核苷酸序列同源性高达99.5%,与疫苗毒株全基因核苷酸序列的同源性分别为96.9%、96.7%。LTR是EIAV在细胞传代中变异最显著的区域,第19、26代FDDV的LTR与疫苗毒的LTR同源性仅为89.6%、89.3%。马传贫病毒的gag基因高度保守,第19、26代FDDV与疫苗毒株的gag基因推导氨基酸序列仅有2个氨基酸不同。第19、26代FDDV与疫苗毒株的pol基因、env基因的推导氨基酸序列的同源性分别为98.9%、98.8%、93.7%、93.6%。由序列比较结果可以推断,第19代、第26代FDDV不具有免疫保护效果的主要原因可能是由于LTR和env基因的变异,导致病毒复制能力下降或免疫原性丧失,不能诱导机体产生良好的免疫反应。     

山羊痘弱毒疫苗株TK基因的克隆及序列分析

以提取的山羊痘弱毒疫苗株HLJ—V9 DNA为模板，设计特异性引物并进行PCR扩增，获得了2078bp的DNA片段，并将PCR产物克隆至pGEM—T Easy载体。酶切鉴定、PCR鉴定和测序结果表明，成功获得了TK基因，获得的TK基因内存在一个Kpn Ⅰ酶切位点和编码区的早期转录终止信号TTTTTN（T）T。核苷酸和氨基酸同源性分析表明，弱毒疫苗毒株HLJ—V9 TK基因与参考毒株的同源性在95．5％～100％之间，说明羊痘病毒TK基因具有高度的保守性。     

马传贫驴白细胞弱毒疫苗毒和驴强毒基因核苷酸序列测定

本项研究马传贫驴白细胞弱毒疫苗病毒感染后总ＤＮＡ和驴强毒感染驴中血病毒ＲＮＡ为起始材料,应用ＰＣＲ和ＲＴ－ＰＣＲ的方法,分段扩增马传贫弱毒疫苗病毒和驴毒各基因,并将各基因克隆后进行测序列,根据与国外马传贫病毒核苷酸序列比较,推导出马传贫疫苗毒和马传贫驴强毒全基因组核苷酸序列。     

猪圆环病毒2型贵州株全基因组的克隆与序列分析

应用PCR方法对采自贵州长顺、清镇和仁怀地区疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征的病料进行了猪圆环病毒2型(PCV2)全基因组扩增、克隆和测序分析。结果表明:所扩增克隆的3株PCV2中,GZ-QZ1(JQ809463)和GZ-RH1(JQ809464)2个PCV2毒株基因组全长为1 767 bp,GZ-CS1(JQ809462)株为1 768 bp;3株PCV2之间的核苷酸序列相似性介于94.5%⁹9.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%99.9%,与国内外参考毒株核苷酸序列相似性为93.6%⁹9.9%;全基因组序列比对分析表明,GZ-QZ1和GZ-RH1两个毒株属于PCV2b,GZ-CS1株属于PCV2a。对3株病毒编码Cap蛋白的ORF2基因分析发现,GZ-QZ1和GZ-RH1毒株与GZ-CS1毒株相比在696位缺失了一个碱基A,导致移码突变,使得末端氨基酸序列变由L K P变为L N P R。     

鹅圆环病毒福建株全基因组的克隆及序列分析

为明确鹅圆环病毒(Go CV)福建株的基因组特点,设计反向引物,从一例生长不良鹅中PCR扩增获取Go CV福建株基因组序列。结果表明,Go CV福建株(命名为FJ2016株)基因组全长为1 821 bp,其编码的复制相关蛋白长度为882 bp,编码293个氨基酸;其编码的抗原相关蛋白长度为753 bp,编码250个氨基酸。从遗传进化关系可见,Go CV在遗传进化上可以分为2个大的分支(Go CV-1与Go CV-2),FJ2016株处于Go CV-1分支。从核苷酸同源性比较可见,FJ2016株和yk2株核苷酸同源性最高,达98.2%;但与2GK株核苷酸同源性仅为82.4%;与疣鼻天鹅源圆环病毒Sw株(EU056310)核苷酸同源性为73.7%,低于80%。FJ2016株和Go CV-1分支代表株核苷酸同源性在97.3%~98.2%之间,与Go CV-2分支代表株核苷酸同源性在93.1%~93.5%之间。该病例为福建地区首次报道存在鹅圆环病毒感染。     

德州驴朊病毒基因克隆与序列分析

根据已报道正常哺乳动物朊蛋白(PrP)基因序列设计引物,采用PCR法扩增了德州驴的PrP基因,将其克隆到T-Vector。序列测定及分析表明所克隆的德州驴PrP基因片段为767 bp,该基因内无内含子,包含了驴PRNP完整编码区序列,编码256个氨基酸的前体蛋白,推测其分子量约34 ku。通过对德州驴朊病毒核苷酸和氨基酸序列与其他7种动物的比较,我们发现有3个区域变异较大,分别与种属屏障和潜伏期有关。经推测驴的PrP基因型是ARQ型,对羊痒病中度敏感,但是至今没有马属动物感染羊痒病的报道。这为TSE种间传播的突破提供了基础数据。     

内源性绵羊肺腺瘤病毒全基因组序列测定与序列分析

参照内源性绵羊肺腺瘤病毒株enJSRV-20全基因组序列设计合成3对引物,应用PCR技术扩增内源性绵羊肺腺瘤病毒基因片段分别连接pMD-18T载体并测序,完成了内源性绵羊反转录病毒基因组序列测定。分析结果显示,测定序列全长7519bp,与内源性绵羊肺腺瘤病毒代表株enJSRV-20核苷酸同源性为99．4％,与外源性绵羊肺腺瘤病毒代表株AF357971．1的核苷酸同源性为90．4％。基于全基因组序列核苷酸的系统进化发生树分析结果显示,扩增序列与enJSRV-20的亲缘关系最近。     

羊泰勒虫吉林省分离株18S rRNA基因的克隆和序列分析

为分析羊泰勒虫吉林省分离株的18S rRNA基因序列,根据羊泰勒虫18S rRNA基因的保守区序列设计1对引物,对吉林省的绵羊血液基因组DNA进行PCR扩增,结果扩增出长度为459 bp的基因片段,并成功地将该基因克隆到pMD18-T载体。将经纯化、筛选及酶切鉴定和PCR鉴定为阳性的重组质粒进行测序,与已发表的羊泰勒虫基因序列进行比较。序列分析显示,羊泰勒虫吉林省分离株与羊泰勒虫China 1的同源性为100%。     

胸膜肺炎放线杆菌荚膜多糖输出基因部分序列的克隆鉴定、序列拼接和分析应用

用设计的引物对胸膜肺炎放线杆菌1、3、6、9型标准株的荚膜多糖输出部分基因序列进行了扩增，克隆，测序，分别获得4个型的部分cpxDC基因序列和3型的部分cpxD基因序列。对克隆序列和GenBank中已知序列进行序列拼接，分别拼接出1、3、6型的荚膜输出cpxD基因全序列。通过基因序列分析发现，胸膜肺炎放线杆菌1、3、5、6、9型荚膜多糖输出基因已知序列间的同源性很高，达89％～99．88％。1、3、5、6型cpxD基因的推导氨基酸序列间的同源性为93％～99％。在cpxDC基因的保守区内设计出1对种特异性引物，对胸膜肺炎放线杆菌进行鉴定和检测，结果从8个标准型菌株和3株分离株中均扩出约720bp的阳性片段，其他6种能引起猪呼吸道疾病的细菌均呈阴性。所建立的PCR方法最低检出量为10Pg，最适模板量为5ng（50ptL）。试验结果表明，胸膜肺炎放线杆菌不同血清型间的荚膜多糖输出基因存在着高度的保守性。设计出的种特异性引物能用于胸膜肺炎放线杆菌的检测和鉴定。     

马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株囊膜基因的优化及其DNA疫苗体外瞬时表达研究

马传染性贫血病毒(Equine infectious anemia virus,EIAV)的密码子使用频率与哺乳动物间存在着明显差异。为此,对马传染性贫血病毒驴白细胞弱毒疫苗株(DLA-EIAV)囊膜全长基因按照哺乳动物优势密码子的使用原则进行了重新设计和合成,并以此为基础通过重叠延伸PCR、限制酶切等方法得到结合型和分泌型囊膜基因,将其插入含有鸡beta-actin/兔beta-globin复合启动子(AG)的高效表达载体pCAGGS中,构建了EIAV驴白细胞弱毒疫苗株结合型和分泌型囊膜基因的DNA疫苗质粒pCAGGS-opti-bou-env、pCAGGS- opti-sec-env。将构建的质粒纯化后分别转染293T细胞,以间接免疫荧光和Western blot方法检测转染48 h后细胞及上清中囊膜蛋白的表达。结果显示,两种表达质粒均可正确表达EIAV囊膜蛋白,与相对应未优化的表达载体pCAGGS-wt-bou-env和pCAGGS-wt-sec—env相比,密码子优化的基因体外瞬时表达水平有极为显著的提高,而且蛋白表达部位也与预期的结果符合。这一结果为EIAV囊膜蛋白的单抗制备、表位鉴定、免疫试验、新疫苗的开发等奠定了基础。     

黑曲霉3928植酸酶phy基因的克隆及全序列分析

根据GenBank中已注册的黑曲霉基因序列设计了1对引物,通过PCR方法将黑曲霉phy A全基因进行扩增,获得了1条长约1.5 kb的特异性PCR产物,在PMD18 T载体中克隆了黑曲霉3928植酸酶phy A全基因,筛选到2个重组菌落(1#和2#),并进行了全序列测定。序列分析结果表明:2个重组质粒的测序结果完全一致;克隆的片段中含有完整的phy A基因序列,全长1 506 bp,其中含有一段长102 bp的内含子;phyA基因全序列编码467个氨基酸,信号肽位于基因的5′端,长度为19个氨基酸;碱基序列与GenBank中报道的AY513749的同源性为98.87%,编码的氨基酸序列的同源性为97.21%。     

Cloning and sequence analysis of the complementary DNA for feline preproparathyroid hormone

OBJECTIVES: To clone and sequence the cDNA for feline preproparathyroid hormone (preproPTH) and to compare that sequence with other known parathyroid hormone (PTH) sequences. SAMPLE POPULATION: Parathyroid glands from 1 healthy cat. PROCEDURES: A cDNA library was constructed in lambda phage from feline parathyroid gland mRNA and screened with a radiolabeled canine PTH probe. Positive clones were sequenced, and nucleic acid and deduced amino acid sequences were analyzed and compared with known preproPTH and PTH sequences. RESULTS: Screening of approximately 2 X 10(5) recombinant plaques revealed 3 that hybridized with the canine PTH probe; 2 clones comprised the complete sequence for feline preproPTH. Feline preproPTH cDNA consisted of a 63-base pair (bp) 5'-untranslated region (UTR), a 348-bp coding region, and a 326-bp 3'-UTR. The coding region encoded a 115-amino acid peptide. Mature feline PTH consisted of 84 amino acids. Amino acid sequence analysis revealed that feline PTH was > 83% identical to canine, bovine, swine, equine, human, and macaque PTH and 69, 71, and 44% identical to mouse, rat, and chicken PTH, respectively. Within the region responsible for hormonal activity (amino acids 1 to 34), feline PTH was > 79% identical to other mammalian PTH sequences and 64% identical to the chicken sequence. CONCLUSIONS AND CLINICAL RELEVANCE: The amino acid sequence of PTH is conserved among mammalian species. Knowledge of the cDNA sequence for feline PTH may be useful to investigate disturbances of calcium metabolism and alterations in PTH expression in cats.     

伪狂犬病病毒蛋白激酶基因部分序列的克隆和序列测定及转移质粒载体的构建

以伪狂犬病病毒SH株细胞培养物为模板，用PCR方法扩增蛋白激酶(PK)基因部分片段，克隆到pCDNA3中，序列测定显示所扩增的PK基因片段长907bp，与PRVNIA-3株的核苷酸同源性为99．6％。把PK基因克隆到pUCl9上，利用PK基因中间的SalI酶切位点，插入带有绿色荧光蛋白(EGFP)的基因表达盒，构成了含EGFP的转移载体，为今后研究PK基因的功能和构建PK缺失株奠定了基础。     

貉α-卫星DNA的克隆及序列分析

根据蓝狐、银狐及犬口_卫星DNA序列设计引物RSP1和RSP2在貉基因组中经PCR扩增获得5条分子质量大小不同的DNA片段,分别命名为RSP1～RSP5,经克隆及测序获得14个RSP序列;序列分析表明,除RSP4外,同类RSP片段的不同序列的长度差异很小且同源性大于90%,不同种类的RSP片段的长度差异很大,最大为1 815 bp,最小为495 bp,但所有序列的3'端约500 bp序列都具有高度的同源性,大于90%;经Blast检索,所克隆的RSP序列的部分区域与蓝狐、银狐及犬α-卫星DNA序列具有约75%的同源性,证明所克隆的RSP序列为貉α-卫星DNA序列,但其单体大小及亚重复的组成还需进一步研究.