白羽番鸭ApoVLDL-Ⅱ基因内含子1的克隆及其多态与生长、肉质和脂肪性状的关联分析

以10周龄白羽番鸭为材料,对ApoVLDL-II基因内含子1进行克隆和SSCP检测,并分析其多态与生长、肉质和脂肪性状的关系。结果表明:白羽番鸭ApoVLDL-II基因内含子1序列全长1 362 bp,与家鸭和鸡的同源性分别为93.6%和69.2%;经SSCP分析,仅A4位点检测到多态,共3种基因型,序列比对发现在770 bp碱基之后插入/缺失1个AAAATCTTGTTTA序列和803 bp处发生A→G突变,该位点属中度多态,并偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05);关联分析显示,CC基因型个体的pH和胸肌水分显著低于DD基因型的(P<0.05),肌内脂肪(IMF)、血清甘油三酯(TG)和血清胆碱酯酶(ChE)则显著高于DD型的(P<0.05),CD基因型个体的胸肌水分显著低于DD基因型的(P<0.05),其他性状各基因型间的差异均不显著(P>0.05)。由此推测,白羽番鸭ApoVLDL-II基因内含子1的多态可能对肉质和脂肪代谢有着重要影响,CC基因型可能是脂肪沉积的有利基因型。     

PRKAG2基因多态性及其与北京鸭经济性状的关联分析

本研究利用PCR-SSCP及DNA测序技术对334个北京鸭个体已报道的重要能量代谢调控基因——PRKAG2基因进行遗传变异的检测,分析其多态性,并使用SPSS 19.0将北京鸭的经济性状与PRKAG2多态性进行了关联分析。结果表明,在北京鸭PRKAG2基因位点发现1个SNP (A>G),该位点位于PRKAG2基因3'-非翻译区,有3种基因型:AA、AB、BB,其中AA基因型为优势基因型。与经济性状的相关性分析发现,PRKAG2基因的遗传多态性对北京鸭的18日龄重、胸宽有极显著影响(P<0.01),对龙骨长有显著影响(P<0.05),可作为北京鸭分子育种的辅助标记,也可为改善鸭性能提供参考。     

肉牛PRKAG3基因多态性及其与胴体和肉质性状的关联分析

本研究以晋南牛、鲁西牛、西门塔尔、安格斯、海福特、利木赞和夏洛莱7个品种共267头肉牛为试验材料,采用PCR-RFLP技术检测PRKAG3基因多态性,找到了PRKAG3基因DNA序列中的2个突变位点T2643C和T2885C(DQ082736),同属第4内含子.2个基因多态性位点与肉牛胴体和肉质共9个性状的关联分析表明:PRKAG3基因T2885C变异位点的3个基因型间嫩度性状差异显著(P<0.05),CC基因型最dx-乘均值显著低于CD和DD基因型最dx-乘均值.本研究结果可为肉牛肉质性状标记辅助选择提供依据.     

鸭脂蛋白脂酶基因内含子5多态性及其与肉质和脂肪性状的关联分析

根据鸡脂蛋白脂酶(LPL)基因序列设计引物对樱桃谷鸭和苏牧麻鸭LPL基因内含子5进行PCR-SSCP检测,并分析其多态对肉质和脂肪性状的遗传效应.结果表明,检测到3种基因型:AA、AB和BB,1个双碱基突变:243～244 bp(TA→AT),2个SNP:G265A和G269A;该座位在2个群体中均为中度多态,并偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),基因型分布差异显著(P<0.05);在樱桃谷鸭群体中,AB型个体的pH值显著高于从型,失水率显著高于BB型(P<0.05);苏牧麻鸭中AB型个体的总胆固醇显著高于从和BB型个体(P<0.05).     

鸡CAPN1基因3'-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3'-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性.结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体.经x2检验,群体处于Hardy-weinberg非平衡状态(P＜0.05).CAPN1基因3'-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P＜0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P＞0.05).     

绵羊MyoG基因外显子1的多态性及其与肉质性状的关联分析

肌细胞生成素（myogenin,MyoG）基因在肌细胞分化过程中起着中心调节作用,直接影响着动物的产肉能力。本研究以大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、兰州大尾羊、蒙古羊、同羊6个绵羊品种为试验材料,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测MyoG基因外显子1的多态性,并与绵羊的肉质性状进行关联分析,探讨MyoG基因外显子1对绵羊肉质性状的影响。结果表明,MyoG基因外显子1在6个绵羊群体中均检测到3种基因型（AA、BB、AB）和2个等位基因（A、B）,在小尾寒羊、大尾寒羊、豫西脂尾羊、兰州大尾羊、蒙古羊、同羊群体中检测到MyoG基因外显子1的A等位基因频率分别为：0.5167、0.2500、0.4375、0.6500、0.5750和0.7125,MyoG基因外显子1的B等位基因频率分别为：0.4833、0.7500、0.5625、0.3500、0.4250和0.2875。MyoG基因外显子1主要对羊肉的水分和色泽有影响,主要表现为BB基因型水分极显著高于AB基因型（P< 0.01）,显著高于AA基因型（P< 0.05）;AB基因型的色泽极显著高于BB基因型（P< 0.01）,显著高于AA基因型（P< 0.05）。     

5个鸭品种MyoD基因外显子1的多态性及其与屠宰性状的关联分析

本实验采用PCR-SSCP方法研究了5个鸭品种(奥白星分割型肉鸭、北京鸭、金丽鸭、樱桃谷鸭SM3型、奥白星76型肉鸭)共148个个体MyoD基因外显子1的多态性,并分析基因位点多态性与鸭屠宰性状的相关性。结果表明:有1对引物检测到多态,在外显子1编码区内检测到1个突变位点C 201G,该位点C→G的突变引起组氨酸/谷氨酰胺的改变;检测到M M、M N 2种基因型,M M型为优势基因型,但5个群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态;不同基因型对鸭的腿肌率性状的影响差异极显著(P<0.01),5个品种鸭M N型个体的腿肌生长速度相对M M型个体更为迅速,表明M N基因型可作为腿肌选择的分子标记。     

鸡CAPN1基因3′-UTR多态性及其与肉质性状的关联分析

试验利用PCR-SSCP技术对寿光鸡CAPN1基因3′-UTR的多态性进行了检测,并进一步分析了其与肉质性状的相关性。结果显示,在寿光鸡群体中检测到AA、AB 2种基因型,基因型频率分别为0.43、0.57,AB为优势基因型;A、B等位基因频率分别为0.715、0.285,A为优势等位基因;群体中未检测到BB基因型个体。经χ2检验,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P0.05)。CAPN1基因3′-UTR的多态性对胸肌pHu、腿肌pHu、肌内脂肪含量和胸肌剪切力有显著性影响(P0.05);对腿肌剪切力、失水率、胸肌蒸煮损失和腿肌蒸煮损失无显著性影响(P0.05)。     

中国草原红牛PDK4基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】 研究中国草原红牛丙酮酸脱氢酶激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4）基因多态性与肉质性状的关系。【方法】 挑选120头中国草原红牛为研究对象,采用Sanger测序法检测PDK4基因第1~11外显子的单核苷酸多态性（SNP）位点,分析SNP位点的基因型频率、基因频率及群体遗传参数等。利用SPSS 21.0软件对中国草原红牛PDK4基因SNP位点多态性与肉质性状（熟肉率、肉嫩度、失水率、pH、滴水损失、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量）进行关联分析。【结果】 在中国草原红牛PDK4基因外显子8和外显子11上共检测到3个SNPs;PDK4基因第8外显子57 bp处存在1个SNP位点（G57C）,且引起编码氨基酸的改变,存在GG、GC和CC 3种基因型;PDK4基因第11外显子在330和389 bp处存在2个SNPs位点（G330T和C389T）,在G330T位点上存在GG、GT和TT 3种基因型;在C389T位点上存在CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验结果显示,中国草原红牛第8外显子G57C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05）,第11外显子的G330T和C398T符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;群体遗传参数分析发现,第8外显子G57C突变位点属于低度多态性位点（PIC<0.25）,等位基因数为1.1429,表明其在中国草原红牛中的变异较小;第11外显子G330T和C398T属于中度多态性位点（0.25<PIC<0.5）,等位基因数分别为1.6431和1.6447,说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明,PDK4基因第8外显子中G57C位点GG和CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GC基因型（P<0.05）;第11外显子G330T位点GG基因型滴水损失和初水分量显著高于GT基因型（P<0.05）;GG基因型肉嫩度显著高于TT基因型（P<0.05）;GT基因型肌内脂肪含量显著高于TT基因型（P<0.05）,C389T处CT基因型失水率显著低于TT基因型（P<0.05）。【结论】 PDK4基因多态性与中国草原红牛肉质性状相关,可作为肉质性状的候选基因。     

SIRT3基因多态及其与德州驴生长性状的关联分析

[目的]旨在探讨SIRT3基因多态与德州驴生长性状之间的关系,寻找与不同性别的德州驴体尺性状相关的分子标记.[方法]本研究采用质谱分型方法检测190头健康成年德州母驴及214头德州公驴SIRT3基因的多态性,分析其多态位点不同的基因型与不同性别德州驴生长性状的关联性.[结果]结果发现,SIRT3基因扩增序列区间存在2个...     

RasGRP1基因多态与苏淮猪体尺性状关联分析

苏淮猪是我国培育的一个优良品种,具有肉质好、抗逆性强等优良特性,但生长相对较慢,瘦肉率偏低,导致养殖效益偏低,改良其体型、生长等性能指标对苏淮猪的推广具有重要意义。该实验中首先测量了354头苏淮母猪的部分体尺,对其体尺性状进行了表型相关分析。性状相关分析结果表明苏淮母猪体长与体高、胸围、腹围、管围极显著相关(P0.01);体高与体长、胸围、腹围、腿臀围极显著相关(P0.01);胸围与体长、体高、腹围、腿臀围极显著相关(P0.01);腹围与体长、体高、胸围、腿臀围极显著相关(P0.01);管围与体长极显著相关(P0.01);腿臀围与体高、胸围、腹围极显著相关(P0.01)。利用网上已有的猪基因组测序数据,对RasGRP1基因进行了选择信号分析,结果表明RasGRP1基因在西方猪种中受到高强度选择。通过对RasGRP1基因启动子区域G/A多态位点进行PCR-RFLP分型,结果表明,在苏淮母猪群体中存在多态,其中A等位基因频率为0.672 3,为优势等位基因;关联分析结果显示RasGRP1基因G/A多态与苏淮母猪体高呈显著关联(P0.05),与管围关联接近显著(P=0.054 8)。其中,AG型个体的体高及管围性状均值均高于GG型个体(P0.05),但AA和GG个体间差异不显著(P0.05),这表明该位点对体尺性状的效应主要是由非加性效应导致的。该实验结果为苏淮母猪种质特性研究提供了基础数据。     

绵羊CLPG和MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在探究CLPG(Callipyge)与MSTN(Myostatin)基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,调查与绵羊生长性状相关的分子遗传标记。本试验以133只澳洲白羊×杜泊羊×湖羊杂交绵羊为研究对象,利用PCR产物直接测序及PCR-RFLP技术检测CLPG与MSTN基因的单核苷酸多态性,然后通过SPSS22.0软件GLM统计模型分析多态位点不同基因型及聚合基因型与绵羊生长性状的关联性。测序结果表明,CLPG基因STS序列232bp处检测到C→T突变位点C1,MSTN基因3'UTR区检测到G→A突变位点M1。PCR-RFLP分析显示,C1位点表现为2种基因型:CC和CT;M1位点表现为2种基因型:GG和GA。关联分析表明,C1位点与绵羊背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01),M1位点与绵羊体重、管围、背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01)。聚合基因型对体重、背膘厚和眼肌面积影响极显著(P<0.01)。研究揭示CLPG与MSTN基因多态性及其聚合基因型对绵羊生长性状具有显著影响,C1和M1位点可以考虑作为绵羊生长性状的有效遗传标记。     

荷斯坦牛GHR基因多态与产奶性状关联分析

本研究采用PIRA-PCR和RFLP方法检测了1 145头中国荷斯坦牛生长激素受体基因(GHR)外显子8的F279Y多态位点及其与产奶性状的关联性.关联分析结果表明该突变位点与305天产奶量(P<0.01)、乳脂率(P<0.05)和乳蛋白率(P<0.01)关联显著.Bonferroni t检验多重比较结果显示:基因型TT和AT在305天产奶量和乳脂率上差异显著(P<0.05);基因型TT和AT在乳蛋白率上差异极显著(P<0.01);基因型TT和AA在乳蛋白率上差异显著(P<0.05).A等位基因对乳蛋白率的加性效应为-0.025 8%(P<0.01);产奶量和乳蛋白量的显性效应分别为-214.005(P<0.01)和-5.515 kg(P<0.05);乳脂率和乳蛋白率的等位基因替代效应分别为-0.047 5%(P<0.05)和-0.029%(P<0.01).因此,T等位基因是提高乳成份的优势等位基因,A等位基因是提高产奶量的优势等位基因.本研究表明GHR基因的F279Y突变可望应用于我国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择育种.     

鸭胸肌肉色性状全基因组关联分析

试验旨在利用全基因组关联分析（GWAS）定位影响鸭胸肌肉色性状的候选基因及分子标记,探究肉色性状的遗传基础。本研究中,共测定了555只北京鸭×野鸭F2代资源群体的3种胸肌肉色性状（包括红度a^*、黄度b^*、亮度L^*）。利用北京鸭×野鸭F2代资源群体胸肌肉色性状数据并结合全基因组重测序数据进行全基因组关联分析,检测影响胸肌肉色性状的相关基因及可能的因果变异位点。结果显示,肌肉亮度L^*、红度a^*、黄度b^*均属于低遗传力性状,遗传力分别为0.23、0.12、0.13,且肌肉黄度b^*变异系数较大（26.18%）。通过相关性分析可知,肌肉黄度与红度存在较强正表型相关（r=0.52）,肌纤维直径与肌肉黄度存在弱负相关性（r=-0.16）。利用混合线性模型进行GWAS,发现了1个SNP与肌肉黄度b^*潜在显著关联（-log₁₀ P=8.28）。对最高效应SNP进行连锁不平衡检验,发现42个SNPs与最高点SNP存在高相关性（r²>0.4）,这些SNPs位于9号染色体0.37~0.43 Mb之间,区间中共包含7个基因。通过转录组测序数据分析,发现只有5个基因在胸肌组织中表达。对这5个基因进行功能注释,确定硒蛋白T（SELENOT）基因为影响肌肉黄度的候选基因。该结果为解析鸭胸肌肉色性状和提高鸭肉品质的遗传改良提供重要参考。     

猪IGFBP2基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

本研究旨在调查猪胰岛素样生长因子结合蛋白2基因(IGFBP2)潜在的变异与胴体性状和肉质性状之间的关系。IGFBP2是IGFBPs家族的一员,定位在猪15号染色体上。本研究利用PCR-MspⅠ-RFLP方法对该基因第二内含子g.171CT(Gen Bank Accession No.BV727778)进行了单核苷酸多态性(SNP)检测,在382头大白×梅山猪F2代猪群体中关联分析。结果发现该位点与背膘厚、眼肌高、眼肌宽、骨率等性状呈极显著相关(P0.01),与眼肌面积、肥肉率、瘦肥比、花油、色值(LD)和色值(BF)等性状呈显著相关(P0.05)。结果表明IGFBP2基因型与胴体和肉质性能存在一定程度的显著关联,是潜在的影响猪胴体和肉质性状的候选基因。     

湘村黑猪sirt2基因多态性及其与肉质性状的关联分析和组织表达研究

本研究旨在探索沉默信号调节子家族(silent information regulator 1-7,SIRT1-7)sirt2基因在湘村黑猪不同组织间的表达及其多态性与肉质性状间的关联性,以期寻找与湘村黑猪肉质性状相关的分子标记。采用PCR-RFLP方法和基因测序技术对湘村黑猪sirt2基因多态位点进行分析,采用实时荧光定量PCR技术对sirt2基因在湘村黑猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰腺、后腿肌和背最长肌8个组织中的相对表达量进行分析,利用SAS 9.4软件对sirt2基因突变位点不同基因型与肌肉色值、pH_(45 min)、pH_(24 h)、滴水损失、失水率、肌内脂肪、嫩度和眼肌面积进行关联分析。结果显示,在湘村黑猪sirt2基因第8外显子扩增片段中的240 bp处发现1处C→T碱基突变,编码氨基酸由精氨酸(Arg)变为半胱氨酸(Cys),为错义突变,并形成CC、CT和TT 3种基因型,CC基因型为优势基因型,C为优势等位基因,经χ~2检验表明该突变位点偏离哈代-温伯格平衡;该位点群体纯合度较高,有效等位基因数为1.301,多态信息含量为0.205,为低度多态(PIC<0.25)。基因多态性与肉质性状关联分析结果表明,TT基因型肉色L~*值和滴水损失显著低于CC和CT基因型(P<0.05),CC基因型失水率显著高于CT和TT基因型(P<0.05)。sirt2基因在湘村黑猪8个组织中均有表达,其中在背最长肌中相对表达量最高,与肺脏中表达量差异不显著(P>0.05),但显著高于心脏、肝脏、脾脏、肾脏、胰腺和后腿肌(P<0.05),且心脏、肝脏、脾脏、肾脏和胰腺中相对表达量差异均不显著(P>0.05)。本试验结果表明,sirt2基因对湘村黑猪肉质性状的发育有一定影响,可作为影响湘村黑猪肉质性状的候选基因进行深入研究。     

鸭催乳素基因外显子5多态性与就巢性状的关联分析

将番鸭不同就巢群体(就巢1月群、就巢2月群、就巢3月群)、番鸭非就巢群和白改鸭群体作为试验材料,采用PCR-SSCP技术研究番鸭不同就巢群体、番鸭非就巢群和白改鸭5个群体250个个体催乳素(PRL)基因第5外显子多态性及其与就巢性状之间的相关性。结果表明:外显子5片段编码区发现3个SNP位点,位于5871bp(G/A)、5926bp(A/G)和6029bp(C/T)处,其中5871bp(G/A)与5926bp(A/G)处氨基酸序列均改变,分别为I→V和R→K。统计多态片段的基因型频率和基因频率,并对5个试验鸭群间基因频率作差异进行显著性分析,番鸭非就巢群体与各就巢群体间差异显著(P<0.05),同时番鸭与白改鸭差异极显著(P<0.01)。     

肌细胞生成素基因多态性与泸宁鸡生长性状的关联研究

本研究旨在探讨肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性与泸宁鸡生长性状的关联性.采用PCR-SSCP和DNA测序技术,对泸宁鸡MyoG基因5'调控区的多态性进行检测.结果表明,泸宁鸡MyoG基因5'调控区存在4个多态位点(A153G、A267G、A446G和C612T).在153 bp处存在A/G突变,形成3种基因型(AA、AG和GG),其中AA基因型肝脏重显著高于AG、GG基因型(P <0.05).在446 bp处存在的A/G突变,形成3种基因型(AA、AG和GG),该位点GG基因型屠宰率显著高于AA、AG基因型(P <0.05),AG、GG基因型胸肌率显著高于AA基因型(P <0.05).以上结果显示,MyoG基因5'调控区的多态性与泸宁鸡肝脏重、屠宰率、胸肌率有一定的关联性,可作为泸宁鸡相应生长性状的候选基因.     

大河乌猪钙蛋白酶抑制蛋白基因、脂肪细胞定向和分化因子1基因多态性及其与肉质性状的关联分析

利用PCR-RFLPs技术研究大河乌猪脂肪细胞定向和分化因子1(ADD1)、钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)的遗传酶切多态性及其与肉质性状的关联性。结果表明,在CAST基因的MspI-RFLP位点上C等位基因的频率为0.617 3,高于D等位基因的频率;HinfI-RFLP位点上B等位基因为0.512 3,高于A等位基因的频率;在RsaI-RFLP位点上E等位基因的频率为0.506 2,高于F等位基因的频率。在ADD1基因的Eam1104 I-RFLP位点上,等位基因H的频率为0.598 8,高于T等位基因的频率。在对大河乌猪CAST基因与肉质性状的关联分析中,在HinfI-RFLP位点上,肌内脂肪含量AA型与BB型差异显著(P<0.05);肉色评分BB型>AB型>AA型,各基因型间差异显著(P<0.05),失水率AA型显著高于AB型和BB型(P<0.05),贮存损失AA型与AB型差异显著(P<0.05);在MspI-RFLP位点上,失水率DD型显著高于CC型和CD型(P<0.05);在ADD1基因的Eam1104I-RFLP位点上,肌内脂肪含量HH型显著高于HT和TT型(P<0.05),失水率HH型显著高于HT型(P<0.05)。ADD1基因与CAST基因确实与猪的肉质性状存在一定的关联。     

芦花鸡PRKAG3基因单核苷酸多态性及与肉质性状的相关性分析

为研究芦花鸡PRKAG3基因的多态性及与肉质性状相关性,采用PCR-SSCP方法检测PRKAG3基因外显子11的遗传多态性。结果检测到TT、TG和GG三种基因型,测序结果证实在2832位点存在T→G突变,为有意突变,统计分析表明,此多态位点与芦花鸡呈显著相关,pH值为GG基因型极显著低于TG基因型和TT基因型(P<0.01),而TG基因型显著低于TT基因型(P<0.05);其它肉质性状在不同基因型间差异不显著。此结果提示,PRKAG3基因对芦花鸡pH值具有较大的遗传效应,可以初步推断PRKAG3是控制这一性状的众多基因之一,可能是影响芦花鸡pH值的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育芦花鸡pH值的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。