SSCP技术用于牛mtDNA多态性检测的可行性研究

采用SSCP方法对523头牛线粒体DNA的D-loop序列和12S rRNA基因序列进行多态性研究，再结合DNA直接测序技术发现D-loop序列的SSCP结果与直接测序结果不相符，而12S rRNA的SSCP检测结果与测序结果相同，结果发现对于高变异率片段如线粒体DNA D-loop片段，不适合用 SSCP方法进行多态分析；而对于比较保守的片段，如12S rRNA片段适合用SSCP进行多态性分析。     

应用线粒体DNA指纹分析牛群体亲缘关系的研究

线粒体DNA指纹是指线粒体DNA控制区内的高变异区碱基突变导致的多态、重复序列数目的变异导致的异质型多态和分子长度多态。试验根据牛线粒体DNA非编码区D-loop环全长序列和编码区细胞色素B(Cyt B)基因部分序列,研究在日本黑牛和延边黄牛、鲁西黄牛群体中碱基由于发生倒换、颠换、插入、缺失形成的DNA多态性。结合生物信息学方法分析,发现在15头日本黑牛群体中489号个体D-loop全序列存在44处特异性位点,日本黑牛489号和120号Cyt B部分序列存在4处特异性位点。构建分子进化树结果表明:日本黑牛和延边黄牛存在较近的亲缘关系;日本黑牛489号、120号个体与鲁西黄牛中D-loop单倍型H18、H19、H21有较近的亲缘关系,120号Cyt B的单倍型又与鲁西黄牛共享1个单倍型Hap4,120号与鲁西黄牛存在更近的亲缘关系。     

家养动物线粒体DNA最新研究进展

线粒体DNA多态性研究对于了解家养动物的驯化历史十分重要.本文对家猪、黄牛、水牛、马、驴、绵羊、山羊与家鸡的线粒体DNA多态性最新研究进展作了总结.通过mtDNA D-loop研究,发现家养动物都是通过野生动物多次驯化而来,可能有多个驯化地点,表现出复杂的驯化历史.     

崇仁麻鸡mtDNA D-loop区遗传结构与遗传多样性分析

为研究崇仁麻鸡线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区遗传多样性和遗传结构，试验采用PCR产物直接测序的方法，测定崇仁麻mtDNA D-loop区的全序列，并与其他5个红色原鸡亚种进行系统进化关系分析。结果显示：30个样本的mtDNA D-loop区序列长度范围为1 231～1 232 bp，共发现27个多态位点，单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异（K）数值分别为0.947、0.006 89和8.476。群体中16种单倍型划分为A、B、C和E单倍型类群。研究表明，崇仁麻鸡具有较高的线粒体遗传多样性，可能来源于不同的母系。     

中国部分山羊品种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析

分析了中国部分本地山羊品种(18个品种200个体)以及在中国饲养的引入品种(4个品种25个体)线粒体DNA控制区(D-loop)的全序列,结合已报道的世界其它地方的山羊(15个品种77个体)以及2只野山羊的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列共304个体,研究结果表明:山羊线粒体DNA控制区约为1 212 bp,检测到228个变异位点,203种单倍型,单倍型多样度为0.993±0.001;核苷酸多样度0.018±0.001。中国部分山羊的变异类型主要为类型A和B,而在巴基斯坦山羊中还检测到类型C和D。比较分析结果表明中国山羊遗传多样性和基因交流比中国黄牛品种要高。     

青海省祁连牦牛的母系遗传多样性及群体遗传结构分析

为明确青海省祁连牦牛的母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成及母系遗传背景,本研究对33头祁连牦牛的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定,结合Genbank中已报道的22条祁连牦牛D-loop区序列,用BioEdit7.2.5、Arlequin3.11和Mega5等生物信息学软件对共计55条序列进行综合分...     

新疆野生盘羊mtDNA D-loop序列的多态性

根据GenBank中3条羊亚科动物线粒体DNA全序列设计并合成1对引物,成功扩增了新疆天山亚种野生盘羊线粒体(mtDNA)控制区(D-loop)全长序列片段,并进行序列分析。结果显示,1号和2号盘羊mtDNA D-loop序列全长分别为1 070,1 169 bp;在检测的2个个体上共发现73个突变位点,其中有7个插入,50个转换,11个颠换,5个缺失,表明碱基的替换有明显偏倚;1号和2号新疆天山亚种野生盘羊mtDNA D-loop区核苷酸突变位点分别为35个和38个,核苷酸变异率分别为3.27%和3.25%。这一结果表明,新疆天山亚种野生盘羊群体线粒体D-loop区存在着丰富的多态性,同时进一步说明了我国新疆野生盘羊遗传资源比较丰富。     

四川黄牛品种线粒体DNA 遗传多样性研究

测定了四川黄牛5个品种的线粒体细胞色素b部分片段（420bp）42个个体以及28个个体线粒体DNA控制区（D-loop）的全序列，结合已报道的中国8个黄牛品种22个个体的线粒体DNA控制区（D-loop）全序列，分析结果表明：四川黄牛的部分Cytb基因片段有5个变异位点，7种单倍型可分为以2个单倍型为主的2大类型；线粒体DNA控制区检测到64个变异位点，28种单倍型，单倍型H1～H23为普通黄牛类型，单倍型H24～H28为瘤牛类型的单倍型。在四川黄牛中，67．86％为普通牛类型，32．14％为瘤牛类型。研究结果表明四川黄牛主要有2类母系来源。     

东北民猪线粒体DNA D-loop遗传多样性与母系起源研究

为了保护东北民猪的遗传资源,对东北地区民猪群体进行线粒体DNA D-loop遗传多样性进行了调查,本研究对30头东北民猪的线粒体D-loop区部分序列(697 bp)进行扩增和测序,共检测到7个变异位点,界定了8种单倍型,核苷酸多样度(Pi)及单倍型多样度(H)分别为:0.217和0.789。结合已收录的30个亚欧猪种的线粒体D-loop序列,采用最大似然法构建的分子进化树明显分为欧洲与亚洲2个主要类群,民猪的8个单倍型都聚在亚洲分支上,并与莱芜黑猪及沂蒙黑猪较为接近,表明民猪是多母系起源群体,主要来自山东地区的华北型黑猪种群。     

重庆本地山羊资源——铜梁麻羊的分子系统学分析

为了分析铜梁麻羊线粒体DNA(mtDNA)D-loop区遗传多样性,鉴别其是否为一个新的山羊遗传资源,试验采用生物信息学方法,对8只铜梁麻羊线粒体D-loop区序列和川渝13个山羊品种的线粒体D-loop区共88条序列一起进行了分子系统学分析。结果表明:铜梁麻羊线粒体D-loop区序列为1 212 bp,共发现39个变异位点,共定义出4种品种特有单倍型,其核苷酸多样度为0.015±0.010,单倍型多样度为0.700±0.008;品种间的遗传距离显示,铜梁麻羊与成都麻羊、黔北麻羊的遗传距离较大;聚类分析显示,铜梁麻羊与成都麻羊和黔北麻羊同在一个支系,但亲缘关系较远。说明铜梁麻羊在外貌和基因层次上均与现有的麻羊品种有明显的区别,很可能是一个新的山羊类群,值得进一步保护和开发。     

天水乌鸡线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析

试验旨在通过研究天水乌鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop序列的遗传多样性,确定天水乌鸡品种资源价值,从而进行保护和利用。随机抽取50只乌鸡血样,采用PCR和直接测序的方法测定天水乌鸡mt DNA D-loop序列。结果:在天水乌鸡mt DNA D-loop区中发现17个变异位点,10种单倍型;检测片段的G+C含量为47.60%,A+T含量为52.40%;单倍型多样度为0.876±0.023,核苷酸多样度为0.01654±0.01140;在NJ系统发生树上,天水乌鸡大致分为两大支,说明具有2个血统来源。研究表明:天水乌鸡的遗传多样性较为丰富,并且在其进化过程中应存在多个母系来源。     

斑嘴鸭线粒体全基因组序列测定及分析

根据斑嘴鸭(Anas poecilorhyncha)同属近缘物种绿头鸭(Anas platyrhynchos)线粒体基因组(mt DNA)序列设计引物,采用直接测序技术对斑嘴鸭mt DNA全序列进行综合分析。结果显示,斑嘴鸭mt DNA序列全长16 606 bp,包含22个tRNA、2个rRNA基因、13种蛋白质编码基因和1个D-loop区。碱基组成T为22.2%,C为32.8%,A为29.2%,G为15.8%,无明显的AT偏好性,22种tRNA都为典型的三叶草结构。参照棕头鸦(Larus brunnicephalus)、黑尾地鸦(Podoces hendersoni)的12S rRNA,对斑嘴鸭12S rRNA的二级结构进行预测,结果其含有4个结构域,37个茎环。对D-loop控制区序列分析发现含有goose hairpin,E-box,F-box,D-box,Bird similarity-box及CSB1-box。并以原鸡作为外群,采用N-J算法和ML算法,基于mt DNA全序列及D-loop区分别构建系统进化树,发现3个家鸭品种与绿头鸭亲源关系较近。     

略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

为了研究略阳乌鸡线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）的遗传多样性和起源,本研究对30只略阳乌鸡样品的mtDNA D-loop全序列进行了PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的其他鸡的D-loop区序列,分析略阳乌鸡线粒体多态性及其起源。结果表明,略阳乌鸡mtDNA D-loop区全序列中,A、C、G、T平均含量分别为26.6%、26.6%、13.4%和33.4%,26个核苷酸多态位点均为转换位点,核苷酸多样度（Pi）为0.00705,单倍型变异度（Hd）为1.000,中性检验Tajima's D值为-0.47272。通过群体构建的系统进化树发现,略阳乌鸡样品在系统进化树上聚为4大分支。研究结果表明,略阳乌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示略阳乌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

浙江省本地及引进鹅种遗传多样性研究

本研究利用PCR和DNA克隆测序技术扩增并分析了浙江省5个地方鹅种和1个引进家鹅品种96个个体的线粒体DNA D环区(D-loop)全序列。结果表明:浙江省境内的家鹅线粒体DNA D-loop全序长为1 166～1 179 bp,共发现89个变异位点,定义了36种单倍型,群体总核苷酸多样度达到了0.007 25,单倍型多样度为0.862,说明鹅群的遗传资源较为丰富,其中磐石灰鹅的遗传多样性最丰富,朗德鹅的遗传多样性最匮乏,而且没有发现朗德鹅与其他本地鹅种之间的显著差异。同时,个体聚类图中同品种内的个体没有聚在一起,说明浙江省鹅品种的母系来源比较混杂,品种选育偏重于父系,应同时结合基因组水平对其遗传结构进行分析。     

温州水牛线粒体DNA D-loop遗传多态性分析

以30头温州水牛为研究对象,对每个个体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区915bp全序列进行了分析研究,结果共检测到14种单倍型,50个核苷酸多态位点,其中出现核苷酸转换48个,颠换2个.温州水牛mtDNAD-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0184,单倍型多样度(H)为0.8575,表明温州水牛线粒体DNA遗传多样性丰富.NJ聚类分析表明,温州水牛有2个母系起源.     

安宁果下马线粒体DNA D-loop序列的初步分析

为了解安宁果下马线粒体DNA(mtDNA)的序列特点,试验采用普通马mtDNA序列设计PCR引物,对4匹安宁果下马的mtDNA D-loop区进行扩增的方法,得到mtDNA D-loop区的全序列。结果表明:4匹马mtDNA D-loop区的平均核苷酸变异率为2.67%,核苷酸变异位点较多,变异类型包括颠换、转换、插入、缺失4种形式,其中转换最普遍;检测到重复序列(GTGCACCT)的数量为24个,不同于其他马种。4匹安宁果下马个体间mtDNA D-loop区差异较大,表明其mtDNA D-loop区丰富的多态性。     

宁乡猪线粒体DNA全基因组研究

本研究通过聚合酶链式反应法测定了宁乡猪全线粒体基因组序列(GenBank收录号:KF472178),结果表明,线粒体DNA的总长度为16690bp,其组成为34.70%A、25.81%T、26.18%C、13.30%G,均为富A+T(60.52%)。它包含了典型的线粒体DNA结构,包括2个核糖体RNA基因、13个蛋白质编码基因、22个转移RNA基因和1个非编码控制区域(D-loop区域)。这些基因的排列方式与长白猪相同。其中除了ND2、ND3、ND4L和ND5的起始密码子是ATA,ND6是ATT,其他蛋白质的起始密码子均为ATG。宁乡猪线粒体全基因组序列为进一步研究其种质特性遗传机制奠定了基础。     

青海藏猪与八眉猪遗传多样性研究

为调查青海藏猪与八眉猪遗传资源,本研究测定了青海藏猪与八眉猪线粒体DNA D环(mt DNA)高变区核苷酸序列。结果表明:青海藏猪与八眉猪mt DNA D-loop高变区存在14个多态位点,其中有5个单一多态位点和9简约信息位点,根据多态位点界定了14个单倍型,其中6个是青海藏猪和八眉猪所共享,且各自有4个特有单倍型。由于自然条件下产生的突变类型积累的缘故,青海藏猪保持了相对较高的遗传多样性,而可能由于瓶颈效应与人工选择影响,八眉猪的遗传多样性较低。系统发育揭示八眉猪和藏猪是两次不同的驯化事件的结果。     

中甸牦牛mtDNA D-Loop区遗传多样性及系统进化分析

根据牦牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得了中甸牦牛线粒体D-loop区全序列,并以山羊为外属对牛亚科部分牛种(野牦牛、九龙牦牛、麦洼牦牛、西藏牦牛、天祝牦牛、青海牦牛、大通牦牛、美洲野牛、欧洲野牛、印度野牛、亚洲水牛和普通牛)的mt DNA D-loop序列进行了系统进化分析,以期了解中甸牦牛的遗传多样性,从而为中甸牦牛遗传资源的保护、开发和利用奠定理论基础。结果表明:(1)中甸牦牛线粒体D-loop区序列长在890~910 bp之间,T、C、A、G四种碱基的平均含量分别为28.78%、24.41%、32.34%和14.47%,存在一定的碱基组成偏倚性;(2)中甸牦牛共有13种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.983 3,平均核苷酸多样性(Pi)为0.005 34,遗传多样性较为丰富;(3)中甸牦牛与已知牛种mt DNA D-loop区序列双参数距离显示,其与麦洼牦牛距离最小(0.006),与亚洲水牛距离最大(0.179);(4)系统进化分析显示,中甸牦牛是我国众多家牦牛类群中的一支,与麦洼牦牛聚为一类,推测其可能与麦洼牦牛因地理位置存在基因交流,由共同祖先进化而来。     

牦牛线粒体DNA D-loop区序列测定及其在牛亚科中分类地位的研究

根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,获得了九龙牦牛线粒体D-loop区全序列,并以羊亚科绵羊属绵羊作为外类群利用D-loop区序列对牛亚科代表性物种（牦牛、野牦牛、普通牛、瘤牛、美洲野牛、欧洲野牛和亚洲水牛）进行了系统发育分析。结果发现：牦牛线粒体DNA D-loop区序列全长893 bp,与普通牛源序列的同源性为87.4%,其中有17个碱基的缺失;在牛亚科内,牦牛、野牦牛与美洲野牛（美洲野牛属）间的序列差异百分比最小,为6.2%～6.8%,而与牛属中普通牛、瘤牛间的序列差异百分比较大,为10.0%～11.3%;系统发育分析发现：牦牛、野牦牛首先与美洲野牛聚为一类,说明牦牛、野牦牛与美洲野牛属间的遗传相似性较高、亲缘关系较近,而与牛属间的遗传相似性较低、亲缘关系较远;结合古生物学、形态学、分子生物学的证据,支持将牦牛、野牦牛划分为牛亚科中一个独立属即牦牛属的观点。