72份猕猴桃种质基于SSR标记的聚类分析及指纹图谱构建

利用SSR分子标记对来源于江西省奉新县和信丰县的72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定基础。结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物(FOR1、FOR7、FOR8、FOR16、A124和A059)可以完全区分供试种质,6对引物共检测出70个等位基因;每对引物可检测到等位基因数9～17个,平均每个SSR条带能检测到11.7个等位位点;各对引物所得的多态性信息含量(PIC)在0.792～0.904之间,平均为0.828。供试种质的遗传距离的范围为0.029～0.329,平均遗传距离为0.176。在相似系数0.087的水平上,供试种质可分为六大类。利用筛选出的6个SSR引物在72份供试猕猴桃种质上获得的多态信息,每份种质均得到唯一的DNA指纹图谱。     

基于SSR标记的42份樱花品种的聚类分析及DNA指纹图谱构建

通过14对SSR引物基于UPGMA法对42份樱花品种进行聚类分析,并采用引物和基因型组合法构建DNA指纹图谱。结果表明：14对SSR引物共检测出187个等位基因,每对引物平均13.36个,有效等位基因平均6.10个,观察杂合度平均0.31,期望杂合度平均0.80,Shannon’s信息指数平均2.01,多态信息含量平均0.77;共检测出219个基因型,平均15.64个,平均区分率为22.11%。在Dice遗传相似系数约为0.18处时可分为3组,A组主要是山樱系、豆樱系和江户彼岸樱系的品种,B组是钟花樱系的品种,C组中只有尾叶樱;当Dice遗传相似系数约为0.37时,除八重红枝垂樱外,A组又可以分为6个小组。采用引物和基因型组合法构建了42份樱花品种的DNA指纹图谱,为今后樱花品种资源的分子鉴定提供依据。     

基于SSR标记的芡实遗传多样性分析及指纹图谱构建

为进一步明确我国芡实种质资源的遗传背景,采用SSR标记扩增和籽粒品质性状测定,对10份芡实材料进行了遗传多样性分析。基于10对SSR引物对10份芡实材料的扩增及检测结果,共获得29个位点,其中28个具有多态性,多态百分率为96.6%,品系间Nei&Li相似系数平均值为0.580 3,以相异系数0.57为阈值可将所有材料分为4组;基于籽粒品质性状测定结果,品系间欧式遗传距离平均值为4.057 5,以欧氏遗传距离3.50为阈值可将所有材料分为3组。试验结果明确了现有芡实材料之间的遗传距离,构建了芡实种质资源DNA指纹图谱。     

西州密系列甜瓜SSR指纹图谱构建及聚类分析

为利用SSR标记技术建立西州密系列甜瓜品种的DNA指纹图谱,实现快速准确地鉴定品种.利用18份西州密系列甜瓜品种(系)对73对甜瓜SSR引物进行筛选,获得9对扩增稳定、呈共显性、条带清晰、多态性好的引物,其中每对引物可检测到3～6个等位变异,平均4.33个;多态性信息含量(PIC)平均值为0.45,变化范围为0.20～...     

郑抗系列无籽西瓜品种SSR指纹图谱的构建

为实现无籽西瓜品种的快速、准确鉴定,用23对西瓜核心SSR引物分析了15份无籽西瓜品种的DNA指纹。23对核心引物中有21对具多态性,共扩增出58个基因型,平均2.71个,平均多态性信息量(PIC)为0.36。10对引物在9个品种上具有特征谱带,组合PIC值0.4的8对引物可以将参试的15个无籽西瓜品种一一区分开,并利用这8对引物构建了参试品种的数字指纹图谱。研究表明,西瓜核心SSR引物适合用于构建无籽西瓜品种的DNA指纹,将为无籽西瓜品种真实性鉴定和知识产权保护提供有效的技术依据。     

利用SSR荧光标记构建92个梨品种指纹图谱

 利用SSR荧光标记技术筛选出的10对SSR荧光标记引物,构建中国建国以后选育的92个梨品种的SSR指纹图谱。10对SSR引物共扩增出132个等位基因,位点的杂合度在0.2421 ~ 0.8632之间。10对引物的扩增带型为8 ~ 44个,平均为29.7个。利用其中5对引物KA16、NH009b、NH013a、CH02b121和CH05d04可区分所有供试品种。92个梨品种10个SSR位点的遗传多样性和多态性信息含量的变化范围分别为0.4886 ~ 0.8810和0.4537 ~ 0.8707,平均值分别为0.7920和0.7732。92个梨品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

部分香蕉品种SSR指纹图谱的构建

采用SSR标记技术构建香蕉品种的分子指纹图谱,为香蕉品种鉴定提供依据。以56份香蕉种质为材料,从199对引物中筛选出5对多态性及稳定性较高的SSR引物进行PCR扩增。5对引物在56个品种中扩增出的多态性带数在11～16个,平均为13.8条;引物的多态信息含量(PIC)在0.8490～0.9022,平均0.8727。依据香蕉SSR带型特征,对每个引物生成的不同带型直接编号,简化香蕉SSR带型记录方法,并利用每个品种的带型编号,建立其DNA分子指纹图谱,5对引物可将56份供试香蕉材料完全区分开。表明SSR标记技术可用以鉴定香蕉种质。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源DNA指纹图谱的构建

【目的】筛选一套SSR引物,构建澳洲坚果种质DNA指纹图谱,为澳洲坚果种质资源收集和品种保护提供技术支持。【方法】对澳洲坚果基因组序列进行SSR位点搜索并设计引物,以表型差异较大的4份种质为试材,利用琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选多态性引物,将筛选得到的引物荧光标记,建立基于荧光SSR标记的澳洲坚果种质鉴定体系。【结果】挑选的240对SSR引物经PCR扩增后进行2%琼脂糖凝胶电泳检测,选取其中155对SSR引物进行6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。最终选择22对扩增稳定、多态性高的SSR引物进行荧光标记,经毛细管电泳检测,获得83份澳洲坚果的基因型数据。利用其中9对荧光引物组合,构建了上述材料的DNA指纹图谱。【结论】筛选获得高效SSR引物,用于澳洲坚果种质资源的快速分子鉴定。     

甜瓜杂交种SSR指纹图谱的构建

以2个甜瓜杂交品种(系)的种子东方蜜1号和01-31为试材,从63对SSR引物中筛选出10对扩增产物具有稳定多态性的引物,这些引物分布在甜瓜整个基因组,每对引物可以检测到2～4个数目不等的多态性片段(allele),共27个多态性片段,平均为2.7个,片段大小介于85￣270bp之间,并从入选的10对SSR引物中选出7对构建了这2个甜瓜杂交种的指纹图谱。在比较分析各试材图谱的基础上,探讨了品种指纹图谱的统计学方法,并对构建的2个甜瓜杂交种的指纹图谱进行了可信度分析,建立了适于种子检验中使用的标准SSR标记指纹图谱。实验表明,利用SSR技术进行甜瓜杂交种的纯度鉴定是可行的、有效的。     

秋甘蓝品种的SSR指纹图谱的构建

 为实现对甘蓝品种进行快速准确鉴定,利用SSR分子标记技术对目前广泛栽培的‘京丰一号’、‘晚丰’、‘中甘8号’、‘中甘18’、‘中甘19’和‘中甘22’等6个秋甘蓝品种及其亲本共18份材料构建指纹图谱。基于先前的甘蓝EST-SSR标记开发研究,选取26对多态性较好的甘蓝EST-SSR引物对其进行扩增分析,通过对这26对EST-SSR引物的电泳检测统计分析,利用BoE974、BoE916、BoE337、BoE316和BoE222等5对引物构建了这6个甘蓝杂交种及其亲本的指纹图谱,实现了这18份材料的分子鉴定。利用引物BoE222对一份‘京丰一号’的商品种子进行纯度鉴定,结果显示90粒种子为真杂种,9粒为假杂交种,种子纯度为90%。     

川翠3号黄瓜SSR指纹图谱的构建及种子纯度鉴定

为了建立杂交黄瓜品种川翠3号的快速纯度鉴定体系,用164对全基因组覆盖的SSR引物对川翠3号及其亲本进行了多态性筛选及纯度鉴定。其中4对引物表现出稳定的共显性,电泳图谱清晰、易分辨,特异性强,对川翠3号种子鉴定纯度为99.0%,真、假杂种编号与田间鉴定结果一致,可以用来区别其中混杂的母本、父本及其他种子,说明这4对引物组成的指纹图谱能为川翠3号杂交种的真伪鉴定、纯度检测及亲本提纯等提供准确的技术指导。     

36 份枣品种SSR 指纹图谱的构建

 利用12 对SSR 引物对36 个枣品种进行分析,采用荧光M13 毛细管电泳技术进行多态检测,共检测到99 个多态位点,每对引物的多态位点数达到8.25,PIC 值变幅为0.62 ~ 0.85,平均为0.75。依据12 对SSR 引物在36 个品种中扩增的特异带型组合,采用引物-带型组合法构建了36 个枣品种的指纹图谱,并对这36 份枣品种做聚类分析,遗传相似系数在0.6667 ~ 0.9444 之间。研究结果为枣树分类、种质鉴定和分子育种提供了重要的工具。     

基于SSR分子标记的栽培种茄子遗传多样性分析

用105对茄子SSR引物对34份茄子高代材料进行遗传多样性分析。试验结果表明：47个标记在供试材料中有多态性,共检测出148个多态性位点。多态性信息含量（PIC）的变化范围是0.025 4～0.909 3,显示了较高的多态性。供试材料遗传相似系数在0.63～0.93之间,供试材料之间的遗传差异不大,遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,将供试材料归为两大类4个亚类,SSR分子标记与果实性状聚类分析结果基本一致。     

SSR标记及其在园艺植物育种中的应用

SSR是基于PCR技术上的一种DNA分子遗传标记,具有含量丰富、多态性高、重复性好、共显性遗传等优点。对SSR标记技术的基本原理、特点作了简要介绍,从亲缘关系、遗传多样性、品种鉴定、构建遗传图谱、种质资源的保存和利用、基因定位及分子辅助育种等方面概述了SSR标记在园艺植物育种中的应用进展,并对其应用前景进行了展望。     

菜豆抗草甘膦基因SSR分子标记的研究

利用抗草甘膦亲本89-05-3与敏感草甘膦亲本89-13杂交后获得F2代群体,采用BSA法,以上述F2代为定位群体,利用抗、感亲本和抗、感池筛选10对SSR引物.结果袁明:3对引物BM143、BM156、BM164均能在抗、感池间扩增出多态性条带,用Mapmaker 3.0软件作图,将该抗草甘膦基因初步定位在引物BM156和BM164之间,遗传距离分别为3.3 cM和4.4 cM,并暂命名为EPSPS2.该研究结果为莱豆抗性育种以及抗草甘膦基因的精细定位和图位克隆奠定了基础.     

番茄叶色黄化突变体的遗传分析及SSR分子标记

在番茄普通栽培品种中蔬4号06884中发现能稳定遗传的叶色黄化突变体06883,该突变体新出叶最初为绿色,四叶一心时第一片真叶开始转黄,果实转色慢,硬度大耐贮藏。通过该突变体和栽培品种中蔬4号的正反交试验的遗传分析证明,该突变材料的叶片黄化性状由1对隐性主效核基因控制,该性状可以用来作为指示性状鉴定杂种纯度。应用SSR分子标记技术对该突变基因进行初步定位,经连锁分析表明,该基因与LEaat006、LEtat002和Tom196-197连锁,与它们的连锁距离分别为8.9、16.3和18.7cM。     

番茄品种SSR标记鉴定技术研究

以16个番茄品种为材料,从200对番茄SSR引物中筛选出20对适合用于番茄品种鉴定的引物,用该20对引物对66个番茄品种进行分析,共检测出52个等位基因变异,等位基因变异范围为2~5个,平均每个位点产生2.6个等位基因变异。通过遗传聚类方法对引物组合的品种鉴别能力进行分析,结果显示仅用9对引物构成的引物组合就可以对66个番茄品种进行有效鉴别,该9对引物组合构建的SSR-DNA指纹图谱可作为品种的遗传标签用于品种真伪鉴定。     

利用SSR分子标记建立辣椒纯度鉴定体系

从150对辣椒SSR引物中筛选出116对多态性较好的引物,对兴蔬种业的12个推广辣椒品种的父本、母本及其F1代共36份材料进行PCR差异性筛选,其中6对引物能够区分每个品种的父本、母本及其F1代;同时对辣椒大群体DNA的快速提取、PCR扩增以及制胶电泳等进行了优化,初步建立了基于SSR分子标记技术的辣椒种子纯度鉴定体系,为辣椒种子纯度鉴定工作者提供了参考,也为辣椒种子指纹图谱的建立奠定了基础。     

油梨转录组SSR分子标记开发与种质资源亲缘关系分析

选取海南大学油梨种质资源圃的‘Fuerte’油梨花朵和小果进行转录组测序,获得18 010条序列,总长度为29 422 056 bp。利用MISA软件检索转录组测序数据,获得分布于4 687个序列中的6 312个SSR位点。经统计发现,SSR在所检测的序列中出现的频率为35.05%。分析SSR位点特征显示,所有类型的SSR平均长度为18.90 bp,SSR之间的平均距离为4.66 kb。‘Fuerte’油梨转录组中SSR序列以二核苷酸、三核苷酸重复类型为主,两者占SSR总数的87.15%。二、三、四核苷酸重复类型中优势基元分别为AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物13 398对。以32份油梨种质资源为研究对象,对随机挑选的100对SSR引物进行有效性验证,并用于对这些油梨种质进行亲缘关系分析。发现其中40对引物具良好多态性,共扩增出219条谱带,其中171条为多态性谱带。经计算,平均每对引物产生4.275个多态性片段。He和PIC均值分别为0.529和0.456。UPGMA聚类和PCA分析结果较一致,在系数设定为0.74时可将32...     

辣椒恢复基因SSR标记定位及分子标记辅助选择育种

利用175对均匀分布在辣椒染色体上的SSR引物对辣椒不育系113A、恢复系139及其F2代群体进行筛选,发现AF208834引物和Rf基因连锁,遗传距离为20.8cM。用CRF-SCAR标记对36份恢复系材料进行分子标记辅助选择验证,结果表明,30份恢复系有特异条带,正确率为83.33%,并从108份未知育性材料中,检测到41份有恢复基因的材料;同时将SSR标记和SCAR标记结合起来,建立了与育性基因有关的多重PCR技术,进行辣椒恢复基因及其等位基因纯合状态的选择,显著提高了辣椒雄性不育三系的选择效率。