苦荞种质资源AFLP标记遗传多样性分析

 【目的】从分子水平研究苦荞种质资源的遗传多样性,为综合评价苦荞种质资源提供依据。【方法】用筛选出的20对AFLP引物,对14个不同地理来源的165份苦荞种质进行遗传多样性分析。【结果】共扩增出938条清晰的条带,其中314（33.48%）条呈多态性,平均每对引物组合的条带数和多态性带数分别为46.9个和15.7个。不同地理来源苦荞种质的Shannon-Weaver多样性指数为0.1093～0.2661,四川资源群最高,青海、云南和甘肃/宁夏等资源群次之,湖南资源群最低。利用Popgen Ver.1.32软件,依不同地理来源苦荞资源群间Nei′s遗传一致度可聚类成5个组,聚类结果与苦荞地理分布相关。基于Structure 2.2软件分析,165份苦荞资源分为5大组群,并与Popgen Ver.1.32聚类结果呼应得较好,其中云南和四川资源的群体结构最复杂,最为多样化,分别被聚到了5个组群中。【结论】苦荞类群的亲缘关系以及遗传多样性与其地理分布有一定相关性。     

杭白芷种质资源遗传多样性的AFLP分析

通过对50份杭白芷种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性。采用扩增片段长度多态性 （AFLP）标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选出12对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS PC软件计算并分析了杭白芷种质间的相似度,构建了遗传系统进化树。结果表明,50份杭白芷种质间,相似度均超过70%,总体上亲缘关系都比较接近,相对而言,ZYS002039和ZYS002045种质,与其他种质的遗传背景差异较大。     

柚类种质资源AFLP与SSR遗传多样性分析

 结合SSR引物和AFLP分子标记对110份柚类基因型、12份野生近缘种进行遗传多样性研究。结果表明，SSR标记的335个位点中99.1%为多态性位点，每个位点可检测到9.85个等位基因，基因多样度 （GD）变幅为0.1939～0.9073，获得了46个特异性SSR标记；AFLP标记的343个位点中72%为多态性位点，3对引物平均期望杂合度变幅为0.21863～0.28445,平均每对引物组合能产生82个多态位点，获得了44个AFLP特异性标记。UPGMA聚类结果显示，122份基因型在相似系数0.61时，分成8个组群，其中柚类主要由沙田柚品种群、文旦品种群与庞大的杂种柚品种群组成。分类结果将有利于更好地利用这些丰富的育种资源。     

新疆核桃种质资源遗传多样性AFLP分析

用AFLP技术对取自新疆温宿、巩留、和田、若羌、叶城、库车、阿拉尔的122份核桃种质材料进行了遗传多样性和亲缘关系的分析,筛选出7对多态性引物对122份核桃种质材料进行选择性扩增,共获得21989条扩增带,其中8810条具有多态性,平均多态检出率为40．1％。根据AFLP标记的结果,用DPS统计软件分析了核桃种质间的遗传相似系数、遗传距离,并对分析结果进行UPGMA聚类,聚类结果将122份核桃种质材料分为两大类群。第一类群被分为5个亚类,“温81”单独成一个亚类;第二类群被分成2个亚类,叶城的“千年核桃王”和阿拉尔的“阿7”独立成亚类;122份材料的遗传距离变幅在0．12000—0．93103之间。聚类结果很好地将栽培种质和古老种质分开,表明新疆不同地区的核桃种质间存在明显的遗传多样性。还揭示了“温8１”、“温179”等优良栽培种质及南疆一些古老核桃种质的遗传基础。     

98份甘蔗种质资源遗传多样性的AFLP分析

【目的】甘蔗蔗糖产量约占中国食糖总量的92%。具有遗传多样性的甘蔗种质资源是甘蔗杂交育种的基础,杂交亲本的选择和组合的选配是杂交育种成败的关键,研究98份种质的遗传多样性及亲缘关系,为甘蔗杂交组合选配和种质创新提供参考依据。【方法】采用CTAB法提取甘蔗幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism,AFLP）分子标记技术,对来源于10个国家的98份种质资源的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增,选择性扩增产物在5%变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳分离,银染显色。电泳结果得到“0,1”矩阵,使用POPGENE 32软件计算每对引物的多态性条带数、多态性比率、多态信息量、有效等位基因数、遗传多样性指数等指标,同时使用NTSYS pc-V. 2.1计算种质间遗传相似系数,根据相似性系数进行UPGMA（unweighted pair group method analysis）聚类分析和PCA（principal component analysis）主效应分析,对甘蔗种质资源进行分类。【结果】采用云南省甘蔗遗传改良重点实验室筛选出的10对引物组合共扩增出1 392条谱带,其中多态性条带为1 344条,多态性条带比率为96.55%,平均每对引物扩增出139.2个位点和134.4个多态性位点。98份种质的相似性系数在0.484-0.929,平均为0.734,多态信息量为0.2495,每个位点的有效等位基因数为1.4092,平均多样性指数为0.3890,遗传相似性系数最高的是KN90-418和KN90-455,达到0.929,最低的是云蔗94-375和IS76-126,为0.484。根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.64处切割时,可划分为4个类群,第I类群有5份澳大利亚种质,包括IK76-48、IS76-126、IK76-22、SES309和E.SARPET;第II类群有1份澳大利亚种质是IS76-199;第III类群有3份种质,包括KN93-06、90-110-9和BURMA;第IV类群有89份种质,在遗传相似性系数0.79处切割时,可将第Ⅳ类群划分为9个亚群（A、B、C、D、E、F、G、H和I）。基于Jaccard系数用PCA法对98份甘蔗种质AFLP标记结果进行主效应分析,主效应分析显示了不同种质的分类位置,分子主效应分析结果与分子聚类结果一致,集中在一个区域的种质亲缘关系较为紧密,澳大利亚种质位置较为分散,最分散材料为蔗茅属和细茎野生种。【结论】98份种质资源的遗传基础差异较小,亲缘关系较近,其中,澳大利亚种质遗传多样性相对较丰富。90-110-9、KN93-06和粤糖00-236较为特殊,在杂交组合选配中应给予重点关注。     

大白菜种质资源遗传多样性分析

以41份大白菜核心自交系为试验材料,利用AFLP标记方法检测其遗传多样性水平,结果表明,12对引物组合多态性条带在4～26之间,平均多态率为45.75%。自交系间遗传距离在0.127～0.732之间,平均遗传距离为0.401。对4种生态类型的大白菜自交系进行组内多态性分析发现,平头型大白菜遗传多样性最为丰富,直筒型、卵圆型次之,短筒型遗传多样性最为狭窄。聚类分析表明,供试材料在低的自展值下被分为2个类群,但2个类群的划分不能完全反映大白菜的生态类型和形态特征。特殊配合力强、杂交优势明显的自交系间遗传距离相对较远,分别聚类在不同的类群中。研究结果明确了山西现有大白菜种质资源的遗传背景,对于有效发掘和利用山西省大白菜种质资源、杂种优势预测、亲本选配、育种水平提高具有重要的理论和实践意义。     

基于AFLP标记的贵州及其邻省薏苡种质资源 遗传多样性分析

[目的]分析贵州及其邻省薏苡种质的遗传多样性,为薏苡种质资源的保护、遗传改良及创新利用提供理论依据.[方法]利用AFLP标记对来源于贵州及其邻省的141份薏苡种质进行遗传多样性分析及聚类分析.[结果]6对AFLP引物组合从141份薏苡种质中共扩增出830条清晰的条带,其中多态性条带为742条,多态性比例为89.40%,平均每对引物组合扩增多态性条带123.67条,有效等位基因数(Ne)为1.35~1.50,平均1.44;Nei's遗传多样性指数(H)为0.21~0.30,平均为0.26;Shannon's信息指数(I)为0.33~0.45,平均为0.40.来自贵州及其邻省的141份薏苡种质分为两大类群,第Ⅰ大类群包含63份薏苡种质,其中来源于贵州27份、广西6份、湖南15份、云南7份、重庆5份和四川3份,该类群可细分为Ⅰ-A和Ⅰ-B 2个亚群;第Ⅱ大类群包含78份薏苡种质,其中来源于贵州44份、广西3份、湖南5份、云南18份和四川8份,该类群可细分为Ⅱ-A、Ⅱ-B、Ⅱ-C和Ⅱ-D4个亚群.在每个亚群中,同一地区或毗邻地区的薏苡种质亲缘关系较近,跨区跨省的薏苡种质资源亲缘关系远,仅有少量不同地区的薏苡种质被聚为一个类群.[结论]贵州及其邻省的薏苡种质交流相对较频繁,遗传基础较狭窄,遗传多样性较低.     

山东核桃主要分布区种质资源遗传多样性AFLP分析

利用AFLP技术对山东省核桃主要分布区收集的55份核桃材料进行遗传多样性分析。结果表明,9对AFLP引物共扩增出566条谱带,其中440条为多态性条带,占总条带数的77.82%。聚类分析表明,材料间的遗传相似系数变幅为0.67～0.86;位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.705～0.904,平均值为0.786;在遗传相似系数0.738水平上,55份核桃种质资源可聚成3大类。AFLP标记揭示出该55份核桃各群体之间存在较大遗传变异,各地区群体内遗传相似系数较高。     

利用AFLP分子标记分析夏枯草种质资源遗传多样性

通过对8份夏枯草种质资源的AFLP分析,探求各种质间的遗传多样性.利用扩增片段长度多态性 (AFLP)标记,在DNA水平上进行遗传多样性研究,筛选32对选择性扩增引物,将扩增出的条带作为原始矩阵,用NTSYS-PC软件计算并分析夏枯草种质间的相似度,构建遗传系统进化树.结果显示:(1) SDS法提取的夏枯草基因组DNA质量较佳,能够满足AFLP分析的要求;(2) 从32对选择性扩增引物中,筛选出10对多态性较强、带型较好、分辨率较高的组合;(3)构建夏枯草AFLP 指纹图谱,将8个夏枯草种质全部区分开来;(4)通过构建进化树,把8个种质分成3类.夏枯草种质资源有丰富的遗传多样性,某些形态特征差异和基因型存在相关性.     

马蔺种质资源AFLP标记遗传多样性分析

利用AFLP技术,选择EcoRⅠ/MesⅠ这一酶切组合,应用18对EcoRⅠ 3/MesⅠ 3引物组合进行选择性扩增,检测10个马蔺种群的基因组DNA多态性.共扩增出1 164个遗传位点,其中752个多态位点,多态率为65.11%.并通过Jaccard的方法将电泳带矩阵转化为遗传相似性系数矩阵,进行UPGMA聚类分析.结果表明,当取阈值为0.74时,可以将10个种群分为4大类群.长春马蔺与其他种源的亲缘关系较远,单独聚为一类;宁夏固原、甘肃民勤、武威、北京、山东泰山5个种群亲缘关系较近,聚为一类;内蒙古太仆寺和西乌旗、新疆乌鲁木齐聚为一类;河北涿洲马蔺种群单独聚为一类.马蔺群体间的亲缘关系远近与其所处的地理位置有很大的关系,尤其与纬度因子的关系十分密切.     

AFLP标记在植物遗传多样性研究中的应用

遗传多样性是生物多样性的基础。AFLP技术由于具有众多分子生物学分析方法无法比拟的特点,近几年来在遗传多样性研究中广泛应用,就其在植物种质鉴定、遗传图谱构建、目的基因定位、遗传多态性检测、群体遗传结构、分子标记辅助育种等方面的应用进行了综合评述,并对AFLP的原理、特点及发展前景进行了阐述。     

红肉桃种质资源的AFLP分析

利用AFLP技术对24份红肉桃和5份白内桃对照品种进行了DNA多态性分析,从64对E 2/M 3引物组合中筛选出6对引物用于扩增基因组DNA.共获得清晰可辨的174个标记.其中多态性标记为108个,多态性检出率为62.1%.UPGMA聚类分析结果显示.在遗传相似系数0.916处,红肉品种与白肉品种分别聚成了两大类(第6类和第7类),说明两类群间存在较明显的差异;红肉桃14、粘核红肉桃、黑桃1、黑桃2、红肉桃2与红肉桃4几个红肉桃品种独自成类.与其他绝大部分品种遗传距离较远.具有独特的基因型,故应作为重点种质保存.     

马铃薯种质资源表型性状的遗传多样性分析

为了解引进马铃薯种质资源的遗传多样性,为山西马铃薯新品种选育的亲本选配提供参考。田间采集种质资源的11个质量性状和10个数量性状,进行Shannon-Wiener指数、相关性、主成分与聚类分析。质量性状的多样性指数为0.42~1.52,其中薯形、皮色、肉色、株型的多样性指数较高;数量性状中,产量、株高、生育期、单株块茎数的遗传多样性指数较高,均≥2.0。相关分析结果显示,产量与出苗率、商品薯率、单株块茎数、株高、生育期和单薯质量呈极显著正相关。主成分分析确定了单薯质量、生育期、比重、株高4个主成分因子,累计贡献率达83.997%。聚类分析将种质资源分为中早熟低产型、中早熟高产型、中晚熟高产型、中晚熟低产型4大种质群。引进资源具有丰富的遗传多样性,第Ⅱ类种质群可作为早熟高产育种的优异资源,第Ⅲ类种质群可作为多目标性状育种的亲本材料加以利用。     

车前种质资源遗传多样性ISSR分析

[目的]研究江西、湖南、湖北等7个省份的车前种质资源的遗传多样性。[方法]采用ISSR技术,对28份车前样品进行遗传多样性和亲缘关系分析。[结果]从40条引物中共筛选出16条可用于车前遗传多样性分析的ISSR引物,共扩增出131条带,其中多态性条带(PPB)有107条,占81.7%。ISSR数据分析显示,多态性位点百分率(P)为75.3%;平均等位基因观测数为0.071 3;有效等位基因数为0.299 0;Nei,s基因多样性指数(H)为0.360 1;Shannon多态性信息指数(I)为0.535 4。[结论]车前种质资源遗传多样性的地理差异较为明显;野生种与栽培种基因型差异较大。     

作物种质资源遗传多样性的评价方法

通过总结目前遗传多样性研究中的常用分子标记方法和统计指标,介绍了遗传多样性评价的新的研究方法。通过对分子数据采用分子方差(AMOVA),了解作物种质资源在不同时期的变异来源。对种质资源进行系统遗传多样性提供了一种更为有效的方法。     

银耳种质资源遗传多样性及酶学特性分析

从不同地区采集引进了银耳菌株共14株,利用ISSR分子标记技术对这14株银耳菌株进行了遗传多样性分析,从75条引物中筛选出14条引物,共获得105条带,其中多态性条带70条,占条带总数的67%。聚类分析结果表明:在相似水平为70%时,14个菌株可以划分为4个类群,且类群的划分与地理来源之间并无明显相关性,菌株间遗传差异较大,遗传多样性较高,表明供试菌株在DNA分子水平上存在比较显著的遗传变异。利用紫外分光光度法测定了纤维素酶活性,并采用SPSS软件进行了酶活力差异显著性分析。结果显示:供试的14株银耳菌株纤维素酶活大小在1.300～0.922间,纤维素酶活性很低,酶活力差异显著,且与地理来源无明显相关性。     

基于EST-SSR标记的西双版纳苦茶资源遗传多样性分析

丰富的遗传变异对提高作物的环境适应性和遗传改良进度至关重要。为了进一步了解西双版纳境内苦茶种质资源的遗传多样性,通过应用28对SSR引物对西双版纳傣族自治州境内的50份苦茶资源材料进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到127个等位基因,平均每个位点为4.53;Shannon信息指数在0.92～1.70,最小为SSR01位点(0.92),最大为SSR09位点(1.70),平均每个位点为1.25;多态性信息含量在0.444～0.777,最小为SSR01位点(0.444),最大为SSR09位点(0.777),每个位点平均值为0.614。聚类分析结果显示,50份供试材料分成4个大类和多个亚群,其中有2个大类只有2份资源材料,其余46份材料分布在另2个大类多个亚群中。聚类结果与多态性信息含量和Shannon信息指数分析结果一致,表现出丰富的遗传多样性。研究结果可为西双版纳苦茶资源的育种和创新利用提供研究基础。     

芹菜AFLP遗传多样性分析

为了了解中国芹菜(Apium gra-veolens L.)栽培品种的亲缘关系,利用AFLP技术对24份芹菜种质资源的遗传多样性进行了分析,从81个引物中筛选出8个AFLP选择性扩增引物,共扩增出395个位点,其中多态性位点245个(59.88%)材料间遗传相似系数变化范围为0.385～0.987,在遗传相似系数为0.6水平上,聚类分析结果可将供试材料分为3类,中国目前栽培的多数芹菜品种的亲缘关系较近,聚类结果与地域来源和形态特征有一定对应关系。     

刺槐无性系遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP分子标记技术对53个刺槐无性系进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果显示：8对引物共检测出1230条谱带,其中有1218条为多态带,占总谱带的9902%;特异性条带有203条,其中缺失带为11条,通过特异性条带可鉴别83%的刺槐无性系;聚类分析将刺槐种质分成5组,来源相同的无性系并未严格聚在一起,未形成明显的地理变异模式。