DRD1及DRD2基因多态性与鸡冠高和体重的相关性

研究鸡DRD1及DRD2基因与冠高和体重的关系。在DRD1和DRD2基因上共选取20个多态位点,对586只宁都三黄鸡的基因型进行检测,分析各位点与77、84及91日龄冠高和体重性状的相关性。结果表明:位于DRD2基因5′侧翼区的位点A-6543G与91日龄体重显著相关(P<0.05),位点C-6539T与91日龄冠高显著相关(P<0.05);DRD1基因编码区上6个多态位点与不同日龄的鸡冠高和体重无显著相关(P>0.05),但由C+765T、C+1011T与G+1065A这3个位点组成的单倍型块与77日龄冠高呈显著的相关性(P<0.05)。研究结果提示:DRD1基因的单倍型块可作为77日龄冠高的辅助选择的有效分子标记;而DRD2基因上A-6543G可作为91日龄体重的有效分子标记,位点C-6539T可为91日龄冠高标记辅助选择提供参考。     

猪MyoD1基因的多态性检测及与肉质性状的关联分析

采用PCR-RFLP方法对通城、大白和长白3个纯种及长大通和大长通2个三元杂种共5个群体MyoD1基因第1内含子的多态性进行了研究,并对多态位点与生长、胴体和肉质性状进行了关联分析。结果发现第1内含子第257位存在1个A/C颠换,引起DdeⅠ酶切位点的改变。PCR产物经DdeⅠ酶切后,检测到2个等位基因,3种基因型,其中通城猪中C等位基因的分布占主要优势,大白、长白猪中2种等位基因的分布频率相近。关联分析结果表明,不同的基因型与肉色评分和失水率相关(P0.05或P0.01);CC基因型个体的肉色评分显著高于AA和AC基因型个体;而CC基因型个体的失水率极显著低于AA基因型个体。研究结果进一步证明MyoD1基因是一个重要的肉质性状候选基因,第1内含子第257位被DdeⅠ限制性内切酶识别的多态位点为猪肉质性状的标记辅助选择提供分子标记,CC基因型猪具有优良的肉质。     

光照调控优质肉鸡性成熟的转录组分析

为探明不同光照模式调控下优质肉鸡性成熟的分子调控机制,以期为提高优质肉鸡生产性能提供理论依据.选用了0日龄F系母鸡,分别于3间密闭式鸡舍内设计不同类型的光照模式.12周龄时每组各选取3羽采集下丘脑,利用Illumina HiseqTm2000进行高通量测序,通过生物信息学方法进行差异表达基因筛选及功能分析.结果表明,9...     

崇仁麻鸡PepT1基因多态性与饲料转化率的关联分析

试验以60～120日龄崇仁麻鸡为试验材料,根据鸡PepT1基因序列设计引物,采用PCR产物直接测序方法检测PepT1基因单核苷酸多态性,并通过对序列碱基的通读以及峰图的鉴定进行基因型分析,探讨PepT1基因多态性与崇仁麻鸡饲料转化率之间的关系。结果共检测到3个SNP位点,且均为沉默突变。其中在PepT1基因外显子4第95处发生了单碱基的改变(G→A),这个突变产生3种基因型(AA,AB和BB),在PepT1基因外显子6第64处和第70处上发现两处突变(分别是由C→G和A→G),且这两处突变具有同一性,这两个突变产生2种基因型(AA,AB)。用POPGENE 32软件分析PepT1基因的多态信息,PV1位点在崇仁麻鸡上表现为中度多态,PV2位点为低度多态位点,且它们均处于Hardy-Weinberg平衡中。通过SPSS 17.0对崇仁麻鸡PepT1基因各SNPs基因型与饲料转化效率进行相关性分析,发现PepT1基因PV1位点的三种基因型和PV2位点的两种基因型与崇仁麻鸡饲料转化效率均没有显著相关性(P>0.05)。     

猪MBF1基因的多态性及与生产性状的关联分析

分离克隆了猪MBF1基因第4外显子的序列,测序发现在18 bp处存在T/C突变,引起Taq I酶切多态。利用PCR-RFLP方法对国内外4个猪种MBF1基因第4外显子的多态性进行分析发现,在国外猪种中等位基因T的的频率占优势;在中国猪种中C等位基因的频率占优势;在437头大梅F2代资源家系中进行性状关联分析发现该多态与瘦肉率、板油重、肩部背膘厚、眼肌高、眼肌宽、眼肌面积显著相关(P0.05)。     

东北荷包猪FUT1基因多态性及其与产仔性能的关联分析

[目的]分析荷包猪Fun基因多态性及其与产仔性能的关系,为荷包猪资源保存、品种选育和开发利用提供参考依据。[方法]提取猪耳组织DNA,采用PCR-RFLP技术分析荷包猪FE们的基因多态性,并分析其基因型与产仔数的相关关系。[结果]用胁丽I限制性内切酶对扩增片段进行酶切,检测到GG、AG和AA3种基因型。抗性纯合子AA型个体1～5各胎次产仔数均值均高于AG和GG型个体,且第3胎和第4胎的产仔数均值显著高于AG型和GG型个体。[结论]荷包猪Fun基因具有多态性,其基因频率与国外杜洛克基本一致,与国外长白、大白和两者杂交猪差别较大。AA基因型对产仔性能而言是有益基因型。     

樱桃谷鸭DRD1基因CDS 区域多态与生长性状的关联性分析

采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合,对90只樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态与生长性状的关联性.结果表明,在樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域内检测到6种基因型AA、BB、CC、AB、AC和BC,3个等位基因A、B和C,基因型CC和等位基因C分别为优势基因型和优势等位基因,频率分别为0.5222和0.6667,多态信息含量为0.4489,属中度多态位点,基因型分布偏离了Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01),序列比对发现2个沉默突变A765T和A912G.最小二乘法分析显示,AB基因型的胫长显著高于BB和BC基因型,AB基因型的胫围显著高于BC基因型,其余各性状各基因型间差异未达到显著水平.研究结果揭示,该多态座位可能是鸭的胫长和胫围的一个标记辅助选择位点.     

猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

旨在研究反转录转座子1基因(retrotransposon-like-1,RTL1)潜在的变异与猪胴体和肉质性状的相关性。测序发现在猪RTL1基因编码区1 209 bp处存在G/A突变,利用PCR-Fnu4H I-RFLP方法在9个猪种中进行了基因分型,并且在360头大白猪×梅山猪F2代群体中进行性状关联分析。结果表明,该位点与皮率、内脂率、6-7腰椎间膘厚、胸腰椎间膘厚、背最长肌pH、股二头肌肌肉色值呈显著相关(P0.05),与骨率、肩部膘厚、臀部膘厚、平均背膘厚、背最长肌失水率、背最长肌系水力、背最长肌肌肉色值呈极显著相关(P0.01)。     

无角牦牛Hesx1基因多态性及其与生长性状的关联分析

为了研究Hesx1(Homeobox expressed in ES cells)基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)对无角牦牛各时期生长性状的影响,采用PCR-SSCP(Polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)和DNA测序技术,对364头无角牦牛Hesx1基因hⅠ与hⅡ基因座的遗传多态性进行研究,并进一步分析Hesx1基因多态性对无角牦牛生长性状的遗传效应。结果表明,在hⅠ基因座(5′UTR)第-618位发生单个碱基突变(G→C),出现GG与GC共2种基因型;在hⅡ基因座(Intron1)第+226位发生单个碱基突变(T→C),出现TT与TC共2种基因型。通过与6、12、18月龄无角牦牛的生长性状(体质量、体高、体斜长、胸围)进行关联分析发现,hⅠ基因座对6月龄无角牦牛的体质量、体高、胸围均有极显著影响(P0.01),但对体斜长影响不显著(P0.05);对12月龄无角牦牛的体质量有显著影响(P0.05),对体斜长、胸围均有极显著影响(P0.01),但对体高影响不显著(P0.05);对18月龄无角牦牛的体质量有显著影响(P0.05),对体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05)。hⅡ基因座对6月龄无角牦牛的体质量、体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05);对12月龄无角牦牛的体质量有极显著影响(P0.01),对体高、胸围均有显著影响(P0.05),对体斜长无显著影响(P0.05);对18月龄无角牦牛的体质量、体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05)。与此同时,hⅠ与hⅡ基因座的突变杂合型GC与TC是无角牦牛生长的优势基因型。卡方适合性检验表明,牦牛群体显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05)。综上,可初步判定hⅠ与hⅡ多态基因座可以作为牦牛辅助育种的分子标记。     

牛MyoG基因单核苷酸多态性分析

以皖东牛和广丰牛共128头牛为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测牛MyoG基因的多态性。结果表明,在牛MyoG基因的外显子466碱基处发生G>C突变,检测到AA和AB 2种基因型,该位点的突变未引起氨基酸序列的变化。在皖东牛群体中AA基因型频率为23.66%,AB基因型频率为76.34%;在广丰牛群体中AA基因型频率为17.24%,AB基因型频率为82.76%。皖东牛的多态信息含量（PIC）为0.3606,广丰牛为0.3702,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛群体处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0. 05);广丰牛处于哈代-温伯格平衡状态(P>0. 05)。     

朝鲜鹌鹑OCA2基因克隆及其多态性与羽色的相关性

【目的】克隆朝鲜鹌鹑(Korean quail)OCA2基因的cDNA序列,检测其在不同羽色(白羽和栗羽)群体胚胎发育不同阶段翅组织中mRNA的表达情况,探讨OCA2基因多态性对朝鲜鹌鹑羽色的影响,筛选可能与羽色相关的多态性位点。【方法】取白羽、栗羽朝鲜鹌鹑孵化6,8,10,12和14 d的胚胎翅组织,提取总RNA,RT-PCR扩增OCA2基因cDNA序列,利用实时荧光定量PCR检测OCA2基因mRNA在朝鲜鹌鹑胚胎发育不同阶段和不同羽色鹌鹑胚胎翅组织中的表达水平;用胚胎发育10 d时的cDNA样品扩增OCA2基因cDNA序列并进行生物信息学分析。以300羽白羽朝鲜鹌鹑和栗羽朝鲜鹌鹑孵化10 d时的胚胎为研究材料,采集翅组织样品,提取基因组DNA, PCR扩增OCA2基因,通过不对称PCR-SSCP方法结合测序确定基因型,分析不同基因型对朝鲜鹌鹑羽色形成的影响。【结果】朝鲜鹌鹑OCA2基因胚胎发育6～8 d时的表达量低于胚胎发育10～14 d时的表达量,且在10 d时达到最高。6～8 d时,OCA2基因的表达水平在2种羽色朝鲜鹌鹑胚胎中差异不显著; 10～14 d时,栗羽朝鲜鹌鹑OCA2基因mRNA的表达水平显著高于白羽朝鲜鹌鹑(P0.05)。OCA2基因CDS区片段大小为2 660 bp,含有24个外显子,开放阅读框长2 556 bp,编码含851个氨基酸的稳定疏水性蛋白。在朝鲜鹌鹑OCA2基因中检测到3个SNP位点,分别为外显子2上的c.93AG、外显子9上的c.999AG、3′UTR上的c.2569CT;群体遗传学分析显示,3个突变位点均表现为中度多态(0.25PIC0.5),χ~2检验表明朝鲜鹌鹑群体在3个SNP位点上均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。在3′UTR上的c.2569CT位点,栗羽朝鲜鹌鹑3种基因型(CC、 CT和TT)的频率分布与白羽朝鲜鹌鹑存在极显著差异(P0.01),说明该突变位点与鹌鹑羽色之间存在一定的关联性。【结论】白羽朝鲜鹌鹑翅组织中OCA2基因低表达可能与其羽毛白化有一定的关系,OCA2基因3′UTR上的c.2569CT突变与朝鲜鹌鹑羽色性状之间具有一定的关联性,可以作为研究朝鲜鹌鹑羽色的候选基因。     

绵羊Izumo1基因多态性及其与产羔数关联分析

为研究Izumo1基因多态性及与产羔数关系,本研究利用PCR和直接测序法对小尾寒羊和苏尼特羊的Izumo1基因DNA序列进行扩增、测序和BLAST分析,并和本课题组前期绵羊重测序数据进行比对,筛选出Izumo1基因SNP位点。同时,采用Sequenom MassARRAY~?技术进行基因分型,并对其SNP位点的基因型和等位基因频率在各群体中的分布进行研究。结果表明:小尾寒羊Izumo1基因DNA全长序列3 385 bp,苏尼特羊Izumo1基因DNA全长序列3 382 bp;筛选出8个Izumo1基因SNP位点,经过初步筛选,将在小尾寒羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊、杜泊羊、草原藏羊这6个绵羊品种中位点分布没有差异的SNP位点排除,最终筛选获得的g.54412135AG和g.54412107CA 2个位点。Izumo1基因g.54412135AG位点在多羔和单羔绵羊品种中存在GG、GA和AA 3种基因型,G基因为优势等位基因;g.54412107CA在多羔品种中存在CC和CA 2种基因型,而在单羔品种中存在CC、CA和AA 3种基因型,C基因为优势等位基因,其基因型频率和基因频率在单、多羔绵羊群体间的分布差异均极显著(P0.01);群体遗传学分析得出g.54412135AG多态位点在6个品种中的多态信息含量(PIC)都属于低度多态(PIC0.25);g.54412107CA多态位点在杜泊羊中属于中度多态(0.25PIC0.5),在其他5个品种中都属于低度多态(PIC0.25),然而,关联分析发现Izumo1基因g.54412135AG和g.54412107CA位点的不同基因型与小尾寒羊不同胎次产羔数之间不存在显著关联(P0.05)。     

青海高原型牦牛GHR基因多态性与生长发育的关联性

【目的】探索青海高原型牦牛（Bos grunniens）生长激素受体（growth hormone receptor）基因GHR多态性及其与生长性状的关联性。【方法】以440头同等放牧条件下的30~36月龄健康牦牛为试验群体,PCR扩增其GHR基因,测序后用DNASTAR 7.1软件分析单核苷酸多态性（SNP）位点,研究不同基因型及其合并基因型与生长发育指标（体质量、体高、体斜长、胸围和管围）的关联性。【结果】青海高原型牦牛GHR基因上存在g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A 3个SNP位点,其中g.732195A>G上存在2种基因型（AA,AG）,g.732091C>G和g.732373G>A上各存在3种基因型（分别为CC、CG、GG和GA、AA、GG）;卡方检验表明,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A均处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态,且g.732195A>G为低度多态（PIC＜0.25）,g.732091C>G和g.732373G>A为中度多态（0.25G、g.732195A>G和g.732373G>A能够显著或极显著影响高原型牦牛的体质量和胸围,优势基因型分别为g.732091C>G和g.732373G>A的GG以及g.732195A>G的AA。对合并基因型分析发现,合并基因型 GG-AA-GG个体的生长发育尤其是体斜长表现最佳。【结论】青海高原型牦牛GHR基因有3个SNP位点,因其与青海高原型牦牛的部分生长性状相关,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。     

中国乌骨鸡品种BCDO2基因多态性和肤色鉴定

为分析β-胡萝卜素脱氧酶2(β-carotene dioxygenase2, BCDO2)基因在我国乌骨鸡中的变异情况，采用PCR方法分别扩增和测序了我国5个乌骨鸡品种(丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和新兴竹丝鸡3号)、白耳黄鸡(黄肤色)和崇仁麻鸡(白肤色)的BCDO2基因，并与GenBank数据库中的原鸡序列进行系统发育分析。结果显示：7个品种215条序列，总计发现6个多态位点，分别为6273091(G-A)、6273129(A-G)、6273229(C-T)、6273240(C-T)、6273307(A-G)和6273672(A-G)。基于6个多态点界定了3种单倍型，定义为Hap1、Hap2和Hap3。其中只有白耳黄鸡、崇仁麻鸡和丝羽乌骨鸡有1种单倍型，东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和新兴竹丝鸡3号均有2种单倍型。系统发育分析显示：Hap1和Hap2只与红色原鸡聚为一类，Hap3和多个原鸡聚为一类。BCDO2基因多态位点能够很好地区分黄白肤色的品种，但很难区分乌骨鸡品种。多个原鸡在我国乌骨鸡品种形成过程中都做出了贡献。该研究结果为我国乌骨鸡遗传资源的保护、选育和鉴定工作提供了遗传背景信息。     

猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性与胴体和肉质性状的关系

【目的】研究猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性对猪胴体和肉质性状的遗传效应。【方法】以金华×皮特兰资源家系F2代猪为研究材料,用PCR-SSCP方法检测猪HGD基因第14外显子的多态片段,并分析了猪HGD基因型间胴体和肉质性状的差异。【结果】发现了3种基因型(CC、CT和TT)。对纯合子个体测序检测发现,在猪HGD基因第14外显子序列EF011080 143 bp处存在C→T的单核苷酸变异,这一变异导致相应的蛋白质序列中脯氨酸(Pro)到丝氨酸(Ser)的替换。在试验猪群中,等位基因C的频率比等位基因T高,为78.3%;CC基因型个体占多数,达67.3%;适合性χ2检验表明,该座位在金华×皮特兰资源家系F2代猪群体中处于非遗传平衡状态。CT基因型猪腿臀重分别较CC和TT基因型猪高0.33和0.45 kg(P<0.05);CT基因型猪臀背膘厚、眼肌面积、肌肉粗蛋白含量和眼肌电导率分别较CC基因型猪高0.31 cm,3.29 cm2,0.73%和1.38(P<0.05);CT基因型猪的眼肌pH45、腿臀肌肉pH45和腿臀肌温度分别较CC基因型猪低0.26,0.23和1.21℃(P<0.05)。【结论】HGD基因可能是影响猪胴体、肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因。     

我国不同品种黑羽鸡MC1R基因多态性研究

为了研究我国地方黑羽鸡品种MC1R基因的多态性,采用PCR的方法扩增了我国7个黑羽鸡品种(狼山鸡、寿光鸡、东乡绿壳蛋鸡、盐津乌骨鸡、余干乌骨鸡、鸿光黑鸡和新杨黑鸡)的MC1R基因,并对不同品种鸡MC1R基因序列的多态性进行生物信息学分析。结果显示：7个品种MC1R基因编码区全长均为945 bp,共编码315个氨基酸。7个品种210条序列,总计发现10个多态位点,位于编码区的有9个,其中有7个导致编码氨基酸发生变化,共界定了14种单倍型,定义为Hap1—Hap14,其中东乡绿蛋鸡和寿光鸡有2种单倍型,其他品种单倍型数都在2个以上。系统发育树分化为两个分支,分支I仅包含新杨黑鸡,分支II包含其他6个黑羽鸡品种。我国黑羽鸡MC1R基因表现出丰富的多态性,中国本土黑羽鸡品种和国外血缘黑羽品种存在MC1R基因多态位点上存在差别。该研究结果为我国黑羽地方鸡遗传资源的种质保护、品种选育和鉴定工作提供了参考。     

无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析

【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。     

猪PLIN1基因单核苷酸多态检测与遗传分析

以皖南黑猪、安庆六白猪、圩猪和霍寿黑猪共236头猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测猪脂滴包被蛋白（Perilipin, PLIN1）基因的遗传多态性。结果表明,在皖南黑猪、安庆六白猪PLIN1基因3 519 bp碱基处发生A>G突变,检测到AA、AB、BB 3种基因型, 其中AA基因型频率在这2个群体中分别为8.97%和29.23%,AB基因型频率分别为43.59%和56.92%,BB基因型频率分别为47.44% 和13.85%;皖南黑猪、安庆六白猪的多态信息含量（PIC）分别为0.3353和0.3690,在该位点均处于中度多态;卡方检验表明皖南黑猪群体和安庆六白猪群体均处于哈迪-温伯格平衡状态(P>0.05);在圩猪、霍寿黑猪群体中PLIN1基因的第2外显子没有检测到突变。PLIN1基因的第3外显子在4个群体中均没有检测到突变。     

4个牛群体MSTN基因第1外显子单核苷酸多态性分析

以肌生成抑制素(MSTN)为候选基因,采用PCR-SSCP技术检测了该基因第一外显子在皖东牛、皖南牛、和牛和西门塔尔牛4个群体中的多态性。通过SNP检测,发现MSTN基因外显子1的267碱基发生A→G的同义突变,在所检测牛群中存在3种基因型(AA、GG、AG),A等位基因为优势基因。该位点在4个牛群体中均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛、皖南牛和和牛处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05),西门塔尔牛处于哈代-温伯格不平衡状态(P0.05)。