香榧性别鉴定的RAPD和SCAR标记

为了对香榧幼苗进行早期的性别鉴定,利用RAPD标记技术对香榧品种中的雌性和雄性群体进行了分析。在300条RAPD随机引物中,用引物S250扩增得到了1条大约600bp雄性特异性片段,将其命名为S250-600。进一步对该RAPD标记片段进行回收、克隆和测序,获得了593bp的该标记的核苷酸特定序列。根据对该片段的序列分析结果,设计了1对引物,成功地将RAPD标记转化为SCAR标记,命名为SW-593。将该序列递交至GenBank数据库,接收号为:EU670673。利用该SCAR标记对香榧的雌性和雄性个体进行性别鉴定,结果表明,该SCAR标记在雄性个体中均能稳定出现,说明此SCAR标记是一个与香榧雄性基因连锁的标记,可以用来对香榧品种进行大规模的性别鉴定。     

双孢蘑菇颜色基因分子标记的初步筛选

以4个白色和4个棕色双孢蘑菇(Agaricus bisporus)菌株,对其500个随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)随机引物进行筛选,筛选出的S33、S438、S485 3个引物在棕色菌株组能扩增出4个特异条带(大小300~2000bp),将特异片段回收,克隆测序,将合成的4对特征序列扩增区域(sequence characterized amplified regions,SCAR)标记引物对48个菌株进行验证,结果表明:仅SCAR41200在24个棕色菌株的22个中能扩增出特异条带,而所有白色菌株中都没有此条带,表明该标记与棕色菌株的棕色基因相关。     

核桃早实性相关性状的SCAR标记

用RAPD技术对新疆核桃早实特性的分子标记进行了研究。用180个10-mer随机引物分别扩增早实和晚实近等基因池DNA筛选出5个多态性引物,结果只有引物OPG15(5′-ACTGGGACTC-3′)扩增得到1条约710bp的早实核桃特异片段。对该片段进行克隆和序列分析,并根据序列分析结果将该RAPD标记转化为重复性和特异性更好的SCAR标记。研究设计出了1对早实核桃特异SCAR引物P1(5'-ACTGGGACTCCAATTGTATC-3')和P2(5'-ACTGGGACTCTCAACTAT-3'),用这对特异引物对14份材料进行PCR扩增,结果所有晚实核桃材料无任何扩增,但早实材料均扩增出了预期大小759bp的特异带。     

西瓜遗传图谱构建及其强雌性状定位研究

以雌花率稳定在80%以上的强雌性品系BG1(Citrullus lanatus var.lanatus)和普通花性型非洲野生西瓜900134(C.lanatus var.citroides)为亲本杂交自交获得F2群体,通过AFLP、RAPD及SSR技术对该群体进行扩增,建立了一个包括4个RAPD标记、140个AFLP标记、6个SSR标记和1个强雌性位点(subgy)的遗传图谱。该图谱包含17个连锁群,覆盖基因组1073.1cM,标记间平均图距为7.2cM。subgy定位在第5连锁群中,与s1454-1100、GT-CTA270两个标记连锁,距离分别为5.8cM和14.3cM。将特异条带s1454-1100回收、克隆、测序,设计特异SCAR引物,再对F2单株基因组DNA扩增,只在大部分的纯合强雌性单株和杂合普通花性型单株中扩增出一条375bp的特异带,以JoinMap3.0软件分析,该标记与与强雌性状位点的连锁距离为6.1cM,连锁较为紧密,表明已成功地将与西瓜强雌性连锁的标记转化为操作简便、表现稳定的SCAR标记,命名为SR375。     

梅单瓣复瓣花的相关分子标记初探

 应用RAPD分子标记技术和SCAR 分子标记技术研究了梅单瓣花与复瓣花相关的分子标记。结果表明从34 个随机引物中筛选到一个多态性引物OPP01 , 扩增出只有单瓣花类型具有的分子量为1899 bp的DNA 特异片段, 即OPP01-DS-1899 ; 根据该序列设计大小分别为25 bp 和24bp 的一对引物SSD-1 和SSD-2 ,将RAPD 标记转为SCAR 标记, 该标记大小为1079 bp 。     

桃花粉可育基因连锁的RAPD 标记与SCAR标记的转化

 桃品种以重阳红(花粉不育) ×大久保(花粉可育) 的52株F₁代群体为试材, 应用RAPD技术, 结合集群分组分析法(Bulked Segregate Analysis, BSA) 构建花粉可育/不育基因池, 利用180个随机引物, 筛选在花粉可育基因池中稳定扩增的一个RAPD标记OPW03-900。经过重复性验证和群体单株验证, 该标记仅在花粉可育个体(重组型除去) 中出现, 与桃花粉可育/不育位点的连锁距离为5.80cM。将该特异性片段回收、克隆、测序, 并设计一对特异SCAR引物, 再对F1代个体进行PCR扩增, 发现该特异带的位点及重组型个体的数目与RAPD扩增结果一致, 片段大小为906 bp, 命名为SCW03-906,表明RAPD标记已成功转化为与桃花粉可育基因连锁的SCAR标记。该序列已被GenBank收录, 登录号为DQ659676。     

黄瓜全雌性基因连锁的AFLP和SCAR分子标记

 本研究以全雌品种‘戴多星’自交系和弱雌品种‘北京截头’自交系为双亲杂交获得F₁ ,然后得到F₂ 性型分离群体, 利用分离群体分组分析法(Bulked Segregant Analysis, BSA) 构建全雌和弱雌两个基因池, 筛选了64对AFLP选择性引物EcoR I-NN +Mse I-NNN组合, 发现EcoR I-TG +Mse I-CAC引物组合在全雌基因池中扩增出一条分子量为234 bp的特异带。经F₂ 代单株验证, 该特异条带能在全雌单株中稳定出现。以MAP MAKER (Version 310) 软件分析, 该标记与全雌性位点的连锁距离在617 cM。命名该连锁标记为TG/CAC₂₃₄。将该特异条带回收、克隆、测序, 设计特异SCAR引物, 再对F₂ 代单株基因组DNA进行扩增, 仅在全雌单株中扩增出1条分子量为166 bp 的特异带, 表明已成功地将与黄瓜全雌性连锁的AFLP标记转化为操作简便、表现稳定的SCAR标记, 该标记命名为SA₁₆₆。     

桃果实白肉/黄肉性状的RAPD标记向SCAR标记的转化研究

以桃品种京玉和美味的正反交69株F1群体为试材,利用RAPD技术扩增出了与桃果实白肉/黄肉性状连锁的899bp的多态性片段,经克隆、测序后,根据获得的序列重新设计了一对引物进行SCAR转化。利用引物对BFP15/60成功将RAPD标记转化成了SCAR标记,并命名为SCU03-900。该标记仅在果肉为白肉的个体和重组型个体中出现,与白肉/黄肉性状的连锁距离为21cM,且扩增稳定,为桃果实白肉/黄肉性状育种的分子标记辅助选择奠定了基础。     

苹果柱型基因Co的一个AFLP 标记的SCAR转换

 将苹果柱型基因的一个AFLP 标记成功地转换成了简单实用的SCAR 标记。首先对AFLP 标记片段进行序列测定, 然后根据序列特点设计了两对特异引物CoA1/ CoA2 和CoA1/ CoA3 , 每条引物长20 bp。PCR 结果表明CoA1/ CoA2 可以扩增出216 bp 和148 bp 两条带, 其中216 bp 的为柱型性状的特征带; CoA1/CoA3 可以扩增出273 bp 和205 bp 的两条带, 其中273 bp 的为柱型性状的特征带。两对引物在杂交后代中扩增出的特征带与柱型性状的分离重组率都很低(CoA1/ CoA2 为6. 3 % ±2. 5 %; CoA1/ CoA3 为7. 3 % ±2. 6 %) , 所以它们都可以作为该SCAR 标记的特异引物所用。     

黄瓜抗炭疽病相关基因AFLP标记的SCAR转换

将黄瓜抗炭疽病相关基因的一个共显性AFLP标记成功地转换成了简单实用的SCAR标记。对AFLP标记片段进行序列测定,根据序列特点设计了特异的SCAR引物,引物长18～21 bp。PCR结果表明,引物对（1）可以扩增出131 bp和125 bp两条带,引物对（2）可以扩增出178 bp和172 bp两条带,分别为抗炭疽病的特征带和感炭疽病的特征带。将该两个标记命名为SCEM131/125和SCEM178/172,两对引物在F2单株和抗感病材料验证中符合率高达97.27%,可以用于黄瓜炭疽病的分子鉴定。     

建兰38个品种的RAPD分析

 应用RAPD标记对建兰38个品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。用筛选的18个10 bp随机引物对其DNA进行PCR扩增,共扩增出116个位点,其中多态位点103个,多态位点比率占88.79%,表明建兰38个品种具有丰富的遗传多样性。38个品种间的遗传距离为0.0420~0.5385(均值0.2902)。基于RAPD标记的建兰38个品种的UPGMA聚类结果支持将建兰分为彩心和素心两个变种,以及素心多由彩心变异而来的传统分类观点。研究发现：引物S153-650 bp位点是'闽西鱼魫'、 '鱼魫大贡'、 '鱼魫'和'银边鱼魫'的特异标记,引物S38-1 200 bp位点是'十六罗汉'和'鱼魫'的特异标记,引物S38-800 bp位点缺失是'马耳四季'的特异标记。     

桃果实有毛/无毛性状的SCAR标记

 以桃品种‘京玉’和‘美味’的正反交69株F1 群体为试材, 利用RAPD技术扩增出了与桃果实有毛/无毛性状(G/ g) 连锁的2 258 bp的多态性片段, 经克隆、测序后, 根据获得的序列重新设计了两对引物进行SCAR转化。引物对BFP94 /BFP95在有毛和无毛个体中均扩增出了2 258 bp的片段, RAPD显示的多态性消失。利用引物对BFP96 /BFP98成功将RAPD标记转化成了SCAR标记, 并命名为SCP2022258。该标记仅在果实有毛的个体中出现, 与有毛/无毛性状的连锁距离为718 cM, 且扩增稳定, 为桃果实有毛/无毛性状育种的分子标记辅助选择奠定了基础。     

金棚1号番茄种子纯度检测的SCAR标记

以金棚1号番茄及其父、母本为试材，提取叶片DNA，优化构建了稳定的RAPD反应体系。从在番茄上多态性丰富的100条随机引物中筛选获得1条可用于鉴别母本和F₁的引物S130，2条可用于鉴别父本和F₁的引物S296和S114。将扩增所得到的差异条带进行克隆、测序，设计出1对SCAR引物RF2/FF2，能特异鉴别F₁和母本。进一步建立了以干种子为试材检测金棚1号番茄种子纯度的SCAR标记检测体系。     

中国野生葡萄果实抗白腐病基因的分子标记

 以感病×抗病的葡萄种间杂交组合白玉霓×塘尾的F₁ 代17 个单株及塘尾自交一代16 个单株为试材, 采用BSA 法和RAPD 技术, 通过对155 个随机引物的筛选, 获得了一个与中国野生葡萄抗白腐病基因连锁的RAPD 标记OPP09-760 , 并在中国野生葡萄8 个种的32 个株系及欧洲葡萄16 个品种中得到验证。进一步将该DNA 片段克隆并测序, 根据两端序列, 设计了一对长26 bp 的特异引物分别扩增供试材料, 获得了与该RAPD 标记相同大小的DNA 片段, 成功地将RAPD 标记转化为SCAR 标记, 可以用作抗白腐病基因的分子辅助选择的依据。     

番木瓜雄性性别的RAPD和SCAR标记

利用RAPD标记技术鉴定番木瓜雄性性状。在214条随机引物中,用引物Z18扩增得到1条雄性多态性片段,此片段存在于试验所用材料的所有雄株中而两性株和雌株没有,将其命名为Z18-1000。根据对该片段的序列分析结果重新设计了2对引物将RAPD标记成功转化成了SCAR标记,并命名为SD-1000。     

利用RAPD和SCAR标记鉴定草莓品种

 利用RAPD和SCAR标记对32份草莓材料进行了鉴定, 结果表明: 8个RAPD引物共扩增出85个标记, 其中71个为多态性标记, 多态性比率为83。5%。25份草莓材料的RAPD图谱差异较大, 易于区分。利用具有多态性的RAPD标记, 对28份草莓试材的亲缘关系进行分析, 初步鉴定出同名异物和同物异名品种。两个RAPD标记被转化为片段长度分别为378 bp和214 bp的显性SCAR标记, 其多态性与相应RAPD标记一致。利用这两个SCAR标记对草莓品种进行了初步鉴定。     

中国葡萄属野生种抗旱基因的分子标记及遗传分析

以葡萄属种间杂交组合燕山葡萄×河岸葡萄的F_1代群体为试材,采用BSA法构建抗旱植株DNA混合样,从300个随机引物中初步筛选出7个可以扩增出多态性DNA的随机引物,用于对供试材料扩增分析,获得了与中国葡萄属野生种抗旱基因连锁的RAPD标记S226-1100、S271-550、S1165-1500、S264- 1300、S195-1000、S1345-1400和S513-1700。并将7个RAPD标记在中国葡萄属野生种、欧洲葡萄、美洲种的冬葡萄和沙地葡萄等18个株系或品种中做了进一步分析。对与目标性状连锁较紧密的RAPD标记S226- 1100进行了克隆测序,转化成专一性的SCAR标记DR-760。经JoinMap 3.0软件分析表明,RAPD标记S226-1100、S271-550、S1165-1500与目标基因位点处于同一个连锁群上,其中以S226-1100与目标基因位点距离较近,为21.8cM。     

阿月浑子性别鉴定的RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对新疆阿月浑子(PistaciaveraL.)地方品种雌、雄株进行性别鉴定的研究。通过叶片总DNA抽提、RAPD标记分析及反复的试验筛选,找到了一个适用于新疆阿月浑子的RAPD反应体系和循环参数。采用OPO08引物对雌、雄株基因组DNA扩增出性别之间差异性的核苷酸片段,证实雄性植株DNA的扩增产物有一条大约700bp的特异性条带,而雌性植株则无此特异性条带。即找到一条与阿月浑子性别相关的基因标记,表明RAPD技术可应用于新疆阿月浑子地方品种的性别鉴定。此研究是对我国雌雄异株果树阿月浑子在分子水平进行早期性别鉴定的一个尝试。     

用于黄瓜白粉病抗病性鉴定的SCAR标记

将黄瓜白粉病抗性相关基因的一个共显性AFLP标记成功地转换为简单、实用的SCAR标记。根据AFLP标记片段序列信息 设计了两对特异性引物SCPM166和SCPM66。PCR扩增结果显示,SCPM166在抗病亲本、抗病单株和杂合类型单株中均扩增出了大 小为166 bp的特异片段,感病亲本与感病单株均无此特异片段,表明该SCAR标记可以鉴定纯合感病个体;SCPM66在感病亲本 、感病单株和杂合类型单株中均扩增出了大小为66 bp的特异片段,抗病亲本与抗病单株均无此特异片段,表明该SCAR标记可 以鉴定纯合抗病个体。若将两个显性SCAR标记结合起来,相当于一个共显性的SCAR标记。     

核桃早实性状相关联的RAPD标记

运用RAPD技术进行核桃早实性状相关的分子标记研究,用180个随机引物,共扩增出1600条DNA带,选出5个多态性引物,进一步用这5个引物进行单株确认,发现只有引物OPG15在早实类群的8个个体中扩增出一条710bp的特异带,而晚实类群的8个个体中无此特异带。初步分析认为,OPG15710可能是与核桃早实性状相关的分子标记,该标记需进一步确定。