快速多重SSR法在玉米种子纯度鉴定中的分析

近几年,随着中国玉米品种数量的激增,对制种基地玉米种子纯度质量检测提出了新的挑战。为更快、更准确地鉴定玉米种子纯度中的自交苗和异型株,本研究采用9对优异SSR引物,建立了快速PCR程序,可在28 min内完成PCR扩增。采用TaKaRa Multiplex PCR assay kit体系,基于快速PCR和多重PCR,建立了快速9重PCR体系,结合碱裂解DNA提取法和荧光毛细管电泳,1 h 30 min内可完成SSR纯度鉴定基因分型全流程。采用快速9重PCR体系对一份96粒‘郑单958’检测样品进行纯度鉴定,共检测出93个正常个体,2个自交个体,1个异型株,鉴定结果与常规PCR结果完全一致。该快速PCR体系扩增结果稳定、重复性强、节约成本、峰型易判断,能大大提高检测工作效率,对种子纯度鉴定、品种真实性检测以及SSR基因型检测有较高应用价值及前景。     

玉米杂交种纯度鉴定SNP 核心引物的确定及高通量检测方案的建立

纯度是玉米种子质量的重要指标之一,尤其杂交种自交株是影响田间产量的关键因素。KASP(kompetitive allele specific PCR)技术具有高通量、低成本的优点,适用于种子纯度检测。本研究基于12套杂交种及其父母本的三联体样本及335份玉米杂交种国家审定标准样品SNP指纹,从384个SNP基础位点筛选获得60个候选位点,位点转化为KASP引物的成功率为95%。综合考虑引物双亲互补率、多态性、稳定性和分型效果等多项指标,最终确定20个引物作为玉米杂交种纯度鉴定的核心引物,能够有效鉴定99.7%供试样品纯度。对于待测样品京科968通过SNP-DNA指纹数据库查询,并选择双亲互补型引物进行纯度鉴定。在检测的110个个体中,共检出1个自交苗和2个异型株,纯度为97.3%。同时,基于纯度核心引物对批量样品检测建立高通量纯度检测方案,具有快捷、准确、高通量和低成本的特点,为政府监管和企业提供了更多纯度鉴定方案的选择。     

6个玉米杂交种种子纯度的SSR鉴定

玉米杂交种纯度是影响玉米产业发展的重要因素之一,建立快速、准确可靠的纯度检测技术是控制杂交种纯度的有效措施。从30对SSR引物中筛选出6对表现为双亲互补型的引物,建立了6份杂交种纯度鉴定的SSR体系。Umc1002、bnlg1112、bnlg238、Umc1153、phi072、bnlg240可分别用于玉米杂交种农大108、浚单20、郑单958、莱农14、莱农15和鲁玉16的纯度检测。双亲互补型等位变异基因频率在0.028～0.072之间,可较准确地检出样品中的自交株和大部分异型株。SSR鉴定玉米杂交种纯度结果略低于幼苗鉴定,但二者差异不显著,相关系数为r=0.8434。本试验建立的SSR技术体系可用于6个玉米杂交种纯度的快速检测。     

利用SSR标记技术鉴定玉米品种真实性的研究

从20对SSR基本引物中筛选出核心引物,并对辽宁省主推玉米品种进行真实性研究。利用SSR标记技术,选取均匀覆盖玉米染色体组的20对SSR引物对玉米品种进行PCR扩增分析。依据带型清晰与否、稳定性等筛选出14对核心引物用于辽宁省主推玉米品种的真实性鉴定,其中以引物bnlg161k8的多态性最好,且仅采用bnlg161k8、bnlg2305k4及umc1705w1三对引物即可以对实验中所选玉米品种进行真实性鉴定。bnlg161k8、bnlg2305k4及umc1705w1这三对引物可作为玉米品种真实性鉴定的首选引物,既节约成本,又提高效率。     

花菜类杂交种纯度鉴定SSR核心引物筛选

采用SSR分子标记方法对70份青花菜及花椰菜杂交种进行DNA指纹分析,根据多态性和杂合率2个指标,确定一套适于花菜杂交种纯度鉴定的SSR核心引物。结果表明,BoGMS0624、OI11G11 和 BoGMS0941等3个SSR 标记的多态性和杂合率较高,利用这3个引物进行鉴定,共有68个品种(占97%)为杂合带型,可作为花菜品种纯度检测的核心引物;此外本研究还筛选出 11个品种的纯度鉴定特异引物,可以满足快速检测的需求。     

适合甜菜品种鉴定的SRAP核心引物的筛选

为筛选适合甜菜品种纯度鉴定的SRAP核心引物,以12个进口国外甜菜品种为材料,对546对SRAP引物组合进行扩增,利用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离,选择适合甜菜品种纯度鉴定的SRAP核心引物组合。结果从546对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、重复性好的引物组合23对,这23对引物组合共扩增出177条多态性条带,引物的PIC值均大于0.6。平均每对引物扩增7.7条多态性条带,从理论上讲,这些核心引物完全可以实现对现有甜菜品种的鉴定。     

混株方案在玉米自交系纯度检测中的可行性

本研究以‘京724’、‘京2416’、‘MC121’和80份自交系为材料,基于SSR标记探究混株法在自交系纯度检测中的可行性。采用梯度混株法确定适用于纯度检测的最适混株数量,来减少前期样品处理的工作量。结果表明,80份自交系中的异型株大多是同母本杂交种,与亲本有一条共同带型,少数异型株为其他自交系。在9株自交系中混合1株同母本杂交种能够准确地扩增出异源DNA;19株自交系中混合1个其他自交系能够准确扩增出异源DNA。在混合同母本杂交种的混株检测中,异源DNA占比3.3%以下时异型带不能被准确识别,占比5%以下3.3%以上时在1、4、8和9这4对引物可以识别出异型带,占比5%以上时异型带能够被准确识别。此方法可以应用到玉米自交系纯度检测中,满足实际应用中对自交系检测快速准确的需求。     

茄子SSR多态性引物的筛选及品种纯度鉴定

为应用分子标记建立一套快速准确的杂交种鉴定方法,利用已有的236对SSR分子标记对3个茄子品种进行多态性标记筛选,并进行待测品种的分子标记纯度鉴定以及田间纯度鉴定,获得特定品种的指纹信息。结果显示,筛选出用于茄子纯度鉴定的多态性引物15对,利用该系列引物进行纯度鉴定,品种1-2010、3-2010和9-2010纯度结果分别为98%,96%和100%,在此基础上获得了对应品种的指纹信息。应用SSR进行茄子品种纯度鉴定与田间检测结果一致,证明分子标记检测茄子杂交种纯度可行且高效,具有一定的理论和应用价值。     

SSR标记对甜瓜品种纯度和真实性的鉴定

建立SSR指纹鉴定甜瓜杂交种纯度的技术体系,对于利用分子标记进行品种纯度和真实性鉴定具有重要的意义。以12个甜瓜杂交种及其亲本为试验材料,确定了杂合率高,能够区分甜瓜杂交种与双亲的11对SSR引物,其中5个引物对其中6个杂交种具有特异带型,进一步结合其它引物可将杂交种中混杂的其它11个品种的异型株鉴别出来。通过对照12个甜瓜杂交种的51份样品,分子标记检测纯度的结果与田间纯度鉴定的结果进行验证,利用统计学的方法对SSR指纹检测的结果与田间地里植株的形态性状鉴定的结果进行了显著性分析,结果证明,SSR分子标记技术检测技术体系可以取代地里经典的形态性状鉴定方法,用于甜瓜杂交种纯度及真实性快速鉴定。     

适于甜菜品种鉴定的SSR核心引物的筛选

为了筛选出适合于甜菜杂交种鉴定的核心引物,以16个在中国种植面积较大的进口甜菜品种为材料,对已公布的130对甜菜SSR引物以及70对甜菜EST-SSR引物进行筛选。结果从200对甜菜SSR引物中筛选出了24对扩增条带清晰、重复性好且多态性高的核心引物。这24对引物中有22对引物的PIC值大于0.5,其中7对引物的PIC值均大于0.8,可以作为甜菜品种鉴定的首选核心引物。利用筛选出的核心引物对16个甜菜品种进行聚类分析,结果16个品种分为3类,基本上是同一公司的品种聚在了一起。甜菜SSR核心引物的筛选将大大加速甜菜品种纯度和真实性鉴定的速度,也将更快的促进甜菜分子生物学其他领域的发展。     

利用SSR快速鉴定棉花品种真实性和纯度

利用SSR分子标记技术对棉花品种真实性和纯度进行分析研究,旨在为棉花品种提供分子鉴定依据。以具有代表性的棉花品种为材料,经过引物初筛和复筛,确定26对均匀分布于棉花染色体上的SSR核心标记。结果表明,26对核心标记在120份材料中筛选得到138个等位位点,其中129个为多态性位点,多态性比率达93.48%。以标准样品为对照,利用26对核心标记对10份棉花常规种进行真实性鉴定,发现仅有源棉6号与标准品种的DNA图谱高度一致,其他9份常规种与标准品种均存在8~18个差异位点,分子鉴定结果与田间鉴定相符。另外分别筛选5对特征引物作为纯度检测标记,采用单位点平均法统计4份常规棉品种检测结果表明,源棉6号纯度最高,为98.0%,源棉1号最低,为90.5%,检测结果与田间纯度鉴定呈现正相关性。研究表明利用SSR标记技术鉴定棉花品种真实性和纯度的方法完全可行。     

黑龙江省部分审定玉米品种亲本自交系的遗传多样性分析

黑龙江省气候条件特殊,血缘关系有些混杂,系谱关系已不太清楚,种质资源匮乏问题尤为突出。利用SSR分子标记技术,分析黑龙江省近年来审定玉米品种亲本自交系的遗传多样性,从79对SSR核心引物目录中,选出43对引物对18份玉米自交系和5个标准测验种进行遗传多样性研究,共检测到174个等位基因位点,每对引物检测到2～8个等位基因,平均每个位点的等位基因变异数4.35个,平均多态性信息量为0.586。UPGMA聚类分析结果表明,23份自交系划分为4个类群。结果表明黑龙江省玉米生产上推广品种的亲本自交系仍然集中在兰卡斯特群和瑞德群两大杂种优势群。     

SSR标记技术在玉米杂交种种子纯度测定中的应用

以21份玉米骨干自交系及其组配的13个杂交种为材料, 进行SSR标记分析. 从220对引物中, 筛选出扩增带型稳定、多态性丰富的58对引物; 杂交种的SSR图谱基本上表现为双亲互补带型. 利用两个或三个引物组合构建的SSR图谱, 通过统计测验可以将13个杂交种区分. 实验表明, 应用SSR标记技术结合单籽粒DNA快速提取方法, 可以快捷、准确     

辣椒杂交种纯度快速鉴定体系建立与应用分析

为了解决辣椒杂交种快速鉴定的问题,有必要建立辣椒杂交种的室内纯度鉴定体系,以兴蔬种业的32个品种的父本、母本和F1共96份为试验材料,利用150对SSR引物对96份材料进行了PCR扩增,寻找扩增差异。扩增结果发现,150对引物中51对能扩增出清晰条带,19对多态性较好,5对引物能够区别兴蔬种业32个品种的父本、母本及其F1。SSR分子标记能够快速准确地鉴定辣椒杂交种纯度与田间鉴定结果一致且成本低廉。     

运用SRAP分子标记鉴定辣椒杂交种纯度

摘要：以辣椒品种航椒4号和航椒5号及其亲本H09-4、H09-2、WS-3、B-2-2为试验材料,运用SRAP分子标记技术研究了辣椒杂种与其亲本之间 扩增条带的多态性,鉴定和分析了航椒4号辣椒品种的真实性。结果表明,所试验的18对SRAP引物中有13对引物分别在2个辣椒杂交种和其亲本之间存在扩增条带的多态性,平均每个引物组合扩增的清晰条带数为23.5条,多态性比率为58.89%,其中有3条偏母型引物,2条偏父型引物, 2条互补型引物。用互补型引物DC1-EM9对航椒4号和航椒5号进行了各100粒种子SRAP鉴定,所测纯度分别为100%和97.3%,与田间纯度100%和98.9%非常接近,表明了SRAP分子标记技术是鉴定辣椒一代杂种纯度的有效方法,具有准确、可靠、快速的特点,在辣椒杂交种子纯度室内快速检测中有很大的应用前景。     

玉米杂交种DNA指纹图谱及其在亲子鉴定中的应用

采用79对SSR引物分析了86个玉米杂交种的72份亲本自交系的遗传多态性,从中筛选出扩增带型清晰、稳定的50对引物用于构建86个杂交种的DNA指纹图谱数据库;进而确定10对核心引物和判别标准用于亲子鉴定研究。结合玉米SSR分子标记检测技术和单籽粒DNA快速提取方法,DNA指纹数据库和判别标准可有效地用于玉米杂交种的亲子鉴定。     

棉花常规种种子纯度的SSR分子标记鉴定

棉花是新疆重要的经济作物,寻找一种有效的棉花品种(系)纯度检测方法是解决目前市场上棉花品种多、乱、杂问题的有效途径.本研究选取新疆棉花品种(系)中的41个常规种为试验材料,利用简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)分子标记技术筛选出15对条带清晰、多态性高的核心引物,对41份试验材料进行...