犬体内类圆线虫的分子鉴定

为了鉴定来自斗牛犬体内的类圆线虫种类,试验提取了虫体的总DNA,对核糖体内转录间隔区(ITS)和线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)部分序列进行扩增、克隆、同源性分析及构建系统进化树。结果表明:rDNA ITS序列全长为580 bp,其中ITS1序列长度为216 bp;得到的cox1序列长度为961 bp;ITS1和cox1序列均与粪类圆线虫同源性最高,分别为99.5%和99.8%;基于ITS1和cox1序列与Gen Bank中相关线虫进行遗传进化分析,类圆属线虫处在一个大的进化分支上,亲缘关系最近。说明采自病犬体内的线虫为粪类圆线虫。     

以ITS-1+序列鉴定牛源环孢子虫

根据OenBank上已发表的环孢子虫（Cyclospora）rDNA序列设计并合成1对引物，利用PCR技术时首次在牛体内发现的形态学特征与人环孢子虫（Cyclospora cayetanensis）极为相似的牛源环孢子虫的ITS-1＋序列进行了扩增。将PCR扩增出的片段纯化后，克隆至pGEM—TEasy载体后进行序列测定，并利用NCBI在线BLAST程序对测序结果进行了同源性比较和序列分析。分析结果显示，扩增的ITS-1＋大小为865bp的片段，包含18S部分序列（371bp）、ITS-1全序列（385bp）和5．8S部分序列（109bp）。序列同源性分析表明，该牛源环抱子虫为艾美尔科原虫，但不同于目前已知的各种艾美尔科原虫，可能是一种新发现的原虫。     

通过16S rDNA全序列分析及鉴定牛沙门氏菌

通过16S rDNA全序列的DNA同源性分析以及PCR-RFLP分析,对从山东某奶牛场送检的腹泻死亡的犊牛内脏中分离到的一株沙门氏菌进行了血清型鉴定,得到其系统发育树状图。系统发育树分析表明,该沙门氏菌菌株与GENEBANK上发表的27株沙门氏菌的16S rDNA同源性较高,为97-99％,该沙门氏菌菌株与鼠伤寒沙门氏菌LT2（Salmonella typhimurium LT2）的同源性最高,达到了99．7％,表明该沙门氏菌菌株为鼠伤寒沙门氏菌。     

老挝家蚕线粒体cox3基因序列分析及分子进化研究初探

对老挝家蚕品种L11的线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)cox3基因(cox3)进行PCR扩增、克隆和序列分析。结果表明,在测定的909bp的片段中,含有ATPase 6基因及tRNA-Gly基因的部分序列和cox3全序列。其中,cox3读码框包括789个核苷酸,编码262个氨基酸。L11 cox3和已经公布的家蚕(中国家蚕品种夏芳、日本家蚕Aojuku、韩国家蚕Backojam)mtDNAcox3基因完全一致,但与日本野桑蚕、中国野桑蚕的氨基酸同源性分别为99%和98%。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8SrDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989 bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359 bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0% 和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。     

通过16S rDNA全序列分析及鉴定牛沙门氏菌

通过16S rDNA全序列的DNA同源性分析以及PCR-RFLP分析,对从山东某奶牛场送检的腹泻死亡的犊牛内脏中分离到的一株沙门氏菌进行了血清型鉴定,得到其系统发育树状图。系统发育树分析表明,该沙门氏菌菌株与GENEBANK上发表的27株沙门氏菌的16S rDNA同源性较高,为97~99%,该沙门氏菌菌株与鼠伤寒沙门氏菌LT2(Salmonellatyphimurium LT2)的同源性最高,达到了99.7%,表明该沙门氏菌菌株为鼠伤寒沙门氏菌。     

山羊源枝睾阔盘吸虫的形态和分子鉴定

为鉴定采自西昌市6只山羊体内的小型吸虫的种类,本研究采用传统的形态学观察和PCR方法对其进行种类鉴定。经形态学观察,发现采自6只山羊体内的吸虫与枝睾阔盘吸虫形态相似;对6个样本虫株cox1基因部分序列进行PCR扩增和序列测定,并用cox1序列构建其与其他吸虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的吸虫cox1基因片段大小为429 bp,6个虫株的同源性为97.7%~99.8%;构建的NJ系统发育树显示6个虫株与胰阔盘吸虫的亲缘关系最近。因此,结合形态学观察结果,将分离的6个小型吸虫虫株均鉴定为枝睾阔盘吸虫。研究结果为枝睾阔盘吸虫病的分子诊断、分子流行病学调查的进一步研究奠定了基础。     

猬迭宫绦虫线粒体cox3基因的克隆及序列分析

本研究旨在阐明猬迭宫绦虫湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅲ亚基（cox3）基因部分序列（pcox3）的遗传变异情况。利用聚合酶链反应（PCR）扩增猬迭宫绦虫的pcox3,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对,同时利用DNAStar 5.0中的Megalign程序进行同源性分析,再用Phylip 3.67程序MP法绘制系统发育树,并与GenBank中已知猬迭宫绦虫相应基因序列进行比对分析。结果显示,所获得的pcox3序列长度一致,均为264 bp,湖南分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分支,来自湖南省的猬迭宫绦虫pcox3序列有微小差异。本研究结果为猬迭宫绦虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究奠定了基础     

新疆部分地区规模化猪场猪囊等孢球虫的套式PCR检测及感染情况分析

[目的]了解新疆部分地区规模化猪场猪囊等孢球虫的感染情况。[方法]基于猪囊等孢球虫SSU rDNA基因位点设计引物，采用套式PCR法对采集自新疆7个规模化猪场的801份猪新鲜粪便DNA样本进行检测；对不同养殖场、不同年龄段猪的猪囊等孢球虫感染率进行比较分析，对获得的SSU rDNA序列进行比对分析并构建种系发育进化树。[结果]调查猪场中猪囊等孢球虫感染率为5.74%（46/801），以沙雅县养殖场感染率最高，为14.00%（14/100），不同养殖场猪囊等孢球虫感染率统计学差异极显著（χ²=27.081，df=6，P<0.01）。未断奶仔猪、断奶仔猪、育肥猪和母猪的猪囊等孢球虫感染率分别为14.79%（25/169）、5.78%（13/225）、2.31%（4/173）和1.71%（4/234），不同年龄段猪的猪囊等孢球虫感染率统计学差异极显著（χ²=36.366，df=3，P<0.01）。序列比对和种系发育分析显示，获得的46条猪源囊等孢球虫SSU rDNA序列与安徽省凤阳县猪源猪囊等孢球虫分离株（GenBank登录号：KX808495）SSU rDNA序列的同源性均为100%，处于同一个亚群。[结论]新疆部分地区规模化猪场猪囊等孢球虫感染较常见，应加强检测和防治工作。     

孔雀组织滴虫病病理与分子诊断

为了从分子水平上对引起黑龙江省海伦市某孔雀养殖场孔雀死亡的病原进行准确鉴定,试验首先剖检死亡孔雀并取盲肠内容物染色镜检,根据剖检病理变化及镜检结果初步怀疑是组织滴虫病;提取肝脏病灶组织DNA,扩增组织滴虫核糖体18S和ITS rDNA序列,对获得的序列与相关组织滴虫序列进行比对分析并构建系统发育树。结果表明:孔雀病变部位主要在盲肠和肝脏,盲肠壁增厚、充血,肠内容物干酪化形成盲肠肠芯,肝脏表面出现数个圆形、稍凹陷、黄绿色的溃疡灶。镜检可见虫体呈多形性,有一条粗壮的鞭毛。该虫体18S rDNA序列长度约为600 bp,与GenBank上登录的江苏扬州株(JX963646)同源性为99.47%;ITS rDNA序列长度约为360 bp,与美国火鸡组织滴虫(HQ334189)同源性为96.00%。基于18S与ITS rDNA构建的系统发育树均形成两大分支,而试验得到的分离株均位于火鸡组织滴虫属集群内。说明引起黑龙江省海伦市某孔雀养殖场孔雀死亡的病原为火鸡组织滴虫。     

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。     

刚地弓形虫18S rDNA基因的克隆与序列分析

采用PCR方法从弓形虫RH株和CN株总DNA中分别扩增到18S rDNA基因，与pGEM-T easy vector连接，并进行DNA测序分析。结果表明，2个虫株均扩增出1745bp的片段，用DNAMAN软件对其与GenBank上2个虫株相应序列进行同源性比较，4个虫株的同源性为99．34％。刚地弓形虫虫株在不同宿主和不同区域上存在着一定的差异。     

东方巴贝斯虫的18S rRNA基因的扩增及系统发育研究

利用真核生物18S rRNA基因的PCR通用引物对寄生于中国水牛的巴贝斯虫（已命名为东方巴贝斯虫-BnbPsia orientalis）基因组DNA进行扩增，得到其18S rRNA全基因片段，测序后blast分析表明该虫种属巴贝斯虫无疑。将该基因1700bp长片段序列与GenBank中15种已知巴贝斯虫的相应序列进行比较分析，建立系统发育树。结果表明，东方巴贝斯虫与南非未定种的巴贝斯虫亲缘关系最近，与羊巴贝斯虫亲缘关系较近，与牛巴贝斯虫、双芽巴贝斯虫的亲缘关系较远。这一结果说明水牛东方巴贝斯虫是一独立种。     

泡状带绦虫线粒体部分基因克隆及序列比对分析

采集甘肃兰州市区宠物犬体内两株泡状带绦虫,运用分子生物学方法对其线粒体部分基因进行克隆,并使用基因分析软件Larsergene V7.1进行序列分析,结果发现这两株虫体同源性达到99.6%,与国内的泡状带绦虫广东虫株和甘肃虫株同源性分别达到98.7%和98.4%,鉴定为泡状带绦虫;与其他带科绦虫同源性均高于85%,低于88%。其中,与国内牛带绦虫同源性最高,为88%;与国内巨颈带绦虫同源性最低,只有85.1%。推断不同带科绦虫的cox1基因种间差异明显,在带科绦虫的分类上意义较大。     

湖南娄底市犬弓首蛔虫流行状况及线粒体cox1和nad4序列变异分析

为了解湖南省娄底市犬弓首蛔虫流行状况及虫株遗传变异情况，本试验于2021年3—9月对该地区368份犬粪便和104份环境(土壤和水源)样品的犬弓首蛔虫污染情况进行调查；对9个犬弓首蛔虫分离株线粒体cox1和nad4序列进行扩增、测序与分析。结果显示：被调查的犬粪便和环境样品的犬弓首蛔虫虫卵检出率分别为13.59%(50/368)和18.27%(19/104);其中宠物犬(11.74%)较流浪犬(17.36%)来源粪便样品检出率低，公园来源土壤样品(9.09%)较小区来源样品(3.92%)检出率高；9个犬弓首蛔虫分离株线粒体cox1和nad4序列长度分别为424 bp和1 197 bp,核苷酸序列同源性为99.4%～100.0%和98.7%～100.0%,与其他具有代表性蛔虫分离株对应序列同源性均低于90%;9个犬弓首蛔虫分离株线粒体cox1和nad4序列核苷酸多样性分别为0.007±0.002和0.006±0.003。结果表明湖南娄底市犬弓首蛔虫分离株遗传变异较低，但虫卵流行状况严重，且存在于公共环境中，对人类健康造成潜在威胁。     

驯鹿狂蝇(Cephenemyia trompe)线粒体COI基因序列研究

利用分子生物学技术对驯鹿狂蝇蛆及其成蝇（Ccphenemyia trompe）的线粒体COI基因种属特异性序列进行了研究。DNA核苷酸测序结果证实：中国内蒙古株驯鹿狂蝇蛆（C.trompe CIML）及其成蝇（C．trompe CIMA）线粒体COI种属特异性基因片段长度约为672bp～676bp。种系发生进化树分析显示：第三期幼虫与成蝇两者在核苷酸碱基序列上存在一定差异；它们与同种不同挪威株（C．trompel同源性较为接近：与同属不同种（C．stimulator和C．ulrichii）同源性稍差；与不同属种的羊狂蝇（Oestrusovis）同源性较远，狂蝇科不同属间序列差异明显，差异性在18．6％～23％之间；鹿蝇属不同种间差异性在1．9％～9．9％之间：驯鹿狂蝇不同株间差异性为0．9％。说明生物线粒体COI基因核苷酸序列在一定程度上．可反映出种属及株间在进化上的差异性。     

猕猴小袋纤毛虫形态学观察及分子生物学鉴定

旨在对猕猴肠道内的小袋纤毛虫进行形态学观察及基于ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列的分子生物学鉴定分析。收集猕猴的新鲜粪便,经直接涂片、碘液染色、吖啶橙染色和苏木素染色后镜检进行虫体形态学观察;提取粪便总DNA,针对ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列设计特异引物进行PCR扩增、测序,经Blast进行同源性分析,并应用MEGA7.0绘制系统发育进化树。虫体形态学观察显示,镜检可大致判断该虫属于小袋纤毛虫;经碘液染色后可见虫体外周排列致密均匀的纤毛以及清晰可见的胞口;吖啶橙染色后可见一个肾形的大核;苏木素染色后滋养体大核、液泡结构明显;ITS1-5.8SrRNA-ITS2测序结果与GenBank中已公布的结肠小袋纤毛虫序列相似性高达96%以上。利用形态学观察和基于ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列的分子生物学分析,鉴定该寄生虫为结肠小袋纤毛虫(Balantidium coli),研究结果对猕猴肠道寄生虫的鉴定与分析具有重要的临床诊断意义。     

池鹭消化道线虫cox1基因序列分析与虫体鉴定

为了鉴定送检池鹭所感染的消化道线虫种属关系,通过对虫体、虫卵形态学观察和虫体cox1基因的序列分析进行虫体鉴定,即采用PCR扩增线粒体DNA中细胞色素I(cox1)基因,获得有效序列进行NCBI-Blast在线比对,并构建遗传系统进化树。结果显示,池鹭消化道线虫cox1序列长度为443 bp,与狮弓首蛔虫同源性为99%,系统进化分析显示与狮弓首蛔虫位于同一分支。结合形态学观察结果表明,池鹭所感染的线虫属于狮弓首蛔虫,鉴定结果可为池鹭消化道线虫的防治提供参考。     

基于cox Ⅰ基因对猪囊尾蚴河南分离株种系发育关系的研究

利用RT-PCR技术从河南部分地域的猪囊尾蚴中获得10个分离株的cox Ι部分基因序列,其长度为344bp;将其克隆入pMD19-T并测序;分别用Clustal X 1.81程序对序列进行比对,然后用PAUP 4.0程序MP法和NJ法绘制种系发育树,并用PUZZLE 5.2程序构建最大似然树;同时利用WDANSIST 2.5程序和DNAstar 5.0中的Megalign程序进行同源性分析。结果表明,10个河南猪囊尾蚴分离株的coxΙ部分基因序列完全一致,属于猪带绦虫亚洲基因型;猪囊尾蚴coxΙ部分基因可有效区分出Asian和American/African两种基因型,并可用于不同种带科绦虫的鉴别诊断。因此,猪囊尾蚴coxΙ基因有望作为一种鉴别基因用于带科绦虫病和囊尾蚴病的PCR鉴别诊断。     

鸡蛔虫凉山州分离株ITS和5.8S rDNA序列测定及种系发育分析

应用保守引物BD1和BD2对7个鸡蛔虫凉山州分离株的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S rDNA序列进行PCR扩增和序列测定,并用ITS-1、ITS-2序列重构鸡蛔虫与其他蛔虫的系统发育关系。测序结果显示所获得的鸡蛔虫ITS及5.8S rDNA序列大小为974~989bp,同源性为98.9%~100.0%。其中ITS-1、5.8S rDNA和ITS-2片段大小分别为473~481、157和337~359bp,同源性分别为98.5%~100.0%、100.0%和98.5%~100.0%。系统发育树显示所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相区别。研究结果表明,鸡蛔虫的ITS-1、ITS-2序列种内变异小,但种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的虫种鉴定,为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定基础。