槟榔江水牛群体遗传结构的RAPD分析

 为探讨RAPD标记在水牛遗传多样性方面检测的应用价值，以及了解槟榔江水牛的群体遗传结构状况，研究采用随机扩增多态性DNA标记技术对槟榔江水牛20个个体进行了遗传变异分析，从70个随机引物中筛选出15个多态性丰富的引物对其所有个体的总基因组DNA进行了PCR扩增，结果15条引物共产生105种扩增片段，多态片段95条，平均每条引物的扩增带数为7，各引物多态性片段范围在2～12之间，多态频率在40%～100%之间，多态座位平均为90.48%。表明槟榔江水牛的遗传多样性较丰富。     

利用RAPD分子标记分析玉米种质遗传多样性

以RAPD分子标记技术对玉米的10个品种的全基因组DNA进行PCR扩增,再用Popgene32软件和SPSS13.0软件分析扩增结果,研究10个玉米的种质资源遗传关系。结果表明:(1)所选20个引物可扩增出214条RAPD条带;(2)所选引物扩增条带的多态性比率为86.4%,RAPD分子标记扩增10个玉米品种间的相似性系数分别在0.316￣0.654之间;(3)用RAPD-PCR扩增条带的分析结果建立了遗传相关系数矩阵、构建了分子树状图、可将10个玉米品种分为3个类群;(4)RAPD分子标记适合于构建玉米的DNA指纹图谱,进行品种鉴定和遗传分析。     

常绿阔叶林优势种福建青冈的遗传多态分析

利用随机扩增多态DNA标记技术,对福建黄楮林自然保护区7个样地的福建青冈群体进行了基因组DNA多态性分析。从60条引物中共筛选出10个引物,获得随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)扩增位点76个,多态性位点占48.68%,揭示了福建青冈群体具有较高的遗传变异水平。数据分析显示群体间的遗传距离处于0.099 1-0.230 8的范围内。应用DPS数据处理系统对环境因子进一步作对应分析研究,分析环境因子对群体遗传变异的影响,发现遗传距离越接近的群体,其所处的生态环境指标也越接近,表明了福建青冈群体间的遗传差异与生态环境间的差异具有明显相关性。     

养殖大口黑鲈的遗传多样性分析

用RAPD技术分析了广东养殖大口黑鲈Micropterus salmoides 3个群体基因组DNA的多态性.结果表明:用12条随机引物对3个群体共88尾大口黑鲈的基因组DNA进行扩增,共获得了106个位点,平均每条随机引物扩增出8.8个位点;广州群体、顺德大良群体和顺德南水群体的多态位点比例分别为32.08%、33.02%和40.57%;Nei遗传多样性指数分别为0.1151、0.1176和0.1627;Shannon's遗传多样性指数分别为0.1708、0.1742和0.2378.这表明目前广东地区养殖大口黑鲈种质资源还具有一定的遗传多样性,但养殖群体的遗传多样性在降低,且具有不同程度的种质退化.     

人工养殖鲶的TRAP遗传分析

建立了鲶Silurus asotus的TRAP—PCR反应体系,采用24个TRAP引物组合对鲶人工选育群体进行引物适用性的研究,将获得的多态性位点用于研究鲶群体的遗传结构。结果表明：有9个引物组合可产生有效位点,其中多态引物占所筛选引物总数的37．5％,平均每条引物扩增出15个位点。共扩增出135个位点,多态位点数为75,多态位点比例为55．56％。说明TRAP标记技术适用于鲶的遗传多样性研究,可以作为构建鲶遗传连锁图谱的分子标记。     

茄子栽培种与野生种质资源遗传关系的RAPD分析

利用57个RAPD引物标记对16份茄子材料进行遗传亲缘关系分析。结果表明,从200个RAPD引物中筛选出多态性引物57时,这些引物扩增出274条多态性片段,多态性位点百分率达49．73％。以UPGMA方法时其聚类。所有材料间相似系数在O．35—1．00之间,在相似系数0．45水平上可以把材料分成3类。     

3种黄鳝遗传多样性分析

为更好地保护和开发利用黄鳝资源,从40个随机引物中选取30个重复性好、扩增稳定的随机引物,应用RAPD技术对黄鳝属中产自缅甸的山黄鳝、印度尼西亚的穴黄鳝、中国黄鳝的DNA进行遗传多样性分析。共检测到315个位点,3种黄鳝种群间的多态位点比例为85．08％,遗传多样性指数为0．1575．DPS2003种群遗传分析软件包分析显示,3种黄鳝种群间的遗传距离为0．7103,相似度系数为0．2897,表明3种黄鳝都具有较高的遗传变异．     

米心水青冈遗传多样性研究

采用RAPD分子标记技术分析9个自然居群米心水青冈的遗传关系和多样性。20条随机引物共扩出260个条带,平均每条引物扩增出13个条带,其DNA带的分子量在200～3000 bp。其中多态性条带有180条,多态位点比率(PPL)为69.2%。种内Shannon多样性指数为0.302 1,群体内所占比例为72.10%,群体间所占比例为27.90%。种内Nei’s基因多样性为0.204 5,群体内平均基因多样性为0.150 2,基因分化系数GST为0.263 1。米心水青冈的遗传多样性水平处于中等,遗传分化也处于中等水平。     

梭鱼养殖群体与自然群体的遗传结构研究

[目的]掌握渤海地区梭鱼种群的种质资源状况。[方法]应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术,对梭鱼养殖群体与自然群体的遗传多样性进行了分析。[结果]从45个随机引物中选出20个扩增效果稳定的引物进行群体分析。其中,梭鱼自然群体共检出了204个扩增位点,多态位点136个,多态位点比例为66.7%;养殖群体中共检出了217个扩增位点,多态位点130个,多态位点比例为59.9%。[结论]目前梭鱼群体的遗传多样性较为丰富,人工养殖还未对其造成明显的影响。     

山蜡梅复合体的遗传多样性和居群遗传分化研究

将山蜡梅、浙江蜡梅、突托蜡梅统称为山蜡梅复合体,应用RAPD和ISSR标记分别对来自7个不同居群共201个山蜡梅复合体单株进行DNA多样性检验。结果显示:从38个ISSR引物中筛选出12个条带清晰、重现性好、多态性高的引物,扩增出总条带数142条,大小在300～2800bp,多态率达94.37%,PIC0.31,MI3.33。在80个RAPD引物中,选出了12条合适的引物,扩增出条带数226条,大小在150～2200bp,多态率达95.13%,PIC0.37,MI4.91。两种分子标记计算出山蜡梅复合体居群的Nei’s基因多样性指数为0.2952,Shannon信息指数为0.4884,反映出山蜡梅复合体丰富的遗传多样性。进一步的AMOVA分析显示,山蜡梅复合体遗传变异大部分来自居群内变异,并且都达到极显著水平,这表明7个地理居群间存在着比较明显的遗传分化。UPMGA聚类分析发现,7个山蜡梅复合体居群被归为明显的3大支,且地理距离相邻的居群遗传距离也近,说明居群的聚类和地理距离有关。同时分析结果还为解决存在争议的新种的分类工作提供分子水平的有力证据。     

红树植物白骨壤（Auicennia marina）遗传分化的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA（PAPD）分析了分布于广西北海海岸的3个自然分布居群的白骨壤群落，用15个髓机引物进行PCR扩增，3个居群的PAPD多态位点的百分率分别为英罗湾38．35％，大冠沙35．21％钦州湾29．31％。3个居群内的平均遗传距离分别为0．108、0．147和0．165；3个居群两两之间的平均遗传距离分别为大冠沙－英罗湾0．135、大冠沙－钦州湾0．163和英罗湾－钦州湾0．179。结果表明，白骨壤居群内和居群间的遗传变异较低。     

神农架4个珙桐居群遗传多样性的RAPD分析

用随机扩增多态DNA（RAPD）技术对神农架地区4个居群28个珙桐（Davidia involucrate Baill.）个体进行了遗传多样性分析.16个10 bp寡核苷酸引物共检测到87个位点,多态位点49个,多态百分率56.3％,而居群平均多态位点百分率为30.2％.用POPGENE对数据进行了分析,结果显示:居群的平均Nei’s基因多样性为0.111 8,Shannon’s遗传多样性信息指数为0.165 1,总的居群基因多样性为0.169 2,基因分化系数为0.339 2.这表明神农架地区珙桐的遗传多样性较低,其遗传变异以居群内遗传变异为主.      

四种耐寒植物的RAPD分析

用RAPD分子标记对4种耐寒植物进行了基因组DNA遗传多样性分析,从35个随机引物中筛选出了扩增谱带清晰并呈现多态性的20个随机引物,每个引物能产生1-10条RAPD片段,多态性条带占67.61%.利用UPGMA聚类法对4种卫矛属植物的176条谱带进行聚类分析,结果表明,北海道黄杨和扶芳藤聚类成一组,大叶黄杨和金心黄杨聚类成另一组,可见,RAPD技术对卫矛属植物的分类鉴定和遗传多样性评价是有效可行的.     

长江口日本鳗鲡群体遗传多样性RAPD初步分析

对2005年采集自长江口地区4个采样点、5批、共10尾性成熟前成鳗、82尾玻璃鳗的日本鳗鲡样本的遗传多样性进行了RAPD分析。在51条随机引物中筛选出具有稳定扩增、条带清晰的多态性引物16条，16条引物共检测到132个位点，其中多态位点114个（86．36％）。五个采样群体各自的平均杂合度（Hc）在0．2053～0．3150之间，平均基因多样性指数（Ho）在0．2974～0.4526之间；采样群体两两间的遗传分化指数几，在0．0508～0．1524之间。群体内遗传变异和群体间遗传变异对群体总遗传变异的贡献率分别为79．18％和20．82％；Nei的遗传距离在0．0593～0．1425之间；在玻璃鳗采样群体间未发现遗传差异同采样地点及月份有何显著关系，显示它们可能同属一个大混合群体。而遗传距离、遗传分化指数及NJ树分析结果一致表明：成鳗和玻璃鳗之间可能存在相当的遗传距离和遗传分化。     

长江口日本鳗鲡群体遗传多样性RAPD初步分析

对2005年采集自长江口地区4个采样点、5批、共10尾性成熟前成鳗、82尾玻璃鳗的日本鳗鲡样本的遗传多样性进行了RAPD分析。在51条随机引物中筛选出具有稳定扩增、条带清晰的多态性引物16条,16条引物共检测到132个位点,其中多态位点114个（86．36％）。五个采样群体各自的平均杂合度（Hc）在0．2053～0．3150之间,平均基因多样性指数（Ho）在0．2974～0.4526之间;采样群体两两间的遗传分化指数几,在0．0508～0．1524之间。群体内遗传变异和群体间遗传变异对群体总遗传变异的贡献率分别为79．18％和20．82％;Nei的遗传距离在0．0593～0．1425之间;在玻璃鳗采样群体间未发现遗传差异同采样地点及月份有何显著关系,显示它们可能同属一个大混合群体。而遗传距离、遗传分化指数及NJ树分析结果一致表明：成鳗和玻璃鳗之间可能存在相当的遗传距离和遗传分化。     

18份大蒜种质资源遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD标记对大蒜18个品种的遗传多样性和亲缘关系进行分析。从38个随机引物中筛选出6个多态性明显、反应稳定的引物,共扩增出36条谱带,其中多态性谱带27条。根据36个标记位点的信息,利用POPGENE32软件计算相关参数。结果表明,在物种水平上,多态性位点百分率P=75%,平均每个位点有效等位基因数Ne=1.4964,Nei s基因多样性指数H=0.2819,Shannon s多样性信息指数I=0.4158。根据Nei s遗传距离进行各类型间的UPGMA聚类分析,聚类结果将18个品种分为2大类群,成都二水早与其它地区大蒜种质资源有较大差别。     

羽毛针禾种群遗传多样性分析

[目的]从分子水平对羽毛针禾居群内、居群间的遗传分化进行研究,揭示其遗传多样性水平。[方法]使用11条RAPD引物对生长于古尔班通古特沙漠的优良固沙植物羽毛针禾进行居群遗传变异分析。[结果]7个居群76个样品共检测到125个位点,总多态位点百分比为96.8%,居群内平均多态位点百分比为45.3%;羽毛针禾种群Shannon表型多样性指数（I）为0.5151,Nei’s基因多样度指数（h）为0.3471;居群间的基因分化系数为0.5284,即有52.84%的遗传多样性存在于居群间。[结论]羽毛针禾居群有较为丰富的遗传变异,且各居群间已有了明显分化。     

沙地云杉与近缘种红皮云杉和白扦遗传多样性的RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对内蒙古沙地云杉8个居群及其近缘种红皮云杉10个居群、白扦10个居群的遗传多样性进行了研究,所用的16个随机引物在28个居群中共检测到172个位点,平均每个引物扩增带数为10.75条,其中多态位点119个,占69.19％,表现出丰富的RAPD多态性。运用Neis多样性指数(h)和Shannons多样性指数(i)估算出28个居群的遗传多样性水平,且反映出遗传变异主要存在于居群内。根据遗传距离和聚类分析,3种云杉聚为三大类,沙地云杉与白扦的亲缘关系较与红皮云杉近,表明经过漫长的进化,沙地云杉产生了较大的遗传变异,因此支持将沙地云杉划分为独立种。     

中国小麦条锈菌流行小种的RAPD分析

 用随机扩增多态性DNA（Random amplified polymorphic DNA，RAPD）技术对中国小麦条锈菌（Puccinia striiformis f.sp.tritici）流行小种的11个模式分离系（CY17，CY19，CY21，CY22，CY23，CY25，CY26, CY27，CY28，CY29，水源11-1）以及5个分属于两个新发现小种CY30和CY31的分离系进行了基因组DNA多态性分析。用17个10-核苷酸随机引物共获得114个RAPD标记，其中75.4%表现多态性。选取共中的58个RAPD标记通过系统聚类分析确定了供试分离系间的亲缘关系，并与以毒性标记为基础确定的分离系间的演化关系进行了比较。结果表明，DNA多态性与毒性多态性之间没有相关性。利用RAPD标记检测到了小种间以及小种内的遗传变异，有些引物扩增到了分离系特异的RAPD特征图谱。与其它基因组多态性分析技术相比，RAPD分析可为小麦条锈菌的遗传分析提供大量的分子标记，且具有技术操作简单、快速、安全以及仅需微量的模板DNA等优点，对该活体营养病菌的群体遗传结构分析极 具潜力。     

4种卫矛属园林植物的RAPD分析

卫矛属(Celastraceae L.)植物为常绿灌木或稀小乔木,以其对寒、盐、有害气体等逆境的强抗性而为人们所关注。但是,林木品种真实性和纯度的鉴定已经成为困扰苗木质量管理最突出的问题之一。笔者用RAPD分子标记对4种卫矛属植物进行基因组DNA遗传多样性分析,从35个随机引物中筛选出扩增谱带清晰并呈现多态性的20个随机引物,每个引物产生1~10条RAPD片段,多态性条带占67.61%。利用UPGMA聚类法对4种卫矛属植物的176条谱带进行聚类分析。结果表明,北海道黄杨和扶芳藤聚类成一组,大叶黄杨和金心黄杨聚类成另一组。可见,RAPD技术对卫矛属植物的分类鉴定和遗传多样性评价有效可行。