适于甜菜遗传多样性分析的SSR引物筛选

采用CTAB法提取甜菜基因组DNA,对不同作物（甜菜、苜蓿、玉米）的SSR引物进行了筛选。每对引物都有其最适宜的退火温度（TM）,Tm的高低对扩增结果有较大影响。该实验主要通过改变PCK扩增的退火温度（当退火温度比较低时,SSR-PCR扩增的效果条带较多,特异性不好;当退火温度比较高时扩增的条带较少,而且条带也较弱,扩增效率不高）选择合适的引物。从不同作物查阅的91对SSR引物中共筛选出带纹清晰的引物7对,作为甜菜遗传多样性的SSR分析引物,为进一步进行甜菜的分子育种提供理论依据。     

利用SSR标记分析西瓜自交系的遗传关系

为了明确西瓜自交系间的遗传关系,采用SSR和EST-SSR标记分析34份高代自交系的基因型,计算各材料间的相似系数,并进行聚类分析。结果表明,9个基因组SSR和8个EST-SSR标记共检测到83个等位基因,平均4.88个,PIC值变幅为0.112~0.686,平均0.425,基因组SSR的多态性明显高于EST-SSR。所有材料聚为A、B、C3类,B、C 2类包含多态性较高的4份自交系(X36、X48、X84和X89),均为来自西北地区的小果型材料,可以用来丰富栽培西瓜的多样性;A类包含剩余的30份自交系,主要是国内外的单果质量大于或等于1.5 kg的材料(除X38、X80外),其遗传多样性较低,遗传背景需要进一步拓展。A类可分为3个亚类,每个亚类材料的植物学性状和来源地大不相同。研究结果将为西瓜杂交亲本选配和种质资源创新提供理论依据。     

新疆野苹果资源遗传多样性SSR分析

采用SSR标记技术对新疆野苹果7个天然居群180份样品进行了遗传多样性分析,旨在为新疆苹果的杂交育种及优良品种/品系的选育提供理论依据。13对SSR引物共扩增出119条多态性条带,各居群内的多态性位点比率为79.84%~92.25%;居群水平上新疆野苹果的遗传多样性变化趋势基本一致,其中新源居群的有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性(H)和Shannon信息指数(I)在7个居群中最大;种级水平上的Shannon信息指数(I)为0.551 6,居群内为0.468 9;新疆野苹果居群的变异主要存在于居群内部,居群间和居群内遗传多样性分别为15%和85%,说明新疆野苹果居群的变异主要存在于居群内部。     

梨属植物SSR分子标记核心引物的筛选及其聚类分析

【目的】筛选适合梨种质资源遗传多样性研究、品种鉴定分析的SSR核心引物。【方法】利用来源于不同系统、遗传背景差异较大的12份梨种质资源对已报道的800对梨和苹果的SSR引物和本课题组开发的534对SSR引物进行初步筛选,再利用48份不同地理来源的梨种质资源对初筛引物进行复筛,筛选一套适合梨种质资源遗传多样性研究、系统发育和品种鉴定分析的SSR核心引物,并通过遗传多样性分析和聚类分析验证引物的有效性。【结果】初筛出SSR引物131对,进一步复筛筛选出25对清晰稳定、多态性高的核心引物。25对核心引物对48份梨种质资源进行遗传多样性分析,共得到387个等位基因,平均每个位点等位基因数15.48个。各位点杂合度变幅为0.44~0.92,均值0.76;多态性信息含量变幅为0.70~0.92,均值0.85;基因多样性变幅为0.73~0.92,均值为0.87,说明引物的多态性高,能够有效揭示48份梨种质资源的遗传多样性。48份梨种质资源的聚类分析结果显示,西洋梨和东方梨分别聚成了2个类群,东方梨类群中的栽培种和野生种分别聚成了2个亚群;栽培种中的秋子梨品种聚在了一起,白梨和砂梨聚在了一起。【结论】筛选出的25对梨SSR引物,带型清晰、稳定,多态性信息含量均在0.70以上,可作为核心引物用于梨种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究。     

梨属植物SSR分子标记核心引物的筛选及其聚类分析北大核心CSCD

【目的】筛选适合梨种质资源遗传多样性研究、品种鉴定分析的SSR核心引物。【方法】利用来源于不同系统、遗传背景差异较大的12份梨种质资源对已报道的800对梨和苹果的SSR引物和本课题组开发的534对SSR引物进行初步筛选,再利用48份不同地理来源的梨种质资源对初筛引物进行复筛,筛选一套适合梨种质资源遗传多样性研究、系统发育和品种鉴定分析的SSR核心引物,并通过遗传多样性分析和聚类分析验证引物的有效性。【结果】初筛出SSR引物131对,进一步复筛筛选出25对清晰稳定、多态性高的核心引物。25对核心引物对48份梨种质资源进行遗传多样性分析,共得到387个等位基因,平均每个位点等位基因数15.48个。各位点杂合度变幅为0.44~0.92,均值0.76;多态性信息含量变幅为0.70~0.92,均值0.85;基因多样性变幅为0.73~0.92,均值为0.87,说明引物的多态性高,能够有效揭示48份梨种质资源的遗传多样性。48份梨种质资源的聚类分析结果显示,西洋梨和东方梨分别聚成了2个类群,东方梨类群中的栽培种和野生种分别聚成了2个亚群;栽培种中的秋子梨品种聚在了一起,白梨和砂梨聚在了一起。【结论】筛选出的25对梨SSR引物,带型清晰、稳定,多态性信息含量均在0.70以上,可作为核心引物用于梨种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究。     

苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析

应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。     

吉林抚松人参遗传多样性的SSR分析

利用SSR技术对吉林省抚松地区的78份人参样品进行了亲缘关系分析研究。结果表明:同一地区的人参种质资源也存在较大差异,这一差异主要是由其遗传因素决定的;25对引物共扩增227条带条,其中多态性的条带206条,多态性90.75%。     

不同产地中国李资源遗传多样性SSR分析

利用均匀分布在8个染色体连锁群上的16对SSR引物对来自3类产区的24份中国李品种的遗传多样性进行分析,结果表明：各引物的多态信息含量（PIC）在0.547 ~ 0.783间变化,其中引物CPSCT005最低,引物CPSCT022最高。不同引物间有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性（H）和Shannon’s指数（I）分析均存在显著差异,且均为引物CPSCT039最高,引物CPSCT031最低。3类产区所有引物分析表明,Nei’s基因多样性（H）、Shannon’s指数（I）和有效等位基因数（Ne）的关系是：南方品种和北方品种相差不大,均大于国外品种,且南方品种与国外品种先聚到一类。16对SSR引物总共扩出条带86条,其中多态性条带81条,多态性比率为94.19%,平均每对引物扩增位点5.38个。品种聚类分析表明,在遗传距离0.35处,24份中国李材料可分为2大类,大部分北方品种聚为一类,南方品种和国外品种聚为一类,从分子水平支持了以前提出的国外品种起源于中国的说法。     

寒地苹果资源遗传多样性及群体结构的SSR标记分析

对49份寒地苹果资源采用荧光SSR分子标记技术,并利用GenAlEx 6.501软件进行遗传多样性分析,利用NTSYS 1.2软件进行聚类分析,利用STRUCTURE 2.3.4软件进行群体结构分析。结果表明：20对SSR引物通过DNA扩增共检测出278个多态性等位基因,平均多态性等位基因数为13.850,平均有效等位基因数为6.649,香农多样性指数为2.065,观察杂合度和期望杂合度的平均值分别为0.569和0.799,具有较高的遗传多样性。楸子群体与中国苹果群体间遗传距离最小,为0.261,楸子群体与西洋苹果群体间遗传距离最大,为0.411,属于中度分化。基于UPGMA遗传距离的聚类分析,在遗传距离0.80处49份材料可以分成2个类群,第Ⅰ类包括18份资源,全部是中国苹果群体;第Ⅱ类包括31份资源,其中楸子群体10份,中国苹果群体16份,西洋苹果群体5份。在遗传距离0.81处,第Ⅰ类进一步分为Ⅰa和Ⅰb两个亚类,分别包含5份和13份资源。群体结构分组与聚类分析有相似的结果,发现遗传距离和类群归属与地理位置并不完全相关,各群体间存在基因渗透。     

枳属种质遗传多样性及其与近缘属植物亲缘关系的SSR和cpSSR标记分析

 应用核基因组SSR和叶绿体基因组SSR,分析了枳属28份枳及枳杂种种质的遗传多样性及其与近缘属植物的亲缘关系。核基因组SSR分析表明普通枳的遗传差异明显,22个SSR位点的平均多态性信息含量（PIC）为0.51,平均期望杂合度为0.52,表明中国枳种质资源具有较丰富的遗传多样性。在遗传距离约0.16时,22份普通枳可以分成4个类型。叶绿体基因组SSR分析则发现普通枳间基本无差异,表明以母系遗传为特征的枳叶绿体基因组相对保守。富民枳与普通枳无论是在核基因组还是在叶绿体基因组上均存在较大差异,支持富民枳种的地位。SSR和cpSSR结合使用可比较准确地鉴定枳杂种。     

苹果SSR反应体系的建立

为摸索适宜苹果的SSR反应体系,以金冠苹果为试验材料,研究了苹果SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响。对SSR反应体系中的Mg2+浓度、引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、模板浓度以及退火温度进行了探索,确立了适合苹果的SSR反应体系为:在20μL反应体系中,Mg2+、引物和dNTP的最适浓度分别为2.5mmol/L、0.8μmol/L、0.10mmol/L;反应体系中TaqDNA聚合酶宜加入1U,模板DNA应加入15-30ng;引物的最佳退火温度为48.5-52.0℃。并利用该反应体系对10个苹果代表品种进行SSR反应,用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,不同品种间DNA谱带多态性丰富,证实该体系稳定可靠。     

苹果果皮颜色性状的SSR标记

以24个苹果品种以及来自3个不同杂交组合的60个F1代结果单株为试材,对与苹果果皮颜色性状相关的DNA分子标记进行了研究。通过采用集群分类法(Bulked Segregant Analysis,BSA)对当前定位于苹果基因组图谱LG9上的所有SSR引物的分析,筛选到了一个与苹果果皮红色/非红色性状相关的SSR标记CN444542-156,该标记在红色表型上表现为隐性,在非红色表型上表现为显性。进一步分析表明,该标记对F1代单株性状预测的正确率为93.3%。     

20份葡萄种质亲缘关系的SSR分析

利用SSR标记对20份葡萄材料进行了基因组多态性分析,从245对引物中筛选出19对用于葡萄的SSR扩增。共扩增出144条带,均为多态性条带,多态性百分率为100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,20份葡萄材料的遗传相似系数为0.630～0.900,平均遗传相似系数...     

蟠桃种质SSR标记的遗传多样性分析

以38个蟠桃品种和9个其他类型桃品种为试材,利用24对位于桃参考图谱上8个连锁群的SSR引物进行了蟠桃种质资源遗传多样性研究。24对SSR引物共获得179个扩增位点,其中多态性位点171个,多态率达95.53%。蟠桃资源平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.242 5,平均Shannon信息指数(I)为0.379 8;南方蟠桃品种群多态性位点百分率为74.30%,Nei’s遗传多样性指数为0.203 8,Shannon信息指数为0.316 3;北方蟠桃品种群的遗传多样性相对较高,多态性位点百分率为91.06%,Nei’s遗传多样性为0.244 9,Shannon信息指数为0.382 4。群体间存在较小的基因分化系数(Gst=0.065 9),遗传变异有很大一部分是来自群体内,可能与其较大的基因流Nm=7.086 1有关。UPGMA聚类分析结果表明,相似系数为0.66～0.95,在相似系数为0.67时,所有南方品种聚于同一类群,北方品种除新疆蟠桃、黄肉蟠桃及香金蟠外也聚于同一类群,聚类结果支持蟠桃多起源假说。     

无融合生殖苹果砧木F_1代实生苗的流式细胞术倍性分析及SSR鉴定

早期快速、准确地鉴定出无融合生殖苹果砧木F1代实生苗的有性杂种,可以减少土地使用面积,提高育种效率。SSR是鉴定果树杂种实生苗快速有效的分子标记技术之一。研究对青砧二号(A1)和宁8(N8)组合F1代杂种实生苗的22个单株进行了倍性分析及SSR鉴定,并对亲本和F1各单株的植物学特征进行了调查,倍性分析表明,有3株表现为四倍体;SSR分析表明,13株表现为母本带型,为母本的无融合生殖后代;9株表现为杂合带型或父本带型,为母本与父本的有性杂种。SSR鉴定结果和杂交实生苗的田间表现高度吻合。SSR标记技术可以准确地对无融合生殖亲本的有性杂种后代进行早期鉴别。     

浙江部分柿属植物鉴定及亲缘关系的SSR分析

应用SSR对浙江省分布的部分柿属植物(包括柿、浙江柿和金枣柿在内的3种46个基因型)进行了种质鉴定和亲缘关系分析。从已公开序列的20对柿属植物SSR引物中筛选出扩增谱带清晰和多态性丰富的引物11对;应用建立的技术体系,可将同物异名和同名异物的试材得以系统整理,一般认为是同一品种的兰溪大红柿与永康方柿,玉环长柿与永嘉长柿指纹图谱各有不同,应为不同种质。聚类分析结果表明,金枣柿(Diospyros sp.)与其他供试试材间的亲缘关系较远,支持其可能为一新种的观点;浙江柿(D.glaucifolia Metc.)与金枣柿的亲缘关系较远但与柿(D.kaki Thunb.)较近;部分供试日本柿种质与浙江省柿种质的亲缘关系较近。研究结果可为浙江省柿属植物种质资源保护和利用提供一定的科学依据。     

普通核桃(Juglans regia)3个群体遗传结构的SSR分析

以新疆伊犁野核桃、喀什实生核桃及部分栽培品种共80份种质材料为试材,利用来自黑核桃的7对SSR引物进行群体遗传结构分析。结果显示,7对引物多态性带比率为92.3%～100%,均具有较高的多态性;伊犁野核桃、喀什实生核桃及栽培品种3个群体的期望杂合度分别为0.2325、0.3085、0.305,香农系数分别为0.3361、0.4669、0.4646,多态性带百分率分别为56.52、95.83、86.84%,表明3个核桃群体具有较高的遗传多样性水平,3个指标均显示喀什群体的最高、伊犁的最低;从3个群体中随机选出10个株系或品种进行聚类分析,所有参试株系或品种相互交叉,说明伊犁野核桃、喀什实生核桃和栽培品种之间存在基因渗透和交流(基因流Nm=2.0934);讨论了伊犁野核桃、喀什实生核桃和栽培品种的亲缘演化关系,研究结果为"我国是世界栽培核桃的起源中心之一"的论断进一步提供了分子证据。     

葡萄柚4种备选砧木遗传关系的8SR分析

采用SSR分子标记技术对葡萄柚4种备选砧木的遗传关系进行了分析.结果表明,4种砧木之间的遗传距离变幅为0.059 8～0.217 2,枳与曼赛龙柚之间遗传距离最大,美国酸橙与曼赛龙柚之间最小.依照UPGMA的聚类结果将4种砧木分为2组:第1组包含美国酸橙、酸柚和曼赛龙柚,而枳单独构成第2组.结合嫁接试验结果,以已知适宜砧木为参照,从DNA水平选择葡萄柚砧木具有一定的可行性.     

Molecular characterization and genetic relationship among almond cultivars assessed by RAPD and SSR markers

RAPDs and SSRs were used to study the genetic diversity of Iranian almond cultivars and their relationship to important foreign cultivars and three related species. Eight unidentified almond Shahrodi cultivars and three wild almonds (Prunus communis, Prunus orientalis and Prunus scoparia) were also included. Of the primers tested, 42 (out of 80) RAPD and 18 (out of 26) SSR primers were selected for their reproducibility and high polymorphism. A total of 664 polymorphic RAPD bands were detected out of 729 bands. The number of presumed alleles revealed by the SSR analysis ranged from 3 to 10 alleles per locus with a mean value of 6.64 alleles per locus. Both techniques discriminated the genotypes very effectively, but only RAPDs were able to discriminate the cultivars Monagha and Sefied. Results demonstrated an extensive genetic variability within the tested cultivars as well as the value of SSR markers developed in peach for characterization of almond and related species of Prunus. Dice similarity coefficient was calculated for all pair wise comparisons and was used to construct a UPGMA dendrogram. For both markers a high similarity in dendrogram topologies was obtained although some differences were observed. All dendrograms, including that obtained by the combined use of both the marker data, depicted the phenetic relationships among the cultivars and species, depending upon their geographic region and/or pedigree information. Almond cultivars clustered with accession of P. communis showing their close relationship. P. orientalis and P. scoparia were clustered out of the rest of P. dulcis.