基于全基因组序列的黄瓜绿斑驳花叶病毒重组和系统发育分析

 通过RT-PCR扩增了黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)济南分离物(CGMMV-JN)的基因组片段。序列测定结果表明CGMMV-JN基因组全长6 424核苷酸(nt),5′-和3′-UTR分别为60和176 nt,含有4个ORF,分别编码129 kDa和186 kDa复制酶相关蛋白、29 kDa移动蛋白及17.4 kDa外壳蛋白。CGMMV-JN与另外29个CGMMV分离物全基因组核苷酸序列一致率为90.0%~99.7%。重组分析发现韩国KOM(AF417243)、以色列EC(KF155231)、印度(DQ767631)和我国河北的CHB(KJ658958)4个分离物在RdRp编码区存在重组。系统发育分析结果表明,这些分离物可分成3个组。选择压力分析结果表明cp基因处于正选择,其它基因处于负选择。本文研究的结果为黄瓜绿斑驳花叶病毒的监测及防控提供了理论依据。     

侵染红肉火龙果的蟹爪兰X病毒贵州分离物基因组分析

 通过高通量测序和RT-PCR扩增,克隆并分析蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)贵州分离物ZyVX-GZ基因组序列。对表现病毒病症状的红肉火龙果植株进行高通量测序,获得4条ZyVX相关contig。RT-PCR扩增并拼接获得ZyVX-GZ基因组,全长为 6 567 nt,5′-UTR和 3′-UTR分别为60 nt和70 nt。含有5个ORF,分别编码复制酶蛋白、TGB1、TGB2、TGB3蛋白和外壳蛋白。ZyVX-GZ与P39和B1分离物基因组序列一致性均为91%。TGB1-3、外壳蛋白基因与大多数分离物核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为95%～99%和96%～100%;复制酶基因的核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为80%～89%和92%～97%。系统进化分析表明,ZyVX群体的遗传分化与寄主种类、地理分布不存在相关性。本研究结果丰富了ZyVX群体的基因组序列信息,为ZyVX的监测和防控提供了基础。     

甘薯G病毒吉林分离物的全基因组序列测定与分析

利用RT-PCR结合RACE方法,从感染SPVG的甘薯叶片中获得甘薯G病毒吉林分离物Jilin-gzl的全基因组序列。测序获得的Jilin-gzl分离物(GenBank No.Mk392509)基因组为10 797 nt。该病毒基因组含有一个10 464 nt的开放阅读框,编码由3 488个氨基酸构成的多聚蛋白。在P1和P3基因中也发现了由移码翻译产生的PISPO蛋白和PIPO蛋白。比对分析显示,在开放阅读框水平上Jilin-gzl与6个不同分离物核苷酸序列一致性为79%～99%,氨基酸一致性为92%～99%,其中与SC11、IS103、HG167和Jesus_Maria分离物一致性最高,与WT325和AI一致性最低。系统发育分析显示,Jilin-gzl与HG167和WCFR11系统发育关系最近,与中国台湾地区分离物WT325系统发育关系较远。这是中国大陆地区关于SPVG分离物全基因序列的首次报道,同时也是首次在中国东北地区发现SPVG。该研究探明了Jilin-gzl分离物的基因结构,系统发育关系,丰富了SPVG基因组序列信息,为后续开展SPVG种群的遗传进化及功能研究奠定了基础。     

黄瓜绿斑驳花叶病毒安徽分离物全基因组序列测定及分析

通过胶体金免疫层析试纸条和RT-PCR等手段对采自安徽和县的西瓜病株进行检测,确定其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。为明确CGMMV安徽分离物CGMMV-Anhui的分类地位,进一步克隆了该病毒的全基因组序列,分析了其基因组结构特征。结果表明,CGMMV-Anhui基因组全长为6 423bp(GenBank登录号KT236095),与已报道的CGMMV的编码区的基因结构一致,仅5′和3′端非编码区核苷酸数目略有差异。将CGMMV-Anhui与已报道的分离物的全基因组序列和外壳蛋白基因序列进行系统发育分析,显示CGMMV不同分离物可分为亚洲和欧洲两个组,安徽分离物CGMMV-Anhui与亚洲分离物亲缘关系较近,可能具有共同的侵染源。     

油菜花叶病毒山西地黄分离物的全基因组序列测定与分析

 采用双链RNA(double-stranded RNA, dsRNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病地黄进行分子鉴定,并测定油菜花叶病毒(Youcai mosaic virus,YoMV)山西地黄分离物(YoMV-SX)的基因组全序列。序列测定及分析发现侵染地黄的病毒为油菜花叶病毒(Youcai mosaic virus,YoMV)。获得YoMV-SX(GenBank登录号JX422022)全长为6 304 nt,5′UTR长度为68 nt,3′UTR长度为236 nt,含有4个开放阅读框(open reading frame,ORF)。全序列核苷酸一致性分析显示YoMV-SX与Tobamovirus亚组Ⅲ中分离物的一致性为90.7%～96.0%,与同属亚组Ⅰ和Ⅱ的一致性仅为50.2%～63.3%。全序列系统进化分析表明,YoMV-SX与YoMV-Wh形成一个独立分支,亲缘关系最近。这是YoMV侵染地黄的首次报道。     

扬州蚕豆病毒病的鉴定及野豌豆潜隐病毒M扬州分离物基因组克隆及其序列分析

对田间疑似病毒侵染的蚕豆样品,提取总RNA,分离siRNA,建库并通过高通量测序,其结果经velvet拼接组装,经Blastn与NCBI比对分析,发现该样品感染4种病毒:野豌豆潜隐病毒M (vicia cryptic virus M,VCV-M)、野豌豆潜隐病毒(vicia cryptic virus, VCV)、紫云英矮宿病毒(milk vetch dwarf virus, MDV)和三叶草黄脉病毒(clover yellow vein virus, ClYVV)。其中,有14条VCV-M相关的contigs。RT-PCR扩增并拼接获得VCV-M-YZ基因组,其长度为3 434 nt,其5′-UTR和3′-UTR分别为142 nt和117 nt,各自形成与该属代表病毒南方番茄病毒(southern tomato virus, STV) 5′-UTR和3′-UTR相似的高级结构,且A+U含量均较高。VCV-M-YZ与已报道的VCV-M基因组序列一致性在98%以上。系统进化分析表明,VCV-M-YZ与已报道的VCV-M属于一个种,无明显的地理分布差异。本研究结果丰富了VCV-M群体的基因...     

葡萄卷叶伴随病毒1号和3号宁夏分离物部分基因序列分析

为明确葡萄卷叶伴随病毒(GLRaVs)在宁夏贺兰山东麓酿酒葡萄上的侵染状况,采用RT-PCR技术对40份酿酒葡萄样品中的GLRaV-1~GLRaV-5进行了外壳蛋白(CP)、复制酶(RdRp)和热激蛋白(HSP70)基因序列的克隆和分析。检测结果表明,在所检测的5种病毒中,除GLRaV-2和GLRaV-4未检测到外,GLRaV-1和GLRaV-3的检出率最高,分别为20.0%和32.5%,GLRaV-5的检出率仅为5.0%;有6个样品存在GLRaV-1和GLRaV-3两种病毒复合侵染。序列分析表明,GLRaV-1宁夏分离物的部分CP基因序列长度为232nt,其两种分离物间的核苷酸序列同源率为90%,与已报道的国内外其他分离物CP基因序列相比,其同源率为90%~99%;GLRaV-3宁夏分离物的CP基因序列长度为942nt,其两种分离物间的核苷酸序列同源率为40%,与已报道的国内外其他分离物CP基因序列相比,其同源率为40%~99%;GLRaV-3宁夏分离物的RdRp基因序列长度为683nt,其各分离物间的核苷酸序列同源率为90%以上,与已报道的国内外其他分离物RdRp基因序列相比,其同源率为90%~99%;GLRaV-3宁夏分离物的HSP70基因序列长度为546nt,其两种分离物间的核苷酸序列同源率为96%,与已报道的国内外其他分离物HSP70基因序列相比,其同源率为96%~99%。     

黄瓜绿斑驳病毒河北分离物基因组克隆及序列分析

为揭示河北省黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)分类地位及系统进化情况,通过分子克隆测定了来自河北省西瓜产区分离获得的分离物CGMMV-chb的近全基因组序列,分析其基因组结构特征;并依据近全基因组核苷酸序列及外壳蛋白氨基酸序列进行了系统进化关系分析。结果表明,CGMMV-chb近全基因组大小为6 383 nts,Gen Bank登录号为KJ658958,含4个开放阅读框,编码4种蛋白;与Gen Bank库中的其它12个CGMMV分离物的核苷酸相似性为92%~100%,氨基酸相似性为98%~100%。CGMMV-chb与韩国分离物CGMMV-KW基因序列相似性最高,为98%~100%,与以色列分离物CGMMV isolate Ec基因序列相似性最低,为92%~99%;系统进化关系中CGMMV-chb与其它中国分离物、日韩分离物亲缘关系较近,处于同一亚组的不同分支中,与以色列分离物亲缘关系相对较远。     

油桃茎痘相关病毒中国分离物基因组的分子特征分析

为明确我国油桃茎痘相关病毒(nectarine stem-pitting-associated virus,NSPaV)基因组的分子特征,利用RT-PCR和RACE技术对NSPaV中国分离物NSPaV-T04基因组进行克隆,采用最大似然法对得到的NSPaV基因组序列和GenBank中的5条NSPaV基因组序列构建系统发育树,应用RDP软件对NSPaV基因组序列进行重组分析。结果表明:中国分离物NSPaV-T04基因组序列全长为4 991 nt,包括4个开放阅读框(open reading frame,ORF),其中ORF1与ORF2共同编码1个RdRp P1-P2融合蛋白,ORF3编码1个CP,ORF5与ORF3共同编码CP通读蛋白。系统发育树和序列比较分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04(MN095353)与美国分离物NSPaV/12P42(KT273410)的亲缘关系最近,核苷酸序列同源性最高,为96.4%;NSPaV-T04的RdRp P1变异较大,与GenBank中5条NSPaV基因组核苷酸序列的同源性为90.5%~96.1%,CP较为保守,核苷酸序列的同源性为96.6%~98.7%。重组分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04为鉴定的一个重组体(韩国分离物SK)的亲本序列,表明中国分离物NSPaV-T04可能是一个实际的重组体。     

甘薯病毒2中国分离物全基因组序列克隆及遗传进化分析

正甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)是马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员。SPV2也称为甘薯脉花叶病毒(ipomoea vein mosaic virus,IVMV)和甘薯Y病毒(sweet potato virus Y,SPVY)~[1],是甘薯上常见的病毒之一。SPV2病毒粒体为线条状,长度为850 nm,在细胞质中形成风轮状或卷轴状内含体~[2]。SPV2可由桃     

辣椒上烟草轻型绿花叶病毒的鉴定

 辣椒源自南美洲，属于茄科辣椒属（Capsicum L.），为重要经济作物。病毒病是影响辣椒生产的主要病害，侵染辣椒的病毒有40余种［1］，烟草轻型绿花叶病毒（Tobacco mild green mosaic virus, TMGMV）是近年来在辣椒上发生和危害报道较多的病毒之一。TMGMV是McKinney［2］于1935年在烟草属植物（Nicotiana gluanca）上首次发现的，为烟草花叶病毒属（Tobamovirus）成员。除辣椒外，番茄［3］、凤仙花、蓝眼菊和矮牵牛也是TMGMV的自然寄主。     

新疆辣椒中BPEV和PCV2的鉴定与分析

为明确新疆石河子辣椒感染病毒的种类,对表现明显皱缩、褪绿和卷叶等症状的辣椒样本进行长链非编码RNA(Long noncoding RNA, LncRNA)测序。根据LncRNA测序和RT-PCR检测,发现甜椒内源RNA病毒(Bell pepper endornavirus, BPEV)、辣椒隐症病毒2(Pepper cryptic virus 2, PCV2)和辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus, PMMoV)3种病毒。RT-PCR检测数据显示,新疆石河子的辣椒普遍感染BPEV和PMMoV。将BPEV的RdRp基因序列和PCV2-RNA1包含RdRp基因的序列分别进行核苷酸序列相似性和系统进化分析。结果表明本研究中BPEV-XJ和PCV2-XJ与其它分离物的相似性分别为89.1%～97.3%和96.9%～99.7%。BPEV-XJ与BPEV-TW分离物亲缘关系最近;PCV2-XJ与PCV2-DR分离物亲缘关系最近。辣椒中检测到BPEV和PCV2为新疆首次报道。     

新疆辣椒中BPEV和PCV2的鉴定与分析

 为明确新疆石河子辣椒感染病毒的种类,对表现明显皱缩、褪绿和卷叶等症状的辣椒样本进行长链非编码RNA(Long noncoding RNA, LncRNA)测序。根据LncRNA测序和RT-PCR检测,发现甜椒内源RNA病毒(Bell pepper endornavirus, BPEV)、辣椒隐症病毒2(Pepper cryptic virus 2, PCV2)和辣椒轻斑驳病毒(Pepper mild mottle virus, PMMoV)3种病毒。RT-PCR检测数据显示,新疆石河子的辣椒普遍感染BPEV和PMMoV。将BPEV的RdRp基因序列和PCV2-RNA1包含RdRp基因的序列分别进行核苷酸序列相似性和系统进化分析。结果表明本研究中BPEV-XJ和PCV2-XJ与其它分离物的相似性分别为89.1%~97.3%和96.9%~99.7%。BPEV-XJ与BPEV-TW分离物亲缘关系最近;PCV2-XJ与PCV2-DR分离物亲缘关系最近。辣椒中检测到BPEV和PCV2为新疆首次报道。     

槟榔坏死环斑病毒轻症型分离物(ANRSV-DAT)的基因组序列克隆及分析

 槟榔坏死环斑病(ANRSD)是近年来海南槟榔主产区发生广泛、危害严重的病毒病害,发病植株叶片表现严重坏死环斑、树势衰退,疑似与马铃薯Y病毒科(Potyviridae)槟榔坏死环斑病毒(areca palm necrotic ringspot virus, ANRSV)相关。本研究从海南定安槟榔种植区发现感病植株叶部表现轻微稀疏褪绿斑的病毒分离物(ANRSV-DAT),对其基因组序列全长克隆和分析。ANRSV-DAT与先前报道的强毒分离物ANRSV-XC1基因组核苷酸(nt)序列及其编码融合蛋白氨基酸(aa)序列的同源性分别为90.68%和97.91%;两者的融合蛋白之间存在63个aa变异,不同程度地分布在10个顺反子中(HCPro1、HCPro2、P3、7K、CI、9K、NIa-VPg、NIa-Pro、NIb和CP)。与ANRSV-XC1显著不同的是,ANRSV-DAT的5'非翻译区的5'末端缺失95-nt序列。该缺失序列是否导致ANRSV-DAT毒性弱化有待进一步研究。本研究报道的ANRSV轻症型分离株,以期为筛选弱毒株及后续交叉保护防治ANRSV提供重要宝贵材料。     

辣椒轻斑驳病毒凤城分离物的鉴定、全基因测序及系统进化分析

辣椒轻斑驳病毒Pepper mild mottle virus(PMMoV)属于烟草花叶病毒属,是辣椒上重要的病原病毒之一,近年来PMMoV对辽宁部分辣椒产区造成严重危害。本文采用DAS-ELISA检测以及RT-PCR的方法首次从辽宁省凤城市蔬菜产区辣椒病叶中检测出PMMoV,暂命名为PMMoV-FC。设计3对特异性引物对其进行扩增并测序后得到该病毒分离物全基因序列。将PMMoV-FC的全基因序列与已报道的国内外9个PMMoV分离物进行同源性分析,结果表明,其同源性介于94.3%~99.7%之间。基于全基因序列的系统发育进化分析表明,PMMoV-FC与国内分离物、日本分离物以及美洲分离物亲缘关系密切,而与韩国和西班牙分离物亲缘关系稍远。鉴于该病毒在辣椒上造成的严重危害,对于PMMoV-FC在辽宁地区的发生以及防治仍需进行更为详细的研究。     

Characterization of a potyvirus from eggplant (Solanum melongena) as a strain of potato virus Y by N-terminal serology and sequence relationships

A potyvirus (eggplant mottle virus, EMoV) causing mosaic mottling in eggplant ( Solanum melongena ) was characterized on the basis of biological, serological and partial nucleotide sequence properties. EMoV infected Chenopodium amaranticolor and members of the Solanaceae. Polyclonal antiserum against EMoV showed antigenic relationship with henbane mosaic potyvirus (HMV) and potato Y potyvirus (PVY). Virus-specific antibodies directed to the N-terminal region of EMoV cross-reacted only with PVY. Determination and comparison of nucleotide sequence of the coat protein (CP) and the 3'-untranslated region (UTR) of EMoV with other potyviruses showed that the level of homology was highest with PVY isolates. Comparative sequence analyses of the CP amino acid and 3'-UTR sequences with distinct PVY isolates placed EMoV within the PVY^O subgroup.     

甘薯病毒C中国分离物全基因组序列测定及比较分析

利用RT-PCR结合RACE方法,从采自河南南阳的甘薯样品上获得甘薯病毒C中国分离物(SPVC-Ch1)的全长基因组序列。序列分析结果表明,SPVC-Ch1基因组由1 0846个核苷酸组成,3'末端包含poly(A)尾序。基因组含有1个由10 446个核苷酸构成的开放阅读框,编码一个由3 481个氨基酸残基构成的393 k Da多聚蛋白。将SPVC-Ch1与Gen Bank中登录的其他SPVC分离物序列进行比较分析发现,SPVC不同分离物间全基因组核苷酸序列相似性为92.7%~98.9%,多聚蛋白的氨基酸序列相似性为95.1%~99.2%,SPVC-Ch1与Bungo分离物的相似性最高,与C1分离物的相似性最低。系统进化树分析结果表明,SPVC-Ch1与日本的Bungo、以色列的IL、韩国的CW135和UN202等分离物形成一个分支,亲缘关系较近。这是SPVC中国分离物全基因组序列的首次报道,研究结果丰富了SPVC全基因组序列信息,有助于全面了解SPVC种群的遗传进化关系。