变性梯度凝胶电泳(DGGE)的研究进展

DGGE技术是由Fischer等于1979年提出的一种用于检测DNA突变的电泳技术[1],之后Myers等首次在DGGE的引物中使用"GC夹子",使得突变检出率大大提高,从而进一步完善了该技术。1993年,Muyzer等将DGGE技术应用于微生物的生态学研究,并且证实了该技术在研究自然界微生物群落的种群差异性和遗传多样性方面具有突出的优越性[2]。与传统的菌种分离培养技术及生理生化指标检测相比,DGGE技术通过对微生物群落的核酸信息进行分析,能更准确、更快速的对菌群进行鉴定,同时可鉴定出自然状态下不可培养的菌株。由于DGGE技术具有重现性高、可靠性强和高效快捷等优点[3],现以用于微生物群落的复杂性分析、检测微生物种群动态变化、对比细菌的富集培养及分离培养、单基因组中r RNA的多样性分析、DNA提取方法比较等方面,在废水、海洋、森林、土壤等环境样品研究以及发酵工艺、植物内生真菌研究、种群演替规律研究等领域广泛应用。     

变性梯度凝胶电泳技术的原理及其在畜牧业中的应用

变性梯度凝胶电泳(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)是由Fisher和Lerman发明用于检测DNA突变的技术[1],1993年Muyzer等[2]首次将其用于分析土壤的微生物区系,成为检测微生物多样性,的一种有效方法.     

DGGE技术在瘤胃微生物多态性研究中的应用

变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群落多样性和动态性分析.本文对DGGE技术的原理、优点、在瘤胃微生物群落多样性和动态性分析方面的应用结果及今后的发展方向进行了全面论述,为更好地认识和应用该技术提供了参考.     

DGGE技术在瘤胃微生物多态性研究中的应用

利用传统的方法很难鉴别瘤胃微生物的差异,变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术就很好地解决了该问题.DGGE是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群落多样性和动态性分析.     

DGGE技术在瘤胃微生物多态性研究中的应用

利用传统的方法很难鉴别瘤胃微生物的差异,变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术就很好地解决了该问题。DGGE是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,具有可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,可应用于瘤胃微生物群落多样性和动态性分析。     

DGGE技市在动物胃肠道微生态研究中的应用

变性梯度凝胶电(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis,DGGE)术是通过直接分离核酸片段对微生物群落进行研究,由于其具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点.被广泛应用于微生物群落多样性和动态性分析,并成为微生物分子生态学研究中的热点技术之一.本文主要介绍DGGE技术的原理、工作流程及优缺点.并着重分析了其在动物胃肠道微生态研究中的应用.     

变性梯度凝胶电泳技术及其在动物肠道菌群研究中的应用

变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)技术是一种新型的用于检测核酸变异和点突变的电泳方法,主要根据突变型和野生型核酸序列的不同而导致其变性浓度的差异,从而利用变性梯度胶进行分离,可用于肠道菌群结构多样性和种群动态变化的研究。文章对DGGE技术的原理、在肠道菌群多样性和动态性的应用、局限性及发展前景及上综述。     

PCR-DGGE技术及其在微生物群落结构研究中的应用

PCR-变性梯度凝胶电泳（PCR—DGGE）技术具有可靠性强、重复性好、方便快捷等优点，是一种被广泛应用于环境生态学中微生物群落多样性、动态性分析和功能细菌跟踪的指纹识别技术。本文介绍了PCR—DGGE分析技术的基本原理和方法，并就该方法在对生态环境中、动物和人体内微生物群落结构的研究应用情况做了综述，并对该技术自身存在的局限性和应用前景进行了评价。     

应用PCR-DGGE分析南美白对虾肠道微生物多样性

从南美白对虾肠道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16SrRNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200bp的PCR产物纯化后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析,发现样品的优势群落明显。结果表明,PCR-DGGE是研究水产动物肠道微生物多样性的可行方法。     

PCR-DGGE的原理及在动物肠道菌群分析中的应用

肠道菌群是机体常在菌群的重要组成部分,机体的健康和疾病的发生和发展与其多样性及种群的变化有着密切关系。因此,对肠道菌群进行研究具有重要意义。变性梯度凝胶电泳(DGGE)主要是基于突变型和野生型核酸序列的不同而导致其变性浓度的差异,利用变性梯度胶进行分离。它是一种分析微生物群落的有效工具,可以用于研究肠道菌群结构多样性和种群结构的变化。作者对PCR-DGGE的原理、优缺点及在动物肠道菌群分析中的应用和前景作一简要综述。     

采用PCR-DGGE技术分析蛋鸡肠道细菌种群结构及多样性

利用基于16S rDNA的PCRDGGE（变性梯度凝胶电泳）图谱技术结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2、4、6和8周龄蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内容物细菌群落的结构和多样性进行了比较,并鉴定了8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员,分析蛋鸡年龄和肠段部位对微生物群落结构和多样性的影响。肠道菌群DGGE图谱显示肠道部位对细菌种群结构影响很大,盲肠内微生物的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的微生物多样性比较低。十二指肠内细菌与其它肠段相比差异最大,其次是盲肠与其它肠段细菌组成的差异。随着蛋鸡周龄的增加,消化道微生物经历了由简单（2周）到复杂（4周）,再回复简单（6周）到复杂（8周）的变化过程。DGGE图谱中共性条带序列分析表明8周龄蛋鸡消化道前段的优势细菌是三得利乳杆菌（Lactobacillus suntoryeus）、索氏梭菌（Clostridium sordellii）和大肠杆菌,盲肠中的特异性条带主要是各种不可培养的细菌以及超巨巨单胞菌（Megamonas hypermegale）和梭菌属细菌（Clostridium spp）。该研究结果表明蛋鸡肠道部位决定细菌群落的结构和多样性,蛋鸡的周龄影响肠道细菌多样性。     

PCR-DGGE分子技术及其在畜牧业中的应用

传统的以微生物培养为手段的研究方法极大地限制了对微生物的研究。作者综述了以16S rRNA 为主要研究对象的DGGE(denaturing gradient gel electrophoresis)技术的原理及优缺点,以DGGE为主要手段结合PCR 扩增分析对微生物的群落结构和多样性研究的最新动态。     

应用PCR-DGGE分析肉鸡呼吸道中细菌多样性

从不同养殖时期的肉鸡呼吸道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200 bp的PCR产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析以及对条带的测序鉴定,发现样品的优势菌群明显。结果表明,PCR-DGGE是研究动物呼吸道微生物多样性的可行方法。     

瘤胃微生物生态研究方法评述

瘤胃微生物生态研究方法主要经历了微生物纯培养、混合培养、微生物分子生物学技术[(从瘤胃中提取DNA,进行PCR-16S rDNA(rRNA)技术]、变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术),在不同程度上揭示了瘤胃微生物群落丰富的多样性和生态功能.但由于各种方法本身的局限性,限制了人类对瘤胃微生物的全面了解,现代生物技术和传统微生物研究方法的配合将为瘤胃微生物生态研究提供较好的前景.     

DGGE技术及其在瘤胃微生物多样性研究中的应用

基于可靠性强、重现性高、方便快捷等优点,变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术已经成为微生物群落多样性和动态分析的强有力工具。本文在阐述PCR—DGGE原理及流程的的基础上,对DGGE技术在瘤胃微生物多样性研究中的具体应用及其局限性与改进方法进行了全面阐述。     

分子生物技术在牛奶微生物群落研究中的应用

目前,奶牛乳房炎病原学研究的主要方法为对牛奶中的微生物进行传统的分离鉴定。由于这些微生物的形态过于简单,可提供的信息少,而且很多无法进行纯培养,传统方法已无法满足对其群落进行全面的客观认识。随着现代分子生物学技术的发展,随机扩增多态性DNA标记、变性梯度凝胶电泳、单链构象多态性检测、实时荧光定量PCR、核酸探针等技术为牛奶中微生物群落的研究提供了更为有效、直观的方法,更进一步揭示了牛奶中微生物的种群结构。     

宏基因组学及其在瘤胃微生物中的应用研究进展

宏基因组学是研究生态群体基因功能的一门崭新的学科。它通过免培方法获得微生物的纯培养,主要技术包括DNA的提取、文库的构建和目标基因克隆的筛选,可用于发现新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性等方面。文章介绍了宏基因组学的基本方法,并对瘤胃微生物宏基因组学的应用现状进行了综述。     

采用PCR-DGGE技术对放牧羊补饲糖蜜尿素舔砖后细菌种群结构的分析

为了研究补饲糖蜜尿素舔砖对放牧羊瘤胃中细菌种群结构随时间变化的规律,试验采用基于16S DNA的PCR变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术,在放牧羊舔食舔砖的不同时间点取样,进行瘤胃液的DGGE分析。结果表明:舔食糖蜜尿素舔砖后放牧羊瘤胃细菌主要以拟杆菌门、硬壁菌门为主。在舔食15 d后瘤胃细菌多样性显著增加,舔食30 d后瘤胃细菌多样性达到最高。糖蜜-尿素对瘤胃微生物种群具有明显的筛选作用,舔食前以Capnocytophaga canimorsus为优势菌群,舔食一段时间后各菌群或出现或消失,呈动态变化和定植过程;30 d后瘤胃种群结构基本保持稳定,Prevotella ruminicola Bryant处于优势地位。说明舔食舔砖前后细菌种群结构存在明显差异,舔砖可明显增加瘤胃微生物多样性。     

分子生物学技术在瘤胃细菌多样性研究中的应用

反刍动物的瘤胃是一个复杂的厌氧微生态发酵系统,研究其瘤胃微生物区系组成与功能已成为反刍动物营养学的重要内容,分子生物学技术是开展瘤胃微生物研究的重要技术手段。本文就变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术、16S r DNA序列分析、宏基因组技术、DNA芯片技术等在瘤胃细菌多样性研究中的应用情况进行了总结与归纳,为今后开展此方面研究工作提供技术参考。     

运用PCR-DGGE分析比较瘤胃中不同饲料固相粘附微生物区系

通过研究奶牛瘤胃中苜蓿、青贮玉米和羊草3种饲料固相粘附微生物菌群结构,分析比较附着于不同粗饲料微生物区系的差异。选择3头健康且体质量相近的装有永久性瘤胃瘘管的中国荷斯坦奶牛,将苜蓿、青贮玉米和羊草分别装入尼龙袋,在瘤胃中孵育24h后取出,PBS洗脱获得固相粘附微生物,提取总DNA,采用变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)分析群落结构,选取清晰条带测序后构建系统发育树。不同样品的DGGE图谱条带的数目和条带颜色深浅有一定差异;苜蓿与青贮玉米和羊草间相比相似性较低,青贮玉米与羊草间的相似性较高;3种饲料及瘤胃内容物固相粘附微生物的Simpson多样性指数差异显著(P0.05),Shannon-Wiener多样性指数差异不显著(P0.05);3种饲料固相粘附微生物条带近源种分别归属Butyrivibrio sp.、Fibrobacter sp.、Prevotella sp.、Succiniclasticum sp.、Pseudobutyrivibrio sp.5个属。3种饲料固相粘附微生物的种群构成存在差异。