5匹马外周血单个核细胞表达MHC-I类分子的差异分析

基于RT-PCR方法,扩增了用于马传染性贫血病毒(Equine infectious anemia virus,EIAV)减毒疫苗株CTL表位研究的5匹马的编码经典MHC-I类分子的大部分基因,具体包括编码肽结合区大部分区域、α3区、穿膜区及胞浆区蛋白的基因,并进行了PCR产物的克隆和测序。试验马匹外周血单个核细胞(Peripheral blood mono-nuclear cells,PBMC)的总RNA提取物经RT-PCR扩增,并将所得产物进行T-A克隆。从每匹马的所有克隆中,分别随机挑取鉴定为阳性重组质粒的21~23个克隆用于测序分析。研究结果表明,5匹试验马匹各自具有3~5个等位基因,由于MHC-I分子等位基因表达的共显性特征,可以推测马的基因组内可能存在2~3个基因座对应于这些等位基因,这与国外已有研究结论基本一致。另外,不同马匹PBMC表达的MHC-I类分子的差别水平不一致。除了6号与7号和10号马之间MHC-I类分子的差异较大,无相同或高度相近的经典MHC-I类分子序列外,各马匹间均表达具有1个或1个以上的相同或高度同源的对应经典的MHC-I类分子的mRNA。以上研究结果既可作为正在开展的EIAV减毒疫苗株CTL表位研究的基础性、支持性数据,又可进一步丰富国内马的经典MHC-I分子多态性方面的相关研究。     

14匹马经典MHC-Ⅰ类分子多态性分析

为分析马经典MHC-Ⅰ类分子的多态性,本研究从马外周血单个核细胞提取总RNA,并采用RT-PCR方法对14匹马经典MHC-Ⅰ类分子(包括编码肽结合区的大部分区域、α3区、穿膜区以及胞浆区)进行扩增和序列分析.结果显示,14匹实验马各自具有2个～4个MHC-Ⅰ等位基因,其在不同马匹之间的表达呈现明显的差异性,主要分布在2个分支.尽管如此,各马匹间均表达具有1个或1个以上相同或高度同源的对应经典MHC-Ⅰ类分子的mRNA.该研究结果为正在开展的针对马传染性贫血病毒减毒疫苗核心蛋白(p26)以及其他免疫原的CTL表位的筛选提供基础数据.     

MHC-Ⅰ类分子抗原递呈与病毒免疫逃逸

简要阐述主要组织相容性复合体(MHC)Ⅰ类分子递呈抗原过程,分析病毒干扰MHC-Ⅰ类分子抗原递呈所采取的策略,以期揭示病毒的免疫逃逸机制,为病毒疫苗的研制提供一定的思路。     

华蟾毒精对B16及RMA-S细胞主要组织相容性复合体Ⅰ类分子及其相关基因表达的影响

试验旨在考察华蟾毒精（CBG）单体对B16和RMA-S细胞MHC-Ⅰ类分子及其相关基因表达的影响。通过MTT法检测CBG对B16和RMA-S细胞生长的影响;流式细胞术检测CBG对B16和RMA-S细胞表面MHC-Ⅰ分子表达的影响;荧光定量PCR检测CBG对B16和RMA-S细胞蛋白酶体相关基因（LMP2、LMP7）和ATP结合盒（ATP-binding cassette,ABC）转运蛋白（TAP1、TAP2）基因mRNA表达的影响。结果显示,CBG对B16和RMA-S细胞MHC-Ⅰ表达的影响均不显著(P＞0.05),但高浓度CBG可不同程度提高LMP2、LMP7、TAP1、TAP2基因mRNA表达水平。结果表明,CBG可能具有通过上调LMP2、LMP7、TAP1、TAP2基因表达水平来增强肿瘤自身免疫原性的潜能。     

SYBR Green Ⅰ定量RT-PCR快速检测H5亚型禽流感病毒方法的建立

针对H5亚型禽流感H基因保守序列设计引物,建立基于SYBR Green Ⅰ检测模式的荧光定量RT-PCR(real-time ILT-PCR,RtLT-PCR),最低检测限为2.1x102拷贝质粒DNA,扩增产物的熔解曲线分析只出现1个单特异峰,无引物二聚体,Tm=(79.5±0.3)℃,对H5N1亚型和H5N2亚型禽流感病毒灭活抗原均有阳性扩增,对H7、H9亚型禽流感病毒、健康鸡、鸭组织及其它家禽常见病原11NAJL扩增,可重复性好,批内变异系数及批间变异系数分别为2.99%和5.12%;检测速度快,从样本处理到报告结果仅需5 h.     

禽流感病毒T细胞表位与体外重建鸡MHC Ⅰ类分子结合试验

为探讨体外重建的MHCⅠ复合体BF2-linker-β2m鉴定病毒抗原肽系统能否在体外结合抗原多肽，以及不同类的MHCⅠ类分子结合相同和不同抗原多肽表位能力的差异，本研究采用人工合成的禽流感病毒的3条多肽，猪口蹄疫病毒的2条多肽，以及来源于草鱼呼肠孤病毒的2条多肽分别与4类体外重建的串联鸡MHCⅠ类分子复合体BF2-linker-β2m进行了体外结合试验。BF2-linker-β2m与不同的病毒抗原九肽按照1：10的摩尔比进行混合，作用后取反应混合物离心除去未与MHCⅠ类分子结合的抗原多肽；然后取BF2-linker-β2m分别与抗原多肽形成的复合体，利用酸洗法将结合的多肽白MHCⅠ类分子的抗原多肽结合槽中洗脱，洗脱后的蛋白和多肽混合物离心收集洗脱的多肽溶液，随后利用C18柱对洗脱的多肽进行去盐、脱酸处理；将多肽样品冻干，用基质溶解后直接点样进行一级质谱（MS）和二级质谱（MSMS）测定，结果表明，3类体外重建的BF2-linker-β2m可与禽流感病毒多肽KILTIYSTV和LLLAIVSLV结合，而不与禽流感病毒多肽TIGECPKYV以及猪口蹄疫病毒和草鱼呼肠孤病毒的4条多肽结合。证实由于MHCⅠ类分子的多态性导致复等位基因的MHCⅠ类分子结合病毒抗原表位的能力存在差异；病毒的T细胞抗原表位是MHCⅠ类分子限制性的；KILTIYSTV和LLLAIVsLV是禽流感病毒的候选表位。     

猪NLRC5对PK15细胞中SLA Ⅰ类分子表达的调控研究

为探究猪核苷酸结合寡聚化结构域样受体(NLR)家族端酶募集(CARD)结构域-5(NLRC5)在PK15细胞中的表达情况及其对猪白细胞抗原I类分子(SLA I)表达的调控作用,本研究利用不同终浓度(1μg/mL、1.5μg/mL、2μg/mL)Poly I:C刺激PK15细胞后24 h,通过荧光定量PCR(qPCR)和...     

牦牛外周血单个核细胞抑制消减cDNA文库的构建及部分差异表达分子的克隆分析

为筛选牦牛外周血单核细胞(PBMC)差异性基因,以刀豆素A(ConA)和脂多糖(LPS)联合刺激的PBMC cDNA为实验组,未经诱导刺激的PBMC cDNA为驱动组,利用抑制性消减杂交技术(SSH)构建了丝裂原诱导刺激PBMC的消减文库并对其部分阳性克隆进行了EST序列分析.从消减文库中随机挑取16个阳性克隆,进行PCR鉴定,显示克隆的重组率大于93%,插入片段大小大部分集中在200 bp～1 000 bp之间.随机挑取100个克隆进行测序及同源性分析,初步获得27条差异表达基因片段,其中24个为已知基因,3个为新ESTs序列;随机选择非重复的6个差异表达的序列设计引物,以半定量PCR方法验证其消减效率.结果显示,均从构建的消减文库中扩增到目的片段,其中5个为诱导性差异表达分子,1个为诱导特异性表达分子,说明该文库有较高的质量.本研究应用抑制消减杂交技术构建了牦牛PBMC的差异表达cDNA文库,并高通量克隆鉴定了相关功能基因片段,表明该技术手段有助于快速发现牦牛新功能基因.     

1株Ⅰ类新基因型新城疫病毒的基因组特性分析

为了研究我国新型新城疫病毒的分子流行病学特性,对2016年从主动监测中分离到的1株新出现的鸭源新城疫病毒(duck/China/NX2209/2016)进行了基因组测序和遗传进化分析。序列分析结果显示该分离株全长15 198nt,F基因ORF全长为1 662bp,共编码553个氨基酸,裂解位点处的氨基酸为:~(112) ERQERL~(117),符合低致病性新城疫病毒特征。同源性分析表明该新型毒株同北美分离株具有较高的同源性。F基因高变区进化分析结果显示,该病毒属于ClassⅠ,但不属于基因型1～10,为新型毒株。完整F基因进化树结果显示,该病毒属于基因1c亚型,与北美分离株高度同源。     

1株鸭源Ⅰ类新城疫病毒分离株F和HN基因的分子特性分析

采用RT-PCR技术对Ⅰ类新城疫病毒(NDV)09-014分离株完整的融合蛋白(F)基因和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因进行了扩增和遗传进化分析。F基因的序列测定结果表明:该分离株F基因全长为1 792 bp,可编码553个氨基酸,裂解位点的氨基酸组成为112E-R-Q-E-R-L117,具有典型的新城疫弱毒株特征。同源性分析表明本分离株的F基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性为93%～95.2%,而与Ⅱ类新城疫病毒代表毒株的同源性较低,介于70.6%～72.4%。HN基因的序列测定结果表明:HN基因全长2 001 bp,可编码616个氨基酸,同源性分析表明本分离株的HN基因与Ⅰ类新城疫病毒代表毒株之间核苷酸的同源性在92.7%～94.7%之间,而与Ⅱ类新城疫病毒同源性较低,为70.7%～71.5%。根据完整的F基因和HN基因构建的遗传进化树均表明:本分离株在分类地位上属于Ⅰ类新城疫病毒基因3型,因此Ⅰ类新城疫病毒的F基因和HN基因具有相似的进化速率。     

基于转录组数据库的高羊茅HD-ZipⅠ转录因子的鉴定及表达模式解析

高等植物特有的同源异型-亮氨酸拉链蛋白(HD-Zip)家族转录因子在调控植物发育与逆境响应中起着重要作用。以生产中广泛应用的冷季型草高羊茅为研究材料,利用其目前已有的转录组序列,在Bioedit软件构建本地数据库。以水稻14个HD-ZIP I蛋白序列作为搜索请求,搜索本地数据库获得高羊茅中对应序列。结合序列分析及PCR克隆技术得到高羊茅13个HD-Zip I类成员的全长序列。系统进化树及MEME结构域分析发现,高羊茅13个HD-Zip I成员与水稻HD-Zip I家族成员进化关系接近,蛋白结构域的数目及排布方式也基本一致。采用荧光定量PCR技术分析短期及长期聚乙二醇6000模拟的干旱处理下11个FaHD-Zip I基因在高羊茅根颈中的mRNA相对表达水平。结果表明,短期干旱胁迫下,除FaHOX4和FaHOX6外,其余基因相对表达水平均发生一定程度的上调或者下调,且FaHOX22的响应程度最大;长期干旱胁迫下,所有基因的表达水平均在7或者14 d上调,FaHOX22在14 d时的表达水平比对照上调76.3倍。为基因组序列缺乏的非模式植物快速有效地进行基于转录组数据库的基因家族克隆及其功能研究提供了一种很好的方法。     

猪MHC-Ⅰα生物素化序列融合基因的构建、表达与纯化

采用RT-PCR技术从猪外周血单核细胞（PBMC）中获得猪白细胞抗原基因座P1、P14等位基因的胞外区,并在其3′端拼接上依赖BirA酶的可生物素化序列（BSP）,构建了pET-P1-BSP和pET-P14-BSP高效表达载体并进行诱导表达和纯化,用SDS-PAGE和Western blotting法对表达产物进行鉴定。结果显示,成功构建了融合表达载体pET-P1-BSP和pET-P14-BSP,表达产物以包涵体的形式存在,获得高纯度的P1-BSP和P14-BSP蛋白,为进一步利用亲和素在体外构建SLA-I类分子肽四聚体奠定了基础。     

基于重测序的民猪与大白猪SLAⅠ类基因多态性及抗病潜能差异分析

不同中外猪种对疾病的抵抗能力有一定差异,原因之一是不同猪种猪白细胞抗原(swine leukocyte anti-gen,SLA)分子的多样性不同.本研究旨在探究中外猪种的SLA基因差异,为阐明地方猪的抗病机理提供重要参考.本研究首先对健康的8头民猪以及4头大白猪进行基因组重测序,并对所获得的SNP进一步质控用于后续分...     

鲤鱼白细胞介素-8全长cDNA的克隆、鉴定及其差异表达分析

用DD-RTPCR的方法获得差异显示片段A26,经地高辛标记作为探针对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库核酸杂交筛选,从0.8×104个重组噬菌体中,经过2轮筛选获得阳性克隆。序列分析表明该克隆含有1个大小为294bp编码98个氨基酸的完整开放阅读框,氨基酸序列含有Chemokine-CXC功能结构域,前体中含有22个氨基酸组成的引导肽,氨基酸序列比对显示成熟白细胞介素-8(IL-8)多肽中第12、13和14构成CXC基序,但之前无ELR基序。系统发生分析其与荷兰鲤鱼亲缘关系最近,氨基酸序列的同源性达89%。分离培养鲤鱼外周血白细胞,在不同条件下经LPS、PHA和ConA刺激后,提取总RNA,根据鲤鱼IL-8全长cDNA序列和β-ac-tin序列设计引物,利用半定量反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法对鲤鱼外周血白细胞IL-8进行差异表达分析,结果显示,经有丝分裂原刺激后前期(4h)白细胞中IL-8的表达量明显增大,但随着时间推移(12、24h)并不一直比同期正常白细胞表达量大,表达量趋势成峰形图。