合作猪夏冬季的肠道菌群结构

【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64 (Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关.     

林麝粪便细菌多样性研究

为研究林麝粪便细菌的结构与组成,选取6只2~3岁的圈养条件相同且健康的公林麝,饲喂精粗比为2∶8的饲粮,收集其新鲜粪便,提取其总DNA,然后用16SrRNA细菌通用引物进行PCR扩增,并用Illumina Miseq250PE测序平台,对扩增子进行Miseq双端测序。结果显示:1)借助Illumina Miseq250PE测序平台对样品进行测序,共获得85 091条有效序列,5 133个有效OTU。2)所得OTU经物种注释被归类为23个门,其中厚壁菌门(Firmicutes)(51.1%±19.9%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(35.6%±15.5%)、变形菌门(Proteobacteria)(5.2%±5.6%)和未分类菌门(*Unassigned)(2.2%±1.0%)为优势菌门,其总和达到菌群相对含量的94.1%;将其进一步分为240个菌属,其中18个为共享菌属,拟杆菌目(*Bacteroidales)(16.5%±10.2%)、瘤胃菌科(*Ruminococcaceae)(14.7%±13.8%)和梭菌目(*Clostridiales)(13.7%±3.9%)含量相对较高。3)OTUs稀释曲线均未达到平台期,说明测序深度不足以覆盖所有的菌群。4)非加权聚类图(PUGMA)显示样品B和E、C和F的菌群多样性相似度较高,而样品A和其他样品的相似度相对较低。由此可见,在正常状态下,健康林麝粪便分布有23个门类细菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria为优势菌群,进一步将林麝粪便细菌群落细分为240个属且发现林麝个体间菌群差异性较小且与其他草食动物优势菌群结构相似。     

饮水添加氯化钙对高脂日粮饲喂小鼠脂肪沉积和肠道菌群的影响

【目的】研究饮水添加氯化钙对高脂日粮饲喂小鼠脂肪沉积和肠道菌群的影响,为提高动物胴体品质和人体健康提供理论依据。【方法】选用27只4周龄C57BL雄性小鼠,分为高脂日粮组和高脂日粮+饮水添加氯化钙组,试验期13周。每周测定小鼠体质量,试验末测定小鼠体脂含量,试验结束后采集小鼠皮下脂肪、附睾脂肪并称质量。于试验后期10～12周采集小鼠粪便进行16S rRNA高通量测序,并分析对菌群的影响。【结果】饮水添加氯化钙显著降低了小鼠体质量、体脂含量、皮下脂肪指数和附睾脂肪指数,与高脂组相比分别降低了12.85%、32.69%、26.65%和18.60%。饮水添加氯化钙提高了小鼠粪便样中的菌群多样性和菌群丰度。在门水平下,饮水添加氯化钙对拟杆菌门Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria、脱铁杆菌门Deferribacteres、放线菌门Actinobacteria、软壁菌门Tenericutes的丰度无明显影响。在纲水平下,与高脂组相比,饮水添加氯化钙显著降低了丹毒丝菌纲Erysipelotrichia和放线菌纲Actinobacteria的相对丰度,并且显著提高了梭菌纲Clostridia的相对丰度。【结论】饮水添加氯化钙能够降低高脂日粮饲喂小鼠的体质量和体脂含量,这可能与饮水添加氯化钙提高了小鼠粪便菌群多样性和特定菌群丰度有关。     

健康与腹泻犊牛的粪便真菌差异分析

[目的]利用18 S rRNA高通量测序技术,研究健康与腹泻犊牛的粪便真菌差异.[方法]利用18 S rRNA高通量测序技术对10份腹泻和10份健康犊牛的粪便样本测序分析.[结果]Alpha多样性分析表明腹泻组与健康组两组间物种丰富度与多样性无显著差异(P>0.05).在门的水平上,与健康组比腹泻犊牛粪便中新丽鞭毛菌门...     

高通量测序技术分析光叶珙桐根际土壤微生物多样性

【目的】通过了解不同地区光叶珙桐根际土壤微生物的种类和多样性差异,为光叶珙桐的引种繁 育提供基础数据和理论依据。【方法】采用高通量测序技术对昭通 3 个地区光叶珙桐根际土壤微生物种类及多 样性进行研究,分析了物种组成和丰度、Alpha 多样性、Beta 多样性和菌群结构。【结果】结果表明,细菌群 落中 α- 变形菌纲 Alphaproteobacteria 最丰富（＞ 17.02%）,真菌群落在不同地区存在明显差异,在永善三江口 Pezizomycetes 最丰富（17.01%）,彝良小草坝 Archaeorhizomycetes 最丰富（29.79%）,镇雄塘房 Sordariomycetes 最丰富（20.77%）;3 个地区中永善三江口、镇雄塘房的光叶珙桐根际土壤微生物种群结构相似性较高,其中 永善三江口的光叶珙桐根际土壤细菌多样性最丰富,镇雄塘房的光叶珙桐根际土壤真菌多样性最丰富。【结论】 3 个地区的光叶珙桐根际土壤微生物菌群都具有较高的生物多样性,但物种组成分布上存在差异。     

基于高通量测序的甜高粱青贮饲料中微生物群落分析

【目的】研究甜高粱青贮饲料的微生物多样性,为青贮饲料的生产和贮藏提供理论基础。【方法】以甜高粱青贮饲料为研究对象,利用高通量测序技术分析甜高粱青贮饲料中微生物群落结构和多样性,研究添加剂对甜高粱青贮饲料中微生物群落的影响。【结果】甜高粱青贮饲料中细菌优势菌门为厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、酸杆菌门,优势菌属主要为乳酸杆菌属、肠杆菌属、乳球菌属、棒状杆菌;真菌群落优势菌门为子囊菌门。【结论】不同处理的甜高粱青贮饲料之间微生物菌群组成相近,但相对丰度存在明显差异,青贮菌剂降低了甜高粱青贮饲料中微生物的相对丰度。     

秸秆还田对棉田土壤养分和微生物多样性的影响

【目的】研究秸杆还田对棉田土壤的养分和微生物多样性的影响。【方法】通过棉秆粉碎还田后的重量变化计算棉秆降解率,测定土壤中有机质等养分和理化性质,采用平板培养法测量可培养微生物数量,运用高通量测序研究秸秆还田对土壤微生物多样性的影响。【结果】棉花秸秆还田180 d的降解率可达5.01%;可培养微生物总量提高9.8%,其中细菌数量提高64.6%,放线菌数量提高39.3%;秸秆还田后土壤速效氮和速效钾含量显著增加,分别提高7.40%和32.77%;秸秆还田对土壤微生物多样性有显著影响,微生物菌群结构变化明显。【结论】秸秆还田能够增加棉田土壤养分和可培养微生物的数量,提高土壤微生物多样性。     

盐碱地白刺不同部位微生物群落高通量分析

【目的】研究新疆盐碱环境中耐盐植物白刺的根际土壤和叶片内生微生物群落的结构丰富度和多样性。【方法】运用Novaseq测序平台对白刺根际土壤和叶片进行16SrDNA-V4区和ITS1区测序。经FLASH进行拼接,经过Qiim过滤叶绿体和线粒体序列,得到的序列在97%的序列相似性水平上聚类成为操作分类单元(OTUs)。对序列数据进行生物信息学分析,评价物种的Chao1指数、shannon指数以及Alpha多样性。【结果】白刺根际土壤细菌优势菌群为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes);真菌优势菌群为子囊菌门(Ascomycota)。叶片内生细菌优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)和放线菌门(Actinobacteria);真菌优势菌群为子囊菌门(Ascomycota),白刺不同部位的微生物菌群数量和多样性有显著差异(P<0.05),白刺各样地之间微生物群落构成差异明显。【结论】白刺不同部位微生物群落的丰富度和多样性分布。     

高通量测序分析鞣花酸对大鼠肠道菌群的影响

[目的]采用高通量测序技术分析鞣花酸对大鼠肠道菌群组成和多样性的影响。[方法]采集持续灌胃鞣花酸SD大鼠的粪便,运用高通量测序技术对粪便肠道菌群进行分析,通过生物信息学方法分析大鼠肠道菌群的多样性和结构组成。[结果]通过高通量测序发现灌胃鞣花酸使SD大鼠肠道菌群的多样性增加(P<0.05),灌胃期间菌群的组成也发生了明显的波动,在门水平菌群变化中,拟杆菌门丰度增高(P<0.05),变形菌门丰度则降低到较低水平(P<0.01);在属水平菌群变化中,Bacteroidales S24-7 group、Lachnospiraceae NK4A136 group和拟杆菌属所占比例显著升高(P<0.05、0.01)。[结论]鞣花酸对大鼠肠道菌群具有调节作用。     

盐酸多西环素和恩诺沙星对织锦巴非蛤肠道微生物的影响

【目的】明确抗菌药物盐酸多西环素和恩诺沙星对织锦巴非蛤肠道菌群的影响,为织锦巴非蛤健康养殖提供参考依据。【方法】分别以10.0 mg/L盐酸多西环素和10.0 mg/L恩诺沙星浸泡织锦巴非蛤1 d后,采用PacBio高通量全长16S rRNA基因测序技术对其肠道微生物的多样性和组成进行比较分析。【结果】抗菌药物处理组织锦巴非蛤肠道菌群的Alpha多样性指数与对照组（CK）无显著差异（P>0.05）;在门分类水平,织锦巴非蛤肠道微生物的优势菌群为变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,同时弯曲杆菌门（Campylobacter）在2种抗菌药物处理组均显著降低（P<0.05,下同）;在属分类水平,CK的主要优势菌属为Malaciobacter、粉色海生菌属（Roseimarinus）、Poseidonibacter和克雷伯菌属（Klebsiella）,盐酸多西环素处理组的主要优势菌属为交替单胞菌属（Alteromonas）、Rubritalea和科尔韦尔氏菌属（Colwellia）,恩诺沙星处理组的主要优势菌属为极地杆菌属（Polari...     

锦鲤肠道不同部位菌群组成结构及多样性分析

【目的】研究锦鲤（Cyprinus carpio var.koi）肠道的菌群组成结构及多样性,为深入研究锦鲤肠道菌群的功能及肠道不同部位的生理功能的分化提供参考。【方法】收集锦鲤前肠、中肠和后肠的肠道细菌,通过传统培养技术,采用细菌微量生化鉴定管对肠道细菌进行各项生理生化指标的测定;分别提取3个肠段的肠道菌群基因组DNA,进一步采用16S rDNA高通量测序技术,分析3个肠段的菌群组成和生物多样性。【结果】前肠、中肠和后肠样本测序后分别得到48659、47013和47819条有效序列,按97%相似性水平划分OTU后,分别得到1555、1294和1423个OUTs。α多样性分析结果显示,后肠菌群样本的Shannon指数、Chao1指数最高。在门水平上,前肠、中肠和后肠丰度最高的5个菌门均是变形菌门（Proteobacteria）、梭杆菌门（Fusobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和黏胶球形菌门（Lentisphaerae）,推测这些菌门是锦鲤肠道的核心细菌类群,但各菌门在不同部位的相对丰度有差异。构建的物种丰度热图显示相对丰度最高的前10类菌属相同,但某些菌属在肠道不同部位的相对丰度有较大差异,如代尔夫特菌属（Delft）、弓形菌属（Toxoplasma）。UniFrac分析显示中肠和后肠的肠道菌群聚为一支,表明这2个部位菌群组成结构相似度较高。【结论】锦鲤肠道不同部位具有独特的菌群结构,可能会影响肠道不同部位功能的分化。     

海南热带雨林土壤细菌组成与多样性分析

【目的】明确海南热带雨林土壤细菌的组成与多样性、时空分布规律及对土壤理化性质的响应和功能结构,为海南地区热带雨林的管理和保护提供理论依据。【方法】对海南五大热带雨林吊罗山、五指山、鹦哥岭、霸王岭和尖峰岭的土壤进行采样,每个样地采集13份样本,分旱、雨两季,共130份样本;通过高通量测序技术,分析土壤样本微生物中的细菌组成与多样性随空间位置和季节的变化,应用PICRUSt2功能预测分析土壤细菌功能。【结果】OTU分类统计显示,旱季的细菌OTU数目为10958,雨季的细菌OTU数目为11533,两个季节间差异不显著（P>0.05）。在细菌门水平,热带雨林旱季和雨季土壤细菌的优势菌群为变形菌门（Proteobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、浮霉菌门（Planctomycetes）和疣微菌门（Verrucomicrobia）;两个季节间的拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门和蓝藻菌门（Cyanobacteria）丰度差异极显著性（（P<0.01,下同）。在细菌纲水平,热带雨林旱季和雨季土壤细菌的优势菌纲为放线菌纲（Actinobacteria）、酸杆菌纲（Acidobacteria）、α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）、浮霉菌纲（Planctomycetacia）和斯巴托菌纲（Spartobacteria）;两个季节间的浮霉菌纲、鞘脂杆菌纲（Sphingobacteriia）、纤线杆菌纲（Ktedonobacteria）和放线菌纲丰度差异极显著。冗余分析（RDA）表明pH和全钾对土壤中细菌的贡献度较高,解释率分别为5.03%和4.28%。ANOSIM和Adonis分析显示不同季节细菌多样性差异不明显,不同地点细菌多样性差异明显。KEGG通路显示吊罗山样本中的细菌功能丰度较其他4个样点少。【结论】海南热带雨林土壤细菌在不同地理位置（取样点）的多样性差异明显,季节变换对土壤细菌的组成影响不明显,pH和全钾是土壤中细菌旱、雨季多样性的重要环境因子。     

噬菌体对驴肠道微生物多样性的影响

为了探究噬菌体使用前后驴肠道微生物多样性及结构组成的变化,并借以评价噬菌体(vB-SabS-Sds2)的治疗效果。对80头驴的粪便使用沙门菌特异性引物invA进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)检测,选择13头沙门菌检测阳性驴,将13头阳性驴在同等条件单独隔离饲养,在饲喂噬菌体前后掏肛采集粪便,利用16S rRNA高通量测序技术,对两组驴粪便在微生物多样性方面(结构和组成)存在的差异进行比较。结果表明：与噬菌体饲喂前相比,饲喂后的驴肠道菌群丰富度显著升高(P<0.05),目标宿主肠杆菌科细菌数量显著降低,且部分益生菌相对丰度升高;含多种临床条件致病菌的假单胞菌属和梭状芽胞杆菌属细菌的相对丰度显著降低。因此,饲喂噬菌体不会对驴肠道正常菌群的多样性造成影响,而且能改善驴肠道健康状况和微生态环境。     

基于高通量测序技术的冠心病患者肠道菌群多样性研究

为了分析冠心病人群肠道菌群结构和多样性特征,探究冠心病人群与健康人群肠道菌群结构差异。研究共采集50例冠心病患者和35例健康人粪便样本,提取粪便样本总DNA;根据细菌16SrDNA V3~V5区设计引物进行扩增,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序;测序结果经过Reads拼接,OTUs(operational taxonomic units)聚类,物种注释,α多样分析,主成分分析,最终得到样品物种信息。在冠心病组和健康组中,拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的丰度最高,其中拟杆菌门分别占到46.94%和61.96%,厚壁菌门分别占到41.51%和30.58%;丰度较高的是变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)。此外,两组菌群结构差异性表现为:冠心病组的拟杆菌门明显低于对照组(P=0.0150.05);而冠心病组的厚壁菌门显著高于对照组(P=0.0090.01)。α多样性分析结果显示,两组人群各样本在细菌种群多样性方面没有明显差异。OTUs比对结果表示,Veillonella、Veillonella dispar、Scardovia、Mogibacterium致病菌在冠心病组显著增高,而Bacteroidetes门下Parabacteroides、Bacteroides uniformis、Bacteroides caccae等有益菌则显著降低。主成份分析显示,综合PC1、PC2、PC3因素冠心病组和对照组样本被较好的区分开,表明健康组和冠心病组菌群结构存在显著差异。这些结果表明,冠心病患者与健康人群在肠道菌群多样性方面没有明显差异,但在菌群结构上存在较大差异;同时冠心病人肠道菌群致病菌数量多于健康人群,而拟杆菌类有益菌低于健康人群。     

应用高通量测序分析云南昭通不同栽培模式苹果园根际土壤微生物种群

【目的】探明云南昭通苹果栽培模式与根际土壤微生物菌群的关系。【方法】以云南昭通苹果主产区不同栽培和管理程度的苹果果园根际土壤为研究对象,测定土壤理化性质,应用高通量测序技术,测定土壤微生物16SrDNA、ITS序列,并分析微生物多样性。【结果】精品果园和普通果园根际土壤中的有机质、硝态氮、铵态氮、有效磷、速效钾、蔗糖酶、纤维素酶、脲酶的含量高于粗放果园,而碱性磷酸酶和过氧化氢酶的含量低于粗放果园。普通果园与精品果园根际土壤高频检测出的细菌属菌群亲缘关系比较接近,而与粗放果园高频检测出的细菌属菌群亲缘关系较远。三类果园根际土壤高频检出的真菌属的种群与果园类型相关,精品果园真菌属种亲缘关系更远。【结论】在三类果园根际土壤中明确存在有益微生物、有害微生物、中性微生物与未知微生物。不同栽培模式影响根际土壤微生物种群,从而影响苹果的生长。     

黄龙病罹病柑橘叶片内生细菌和内生真菌群落结构多样性分析

【目的】比较健康、罹病柑橘叶片在温室条件下内生菌群落结构差异,以及同一植株不同罹病程度叶片的内生菌群落结构差异,分析黄龙病侵染相关的内生细菌和内生真菌种群动态变化,为柑橘黄龙病菌的共培养和病原学研究提供依据。【方法】通过引物对OI1/OI2c对植株染黄龙病的状态进行检验,以健康和不同罹病程度(无症绿色、斑驳黄化、均匀黄化)的柑橘叶片为样本,通过对细菌16S rRNA和真菌rDNA-ITS序列的高通量测序,将得到的内生细菌和内生真菌的数据进行聚类和多样性分析。【结果】4组样品分别通过聚类获得13个门类、22个纲、57个目、101个科、208个属的细菌,以及2个门类、12个纲、24个目、43个科、43个属的真菌。黄龙病菌的相对丰度随着叶片罹病程度的加深而增加。健康组和罹病组共有的细菌优势菌属为甲基细胞菌属、1174-901-12属。Sphingomonas属为健康组的优势菌属。AlphaI cluster属和Hymenobacter属的相对丰度随黄龙病的入侵增加。健康组和罹病组共有的真菌优势菌属为横断孢属,Zasmidium属和Trichomerium属只为罹病组的次优势菌属。Zymoseptoria属的相对丰度与黄龙病菌呈正相关。【结论】黄龙病菌的侵入改变了植株内生细菌和内生真菌的群落结构和多样性,健康组和罹病组的内生细菌、内生真菌群落结构多样性存在明显差异,其优势及次优势菌属及其相对丰度也有存在差异。高通量测序对植物样本的直接检测能有效避开前人使用传统检测的短板,获得包括难培养、低丰度菌群在内更完整的内生菌群落结构,为更系统分析与黄龙病菌入侵生长相关内生菌和寻找其潜在伴生菌的研究提供依据。     

不同性别湖羊早期定植肠道菌群分析

【目的】分析不同性别湖羊早期定植肠道菌群情况,为深入研究其与机体健康状况之间的关系提供数据支持。【方法】采集48份(母羊31份和公羊17份)45日龄湖羊的粪便,提取基因组DNA,进行高通量测序,筛选有效序列和分类操作单元(operational taxonomic units,OTUs),分析不同性别湖羊肠道微生物多样性,并通过多级物种差异判别分析(linear discriminant analysis effect size,LEfSe)、非度量多维尺度分析(non-metric multidimensional scaling analysis,NMDS)、短期注意/记忆优先(short-term attention/memory priority,STAMP)模型确定菌群在门水平和属水平上的具体差异。【结果】经高通量测序,母羊获得2 014个OTUs,公羊获得1 747个OTUs,二者共有1 637个OTUs。不同性别湖羊早期定植肠道菌群共注释到15个门、25个纲,62个目、118个科和317个属。不同性别湖羊早期定植肠道菌群在门水平和属水平均存在显著差异;在门水平上,厚壁菌门...     

基于16S rDNA测序的巢湖流域水体粪便污染溯源

排入地表水中的动物粪便会带来一系列生态与公共卫生问题，快速准确鉴别污染来源对于源头控制与污染治理具有重要意义。基于细菌群落的微生物溯源技术（Community-based microbial source tracking）以及高通量DNA测序技术（Next-generation sequencing，NGS），对污染源中微生物和环境样本中的微生物群落进行比较分析，进而对水体中粪便污染来源进行预测。本文利用16S rDNA测序，系统分析与比较了巢湖流域水体、沉积物样本与广泛的潜在污染源（包括村庄与养猪场污水，野生水鸟粪便，人类与家禽、家畜粪便）的细菌群落组成，同时，利用基于机器学习的溯源软件FEAST与Sourcetracker，对水体、沉积物样本的潜在污染源进行了预测。结果表明：水体与沉积物样本的微生物多样性显著高于粪便样本，其中巢湖水体与河流沉积物样本具有最高的物种多样性，同时样本中也存在大量未分类物种。变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria），拟杆菌门（Bacteroidetes）广泛分布于所有样本中。溯源分析结果表明，村庄排污口与污水处理厂排污口样本是河水样本最主要的污染来源，沉积物与湖水样本则预测存在猪场排污水与野生水鸟粪便的污染，所有样本未检测到来自人粪与鸡粪的污染。     

沙棘根瘤内生菌株库构建与微生物多样性分析

【目的】沙棘Hippophae rhamnoides根瘤中拥有丰富的微生物资源,探究根瘤内生菌微生物多样性,比较高通量测序与纯培养方法的优劣。【方法】运用16S rRNA高通量测序技术探究沙棘根瘤内生菌相对丰度和多样性差异,并对根瘤内生菌进行分离纯培养,以完成内生菌株库初步构建。【结果】(1)传统分离方法得到纯培养菌株96株,共4门8纲8目13科19属。在门分类水平上,相对丰度较高的主要为变形菌门Proteobacteria和厚壁菌门Firmicutes。(2)高通量测序分析6组样品(M1～M6)中共有14门34纲89目148科314属。在门分类水平上,相对丰度较高的主要为放线菌门Actinobacteria和变形菌门,两者相对丰度之和为87.50%～97.10%。在属的分类水平上,弗兰克氏菌属Frankia占绝对优势,相对丰度为20.12%～74.81%,平均相对丰度为51.49%。(3)高通量测序与纯培养方法的结果有明显差异,在科和属的分类单元上差异较大。【结论】2种方法都体现沙棘根瘤内生菌的多样性,但纯培养方法仅能够分离到部分内生菌,难以评估物种组成及相对丰度。高通量测序分析能够...     

寄主转换对云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性的影响

【目的】研究寄主转换对云斑白条天牛Batocera lineolata幼虫肠道细菌多样性的影响,为从肠道细菌的角度解析云斑白条天牛的寄主适应性以及开发利用微生物等方面提供理论依据。【方法】以核桃作为原寄主,桉树作为转换寄主饲养云斑白条天牛幼虫,采用传统微生物分离培养、16Sr RNA基因测序以及高通量测序的方法对转换寄主云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性进行研究。【结果】通过传统微生物培养共获得19株可培养细菌,从核桃饲养的云斑白条天牛幼虫肠道中分离出10株细菌,转换寄主后,从云斑白条天牛幼虫肠道中分离出9株细菌;两种寄主饲养处理均分离出6个属的可培养细菌,其中有5个属为共有菌属。高通量测序结果表明,寄主转换前后的云斑白条天牛幼虫肠道细菌多样性无显著差异。云斑白条天牛幼虫肠道样本中细菌分别属于20个门32个纲55个目90个科170个属,其中两种处理云斑白条天牛幼虫肠道优势菌均属于变形菌门（Proteobacteria）γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）肠杆菌目（Enterobacteriales）肠杆菌科（Enterobacteriaceae）肠杆菌科下未确定属（Unc...