蒙古羊多羔性状候选基因ADAMTS1的遗传效应分析

<正>一、研究目的和意义数量遗传学的研究表明,绵羊繁殖性状属低遗传力,大约为0.1,其每代遗传进展仅仅为2%左右,则如果通过世代自然选择,若要使绵羊产羔率提高50%,估计需要近百年的时间。从遗传育种角度来看,目前最经济有效的方法就是利用控制多胎性能的主基因,通过对有利主基因的基因型固定以及标记辅助选择使育种目标得以尽快实现。1.一方面丰富了ADAMTS1基因的分子遗传学基础,另一方面也为探索绵羊高繁殖力候选基因提供了新的科学依据。2.采用候选基因法,利用分子标记技术对绵羊的     

NPY、IGF-1基因对文昌鸡繁殖性状的遗传效应

采用PCR-RFLP技术检测文昌鸡NPY基因和IGF-1基因的多态性,并分析NPY、IGF-1基因对文昌鸡繁殖性能的影响。结果表明:300日龄NPY AA型个体平均产蛋数(88.95枚)与NPY aa型个体平均产蛋数(81.55枚)相比差异显著,NPY基因以加性方式作用,其中300日龄产蛋数加性效应值为-0.252(P<0.05)。IGF-1基因同样以加性方式作用,其中300日龄产蛋数加性效应值为0.199(P<0.05)。300日龄IGF-1 bb型个体平均产蛋数(89.03枚)与IGF-1 BB型个体平均产蛋数(82.61枚)相比差异显著,400日龄IGF-1 bb型个体平均产蛋数(137.84枚)与IGF-1 BB型个体平均产蛋数(127.82枚)相比差异显著;IGF-1 bb型个体平均连产天数(3.38 d)分别与IGF-1的BB、Bb型个体平均连产天数(2.96、2.78 d)相比差异均显著。     

IGF-1基因多态性对德化黑鸡产蛋性状遗传效应的研究

利用PCR—PstⅠ—RFLP技术对德化黑鸡的胰岛素样生长因子-1（IGF-1）基因的5′端调控区进行多态性分析,并探讨了多态性与产蛋性状的相关性。结果表明,该调控区的扩增产物用PstⅠ酶切检测出3种基因型AA、AB、BB。利用最小二乘分析研究了该多态位点对产蛋性状的影响,结果表明该多态位点对开产日龄没有显著影响,对240日龄产蛋数和300日龄产蛋数有显著影响（P〈0．05）。其中AA基因型的240日龄产蛋数和300日龄产蛋数显著高于AB基因型和BB基因型,表现为差异显著（P〈0．05）,AB基因型的240日龄产蛋数和300日龄产蛋数高于BB基因型,但表现为差异不显著（P〉0．05）。     

林麝生长激素基因的克隆与生物信息学分析

了解林麝生长激素（GH）基因序列结构特点,为进一步研究GH基因的结构功能遗传变异规律及其与生长性能的关系提供科学依据。根据GenBank上已公布的绵羊全基因组GH基因序列设计合成4对特异性引物,以林麝基因组DNA为模板进行PCR扩增,将所获得的序列拼接,获得林麝GH基因CDS区序列,采用ExPASy等分子生物学工具对林麝GH蛋白的理化性质、二级结构、蛋白功能等进行预测。结果表明,林麝GH基因CDS区全长657 bp（GenBank登录序列号为KU296865）,编码218个氨基酸。α-螺旋结构和卷曲结构构成了林麝GH蛋白二级结构的骨架,为跨膜蛋白,同时第1~26位氨基酸为信号肽,第27~218位氨基酸残基为生长激素结构域。进化分析结果表明,林麝与羊的关系最为接近,在分子水平上符合物种进化理论。本研究成功克隆了林麝GH基因CDS区序列,其序列保守性强,为下一步林麝GH基因的表达调控、进化和多态性分析奠定了基础。     

猪ADAMTS-1基因对繁殖性状的遗传效应分析

该试验采用PCR-RFLP技术对长白猪含凝血酶敏感蛋白模体的去解联金属蛋白酶(ADAMTS-1)基因部分序列进行克隆测序,在第7外显子发现1个C/G突变引起氨基酸改变。通过Pvu-ⅡRFLP基因分型,在长白猪群体中发现3种基因型(AA、BB、AB)。对不同基因型与部分繁殖性状进行关联分析,结果表明,ADAMTS-1基因与猪产仔数和产活仔数性状显著相关。     

民猪产仔数性状四个候选基因效应分析

为了更全面地探讨民猪高繁殖力的遗传基础,以期为民猪的分子标记保种提供依据,选择ESR、FSHβ、PRLR和EGF等四个基因作为民猪产仔数的候选基因,采用PCR-SSCP法进行了各基因多态性检测,利用系谱、标记信息与表型值记录,建立线性混合模型,对各基因位点对民猪产仔数的影响进行了BLUP分析。结果表明:①四个基因位点在民猪保种群体中均存在多态性,但与Hardy-Weinberg平衡状态下的基因型频率相比较发现,只有ESR基因的基因型分布差异不显著(P>0.05),说明四个基因的基因型频率在民猪保种群中大多处于不稳定状态。②在忽略基因位点间互作的条件下,各基因位点均与民猪产仔数无显著相关(P>0.05),即各基因位点的效应均不显著。     

影响牛生长发育性状的GH基因遗传效应分析

 【目的】研究牛GH基因的遗传多态以及各多态位点对肉牛生长发育性状的影响，以期找到可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法分析了牛GH基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3′非翻译区和5′侧翼区的位点遗传多态，并分析了5个多态位点不同基因型对肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的基因型效应，以及GH基因的第5外显子、3′非翻译区位点的不同基因型组合基因型效应。【结果】GH基因的第5外显子、3′非翻译区的基因型效应在肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数性状上存在显著差异（P＜0.05），且这2个位点等位基因B为优势等位基因；第5外显子和3′非翻译区的组合基因型ABBB（即组合5）的基因型效应（极）显著(P＜0.05或P＜0.01)高于其它6个组合，且多标记位点的组合效应值极显著高于单标记位点效应。【结论】GH基因第5外显子位点突变等位基因B为体重、体高、体斜长、胸围的优势等位基因。     

动态性状候选基因检测效率分析

把组 织 器官 的生 长 发育 和随 生 命时 期 或某 些定 量因 素 变化 的 生产 性能 统 称为 动 态性 状。 本 研究 的目 的 是将 动 态性状基 因定 位分 析 的普 适 性方 法应 用 到动 态性 状 候选 基因 分 析中 。采 用 M onte C arlo 法 模拟 分析 抽 样个 体数 、测 定 日频 率、候选基因 频率 和遗 传 贡献 率 等因 素对 动 态性 状候 选 基因 检测 统 计效 率的 影 响。模 拟 试验 结 果表 明:4因素 对候 选 基因 检测 效 率的影响 存在 着差 异 ,它 们 的作 用大 小顺 序 为:累计 遗 传贡 献率 > 个体 数> 测 定日 频数 > 基因 频率 ;个体 数和 测定 日 频数 2因素对候 选基 因检 测 效率 表 现出 一定 的 交互 作用 。     

二花脸猪繁殖性状候选基因的多态性分析

采用PCR及PCR-RFLP技术对FSHβ,ESR和PRLR基因在二花脸猪群体内的多态性及对繁殖性状的影响进行了检测与分析。结果表明:108头二花脸母猪中检测到FSHβ基因的AA和AB型,ESR和PRLR基因的AA,AB和BB三种基因型。FSHβ基因AA型初产和经产母猪的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)均高于AB型(P0.05或P0.01);ESR基因BB型初产及经产TNB和NBA均高于AB型(P0.05)和AA型(P0.01);PRLR基因AA型和AB型初产和经产TNB和NBA均高于BB型(P0.01)。FSHβ基因AB型初产和经产初生个体重(BW)和断奶个体重(WW)均高于AA型(P0.05);ESR基因AA型初产和经产BW高于AB和BB型,WW高于BB型(P0.05);PRLR基因BB型初产和经产仔猪的WW均显著高于AA型(P0.05)。FSHβ,PRLR和ESR基因对二花脸猪繁殖性状有一定影响,可作为二花脸猪繁殖性状辅助选择的标记作进一步研究。     

大豆复杂性状候选位点的效应分析

借助Bootstrap的思想,设计了一种复杂性状候选位点的筛选方法-随机抽样评判法。采用多次抽样的方式,对抽样获得的子集逐个进行分析,并对获得的结果进行综合评价,最终确定因子的贡献率。通过对实际数据的分析表明,该方法有效地降低了因数据和方法的不同给分析结果带来的影响。     

鸡肌内脂肪性状候选基因的聚合效应及初步验证

 【目的】旨在探讨影响鸡脂肪性状重要候选基因A-FABP、Ex-FABP的聚合效应,并对其进行初步验证,为进一步开发利用脂肪性状的有效分子标记提供依据。【方法】运用PCR-SSCP技术分别检测如皋鸡A-FABP、Ex-FABP基因所有外显子区域的单核苷酸多态性（SNPs）,分析单基因型和聚合基因型与12周龄胸肌脂肪含量之间的关系;同时,采用荧光定量PCR技术检测后代分离群体单基因型和聚合基因型的发育性表达规律,进行聚合基因型遗传效应的初步验证。【结果】如皋鸡A-FABP的外显子3、Ex-FABP基因外显子4区域中存在A/G突变,共出现3种基因型;AA型(A-FABP)、BB（Ex-FABP）型个体的肌内脂肪含量显著高于其它基因型（P＜0.05）,为有利基因型,两者聚合的AABB型个体同样为最佳基因型。经后代分离群体Q-PCR证实,单基因表达和聚合基因型的表达均不存在性别效应,在胸肌组织中,两候选基因在4周龄时表达量最高,8周龄下降,至12周龄缓慢上升。在聚合基因型个体中,均以AABB型表达水平最高,ABAB型表达量较低。【结论】A-FABP、Ex-FABP两个基因存在聚合效应;其中,AABB型与胸肌组织中高肌内脂肪含量具有紧密关联性。A-FABP、EX-FABP两基因及其聚合基因型可作为如皋鸡肌内脂肪性状有效的候选标记。     

猪ADAMTS-1基因对繁殖性状的遗传效应分析(英文)

The nucleotide sequences in exon 7 of a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs-1(ADAMTS-1)gene in Landrace pig were obtained with cloning and sequencing by using PCR-RFLP technique in this experiment.Sequence alignment results showed that the C/G substitution in exon 7 induced amino acid change(Arg → Pro).AA,BB and AB genotypes were found in Landrace pig by PvuⅡ-RFLP.Correlation analysis between genotypes and reproductive traits indicated that ADAMTS-1 was significantly correlated with litter size(LS)and number born alive(NBA).     

猪ADAMTS-1基因对繁殖性状的遗传效应分析(英文)

The nucleotide sequences in exon 7 of a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs-1(ADAMTS-1)gene in Landrace pig were obtained with cloning and sequencing by using PCR-RFLP technique in this experiment.Sequence alignment results showed that the C/G substitution in exon 7 induced amino acid change(Arg → Pro).AA,BB and AB genotypes were found in Landrace pig by PvuⅡ-RFLP.Correlation analysis between genotypes and reproductive traits indicated that ADAMTS-1 was significantly correlated with litter size(LS)and number born alive(NBA).     

黄瓜成熟瓜网纹基因H遗传定位及候选基因分析

【目的】有无网纹是黄瓜果实生理成熟后的重要表型性状之一,对其控制基因进行遗传定位和候选基因分析,为黄瓜果实性状改良提供理论依据和技术支撑,同时也可为网纹基因的精细定位及克隆奠定基础。【方法】利用成熟瓜无网纹黄瓜自交系 PI205996（P1）和成熟瓜有网纹自交系 PI263079（P2）为亲本构建不同遗传群体,进行网纹性状遗传分析。以包含230个单株的F2分离群体为试材,应用分离群体分组分析（BSA）法和2 112对SSR引物进行SSR分析,采用 JoinMap 4.0 作图软件和 MapInspect 软件构建成熟瓜网纹基因的SSR连锁群,并完成其染色体的初步定位。结合9 930黄瓜全基因组序列信息和115份核心种质重测序结果,利用Primer6.0 软件开发设计新标记,对初步定位区域进行标记加密,利用生物信息学的相关信息对定位区域进行候选基因分析。【结果】研究表明,黄瓜成熟瓜有网纹自交系 PI263079的有网纹性状是由显性单基因（H）控制的,有网纹对无网纹为显性。从2 112对SSR引物中筛选出255对在亲本间表现出多态性的引物,多态率为12.1%。利用亲本间具有多态性的引物对有网纹和无网纹各7个单株DNA进行分析,筛选获得了9对与H基因连锁的SSR标记,将H初步定位在黄瓜5号染色体（Chr.5）上,侧翼标记分别为SSR13006和CSWCT-17,遗传距离分别为3.6 cM 和8.2 cM。根据初步定位区域的序列信息,设计合成了97对新的SSR引物,其中4对引物在亲本间表现出多态,多态率为4.1%。利用这4对新的多态性SSR引物对亲本和F2群体的DNA 进行分析,最终构建了一张包含13个SSR标记的H分子标记连锁群,获得了与H最近的侧翼标记SSR13006和SSRH-90,遗传距离分别为3.6 cM 和1.7 cM。利用黄瓜全基因组测序提供的基因预测和注释结果,发现基因H所在区段的物理距离为297.7 kb,存在29个候选基因。根据前人研究结果,推测Csa5G591790是与成熟瓜网纹形成相关性较大的候选基因。【结论】黄瓜自交系PI263079的成熟瓜有网纹性状由显性单基因H控制,该基因位于黄瓜第5号染色体长臂的297.7 kb区段内,侧翼标记分别为SSR13006 和SSRH-90,遗传距离分别为3.6 cM 和1.7 cM。本研究为H 基因的精细定位和克隆奠定了良好基础,也为黄瓜成熟瓜网纹性状的分子标记辅助选择育种提供了理论参考。     

大豆结瘤相关性状的Meta分析及候选基因挖掘

氮元素是植物生长所需的重要营养元素之一,生物固氮是大豆生长所需氮元素的重要来源。结瘤数目与重量等是研究共生结瘤的主要性状,对共生结瘤相关性状进行基因定位具有重要的意义。鉴于根瘤相关性状的QTL定位结果比较分散,需要选择合适的公共图谱并整合前人结果,将其真正应用于实践中。故对大豆结瘤相关性状的47个QTL进行Meta分析,得到2个"通用QTL",并将得到的"通用QTL"进行大豆基因组注释,在置信区间内找到8个可能与调节大豆结瘤相关的基因。通过转录表达分析发现,有6个大豆基因受根瘤菌诱导表达,其中有4个基因表达变化幅度较大,并且在绥农14与野生豆ZYD00006中表达均有差异;另2个基因未检测到信号。进一步的蛋白结构域分析发现,这些基因分别含有糖基水解酶、酪氨酸蛋白激酶、亮氨酸重复序列型类受体蛋白激酶和钙钠交换蛋白等结构域,结合已有研究结果表明这些差异表达基因编码蛋白的结构域均与植物抗病、植物免疫反应有关,这为研究大豆与根瘤菌间的共生关系提供理论基础。     

粳稻谷粒性状遗传效应分析

以489A等6个不育系和94FR 30等6个恢复系配制不完全双列杂交组合,采用数量性状加性-显性遗传模型(AD),对粳稻谷粒性状进行了遗传分析。结果表明,粳稻谷粒的粒长、粒宽、粒厚、长宽比、长厚比等性状主要受基因的显性效应控制;显性方差比率(VD/Vp)约为加性方差比率(VA/Vp)的2倍,宽厚比和千粒重主要受基因的加性效应控制;在谷粒性状F1代的超亲优势(Hpb)预测中,各性状都有正向超亲优势的群体出现。     

陆川猪和大白猪IGF-Ⅰ基因对生长性状的效应分析

探讨陆川猪和大白猪IGF-Ⅰ基因多态性与生长性状的关系,以期为猪生产性状标记辅助选择候选基因提供理论依据.试验采用PCR-SSCP技术,在陆川猪和大白猪群中进行了IGF-Ⅰ基因的基因型频率检测及不同基因型的生长性状效应分析.结果表明,IGF-Ⅰ基因对陆川猪和大白猪的断奶重和平均日增重影响显著(P＜0.05),对初生重影响不显著(P＞0.05).     

花椰菜花球性状遗传效应分析

以7个花椰菜亲本进行不完全双列杂交,采用朱军提出的加性-显性遗传模型,对花椰菜花球性状进行了遗传效应分析.结果表明,球重、球径、球高均主要受制于基因的显性效应,分别达69.1%、59.0%和60.2%.笔者还对各研究亲本加性效应值和F1组合显性效应值进行了预测.     

棉花自交的遗传效应及良种繁育技术研究

 棉种退化的根本原因,是品种个体的杂合性和群体的高度异质性所造成的基因分离重组。棉花自交,使主要经济性状表型方差下降,遗传力上升,变异系数减小,而性状平均值变化不大。据此,连续自交结合系谱选择,造成纯合稳定的基础群体,是棉花良种繁育技术的基本目标。新设计的“自交混繁法”棉种生产技术,取得了多快好省的效果。     

陆地棉棉铃性状的遗传效应分析

根据加性 显性 母体效应遗传模型,分析了 6个陆地棉亲本及其按完全双列杂交法配制的 30个F1 的铃重、单株铃数、铃体积、铃容重、单铃种子数、子指、衣指、衣分、铃纵经、铃横经、铃形指数和铃室数共 12个棉铃性状的遗传方差分量以及铃重与其它棉铃性状之间的各项遗传相关。结果表明,铃重和铃容重的加性方差和显性方差均达显著水平;但显性方差明显大于加性方差;铃体积、铃纵径、铃横径和铃形指数的加性方差和显性方差均达显著水平,且两者差异不大;子指、衣指、单铃种子数及衣分等性状均存在显著的母体效应。此外,衣分和衣指的加性方差亦达极显著水平;单铃种子数显性方差达极显著水平;子指的加性和显性方差均不显著;单株铃数的加性和显性效应均达显著水平;衣指、子指、铃体积等性状与铃重间都存在显著的加性相关;而单株铃数与铃重则呈极显著加性负相关;单株铃数、单铃种子数、铃容重、铃体积、铃横径等性状与铃重之间都存在极显著的显性正相关。