基于SSR标记的黄精品种(系)DNA指纹图谱库构建

为了开展药用黄精种质资源的分子标记育种工作,实现对黄精品种及优良种质的快速精准鉴定。本研究采用12对引物对32个野生黄精种质材料进行SSR多态位点分析,之后计算相似系数并进行聚类分析,然后构建DNA指纹图谱及其QR编码。结果表明:12对引物共扩增出127条条带,其中多样性条带125条,多态率为98.43%,每对核心引物检测到的多样性条带数为3~17条,平均每对为10.42条,PIC(多样性信息含量)平均为0.46。其中等位基因数为1.984 3,有效等位基因数为1.527 8,Nei's基因多样性为0.314 9,Shannon's指数为0.478 8。SSR聚类结果很好的反映供试黄精材料的亲缘关系,所构建的DNA指纹图谱能对所有的种质材料进行高效区分。QR编码高效、方便的录入大量信息,有利于黄精品种及优良种质的鉴定工作。该体系的建立为黄精种质资源遗传多样性分析及品种保护、优良品种选育、优良种质鉴定提供依据。     

基于SSR标记的葡萄品种鉴别和指纹图谱构建

本研究基于SSR标记技术,对山西省农业科学院果树研究所自育葡萄品种及其亲本进行分子鉴别,并建立其对应的指纹图谱。供试材料为山西省农业科学院果树研究所9个自育葡萄品种及其7个亲本,采用国际通用的SSR荧光标记引物进行扩增,毛细管电泳进行基因分型,品种鉴别及构建指纹图谱。从44对SSR引物中筛选出15对特异性引物用于随后的SSR扩增,共扩增出56条条带,其中多态性条带51条,多态性百分率为94.4%。SSR扩增结果分析表明,16份葡萄种质遗传距离的变异范围为0.068 7~0.919 1。UPGMA聚类分析表明,15对SSR标记不仅可用于不同亲本、不同种群、不同亚属间的亲缘关系鉴定,更可用于相同亲本近缘姊妹系品种及其亲本间的鉴别。该SSR指纹图谱的建立,可为中国葡萄品种的种质资源数据库的完善,近缘品种鉴别以及品种保护提供参考依据。     

基于SSR标记的吊瓜品种(系)DNA指纹图谱库的构建

为建立吊瓜品种的DNA指纹图谱,实现对吊瓜品种的高效鉴定,本研究以5份性状稳定的吊瓜品系为供试材料,开展多态性SSR分子标记引物筛选,并构建吊瓜品系的DNA指纹图谱。结果表明,从54对SSR引物中筛选出的4对核心引物,平均每对SSR核心引物扩增的多态性条带数为7.5条,多态性信息含量(PIC)平均为0.53,5份吊瓜材料间的相似系数为0.2～0.83。利用这4对引物分别构建5份供试吊瓜唯一的DNA指纹图谱,最终确定5份材料均为不同的品系。该研究表明SSR分子标记可于构建吊瓜品种的DNA指纹图谱,为开展吊瓜品种鉴定提供技术支持,同时也有助于对吊瓜新品种的申报和保护。     

20个花生品种的SSR标记指纹图谱构建

了保护农民以及育种者的利益,发展稳定可靠的品种鉴定方法具有重要意义。对南方花生主产区20个品种进行了SSR标记指纹图谱研究,从64对SSR标记引物中筛选出4对构建了20个花生品种的指纹图谱,该图谱能使19个品种相互区分。     

基于ISSR标记的杜鹃花品种DNA指纹图谱的构建

杜鹃花(Rhododendron spp.)是北温带植物区系的重要类群和世界著名的观赏花卉。本研究利用11个ISSR标记在32个杜鹃花品种内检测到44个多态性位点,品种内多样性丰富,平均Na为1.978,Ne为1.407,多样性指数h和I分别为0.263和0.414。聚类分析将32个品种分为2簇,第一簇含有18个红色、粉红色、紫色花系的品种,第二簇为14个白色和有条纹镶嵌的品种。筛选出10个品种特异性条带,引物844对‘吉见戈玉’和‘梅花茸’在350 bp处分别有一条明显的特异性带;引物846对‘外国红’在175 bp处有一条明显的特异性带;引物847对‘紫鹃’在750 bp处有一条明显的特异性带。本研究构建的DNA指纹图谱为杜鹃花品种鉴定提供了参考。     

黔东南地方玉米品种SSR分子标记指纹图谱构建

利用SSR分子标记技术研究了黔东南地方玉米品种,筛选出48对引物,共检测出309个等位基因变异,每对引物检测出3～12个,平均为6.44个。每个位点的SSR多态信息量(PIC)变化为0.37～0.88,平均为0.70,标记索引系数平均为4.68。21个材料间的遗传相似性系数变化为0.57～0.90,平均为0.68。利用4对多态信息量高的引物建立了21个地方品种的DNA指纹图谱。     

基于SSR标记的川西南泡核桃良种DNA指纹图谱构建及聚类分析

以川西南11个泡核桃优良品种资源为材料,利用SSR荧光标记技术进行了DNA指纹图谱构建和遗传关系分析。11对SSR荧光引物在11个泡核桃品种中共检测到59个等位基因,每个SSR位点有3~8个等位基因,平均为5.364个,有较好的多态性。期望杂合度(He)、香农信息指数(I)和多态信息含量(PIC)、变幅分别为0.579~0.851、0.993~1.972和0.490~0.833;均值分别为0.692、1.379和0.642。筛选出4对SSR引物wga004、wga032、wga070、zmz05为核心引物构建了各品种的指纹图谱。聚类分析中,11个泡核桃品种间遗传相似系数在0.525~0.932之间。说明11个泡核桃品种间遗传多样性较丰富,亲缘关系与选育的地理来源存在一定的相关性,地域上基因交流广泛,遗传背景复杂。     

基于SSR标记新疆陆地棉的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

【目的】利用Simple sequence repeats(SSR)标记构建新疆近40年间审定的120个陆地棉品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。【方法】从586对候选引物中筛选得到78对多态性高、扩增稳定且均匀分布于棉花染色体上的引物,并用这78对引物构建120个陆地棉品种的DNA指纹图谱。【结果】78对核心引物在120个材料中检测到392个等位位点,其中多态性位点324个,多态性比率达82.7%。24个标记位点在17个品种上具有特征谱带。采用12对引物组合即可鉴定120个棉花品种。聚类分析显示,120个陆地棉品种遗传相似系数变化范围为0.50~0.96,平均为0.73,遗传相似系数偏高,表明新疆陆地棉品种的遗传基础较狭窄。【结论】引物组合法是构建DNA指纹图谱最有效的方法。遗传相似系数矩阵将120个陆地棉品种分为三大类群,与系谱来源较为吻合。     

燕麦SSR标记开发及其在品种指纹图谱构建中的应用

使用磁珠富集法开发燕麦(Avena sativa L.) SSR分子标记,从中筛选出合适的引物构建燕麦10个国审品种的DNA指纹图谱。结果表明,通过磁珠富集法获得了150对SSR引物,从中筛选出6对多态性好且扩增稳定清晰的引物,共检测到50个多态性片段;使用其中2对引物构建了燕麦10个国审品种的DNA指纹图谱。筛选出的6个SSR引物具有很好的多态性,可应用于更多燕麦品种的DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。每个国审燕麦品种均具有唯一DNA指纹编码,可用于燕麦品种真伪鉴定,为品种权保护提供科学依据。     

甜瓜品种SSR指纹图谱的构建

为实现对甜瓜品种快速准确鉴定,利用SSR分子标记技术对6个甜瓜品种及其亲本共18份材料构建指纹图谱。通过利用50对多态性好的甜瓜SSR引物,经扩增电泳分析得到C17、C21、C30共3对引物,可用于构建18份材料的指纹图谱,实现了对这些材料的分子鉴定。另外利用C21引物对材料M324的杂种品种进行纯度鉴定,结果纯度为89%,与田间性状统计结果 90%相符。     

番茄品种SSR指纹图谱的构建

为实现对番茄品种快速准确鉴定,利用SSR分子标记技术对7个番茄品种及其亲本共21份材料构建指纹图谱.通过利用50对多态性好的番茄SSR引物,经扩增电泳分析得到T23、T34、T49共3对引物,可用于构建21份材料的指纹图谱,实现了对这些材料的分子鉴定.另外利用T 34引物对材料T223、T 255的杂交种品种进行纯度鉴定,结果纯度分别为93.22％、93.75％,与田间性状统计结果(93.8％、93.8％)相符.     

利用SSR荧光标记构建20个高粱品种指纹图谱

为建立高粱种子纯度及真实性鉴定技术体系,构建高粱栽培品种DNA指纹图谱数据库是必要的。利用SSR荧光标记技术筛选出36对SSR荧光标记引物,构建我国高粱杂种优势利用以来中晚熟区主推的20个品种的SSR指纹图谱。36对SSR引物共扩增出235个等位基因,平均每个等位基因检测到多态性位点7个,多态性位点变化范围为2~12个。20个高粱品种36个SSR位点的遗传多样性指数和多态性信息量的变化范围分别为0.3490~0.8813和0.3144~0.8696,平均值分别为0.6976和0.6571。从36对SSR引物中筛选到多态性丰富的2对引物作为高粱品种鉴定的特征引物,2对SSR特征引物组合可区分所有供试品种。20个高粱品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

SSR荧光标记在80份荷花品种指纹图谱构建中的应用

本研究利用毛细管电泳技术对筛选出的8对SSR荧光引物进行检测,构建了80个荷花品种的指纹图谱。8对引物共检测到52个多态位点,多态位点数平均为6.5;多态性信息含量PIC值变化范围为0.41~0.81,平均为0.62。利用其中5对引物SSR022、SSR035、SSR468、SSR87和CL06可区分供试的80个荷花品种。利用获得的SSR指纹图谱数据,对80份荷花品种进行聚类分析,结果表明,在遗传相似系数0.435处供试荷花材料可分为7大类群。本研究利用SSR荧光标记技术,获得了供试荷花材料的指纹图谱,进一步分析了品种间亲缘关系的远近,可为荷花种质资源的分类及鉴别提供依据。     

辽宁省备案大白菜品种SSR指纹图谱构建

本研究利用SSR标记技术筛选合适的引物,对辽宁省近年备案的34个大白菜品种进行DNA指纹分析,构建其SSR指纹图谱数据库。首先利用8份来自国内外不同生态条件、植物学性状差异较大的大白菜品种,通过对1 200余对SSR引物的两次筛选,得到40对扩增条带清晰、多态性好、稳定性高且近似均匀分布在白菜10条染色体上的引物。通过选取的40对SSR引物对34份通过备案的大白菜品种进行扩增分析,最终利用Cnu-m132a等7对引物构建了上述34份大白菜品种的指纹图谱。本研究构建的SSR指纹图谱数据库,为建立辽宁大白菜品种鉴定技术体系提供参考依据。     

枇杷种质资源SSR标记指纹图谱的构建

为构建枇杷种质资源指纹图谱,采用SSR标记技术对国家枇杷种质资源圃33份品种进行多态性分析,从近缘属苹果属和梨属的51对SSR引物中筛选出能够稳定扩增,多态性好的7对引物,Hi01d05F、Hi12f04F、CH02B10F、Hi03a03、Hi03e04、Hi04a05和Hi02c07来构建指纹图谱。结果表明,应用这7对引物可100%区别33个枇杷种质。这种SSR标记构建的枇杷种质资源指纹图谱对于品种分类及鉴定具有重要的应用价值。     

厚皮甜瓜品种组合SSR指纹图谱构建

采用SSR(Simple sequence repeat )标记技术对21份厚皮甜瓜品种(Cucumis melo ssp. melo) 组合进行分析,初步建立其DNA指纹图谱,为厚皮甜瓜品种DUS测试和品种鉴定奠定基础。从700对SSR引物中筛选23对多态引物组合,对所有供试材料进行分析,共检测出63条多态性条带,平均每个引物多态性条带为2.74条;多态信息含量（PIC）在0.52～0.69,平均0.61。应用其中6对引物组合（CMGAN12、MU7161、F22_85、F21_16、ECM79和MU5499）获得了每个品种组合的SSR特征带,可以将所有供试材料区分,初步建立21份厚皮甜瓜品种组合的SSR指纹图谱,为品种的真伪鉴定和知识产权保护提供有效的科学依据。     

利用荧光SSR标记构建含笑种质指纹图谱

本研究基于高通量荧光SSR标记基因分型技术构建了16份含笑种质的指纹图谱。13对来自近缘种的SSR标记共检测到102条等位片段,每个位点等位基因数5~11不等,平均为7.8个。观测杂合度(Ho)变化范围为0.125 0~0.562 5,平均为0.365 0;期望杂合度(He)变化范围为0.670 3~0.911 3,平均为0.809 9;多态信息量(PIC)变化范围为0.574 8~0.871 4,平均为0.751 5。优选的4对核心引物中,LT106与SGA5组合、LT106与LT58组合以及SGA5与MMA51组合可完全区分16份含笑种质。聚类结果显示16份含笑种质遗传相似系数在0.70~0.90之间,同一种内的不同个体均能很好的聚在一起。本研究建立的荧光SSR基因分型体系高效、快速、准确,不但能为含笑属种质鉴定及新品种保护提供科学理论依据,同时也能为含笑进一步育种工作奠定坚实的基础。     

基于SSR标记的黄瓜栽培品种遗传多样性分析及指纹图谱构建

本研究利用筛选出的17对多态性高、条带清晰的SSR引物,以来源不同的32份黄瓜栽培品种为材料,进行遗传多样性分析和指纹图谱的构建.结果 表明:筛选出的17对多态性引物共检测出78个基因位点,每个引物平均4.59个,其中,多态性扩增位点56个,多态性比例71.8％,引物多态性信息含量(polymorphism infor...     

利用SRAP标记构建18个木薯品种的DNA指纹图谱

利用SRAP标记,选用36对多态性较好的引物组合,对18个木薯品种进行分析鉴定,扩增出320个位点,其中多态性位点235个,多态性比率达73.4%,平均每对引物组合可产生8.9个位点和6.5个多态性位点;235个多态性位点采用非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析,以遗传相似系数0.734为阈值,可将18份供试材料分为4组;选用2对多态性引物Me1-Em5和Me24-Em10,初步构建了18份木薯品种的指纹图谱,根据条带的有无转换为0、1二进制编码形成数字指纹,每个品种拥有唯一的数字指纹区别于其他品种,置信概率达到99.999%。结果表明,采用SRAP标记建立的指纹图谱适用于木薯品种的分类和鉴定。     

上海地区水稻已知品种SSR指纹图谱库构建

用24对引物构建上海地区53份水稻品种的DNA指纹图谱,为当地水稻新品种保护、遗传资源评价及亲缘关系分析提供理论依据和技术支持。结果显示,实验中共检测出109条多态性片段,变幅2~9条,平均每对引物4.5417条多态性片段,有效等位基因数为70.8187,平均每个标记2.9508个;Shannon多样性指数(Ⅰ)平均值为1.1296,变幅0.4949~1.8402;多态性信息含量(PIC)平均值为0.5415,变幅0.2656~0.8001。用24个标记建立53份材料的DNA指纹图谱,这些字符串就构成了这53份材料的“身份证号码”,本实验中,各材料的分子身份证号码是唯一的;聚类分析表明,在遗传相似系数0.21处可以将53份材料分为2个类群,分别为粳稻组和籼稻组,但是组内遗传距离较近。由此可见,上海地区水稻品种的遗传多样性相对狭窄。