一种适于PCR扩增的蓖麻基因组DNA提取方法

报道了一种从蓖麻叶片中提取DNA的改良SDS方法,该方法提取的DNA经琼脂糖凝胶电泳检测,获得的DNA条带较亮且无明显拖尾现象。利用ISSR引物对提取的蓖麻基因组DNA进行PCR检测,能够获得清晰稳定的条带。说明该方法提取的蓖麻基因组DNA能够满足PCR反应的需要。     

一种适于SSR-PCR的棉花基因组DNA提取法

本文是一种适合于棉花这样高含酚类植物进行DNA提取的方法,提取程序中增加了DIECA、PVP40等对棉花酚类物质氧化有抑制作用的试剂,简化并改进了本实验室常用的棉花总DNA提取方法的步骤,使棉花总DNA能够快速高质量提取,避免了以往的棉花总DNA提取过程中棉酚的氧化对DNA提取质量的影响,提取的DNA能很好地进行SSR-PCR分析.本法提取的棉花总DNA呈乳白、疏松的丝状、干后为透明状,能很好的溶解在TE或ddH2O中.用本方法提取的棉花总DNA作为模板用JESPR系列SSR标记对其进行SSR-PCR扩增,可以扩增出清晰的条带.     

高通量提取西红柿基因组DNA方法探究及其在SNP分型中的应用

随着植物分子生物学的发展,植物分子试验对于大规模样品DNA提取的需求越来越大。本研究旨在开发快速、简便、高通量的DNA提取技术。以西红柿叶片为试验材料,用96孔盒对西红柿叶片进行冷冻干燥及粉碎,基于改良的SDS提取DNA方法,采取排枪“两步加样一步抽提”,简化提取步骤,实现DNA的高通量提取。该方法提取DNA样品的平均浓度在138.6 ng/μL左右,满足一般性的PCR扩增要求;琼脂糖凝胶电泳结果显示绝大部分样品泳道可见清晰完整的DNA条带,无明显降解,并伴有少量的RNA污染。利用3个等位基因特异的定量PCR基因分型系统(AQP)分子标记对192个样本进行检测,结果显示3个标记的整体检测结果良好,均能有效区分样品间的不同等位基因位点。样品的有效荧光值占比在97%～99%之间,可以用于分子标记检测或遗传群体的基因分型。本研究在前人基础上探讨了一种简便、快速、高通量的西红柿基因组DNA提取方法,对于提取其他植物叶片组织DNA同样适用,并且该方法能够成功应用于AQP等其他类似的荧光分子标记检测,为大规模分子标记检测等实验DNA样品准备提供了借鉴。     

一种棉花DNA快速提取方法

本研究以棉花子叶为材料,探索一种适用棉花批量SSR-PCR分析的DNA快速提取方法。本方法只需要两次加液,两次高温水煮即可完成。紫外检测结果表明,所得DNA浓度较好,纯度较差,含有较多蛋白质。但SSR分析结果显示,可以扩增出相应的带型,且清晰易辨,准确可靠。相比常规CTAB法,具有操作简便,成本低,效率高,且无毒,无污染的优点,适用于大量棉花样品的SSR-PCR分析。     

一种适于PCR检测病毒诱导基因沉默番茄植株的微量DNA提取方法

【研究目的】为了寻找一种适用于病毒诱导的基因沉默番茄叶片PCR检测的快速、简单、成本低的DNA提取方法。【方法】笔者根据PCR反应的要求,用改良的CTAB法,实现了微量番茄叶片基因组DNA的快速提取。【结果】提取基因组DNA所用的组织量虽少,所得的DNA经过电泳检测虽有降解,但足以用于PCR检测,以其作模板扩增中国番茄黄化曲叶病毒诱导的硫黄素酶(Su)基因沉默植株中病毒组分中的DNAmβ和1.7A,片段大小分别为500bp、1300bp。测序结果证明是相应基因的部分片段。【结论】该方法的材料不需要使用液氮,可以单人大批量提取,并在基因沉默的番茄植株中能稳定而准确的规模化PCR检测。     

适于AFLP分析的蚕豆DNA提取方法的改良

蚕豆是高蛋白含酚类物质较多的作物之一,为了提取适于蚕豆AFLP分析的高质量的DNA,采用改良CTAB法,以β-巯基乙醇和PVP浓度为因素进行了实验.结果表明,用改良的CTAT法提取蚕豆DNA的质量较好,纯度高λ=260nm/280nm的平均OD值为1.915,变幅在1.81～2.08之间,绝大多数集中在1.9左右,其中,在CTAB提取液中加入1%的β-巯基乙醇和0.5%的PVP或直接加入1%PVP后,提取的DNA纯度较高,λ=260nm/280nm OD平均值分别为1.868和1.865,提取的DNA适于AFLP分析.     

适于SSR分析的茶树高质量基因组DNA提取方法

对野生型、过渡型和栽培种茶树分子遗传多样性研究中遇到的DNA提取问题进行了试验,针对茶树组织内富含多酚、多糖、色素及次生代谢物质的特点,以茶树嫩叶为试材,采用改良CTAB法获得了高质量的茶树基因组DNA。运用本方法提取的茶树总DNA作为模板用多条EST-SSR引物和自身开发的基因组SSR引物进行PCR扩增并用聚丙烯酰胺凝胶电泳检测条带,结果表明,改良后的方法适用于不同类型的茶树叶片DNA提取,所得DNA带型完整,质量较高,扩增SSR产物条带清晰,证实所提DNA适用于后续的SSR分析。     

大豆SNP分型方法的比较

本研究采用测序法、酶切扩增多态性序列法(CAPS)和竞争性等位基因特异性PCR(KASP)法对大豆Dt1基因的4个SNP进行分型,旨在从准确性、稳定性、耗时和成本4个角度,对上述3种分型方法进行比较。结果表明:3种SNP分型方法均可对大豆Dt1基因进行分型,但准确性存在差异,测序法的准确率最高(100%),其次为KASP法(94.3%),CAPS法较低(89.6%);从稳定性来看,测序法最稳定,KASP法次之,CAPS法最差;从耗时来看,KASP法最省时,其次是测序法,CAPS法最耗时;在成本上,相比其他两种方法,KASP法最经济。在具备相关仪器设备的条件下,KASP法是大豆快速、高效的SNP分型方法。     

一种优化的大白菜线粒体DNA提取方法

介绍了一种快速、大量提取大白菜线粒体DNA的方法.以大白菜黄化苗为试验材料,通过加入一定量的DNase I和RNase A酶,充分消除核基因组DNA和RNA的污染.通过加入蛋白酶K和SDS,并经2步变温处理,即先在50℃条件下温育1 h,接着在37℃条件下温育1 h,有效地提高了mtDNA产出率.经凝胶电泳和PCR等检...     

适于转基因苹果种子和果肉总DNA提取的方法

为探求适宜的转基因苹果种子和果肉DNA提取方法,以转豇豆胰蛋白酶抑制剂基因（CpTI）嘎拉（Gala）苹果果实为试材,采用改良CTAB法、SDS法与高盐低pH值SDS法对苹果种子和果肉进行基因组总DNA提取。结果表明,在提取种子基因组DNA时,供试3种提取方法均可获得纯度较高的DNA,但不同方法所获得的DNA产量差异较大,以改良CTAB法获得的DNA产量最高,为0.221 mg?g-1鲜重,SDS法和高盐低pH值SDS法所获得DNA产量偏低,分别为0.053 mg?g-1鲜重和0.034 mg?g-1鲜重;在提取果肉基因组DNA时,SDS法在纯度和产量上效果最好,DNA的A260/ A280 值为1.808,产量为0.012 mg?g-1鲜重,而其它两种方法提取质量较差。考虑到质量和得率的综合因素,认为改良CTAB法适宜提取转基因苹果种子DNA,SDS法适宜提取转基因苹果果肉DNA。     

一种高效提取鹧鸪茶基因组DNA的方法

本研究在常规的CTAB法基础上,对其中某些步骤和所用药品进行改良,以寻求一种能简便快速地排除多酚类、蒽醌类和甾体类化合物等物质干扰的方法。应用该改良CTAB法所得鹧鸪茶总DNA鹧鸪茶总的DNA长度接近21kb,OD260/OD280在1.8左右。以此DNA为模板可获得条带清晰、重复性好的ISSR-PCR扩增结果。     

一种快速高效的油茶叶片DNA提取方法

油茶叶片含有较多的多糖和多酚等次生代谢产物是提取DNA的重要障碍。本研究以油茶叶片为材料研究高质量的DNA提取方法。建立了一种改良的CTAB法,运用2×CTAB缓冲液来裂解细胞,在裂解细胞后的溶液中加入终浓度为2 mol/L Li Cl,用氯仿异戊醇抽提溶液,用等体积的异丙醇沉淀DNA,用预热的70%乙醇洗涤DNA沉淀。运用紫外分析和琼脂糖凝胶电泳分析测定了DNA的产率和质量,并与经典SDS法、经典CTAB法、高盐低p H法进行了对比。结果表明,改良的CTAB法提取的DNA产率比经典SDS的少,与经典CTAB法和高盐低pH法的相似,达到39.0μg/g,且纯度高,无RNA的污染。改良的CTAB法提取的叶片DNA可用于油茶后续的PCR分析研究。     

一种直接用于PCR的土壤微生物DNA提取方法

以橡胶林土壤为材料,直接提取土壤微生物DNA。研究表明,本实验介绍的方法不仅可以获得大片段,并且不需要纯化即可直接用于PCR扩增和DNA酶切等后续操作,每克土壤DNA提取量约为2.1～4.6μg。此方法操作简单、快捷、为土壤宏基因组文库的构建和土壤微生物群落结构的多样性分析提供基础。     

一种简单、极快的植物叶片DNA提取方法

为了满足分子标记辅助育种中基因型鉴定、基因克隆、测序的需要,本研究借用棉签等具吸附功能的材料代替移液器,依次直接在2种DNA提取液中操作,建立了一种简单、快速、环保的水稻叶片DNA提取方法。结果表明,提取溶液通过PCR扩增,满足基因扩增对模板的要求;同时,对其进行了灵敏度测试,稀释107倍仍然能够扩增出目标片段;最后通过PCR、克隆载体连接等分子生物学手段,验证此方法也满足测序的需要。本方法能够在90s内完成植物叶片DNA的提取,解决了目前植物基因组DNA提取方法需要离心机等昂贵特殊设备、提取步骤繁锁、提取过程中刺激味大、提取时间长等问题,有利于大规模开展分子标记辅助育种中材料基因型的鉴定,具有简单、快速、廉价、环保等优点。     

一种适用于棉花种子的DNA快速提取方法

对已报道的小麦、玉米等作物基因组DNA快速提取方法进行改良,首次在棉花上进行了尝试。以棉花种子为材料,用SDS法、NaOH法和简化法提取基因组DNA。结果表明,3种方法提取的DNA条带均较为清晰,完整性好,PCR扩增效果明显,结果稳定可靠。但DNA简化提取法整个提取过程操作简单、花费时间少、成本低,能在较短时间内完成大量样品的DNA提取。相比常规的以棉花叶片为材料的DNA提取法,本方法在降低试验成本的同时大大提高了工作效率。     

一种改良的快速高质大豆基因组DNA提取方法

为了探索一种适用于大豆叶片基因组DNA的快速、高效的提取方法,在传统的SDS提取方法的基础上,通过将缓冲液成分和浓度进行改良并加入表面活性剂Tween-20,优化实验流程。用限制性内切酶对该方法提取的DNA进行酶切及电泳检测,可得均一弥散条带。以提取的DNA模版扩增大豆Actin基因,测序后证实片段正确。同样以其为模版以SSR引物Sctt011进行SSR-PCR反应,并通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,也可观察到特异性明显且无杂质的目的条带。实验结果表明,该方法提取的DNA完全符合各种分子实验的要求。本研究方法可用于快速提取大豆叶片基因组DNA,同时提高了提取DNA的质量。     

后基因组时代下作物的SNP分型方法

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)是生物体最普遍的一种多态差异,在植物功能基因组研究和作物遗传改良方面有着广泛的应用。利用全基因组水平SNP标记谱进行遗传变异的研究、群体结构分析、关联性分析、作物分子设计育种,以及对大规模SNP数据进行验证、评估等,都迫切需要发展和利用各种不同的SNP分型手段实现。本文综述了目前常用的一些SNP分型方法,简要介绍了检测原理及操作流程,并对后基因组时代下作物的高通量SNP数据的分析进行了讨论。     

高效提取越橘成熟组织基因组DNA的方法

为从越橘成熟组织中提取高质量DNA,对CTAB法进行改良,并与常规CTAB法及快速CTAB法的提取效果进行比较。结果表明:改良方法提取获得的DNA产量大、纯度高,DNA产量平均为192μg/g,OD260/OD280在1.75~1.85之间,所得DNA能被限制性内切酶完全消化,以其为模板进行SRAP-PCR扩增,能得到清晰、稳定的条带,证明改良方法适于越橘成熟组织DNA的提取。     

利用SNP芯片构建我国冬油菜参试品种DNA指纹图谱

以2016?2017年度187份国家油菜参试品种及2015?2016年度33份续试品种为材料, 利用油菜60K Illumina Infinium SNP (single nucleotide polymorphism)芯片进行基因分型, 得到52 157个SNP标记。按照分型为AA和BB频率不为0、最小基因型频率(minor freq)大于0.05、SNP得率(call freq)大于0.80、样品缺失率小于5%及分型明晰的要求筛选出5374个SNP标记。这些标记的PIC (polymorphism information content)均值为0.27, PIC值大于0.25的SNP标记占55.94%。其中有5143个SNP标记能对应到A1~A10、C1~C9连锁群上, 且比较全面地覆盖了油菜的基因组。用PowerMarker、MEGA等软件对224份样品的5374个标记分析, 结果显示: (1)设置8个品种重复2次点样对照, 得出Infinium芯片的技术误差为0.36%, 与Illumina公司公布的0.1%的技术误差十分接近。(2) NJ (Neighbor-joining)聚类分析中, 97.86%的区试品种的相似系数小于95%、87.88%的续试品种相似系数大于95%, 相似系数95%可作为品种特异性及一致性鉴定的阈值。这5374个SNP标记在油菜全基因组上分布均匀、多态性高、区分度好, 可用于甘蓝型油菜品种特异性和一致性的鉴定分析及甘蓝型油菜品种DNA指纹图谱构建的研究。