基于ISSR标记的5个蓼蓝居群遗传多样性分析

旨在分析5个不同居群蓼蓝的遗传多样性及亲缘关系,为蓼蓝种质资源的保护和开发利用提供分子依据。以5个不同居群的蓼蓝为实验材料,利用简单重复序列(ISSR)分子标记技术进行遗传多样性分析;使用Popgene 32软件对扩增结果进行分析;使用NTsys2.10e软件按非加权配对算数平均法(UPGMA)构建居群间遗传距离聚类图。结果表明,23条引物共扩增出155个位点,其中148个为多态性位点;Nei′s基因多样性指数(H)为0.3538,Shannon多样性指数(I)为0.5234,基因分化系数(Gst)为0.4096,基因流(Nm)为0.7206;以遗传距离0.234为阈值可将5个居群分为三类,其中日本居群和其他居群间显示出较大差异。本研究结果显示蓼蓝居群间遗传差异与地理距离呈现一定相关性,对蓼蓝遗传多样性及种质资源的保护利用提供了理论基础。     

基于ISSR技术的白木香奇楠种质遗传多样性分析

本研究采用ISSR分子标记技术分析白木香奇楠种质的遗传多样性和亲缘关系。以4种常见的奇楠种质的16个居群为试验材料,普通白木香为对照,利用筛选出的10条ISSR引物进行PCR扩增,利用PopGene 32软件对不同居群的ISSR标记结果进行多态性分析,通过NTsys 2.1软件的UPGMA方法聚类并构建亲缘关系树。研究结果显示:(1) 10条ISSR引物共扩增出93条DNA条带,其中多态性条带77条,多态性程度达82.8%;(2)奇楠种质居群内的多态性位点百分率(PPB)、有效等位基因数(Ne)和Shannon's指数(I)等均显著低于普通白木香;奇楠居群间遗传分化系数(Gst)为0.815 4,居群间每代个体的基因流系数(Nm)为0.113 2;(3)除种质T41外,其他奇楠种质不同居群间的遗传一致性高、遗传距离小,在聚类图上各自聚为一支。白木香奇楠种质在物种水平上具有较高的遗传多样性,而在居群水平上的遗传多样性水平偏低,遗传变异较少。居群间(种质间)存在较大的遗传变异,且居群间基因流动性水平低。从特异性、一致性和稳定性来看,A11、R21和B31更符合林木新品种审定的要求。本研究的开展为白木香奇楠品种的引种栽培及良种选育提供了一定的分子生物学依据。     

基于ISSR分子标记的华北蓝盆花遗传多样性分析

本研究利用ISSR分子标记技术和NTSYSpc2.10e软件、PopGen32软件对华北蓝盆花自然居群进行遗传多样性和亲缘关系初步研究,研究结果显示：64份样本用8条引物共扩增出119条谱带,平均每条ISSR引物扩增出14.9条,种群水平的多态条带百分率(PPB)为56.30%～73.11%(均值为63.55%)。8个华北蓝盆花居群的观察等位基因(Na)均值为1.635 5,有效等位基因数(Ne)均值为1.376 3,Shannon信息指数(I)均值为0.329 7,Nei’s基因多样性指数(He)均值为0.219 8,说明8个华北蓝盆花居群的遗传多样性属中等水平;种群间的遗传分化系数(Gst)均值为0.362 7,居群内遗传分化大于居群间遗传分化。基因流Nm均值为0.8784,居群间基因交流较少;遗传距离在0.108 8～0.274 1之间,遗传一致度在0.772 6～0.896 9之间,UPGMA聚类分析8个华北蓝盆花居群分为两大类,第一大类包括陈巴尔虎旗、伊尔施、圣水梁、小井沟4个居群,第二大类包括南天门、哈达门、辉腾锡勒、霍林郭勒4个居群。本研究结果为蒙药蓝盆花的种质资源的保护...     

四川花萼山不同海拔巴山榧树居群的遗传多样性

为揭示不同海拔巴山榧树居群的遗传多样性水平,实验利用ISSR分子标记对四川花萼山4个不同海拔(1 000 m, 1 200 m, 1 450 m, 1 700 m)巴山榧树居群的遗传多样性和遗传分化进行分析。结果表明,巴山榧树在物种水平上多态性位点百分率为77.84%,Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)分别为0.249 3和0.375 2,反映出巴山榧树保持有较高的遗传变异。巴山榧树在居群水平上仍具有较高的遗传多样性,平均多态性位点百分率为54.04%,H和I均值分别为0.176 2和0.266 1。4个居群的遗传多样性总体上随着海拔的升高而增加,遗传多样性与海拔高度呈不显著的正相关(p0.05)。4个居群间的基因分化系数(Gst)为0.293 2,表明该地区巴山榧树居群的遗传分化程度较高,有29.32%的遗传变异位于居群间,70.68%的变异位于居群内。4个居群间的基因流(Nm)为1.205 1,较低的基因流可能是导致巴山榧树居群间遗传分化程度较高的重要因素。4个居群间的遗传距离介于0.073 2～0.197 9之间,遗传距离随着海拔高度差的增加总体呈现逐渐增大的趋势。上述结果有助于研究巴山榧树遗传资源的保护与利用。     

基于果实品质与EST-SSR标记的刺梨居群遗传多样性分析及核心种质构建

通过分析评价野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt.)资源居群遗传多样性和遗传结构,同时构建核心种质,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。本研究利用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的12个刺梨自然居群(共102份种质)的遗传多样性及遗传结构进行分析,同时结合原贵州省32份初级核心种质,采用位点优先取样策略进一步构建西南地区核心种质。结果表明,黔西(QX)居群拥有最高的Shannon信息指数I=0.6965,基因多样性指数h=0.3935,多态位点百分率p=84.62%;而古丈(GZ)居群则无论在分子数据还是表型数据都表现为遗传多样性最低;AMOVA分析表明刺梨居群内遗传变异在87%以上,居群间基因流Nem在3.5以上、平均Nei’s遗传距离(GD)0.223。构建的19份核心种质等位基因保留率和稀有等位基因保留率均为100%,能够代表原种质的遗传多样性。西南地区野生刺梨的遗传变异主要发生在居群内,居群间具有基因交流频繁、Nei’s遗传距离小等特点,构建的19份核心种质从等位基因保留率、稀有等位基因保留率及地理分布均能够较好地代表原种质的遗传多样性。自然居群以黔西(QX)居群遗传多样性最高。因此,野生刺梨的保护策略可采用就地保护黔西(QX)居群与迁地保护19份核心种质相结合的方法进行。     

岭南山竹子种质资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对海南省9个岭南山竹子居群的59份材料进行遗传多样性及亲缘关系分析。100条ISSR引物中筛选出8条扩增条带清晰、稳定性好且多态性明显的引物,59份材料DNA共扩增出100个位点,多态性比率达到100%,平均每条引物扩增位点为12.5个。岭南山竹子居群的遗传多样性水平为1.254 6,Nei'基因基因多样性指数(He)为0.147 8,Shannon多样性指数(I)为0.220 9,居群之间产生了较大的遗传变异(Gst=0.453 5,Nm=0.602 4)。AMOVA分子差异分析表明岭南山竹子居群间遗传分化程度高,居群间和居群内的遗传变异分别为42%和58%。居群间的遗传相似系数范围为0.763 4~0.943 0之间,以0.840 0作为最低遗传相似系数,将9个岭南山竹子居群分为3大类:居群NW、N、E、NE和W聚为第一类,居群C和居群SE为第二类,居群S和居群SW为第三类。岭南山竹子种质材料间的遗传多样性较高,种质间的亲缘关系与地理位置和环境具有一定的相关性,地理位置较近和环境较相似的居群聚为一类。     

黄淮海50份大豆种质资源SSR遗传多样性分析

利用42对SSR标记对黄淮海地区的50份大豆种质材料进行遗传多样性分析。结果表明,从供试材料的基因组中扩增出203条带,多态性条带198个,多态位点百分率(PPB)为97.54%。平均等位基因数(Na)为1.952 4,平均有效等位基因数(Ne)为1.417 2,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.267 2。遗传多样度(Ht)为0.270 4,居群内遗传多样度(Hs)为0.259 1,居群间遗传分化系数(Gst)为0.141 7,基因流(Nm*)为3.03。黄淮海北部大豆种质的有效等位基因数(Na)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)均大于黄淮海南部。研究表明,42对SSR引物具有丰富的多态信息。经UPMGA聚类分析,50份黄淮海大豆种质材料分为2个类群,与2个居群结构基本一致。居群间遗传距离较小,相似系数较大,存在中低度遗传分化。居群内部个体差异较大,居群之间存在丰富的基因交流。黄淮海北部大豆种质资源的遗传多样性较黄淮海南部高,黄淮海北部大豆种质资源较为丰富。     

中国扁蓿豆种质资源遗传多样性的ISSR标记与生态因子相关性分析

采用ISSR分子标记技术对来自国内7个省市自治区的49个扁蓿豆居群的遗传多样性及生态因子的相关性进行分析,为扁蓿豆种质资源的保护利用提供理论依据和技术支撑。研究结果表明：采用筛选的15个条带清楚且稳定的引物,共获得127个扩增位点,其中,多态性位点110个,多态性位点的比例为85.61%,平均每个引物的多态扩增位点为7.33个;居群间基因多样性指数、Shannon指数、基因分化系数3个指标均大于地区间,内蒙古地区的遗传多样性较丰富,北京地区的遗传差异较小;聚类和主成分分析将49个扁蓿豆居群分为6大类,供试扁蓿豆种质资源呈现出较好的地域性分布规律;基因多样性指数、Shannon指数及多态位点百分率均与年降水量呈显著负相关。     

不同居群朱砂根(Ardisia crenata)的荧光ISSR遗传多样性分析

为了从分子水平揭示福建省不同野生居群朱砂根的遗传多样性水平,本研究采用荧光ISSR分子标记对福建省20个朱砂根野生居群共255个样株的遗传多样性及遗传结构进行了分析。5条ISSR荧光引物共扩增出谱带为186条,其中多态性谱带为96条,多态性平均百分率达到55.77%。居群的多态位点百分比(PPL)在37.65%～80.39%之间,观测等位基因数(Na)在1.376 5～1.803 9之间,Shannon指数在0.200 0～0.367 2范围内,Nei's基因多样度(H)于0.125 6～0.242 5之间、有效等位基因数(Ne)为1.192 3～1.407 9,以上数据表明朱砂根居群遗传多样性较丰富。居群间的遗传变异(Dst)为0.059 2,小于居群内遗传变异(Hs)。居群间的基因流为1.4335(1),具有较高的基因流动。不同居群的遗传一致度于0.6201～0.9782之间,遗传距离于0.024 2～0.559范围内,证明了朱砂根各居群间的亲缘关系接近。对遗传距离与地理距离进行Mantel相关性分析发现无显著相关性。通过对朱砂根各居群样株进行主坐标分析,发现居群间亲缘关系远近和地理分布规律无较明显的相关性,但居群间基因流动较密切,且具备一定程度的遗传分化,并依据Structure遗传结构分析,把居群划分为两大类的结果与主坐标分析相似,且居群间存在较高的遗传渗透。本研究为今后构建朱砂根资源核心种质库,优良性状种源的筛选与储存、引种及驯化及种群保护策略的制定及新资源的开发提供相关的理论依据。     

河南长葛—安阳黄连木遗传多样性分析

本研究利用9对AFLP引物对河南省4个不同种群黄连木材料进行遗传多样性研究。结果表明,在4个不同的黄连木种群中,Nei's基因多样性指数He和Shannon信息指数I反映出其遗传多样性水平均处于中等水平,其中长葛(CG)种群尤为突出(I=0.45,He=0.30)。其次,在本研究中不同种群黄连木遗传分化系数Gst为0.108 1,这表明居群间的遗传变异占总遗传变异的10.81%,而89.19%的遗传变异存在于居群内,AMOVA分析表明7.89%的变异存在于居群间,92.11%的变异存在于居群内,两者都说明黄连木总的遗传分化主要来自居群内部,较低遗传分化则在其居群间存在。基因流Nm为4.13,表明较高的基因流可能是导致不同的黄连木居群具有较高遗传多样性的主要原因之一。     

基于ISSR标记的黄梅秤锤树种质资源遗传多样性分析

黄梅秤锤树(Sinojackia huangmeiensis)属安息香科(Styracaceae)濒危保护植物。本研究以居群中最大个体为中心,在东南、东北、西南、西北4个方位采样,并依据发育阶段将其划分为成年、幼树、幼苗3个龄级居群,进行ISSR遗传多样性分析。12个标记共检测到77个位点,多态性比率为97.6%,各位点扩增条带为4~8个。其中,"幼树居群"多态性位点、Nei's基因多样性指数(h)、Shannon信息指数(I)均最高,最低的是"幼苗居群"。3个居群间遗传变异主要存在于居群内,高达89.32%。遗传一致度最高的是"幼树居群"和"成年居群",最低的是"幼苗居群"和"成年居群"。在4个方位组成的居群中,多态性位点、Nei's基因多样性指数(h)、Shannon信息指数(I)最高的是"东北居群",最少的是"东南居群"。四个方位居群仅23.37%的遗传变异发生在居群间。"东南居群"和"西北居群"的遗传距离最小,遗传一致度最大。本研究为黄梅秤锤树的生物保护、可持续开发利用等研究提供了理论依据。     

基于SSR标记的山西高粱地方品种遗传多样性和遗传结构分析

为了从分子水平分析山西省高粱地方品种的遗传多样性和遗传结构,本研究从140对SSR引物中筛选到22对条带清晰且多态性稳定的引物,对来自于山西省11个地区66个县市的158份高粱材料进行了遗传多样性分析,结果共检测到147个等位基因的位点变异,平均等位基因数为6.68。每个SSR位点的多态性信息含量(PIC)平均为0.635,变异范围为0.168～0.870,表明山西高粱的地方品种具有较丰富的多态性。针对11个不同地理居群的遗传多样性分析表明,不同的地理居群间遗传分化水平差异较大,地理居群间存在不同程度的基因交流。无论从等位基因数、有效等位基因数还是Shannon's信息指数上,都可以看出忻州居群的遗传多样性最高,而阳泉居群的最低。针对不同地理居群间遗传距离的分析结果表明,忻州居群和晋中居群的遗传距离最小,两个群体的亲缘关系较近,基因交流比较频繁。而阳泉居群和其他居群间的遗传距离都较大,显示阳泉居群与其他居群之间的基因交流阻隔,进一步显示了阳泉居群的独特性。基于模型的遗传结构分析和基于遗传距离的N-J聚类分析都将种质材料划分为2个类群,不同地区高粱资源居群间的遗传关系远近与其地理信息并没有明显的相关性。本研究旨在为高粱种质资源的收集、鉴定与创新提供理论依据。     

利用RAPD、ISSR标记分析白芨种质资源遗传多样性的研究

旨在分析不同地区野生驯化白芨居群间亲缘关系,为白芨资源保护和利用提供支撑。利用RAPD和ISSR标记技术从分子层面鉴别源于湖南、湖北、贵州、云南、江西等地的12个白芨资源遗传多样性差异,并通过UPGMA对该差异性进行了聚类分析。结果表明,在36条供试RAPD引物中有13条扩增带型清晰、多态性高,15条供试ISSR引物中有2条扩增带型清晰、多态性高,共获得40条多态性条带;通过UPGMA聚类分析表明,12份供试白芨种质资源间具有较高的遗传多样性,遗传距离最大可达0.975,供试材料总体上可分为两个支系,湖南、江西为一个支系,湖北、贵州和云南为一个支系。利用ISSR和RAPD标记可以从分子水平上揭示白芨的种质资源遗传多样性,同时,研究还发现ISSR标记能比RAPD标记扩增出更多的多态条带和获得更高的多态比率,且分析不受时间和地点限制,结果更稳定、可靠。本研究结果显示白芨居群间遗传差异性与地理距离呈现一定的相关性,对研究白芨物种的演化及遗传多样性提供了相关数据和理论支持。     

ISSR标记对34份樱桃种质资源的遗传分析

利用ISSR标记对34份樱桃种质资源进行遗传多样性检测。结果发现,ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。每个引物可获得6～12条DNA片段,平均为8.76条;17个ISSR引物共扩增出149条DNA片段,其中143条具有多态性,多态性比率（PPB）为95.97%;平均多态信息量（PIC）为0.90;每个位点有效等位基因数（Ne）为1.914;材料间遗传相似系数GS变幅为0.44～0.91,平均达0.73。通过聚类,从分子水平对樱桃种质资源的遗传关系进行分析,并对34份资源进行分类,ISSR标记能将34份樱桃种质完全区分开,为樱桃种质资源的研究利用提供参考。     

滇西北玉龙雪山不同海拔川滇高山栎遗传多样性分析

本研究滇西北玉龙雪山川滇高山栎自然居群的遗传多样性,以保护和合理利用川滇高山栎资源。利用SSR分子标记对滇西北玉龙雪山不同海拔(2 750~3 500 m)川滇高山栎(Quercus aquifolioides)6个居群进行遗传多样性分析。结果表明川滇高山栎在物种水平上Shannon多样性指数(I)为1.64,Nei's基因多样性指数(He)为0.73,反映出川滇高山栎总的遗传多样性丰富,处于较高水平。由Shannon信息指数计算的值比Nei指数估算的居群遗传多样性高,但两者都一致表明6个居群的遗传多样性水平随海拔梯度的变化而表现相同的变化规律:海拔2 750 m至3 200 m川滇高山栎的遗传多样性随海拔的增高而增高,而海拔3 200 m至3500 m居群的遗传多样性水平有降低的趋势。川滇高山栎的Fst为0.09,表明9.00%遗传变异存在于居群间,而91.00%的遗传变异存在于居群内,AMOVA分析表明13.63%的变异存在于居群间,86.37%的变异存在于居群内,两者都说明川滇高山栎居群间存在较低的遗传分化,总的遗传分化主要来自居群内部。基因流(Nm)为2.44,表明较高的基因流可能是导致川滇高山栎具有较高的遗传多样性的主要因素之一。研究结果为川滇高山栎资源保护等研究提供了理论依据。     

濒危植物望天树的遗传多样性和居群遗传结构

龙脑香科(Dipterocarpaceae)濒危植物望天树(Parashorea chinensis)目前仅局限分布于热带亚洲北部边缘,目前已受到特别的保护,但有关其遗传特性的研究很少.在本研究中,使用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对望天树7个天然居群进行了遗传多样性和群体遗传结构的研究.望天树7个天然居群(194个个体)用20个随机引物进行了扩增,48.22%的RAPD位点为多态位点,平均每个居群的多态位点百分比为20.84%.居群内的平均基因多样度为0.7870(用Shannon表型多样性指数来测量),整个物种的基因多样度为1.4100,居群内的基因多样度为55.82%,居群间的基因多样度为44.18%.GST平均值为0.4448.AMOVA 分析表明37.67%的遗传变异存在于地区间,11.40% 存在于地区内的居群间,而50.93% 则存在于居群内.结果揭示了望天树低水平的遗传多样性和很强的地区居群分化,这可能是由于望天树在其进化历史上,居群不断的减小及再扩张所引起的居群瓶颈所造成的.相关分析没有检测到居群大小和遗传多样性大小的正相关,而居群间的遗传距离和地理空间距离检测到了显著的正相关.所得结果对该物种保护策略的制定有指导作用.     

半夏遗传结构和多样性RAPD标记分析

利用RAPD标记技术对取自半夏主要分布区16个省的24份种质进行遗传多样性分析。结果表明：在物种水平上,多态位点百分率（PPL）68.77%,Nei’S基因多样性指数（He）0.2062;居群水平上,PPL为9.88%～58.02%,平均27.21%,群体间遗传分化系数（GST）0.5282,居群间基因流（Nm）0.4466。UPGMA聚类分析显示,当相似系数0.896时,24份种质可分为5个类群。     

濒危植物望天树的遗传多样性和居群遗传结构

龙脑香科(Dipterocarpaceae)濒危植物望天树(Parashorea chinensis)目前仅局限分布于热带亚洲北部边缘，目前已受到特别的保护，但有关其遗传特性的研究很少。在本研究中，使用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对望天树7个天然居群进行了遗传多样性和群体遗传结构的研究。望天树7个天然居群(194个个体)用20个随机引物进行了扩增，48．22％的RAPD位点为多态位点，平均每个居群的多态位点百分比为20．84％。居群内的平均基因多样度为0．7870(用Shannon表型多样性指数来测量)，整个物种的基因多样度为1．4100，居群内的基因多样度为55．82％，居群间的基因多样度为44．18％。GsT平均值为0．4448。AMOVA分析表明37．67％的遗传变异存在于地区间，11．40％存在于地区内的居群间，而50．93％则存在于居群内。结果揭示了望天树低水平的遗传多样性和很强的地区居群分化，这可能是由于望天树在其进化历史上，居群不断的减小及再扩张所引起的居群瓶颈所造成的。相关分析没有检测到居群大小和遗传多样性大小的正相关，而居群间的遗传距离和地理空间距离检测到了显著的正相关。所得结果对该物种保护策略的制定有指导作用。     

基于SNP和InDel标记的巴西木薯遗传多样性与群体遗传结构分析

为了对巴西木薯种质资源进行遗传多样性、亲缘关系和群体遗传结构分析,本研究利用了7946个SNPs和1997个InDels分子标记,通过ADMIXTURE软件进行群体结构分析、GCTA软件进行主成分分析。结果显示,巴西木薯被划分为9个亚群。这与利用PHYLIP进行的聚类分析结果大概一致,其中亚群1、亚群2、亚群4、亚群6和亚群8能较好地分别聚在一起,而其他亚群中的样品大致能聚在一起,且样品间有一定的交叉。巴西木薯种质资源遗传多样性指数(0.274)高于中国、尼日利亚等,其中巴西木薯亚群5具有相对较高的遗传多样性水平(0.29)。巴西木薯各亚群的群体遗传分化程度较低(群体分化指数在0.03~0.15之间),但高于中国木薯种质资源的群体分化指数。各木薯材料间的遗传距离变幅为0.084~0.297,平均遗传距离为0.228。本研究结果可为后续关联分析发掘优良等位基因及引种提供依据。     

基于ISSR分子标记的白术遗传多样性分析

基于ISSR分子标记技术研究17份不同产地白术种质的遗传多样性和亲缘关系.结果表明,筛选出9条多态性引物,平均多态性条带百分率为72％,各种质间遗传相似系数(GS)值在0.589～0.904之间,遗传距离(GD)值在0.084～0.425之间,聚类分析将17份种质划分为7组,其中B 3(湖南省平江县-2)和B 17(浙...