4株NDV分离株F基因的克隆与序列分析

对4 株具有一定代表性的NDV(新城疫病毒)分离株的F基因进行RT PCR(反转录聚合酶链反应)扩增和序列分析,根据基因裂解位点的氨基酸序列推测,其中1 株属于弱毒株,3 株属于强毒株;核苷酸序列及其推导的氨基酸序列比较结果表明,3株强毒株与Clone30 基因核苷酸序列的同源性在83.6%~84.0%之间,与F48 E9典型NDV强毒株同源性在86.5.6%~88.3%之间,推导的氨基酸序列同源性与Clone 30 株在85.9%~87.0%之间,与F48E9典型NDV强毒株在89.1%~91.3%之间;利用MegAlign软件绘制了NDV 的系统发育进化树,结果表明, 3株分离强毒株为Ⅶ基因型,弱毒株为基因Ⅱ型。     

NDV 江苏分离株F基因的克隆与序列分析

为比较NDV江苏分离株的遗传变异特征,应用RT-PCR扩增出新城疫病毒（NDV）江苏徐州株（JSXZ）、江苏宿州株（JSSZ）、江苏连云港株（JSLYG）和江苏淮安株（JSHA）的融合蛋白F基因的全长核苷酸,将其分别克隆至pMD18-T载体中。将获得的阳性重组质粒进行序列测定后,推导出其氨基酸序列,进行分析和比较。结果表明,所获得的4个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1662bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;4个毒株与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有69．3％～80．8％。JSXZ株和JSSZ株F基因的裂解位点为112-RRQK／RRF-117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征。以lbp～374bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,JSXZ和JSSZ株NDV为基因Ⅷ型,JSLYG和JSHA株NDV为基因Ⅸ型。     

染色体荧光原位杂交技术的原理及其应用

荧光原位杂交是现代分子生物学及基因工程中广泛应用的新技术,它可以鉴定核酸分子之间的同源性。原位杂交技术是在核酸分子杂交基础上发展起来的一门技术,染色体荧光原位杂交技术是随着绘制高分辨人类基因组图谱需求而出现的。笔者综述了染色体荧光原位杂交技术的原理、方法,并分析了其应用前景。     

新城疫病毒F48E8株融合蛋白基因的克隆

以提纯的我国标准ＵＤＶＦ４８Ｅ８强毒株基因组ＲＮＡ为模板、化学合成的融合蛋白（Ｆ）基因特异寡核苷酸为引物，反转录合成Ｆ基因ｃＤＮＡ，并采用同聚物加尾的方法克隆到细菌质粒ｐＧＥＭ３Ｚｆ（－）。经ＡＩＸ平板筛选和酶切分析，并用Ｆ基因片段核酸探针作ｄｏｔ－ｂｌｏｔ检测，共获得插入片段长度在０．６￣２．８ｋｂ之间的阳性克隆３４个，其中插入片段大于１．５ｋｂ的阳性克隆８个。用多种限制性内切酶对阳性克隆ｐＦ７     

不同时期NDV地方株F基因的克隆及序列分析与基因型研究

利用RT-PCR技术对1998-2002年闯洛阳地区新城疫典型发病禽群中所分离到的15个毒株的F基因主要功能区片段进行了克隆和序列分析，并根据其47～435位核苷酸序列构建了系统进化树，确定了其毒力强弱和基因型。结果显示，依据核苷酸和推导的氨基酸同源性的不同，15个地方毒株可分为3群，群内各毒株同源性较高，群间差异较大，未发现有因分离禽品种不同所引起的明显的株间差异。其中第1群9株，涉及到各时间段分离的毒株和所有分离禽品种，属典型的基因Ⅶ型强毒株，高度集中于进化树的基因Ⅶ型C亚型区；第2群4株，属传统的基因Ⅵ型强毒株。分散于进化树的基因Ⅵ型区；第3群2株，属古典基因Ⅱ型的弱毒株，分散于进化树的基因Ⅱ型区。结果表明，近年来该地区流行的新城疫病毒以新的基因Ⅶ型为主，同时兼有传统的基因Ⅵ型和古老的基因Ⅱ型；并提示基因Ⅶ型各毒株在该地区流行的时间较短，株间差异不大。     

绵羊肺腺瘤病毒JSRV-2基因探针的制备与原位杂交检测

用地高辛随机引物法标记外源性exJSRV特异的JSRV-2片段，制备探针，用原位杂交法检测自然感染绵羊肺腺瘤病（oPA）的病肺组织中JSRV-NM的RNA及前病毒DNA，结果表明’OPA患羊肺肿瘤细胞的胞浆和核内都有JSRV-2基因mRNA的表达，同时也检测到了前病毒DNA，而相应的阴性对照无阳性信号，证实外源性JSRV-NM病毒具有特异性的DNA探针在检测致瘤性前病毒在宿主细胞中的整合具有可信度。     

利用原位杂交技术检测新疆牛结核病标本中结核菌的研究

采用原位杂交技术将地高辛标记的牛结核杆菌特异性探针即２４８ｂｐ基因片段用于检测１０份患病牛肺病变组织福尔马林固定切片标本。结果表明：基因探针原位杂交技术对切片标本的检出率较常规涂片染色高,分别为８０％和５０％,其定位观察到组织切片中的结核杆菌,又能获得有关细菌及其周围组织的原有位置关系,是一种敏感、特异的诊断方法,适应于固定标本、涂片标本的结核菌检测。     

荧光原位杂交技术在动物肠道微生物定量中的应用

以16S rRNA为靶序列的寡核苷酸探针荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization,FISH)已广泛应用于分析环境中复杂的微生物群落构成。作者简要介绍了荧光原位杂交技术的原理和操作方法,对其在动物肠道中微生物鉴定和计数上的应用进行了概述,最后探讨了FISH技术的局限性及其应用前景。     

鸵鸟源新城疫病毒TN株F基因的克隆与序列分析

应用PCR技术对1株鸵鸟源新城疫病毒TN株融合蛋白基因(F基因)进行扩增,将其克隆到pMD18-T载体后进行序列测定,并与国内外NDV毒株对应序列进行比较分析.结果表明,TN株F基因的长度为1 662 bp,可编码553个氨基酸,其裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,为1株新城疫弱毒株;与贵州省其他禽源(包括肉鸡、蛋鸡、越南斗鸡、七彩山鸡和鸽子等)毒株间的核苷酸同源性为84.0%～89.6%,氨基酸同源性为87.5%～92.1%;与国内外NDV代表株(Lasota株、B1株、F48E9株、CH2000株和TW2000株)的核苷酸同源性为84.4%～98.6%,氨基酸同源性为88.3%～98.0%.经系统发生树分析,TN株与NDV弱毒株Lasota株和B1株在同一分支上,属于基因II型NDV.     

不同NDV株V蛋白多克隆抗体的制备和初步应用

新城疫病毒(NDV)的V蛋白是一种干扰素拮抗蛋白,该蛋白表达量的差异对NDV细胞嗜性的影响是目前的热点问题.为制备NDV V蛋白多克隆抗体,本研究以Class Ⅰ NDV 9a5b株和Class Ⅱ NDV ZJl P基因为模板扩增V蛋白PNT结构域和V蛋白半胱氨酸富集区(CTD)结构域,分别克隆至pET-28a(+)载体和pCold TF载体中,获得表达V蛋白或其CTD结构域的重组表达质粒.将重组质粒转化大肠杆菌诱导表达;纯化重组蛋白,并分别免疫小鼠,制备针对Class Ⅰ和ClassⅡNDV V蛋白的多克隆抗体.利用该多克隆抗体,western blot检测NDV 9a5b、La Sota、ZJ1、Herts/33株感染HeLa和DF1细胞后V蛋白的表达量变化.结果显示制备的多克隆抗体可以用于NDV V蛋白的检测,V蛋白在易感宿主禽源细胞中的表达量明显高于哺乳动物细胞.研究表明NDVV蛋白的表达水平与宿主细胞的种属差异相关.     

NDV F48E9株HN基因的克隆、表达及其重组蛋白的抗原性研究

从新城疫标准强毒株F48E9株克隆血凝素-神经氨酸酶(HN)基因,将HN基因转入昆虫杆状表达系统,转染昆虫细胞Sf9。经Western blot和间接免疫荧光鉴定,该系统成功表达了HN蛋白。重组HN蛋白单次免疫SPF鸡可诱导机体产生较高的抗体水平,为试验鸡提供较好的免疫保护。研究结果用于生产证明该重组HN蛋白可刺激机体产生较强的免疫反应,可用于生产有效的新城疫疫苗。     

基因Ⅶ型NDV强毒株F基因重要功能区的克隆与序列分析

运用一步法RT-PCR扩增两株高致病力NDV分离株的F基因重要功能区,并进行序列测定。序列分析表明其在F蛋白裂解位点氨基酸顺序均为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV的强毒株特征相符,且具有101位的K(赖氨酸)和121位V(缬氨酸)两个特征性氨基酸,与基因Ⅶ型NDV的特征完全相符[1]。与疫苗株lasota进行序列比较,并构建了系统发育树,结果表明两株病毒核苷酸同源性达96.6%,与lasota同源性为63.7%,从分子水平揭示了这两个毒株抗原性与常用疫苗株Lasota差异较大的原因。     

共表达NDV F、IBDV VP0基因重组鸡痘病毒中和抗体消长规律

将海兰褐蛋雏鸡随机分为对照组、肌肉注射组、刺种Ⅰ组和刺种Ⅱ组,用共表达NDV F和IBDV VP0基因重组鸡痘病毒进行免疫,对照组刺种生理盐水,在免疫后的第7,14,21,28,35,42,49 d和56 d采血,分离血清,用固定病毒稀释血清法测血清中抗FPV,NDV,IBDV的中和抗体效价.经分析,抗FPV中和抗体效价及抗NDV中和抗体效价免疫后14 d达到高峰,28 d后下降幅度不明显,42 d时仍保持一定水平;抗IBDV中和抗体效价免疫后21 d达到高峰, 28 d后下降幅度不明显,42 d时仍保持一定水平.     

犬瘟热病毒水貂分离株F1基因的克隆表达

本研究旨在利用基因工程的方法,制备犬瘟热(canine distemper,CD)疾病诊断用抗原。提取犬瘟热病毒基因组,RT-PCR扩增犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)F1基因序列,克隆并测序。将F1基因定向克隆到原核表达载体pET28a多克隆位点,阳性重组质粒转化到大肠杆菌BL21(DE3)中,IPTG诱导表达。SDS-PAGE和Western blotting鉴定表达产物,并用Ni柱亲和层析纯化目的蛋白。结果显示表达的F1重组蛋白能与犬瘟热标准阳性血清发生反应,具有良好的反应原性,可以作为犬瘟热疾病的诊断用抗原。     

一株乳源松鼠葡萄球菌ExhC基因的克隆及序列分析

松鼠葡萄球菌(Staphylococcus sciuri,S.sciuri)是引起奶牛乳房炎(Cow Mastitis)的病原菌之一,其主要致病因子是该菌产生的脱皮毒素C(Exfoliative Toxin C,ExhC)。为了深入了解该基因的分子特征,本试验对从乳房炎患牛牛乳中分离的一株松鼠葡萄球菌ExhC基因(Genbank登录号:MT845354)进行了克隆及序列分析。按GenBank收录的ExhC基因设计并合成引物,利用PCR对ExhC基因进行扩增,并对扩增后的ExhC基因进行测序及分析。结果表明,松鼠葡萄球菌ExhC基因的开放阅读框序列长度为837bp,共编码278个氨基酸。通过Blast模块对ExhC基因进行同源性分析,得到5株相似序列,与ExhC基因序列相比同源性均为99.04%。系统进化树图指示该基因与其余五株相似序列属于不同的分支,遗传距离较远。利用TMHMM对松鼠葡萄球菌ExhC基因837bp序列跨膜区进行预测,结果显示ExhC蛋白的第1~277位氨基酸在细胞膜外,5~25位氨基酸所在位置为跨膜区。通过ExhC氨基酸序列分析和ExhC蛋白二级结构、三级结构预测,推断第97位氨基酸插入Asn以及其他位点氨基酸的突变可能会导致松鼠葡萄球菌功能区变化和毒株毒力的相对变化,这将给松鼠葡萄球菌致病机理的研究奠定基础。     

新城疫病毒SDWF2003株F基因的克隆与分子特征分析

将新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）SDWF2003株经10日龄SPF鸡胚增殖后,提取病毒基因组RNA,并以此为模板,RT-PCR扩增获得与F基因预期大小一致的DNA片段,亚克隆到pMD18-T载体并酶切鉴定正确后进行测序。软件分析显示：基因全长1662bp,编码553个氨基酸,裂解住点为^112R-R-Q-K-R-F^117,是典型强毒株氨基酸序列结构;此分离毒株属于基因Ⅶ型,该型F蛋白第101位、第121位特征性氨基酸残基分别是K（赖氨酸）和V（缬氨酸）,而本研究分离病毒F蛋白第101位、第121位分别是Q（谷氨酰胺）和V（缬氨酸）;同源性比较,与LaSota、F48E9、Ch99核苷酸同源性分别为84．4％、87．1％、98．9％,氨基酸同源性分别为88．3％、91．7％、98．4％。     

禽副粘病毒2型F4分离株F基因的克隆和变异分析

克隆了分离自七彩纹鸟的禽副粘病毒2型F4分离株F基因的全长,对它的生物特性进行了较为详细的研究,并试图通过与标准株Yucaipa株进行全面的比较,探讨该变异株的变异情况.研究结果表明:在电镜形态结构上,这两个毒株没有明显的差异;而血凝抑制交叉反应以及F基因序列同源性比较、疏水性和预测的二级结构比较分析显示它存在一些较为重要的变异,这对于禽副粘病毒2型病毒的流行病学分析有着重要的意义.     

新城疫病毒分离株F基因的克隆与序列分析

应用RT-PCR分别扩增出新城疫病毒(NDV)青海株(QH3)、黑龙江株(HLJ)和甘肃株(A4)的融合蛋白(F)基因的全长核苷酸,再克隆到pMD18-T载体中.经酶切和质粒PCR鉴定,获得阳性重组质粒后,进行序列测定并推导出其氨基酸序列,同时进行分析和比较.序列分析结果表明,所获得的3个分离株F基因完整的开放阅读框长度为1 662 bp,共编码F蛋白的553个氨基酸;3个毒株之间的核苷酸序列同源性为88.0%～90.6%;与常用疫苗株之间核苷酸序列同源性只有85.3%～91.6%.三者F基因的裂解位点均为112R-R-Q-K/R-R-F117,符合强毒株裂解区氨基酸组成的特征.以1 bp～374 bp的核苷酸序列绘制系统发育树分析表明,QH3株NDV为基因Ⅷ型,A4株NDV为基因Ⅵ型,HLJ株NDV为基因Ⅸ型.     

鹅副粘病毒HZ株F蛋白基因的克隆及序列分析

以鹅副粘病毒HZ株的基因组RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增出F基因片段,然后将其克隆到pUCm-T载体中。经转化、筛选、酶切和PCR鉴定后,初步获得含鹅副粘病毒F基因的阳性克隆,并进行序列测定验证。结果表明,该基因由1 662个核苷酸组成,共编码553个氨基酸。与GenBank下载的9株参考毒株的F基因作同源性比较,发现HZ株与ZJ1、F48E9、Lasota等毒株的核苷酸同源性分别为98.3%、85.4%、82.7%;氨基酸同源性分别为97.8%、90.6%、88.1%。说明HZ株与经典的鸡新城疫病毒(NDV)在F基因上存在很大的差异,而与近年来的分离株亲缘关系较近。     

一株基因Ⅵ型鸭新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

以一株鸭新城疫病毒NDV-SS分离株基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增其F基因,并进行克隆和序列测定。通过序列分析软件将该毒株F基因氨基酸推导序列与GenBank上已发表的新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)F基因相关代表序列进行同源性及遗传进化关系分析。测序结果表明,NDV-SS株F基因全长1662bp,编码553个氨基酸,其蛋白裂解位点氨基酸序列为112R-R-Q-K-R-F117,符合NDV强毒株特有的序列结构特征。同源性及遗传进化关系分析结果表明,NDV-SS株为基因Ⅵ型毒株,与鸽源新城疫IT-227、Italy-2736分离株具有较高同源性和较近的亲缘关系,推测其可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。