H5N1亚型禽流感病毒神经氨酸酶基因的克隆及序列分析

应用RT-PCR方法,以1株H5N1亚型禽流感病毒RNA为模板,扩增了NA全基因cDNA。将NA cDNA克隆于pMD18-T栽体,并对其进行了测序。测序结果表明：所克隆的NA基因全长为1416bp,编码区为1410个核苷酸,编码469个氨基酸。将其序列与5株H5N1亚型禽流感病毒NA基因序列进行比较,其核苷酸和氨基酸同源性均为96.6％～99．1％。NA的克隆和分子进化分析揭示了各毒株间的亲源关系。     

5株野鸭源H6N1亚型禽流感病毒NA基因的克隆和进化分析

根据GenBank已知的H6N1亚型流感病毒的NA基因序列,设计扩增NA基因的特异性引物,通过RTPCR技术扩增5株H6N1亚型禽流感病毒NA基因序列,并将其克隆到pMD18-T载体后进行了测序分析.同时通过生物学软件对5株禽流感病毒NA基因进行了分析研究.结果表明:5株禽流感病毒NA基因全长1 410 bp,编码47...     

鸽源H5N1亚型禽流感病毒NA基因的克隆及序列分析

用TRIAZOL试剂盒提取鸽源禽流感病毒的RNA,应用自行设计的特异性引物对神经氨酸酶(NA)基因进行RT-PCR扩增,得到NA基因的全长DNA片段,克隆到PMD18-T载体上,并进行鉴定和序列测定。结果表明:鸽源H5N1亚型禽流感病毒NA基因全长1 350 bp,编码449个氨基酸。通过序列比较,该毒株与国内同一亚型其他毒株神经氨酸酶的核苷酸同源性为77.6%~98.8%,氨基酸同源性为77.6%~99.1%。     

四株H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆与分子特征分析

对分离自北方地区发病鸡群中的四株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)进行了血凝素(HA)基因的全长扩增和序列测定.将其核苷酸序列及推定的氨基酸序列与GenBank中已有的参考序列进行比较并绘制了系统进化树.结果表明基于HA基因多个不同的核苷酸区段所做的系统发育分析结果基本一致.尽管分离时间不同,但这四株AIV的HA基因同源性很高,均属于A/DK/HK/Y280/97-like病毒.四株病毒在HA裂解位点、受体结合位点以及推测的糖基化位点的氨基酸序列均与上述亚系相似,但是其中的两株病毒由于一个核苷酸的变异,缺失了HA上298～300位的一个潜在的糖基化位点.     

H9N2亚型禽流感病毒M基因的克隆及序列分析

从鸡胚尿囊液中提取H9N2亚型禽流感病毒的RNA,根据已发表的A型流感病毒(AIV)的核苷酸序列,设计一对特异引物,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)成功地扩增了AIV的M基因。将M基因的cDNA克隆后进行了序列测定,测序结果表明所扩增的1 192 nt片段包含了完整的M基因的两个开放阅读框。核苷酸序列比较分析结果表明:该毒株与A/Hong Kong/1073/99(H9N2)、A/Duck/Hong Kong/380.5/2001(H5N1)、A/Duck/NY/191255-79/02(H5N2)相比,核苷酸序列的同源性在92.2%~96.1%之间,其相对应的氨基酸序列的同源性在91.7%~96.3%之间。     

H6N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆及其序列分析

设计特异引物,采用RT—PCR技术,成功从本实验室分离、保存的H6N禽流感病毒毒株（HB2002）中克隆到血凝素基因（HA）序列,该克隆基因全长1714hp,提交GenBank,获得登录号DQ285546。同部分H6,H5,H7,H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析表明,该基因核酸、氨基酸序列与A／duck／Hainan／4／2004（H6N2）,A／duck／HongKong／3600／99（H6N2）毒株有99％的相似性;分子进化分析结果显示,该基因与此2毒株亲缘关系最近。由该克隆核酸序列推导的HA蛋白共566个氨基酸,该蛋白同其他H6亚型AIV的HA蛋白有相同裂解位点序列即PQIETR↓G,无高致病性毒株典型的裂解位点特征,因此,初步判定毒株HB2002为低致病性禽流感病毒．     

H9N2亚型禽流感病毒广东2009年分离毒株的HA基因功能进化

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR方法,对A/chicken-Guangdong/E8/2009等4株H9N2亚型禽流感病毒广东分离株的HA基因进行克隆、测序和遗传衍化分析,并与国内疫苗毒株进行比较,力图从分子水平探讨广东H9N2亚型禽流感病毒的演化和变异规律。研究结果显示:4株分离毒株与3株国内疫苗毒株的氨基酸同源性在91.3%~93.3%之间,与09年其他地区分离得到的H9N2亚型禽流感毒株同源性在95.0%~99.2%之间。4株H9N2亚型禽流感病毒比国内所使用的3株疫苗毒株都在第295位新增一个潜在糖基化位点。此外,研究还发现4株分离毒株共有7处氨基酸位点发生突变,其中A316S突变正好位于HA切割位点,而Q216L则位于受体结合位点。本研究从一定程度上反映出2009年国内流行H9N2禽流感优势毒株与国内一些疫苗毒株有一定的进化距离。     

H6N2亚型禽流感病毒血凝素基因的克隆及其序列分析

设计特异引物,采用RT-PCR技术,成功从本实验室分离、保存的H6N2禽流感病毒毒株(HB 2002)中克隆到血凝素基因(HA)序列,该克隆基因全长1 714 bp,提交GenBank,获得登录号DQ 285546.同部分H6,H5,H7,H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析表明,该基因核酸、氨基酸序列与A/duck/Hainan/4/2004(H6N2),A/duck/Hong Kong/3600/99(H6N2)毒株有99%的相似性;分子进化分析结果显示,该基因与此2毒株亲缘关系最近.由该克隆核酸序列推导的HA蛋白共566个氨基酸,该蛋白同其他H6亚型AIV的HA蛋白有相同裂解位点序列即PQIETR↓ G,无高致病性毒株典型的裂解位点特征,因此,初步判定毒株HB 2002为低致病性禽流感病毒.     

华东地区H9N2亚型禽流感病毒HA基因的遗传演化分析

为了解华东地区H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的遗传特点和流行规律,利用RT-PCR方法扩增华东地区2008~2013年分离的17株H9N2亚型AIV血凝素(HA)基因片段,进行序列测定和遗传进化分析,并对HA蛋白质的裂解位点、受体结合位点和潜在的糖基化位点进行分析。结果显示,17株H9N2亚型AIV HA基因核苷酸和推导的氨基酸同源性分别为84.6%~99.3%和86.0%~99.5%,均属于欧亚分支。其中15株鸡源病毒属于Y280-like亚系,2株鸭源病毒属于G1-like亚系。HA裂解位点都是非连续碱性氨基酸,属于低致病力毒株。HA受体结合位点149、150、191、198和234位氨基酸存在变异,尤其是234位氨基酸有14株毒株变为L,表现出人流感病毒受体结合特性。有2株毒株在145位氨基酸出现新的糖基化位点,5个毒株在218位氨基酸缺失1个糖基化位点,13个毒株在313位氨基酸增加了一个新的糖基化位点。研究结果表明华东地区近年来H9N2亚型AIV存在一定的变异,应加强对该类病毒的分子流行病学监测。     

禽流感病毒H9N2亚型HA基因的序列分析

试验对1株H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因进行扩增、克隆,然后对毒株的HA基因进行阳性克隆鉴定。测序结果表明:所扩增的HA基因全长1 683 bp,编码560个氨基酸;该毒株的裂解位点的氨基酸序列为R-S-S-R,属于低致病力毒株,该毒株有7个潜在糖基化位点,受体结合位点的氨基酸分别为YWT-NVLY,左侧壁氨基酸为NGQQG,右侧壁为GTSKA。将该毒株与国内一些参考毒株的HA基因序列进行比较分析,结果表明,核苷酸与氨基酸同源率较高,核苷酸同源率为93.0%~97.3%,氨基酸同源率为95.4%~96.6%,亲源关系比较近;与韩国毒株核苷酸和氨基酸同源率分别为83.3%和87.3%,亲源关系比较远。     

H5N1亚型禽流感病HA1基因的克隆测序与表达

提取禽流感病毒液中RNA,根据GenBank中收录的禽流感病毒(AIV)H5N1亚型的血凝素(HA)基因序列设计并合成了1对引物。RT-PCR扩增出HA全基因,并克隆到pMD18-T载体,对重组质粒进行酶切鉴定及序列测定。与GenBank收录的其他AIV H5N1亚型的HA基因进行序列比较分析,同源性达96%~99%。从HA基因序列中截取HA1基因,亚克隆到表达质粒pET-28a中构建HA1基因原核表达质粒,转化E.coliBL21(DE3)细胞,在IPTG诱导下表达出HA1蛋白,所表达的蛋白质分子质量约为37~40ku。该研究为进一步开发用于禽流感抗体检测的抗原蛋白打下了基础。     

H5N1型禽流感模型侵染病毒的构建与鉴定

【目的】构建含有H5N1型禽流感病毒HA、NA的侵染模型病毒,并对构建的模型病毒进行侵染活性及特异性检测。【方法】采用PCR方法扩增出H5N1型AIVHA和NA基因,经纯化回收后将其分别克隆至真核表达载体pcDNA4.0中,构建pcDNA-HA、pcDNA-NA。然后采用磷酸钙共转染方法,将pcDNA-HA、pcDNA-NA和含有LUC报告系统的HIV骨架表达载体pNL4-3.Luc.R-E-,共同转染293T细胞,构建HIV/HA-NA模型病毒,对HIV/HA-NA模型病毒进行细胞侵染活性及特异性检测。【结果】HA、NA基因片段真核表达载体pcDNA-HA、pcDNA-NA与HIV骨架载体在293T细胞中成功表达组装,获得了HIV/HA-NA侵染模型病毒;敏感细胞特异性检测及侵染活性分析表明,HIV/HA-NA模型病毒与其野毒具有共同的敏感细胞。报告系统数据显示,模型病毒可以定量检测其对细胞的侵染程度。【结论】成功构建HIV/HA-NA模型侵染病毒,可以模拟H5N1病毒的侵染过程,定量报告病毒的侵染程度,并且该模型病毒不具有增殖能力,安全可靠,可以方便地用于普通实验室AIV抗体检测和特定药物的筛选。     

H9N2亚型禽流感病毒ns1基因的融合表达

禽流感病毒（AIV）非结构蛋白NS1在病毒粒子中不存在，因此，可以通过检测NS1抗体来鉴别禽流感病毒感染鸡群和免疫鸡群．将ns1基因和T4噬菌体soc基因在大肠埃希氏菌中融合表达，融合蛋白可以作为鉴别禽流感免疫鸡群和感染鸡群的检测抗原．采用RT-PCR方法扩增禽流感病毒H9N2的ns1基因（654bp）；将该片段克隆至pSOC质粒soc基因3’端，成功构建了重组质粒pSOC-NS1，用该重组质粒转化EcoliB121（DE3）感受态细胞，以终浓度1mmol／mL的IPTG诱导表达．SDS-PAGE结果表明pSOC-NS1融合蛋白相对分子质量约39000．Western-blot证实，表达产物与AIV H9N2病毒感染的小鼠血清具有良好的反应性．     

一株H9(N2)型禽流感病毒HA基因的克隆与序列分析

利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术扩增出禽流感病毒(H9亚型)血凝素的cDNA。通过T-A连接将已加A尾的PCR产物连接到线状克隆载体pGEM-Teasy vector,转化J M109感受态细胞,在含氨苄青霉素的LB平板上筛选阳性克隆。经PCR扩增,进一步确证为目的片段。对目的片段进行测序,结果获得该毒株的HA基因全长。与已知序列进行同源性比较,同源性最高的可达98%,表明这些分离株的亲缘关系较近;系统发育分析表明,该毒株属欧亚种系;通过血凝素裂解位点的氨基酸序列分析可知,该分离株的HA切割位点上未见到典型的高致病力毒株H5、H7所具有的一系列碱性氨基酸,其排列顺序为-PARSSRGLF-。所克隆的基因为禽流感病毒HA基因芯片的研究奠定了基础,同时为诊断和预防AI提供了理论依据。     

A/Grganey/SanJiang/160/2006(H5N2)分离株HA基因克隆及序列分析

应用RT-PCR方法,对从一只野生白眉鸭(Anas querquedula)中分离出的禽流感病毒分离株A/Grganey/SanJiang/160/2006(H5N2)的HA基因进行了序列的克隆和测定.测序结果显示,克隆的HA基因全长为1 731 bp,共编码565个氨基酸.核苷酸和氨基酸的最大同源性比较结果表明,该毒株的HA基因与其它31株H5N2亚型禽流感病毒HA基因的同源性为71.0%～98.2%,氨基酸序列同源性为84.0%～98.2%;遗传进化关系表明,该毒株属于欧亚群系.通过血凝素裂解位点的氨基酸序列分析可知,该毒株的HA切割位点上未见到典型的高致病力毒株H5、H7所具有的一系列碱性氨基酸,符合低致病力禽流感毒株的分子特征.     

两株H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析

采用Pharmacia的TimesavecDNAsynthesisKit结合RT-PCR方法，测定从鸡中的分离的2株H9亚型禽流感病毒(AIV)的HA全基因cDNA序列。结果表明这2株AIV和从香港地区鸡、鹌鹑中分离的3株H9N2亚型的AIV的亲源关系很近，HA的氨基酸同源性全部高于95％，可能是来源于同一毒株；而与2株从火鸡中分离的H9N2亚型的AIV的来源不同。