小RNA病毒基因组3'非编码区.结构与功能研究进展

小RNA病毒属于单股正链RNA病毒,包括肠道病毒属、鼻病毒属、心脏病毒属、口疮病毒属和肝病毒属等几个主要的属.口蹄疫病毒(FMDV)、脊髓灰质炎病毒(PV)、丙型肝炎病毒(HCV)、脑心肌炎病毒(EMCV)是该科病毒的典型代表.小RNA基因组的末端具有非编码区(UTR),是病毒基因组复制的主要调控位点,3'非编码(3'UTR)区是复制酶的第一结合位点,其二级结构在病毒的翻译与复制过程中具有重要作用,该区是病毒复制酶识别并结合的位点,主要起始负链RNA的合成,3'UTR在病毒的翻译过程及感染性病毒粒子的形成过程中起着十分重要的作用.因此,研究小RNA基因组的3'端结构和功能可为确定复制与表达位点在非编码区的具体位置和主要特征,以及其他正链小RNA病毒基因组复制的研究奠定了理论基础.     

口蹄疫病毒的抗原结构学的研究进展

正口蹄疫病毒(Foot and mouth disease virus,FMDV)属于小RNA病毒科口蹄疫病毒属,完整的病毒粒子由衣壳包裹着单股正链RNA构成。FMDV基因组全长约为8.5 kb,主要分为5'端非编码区、编码区、3'端非编码区和多聚腺苷酸(poly(A))。5'端非编码区的5端共价连接病毒自身编码的非结构蛋白(VPg),而且还包含有S-片段、poly     

口蹄疫病毒3C蛋白酶的结构及功能研究进展

口蹄疫病毒能引起牛、羊等偶蹄动物发生高度接触性的传染病口蹄疲,该病常常影响着全球畜牧业的发展.FMDV是小RNA病毒科口蹄疫病毒属的成员,口蹄疫病毒为单股正链RNA病毒,病毒基因组全长约8.5 kb,基因组分为5'非编码区、3'非编码区和一个开放阅读框(ORF).基因组的中部是一大的开放阅读框,编码一多聚蛋白,多聚蛋白在翻译的同时,经二级裂解后,形成3种病毒结构蛋白(VP0,VP3和VP1)和8种非结构蛋白(L,2A,2B,2C,3A,3B,3C和3D).其中3C全长639 bp,编码213个氨基酸.3C蛋白酶是小RNA病毒的共同裂解酶,在多聚蛋白成熟过程中起着极为重要的作用,且在抗病毒药物打靶方面具有一定研究价值.因此,对3C蛋白酶的结构及功能研究进展进行综述很有必要.     

狂犬病病毒糖蛋白功能的研究进展

狂犬病是一种危害极大的人兽共患病。该病流行于世界80多个国家和地区,近年来发病率有所升高,严重威胁人畜健康。狂犬病病毒(RV)属弹状病毒科狂犬病病毒属。狂犬病病毒基因组是由11 928个或11 932个核苷酸组成的单股负链不分节段的RNA,相对分子质量约4.6×106。基因组从3'端至5'端的排列依次为核蛋白基因(N)、磷酸化蛋白基因(NS)、基质蛋白基因(M)、糖蛋白基因(G)、RNA依赖多聚酶(L)5个结构基因,分别编码病毒的核蛋白、磷酸化蛋白、基质蛋白、糖蛋白和依赖RNA     

NDV基因型与病毒毒力和疫苗免疫保护之间的关系

新城疫(ND)是当今全球范围内最严重的家禽传染病之一。新城疫的病原是新城疫病毒,I型禽副黏病毒(avianparamyxovirusI,APMV-I)属于副黏病毒科,腮腺炎病毒属。新城疫病毒(NDV)是负股单链RNA,由15586个核苷组成。新城疫病毒的基因组序列是3'-NP-P-M-F-HN-L-5',6个基因共编码6种病     

单股正链RNA病毒基因组非编码区结构与功能研究进展

单股正链RNA病毒基因组末端的非编码区(non-coding region,NCR)不仅参与RNA-RNA间相互作用,还可以通过与反式作用因子(trans-acting factor)结合,发挥对病毒基因组的复制、转录和组装等过程的调控作用.本文对近年来一些关于单股正链RNA病毒基因组非编码区的结构与功能研究进展情况进行综述.     

狂犬病病毒糖蛋白功能的研究进展

狂犬病是一种危害极大的人兽共患病.该病流行于世界80多个国家和地区,近年来发病率有所升高[1],严重威胁人畜健康.狂犬病病毒(RV)属弹状病毒科狂犬病病毒属.狂犬病病毒基因组是由11 928个或11 932个核苷酸组成的单股负链不分节段的RNA,相对分子质量约4.6 ×106.基因组从3'端至5'端的排列依次为核蛋白基...     

轮状病毒套式PCR方法的建立

轮状病毒(Rotavirus,RV)属呼肠孤病毒科(Reoviridae)轮状病毒属.现已证实RV是婴幼儿和各种幼龄动物病毒性腹泻的主要病原之一.猪RV在无其他病原存在的实验条件下可引起悉生猪和未食初乳的猪发生严重的胃肠炎和绒毛萎缩.RV的基因组由11节段的双股RNA组成.所有的11个节段都有同样的末端结构,具有5'm'GPPPPGm,3'末端无Poly(A)尾,单一长开放阅读框架(open readingframe,ORF'),缺乏聚腺苷酸序列.ORF两端为5'和3'端的非编码区(5'-and 3'-terminal untranslated regions,UTRs).     

猪嵴病毒病原特性及检测技术研究进展

猪嵴病毒（porcine kobuvirus,PKV）是近年来在健康猪和腹泻猪粪便中新检测到的小核糖核酸病毒科嵴病毒属成员,可能引起猪的腹泻,对养猪业造成重大经济损失。研究发现,PKV广泛分布在猪中,在腹泻和临床健康猪中均已被检测到,阳性率从3.9%~100.0%各不相同。一个典型的PKV病毒粒子直径为30 nm,基因组全长为8 120 bp,包括1个含2 488个氨基酸的开放性阅读框（ORF）;PKV是典型的小RNA病毒科的基因组结构：1个5'非编码区,1个L蛋白,结构蛋白P1（VP0、VP3和VP1）,非结构蛋白P2（2A、2B和2C）和P3（3A、3B、3C和3D）,1个3'非编码区和1个Poly（A）尾巴。PKV的2B编码区存在30个氨基酸的缺失,VP1蛋白是小RNA病毒科变异最频繁的结构蛋白,其含有主要的抗原表位,可促进机体产生中和抗体。检测PKV的方法有反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）、TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR和逆转录环介导扩增（RT-LAMP）方法。作者对PKV的分类学、流行概况、基因组结构、遗传特性及检测技术等研究现状做一简要概述,以期为进一步研究及了解PKV提供参考。     

蓝舌病病毒基因产物及其生物学功能

蓝舌病病毒(bluetongue disease virus,BTV)是呼肠孤病毒科环状病毒属的双股RNA病毒,其核酸由3个大片段(L1～L3)、3个中片段(M4～M6)和4个小片段(S7～S10)等10个节段组成,分别编码7种结构多肽(VP1～VP7)和4种非结构多肽(NS1、NS2、NS3a、NS3b)。通过dsRNA基因组进行体外翻译,再根据各基因与所编码蛋白的关系,查明了各基因编码的蛋白质及其分子质量和功能。     

传染性法氏囊病病毒Rescue技术及其应用的研究进展

传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)是一种小的、无囊膜的双股RNA病毒,基因组含A、B两个片段,大片段A(3.2～3.4kb)由两端的非编码区以及两个部分重叠的开放阅读框架(ORF)组成,其中较大的ORE编码一个分子量约为110kDa的多聚蛋白,该多聚蛋白经几步裂解加工后形成VP2、VP3和VP4蛋白,较小的ORF编码一个17kDa的非结构蛋白VP5,基因组小片段B(约2.8kb)编码90kDa的具有多功能酶活性的VP1.     

鹅副黏病毒BZ02株F HN基因的克隆及分子特性分析

鹅副黏病毒(GMPV)属禽Ⅰ型副黏病毒,基因组为单股负链RNA,编码F、HN、M、NP、P、L等6种结构蛋白和2种非结构蛋白[1].其中F蛋白是介导病毒脂蛋白囊膜与宿主细胞表面包膜融合的主要因子,同时也是决定病毒毒力的主要决定因素.     

狂犬病毒河南分离株G基因的克隆与生物信息学分析

狂犬病(狂犬病)是由狂犬病病毒引起的在全球范围内广泛传播的人兽共患病,一旦感染死亡率几乎为100%.RV属于弹状病毒科,狂犬病毒属,其基因组为单股负链RNA病毒,基因组大小约为12kb,基因组从3'-5'方向有5个结构基因,分别编码核蛋白(N)、磷蛋白(P)、基质蛋白(M)、糖蛋白(G)和转录大蛋白(L).其中G蛋白可以结合细胞受体并与细胞融合,同时G蛋白为病毒中和抗体(Virus Neutralization antibody,VNA)的靶蛋白,可以提供抵抗病毒的完全保护力.因此,以G蛋白为研究对象对于狂犬病的防控有重要意义.     

单股正链RNA病毒3'非编码区的结构与功能研究进展

单股正链RNA病毒基因组中的3'非编码区(3'UTR)可以形成二级或者高级结构,这些结构对维持病毒RNA的稳定性以及病毒的复制调控具有至关重要的作用。它不仅可以单独发挥作用,也可以与RNA或者蛋白相互作用调控病毒的复制、转录、翻译和包装等各个过程。本文对RNA结构和功能研究的一般方法,以及一些单股正链RNA病毒代表种属的3'UTR的结构和功能进行了综述,并且就研究前景和一些存在的问题进行了探讨。     

牛病毒性腹泻病毒基因组结构与蛋白功能研究进展

牛病毒性腹泻病毒为黄病毒科(Flaviviridae)瘟病毒属(Pestivirus)的代表种,这个属的成员中还包括羊边界病毒(BDV)和猪瘟病毒(CSFV)。病毒基因组为单股正链RNA。论文就牛病毒性腹泻病毒已定位的4种结构蛋白、8种非结构蛋白以及3′和5′非翻译区的基因结构特征及其编码蛋白的合成与功能研究进行了综述,为牛病毒性腹泻的防控和疫苗研制提供参考。     

JS/1/97/Go株GPMV M基因的克隆、序列分析

鹅副黏病毒(GPMV)属于副黏病毒科副黏病毒亚科腮腺炎病毒属APMV-1中的成员,为单股负链RNA病毒,基因组所编码的6种蛋白NP、P、M、HN、F、L是其生物功能的主要体现者.     

1型鸭肝炎病毒衣壳蛋白的分子特征

本研究测定了2株1型鸭肝炎病毒(DHV-1)的衣壳蛋白编码区序列,并将推导的氨基酸序列与其他小RNA病毒衣壳蛋白的氨基酸序列进行了比较分析.结果显示,DHV仅编码3种衣壳蛋白,3种衣壳蛋白中均存在类似于其他小RNA病毒的核心结构,即八链反向平行β桶结构.DHV-1与其他小RNA病毒之间衣壳蛋白的氨基酸序列差异主要位于VP1的两端、VP3的N端以及连接β链的环,特别是βB-C、βE-F及βG-H环的序列差异更为显著.与9个属小RNA病毒P1蛋白的比较结果表明,DHV-1与双埃柯病毒属的成员具有相近的遗传关系,但在P1进化树中,DHV-1形成一个独立的分支,故应在小RNA病毒科中为该病毒成立一个新属.     

鸡新城疫病毒分离株WF00C HN基因的测序与序列分析

新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)是一种禽类传染病的病原,属副黏病毒科禽腮腺炎病毒属.该病毒是具有囊膜、单股、负链、不分节段的RNA病毒, 由15 186或15 192个核苷酸组成.基因组包含6个基因,分别编码3′-NP-P-M-F-HN-L-5′六个主要多肽(即NP核蛋白、P磷蛋白、M基质蛋白、F融合蛋白、HN血凝素-神经氨酸酶和L聚合酶).     

用生物信息学手段辅助分析猪瘟病毒的基因结构

借助生物信息软件,对猪瘟病毒的分子演化关系、RNA 3'端非编码区(NTR)序列及二级结构、E2基因的亲水性及抗原指数等进行了辅助分析.经检索得到CSFV全长序列23条,序列片段369条.确定了AF352565(LPC)株的碱基缺失在ORF的1174～1176位.采用基因组序列的全长ORF进行了比对并绘制了进化树,对E2基因的亲水谱与抗原指数进行计算,推测E2基因抗原性变化不大,但不同毒株之间可能存在微小差异.比较了CSFV 3'端NTR的序列并预测了3'端NTR的RNA二级结构,表明不同毒株之间存在较多差异.     

应用原位杂交检测禽脑脊髓炎病毒

禽脑脊髓炎病毒(AEV)是属于小RNA病毒科、肠病毒属的一种正链RNA病毒，病毒粒子具有六边形轮廓，无囊膜，大小为22～25nm，病毒基因组全长为7055nt，具有PloyA尾，它主要侵害幼鸡中枢神经系统，从而引起以非化脓性脑炎为主要病理特征的一种病毒性传染病。由于AEV致病性