京海黄鸡繁殖性状与29个多态位点的关联性

为了寻找影响鸡(Gallus gallus)繁殖性状的候选基因,本研究利用单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)芯片分型技术,利用已报道的影响鸡繁殖性状的29个位点对396只京海黄鸡母鸡的29个位点直接进行SNP分型,并对11个繁殖性状进行关联分析。结果发现,29个SNP中,有12个SNP与至少1个繁殖性状关联显著(P0.05),其中有7个SNP同时与2个繁殖性状关联显著(P0.05)。所有繁殖性状中,与京海黄鸡开产体重关联显著的SNP有1个,与京海黄鸡462 d产蛋数关联显著的SNP有2个,与蛋重关联显著的SNP有6个,与开产体重关联显著的SNP有6个,与综合选择指数关联显著的SNP有2个,与后代健雏率关联显著的SNP有1个,没有发现与300 d产蛋数、300~462 d产蛋数和后代孵化率关联显著的SNP。同时,根据这些位点的群体遗传参数发现,12个SNP的平均多态信息含量偏低,说明京海黄鸡有持续选育提高的可能性和必要性。大部分有利基因型为纯合基因型,但有部分基因型为杂合基因型。对与12个SNP最近的功能基因犰狳(Priodontes maximus)重复基因(armadillo repeat gene deleted in velocardiofacial syndrome,ARVCF)、集落刺激因子3受体基因(colony stimulating factor 3receptor,CSF3R)和ODZ同源物2基因(odz,odd Oz/ten-m homolog 2,ODZ2)的功能探讨发现,这些基因可以通过不同的途径影响鸡的繁殖性状。本研究为鸡繁殖性状候选基因的进一步研究提供了基础资料。     

草鱼羧肽酶A1基因(CPA1)部分片段的单核苷酸多态性(SNP)多态性及其与生长性状的关联分析

羧肽酶A (EC 3.4.16)是一类水解蛋白和多肽底物C端芳香族氨基酸或脂肪族氨基酸残基的消化酶.在草鱼生长相关的功能基因上研究单核苷酸多态性(SNP)与生长的相关性可为草鱼的分子辅助育种提供依据.本研究根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库的羧肽酶A1基因(CPA1)重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到2个颠换SNP位点:C+412A和A36C,分别位于CPA 1基因外显子5的34bp和内含子3的36 bp处,前者为错义突变.然后用一个群体的296尾草鱼对这2个位点用SnaPshot的方法进行检测和分型,统计基因型频率:A36C位点的AA基因型占26.7％,AC基因型占52.0％,CC基因型占21.3％.C+412A位点的AA基因型占15.5％,AC基因型占40.5％,CC基因型占43.9％.利用一般线性模型分析2个SNP位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系.关联分析结果显示,C+36A位点不同基因型在体质量、眼间距均值上存在显著差异(P＜0.05).并且AA基因型和CC基因型在体质量、体长、体宽和眼间距上存在显著差异(P＜0.05).AA基因型各项指标均值显著高于CC基因型.C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P＞0.05),该位点和生长不相关,但是CC基因型和AC基因型在体重和肛前距上差异显著(P＜0.05),该位点CC基因型的6个生长性状均值都高于AA基因型.由两个位点组成的5种双倍型在体质量上存在显著差异(P＜0.05).双倍型D3和D5在体质量上存在差异显著(P＜0.05).双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长、体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P＜0.05).D3的各项指标均值最高,D8的各项指标均值最低.本研究结果显示,可以考虑将草鱼CPA1基因作为候选基因,用于草鱼的分子辅助育种.     

黑素皮质素受体3基因(MC3R)多态性及其单倍型组合与京海黄鸡屠体性状的关联分析

本研究旨在探讨黑素皮质素受体3基因(melanocortin 3 receptor,MC3R)对鸡(Gallus gallus)屠体性状的影响。采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)检测及测序的方法,检测MC3R在京海黄鸡群体中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并对这些多态位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在MC3R编码区序列(coding sequence,CDS)共检测到6个SNPs位点,各位点间均不存在强连锁不平衡;6个SNPs位点在379只京海黄鸡的群体中形成了5种单倍型和11种单倍型组合。最小二乘法分析结果表明,不同单倍型组合间京海黄鸡屠体性状(包括活体重、屠体重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重和腹脂重)存在显著或极显著差异(P<0.05或P<0.01),其中单倍型组合H3H4和H3H3的各种屠体性状均极显著高于单倍型组合H4H5(P<0.01),也显著高于其他部分单倍型组合(P<0.05),为屠体性状优势组合;单倍型组合H4H5各屠体性状均为最低,均显著或极显著低于其他大部分单倍型组合(P<0.05或P<0.01),为屠体性状劣势组合。因此,MC3R可能是影响鸡屠体性状的主效基因或与主效基因连锁,本研究为京海黄鸡屠体性状分子标记辅助选择提供了参考依据。     

寿光鸡褪黑素受体基因(MTNR1A)5'控区多态性与产蛋性状的关联分析

褪黑素(melatonin)是由松果体和视网膜分泌的一种内分泌激素,具有广泛的生物学功能.为研究褪黑素受体基因(MTNR1A)对寿光鸡产蛋性状的影响,本研究采用直接测序法检测MTNR1A基因5’调控区的单核苷酸多态性(SNPs),并分析对寿光鸡(Gallus gallus)产蛋性状的影响.结果表明,在MTNR1A基因5’调控区存在8个SNPs位点,其中-34、-151和-617位点多态信息含量(PIC)值分别为0.13、0.12和0.05,呈低度多态,-100、-110、-126、-329和-538位点PIC值分别为0.37、0.37、0.37、0.37和0.36,呈中度多态.-100、-110、-126和-329位点对寿光鸡开产日龄和前期20～25周龄的产蛋数均有显著影响(P＜0.01或0.05),-538位点仅对开产日龄有显著影响(P＜0.05).单倍型分析显示-100、-110和-126位点紧密连锁,构建了TTT、TTC和GCT 3种单倍型和6种双倍型.与单倍型GCT相比,单倍型TTC可使开产日龄提早2.6 d,早期产蛋数增加1.4枚.综上所述,寿光鸡MTNR1A基因5’调控区SNPs位点丰富,单倍型TTC可使开产日龄提前和早期产蛋数增加,是具有潜在应用价值的分子遗传标记,可为寿光鸡早熟性状的选育提供技术支持.     

抗粘液病毒基因（Mx）S631N多态位点与白耳鸡免疫性状和生产性能的关联分析

通过PCR-RFLP方法检测抗粘液病毒基因(Mx)S631N多态位点的等位基因A和G在白耳鸡群体中的分布;通过选配组建三种不同基因型群体(AA,AG,GG),免疫后分别于35日龄、42日龄、49日龄、70日龄和100日龄采用血凝和血凝抑制方法测定不同基因型个体的禽流感(AI)和新城疫(ND)抗体滴度,并测定不同基因型个体的90日龄体重、开产日龄和72周龄产蛋数;分析该多态位点与免疫性状和生长性状的关联.结果表明,在白耳鸡群体中Mx基因S631N多态位点的等位基因频率处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),3种不同基因型频率分别为0.233(AA),0.517(AG)和0.250(GG);在测定的日龄内不同基因型个体的AI抗体滴度和ND抗体滴度水平呈现出类似的增长和消减变化,在多个测定日龄内从基因型个体的AI抗体滴度和ND抗体滴度水平显著高于AG和GG基因型个体(P<0.05);关联分析结果表明,该多态位点与49日龄时的ND抗体滴度峰值和70日龄时的AI抗体滴度峰值间均存在显著关联(P<0.05),但不同基因型个体间的90日龄平均体重、开产日龄和72周龄产蛋数差异均不显著(P>0.05).研究结果证实Mx基因S631N多态位点可以作为提高抗病力的重要候选标记位点.     

鸡卵细胞卵黄生成受体基因(ovr)SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

以6个鸡(Gallus gallus)品种混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡卵细胞卵黄生成受体(occyte vitellogenesis receptor,ovr)基因内含子单核苷酸多态性(SNPs)位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析.结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2T3967G,内含子7C8099T和A8296G,内含子9A8839T和G9084A共5个突变位点;其中内含子2HinfⅠ突变位点与开产日龄和蛋壳厚度相关极显著(P＜0.01),与产蛋量、蛋重和蛋黄比例相关显著(P＜0.05);3种基因型中订个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体.研究结果证实了ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响.     

玉米主要株型性状与产量的全基因组关联分析

为了深入剖析玉米的株型性状和产量性状的遗传基础及其相关关系,本研究以204份玉米自交系作为关联群体,利用分布于玉米全基因组上的558 529个单核苷酸多态性标记(SNPs)对5个相关性状进行全基因组关联分析。结果表明,供试自交系各性状基本呈正态分布,且各性状间存在丰富的变异,变异系数在9.00%～50.00%之间;通过相关性分析和热图层次聚类分析株型和产量相关性状间彼此紧密关联;且由主成分分析筛选出总体方差累计贡献率达到71.667%的主成分2个;以P≤1×10^-5为显著阙值,利用Q+K模型对供试材料的5个相关性状进行全基因组关联分析,在株高、穗位高和单穗重间共检测到13个显著的SNP位点,分别分布于玉米的第3、第5、第6、第7号染色体上,而在总叶片数和穗上叶数间未检测到显著的SNP位点;在显著SNP上下游各50 kb范围共搜索到39个相关候选基因,其中有注释的基因12个,并对株高与穗位高最佳候选基因进行了预测。本研究通过对玉米株型及产量相关性状进行全基因组关联分析,为后期基因功能的验证与新功能的开发奠定了良好的基础。     

全基因组关联分析在作物育种研究中的应用

全基因组关联分析(GWAS)是一种针对全基因组范围内的遗传变异进行基因分型,寻找某一群体内性状与分子标记或候选基因间关系的分析方法。GWAS对于连锁标记开发、目的基因挖掘和复杂性状的遗传研究具有重要作用,在作物数量性状研究和作物育种中得到了广泛的应用。本文简要综述了利用GWAS挖掘与作物重要性状关联基因的研究过程中,群体结构、群体数量、连锁不平衡(LD)等因素对GWAS的影响,并重点分析了GWAS在粮食作物育种研究中取得的最新进展,初步讨论了GWAS对作物遗传育种的意义、存在的问题和未来发展趋势等,为利用GWAS在作物育种方面的运用,促进作物分子标记辅助育种以及提高育种效率提供了一定的理论依据。     

拟南芥CBF4 基因位点的单核苷酸多态性(SNP)变化与抗旱表型的相应性

以生长于不同生态气候条件下的17个拟南芥(Arabidopsis thaliana)核心生态型为材料，分析了它们的相对抗旱性和抗旱转录因子CBF4基因的单核苷酸多态性(SNP)。结果表明，不同的拟南芥生态型具有差异明显的抗旱性。与拟南芥Columbia生态型相比，25av、203av和244av生态型的CBF4基因位点具有高密度的SNP和插入／缺失(Indel)，多态性的频率为每35．8bp 1个SNP，每143bp 1个Indel。Tajimma'S D统计学检验结果显示各区域都不显著，说明该区域核苷酸变化符合中性突变假说，较高的核苷酸多样性是净化选择的结果。基因非编码区的多态性是编码区的4倍，表明编码区承受着更大的选择压力。在编码区，SNP的频率为每96．4bp 1个SNP，其中1034位(以GenBank No．AB015478序列第19696位的核苷酸为1)碱基变化：G←→T，引起第205位氨基酸变化：gly←→val。而203av形成的haplotype6具有4个特异的SNP变化，其中5′端非编码区3个：27位的A←→G，129位的A←→C，171位的G←→A；3′端非编码区1个：1106位的A←→C。抗旱性鉴定结果表明203av拟南芥是抗旱性最强的一个生态型，研究认为haplotype6与它较强的抗旱性表型相应。     

肌肉生长抑制素基因(MSTN)外显子1的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

为了对边鸡生长性状的标记辅助选择提供基础资料,本研究采用PCR-SSCP技术检测边鸡(Gallusgallus)及3个对照鸡(G.gallus)群体(京海黄鸡、尤溪麻鸡和Arbor Acre鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子1的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在边鸡、京海黄鸡和尤溪麻鸡中都检测到6种基因型(AA、AB、BB、BC、AC和CC),而在Arbor Acre鸡中只检测到4种基因型(AB、BC、AC和CC)。总共检测到3个多态位点(G2100A、G2109A和C2244G)。在6～8和12周龄时,BB基因型个体的体重显著高于AA基因型个体(P<0.05)。在14周龄时,BB基因型个体的体重显著高于AA和AC基因型个体(P<0.05)。在16～18周龄时,BB基因型个体的体重显著高于其余5种基因型个体(P<0.05)。研究结果提示,MSTN基因可能是影响边鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

鸡ovr基因SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

为研究鸡卵细胞卵黄生成受体（Occyte vitellogenesis Receptor , OVR）对鸡产蛋性能及蛋品质的影响,本试验以六个鸡种（洪山鸡、江汉鸡、双莲鸡、郧阳大鸡、郧阳白羽乌鸡、海兰褐）的一代混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡ovr基因内含子单核苷酸多态性（SNPs）位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析。结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2 T3967G,内含子7 C8099T、A8296G,内含子9 A8839T、G9084A共5个突变位点;其中内含子2 HinfⅠ突变位点与开产日龄、蛋壳厚度相关极显著（p<0.01）,与产蛋量、蛋重、蛋黄比例相关显著（p<0.05）;三种基因型中TT个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体。本研究结果证实了其他学者研究的结论,即ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响。     

小麦耐低钾性状的全基因组关联分析

  【目的】  筛选与小麦耐低钾性状相关的标记,为揭示小麦耐低钾性状的遗传机理奠定基础。  【方法】  本研究以198份中国黄淮南片麦区的小麦品种 (系) 作为供试群体。小麦种子发芽后,幼苗在正常钾营养液中生长4天,然后在低钾 (0.01 mmol/L) 和正常钾 (2 mmol/L) 营养液中生长25天。调查生物量,分析地上部和根部钾含量,计算小麦7个性状的相对值,利用小麦35K SNP芯片结合Q + K混合线性模型 (mixed linear model,MLM) 对7个耐低钾性状进行全基因组关联 (genome-wide association study,GWAS) 分析,筛选位于显著关联位点上的候选基因并进行功能注释,对显著关联位点进行等位变异分析,发掘优异等位变异。  【结果】  低钾胁迫条件下,地上部、根部、全株钾累积量和钾累积量根冠比显著降低,地上部、根部、全株钾利用指数显著升高。群体结构分析和PCA分析均将供试群体分为2个亚群。通过GWAS分析,共检测到75个显著关联单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism,SNP) 标记 (P < 0.001),分布在除1A、3B、3D、4D和6A染色体外的16条染色体上。通过候选基因搜寻及注释,共筛选出13个可能与小麦耐低钾胁迫相关的候选基因。等位变异分析共挖掘了 14 个优异等位变异,其中 6 个优异等位变异在供试群体中出现的频率较大。  【结论】  7个耐低钾性状均具有明显的数量性状特征,变异系数范围为20.66%～30.44%。40%的SNP标记分布在2B、5B和6B染色体上,21个SNP位点与多个耐低钾性状显著关联,单个SNP标记解释的表型贡献率的变异范围为5.78%～11.22%。TraesCS4A02G335400、TraesCS2B02G306000、TraesCS5B02G260000可能参与物质转运过程,TraesCS1D02G350600和TraesCSU02G105300可能参与逆境胁迫响应等生理过程,TraesCS2A02G000200可能参与逆境胁迫下的信号转导过程。     

猪促甲状腺激素β基因(TSH-β)多态分布及与经济性状的关联分析

为研究猪促甲状腺激素口基因(TSH-β)的多态分布情况及与生长肉质性状的关联性,本研究对TSH-β基因全序列进行再测序,发现3个单核苷酸突变座位:位于5'非转录区多态座位A-175G、位于编码区非同义突变座位G+52A,以及位于内含子的突变座位G+570A.采用PCR-RFLP和四引物ARMS-PCR方法对皮特兰、长白、杜洛克、约克夏、金华猪、岔路黑猪和嘉兴黑猪七个纯种猪群以及金皮资源家系F2代群体共计548头个体进行多态分型,并在F2代群体中分析了TSH-β多态座位与生长和肉质性状的关联性.结果表明,猪TSH-β基因具有较高的遗传多样性(Shannon多样性指数总体均值为0.48),且存在相当程度的品种间遗传分化(Fst=0.5389).其中,座位A-175G在4个国外品种和岔路黑猪中的优势等位基因为A,而在金华猪和嘉兴黑猪中的优势等位基因为G,关联分析显示AA型个体在胴体长、日增重、后腿重和后腿肌肉重方面显著高于GG型个体(P<0.05):座位G+52A的多态性主要存在于金华猪中,而在其他猪种中表现为低杂合度或完全纯合于等位基因G,且与肌内脂肪含量有显著关联;座位G+570A的多态性仅存在于我国的嘉兴黑猪和金华猪中,其他猪种表现为完全纯合于等位基因G,关联分析结果表明GG型个体在胴体长和后腿肌肉重方面显著高于AA型个体.研究结果提示,TSH-β基因可考虑为猪4号染色体相关QTL的功能候选基因.     

崂山奶山羊骨桥蛋白基因(OPN)部分片段多态性及其与生产性状的关联分析

骨桥蛋白(osteopontin,OPN)是一种分泌型糖基化磷蛋白,在介导骨组织细胞与骨基质的连接过程中发挥重要作用.为了加快奶山羊的遗传进展,为奶山羊生产性状的标记辅助选择提供理论依据,本研究利用DNA混合池技术和高分辨率熔解曲线分析技术,检测了崂山奶山羊(Capra hircus)泌乳母羊的OPN基因多态性,并采用最小二乘方法分析其与泌乳和生长性状之间的关联效应.在所有174只样本中共检测到2个SNPs,即位于第5内含子I355位点的C/T(以C/r表示)和第7外显子E341位点的C/T(以M/N表示),其多态信息含量(PIC)分别为0.2773和0.3267,其等位基因和基因型频率在育种场(F)和育种户(P)群体中的分布不均衡,I355位点的P群体偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05),其他均处于平衡状态(P＞0.05).在与泌乳性状的关联分析中,P群体除电导性状以外的所有性状表型值均极显著(P＜0.01)高于F群体;I355位点上,CC基因型个体的脂肪含量显著(P＜0.05)高于CT和TT基因型个体,灰分和冰点性状显著(P＜0.05)高于CT基因型个体;E341位点上,等位基因N为非脂肪物、乳糖率、乳密度、乳蛋白率、冰点以及灰分6个性状的有利等位基因,所有性状差异均不显著(P＞0.05).在与生长性状的关联分析中,F群体的体重和体长均极显著(P＜0.01)高于P群体;P群体的尻宽和尻长极显著(P＜0.01)高于F群体;I355位点上,TT基因型个体的体重极显著(P＜0.01)大于CC基因型个体;E341位点上,等位基因M为体高和胸围的有利等位基因,MM和MN基因型个体的体重和尻宽极显著(P＜0.01)高于NN基因型个体,MM基因型个体的体长极显著(P＜0.01)高于NN基因型个体,MM基因型个体的体高、胸围显著(P＜0.05)高于NN基因型个体.本研究发现OPN基因突变位点I355与乳中脂肪和碳水化合物的含量相关,突变位点E341与奶山羊的生长发育性状有显著的关联效应,可以作为奶山羊部分生产性状的分子遗传标记.     

郏县红牛跨膜蛋白18基因(TMEM18)SNPs检测及其与生长性状的关联分析

跨膜蛋白18基因(Transmembrane protein 18,TMEM18)在神经系统表达.全基因组关联分析(GWAS)表明,该基因的突变会影响人类肥胖和Body Mass Index(BMI)值变化.本研究采用DNA池测序技术检测了郏县红牛(Bos taurus) TMEM18基因5个外显子和部分内含子区单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,通过PCR-RFLP技术对所发现的SNP位点进行分型验证,然后分析不同基因型与郏县红牛生长性状的关联性.结果表明,在郏县红牛TMEM18基因上共发现了3处新的SNPs:NW_003099175.1∶g.2303G＞A、g.3835 G＞A和g.3865 A＞G(aa.Gly＞Ser).关联分析结果表明,郏县红牛TMEM18基因g.2303G＞A位点AA型个体体高、体长、胸围和体重显著大于GG型(P＜0.05),郏县红牛TMEM18基因g.3835 G＞A位点AG型个体胸围和体重显著大于AA型(P＜0.05).研究结果提示,这两个位点可作为郏县红牛品种体尺和体重生长性状选择的分子育种候选标记.     

大口黑鲈PACAP基因SNPs的筛选及其与生长性状的关联分析

垂体腺苷酸环化激酶多肽(pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide,PACAP)是一种能够促进生长激素、促性腺激素和催乳素分泌的多效激素,属于胰高血糖素/分泌肽家族的成员.为探索PACAP基因多态性对大口黑鲈(icropterus salmoides)生长性状的影响,本研究采用直接测序的方法在PACAP基因上检测到一个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点:A-2282C,基因型检测共发现3种基因型:AA、AC和CC,其基因型频率分别为0.034、0.645和0.321,A等位基因频率为0.356 3,C等位基因频率为0.643 7.随机选取同批繁殖、同塘养殖的327尾大口黑鲈用Snapshot方法进行SNPs位点检测和分型,构建最小二乘分析模型,分析基因型与生长性状的相关性.X2检测结果显示,哈温-平衡常数为0.061 5,即该位点在所检测大口黑鲈群体中基本处于Hardy-Weinberg平衡状态,有效等位基因数(Ne)为1.846 5,期望杂合度(Ho)和观测杂合度(He)分别为0.540 9和0.644 2.方差分析结果显示,AC基因型群体的平均体质量、体高和全长相对于AA基因型群体分别增长了30.6％、10.7％和8.3％,相对于CC基因型群体分别增长了10.5％、4.7％和2.7％;且AC基因型群体在体质量、体高和全长上显著高于AA和CC基因型群体(P＜0.05).另外,虽然AA基因型群体的平均体质量、体高和全长相对于CC基因型群体分别增长了18.1％、5.8％和5.4％,但AA型群体和CC群体在各生长性状上没有显著差异(P＞0.05).该位点可能是影响大口黑鲈生长性状的的主效数量性状核苷酸(quantitative trait nucleotides,QTN)或与之紧密连锁,可作为大口黑鲈选育的候选分子标记.     

鸡DGAT2基因第7外显子多态性与生产性能的关联

二脂酰甘油酰基转移酶(diacylglycerol acyltransferase,DGAT)是催化真核生物甘油三酯合成最后一步反应的关键酶和限速酶,包括DGAT1和DGAT2两种.DGAT2对调节脂肪代谢、脂类在组织中的沉积及生长发育发挥重要作用.为研究鸡(Gallus gallus)DGA T2基因遗传多态性及其与生产性能的相关性,本研究以固始鸡×安卡鸡杂交F2资源群体(n=860)为研究材料,利用聚合酶链式反应限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)技术检测DGAT2基因的多态性,并分析多态性与生长性状、肉质性状、屠体性状、血液生化指标和肌纤维性状之间的关联性.结果显示,DGAT2基因第7外显子g.13955位置存在一个同义突变位点(C→T),PCR扩增产物被限制性酶Taq Ⅰ酶切消化后显示出CC、CT和TT三种不同基因型,基因型频率分别为0.49、0.48和0.03,等位基因A和B的频率分别为0.73和0.27.相关性分析显示,固始鸡×安卡鸡F2代个体初生重,2、4周龄体重、4、8周龄体尺指标及肌内脂肪含量在不同基因型之间差异显著(P＜0.05),CC基因型多数性状值显著高于TT基因型,对其他指标在统计学上无显著影响(P＞0.05).由以上结果可以推测,鸡DGAT2基因g.13955C＞T与生长发育有关,且C等位基因为优势基因,有望成为家禽品种选育的潜在DNA分子标记.     

湖北乌羊与3个地缘邻近山羊品种间的遗传趋异性研究

本研究以波尔山羊(Capra hircus)为外缘,研究湖北乌羊与地缘邻近的酉州乌羊、麻城黑山羊、南江黄羊3个山羊品种间的遗传分化程度及基因流动情况。利用14对单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism,SNP)位点对5个品种的基因杂合度(allele heterozygosity,h)、香农指数(Shannon-Weiner index,S)和有效等位基因数(the efficient allelic number,Ne)等反映群体遗传多样性的数据进行分析;通过分析湖北乌羊与其他3个地方山羊品种的基因流动(Nm)、遗传分化(genetic differentiation)情况,研究遗传分化和地理距离(D)之间的关系,并利用遗传距离(Ds)构建5个山羊群体的聚类图。结果表明,在5个山羊品种中,湖北乌羊具有最高的遗传多样性,与其他4个品种间的Nm大小在1.571 6~3.178 7之间,表明基因流动较大;群体间分化系数(Fst)在0.072 9~0.137 2之间,呈中度分化。非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)构建的聚类图表明,湖北乌羊与其地缘临近的3个品种间存在较大的遗传分化而自成一支。研究还发现,湖北乌羊与其他3个地方品种间的标准遗传距离与地理距离间存在相关(r=0.934),遗传分化程度与地理距离存在直线相关性。研究结果提示,湖北乌羊与其地地缘临近的3个品种间仍存在较大的遗传分化,且遗传变异丰富,但该种群的快速扩散使其与其他品种间有着较大的基因流动,因此有必要采取保种措施以防止该种质遗传资源被杂交、稀释而丢失。本研究结果为湖北乌羊的保护和选育工作提供了参考依据。     

大口黑鲈高密度脂蛋白结合蛋白基因(HBP)SNPs的筛选及与生长性状关联性分析

高密度脂蛋白结合蛋白(high density lipoprotein binding protein,HBP)在动物的脂肪代谢中发挥重要的作用。脂类是鱼类的重要能源物质,尤其是那些对糖类利用率很低的肉食性鱼类。HBP基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)可能会影响脂肪代谢,而对大口黑鲈的生长性状产生影响,研究其SNP与生长性状的相关性可为其分子标记辅助选择提供候选标记。本研究根据大口黑鲈(Micropterus salmoides)EST-SNP库中HBP基因的序列(GenBank accession No.KF652241),用直接测序法在HBP基因3'非编码区获得了3个SNPs位点:H1(G+2782T),H2(T+2817C)和H3(G+2857A);随机选择同批繁殖、同塘养殖的165尾大口黑鲈样本,对3个SNPs位点用SnaPshot方法进行检测和分型,分型结果用软件Popgene32进行遗传结构分析;运用软件spss17.0的一般线性模型(general linear model,GLM)对获得的不同基因型与生长性状进行关联分析。结果表明,3个位点均处于哈温平衡,其中H1和H2位点组成了两种单倍型(A和B),观测到3种基因型(AA、AB和BB);H1、H2和H3共组成6种双倍型(D1、D2、D3、D4、D5和D6)。不同基因型与生长性状的相关性分析显示,基因型BB在体质量和全长形态指标显著高于基因型AB(P0.05),双倍型D6在体质量和全长形态指标显著高于双倍型D4(P0.05)。本研究在大口黑鲈HBP基因3'非编码区获得了与生长性状相关的SNPs标记,可应用于大口黑鲈分子标记辅助选择育种。     

马氏珠母贝生长性状与EST-SSR标记的关联分析

马氏珠母贝(Pinctada martensii)生长性状属于数量性状,为了筛选与马氏珠母贝生长性状位点连锁的分子标记,本研究利用50对多态性SSR引物对选系F4的90个个体的遗传多样性进行了研究,并利用SPSS16.0软件线性模型(GLM)进行了体质量、壳长、壳高和壳宽与标记的关联分析。结果表明,50对SSR引物在90个样本中共检测到204个等位基因,等位基因数(Ne)在2～9之间,平均等位基因4.080,有效等位基因数(Na)为2.574;观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.534、0.543和0.491;共检测到15个SSR标记与4个生长性状具有显著相关性(P<0.05),其他35个标记与性状的相关性未达到显著水平(P>0.05);7个SSR标记与体质量显著相关(P<0.05),6个SSR标记与壳长显著相关(P<0.05),6个SSR标记与壳高显著相关(P<0.05),4个SSR标记和壳宽显著相关(P<0.05)。对同一标记不同基因型间进行多重比较,分别找到了4个性状的优势基因型。本研究筛选了与生长性状位点连锁的标记,为后续的分子标记辅助育种提供技术支撑。