秦川肉牛FGF2基因多态性与其生长和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川肉牛FGF2基因的多态性及其与肉牛生长和肉质性状的关联性。【方法】选取18~24月龄的健康秦川肉牛384头,测定其生长和肉质性状指标,采集血样,采用DNA技术检测FGF2基因全部外显子中的单核苷酸突变位点,对突变位点进行基因型分型,研究其单核苷酸基因多态性(SNP),并以一般线性模型(GLM)分析该SNP位点与秦川肉牛生长和肉质性状的关联性。【结果】在第1、2外显子上未发现突变位点,在第3外显子上存在4个SNP突变位点:SV1(g.A54740T),SV2(g.A54758C),SV3(g.T56809C)和SV4(g.C59443T)。其中,SV1有AA、AT和TT 3种基因型,SV2有AA、AC和CC 3种基因型,SV3有TT、TC和CC 3种基因型,SV4有CC、CT和TT 3种基因型。相比其野生基因型,SV1位点突变会降低体斜长、体高、腰高、胸深、胸围、腰角宽、尻长和体质量性状(P0.05);SV2、SV3和SV4位点突变会改善这些性状(P0.05);SV1位点突变会降低坐骨端宽性状(P0.05),但SV3和SV4位点突变会改善坐骨端宽性状(P0.05);SV4位点突变会改善背膘厚性状(P0.05);SV2和SV4位点突变会改善眼肌面积性状(P0.05);SV1突变会改善肌间脂肪性状(P0.05)。【结论】FGF2基因对秦川肉牛生长性状和肉质性状有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

BMP7基因单核苷酸多态性与猪繁殖性状的关联分析

为探讨 BMP7基因遗传变异对杜洛克猪、豫南黑猪繁殖性状的影响。采用PCR RFLP方法检测猪 BMP7基因在杜洛克猪和豫南黑猪中的多态性分布,并分析位点基因型与猪繁殖性能的关联。检测结果表明,杜洛克猪和豫南黑猪群体 BMP7外显子2上T98C和T143C均由碱基T突变为C,属同义突变。多态位点均以A 为优势等位基因,T98C位点AA基因型占总基因型的50.5%,优于AB基因型（38.1%）与BB基因型（11.4%）（呈AA>AB>BB趋势）。该位点AA型个体的总产仔数、产活仔数、出生窝质量、21日龄窝质量显著高于AB型（P<0.05）;T143C位点AA基因型占总基因型的38.8%,优于AB基因型（38.0%）与BB基因型（23.1%）（呈AA>AB>BB趋势）。该位点不同基因型个体的总产仔数,产活仔数和初生质量在不同基因型之间均差异显著（P<0.05）。研究结果说明, BMP7基因多态位点与母猪繁殖性能显著相关,可以用于猪分子遗传育种的候选基因。     

大别山牛PAX3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探究PAX3基因多态性与大别山牛生长性状的相关性。【方法】采集292头安徽大别山成年（24～48月龄）母牛的耳组织,并测定其体尺数据,提取DNA后,通过PCR和测序技术鉴定出大别山牛群体中PAX3基因的多态性,利用POPGENE、Haploview和SHEsis软件,分别对多态位点进行遗传多样性、哈代 温伯格平衡和单倍型分析,利用SPSS 23.0软件分析其与生长性状的相关性。【结果】在大别山牛PAX3基因第4内含子中检测到3个SNPs位点（g.4718G>C、g.4744T>C和g.4757C>A）,第6内含子中检测到1个SNPs位点（g.78920C>T）,4个SNPs位点均存在3种基因型。遗传多样性分析发现,g.4718G>C位点属于低度多态（PIC≤0.25）,g.4744T>C、g.4757C>A和g.78920C>T位点均属于中度多态（0.25A外,其余3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态（P>0.05）。单倍型分析发现,4个SNPs位点间无强连锁相关（r²<0.33）,形成13种单倍型,其中频率大于0.03的单倍型有6个。相关性分析发现,g.4718G>C位点与大别山牛的十字部高显著相关(P<0.05);g.4744T>C位点与十字部高、腹围和腰角宽极显著相关(P<0.01);g.4757C>A位点与腰角宽显著相关(P<0.05);g.78920C>T位点与腹围极显著相关(P<0.01),与管围显著相关(P<0.05)。【结论】PAX3基因第4内含子的g.4718G>C、g.4744T>C 和g.4757C>A位点以及第6内含子的g.78920C>T位点多态性与大别山牛群体部分生长性状具有显著或极显著的相关性,可以作为大别山牛遗传选育的候选分子标记。     

长江刀鲚 GHRH基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

生长激素释放激素（GHRH）是鱼类生长激素合成和分泌的重要调控因子,对细胞的生长、增殖和分化极为重要。基于长江刀鲚转录组测序数据,利用基因克隆和PCR扩增技术,获得其 GHRH基因的cDNA全长和基因组DNA序列,并开展基因遗传多态性与生长性状的关联性研究,为其分子标记辅助育种提供技术支持。结果显示：长江刀鲚 GHRH基因cDNA全长1 329 bp,由5′-UTR（300 bp）、ORF（465 bp）和3′-UTR（564 bp）组成,推导的蛋白序列由154个氨基酸组成,具有一个信号肽和GLUCA结构域;该基因的DNA序列长2 983 bp,由4个内含子和5个外显子组成,经筛选,在第1、2内含子和第3外显子上分别筛选到9、2和1个SNP位点;12个突变位点共36种基因型,分别与100尾长江刀鲚的体质量、体长和体高性状进行关联分析,获得2个与其生长性状显著相关的位点（g.1636C>T和g.1882A>C）（P<0.05）,CC基因型均是优势基因型;利用12个SNP位点分析刀鲚养殖群体的遗传多样性,获得的观测杂合度（HO）、期望杂合度（HE）和多态信息含量（PIC）分别为0.270~0.620、0.338~0.490和0.281~0.370;哈迪-温伯格平衡（HWE）检测结果显示,12个SNP位点中有4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡（P<0.05）。结果表明,长江刀鲚 GHRH基因上位点g.1636C>T和g.1882A>C可以作为优选长江刀鲚繁育亲本的重要候选分子标记。     

IRX3基因在秦川牛不同组织中的表达分析

【目的】研究IRX3(Iroquois homeobox 3)基因在秦川牛各组织中的表达规律,为通过现代分子技术手段改良秦川牛肉用性状提供理论依据。【方法】根据秦川牛IRX3的mRNA序列设计实时定量特异性引物,采用实时荧光定量PCR方法,检测IRX3基因在秦川牛不同生长发育阶段(胎儿、6月龄、24月龄)不同组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠、肌肉(背最长肌))及在6月龄、18月龄、24月龄、60月龄秦川牛脂肪组织中的表达水平。【结果】IRX3基因在秦川牛胎牛、6月龄、24月龄3个阶段均在肺部组织中表达量最高(P0.01)。IRX3基因在秦川牛心脏、肝脏中的表达量随年龄的增长而极显著增加(P0.01);在背最长肌中的表达量随生长发育过程的推进而极显著减少(P0.01);在大肠、肺脏组织中的表达量从胎牛到6月龄逐渐降低,从6月龄到24月龄极显著增加(P0.01)。随着年龄的增长,秦川牛脂肪组织中IRX3基因的表达量呈先升高后降低最后再升高的变化趋势,18月龄表达量最高,极显著高于其他年龄段(P0.01);其次是6月龄,表达量极显著高于24~60月龄(P0.01)。【结论】IRX3基因在不同阶段秦川牛的肺部组织中均有较高水平的表达;IRX3基因在脂肪组织中的表达量与牛生长速度正相关,推测IRX3基因在秦川牛发育过程中与脂肪沉积有密切联系。     

秦川牛ADIG基因重组腺病毒过表达载体的构建与病毒包装

【目的】构建秦川牛ADIG基因的重组腺病毒载体,包装并扩繁病毒,为下一步研究该基因在脂肪细胞分化过程中的分子作用机制和相关信号通路奠定基础。【方法】根据NCBI收录的家牛ADIG基因(NM_001113720.1)mRNA序列设计引物,以秦川牛组织样提取的总RNA反转录而成的cDNA为模板,通过RT-PCR和PCR扩增获得目的基因,将其连接到pMD19-T Simple载体并测序。质粒提取纯化后通过BglⅡ与SalⅠ双酶切,然后胶回收酶切产物,将其连接到穿梭载体pAdTrack/CMV上,构建重组穿梭质粒pAdTrack/CMV-ADIG。将pAdTrack/CMV-ADIG质粒用PmeⅠ酶切线性化,转化含有腺病毒骨架载体pAdEasy-1的大肠杆菌BJ5183感受态细胞中进行同源重组,构建重组腺病毒质粒pAD-ADIG,并用PacⅠ酶切鉴定,提取质粒后转化大肠杆菌Top10进行扩繁。用PacⅠ酶切线性化pAD-ADIG载体并回收质粒大片段,转染293A细胞进行病毒包装,然后完成病毒扩繁和病毒滴度的测定。【结果】PCR扩增获得了399bp ADIG基因CDS区;成功构建了重组穿梭质粒pAdTrack/CMVADIG和重组腺病毒质粒pAD-ADIG。经检测,ADIG重组腺病毒包装成功,扩繁后得到了高滴度的腺病毒(1×108PFU/mL)。【结论】成功构建了秦川牛ADIG基因的重组腺病毒表达载体pAD-ADIG,完成了病毒包装和扩繁。     

牛MyoG基因单核苷酸多态性分析

以皖东牛和广丰牛共128头牛为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测牛MyoG基因的多态性。结果表明,在牛MyoG基因的外显子466碱基处发生G>C突变,检测到AA和AB 2种基因型,该位点的突变未引起氨基酸序列的变化。在皖东牛群体中AA基因型频率为23.66%,AB基因型频率为76.34%;在广丰牛群体中AA基因型频率为17.24%,AB基因型频率为82.76%。皖东牛的多态信息含量（PIC）为0.3606,广丰牛为0.3702,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛群体处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0. 05);广丰牛处于哈代-温伯格平衡状态(P>0. 05)。     

秦川牛SIRT3基因SNPs检测及其与体尺和肉质性状的关联分析

【目的】研究秦川牛SIRT3基因的多态性及其对秦川牛体尺、肉用性状的影响,以探索改善秦川牛体尺、肉用性状的分子育种方法。【方法】随机选择相近饲喂条件下468头18~24月龄健康秦川母牛,采用DNA直接测序技术进行SIRT3基因全区域遗传变异检测。运用SPSS16.0软件中最小二乘法拟合线性模型,对SIRT3基因不同基因型与秦川牛体尺(体斜长、体高、腰高、尻长、腰角宽、胸深、胸围和坐骨端宽)和肉质性状(背膘厚、眼肌面积和肌肉脂肪含量)进行关联分析。【结果】经DNA测序发现,秦川牛SIRT3基因在第4内含子上存在2个突变位点,分别为C22522T突变和C22680G突变,均存在3种基因型。χ2检验表明,C22522T和C22680G位点均处于HardyWeinberg极度不平衡状态(P0.01)。关联性分析表明,秦川牛SIRT3基因2个突变位点的不同基因型与体斜长、体高、尻长、腰角宽、胸深、胸围和背膘厚、眼肌面积、肌肉脂肪含量有显著或极显著相关关系。【结论】SIRT3基因对秦川牛部分体尺、肉质性状有显著的影响,可以尝试作为秦川肉牛新品系培育的主要候选基因。     

欧拉型藏羊UCP2和UCP3基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】探索欧拉型藏羊解偶联蛋白2（UCP2）和解偶联蛋白3（UCP3）基因的多态性及其与生长性状的关联性,为运用分子标记辅助育种方法提高欧拉型藏羊的生长性状提供理论依据。【方法】以239头成年欧拉型藏羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术检测UCP2和UCP3基因的遗传多态性,并将其与体质量、体高、体斜长和胸围生长性状进行关联性分析。【结果】在欧拉型藏羊UCP2基因上筛选出2个SNPs位点,分别为g.52130414 C>T和g.52130584 G>A,其中g.52130414 C>T位点产生TT、CT和CC 3种基因型,g.52130584 G>A位点产生AA、AG和GG 3种基因型;在UCP3基因上筛选出1个SNP位点g.52157335 C>T,产生CC、CT和TT 3种基因型。基因多态性分析表明,3个SNPs位点均为错义突变位点,属于中度多态,且均符合Hard-Weinberg平衡适应性检验（P>0.05）。关联分析结果显示,UCP2基因g.52130414 C>T位点TT基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05);g.52130584 G>A位点AA基因型欧拉型藏羊体质量和体斜长均极显著高于AG和GG基因型(P<0.01),AA和GG基因型欧拉型藏羊胸围均显著高于AG基因型（P<0.05）;UCP3基因g.52157335 C>T位点CC基因型欧拉型藏羊体质量显著高于CT基因型(P<0.05),TT基因型欧拉型藏羊胸围显著高于CT基因型(P<0.05)。3个多态位点基因型组合分析发现,5个发生频率较高的双倍型中,D5型欧拉型藏羊体质量极显著高于D1、D2、D3型(P<0.01),体高显著高于D3型(P<0.05),体斜长显著高于D1、D3、D4型(P<0.05)且极显著高于D2型(P<0.01)。【结论】UCP2和UCP3基因多态性与欧拉型藏羊的部分生长性状显著相关,UCP2和UCP3基因可作为欧拉型藏羊生长性状选育的候选基因。D5双倍型为优势基因型,可在选育工作中优先考虑。     

秦川牛 OLR1基因多态性与肉质性状的关联分析

采用PCR-RFLP的方法对230头秦川肉牛基因组的氧化型低密度脂蛋白受体1(OLR1)基因进行研究,并对其基因型与部分肉质性状进行关联分析。结果发现,OLR1基因存在g.10497C>A突变,该突变位点能够被PstI限制性酶识别。群体中共存在3种基因型,分别命名为AA、AC和CC,基因型频率分别为0.287、0.217和0.496。等位基因A和C的基因频率分别为0.396和0.604。χ2检验表明,该基因座处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05)。关联分析结果表明,CC基因型的眼肌面积显著高于AA基因型(P<0.05);同样,CC基因型与高眼肌深度相关(P<0.05)。而AC基因型与AA和CC基因型之间没有显著差异(P>0.05);在背膘厚和肌间脂肪含量这2个性状上,3种基因型之间差异不显著(P>0.05)。     

秦川牛TNFSF11基因多态性及与体尺性状的相关性

为研究秦川牛TNFSF11基因多态性及其与秦川牛体尺性状的相关性,以399头同等饲养条件下的18～24月龄健康秦川母牛为研究对象,采用PCR-RFLP技术结合DNA测序技术检测TNFSF11基因的SNPs位点,并将其与秦川牛体尺性状进行关联分析。结果表明,DNA测序发现在TNFSF11基因第3内含子即34 080bp处(C331区域)和第3内含子34 096bp处(C332区域)分别发生C→T突变和T→C突变;PCR-RFLP分析发现,秦川牛TNFSF11基因C331区域经创造酶切位点后可以被限制性内切酶HincⅡ特异切割为有GG、GH和HH 3种基因型,C332区域可以被内切酶BseLⅠ特异切割为MM、MN和NN 3种基因型;与测序结果比对显示,秦川牛TNFSF11基因C331、C332各酶切基因型与测序结果显示相一致。卡方检验显示,C331位点在所检测牛群中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),而C332位点则处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P0.01);且C331处GH基因型为优势基因型,G等位基因为优势等位基因,处于中度多态状态;C332处基因型MM为优势基因型,M等位基因为优势基因,处于中度多态状态;关联分析表明,C331位点不同基因型个体间在腰高、腰角宽和胸围方面差异显著(P0.05),C332位点在体斜长和腰高方面差异显著(P0.05)。经连锁不平衡检测发现,两位点存在一定的连锁特性(r2=0.213),将两突变位点进行单倍型分析可知,HHMM基因型各性状均显著高于其他基因型组合,且多标记位点的组合效应值高于单标记位点。说明TNFSF11基因对秦川牛体尺性状有显著的影响,可以作为秦川肉牛新品系培育早期选择的候选基因,其中组合HHMM可能是影响秦川牛体尺胴体性状的最佳基因型组合,在选育中应加大其选择力度。     

秦川牛及其杂种牛POU1F1基因多态与生长性能相关性

 本研究首次利用PCR-RFLP技术研究相同季节4月（±10 d）龄纯种秦川牛（QQ）及杂种牛秦安（AQ）、秦德（DQ）、秦利(LQ) 4个群体164个个体POU1F1基因多态性及其与体重、体尺等生长性状指标之间的相关性。结果表明， QQ及AQ、DQ、LQ群体POU1F1-HinfI基因座的451 bp 的PCR产物被限制性酶HinfI消化后表现多态性，它们的等位基因A/B频率分别为：0.232/0.768、0.333/0.667、0.178/0.822和0.181/0.819，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时，4个群体POU1F1基因座不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析的结果表明，4个群体内AB、BB基因型个体在胸围、十字部高指标上显著高于群体AA型个体（P＜0.05），即BB、AB＞AA（P＜0.05），可作为秦川牛体尺指标(胸围、十字部高)候选基因之一。但在体长指标上均无显著差异（P＞0.05），所以不宜作为体长指标候选基因。初步认为BB基因型为优势基因型，相应地B为优势等位基因，对选择有正向效应。     

牦牛DKK1基因多态性及其与生长性状的相关性

选取麦洼牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛5个群体共287头个体,采用直接测序法检测牦牛DKK1基因的SNP位点,分析其与生长性状的相关性。结果表明,牦牛DKK1基因存在2个突变位点,g.983A→G位点和g.1075C→G位点;位点g.983A→G在斯布牦牛中处于Hardy-Weinberg不平衡状态,其余位点处于平衡状态。在遗传多态性研究中,2个SNP位点均为中度多态。2个位点不同基因型与体高、体斜长、胸围、管围和体质量的相关分析结果显示,位点g.983A→G与体高、体斜长、胸围和体质量均具有相关性;位点g.1075C→G与生长性状不相关。     

秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子的SNPs检测及其与肉质性状的相关性

[目的]对秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行SNPs检测,并研究其与秦川牛肉质性状的相关性.[方法]采用DNA直接测序技术并结合PCR-SSCP方法,对324头2～3岁秦川牛Chemerin基因第2和第6外显子进行多态性分析,用最小二乘法拟合线性模型对Chemerin基因不同基因型与秦川牛肉质性状(宰前活质...     

麦洼牦牛MC4R基因多态性及与生长性状的相关分析

为探究黑皮质素4受体基因(MC4R)在麦洼牦牛群体中的遗传多态性,开展其与生长性状间的关联分析,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对100头麦洼牦牛MC4R基因外显子区域进行多态性分析,并运用最小二乘方差分析法,对各基因型间体高、体质量、体斜长、胸围、管围等生长性状指标进行差异显著性检验。结果表明:MC4R基因引物P6上存在EE和EF 2种基因型,其中,粉嘴群只有EF基因型,存在严重偏态,EF型在2个群体中占绝对优势,E等位基因为优势基因;2个群体均处于中度多态(0.25相似文献   

秦川牛A-FABP基因的生物信息学分析

【目的】克隆秦川牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因,并对其进行生物信息学分析,为深入研究A-FABP基因与秦川牛肉质性状的关系奠定基础。【方法】以秦川牛脂肪组织为材料,采用RT-PCR方法对牛A-FABP基因进行克隆。使用DNAMAN、NCBI等一系列在线软件及工具,对所得到的序列及其编码蛋白质的结构和特性等进行生物信息学分析。【结果】秦川牛A-FABP基因含有15个酶切位点,编码的蛋白分子质量为14.7 ku,二级结构主要以α-螺旋、不规则盘绕和延伸链为结构元件,含132个氨基酸,其中强碱性氨基酸18个,强酸性氨基酸19个,疏水氨基酸45个,不带电荷的极性氨基酸32个;含有6个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,3个肉豆蔻酰基化位点,1个FABP结合域;含有4个Ser、6个Thr和1个Tyres,这11个氨基酸均可能成为蛋白激酶磷酸化位点。【结论】秦川牛A-FABP基因编码的氨基酸序列与人、鸡、小鼠、大鼠、野猪的氨基酸序列同源性分别为84.09%,85.61%,71.97%,88.33%,81.82%,表明在进化关系上,A-FABP氨基酸序列有较好的保守性;此蛋白序列具有脂钙蛋白结合域,没有信号肽;无明显跨膜区,不含有二硫键。     

秦川牛及其利秦杂种牛IGFBP3基因PCR—SSCP多态性研究

以IGFBP3基因作为侯选基因,对秦川牛及其利秦杂种牛群体共计114头个体IGFBP3位点进行多样性分析。结果发现,秦川牛(Q)及其利秦牛(LQ)群体IGFBP3基因座的等位基因A/B频率分别为:0.6667/0.3333和0.6829/0.3171;从位点间杂合度(He)来看,LQ>QQ;位点间有效等位基因数(Ne):QQ>LQ位点间Shannon信息熵SQQ>LQ位点间多态信息含量PICQQ>LQ