波尔山羊FSHR 5'端序列的SNP多态性及超排效果分析

为探索波尔山羊超排个体排卵数差异与个体遗传特性的相关性,对波尔山羊的FSHR基因（950bp）,分成四段分别设计引物进行PCR-SSCP多态性分析,结果发现一个SNP位点,导致5’-1出现两种基因型。序列分析显示该突变位,最位于转录起始点上游-739bp处,属于远端转录启动调控区。统计分析表明AA型个体的平均排卵数与AB型个体的平均排卵数差异极显著（P〈0．01）,平均胚胎可利用率差异显著（P〈0．05）,这说明个体的超排潜力可能与其本身的FSHR基因的遗传特性有关。     

TGF-β1外显子2的单核苷酸多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为了研究波尔山羊(Boar goat,BG)和陕南白山羊(Shaannan goat,SG)转化生长因子β1 (TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子2和内含子3的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系.结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2外显子148 bp位点碱基发生A→G突变,导致苏氨酸(Thr)变为丙氨酸(Ala);多态位点均以A为优势等位基因,基因频率分别为0.530和0.648.在波尔山羊的1～3胎的平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB和AA型个体(P＜0.05);在第4胎的平均产羔数中,AB型个体的产羔数显著高于BB(P＜0.05),而极显著高于AA型个体(P＜0.01),BB型个体的产羔数显著高于AA(P＜0.05).在陕南白山羊的2～4胎的平均产羔数中,AB型个体显著高于BB和AA型个体(P＜0.05);在第1胎中,AB型个体显著高于AA型个体(P＜0.05).TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

TGF-β1基因多态性及其与两个山羊品种产羔数的相关分析

为研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1(TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法研究了其多态性与产羔数的关系.结果表明,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型.MM型与LL型相比在内含子2的790bp处碱基发生G→C的突变.多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659,在波尔山羊的3～4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P＜0.05);LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P＜0.05);在陕南白山羊的2～4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P＜0.05),TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可以用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

TGF-β1基因多态性及其与2个山羊品种产羔数的相关分析

为了研究波尔山羊和陕南白山羊转化生长因子β1 (TGF-β1)基因遗传多态性及其与产羔数的相关性,根据绵羊TGF-β1基因序列设计3对引物,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术检测山羊TGF-β1基因外显子1和内含子2的多态性,同时用最小二乘法探讨了其多态性与产羔数的关系.结果显示,在波尔山羊和陕南白山羊中,仅第2内含子(P2)存在多态位点,分别定义为MM、LM和LL基因型.MM型与LL型相比在内含子2的790 bp处碱基发生G→C的突变,多态位点均以L为优势等位基因,基因频率分别为0.540和0.659.在波尔山羊的3～4胎和平均产羔数中,MM型个体的产羔数显著高于LM和LL型个体(P＜0.05)；LM型个体的第2胎产羔数显著高于LL型个体(P＜0.05).在陕南白山羊的2～4胎和平均产羔数中,MM型个体显著高于LM和LL型个体(P＜0.05).表明TGF-β1基因多态位点与产羔数显著相关,可用于山羊分子遗传育种的候选基因.     

KiSS-1基因序列分析及其与山羊产羔数关系

设计3对引物克隆山羊KiSS-1基因并扫描其序列多态性,4对引物用于在性早熟和性晚熟山羊品种中检测多态性.获得一个4 118 bp的DNA片段,含有长408 bp的ORF,编码135个氨基酸,其中羧基端17个氨基酸组成信号肽.该多肽和其他哺乳动物具有很高的同源性.在内含子1中发现3个突变位点(G296C、G454T和T505A),外显子2中没有发现突变位点,内含子2中发现1个18 bp缺失(-)/插入(+)突变(1960-1977),外显子3中发现两个突变位点(G3433A[A86T]和C3688A).这些突变位点在性早熟和性晚熟品种之间的基因型分布没有明显差异.296位点CC型济宁青山羊产羔数比GG、GC型分别多0.80只(P<0.01)和0.77只(P<0.01),GG与GC基因型个体间产羔数差异不显著(P>0.05).对于1960-1977位点,-/-个体比+/+、+/-个体产羔数分别多0.77只(P<0.01)和0.73只(P<0.01),+/+与+/-基因型个体间差异不显著(P>0.05).其他4个位点基因型间产羔数差异均不显著(P>0.05).研究初步表明山羊KiSS-1基因296位点C等位基因和1960-1977位点的(-)等位基因与济宁青山羊的高产羔数有关.     

泌乳期波尔山羊的重复超排及胚胎移植效果分析

对26只泌乳期波尔山羊实施2次重复超排处理。其结果如下:①第一次超排有效率为84.62%,平均排卵数为19.5±6.42(枚/只),平均采集胚胎数为15.86±1.84(枚/只),平均采集可用胚胎数为10.5±8.32(枚/只)。第二次重复超排处理时有1只羊推迟发情,超排有效率为96.15%,平均排卵数为28.36±5.26(枚/只),平均采集胚胎数21.48±7.42(枚/只),平均采集可用胚胎数为18.64±4.12(枚/只);②两次重复超排所获得的可用胚胎数差异极显著(P<0.01)。泌乳期供体羊第一次采集的可用胚胎数量[10.50±8.32(枚/只)]显著低于断奶后供体羊[18.64±4.12(枚/只)];③胚胎移植后的2组羊产羔率差异不显著(P>0.05)。     

山羊FSH β基因多态性与产羔数的相关性研究

本试验对250只波尔山羊、成都麻羊的FSHβ基因多态性与产羔数的相关性进行了分析。结果发现:在两个品种试验羊的FSHβ基因5′调控区712bp处存在A→G突变,形成A、B 2种等位基因及AA、AB、BB 3种基因型,且A等位基因为优势等位基因。在平均窝产羔数方面,两种山羊初产和经产的平均窝产羔数均为基因型AA基因型AB基因型BB,经产个体的AA型与AB型、BB型差异显著(P0.05),初产个体各基因型间差异不显著(P0.05)。由此推测,FSHβ基因可能是控制山羊繁殖性能的一个主效基因,为下一步育种工作提供了有力的理论依据。     

西农萨能奶山羊INHA基因启动子区多态性与产羔数和产奶量的相关分析

采用PCR-SSCP技术分析了INHA基因的启动子区2个基因座位在西农萨能奶山羊群体中的遗传多态性,结果在P1引物所扩增的目的片段发现遗传多态,有2种等位基因A和B,有3种基因型AA型、AB型、BB型;在P2引物所扩增的目的片段未发现遗传多态.对多态片段的测序分析表明:AA型与BB型相比在DNA序列的第506 bp处插入了一个碱基G,在第446 bp处碱基C→T.AB、BB基因型个体的平均产羔数显著高于AA型个体(P<0.05);AB、BB基因型的个体各胎次产奶量均比AA型高,其中在第2、3胎产奶量和前4胎平均产奶量都达到显著水平(P<0.05),AB基因型的前4胎平均产奶量和AA型差异极显著(P<0.01).结果表明INHA基因对奶山羊产羔数和产奶量都有显著影响,因此认为INHA基因的P1位点可作为奶山羊的有效分子标记.     

良种绵、山羊重复超排效果的比较研究

重复超排技术是大幅度提高优良母畜繁殖力的有效方法,但对多个绵、山羊品种进行平行比较的研究还未见报道。本研究在季节、饲养管理、同期发情处理等条件基本相同的情况下,对3个具有代表性的良种绵羊(萨福克、杜伯和道塞特)和1个山羊(波尔山羊)进行重复超排效果研究。结果表明:3个品种绵羊重复超排效果均无显著差异(P0.05),重复超排效率稳定;波尔山羊二次超排获得的平均回收胚数和可用胚数均显著低于一次超排,但第2次平均获得8.84枚/只的可用胚数在生产中也属理想效果;绵羊重复超排后获得的平均可用胚数少于8枚,而山羊重复超排后获得的平均可用胚数高于8枚。本研究量化了绵羊和山羊种间的差异性对重复超排效果的影响。     

不同FSH对波尔山羊超排效果的影响

对79只波尔山羊采用不同制剂FSH进行超排处理。结果:①宁波产FSH在38Iu、42Iu剂量下所获得的平均可用胚胎数(12.39±3.31)枚(38Iu)、(13.06±4.26)枚(42Iu)无显著差异(P>0.05)。②进口FSH在8mL、10mL剂量下获得的平均可用胚胎数(18.35±4.45)枚、(17.40±5.12)枚无显著差异(P>0.05)。③用进口FSH超排处理时所获得的平均排卵数、采集胚胎数、采集的可用胚胎数均显著高于国产FSH(P<0.05)。     

兴义鸭肌肉生长抑制素基因多态性与屠宰性状的相关性分析

为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考.     

The Association Analysis between IL-2 Gene and H/L in Jingxinghuang Chicken

Interleukin-2(IL-2) gene was regarded as a candidate gene for immune function of Jingxinghuang chicken in this study.The genotype frequencies, allele frequencies, haplotypes and association with H/L of five SNPs were studied by direct sequencing.The results indicated that all the five loci fitted Hardy-Weinberg equilibrium and showed low degrees of heterozygosity with two genotypes detected.Meanwhile, the homozygosis genotype was predominant in all the five loci.Analysis of linkage disequilibrium (LD) suggested that SNP1 and SNP2 showed perfect LD, whereas SNP3, SNP4 and SNP5 showed perfect LD.Analysis of haplotypes revealed four haplotypes, among which Hap1 (TGACT) was predominant.The least square method (LSM) analysis showed that there were no significant difference between different genotypes and haplotype combinations(P> 0.05).The results suggested that more SNPs of IL-2 gene and association with additional immune traits would be investigated in future studies for better understand the roles in immune systems that chicken IL-2 playing.     

京星黄鸡白细胞介素-2基因与H/L的关联分析

本研究选用鸡白细胞介素2(interleukin-2,IL-2)基因作为影响鸡免疫性状的候选基因。以京星黄鸡为研究对象,采用直接测序方法对IL-2基因的5个SNPs位点的基因型频率和等位基因频率、单倍型及其对异噬性粒细胞/淋巴细胞(H/L)指标的影响进行了研究。结果表明,所有位点在试验群体中都处于Hardy-Weinberg平衡状态,5个SNPs位点的多态性都较低,只检测到两种基因型,且纯合基因型为优势等位基因。连锁不平衡分析表明SNP1和SNP2处于完美连锁状态,SNP3、SNP4和SNP5也处于完美连锁状态。单倍型分析结果表明,京星黄鸡试验群体中共检测到4种单倍型,其中单倍型Hap1 (TGACT)为优势单倍型。最小二乘分析结果表明,这5个SNPs位点不同基因型及单倍型组合对H/L的影响没有显著差异(P> 0.05)。这些结果提示以后的研究需要关注IL-2基因其他位置的SNP位点以及与更多免疫指标之间的关系,以更深入地了解IL-2在鸡免疫系统中的作用。     

Marker-assisted assessment of genotype by environment interaction: a case study of single nucleotide polymorphism-mortality association in broilers in two hygiene environments

Interplay between genetic and environmental factors, genotype x environment interactions (G x E), affect phenotypes of complex traits. A methodology for assessing G x E was investigated by detecting hygiene (low and high) environment-specific SNP subsets associated with broiler chicken mortality, followed by an examination of consistency between SNP subsets selected from the 2 environments. The trait was mean progeny mortality rate in 253 sire families, after adjusting records for nuisance effects affecting mortality at the individual bird level. Over 5,000 whole-genome SNP were narrowed down via a machine-learning (filter-wrapper) feature selection procedure applied to mortality rates in each of the 2 environments. For both early and late mortality, it was found that the selected SNP subsets differed across hygiene environments, in terms of either across-environment predictive ability or extent of linkage disequilibrium between the subsets. Reduction in predictive ability due to G x E was assessed by the ratio of 2 predicted residual sum of squares statistics, one associated with SNP selected from the same hygiene environment and the other associated with the SNP subset from a different environment. Reduction was 30 and 20% for early and late mortality, respectively. An extremely low level of linkage disequilibrium between SNP subsets selected under low and high hygiene also indicated G x E. Findings suggest that there may not be a universally optimal SNP subset for predicting mortality and that interactions between genome and environmental factors need to be considered in association analysis of complex traits.     

欣华鸡DRD2基因多态性及其与蛋用性状的关联分析

试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P>0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P<0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P<0.01),SNP3与开产体重(P<0.05)、300日龄产蛋总数(P<0.01)、平均连产(P<0.01)和最长连产(P<0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P<0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P<0.01)、蛋黄颜色(P<0.01)和哈氏单位(P<0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P<0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P<0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P<0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P<0.01),与哈氏单位呈显著相关(P<0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。     

SD大鼠EGF基因cDNA序列的分子克隆

参考大鼠EGF基因序列,用PCR方法对SD大鼠EGF基因cDNA序列进行了克隆,获得了SD大鼠EGF基因的3 522bp的cDNA序列（GenBank登录号：JX149564）,其中CDS长度为3 186bp,编码了1 061个氨基酸。SD大鼠与国外报道的大鼠、小鼠、原鸡、猕猴、人等5个物种的EGF基因cDNA序列的同源性分别为97.6%、83.4%、59.7%、76.4%、73.5%,其编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为99.2%、80.1%、52.6%、69.7%、69.4%。这一结果表明了EGF基因在进化过程中具有一定的保守性,但不同物种之间也具有特异性。通过比较SD大鼠EGF基因与GenBank数据库中发布的EGF基因的cDNA序列,本试验发现了22个SNP位点,其中9个没有改变氨基酸残基的性质,这一研究结果为EGF基因的SNPs数据库提供了新的信息。     

绵羊TSHR基因多态性及其与繁殖性状关联分析

为探讨TSHR基因多态性与绵羊季节性繁殖和产羔数的关系,本实验采用Sequenom Mass-ARRAY?SNP分型技术检测常年发情的小尾寒羊(407只)、湖羊(101只)、策勒黑羊(48只)和季节性发情的苏尼特羊(21只)、滩羊(22只)、草原型藏羊(161只)TSHR基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,并进行群体遗传学分析及其与小尾寒羊产羔数的关联分析。结果表明:TSHR基因g.89430525G>A、g.89363881T>C和g.89431097C>G的基因型频率和等位基因频率在常年发情绵羊品种和季节性发情绵羊品种间差异极显著(P<0.01);这3个SNP位点在大多数绵羊品种中表现为中度多态,且在各个绵羊品种中处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05);TSHR基因g.89431097C>G位点的多态性与小尾寒羊第1～3胎的产羔数显著相关(P<0.05),其中CC型母羊的产羔数显著低于CG和GG型母羊(P<0.05)。本研究表明,TSHR基因与绵羊季节性繁殖性状具有较强的相关性,同时参与绵羊季节性繁殖和多羔性状的调控。     

外源一氧化氮对遮阴胁迫下高羊茅抗氧化系统的调控机理

在不同遮阴胁迫下（20%遮阴、60%遮阴和90%遮阴）,采用叶面喷施外源一氧化氮（NO）方法,研究了外源NO对遮阴胁迫下高羊茅瑞德3号（Festuca arundinacea ‘Arid 3’）的形态指标、叶绿素含量、膜透性、丙二醛（MDA）含量、抗氧化酶活性及脯氨酸含量的影响。结果表明：20%遮阴对高羊茅植株几乎没有伤害,而60%和90%遮阴的伤害作用较严重,并且随着遮阴时间的增加高羊茅受伤害程度加强。外源NO可以显著提高遮阴胁迫下高羊茅叶片的叶绿素含量,降低质膜相对透性的增加,减少膜质过氧化产物MDA含量的升高,促进脯氨酸的积累,提高超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化物酶（POD）和过氧化氢酶（CAT）的活性。外源NO的保护作用随着遮阴时间与遮阴强度的增加而变化,外源NO对20%遮阴和60%遮阴的高羊茅效果较好,而对90%遮阴高羊茅效果较差;此外,随着遮阴时间增加,外源NO对不同遮阴强度高羊茅作用效果不同,处理14 d效果较好。综上表明,外源NO对遮阴胁迫下的高羊茅具有一定的保护作用,但是这种保护作用随着遮阴时间与遮阴强度的增加而下降。     

Genome-wide association studies for feedlot and growth traits in cattle

A genome wide-association study for production traits in cattle was carried out using genotype data from the 10K Affymetrix (Santa Clara, CA) and the 50K Illumina (San Diego, CA) SNP chips. The results for residual feed intake (RFI), BW, and hip height in 3 beef breed types (Bos indicus, Bos taurus, and B. indicus × B. taurus), and for stature in dairy cattle, are presented. The aims were to discover SNP associated with all traits studied, but especially RFI, and further to test the consistency of SNP effects across different cattle populations and breed types. The data were analyzed within data sets and within breed types by using a mixed model and fitting 1 SNP at a time. In each case, the number of significant SNP was more than expected by chance alone. A total of 75 SNP from the reference population with 50K chip data were significant (P < 0.001) for RFI, with a false discovery rate of 68%. These 75 SNP were mapped on 24 different BTA. Of the 75 SNP, the 9 most significant SNP were detected on BTA 3, 5, 7, and 8, with P ≤ 6.0 × 10(-5). In a population of Angus cattle divergently selected for high and low RFI and 10K chip data, 111 SNP were significantly (P < 0.001) associated with RFI, with a false discovery rate of 7%. Approximately 103 of these SNP were therefore likely to represent true positives. Because of the small number of SNP common to both the 10K and 50K SNP chips, only 27 SNP were significantly (P < 0.05) associated with RFI in the 2 populations. However, other chromosome regions were found that contained SNP significantly associated with RFI in both data sets, although no SNP within the region showed a consistent effect on RFI. The SNP effects were consistent between data sets only when estimated within the same breed type.     

脂肪和肥胖相关基因与肥胖关系的研究进展

脂肪和肥胖相关(FTO)基因是最近发现的一个与肥胖相关的基因。全基因组关联分析发现:FTO基因内有许多单核苷酸多态性(SNP)位点,这些SNP位点与肥胖的发生密切相关。本文综述了FTO基因的发现、结构和组织表达特征,FTO基因SNP位点与肥胖之间关系,以及FTO基因通过调节摄食来影响肥胖的发生,以期为研究动物的肥胖机制提供一定的参考依据。