基于DNA条形码对菜蝽属内疑难种的鉴定(半翅目:蝽科)

本研究旨在利用DNA条形码鉴定菜蝽属Eurydema内疑难种E.sp.,并通过DNA条形码研究菜蝽E.dominulus的种内色斑变异。通过扩增菜蝽E.dominulus(Scopoli,1763)、横纹菜蝽E.gebleri Kolenati,1846、新疆菜蝽E.maracandica Oshanin,1871、疑难种E.sp.和茶翅蝽Halyomorpha halys(Stl,1855)共计15条COI序列(633bp),分析碱基组成,计算种内、种间遗传距离,并采用最大似然法(ML)、邻接法(NJ)和贝叶斯法(BI)构建系统发育树。结果表明:(1)E.sp.与菜蝽E.dominulus之间的遗传距离为0.1%~1.0%,与新疆菜蝽之间的遗传距离为6.3%,与横纹菜蝽之间的遗传距离为4.1%,与茶翅蝽之间的遗传距离为17.0%;(2)所扩增的COI序列共计有8个单倍型,其中E.sp.与菜蝽E.dominulus具有共享单倍型"Hap5";色斑不同的菜蝽E.dominulus有共享单倍型。(3)基于ML、NJ和BI构建系统发育树的结果基本一致(NJ和BI系统发育树的结果完全一致),E.sp.与新疆菜蝽明显分开,与不同色斑的菜蝽E.dominulus聚为一大支,支持率均较高(BP74,PP=1.00)。根据遗传距离和系统发育树可看出:色斑不同的菜蝽E.dominulus个体之间遗传分化很小,属于种内变异范畴;腹部色斑与新疆菜蝽相似的E.sp.实为菜蝽;表明DNA条形码可以辅助传统分类学快速鉴定物种。     

DNA分子标记技术与作物品种纯度鉴定

本文对ＲＦＬＰ、ＤＮＡ指纹、位点特异小卫星与微卫星、ＲＡＰＤ及ＡＦＬＰ等５种ＤＮＡ分子标记技术的方法原理及研究概况作了介绍，并着重讨论了它们在作物品种真实性与纯度鉴定上的应用前景。     

基于DNA条形码的桑黄真菌分子鉴定

DNA条形码(DNA barcoding)技术是一种利用生物基因组内短遗传标签进行分类鉴定的方法。桑黄自古以来是一种名贵中药材,而市售桑黄主要依托简单的形态鉴定造成混淆众多。近年来大量研究表明,桑黄类真菌种类至少有7个种,并且其药效也不尽相同。【目的】为更准确、高效对桑黄类真菌进行鉴定,本研究以采集自西藏、吉林和浙江的3种桑黄子实体为材料,筛选最佳DNA条形码与相应PCR条件。【方法】利用组织分离获得3种桑黄纯培养菌株,分别编号为1713、1714和HS菌株。利用ITS、NL、rpb1、rpb2和ef1-α等7组DNA条形码分别对3种桑黄进行PCR扩增、测序、比对和发育树分析,并结合形态学特征,确定其最适DNA条形码和分类学地位。【结果】结果表明,ITS和NL条形码对3种桑黄均能够获得单一目的条带;rpb1Y、rpb2B和rpb2Y条形码特异性低,扩增后获得多个条带;而rpb1B和ef1-α条形码均无法获得条带。通过多序列比对,结合形态分析,确定1713菌株为桑黄纤孔菌(Inonotus sanghuang),而1714和HS菌株均为鲍姆纤孔菌(Inonotus baumii)。【结论】本研究确定ITS和NL为桑黄分子鉴定的最佳DNA条形码,其PCR最适退火温度范围分别为58～59℃和49～50℃,为桑黄真菌快速鉴定提供参考依据。     

DNA条形码技术在黑龙江地区姬小蜂科物种鉴定中的应用与分析

姬小蜂科寄生蜂在农业害虫防治应用中起着非常重要的作用,但因体型小种类多,鉴定较难,导致开发利用的局限性。随着分子生物学的快速发展,通过形态学与分子生物学相结合的方法来研究小蜂总科已经成为发展趋势。利用黑龙江省的6个吸虫塔收集到了238个姬小蜂科样本。在DNA提取之前通过形态学鉴定为14属52种。对其中60个COI和68个28S基因进行了扩增和测序,并将基因登录号提交GenBank;COI基因的登录号为MG836426～MG836501,28S基因的登录号为MH169011～MH169101。经进一步计算COI和28S基因的种内和种间遗传距离发现,COI基因的种间遗传距离差异显著,最小种间遗传距离(6.00%)远大于最大种内遗传距离(3.02%)。但是,28S基因的差异较大,许多属的种内遗传距离超过种间遗传距离,重叠现象严重。用MEGA-7.0软件进一步分析了COI基因的序列相似性和系统发育关系,结果表明：COI基因序列的聚类结果与形态学分类基本一致,而28S基因序列的聚类结果与形态学结果有较大差异。可见COI基因在姬小蜂科的分类鉴定和系统发育分析上比28S基因有很大优势,更适合姬小蜂科...     

DNA分子标记技术在红菇分子鉴定中的应用进展

总结了近年来国内外8种主要分子标记技术在红菇分类鉴定、遗传多样性及进化关系等方面的研究进展,介绍了IGS、ITS、LSU区域的标记技术以及限制性长度片段多态性(RFLP)、随机扩增片段多态性分析(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、微卫星序列(SSR)和微卫星间隔序列(ISSR)等分子标记技术的原理和方法.     

入境旅客非法携带番石榴中实蝇幼虫的分子鉴定

[目的]探索DNA条形码技术在实蝇快速鉴定中的应用。[方法]利用DNA条形码技术和BOLD系统,选取线粒体细胞色素氧化酶I(COI)基因片段,针对截获入境旅客非法携带的番石榴中实蝇幼虫进行序列测定、比对和分析,并对培养后的成虫进行形态学分类从而验证分子分类的结果。[结果]检测的11头实蝇幼虫全部鉴定为橘小实蝇[Bactrocera dorsalis(Hendel)]。[结论]为河北出入境检疫部门初步探索DNA条形码技术在实蝇快速鉴定中的应用及提升检疫工作的时效性奠定了技术基础。     

DNA条形码技术在部分菱属植物分子鉴定中的应用

为了弥补形态学鉴定方法的不足,本研究利用DNA条形码技术,选取标准基因序列对部分菱属植物进行初步的分子鉴定。通过对浙江、江苏2省南湖菱、两角菱、四角菱的ITS,mat K和rbc L序列扩增及多重序列比对,探寻菱属植物的分子鉴定方法。克隆了菱属植物692 bp的ITS序列、878 bp的mat K序列及685 bp的rbc L序列,其中mat K和rbc L序列不存在变异位点,不能用于鉴定菱属植物;ITS序列存在20个变异位点,包括6处插入/缺失和14处碱基置换,在部分菱属植物的分子鉴定中具有应用价值。     

基于mt DNA COI基因的宁夏烟粉虱及温室白粉虱分子鉴定

基于线粒体COI基因(Cytochrome coxidase subunit I gene)对宁夏地区粉虱进行分子鉴定。选取宁夏19个粉虱地理种群的77个样本作为试验材料,用Bioedit 7.2.5软件对COI基因序列进行读取、整合、对齐比对处理,用软件MEGA 7.0中的Kimura 2-parameter模型计算种内与种间遗传距离,并用邻接法(NJ法)构建系统发育树,用软件DNASP 5.10进行遗传多样性的分析,用软件Network 5.0构建单倍型网络图。结果显示,77个样本中的46个为Q型烟粉虱(Bemisia tabaci),31个为温室白粉虱(Trialeurodes vaporariorum),表明目前Q型烟粉虱已经传入宁夏银川市、石嘴山市、中卫市等,亟需对其危害和扩散进行有效控制。     

鳗鲡幼苗种类的DNA指纹鉴定

养殖鳗鲡种苗来源日趋多样,确定鳗苗种类是决定养殖成败的关键因素之一。应用鳗鲡属鱼类mtDNA COI基因的保守序列设计一对特异性引物,对21批次,共109个白苗期鳗鲡样品进行种类鉴定。结果显示,应用该引物可以在所采集到的鳗鲡样品中扩增出652bp特异性基因片段,将样品COI基因序列与BOLD数据库中鳗鲡COI基因标准序列进行比对,共鉴定得7个种类归属,分别为日本鳗鲡A.japonica、美洲鳗鲡A.rostrata、欧洲鳗鲡A.anguilla、花鳗鲡A.marmorata、莫桑比克鳗鲡A.mossambica、吕宋鳗鲡A.luzonensis和太平洋双色鳗A.bicolor pacifica。对COI基因序列进行聚类分析,得到7个有很高节点支持率的主要类群。结果证实mtDNA COI基因在鳗鲡种类鉴定上具有很好的实用性。此外,在种类的鉴定中发现其中1批次的样品定种错误,有1个批次的鳗鲡样品中存在有2个种类的混杂,提示在实际的苗种养殖及交易中,对鳗鲡的种类鉴定上仍存在一定的错误和混杂,有必要引入DNA分子标记技术进行更加方便和准确的鉴定。     

DNA条形编码技术在缓步动物分类中的研究进展

缓步动物是一种十分微小的水生无脊椎动物,用传统的形态分类学方法对其进行物种鉴定难度较大。DNA条形编码技术是近几年用于物种分类、鉴定等研究的一种新兴的分子学技术。     

十二齿小蠹形态特征及DNA条形码技术快速鉴定研究

介绍了我国口岸进口木材中多次截获的松十二齿小蠹,对该虫的分类地位、分布、寄主、危害及成虫形态特征进行了描述。将获得的该虫COⅠ序列通过GenBank数据库比对分析,以及用邻接法(NJ)构建的系统发育树,建立了该虫的DNA条形码检测方法,以期为口岸一线的检测鉴定提供参考。     

日照海蝉DNA条形码及其分子系统进化分析

[目的]研究COI基因区段作为DNA条形码在识别日照海蝉地理群体的可行性和有效性。[方法]以日照海蝉为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体COI基因片段序列,产物双向测序,用Clustal W进行DNA序列比对,用MEGA 6.0软件采用邻接法(Neighbor-Joing,NJ)和最大简约法(maximum parsimony,MP)构建分子系统发育树。[结果]获得大小为658 bp的COI基因,A、T、C、G的平均含量分别为30.24%、36.63%、16.41%、16.72%,其中A+T平均含量(66.87%)明显高于G+C平均含量(33.13%),NJ和MP系统发育树均表明日照海蝉属于蝉蟹总科(Hippoidea)眉足蟹科(Blepharipoda),与形态学的分属结果一致。[结论]采用COI基因序列作为DNA条形码进行海蝉分类鉴定具有一定的可行性。     

半夏及其易混品的DNA分子鉴定

基于ITS、matK、trnL-trnF、rpl32-trnL和rps16序列对栽培半夏及其易混品开展DNA条形码鉴别研究,结果表明:ITS、rps16序列可作为DNA条形码用于半夏及其易混品的鉴别研究中,matK、trnL-trnF序列可作为天南星科不同属间DNA条形码或条形码组合候选序列鉴别半夏及其邻近属植物,rpl32-trnL序列可作为鉴别半夏及其易混品的DNA条形码候选序列。     

烟草花叶病毒属条形码鉴定方法的建立

烟草花叶病毒属病毒可侵染多种植物,给农业生产带来严重危害。为建立该病毒属的条形码鉴定技术,以该属22个确定种的标准序列为凭证标本序列,分析其保守区域,设计6对候选条形码引物(Tobamo1-Tobamo6),其扩增片段长度为200~1 240 bp。以田间样本对引物进行筛选,通过比较各引物的扩增效率、测序成功率、获得序列的亲缘关系对引物的通用性和物种分辨率进行评价。结果表明,Tobamo6的通用性最高,扩增率和测序成功率均为100%;物种分辨率良好,获得序列的种内种间变异可有效鉴定实际样本中的辣椒轻斑驳病毒、烟草花叶病毒、番茄花叶病毒和黄瓜绿斑驳花叶病毒;可作为烟草花叶病毒属的首选条形码引物。     

DNA条形码在水生动物物种鉴定中的应用

水生动物是一类主要生活于水中的动物类群,其具有种类多样、分布广泛、复杂难辨等特点,但是对于水产动物的物种鉴定长期以来一直困扰着相关方面的专家和学者.随着DNA条形码技术的提出,其已被成功地应用于水生动物的物种鉴定.整理总结了国内外使用DNA条形码在水生动物物种鉴定中的应用.     

基于DNA条形码的一株硬皮马勃菌的鉴定

本研究通过基于DNA条形码的分子鉴定方法对广东省广州市白云山风景区一株马勃菌进行精准鉴定。以野外采集的子实体提取的基因组为模板,扩增ITS和EF1α片段,并进行测序及系统发育分析。获得了600 bp左右的ITS片段和500 bp左右的EF1α片段,经分子系统学分析表明该硬皮马勃菌为Scleroderma sinnamariense,从而对该真菌进行了基于DNA条形码的精准鉴定。     

应用DNA条形码技术鉴定24种入境有瓣蝇类

[目的]应用 DNA条形码技术对宁波口岸入境的24种有瓣蝇类进行分类研究。[方法]对有瓣蝇类样品的 CO I基因片段进行了序列测定、比对和分析,使用 MEGA6.0软件进行系统发育分析。[结果]24种有瓣蝇类 CO I基因片段系统发育情况在科、属的水平上基本与形态学分类相同,在种的水平上不能够完全区分近缘种。[结论]单独用 DNA条形码技术进行有瓣蝇类分类鉴定是不妥当的,需与形态学分类方法相密合,可作为形态分类方法的有益补充。     

DNA条形码技术在几种苹果园鳞翅目害虫鉴定中的应用

为探讨DNA条形码技术在苹果园鳞翅目昆虫鉴定中的适用性,采用DNA条形码通用引物,扩增并分析采自陕西7个苹果园的鳞翅目昆虫的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,基于扩增的COⅠ序列计算种间和种内遗传距离,并构建NJ树(Neighbor-Joining tree)和ME树(Minimum-Evolution tree)。经通用的DNA条形码技术鉴定显示,采集的鳞翅目昆虫隶属于7个属的9种昆虫;基于p-distance模型的种内和种间遗传距离分析显示,种间遗传距离为8.4%~69.4%,种内遗传距离为0~0.6%,种内最大遗传距离与种间最小遗传距离无重叠;同时,基于种间和种内遗传距离构建NJ树和ME树均显示,同种昆虫在系统树上都各自在同一进化支;因此,基于DNA条形码的鉴定方法可区分这些苹果园的不同鳞翅目害虫。     

利用小分子DNA鉴定重金属离子对DNA的损伤(英文)

[目的]利用小分子DNA鉴定重金属离子对DNA的损伤。[方法]将pUC18DNA分子暴露于Hg2+、Cr6+、Pb2+、Cd2+4种重金属离子环境中,经一定时间处理后对DNA分子进行生物活性研究,并用凝胶电泳和增色效应分析了重金属离子对DNA分子生物活性影响机制。[结果]DNA活性分析表明,4种重金属对pUC18的影响程度为Hg2+>Cr6+>Pb2+>Cd2+;凝胶电泳和增色效应结果表明,4种重金属离子主要是引起DNA分子交联导致其生物活性的降低,交联程度为Hg2+>Cr6+>Pb2+>Cd2+。[结论]该研究表明,pUC18DNA分子可用作鉴定重金属离子对DNA损伤的依据,为评价重金属对DNA毒害作用提供了一种简捷有效的技术方法。