家蚕线粒体基因组全序列测定与分析

家蚕（Bombyx mori)线粒体基因组全序列为15664bp,AT含量较高，为81．3％，包括13个蛋白质编码基因，2个rRNA基因，22个tRNA基因 一段498bp的A＋T富集区域。与其它10种节肢动物线粒体基因组全序列相比，家蚕与果蝇（Drosophila melanogaster)在核苷酸组成，编码偏好性，以及氨基酸组成上较相近，只是在基因排列上，tRNA^Met的位置发生了重排，在家蚕线粒体基因组中，tRNA^Met位于A＋T富集区与tRNA^Ile之间，而在果蝇中，其位于tRNA^Tln与ND2基因之间。     

改进的拟南芥CAPS标记方法

在模式植物拟南芥（Ambidopsis thaliana）的一种生态型Columbia（Col）中，存在大多数CAPS（切割扩增的多态性序列）标记的标记酶识别位点；而用于分析的酶中，只有37．5％～47．5％的酶在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点，超过半数的酶在大多数CAPS标记的开发中无作用。因此，建立了一种改进的开发CAPS标记的方法。首先进行限制性内切酶分析，筛选出在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点的候选酶，然后再在候选酶中筛选CAPS标记酶；只有在候选酶中找不到CAPS标记酶时，才在其它酶中筛选。应用实验结果表明，即使不知道拟南芥的另两种生态型Landsberg erecta（Let）和Cape Verde Islands（Cvi）的基因组序列，也可利用Col基因组序列开发Let和Cvi的CAPS标记，可节约超过500／0酶的费用。这种基于基因组的CAPS（geCAPS）方法在其它植物如水稻（Oryza sativa）和茶叶（Camellia sinensis）中的应用进行了讨论。     

利用甘薯质体同源片段构建多顺反子表达载体

本研究利用质体基因组的进化保守性，根据烟草质体基因组全序列设计引物，从甘薯（lpomoea batatas L．）质体基因组中克隆了两个相邻的功能基因rbcL（GenBank登录号为AY942199）和HaccD（GenBank登录号为AY942200），以此作为定点整合外源基因的同源重组片段。选用水稻质体基因组强启动子prm及psbA3’非翻译区调控选择标记基因aadA和报告基因gfp，构建多顺反子表达盒prm—aadA-gfp-psbA-3＇，之后将表达盒克隆进甘薯质体同源片段中，获得甘薯质体多顺反子定点整合表达载体pSAG，酶切鉴定结果表明所构建的载体符合预期设计。这为后期甘薯质体转化体系的建立和通过质体基因工程手段将更多目的基因导入甘薯进行遗传改良奠定了基础。     

水稻瘤矮病毒基因组S8片段全序列测定及其结构分析

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒（Rice gall dwarf virus,RGDV）中国广东信宜分离物（RGDV-C）的基因组S8片段，并测定了全序列。结果表明RGDV-C基因组s8片段全长1578bp（GenBank登录No．AY216767），含有一个ORF，编码一个含有426个氨基酸的外层衣壳蛋白，基因结构与泰国的RGDV分离物基本一致，核苷酸和推导的氨基酸序列同源性分别为96．0％和99．1％，与植物呼肠孤病毒属（Phytoreovirus）的三叶草伤瘤病毒（Wound tumor virus，WTV）和水稻矮缩病毒（Rice dwarf virus,RDV）各分离物的核苷酸同源性分别为56．8％和55．3％～56．0％。从s8编码的外层衣壳蛋白亲缘关系、反向重复序列、病毒粒体被严格限制于薄壁细胞以及致瘤特性来看，RGDV与WTV比RGDV与RDV具有更近的亲缘关系。     

在板栗疫病菌线粒体中检出低毒病毒编码蛋白p29

p29蛋白是低毒病毒基因组编码的一个木瓜蛋白酶样蛋白。前人研究发现,在宿主板栗疫病菌（Cryphonectria parasitica）体内表达p29,会引起真菌毒力降低,色素产生减少,丧失产生无性孢子的能力。除已知p29与源于高尔基体的膜结构共分离之外,p29在细胞内的其它分布形式未明。本研究在成功制备p29特异抗体和高效分离板栗疫病菌线粒体的基础上,尝试用p29抗体检测线粒体中是否存在p29蛋白。Western印迹结果表明,受CHV1-EP713感染的EP713菌株线粒体中存在与p29抗体特异作用的病毒蛋白。本研究结果暗示,低毒病毒蛋白p29可能参与调控宿主线粒体功能。     

马铃薯（SolanumtuberosumL．）全基因组水平上LTR-逆转座子的鉴定与进化分析

LTR-逆转座子是构成基因组特别是植物基因组的重要组分。它们在寄主基因组的进化过程中起到重要作用。马铃薯是重要的经济作物和粮食作物,其全基因组序列的公布为进一步研究其遗传组成和演化提供了基础。本文以马铃薯全基因组序列为材料,用结构分析和同源比对的方法分离得到9318个完整的LTR_逆转座子,7281个非完整（trtmcated）LTR-逆转座子元件和3657个soloLTR元件。进一步研究表明,gypsy类转座子在距今两百万年（millionyearsago,MYA）时转座活性被抑制,而copia类元件活跃至今。马铃薯和番茄比较基因组学的研究表明,LTR-逆转座子序列变异率为18．73％,远高于基因序列的7．37％和CDS序列的5．01％。     

解析MicroRNA参与疾病的机理

MicroRNAs（miRNAs）是普遍存在的、调控基因表达的短非编码（≈22nt）小分子调节RNAs,是由具有发夹结构的约70～90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成。1993年,miRNAs在秀丽隐杆线虫（Caenorhabditiselegans）中首次被发现（Leeetal．,1993）,人类基因组中编码超过1000个miRNAs。     

我国部分冬小麦新品种（系）SSR标记遗传差异的研究

本研究利用53对SSR引物对全田1999－2000年北方冬麦区及黄淮冬麦区观察圃中选出的48个新品种（系）进行遗传差异研究，共检测出58个SSR位点上的367个等位变异，平均每个位点有6.33个等位变异，其中B组每个位点的等位变异最多，这表明B基因组化更快，分化更大。48个品种（系）在全基因组及A、B、D基因组聚类结果表明这些品种的相似系数聚类的范围较小，为0.75－0.98。全基因组聚类结果与品种的系谱来源及育成地区相吻合。研究结果表明我国冬小麦品种的种质基础相对较狭窄。加强不同来源种质的利用和特异亲本类型的培育对我国冬小麦遗传改良非常重要，利用5个多态性高的SSR标记就可以将这48个小麦新品种（系）区分开，每个品种（系）都有各自独特的指纹图谱。     

绢丝昆虫樟蚕线粒体全基因组克隆及序列分析

采用Long-PCR方法,克隆并测定了樟蚕(Eriogyna pyretorum)线粒体基因组全序列。樟蚕线粒体基因组全序列为15,327bp,基因组碱基组成为39.17%A,11.55%C,7.63%G,41.65%T,共有13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个AT富含区(A+T-rich区)。樟蚕线粒体基因组结构与鳞翅目其他昆虫相同。除cox1和cox2基因外,其他蛋白编码基因含有典型的ATN起始密码子;13个蛋白质编码基因中,有11个使用TAA作为终止密码子。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现除trnS1(AGN)缺少DHU臂外,其他的tRNA具有典型的三叶草结构。     

大豆花叶病毒分子生物学研究进展

大豆花叶病毒基因组结构与其它马铃薯Ｙ病毒组成员一样，是一条单链天意ＲＮＡ，全长约１００００个核苷酸，整个基因组按一个阅读框架翻译，产生一个多聚蛋白前体，并通过蛋白酶切加工，形成不同功能的成熟蛋白：３５Ｋ（Ｐ１），ＨＣ，４２（Ｐ３），ＣＩＰ，６Ｋ，２１Ｋ（Ｖｐｇ），２７Ｋ（ＮＩａ），Ｎｉｂ，ＣＰ。基因组翻译产物的加工由三种病毒蛋白酶的参与，即：Ｐ１（３５Ｋ），ＨＣ和２７Ｋ（ＮＩａ），酶切加工产生的各