猪SP-A基因启动子区的克隆与序列分析

为了探明猪SP-A基因的启动子及其转录调控机制,设计6条特异性引物,采用染色体步移、克隆测序以及序列比对分析,从大白猪基因组中扩增出一段长度为1 033 bp的猪SP-A基因的上游序列(DQ985806),其GC含量约为55%.经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-33 bp处存在1个TATA-box,另外还发现了GC-box、CAAT-box、GT-box以及转录起始子;该序列还包含Spl、TF和NF-κB等转录因子结合位点以及1个特殊重复序列5'-CATCACTGT-3'.上述试验结果表明,所克隆的1 033 bp的DNA序列是大白猪SP-A基因的启动子区序列.     

绵羊IFN-γ基因的克隆与序列分析

将无菌采集的绵羊(湖羊)脾脏淋巴细胞进行体外培养,利用刀豆蛋白(ConA)刺激24 h后提取总RNA,采用RT-PCR扩增绵羊IFNγ-基因,并将其克隆到pMD18-T载体中,经PCR和双酶切鉴定后进行测序。测序结果表明,扩增的cDNA全长554 bp,包含501 bp开放阅读框,编码166个氨基酸,分子质量约为18.4 ku。克隆的绵羊IFNγ-基因与GenBank上已公布的人、牛、山羊、马鹿、马、骆驼、猪、狗、猫和鸡的IFNγ-核苷酸序列进行比较,其同源性分别为75.2%,96.6%,99.0%,95.8%,83.0%,88.8%,86.6%,82.4%,53.9%和32.9%,与其他品种绵羊的核苷酸同源性为100%;氨基酸序列同源性分别为61.7%,94.6%,98.2%,92.2%,77.8%,86.8%,77.8%,76.0%,39.5%和6.7%,这为进一步研究绵羊IFNγ-基因的表达、生物学活性和应用奠定了一定基础。     

绵羊Lin28基因编码区克隆与序列分析

为研究绵羊Lin28基因的功能,探讨其在绵羊体细胞重编程中的作用,本研究参照GenBank上小鼠、猪、牛和人的Lin28基因mRNA序列的保守区设计简并引物,Trizol法提取100 d左右胎绵羊肠组织总RNA,RT-PCR扩增Lin28基因编码区(CDS)序列,利用生物信息学软件DNAMAN、BioEdit和在线软件NCBI BLASTn、PlantsP和ScanProsite等分别进行核苷酸和推导的氨基酸序列比对,构建进化树,分析蛋白功能结构域并推测氨基酸序列的三维结构。结果显示,绵羊CDS区为包括终止密码子在内的630 bp,编码209个氨基酸。同源性分析结果表明,其与爪蟾、斑马鱼、鸡、牛、马、猫、猪、人、大鼠和小鼠的核苷酸序列同源性分别为53.8%、55.2%、70.2%、88.3%、88.7%、89.2%、89.5%、90.5%、95.9%和98.9%;氨基酸序列同源性分别为76.5%、67.9%、93.2%、99.3%、97.7%、99.3%、99.3%、98.5%、99.3%和100.0%。生物信息学分析显示,绵羊Lin28蛋白含有2个CCHC型的锌指结构和1个冷休克结构域。结果表明,本试验成功克隆Lin28基因的编码区,为进一步研究Lin28基因的功能及探讨其在绵羊体细胞重编程中的作用奠定基础。     

蒙古绵羊ghrelin cDNA的克隆及序列分析

根据GenBank中报道的绵羊ghrelin序列设计一对特异性引物，以蒙古绵羊真胃组织中提取的总RNA为模板，采用RT-PCR技术扩增出蒙古绵羊ghrelin的cDNA，并克隆到pTZ19载体中，经限制性内切酶谱和DNA序列测定，证实所克隆的蒙古绵羊ghrelin的cDNA为ghrelin的部分序列，因为用NCBI网站上的BLAST功能将测序结果同已发表绵羊ghrelin序列进行对比，205个碱基中仅有1个碱基的差异，该差异不影响翻译后多肽的序列。该段cDNA包含由168个碱基组成的开放读码框（ORF），该ORF编码56个氨基酸残基的前原蒙古绵羊ghrelin。对蒙古绵羊ghrelin的研究将有助于进一步揭示其生理和病理功能，对反刍动物多种疾病过程的认识及防治策略具有深远意义。     

猪SelS基因启动子区的克隆及序列分析

本研究旨在克隆和分析猪硒蛋白S基因(Selenoprotein S,SelS)启动子序列,并初步探讨潜在转录因子结合位点对其表达的影响.通过SON-PCR技术克隆猪SelS基因启动子序列,利用PromoterScan、Promoter 2.0等在线工具预测其启动子特征,利用细菌脂多糖(Lipopolysaccharides,LPS)刺激PK15细胞,研究NF-kappaB转录因子对猪SelS基因启动子活性的影响.试验获得了猪SelS基因约3kd的启动子序列,部分序列比对发现猪、人、牛和小鼠物种间相似性仅7%～51%.预测猪SelS基因转录起始位点在-398 bp,猪和人SelS基因启动子存在系列保守的转录因子结合位点,包括NF-kappaB、CCAAT box、SP1、USF等,但均未发现典型的TATA box.细胞试验表明,NF-kappaB转录因子可以上调猪SelS基因的表达.结果提示,物种间SelS基因启动子相似性较低,但猪和人SelS基因的转录因子非常保守,LPS诱导试验提示,猪SelS基因表达可能受NF-kappaB转录因子的调控.     

野猪甘露聚糖结合凝集素A基因的克隆及其生物信息学分析

根据GenBank上已发表的猪甘露聚糖结合凝集素A基因序列,设计一对特异性引物,通过RT—PCR法成功地从野猪肝脏中克隆到MBL-A基因序列。该克隆基因全长为875bp,包含MBL—A的完整开放阅读框。同源性分析显示野猪MBL—A基因与家猪核苷酸序列同源性在99％,推导的氨基酸序列同源性为100％：与其他哺乳动物相比核苷酸序列同源性在73％。83％之间,推导的氨基酸序列同源性在60％～81％之间。     

蒙古绵羊Bcl-2基因cDNA的克隆及序列分析

为扩增蒙古绵羊bcl-2基因全序列,根据Gen Bank上已公布的牛的序列,设计了3条引物。从蒙古绵羊脾中提取总RNA,采用RT-PCR,技术扩增出bcl-2的c DNA,并重组到p Blueselect T载体,经限制性内切酶谱分析和DNA序列测定,证实所克隆的c DNA为bcl-2,因为该c DNA包含由687个碱基组成的开放读码框(ORF),该ORF编码229个氨基酸。经比对,与牛的核苷酸序列和氨基酸序列的同源性分别为95.5%和93.4%。     

山羊MyoG基因启动子区序列分析与结构预测

为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-24bp处存在1个TATA-box,另外还发现了1个GC-box、2个CAAT-box、2个E-box和1个富含A-T碱基的模体结构;该序列还包含HSF、ADR1和cap等转录因子结合位点。通过比对分析,所得山羊MyoG基因5′侧翼序列与牛、马鹿、人、小鼠和鸡同源序列的相似性在37.22%～96.85%之间,说明不同物种间该序列具有一定的保守性。本研究为进一步探讨山羊MyoG基因的表达和调控机制奠定了理论基础。     

绵羊IGFBP-5基因的克隆及序列分析

为了克隆IGFBP-5基因的CDS序列及其生物信息学分析,试验以凉山半细毛羊为研究对象,采用RT-PCR方法克隆了IGFBP-5基因的CDS全序列,并用生物信息学方法深入分析其序列。结果表明:IGFBP-5基因的CDS序列为816 bp,编码271个氨基酸,与牛、人、鼠的CDS同源性分别为97%、94%、89%,氨基酸序列同源性分别为98%、98%、95%,Gen Bank登录号为EU727460.1;IGFBP-5基因的氨基酸分子质量为30.3 ku,理论等电点(p I)为8.56;进化分析显示与牛、山羊等哺乳动物关系较近,与蟾、鱼类等亲缘关系较远;IGFBP-5基因存在明显的疏水性区域和亲水性区域,有1个信号肽、22个磷酸化位点、2个N-糖基化位点和3个O-糖基化位点;二级结构分析显示无规卷曲、α-螺旋和β-折叠区域分别为66.42%、22.51%、11.07%;三级结构分析显示存在IGFBP_N和甲状腺球蛋白-Ⅰ型功能域。     

蒙古羊GDF11基因启动子区克隆及序列分析

为了研究生长分化因子11(growth differentiation factor,GDF11)基因与蒙古羊多脊椎性状间的关系,本研究首先克隆了该基因启动子区序列,并采用相关生物信息学软件对该序列进行了分析。结果得到512 bp的蒙古羊GDF11基因启动子区序列,整个序列碱基构成为A占10.55%,G占16.80%,T占31.84%,C占40.82%,整个序列G+C含量百分比为57.62%。通过在线软件对蒙古羊GDF11基因启动子区生物信息学分析结果表明,该区域未找到符合条件的CpG岛,也未发现TATA box或CAAT box结构,但存在一处潜在的转录起始位点和HSF2、HSF2、GATA-1、AML-1a和MZF1 5个潜在转录因子,并且具有5种基序结构:EGF_1、CTCK_1、ANAPHYLATOXIN_1、VWFC_1和DEFENSIN。本研究结果为进一步揭示该基因对蒙古羊脊椎数的调控机理提供了重要的理论依据。     

Cloning and Sequence Analysis of Lin28 Gene Coding Region from Sheep

The assay was aimed to study the function of Lin28 gene of sheep,in this study,according to the Lin28 gene mRNA sequence of mice,pigs,cattles and human in GenBank,the degenerate primer was designed.Total RNA was extracted by Trizol from intestine of 100 d sheep embro,and CDS sequence of the gene was amplified by RT-PCR using the primer.Using a series of bio-software such as DNAMAN,BioEdit and NCBI BLASTn,PlantsP,ScanProsite online and so on,we analyzed the homologies between nucleotide and deduced amino acid sequences,constructed phylogenetic tree,analyzed protein functional domains and deduced three-dimensional structure of amino acid sequence.The results showed that the sequence of sheep Lin28's CDS including stop codon,was in a length of 630 bp,encoded 209 amino acids.Analysis of homology showed that sheep Lin28 gene also shared 53.8%,55.2%,70.2%,88.3%,88.7%,89.2%,89.5%,90.5%,95.9% and 98.9% nucleotide homologies and 76.5%,67.9%,93.2%,99.3%,97.7%,99.3%,99.3%,98.5%,99.3% and 100.0% amino acid identities with Xenopus laevis,Danio rerio,Gallus gallus,Bos taurus,Equus caballus,Felis catus,Sus scrofa,Homo sapiens,Rattus norvegicus and Mus musculus,respectively.Two zinc finger domains and one cold shock domain could be found by bioinformatics analyzing.The successful cloning of Lin28 revealed that the gene in the structure and function was very conservative and helpful to study gene function and its role in somatic reprogramming in future.     

蒙古绵羊Brachyury基因的克隆与生物信息学分析

为了对蒙古绵羊Brachyury基因DNA序列进行研究,试验主要利用PCR技术对蒙古绵羊Brachyury基因序列进行扩增并克隆,首次获得了完整的Brachyury 基因序列。利用NCBI网站上的BLAST功能将测序结果同已发表绵羊Brachyury基因序列进行比对,结果显示同源性高达99%,大部分序列完全一致。将该序列与GenBank数据库中登录的牛、人、大鼠、小鼠、山羊、猴和蝾螈等10个不同物种的Brachyury分子序列进行了比对分析。结果显示,蒙古绵羊Brachyury氨基酸序列与牛Brachyury氨基酸序列同源性最高,为96.30%;最低的则是来源于蝾螈的Brachyury氨基酸序列,仅为58.45%。遗传进化分析进一步证实蒙古绵羊与牛的Brachyury亲缘关系较近,与其他物种则遗传距离较远。此外,序列分析发现蒙古绵羊Brachyury基因高度保守,仅个别碱基发生突变。研究结果表明,蒙古绵羊Brachyury基因序列与其他脊椎动物的Brachyury基因序列也具有高度的保守性。     

Cloning and Sequence Analysis of Mongolian Sheep Brachyury Gene

In order to study Mongolian sheep Brachyury gene DNA sequence, main purpose of this article by using the method of PCR, DNA sequence of Mongolian sheep Brachyury gene cloning and the complete Brachyury gene sequences were obtained for the first time.The sequencing with NCBI BLAST function on the site, comparing the results with the published sequences of sheep Brachyury homology was as high as 99%.We compared these sequences with ten Brachyury genes of human, mouse and other animals in GenBank database.The results showed that the most sequences were identical.Mongolian sheep Brachyury shared a 96.30% amino acid homology with Bos taurus, the highest degree of homology indicated a close genetic relationship, and the Caudata had the lowest homology 58.45%.It could be further confirmed by phylogenetic analysis.Moreover, the results showed that Mongolian sheep Brachyury gene sequence of amino acids and other vertebrates Brachyury gene sequence of amino acids were highly conservative.The research results showed that Mongolian sheep Brachyury gene sequences and other vertebrates Brachyury gene sequences were highly conservative.     

牛GDF5基因启动子的克隆与序列分析

旨在了解生长分化因子5(GDF5)可能的调控序列。本研究通过基因组比对,扩增了牛GDF5基因5′侧翼区,并通过产物纯化、连接、转化及测序比对,确定了2043bp的启动子序列。同时综合考虑已经证实的人GDF5基因启动子结构及应用启动子在线分析软件,对该序列进行分析。结果发现,牛GDF5基因5′侧翼区没有CpG岛,序列比对发现,牛和人GDF5基因启动子区域同源性为78%;牛GDF5基因启动子没有TATAbox或CAATbox结构,其转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游-359bp位置,其潜在的转录因子有AML-la,Ap-1,AmL-la,CdxA,SRY,CdxA,TATA,AmL-la,GTATA-1,MZF1,CdxA,Nkx-2,CdxA,S8和SRY,其中Ap-1,AmL-la,SRY,Nkx-2,S8和SRY高度保守,与人的序列完全一致;推测发现牛GDF5基因启动子-457至-423bp序列中的GT重复序列可以增强启动子的活性,且最小增强子处于-458和-377bp之间。研究结果推测判定了牛GDF5基因启动子的转录起始位置、转录结合位点、活性序列及最小增强子序列,为以后深入研究GDF5基因在牛软骨细胞中的表达机制提供了理论基础。     

藏绵羊乳腺乳铁蛋白的克隆及序列分析

本研究以四川若尔盖县藏系绵羊为材料,利用RT-PCR方法扩增并克隆了藏绵羊乳铁蛋白(lactoferrin,LF)序列,运用生物信息学软件对其核苷酸序列和编码蛋白质的结构进行预测和分析。结果表明,克隆的LF基因全长2127 bp,共编码708个氨基酸,N端有19个氨基酸组成的信号肽,该蛋白质等电点为8.4,预测分子质量为77.2 ku;半定量RT-PCR分析结果表明,LF在乳腺、气管、淋巴、肝脏、泪腺和脾脏中都有表达,在肺脏中不表达。本试验克隆了藏绵羊LF cDNA全序列,并对LF和乳铁蛋白肽(lfcin,Lfc)核苷酸和蛋白质进行了分析,为进一步研究其生物学活性奠定基础。