都匀茶树种质资源遗传多样性SSR分析及指纹图谱构建

为了解都匀毛尖茶原产地茶树种质资源遗传背景及差异,本试验利用SSR分子标记技术对都匀茶农村11份茶树资源进行了DNA遗传多样性分析。结果表明,15对SSR引物共检测到138个观测等位基因和89.773 2个有效等位基因,平均每对引物扩增9.2个观测等位基因和5.984 9个有效等位基因,Shannon信息指数及多态性信息含量平均值分别为1.975 8和0.810 4,11份茶树资源间遗传距离为0.667 7～3.736 5,说明所有资源的遗传多样性丰富、遗传变异较大。当相似系数为0.30时,11份茶树资源可聚为3个复合聚类。利用5个核心标记获得每份茶树资源的10位数分子指纹编码,构建的分子指纹图谱可快速辨别这些茶树种质资源。     

利用SSR荧光标记构建20个高粱品种指纹图谱

为建立高粱种子纯度及真实性鉴定技术体系,构建高粱栽培品种DNA指纹图谱数据库是必要的。利用SSR荧光标记技术筛选出36对SSR荧光标记引物,构建我国高粱杂种优势利用以来中晚熟区主推的20个品种的SSR指纹图谱。36对SSR引物共扩增出235个等位基因,平均每个等位基因检测到多态性位点7个,多态性位点变化范围为2~12个。20个高粱品种36个SSR位点的遗传多样性指数和多态性信息量的变化范围分别为0.3490~0.8813和0.3144~0.8696,平均值分别为0.6976和0.6571。从36对SSR引物中筛选到多态性丰富的2对引物作为高粱品种鉴定的特征引物,2对SSR特征引物组合可区分所有供试品种。20个高粱品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

不同杨树品种DNA指纹图谱特征研究

为丰富杨树栽培品种的遗传信息,收集了中国北方地区广泛栽培的33个杨树品种,进行指纹图谱构建、系谱关系鉴定和遗传多样性分析。利用SSR技术对33份杨树种质进行指纹图谱构建和系谱关系鉴定。从杨树SSR数据库中选取22对SSR引物,挑选出4对扩增条带清晰、具有多态性且重复性好的引物,对33份杨树种质进行筛选与鉴定,并构建指纹图谱,利用NTEDIT.LINK进行聚类分析,其聚类结果与传统分类学上的结果一致。研究表明,SSR分子标记技术在杨树品种鉴定中具有一定的可靠性,同时为开展杨树资源遗传亲缘关系分析和杂种优势等开发利用提供了重要的参考。     

48个果用银杏品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析

随着银杏果用品种数量逐渐增多,依靠形态学区分已十分困难,构建一个快速有效的分子指纹图谱便显得尤为重要。本研究针对48个主要的银杏果用栽培品种,从本实验室自主开发的SSR引物中筛选出40对重复性高、多态性好的SSR引物对其进行PCR扩增。结果显示,40对SSR引物共扩增出136个等位基因,平均等位基因数为3.4。48个银杏品种的Nei's基因多样性指数(H)为0.467 9,Shannon's指数(Ⅰ)则为0.828 9,遗传多样性水平偏低,且表现出较强的"地域性",这与育种材料和育种手段的单一有着密切关系。最后,仅利用8对多态性高的SSR引物组合就成功构建了能区分48个银杏品种的指纹图谱,将为银杏种质资源的鉴定和遗传利用提供高效技术手段。     

东北地区水稻区试新品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义.本研究从500对SSR引物中筛选出10对核心引物,用于构建东北地区近两年区域试验品种的DNA指纹图谱.遗传多样性分析结果显示,在100对多态性位点上只检测到300个等位基因,平均每个位点的等位基因数是仅为3个,平均PIC值为0.3753,平均Shannon-Weiner多样性指数为0.6445,明显低于国内其它稻区水平.因此,认为东北地区当前的种质资源遗传多样性相对狭窄.     

基于SSR标记的雪茄烟种质资源指纹图谱库的构建及遗传多样性分析

为从分子水平研究我国雪茄烟种质资源的遗传多样性差异并建立雪茄烟品种的DNA指纹图谱数据库,本研究利用43对多态性好的SSR引物对220份雪茄烟种质进行遗传多样性分析,筛选出14对核心引物对雪茄烟种质进行指纹图谱的构建。结果表明,43对SSR引物在220份雪茄烟种质材料中共扩增出243个等位基因,平均每个标记5.65个,变幅为2～13,每个位点的多态性信息量(polymorphism information content,PIC)变化为0.2078～0.9087,平均为0.6360。有效等位基因数(number of effective alleles, Ne)范围为1.3081～11.7876,平均有效等位基因数为3.9077;观测杂合度(observed heterozygosity, H_o)变化范围为0.0828～0.7639,平均为0.3191;预期杂合度(expected heterozygosity,He)的变化范围为0.2361～0.9172,平均为0.6809;种群平均Shannon遗传多样性指数(Shannon genetic diversity...     

基于SSR标记的新疆塔里木河流域柽柳指纹图谱构建及遗传多样性分析

柽柳是干旱区的重要资源树种,受环境和基因型的影响,存在遗传多样性,其遗传多样性是生物多样性保护和生态建设的基础。了解新疆塔里木河流域柽柳种质资源的遗传背景,构建分子遗传图谱,为新疆塔河柽柳种质资源的保存、鉴定和利用提供理论依据。选用SSR分子标记技术对10份分布于新疆塔河流域上、中、下游的柽柳种质资源进行遗传多样性分析,并构建每份种质的指纹图谱。最终9对多态性较好的引物共检测到39个位点,其中多态性位点为31个,多态性比率为79.49%;PIC(多态信息含量)变幅为0.095 0~0.800 0,平均值为0.466 1。在获得SSR标记数据基础上构建UPGMA聚类分析图,标明10份柽柳种质在遗传距离为0.65时可划分为4类:其中编号为1,6,9的种质属于第Ⅰ类;编号为5,7的种质属于第Ⅱ类;编号为2,3,4,8的种质属于第Ⅲ类;编号为10的种质属于第Ⅴ类。利用其中的1个引物能够将10份柽柳种质区分开来,构建每份种质的指纹图谱。新疆塔河流域柽柳种质资源存在着丰富的遗传多样性,遗传背景较复杂,获得的每份种质资源的遗传指纹图谱为资源的鉴定提供了很好的遗传背景。     

利用SSR分子标记构建‘太湖糯’、‘苏御糯’及部分优质糯稻的DNA指纹图谱

为了探明国内部分优质糯稻资源的遗传背景,从分子水平揭示其遗传多样性,同时为优质糯稻资源的种质鉴定和创新利用提供理论依据,以太湖稻区地产优质糯稻太湖糯、苏御糯和国内其他地区部分糯稻共14个品种为研究材料,利用SSR分子标记进行了DNA指纹图谱的构建,并进行聚类分析,研究其亲缘关系。结果表明,从35对国标中公布的水稻SSR引物中筛选出17对核心引物,在这14个糯稻品种中共检测到63个多态性片段。利用这17对核心引物进行聚类分析,发现供试14个品种的遗传相似系数在0.619以上,表明14个糯稻品种具有较丰富的遗传变异;并利用其中6个引物,经PCR扩增获得的23条清晰、稳定、重复性好的多态扩增条带,建立了14个糯稻品种的DNA指纹图谱。     

菠菜种质资源SSR指纹图谱构建和遗传多样性分析

为研究菠菜品种间的亲缘关系,本研究利用PAGE电泳法对33份菠菜种质资源进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,筛选出的27对多态性明显、带型稳定的引物共扩增出109个多态性位点,平均每对引物3.7个。经多态性位点分析,最后仅用7对高多态性引物构建了能够区分33份菠菜种质的指纹图谱,为供试材料的鉴别提供参考。聚类分析显示,遗传相似系数变幅为0.58 0.96,在遗传相似系数0.68处可以将所有供试材料分为六类,且分类结果与地理来源相近。此研究结果说明33份菠菜种质具有丰富的遗传多样性,可为菠菜品种选育提供理论依据。     

青萝卜种质遗传多样性分析与指纹图谱构建

采用SSR分子标记对青萝卜种质资源进行遗传多样性分析和指纹图谱构建能够为其合理保护和高效利用提供重要技术手段。本研究采用100对萝卜SSR引物对38份青萝卜种质进行PCR扩增,筛选出12对条带清晰、重复性好、多态性高的引物,平均每对引物扩增出来的条带数目为2.25条,多态性条带的比率为100%。使用Popgene 1.32软件计算出38份青萝卜种质的平均有效等位基因数(Ne)为1.642 7,Nei’s基因多样性指数(H)平均值为0.372 1,Shannon信息指数平均值(I)为0.550 2,结果表明这些青萝卜种质资源具有较丰富的遗传多样性。采用NTSYS 2.10e软件计算出38份青萝卜种质的遗传相似系数范围为0.240～0.963,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数为0.61处,可将38份青萝卜种质分为三大类。利用12对引物为38份青萝卜种质构建的DNA指纹图谱具有唯一性,能够有效区分每份种质。该研究可为青萝卜的种质资源鉴定、杂交种选育等提供理论依据。     

基于SSR标记的黄精品种(系)DNA指纹图谱库构建

为了开展药用黄精种质资源的分子标记育种工作,实现对黄精品种及优良种质的快速精准鉴定。本研究采用12对引物对32个野生黄精种质材料进行SSR多态位点分析,之后计算相似系数并进行聚类分析,然后构建DNA指纹图谱及其QR编码。结果表明:12对引物共扩增出127条条带,其中多样性条带125条,多态率为98.43%,每对核心引物检测到的多样性条带数为3~17条,平均每对为10.42条,PIC(多样性信息含量)平均为0.46。其中等位基因数为1.984 3,有效等位基因数为1.527 8,Nei's基因多样性为0.314 9,Shannon's指数为0.478 8。SSR聚类结果很好的反映供试黄精材料的亲缘关系,所构建的DNA指纹图谱能对所有的种质材料进行高效区分。QR编码高效、方便的录入大量信息,有利于黄精品种及优良种质的鉴定工作。该体系的建立为黄精种质资源遗传多样性分析及品种保护、优良品种选育、优良种质鉴定提供依据。     

华南型黄瓜种质遗传多样性的SSR分析

为探究华南型黄瓜种质的遗传多样性及亲缘关系,以48份黄瓜自交系为试材,利用37对SSR引物对其进行遗传聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:11对多态性SSR引物共在40个位点扩增出条带,平均每个引物扩增位点3.64个;多态性位点36个,引物多态性达90%。48份黄瓜材料的遗传相似系数(GS)介于0.375~1.000之间,平均值为0.720。采用UPGMA法进行聚类分析,在GS 0.726处,可将48份黄瓜材料聚为4类,各类群分别包含14、25、3和6份种质,其农艺性状差异主要表现在第1分枝节位、下胚轴长、子叶色、第1雌花节位、瓜长、单瓜重及瓜皮色、斑纹和棱刺等外观特征上。通过指纹图谱构建,可以对38份黄瓜材料进行鉴别。研究表明华南型黄瓜种质具有丰富的遗传多样性,可用于黄瓜遗传改良和品种选育。     

基于SSR标记的川西南泡核桃良种DNA指纹图谱构建及聚类分析

以川西南11个泡核桃优良品种资源为材料,利用SSR荧光标记技术进行了DNA指纹图谱构建和遗传关系分析。11对SSR荧光引物在11个泡核桃品种中共检测到59个等位基因,每个SSR位点有3~8个等位基因,平均为5.364个,有较好的多态性。期望杂合度(He)、香农信息指数(I)和多态信息含量(PIC)、变幅分别为0.579~0.851、0.993~1.972和0.490~0.833;均值分别为0.692、1.379和0.642。筛选出4对SSR引物wga004、wga032、wga070、zmz05为核心引物构建了各品种的指纹图谱。聚类分析中,11个泡核桃品种间遗传相似系数在0.525~0.932之间。说明11个泡核桃品种间遗传多样性较丰富,亲缘关系与选育的地理来源存在一定的相关性,地域上基因交流广泛,遗传背景复杂。     

苹果栽培品种的微卫星标记鉴定

利用SSR标记技术,根据11对引物的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱分析了20个主要苹果栽培品种的遗传多样性。共扩增出163个位点,其中多态性位点74个,每对引物的多态位点百分率在33.33－63.16%之间。利用NTSYSpc2.1软件进行相似性系数计算,并构建聚类树状图,可将供试苹果品种分为四大类,与传统系谱分类基本一致,并初步建立了一个供试苹果品种的SSR基因型图谱库,为建立中国苹果品种的SSR基因型数据库奠定了基础。说明SSR分子标记技术应用于苹果品种鉴定和品种权保护是可行的。     

向日葵品种SSR荧光指纹图谱的构建及遗传关系分析

本研究以2001年至2015年间审定的16个向日葵主要品种为材料,利用22对SSR荧光标记结合毛细管电泳检测法进行了DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析。22对SSR引物共检测出48个多态性片段,大小在100~341 bp之间。每个SSR位点变异范围为2~4个等位基因,平均检测到多态性位点2.18个。多态性信息指数的变化幅度为0.706~0.924,平均值为0.887。对48个等位基因片段大小进行数据记录,建立了各品种特定的SSR指纹图谱。其中的一个引物组合ORS338/ORS229/ORS230/ORS959/ORS316可区分所有的供试材料,为品种鉴别提供依据。聚类分析中,16个向日葵品种的遗传相似系数在0.500 0~0.958 3之间,平均为0.668 1,表明这16个向日葵品种的遗传多样性不够丰富。此工作的开展满足了目前日益增长的品种鉴定的需要,为今后采用SSR荧光标记检测技术进行向日葵品种资源的指纹图谱构建及遗传关系分析提供了依据。     

非洲水稻种质资源SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

本研究利用均匀分布于水稻12条染色体上的36对SSR引物,以57份来自非洲和5份国内生产上的骨干品种为试验材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:36对引物在供试材料中都具有多态性片段,共检测到192个等位基因,平均每位点5.3个等位基因;每个标记的多态性信息含量(PIC)为0.181~0.823,平均值为0.570,从中筛选出在供试材料中多态性好、扩增稳定、杂带少且PIC比较高的18个引物为核心标记构建指纹图谱。采用非加权类平均法进行聚类分析,结果显示:62个品种在相似系数0.66处分为籼、粳两亚种类群;聚类树形图也能比较好地划分品种的地理来源。以等位位点的纯合性为指标,54个品种具有稳定的遗传基础。研究结果有助于优异水稻资源的创新利用,辅助杂交育种中的亲本选配,扩大栽培稻遗传基础进而提高产量、改良品质和抗性。     

甜菜品种SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

筛选出20对多态性高、带型清晰、重复性好的SSR标记引物对供试甜菜品种进行PCR扩增,根据扩增产物构建SSR指纹图谱,并分析其遗传多样性。结果显示,共检测出112个等位基因,平均每对引物5.6个,利用获得的等位基因计算遗传距离,107个品种的遗传距离变化范围在0.065~0.467之间,平均遗传距离0.298。Shannon’s多样性指数变异范围0.78~2.90;PIC值介于0.08~0.83;Nei’s指数介于0.39~1.87。利用类平均法（UPGMA）进行聚类分析,可将107个甜菜品种分为2个类群。类群Ⅰ29个品种,类群Ⅱ78个品种。类群Ⅰ和Ⅱ又可分为多个亚群。结果表明,每个甜菜品种有区别于其他品种唯一的数字指纹,说明用于试验的20对SSR标记适用于甜菜品种真实性的鉴定,同时甜菜品种指纹图谱库的构建也为甜菜品种鉴定提供技术基础。     

基于EST-SSR标记的湖北茶树种质资源遗传多样性分析

利用EST-SSR标记对76份湖北茶树种质资源遗传多样性和指纹图谱进行了研究。60对引物76份资源共检测到等位基因207个,平均每对引物产生3.45个;共检测到472个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有7.87个,遗传多态性信息含量为0.02~0.84,平均0.44,表明SSR标记具有较高的多态性,以及湖北省茶树种质资源多态性属于中度偏高。     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41 份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65 对SRAP引物和10 对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31 对SRAP引物和5 对SSR引物,对41 份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2 种PCR扩增共获230 条扩增条带,其中SRAP检测到196 条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3 条,多态性 片段为161 条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34 条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8 条,多肽性片段为25 条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP 和SSR 标记的结果,利用UPGMA 构建了41 份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674 以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41 份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。     

以SRAP和EST-SSR标记分析芝麻种质资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR分子标记对192份国内外芝麻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,2种标记都能很好地揭示品种间遗传关系;在31对SRAP引物组合扩增的270个等位基因中多态性占62.08%,平均每对引物可以检测5.45个;25对SSR引物扩增的136个等位基因中56.28%呈多态性,平均每对检测引物产生3.04个。UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.70时,192份材料可被分为3个类群;阈值为0.75时类群Ⅰ又可分为6组,表明芝麻品种遗传多样性比较丰富。我国南部地区芝麻品种遗传多样性(多样性指数H_i=2.572)较中部(H_i=2.117)和北部地区 (H_i=2.114)丰富。分析结果将有助于更好地保护和利用芝麻种质资源,并为育种工作提供依据。