缢蛏致病菌气单胞菌的分子生物学鉴定

从患病缢蛏（Sinvnovacula constricta）中分离到一株病原菌,暂命名为12#菌。对该菌株的16S rDNA的全序列进行PCR扩增并测序,然后用NCBIBLAST对测序结果进行比对。16S rDNA序列分析表明：12#菌与多株气单胞菌的16S rDNA的同源性均在95%以上。在细菌系统分类学中应归属于气单胞菌属。从构建的系统发育树中可以看出：12#菌与点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）共同构成一个分支,且该菌株与点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）的16S rDNA同源性达到99%以上,由此可以初步认为该菌为点状产气单胞菌（Aeromonas punctata）。     

兰花枯萎病拮抗细菌的筛选与鉴定

为筛选对兰花枯萎病病原菌尖孢镰刀菌具有拮抗作用的芽孢细菌,从各地采集的土样中分离获得的237株芽孢杆菌进行初筛、复筛,最终从衡水饶阳县棉田的土样中筛选出的芽孢杆菌3A3-15,对病原菌有较强的抑菌活性,且抑菌谱广。结合形态学观察、生理生化试验,根据16S rDNA序列相似性分析,此菌株与Bacillus velezensis标准菌株CR-502的16S rDNA序列相似度达99.92%,因此,鉴定拮抗菌株3A3-15为Bacillus velezensis。     

缢蛏致病菌气单胞茵的分子生物学鉴定

从患病缢蛏(Sinvnovacula constricta)中分离到一株病原菌,暂命名为12#菌.对该株的16SrDNA的全序列进行PCR扩增并测序,然后用NCBIBLAST对测序结果进行比对.16S rDNA序列分析表明:12#菌与多株气单胞茵的16S rDNA的同源性均在95%vx以上.在细菌系统分类学中应归属于气单胞茵属.从构建的系统发育树中可以看出:12#茵与点状产气单胞茵(Aeromonas punctata)共同构成一个分支,且该菌株与点状产气单胞菌(Aeromonas punctata)的16S rDNA同源性达到99%以上,由此可以初步认为该菌为点状产气单胞茵(Aeromonas punctata).     

番茄灰霉病菌拮抗细菌B21的鉴定

对分离于叶片表面能较强抑制番茄灰霉病菌生长的拮抗细菌B21菌株进行了鉴定。通过形态特征、生理生化特征观察,利用PCR技术对菌株B21 16S rDNA序列作全序列分析,序列结果在GeneBank中进行Blast同源序列检索,再用DNAStar软件与Bacillus属的其它种进行同源性分析,结果显示B21与已报道的B. subtilis 16S rDNA序列（登陆号AY172513）有99.93%的相似性,且两者在系统发育树中处于同一个分支。确定B21为枯草芽孢杆菌（B. subtilis）的一个菌株。     

龙眼采后腐烂相关细菌与真菌的分离与鉴定

采用稀释涂布平板法,从龙眼腐烂果实中分离细菌和真菌,并结合菌落形态观察以及16S rDNA和ITS序列分析对所分离的细菌和真菌进行鉴定。结果表明,采用稀释涂布平板法,从龙眼腐烂果实中分离得到11株细菌和7株真菌。菌落形态观察以及16S rDNA和ITS序列分析结果表明,所分离的细菌主要鉴定为奥斯陆莫拉菌、短小芽胞杆菌、柠檬明串珠菌、肠膜状明串珠菌和东方醋酸菌。所分离的真菌主要鉴定为淡色生赤壳菌、葡萄座腔菌科真菌、间座壳菌、疖葡萄座腔菌和木贼镰孢菌。从龙眼腐烂果实中分离到的细菌和真菌目前在龙眼采后病害中未见相关报道,对于其致病性检测还有待于进一步的回接验证,以明确导致采后龙眼果实腐烂的主导微生物。     

非培养方法解析烟草根部内生细菌的群落结构

为了解烟草根部内生细菌多样性,采用改进的CTAB法提取烟草根部总DNA,利用细菌16 S rDNA基因通用引物对烟草根总DNA进行16 S rDNA扩增,构建烟草根部内生细菌16 S rDNA克隆文库;挑取具有不同酶切谱型的克隆进行测序、比对并构建16 S rDNA基因系统发育树。构建的烟草根部内生细菌16 S rDNA克隆文库中,155个克隆分属于36个不同的分类单元,Blast结果表明,大部分克隆与已知细菌的16 S rDNA序列相似性较高,分别属于变形菌门(Proteobacteria)的Alpha、Gamma、Beta亚群,放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),厚壁菌门(Fir-micutes)中的肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养食单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜甲基菌属(Methylobacillus)、食酸菌属(Acidovorax)、芽孢杆菌属(Bacillus)等16个属,其中13.5%的克隆序列与非可培养细菌(Uncultured bacteria)的相似性在93%～99%之间,假单胞菌属细菌是烟草根部内生细菌的优势种群。这些研究结果说明烟草根部存在较为丰富的内生细菌系统发育多样性,并且潜藏着未知的内生细菌资源。     

应用PCR-DGGE技术分析福寿螺胃肠道菌群

为了探究福寿螺消化纤维素的生理机制,本研究采用PCR-DGGE技术分析了福寿螺胃肠内容物的菌群结构。无菌条件下采集福寿螺胃、肠内容物,提取细菌总DNA;以通用引物扩增细菌16S rDNA V3区;DGGE电泳,回收、克隆、测定DGGE优势条带。结果表明,雌雄福寿螺胃肠菌群结构相同,均为22种细菌;10个明显条带的序列分别与气单胞菌属（Aeromonas sp）、希瓦氏菌属（Shewanella sp）、粘质沙雷菌（Serratia marcescens）、肠杆菌属（Enterobacter）、铁单胞菌属（Ferrimonas sp）和5个不可培养的细菌的16S rDNA V3区序列高度相似。分离到2株细菌,其中1株为腐败希瓦氏菌。     

青麦仁冻藏期内菌相分析及优势菌的分离鉴定

为了对青麦仁冻藏期间微生物进行控制,本研究利用选择性培养基对冻藏期间青麦仁的菌相进行分析,应用形态学观察、生理生化鉴定和16S rDNA序列分析法鉴定速冻青麦仁的优势菌株,探讨青麦仁冻藏期内菌相构成及优势微生物种类。结果表明,青麦仁冻藏期内细菌总数为3.76 lg(CFU/g),经分离纯化后得到特异性细菌菌株28株、真菌3株,菌落基本形态观察及菌落总数计数得到速冻青麦仁中优势菌群3株,经生理生化鉴定及16S rDNA序列测定可知速冻青麦仁中的3株优势菌分别为:QX-1鞘氨醇单胞菌属、QX-4微杆菌属和QX-26不动杆菌属。     

芽孢杆菌E-1的鉴定及其抑菌活性

从云南昆明市郊不同地点紫茎泽兰根际分离细菌,经平板对峙培养筛选出一株抑菌能力较强的菌株,命名为E-1。通过菌株的培养性状、常规生理生化特性和16S rDNA序列测定及其系统发育学分析,鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。该菌株的16S rDNA序列已在GenBank中注册,登录号为JN648100。对E-1与供试的5株植物病原细菌和5株病原真菌进行对峙试验。结果显示：E-1对土传病原细菌和真菌都有不同程度的拮抗作用,是较好开发潜能的生防菌株。     

南京市春季不同功能区大气微生物群落结构及多样性分析

研究旨在明确南京市不同功能区大气降尘中的微生物多样性分布规律,为控制某些空气传播的微生物病原菌提供理论依据。采用3种空气采样方法对比,通过PCR扩增、基因克隆、RFLP和序列分析对南京市3个不同功能区(NAU, NBG, XWG)的空气降尘进行细菌16S rDNA及真菌18S rDNA分析。结果显示,芽孢杆菌属(Bacillus),假单孢菌属(Pseudomona)及微球菌属(Micrococcus)在南京春季空气细菌中占比较大;而青霉属(Penicillium)、曲霉属(Aspergillus)、链格菌属(Alternaria)及挫孔菌属(Sistotrema)是真菌优势菌属。同时,空气微生物中也存在粘质沙雷氏菌等条件致病菌。该试验确定了春季南京市不同功能区细菌真菌丰度及多样性分布规律,为江苏省乃至全国对空气质量的监测及对大气微生物的研究提供了可行性方法。     

辣椒内生固氮菌的分离鉴定与多样性分析

通过分离湖南省不同地区辣椒的内生固氮菌,探索其多样性,为内生固氮菌资源应用于现实生产提供理论依据。利用改良无氮培养基对辣椒的根、茎、叶中内生固氮菌进行分离和纯化,并进行菌落计数比较其菌群密度,再对分离出的菌株进行16S rDNA序列扩增,分析其多样性,最后通过乙炔还原法结合气相色谱法测其固氮酶活性。结果筛选到内生固氮细菌30株,经16S rDNA序列刚定和分析,结果显示土壤杆菌属(Agrobacteriumsp.)、根瘤菌属(Rhizobium sp.)、泛菌属(Pantoeasp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)相对频率较高,是辣椒内生固氮菌的优势种。经乙炔还原法测定固氮酶活性表明,该30株菌株均具有较弱固氮酶活性,范围为4~183nmol/(mL.h),且不同地区同种菌的固氮酶活性存在一定差异。     

番茄内生细菌对番茄溃疡病菌拮抗作用的研究

为了筛选出对番茄溃疡病菌有拮抗作用的内生细菌,从健康番茄茎样本中分离得到186株内生细菌.用抑菌圈法测定,其中9株内生细菌对番茄溃疡病菌有拮抗作用.通过形态特征观察、生理生化特性测定和16 S rDNA序列分析,对拮抗作用较强的7个菌株进行了鉴定.结果表明,BM-31、BT-10、BT-9、BT-7、BT-3为微杆菌(Microbacterium spp.),QB-22和QB-8为假单胞菌(Pseudomonas spp.).     

6株副猪嗜血杆菌的分离鉴定及16S rRNA序列分析

对福建省一些猪场临诊疑似副猪嗜血杆菌感染的病例的病例进行细菌分离鉴定,PCR扩增分离菌株的16S rRNA并进行测序分析,对分离菌进行细菌形态和PCR鉴定及序列分析。结果显示,获得6株副猪嗜血杆菌分离株,该6株分离株之间的同源性在99%以上,而与国内外参考菌株序列之间的同源性在84.5%-99.2%。发育进化树分析结果表明,分离菌株与血清4型和5型的关系较近,与其他血清型关系较远。     

生姜中抗黑曲霉活性内生细菌的筛选与鉴定

为了找到一株具有安全、高防霉性特点的内生菌,以解决高水分粮食储藏时使用化学防霉剂的安全、成本问题。试验使用70%乙醇、10%次氯酸钠、5%石碳酸对生姜进行表面灭菌,使用研磨液梯度稀释结合平板划线法从生姜中分离到13株内生细菌。通过菌体对峙试验得到1株对黑曲霉具有明显抑制作用的内生细菌JT716。结合形态学特征、生理生化试验以及16S rDNA同源性分析鉴定该菌为荧光假单胞菌。     

一株层出镰刀菌拮抗细菌YM-8的筛选与鉴定

为寻找玉米鞘腐病的生物防治资源,采用平板对峙法,从玉米田土壤中分离筛选到一株对层出镰刀菌具有拮抗作用的细菌菌株YM-8,该菌株对禾谷镰刀菌、新月弯孢菌、串珠镰刀菌、灰霉病菌等均有不同程度的抑制作用。通过形态学、生理生化特征及16S rDNA、gyrA、gyrB序列分析,YM-8菌株鉴定为解淀粉芽孢杆菌。     

烟草黑胫病拮抗细菌复合菌株的筛选与防治效果评价

从烟草根际土壤中筛选对烟草黑胫病菌(Phytophthora parasitica var. nicotianae)具有拮抗作用的细菌,并对拮抗菌株进行复配筛选,以期为烟草黑胫病的生物防治提供高效生防资源。从贵州省毕节市、四川省泸州市种植烟草的田地采集根际土壤样品,平板稀释法分离土壤细菌,平板对峙试验筛选对烟草黑胫病菌有拮抗作用的菌株,相容性试验测定亲和性较好的菌株组合,对获得的菌株和复配菌株进行进一步盆栽和大田试验,测定其对黑胫病的防治效果,并对拮抗效果较好的菌株进行16S rDNA鉴定。在采集到的17份土壤样品中共分离到247株细菌,初筛获得19株对烟草黑胫病菌有拮抗作用的菌株,相容性测定筛选出6株亲和性较好的拮抗细菌B3和B64、B41和B57以及L7和L47。进一步的抑菌、盆栽和大田试验表明以复配菌株B41B57和L7L47抑菌效果最佳,盆栽试验防治效果分别达到75.72%和77.95%,大田试验中防治效果分别达67.99%和71.40%,且复配菌株抑菌效果高于单一菌株。16S rDNA序列分析鉴定拮抗细菌B41为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),L7、L47为解淀粉芽孢杆菌(B. amyloliquefaciens),B57为恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)。复配菌株B41B57和L7L47对烟草黑胫病具有良好的防治效果,可作为烟草黑胫病生物防治的有效生防资源。     

大丽轮枝菌拮抗细菌菌株12-51的筛选鉴定与抗菌物性质分析

由大丽轮枝菌（Verticillium dahliae Kleb）引起的棉花黄萎病,是一种危害严重的世界性病害。通过初筛和复筛得到了对棉花黄萎病具有较高拮抗活性的细菌菌株12-51,通过对其进行形态鉴定、生理生化特征鉴定和16S rDNA全序列分析,最终鉴定此菌株为Bacillus velezensis,16S rDNA序列相似度达99.74%。采用有机溶剂萃取和盐析法对发酵产物进行了提取,初步断定拮抗物质为蛋白类。通过对粗蛋白进行进一步研究发现,60%组分活性较高,并且对热以及酸碱敏感性较小。试验结果为棉花黄萎病的生物防治奠定了基础。     

黄瓜灰霉病产芽孢拮抗细菌的分离筛选与L-72菌株的鉴定

以灰葡萄孢菌为指示菌,采用平板对峙法(改良的琼脂平板扩散法),从土壤中分离筛选出产芽孢拮抗菌株7株.采用液体发酵法对初筛菌株进行了复筛,得到1株具有较高拮抗活性的菌株L-72,对该菌株进行了形态观察和生理生化特征分析,鉴定为Bacillus属.用PCR法扩增其16S rDNA,测定全序列(1 432 bp),与GeneBank中已知菌的16S rDNA序列对比,并用Neighbor-joining方法构建L-72菌株进化树,结果表明,L-72菌株与9种模式菌株相似度均低于97%.因此,确定L-72菌株是与芽孢杆菌(Bacillus velezensis)、解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)亲缘关系最近的Bacillus属中的一个新种.     

拮抗放线菌111A202的种类鉴定及其16S rDNA序列分析

对分离自新疆棉花地土壤的一株拮抗放线菌菌株111A202进行了形态特征、培养特征、生理生化特征、细胞壁组分分析及16S rDNA序列分析。结果表明该菌基内菌丝无横隔、不断裂, 气生菌丝分枝、孢子丝波曲,孢子椭圆形,表面光滑。细胞壁化学组分Ⅰ型。以16S rDNA序列为基础构建了包括7株相关种属菌在内的系统发育树, 111A202与变铅青链霉菌(Streptomyces lividans)、微白黄链霉菌(S. albidoflavus)的16S rDNA序列的相似性达到99.5%和99.6%。根据以上多相分类结果,放线菌111A202的形态培养特征及其细胞组分与链霉菌一致,且与微白黄链霉菌近似性很高,因此,可以将放线菌111A202定名为微白黄链霉菌111A202(S. albidoflavus 111A202)。     

半刺厚唇鱼源维氏气单胞菌的分离鉴定

对典型症状为皮肤溃烂、体表出血、肝脏肿大的养殖半刺厚唇鱼(Acrossocheilus hemispinus)进行细菌的分离、鉴定和药物敏感性研究。从患病半刺厚唇鱼肝组织分离纯化细菌,并肌肉注射回归感染健康半刺厚唇鱼。PCR扩增获得分离菌株16S rDNA序列和gyrB基因全长序列,并开展分离菌株生理生化鉴定,毒力基因检测以及药物敏感性实验。分离菌株编号为AS0829L1,人工回归感染实验结果表明菌液浓度5×10¹⁰、5×10⁹、5×10⁸CFU/mL可分别导致健康半刺厚唇鱼100%、100%和28.6%的死亡率,BLAST显示其16S rDNA序列和gyrB基因与维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)的相应序列高度同源,同源性分别高达99.93%和99.34%。综合分子生物学、生理生化特征、毒力基因检测结果证明分离菌株AS0829L1为维氏气单胞菌温和生物型(A.veronii bv.sobria)。药物敏感性实验显示,分离菌株对头孢曲松、头孢派酮、庆大霉素、新霉素、恩诺沙星、氧氟沙星等20种药物高度敏感,...