桑粉虱种特异性引物筛选

【目的】桑粉虱Pealius mori(Takahashi)与其他种类粉虱形态相似,识别困难。设计、筛选桑粉虱种特异性引物,为桑粉虱检测和鉴定提供理论依据。【方法】DNAMAN软件比较与桑粉虱同源性较高的国内外具有代表性的7种粉虱线粒体COⅠ基因序列,应用Primer 5.0软件设计5对桑粉虱COⅠ基因特异性引物。将各对引物与不同种类粉虱成虫基因组DNA模板进行PCR扩增,检测目的条带,筛选桑粉虱种的特异性引物。以桑粉虱的卵和幼虫基因组DNA为模板,验证所筛选出的桑粉虱种特异性引物的灵敏性。【结果】2对桑粉虱种特异性引物sfs1-1/sfs1-2、sfs5-1/sfs5-2对桑粉虱单头成虫基因组DNA的PCR扩增产物分别为450、300 bp,而对烟粉虱B型、温室白粉虱无扩增效果。2对引物对桑粉虱DNA模板浓度最低检测值分别为0.15 pg/μl、0.15 ng/μl。引物sfs1-1/sfs1-2灵敏性较引物sfs5-1/sfs5-2高1000倍。2对引物对桑粉虱成虫、幼虫及卵粒的线粒体COⅠ基因皆具较好扩增能力。【结论】引物sfs1-1/sfs1-2、sfs5-1/sfs5具桑粉虱种的特异性,引物sfs1-1/sfs1-2为桑粉虱检测、鉴定的首选引物。     

绵羊Y染色体特异性引物及SNPs的筛选

【目的】哺乳动物Y染色体雄性特异区在减数分裂过程中不与X染色体发生重组,遵循严格的父系遗传,是研究父系遗传多样性的重要遗传资源;此外绝大多数Y染色体基因主要或者特异性的在睾丸组织中表达,并在精子发生和雄性繁殖力方面扮演着至关重要的作用。由于Y染色体测序极其困难,造成很多物种Y染色体序列很少。因此本文基于目前现有牛科动物Y染色体引物信息,旨在鉴定绵羊Y染色体特异性引物,比较绵羊Y染色体基因片段与岩羊、牛、山羊和牦牛Y染色体的差异,同时筛选不同绵羊品种在Y染色体基因片段内的SNPs,将找到的Y-SNPs和绵羊的睾丸大小进行相关性分析,为鉴定绵羊Y染色体基因片段奠定基础,并为今后绵羊Y染色体单倍型的构建、绵羊胚胎性别早期鉴定和公绵羊繁殖力相关分子标记的筛选提供科学依据。【方法】根据目前文献公布的29对牛科动物Y染色体特异性引物序列,以母绵羊和水分别作阴性和空白对照,以公绵羊DNA为模板验证引物的雄性特异性;确定绵羊Y染色体特异引物后,利用DNA混合池测序结合限制性长度片段多态性等技术在萨福克羊(n=146)、白萨福克羊(n=91)、东弗里升羊(n=6)、特克塞尔羊(n=72)、南非肉用美利奴羊(n=17)、杜泊羊(n=32)、湖羊(n=55)、藏羊(n=34)、滩羊(n=43)和岩羊(n=14)公羊群体中进行Y-SNPs扫描。用Chromas和DNASTAR等软件分析混合池测序的结果,利用DNAman软件将绵羊Y染色体基因片段与牦牛、山羊、黄牛和岩羊进行同源性分析。同时,测量萨福克羊、白萨福克羊、东弗里升羊、特克塞尔羊、南非肉用美利奴羊、杜泊羊周岁的阴囊围,利用SPSS19.0软件分析SNPs位点与公羊阴囊围的相关性。【结果】在分析的29对引物中,6对引物为绵羊Y染色体特异性引物,分别能扩增出ZFY3、SRY6、USP9Y、UTY、SRY11和ZFY6片段。17对引物未能出现扩增条带,6对引物在母羊DNA中出现扩增条带。通过比对发现绵羊6个基因片段与岩羊、牛、山羊、牦牛的同源性在81.51%—98.84%。此外,首次在萨福克和白萨福克羊群体的SRY11片段中鉴定得到一个GA的突变,通过Hpy188I酶切分析发现在萨福克羊、白萨福克羊中有2种基因型(AA、GG),在其他7个绵羊品种中只有GG基因型。在白萨福克羊群体中,GG基因型的频率为0.747,AA基因型的频率为0.253;在萨福克羊群体中GG基因型的频率为0.986,AA基因型的频率为0.014;说明在萨福克羊和白萨福克羊群体中,GG基因型为优势基因型。关联分析显示在白萨福克羊群体中,GG基因型个体周岁的阴囊围显著的高于AA基因型(P=0.029)。【结论】鉴定得到6个绵羊Y染色体基因片段,它们与牛、山羊、牦牛和岩羊具有较高的同源性,表明Y染色体基因在进化过程中具有一定的保守性。首次在萨福克和白萨福克羊群体SRY11片段中找到一个Y-SNP(GA),其与白萨福克羊周岁的睾丸大小紧密相关。     

柑桔炭疽菌果胶裂解酶pelB基因特异性引物的筛选

以柑桔炭疽菌为主要研究对象,根据已知的炭疽菌果胶裂解酶pelB基因序列,运用GenBank及Primer Premier 5共设计6对引物,其中编号为PB1/PB2、Cg1A/Cg1b及Cg2a/Cg2b的引物可扩增出pelB基因片段,经同源性分析,全序列与GenBank中登录号为GU478342.1 pelB基因的的同源性高达98%,PB1/PB2、Cg1A/Cg1b对柑桔胶孢炭疽菌果胶裂解酶pelB基因有较高特异性。     

草鱼和鲤RAPD引物筛选及鱼种特异性分子标记

以草鱼和鲤为材料,提取基因组ＤＮＡ,制备ＲＡＰＤ－ＰＣＲ模板,对３个随机引物盒共６０个１０－ｍｅｒ引物进行了ＰＣＲ扩增,共筛选出７个较理想的可用于鱼种内或鱼种间群体遗传分析的随机引物．用这７个引物所获得的草鱼和鲤的ＲＡＰＤ指纹图谱平均带纹总数分别为４．２８±１．８９和６．７１±４．１９,多态性带纹总数分别为１．７１±１．６０和５．１４±４．７４．ＲＡＰＤ指纹图谱特征反映出草鱼比鲤具有更高的遗传纯度．７个引物共扩增出草鱼特异性带纹１８条,鲤特异性带纹３２条．大量特异性带纹的检出表明,两个鱼种间存在较大的遗传差异,同时也为鱼种间基因转移（特别是全基因组ＤＮＡ导入）提供了分子检测的候选遗传标记     

应用SS-PCR技术设计种特异性引物快速鉴定瓜实蝇

[目的]为了促进果蔬进出口贸易和快速通关,防止瓜实蝇[Bactrocera cucurbitae(Coquillett)]进一步传入扩散,迫切需要开展适合实蝇快速鉴定技术的研究。[方法]应用SS-PCR技术,基于mtDNA COⅠ序列,设计了1对能够准确鉴定瓜实蝇的种特异性引物GF85和GR531。选用瓜实蝇作为阳性对照,南瓜实蝇[B.tau(Walker)]、具条实蝇[B.scutellata(Hendel)]等其他19种待测实蝇作为阴性对照,提取供试虫样基因组DNA,并进行PCR扩增和电泳检测。[结果]仅虫样瓜实蝇能在约447 bp位置扩增出一条清晰且单一的条带,其余的虫样未出现条带。[结论]将该试验建立的SS-PCR鉴定方法应用于实际进出境果蔬截获和疫情监测的虫样的鉴定,并得到验证,表明该方法具特异性、稳定性强,可在实际的实蝇鉴定工作中应用。     

应用特异性引物检测中国不同地区旋毛虫DNA

根据 Jean-Dupouy-Camet 报道1.7 kb 基因序列而设计合成的引物,对中国9个地区(哈尔滨海伦猪株、哈尔演五常犬株、黑龙江孙吴猫株、长春犬株、沈阳猪株、河南南阳猪株、湖南十堰猪株、西安猪株、云南大理猪株)的肌组织旋毛虫 DNA 进行了聚合酶链式反应(PCR).扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析,可见中国猪源旋毛虫均扩增出特异性的602bp 和230 bp 大小的 DNA 条带,而中国犬源和猫源以及正常对照肌组织 DNA 均未扩增出特异性片段.本法对中国猪源旋毛虫可检测到0.02条旋毛虫 DNA,具有高度的特异性和敏感性.     

用苹果酸通透酶基因的特异性引物进行酒酒球菌快速鉴定

以Oenococcus oeni苹果酸通透酶基因为目标基因,设计了1对特异性引物PmlepL/PmlepR进行酒酒球菌的快速鉴定研究。结果表明,直接以O.oeni的菌落为模板,通过PmlepL/PmlepR引物的PCR扩增,可得到苹果酸通透酶基因的特异性条带;用此特异性引物进行供试乳酸菌的PCR鉴定,所有O.oeni菌系均得到特异性条带,而供试的其他种类乳酸菌未扩增出目标带。引物PmlepL/PmlepR可用于O.oeni的快速PCR鉴定。     

桂花RAPD分析的引物筛选

从桂花4个品种群(银桂品种群、金桂品种群、丹桂品种群和四季桂品种群)中选取8个桂花样品,用于桂花RAPD分析的引物筛选试验。从Operon公司的OP系统的AB、AC、AD、Y、Z5组共80个10碱基引物中筛选出20个扩增条带多且多态性好的引物,20个引物共扩增116条DNA条带,用100～3000bp的DNAmarker标记片断长度在200～2000bp,多态性条带有72条,多态性位点比率为62.0%。不同引物的扩增带数不同,最多的可扩增出8条DNA条带。     

中国兰ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

[目的]优化中国兰的ISSR-PCR反应体系,并筛选适用于中国兰ISSR分析的候选引物,为ISSR分子标记在中国兰的辅助育种及亲缘关系和遗传多样性分析等提供技术参考.[方法]以6个中国兰品种为材料,采集其叶片样品,分别用研钵法和研磨仪法进行破碎研磨,比较两种方法提取DNA的效果,利用L25(53)正交试验和单因素试验对DNA模板量、引物浓度、2×Taq Master Mix添加量、循环数和退火温度进行优化,建立最佳ISSR-PCR反应体系,并从ISSR分子标记通用引物中筛选适用于中国兰的ISSR分析候选引物.[结果]研磨仪法提取的DNA浓度明显高于研钵研磨法,但二者提取的DNA质量均较好(OD260/OD280为1.7~2.0).对ISSR-PCR反应体系扩增结果的影响程度排序为DNA模板量>引物浓度>2×Taq Master Mix添加量.综合考虑成本和DNA模板量,最佳ISSR-PCR反应体系(20.0μL):DNA模板10.0 ng、引物0.8μmol/L和2×Taq Master Mix 9.0μL.最佳循环数为35,最佳退火温度为49.6℃.基于上述优化结果,从100条引物中共筛选出42条适用于中国兰的ISSR候选引物.[结论]研磨仪法可有效提高中国兰基因组DNA的提取率和质量,且利用优化后的ISSR-PCR反应体系和扩增程序及筛选出的引物,扩增获得的条带清晰、稳定,多样性好,可用于中国兰的遗传多样性和亲缘关系等分析研究.     

筛选普氏原羚粪便DNA中微卫星引物并应用于个体识别

为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物.通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物.结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点.通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71～0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79～0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等住基因数介于3.40～6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析.因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别.发现这39个粪便样品来自35个不同的个体.     

水稻耐盐性SSR标记引物的筛选

[目的]针对两个典型的水稻品种(系)耐盐材料(02-11和津源85)和两个敏感材料(秋田小町和99-28),进行水稻耐盐相关的SSR标记的研究.[方法]选取水稻12条染色体上的565对SSR引物进行亲本间多态性筛选;选择适合的标记引物,并确定PCR扩增的最适退火温度.[结果]在565对引物组合中筛选出68对引物在4个材料间有多态性;明确了主要标记引物的通用退火温度为55℃.[结论]68对可作为该水稻群体耐盐QTL分析的SSR标记引物,为进一步进行水稻耐盐性分子鉴定和耐盐分子辅助育种提供参考.     

华山松SRAP引物的筛选与验证

为筛选华山松SRAP遗传多样性引物,以华山松无性系种子园6个种源的30株优良无性系幼嫩无病害针叶为实验材料,基于SRAP标记技术,选用10条正向引物、10条反向引物,随机组合成100个SRAP引物组合,对华山松DNA进行PCR扩增。结果表明：实验共筛选获得15对多态性较为丰富并且具有可重复性的有效引物;15对引物共扩增出3 767条DNA条带,其中,多态性条带有2 448条,占总条带数的64.99%,平均多态性比率为64.28%。所得15对SRAP引物适合作为华山松遗传多样性分析。     

女贞ISSR分子标记的引物筛选

利用60个ISSR引物,对来自不同地域的12份女贞种质材料进行PCR扩增,筛选出12个多态性丰富、条带清晰且重复性良好的、适合于所有女贞种质材料进行ISSR分析的有效引物。筛选出的12个有效引物对12份女贞种质材料进行ISSR—PCR扩增,均可获得带型丰富和清晰可辨的DNA指纹图谱,共扩增出228条DNA谱带,其中210条为多态性带,占总扩增带数的92．1％,平均每个引物扩增出19条谱带。本试验筛选的12条引物可以有效地应用于女贞种质资源材料的ISSR分析。     

亚麻耐盐碱ISSR标记引物筛选的研究

为选育耐盐碱亚麻品种,探讨亚麻耐盐碱分子辅助育种手段,以亚麻耐盐碱材料7000 ha-1和不耐盐碱材料原05-10为材料,对100条ISSR引物进行了筛选。结果表明：筛选出25条在两个品种间有特异性的引物,为进一步ISSR标记应用于亚麻群体分析奠定基础。     

胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计

[目的]筛选胡桃的EST-SSR分子标记并对其进行引物设计。[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃（Juglans regia Linn.）ESTs序列进行EST-SSR特征分析,利用利用Primer3.0软件对筛选出的EST序列设计引物。[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR,其中无冗余序列188,检出率为3.97%,平均分布距离为21.12kb,包括92种重复基元,其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,分别占总数目的31.40%和35.27%;对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证,初步筛选出30对引物。[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析,有针对性地设计EST-SSR引物,将为胡桃科EST-SSR分子标记的开发奠定基础。     

特异性单引物对猪肉中细菌的鉴别

本研究为了建立一种新的猪肉细菌快速鉴别法,使用特异性引物Tian Primer,应用荧光定量PCR法对从猪肉中分离出的7种未知细菌进行了分析,并和16S rRNA的PCR分析(是细菌的系统分类研究中最常用的分子种,约1.5 kb左右)进行了比较。结果表明,该新特异性单引物PCR法从7种细菌提取的基因组DNA中都得到了各不相同的多重PCR产物,比传统的16S rRNA的PCR分析得到的PCR产物(1465 bp)要丰富的多。因此,这一新特异性单引物PCR法具有比传统的16S rRNA的PCR分析法更精确的细菌鉴别潜力。     

胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计

[目的]筛选胡桃的EST—SSR分子标记并对其进行引物设计。[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃（Jug—lans regia Linn．）ESTs序列进行EST—SSR特征分析,利用Primer3．0软件对筛选出的EST序列设计引物。[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR,其中无冗余序列188,检出率为3．97％,平均分布距离为21．12kb,包括92种重复基元,其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,分别占总数目的31．40％和35．27％;对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证,初步筛选出30对引物。[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析,有针对性地设计EST．SSR引物,将为胡桃科EST—SSR分子标记的开发奠定基础。     

降香黄檀SRAP分子标记的引物筛选

采用改良CTAB法提取降香黄檀基因组DNA,选用4个降香黄檀DNA作模板,对256个SRAP引物组合进行筛选。以条带清晰、多态性丰富为引物筛选原则,最后共筛选出25个组合作为降香黄檀SRAP分子标记的核心引物,为后续SRAP分析提供依据。