蓖麻矮化相关基因RcDof的克隆及分析

为研究Rc Dof基因在蓖麻矮化中的作用及生物学功能,提取蓖麻生长跃变期茎尖中基因组DNA,根据蓖麻中已获得的锌指蛋白基因片段设计引物,采用RACE技术克隆得到该基因,基因完整阅读框全长为924 bp,可编码307个氨基酸,为C2C2型锌指蛋白,预测蛋白质分子量为34.020 9 k Da,等电点为9.23。二级结构预测表明α螺旋占1.63%,β折叠占1.30%,其他无规则卷曲占97.07%,为外释放蛋白。亚细胞定位于细胞核中,对Rc Dof基因的生物信息学分析为进一步研究其在蓖麻矮化过程中的作用机制和功能特征提供理论依据。     

苎麻COMT基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR法结合cDNA末端快速扩增（RACE）法从苎麻中克隆了与木质素合成相关的COMT基因的全长cDNA序列。所获得的COMT基因全长1318bp,包含一个开放阅读框1098bp,编码365个氨基酸。序列相似性检索结果表明,苎麻COMT全长cDNA与杨树COMT基因的序列同源性达82%,其编码的氨基酸序列与杏的COMT氨基酸序列同源性最高,达93%。同时还检索到该氨基酸序列包含一个O-甲基转移酶的保守结构。     

牦牛MSTN基因分子克隆及序列分析

设计特定引物对牦牛MSTN基因PCR分段扩增并克隆和测序,利用分子生物学软件进行序列拼接,获得牦牛MSTN基因序列(GenBank登录号EU926670).该基因由3个外显子和2个内含子组成,CDS序列全长为1 128 bp(GenBank登录号EU926671),由375个氨基酸组成.外显子大小分别为373,374,381 bp,内含子大小分别为1 843,2 028 bp.牦牛与普通牛的MSTN基因编码区中,在417位发生一次碱基转换(C→T),但未造成氨基酸改变.不同物种间在该基因编码区核苷酸序列和氨基酸序列上有较高的相似性,牦牛与普通牛、绵羊、猪、人、狗、小鼠、马、兔子、鸡、猩猩各物种间核苷酸相似性大小分别为99.9％,96.5％,94.3％,89.1％,91.9％,91.3％,93.6％,91.7％,82.0％,92.0％.牦牛与普通牛MSTN氨基酸序列相似性最高,为100％;而与绵羊、猪、小鼠、人、狗、马、兔子、鸡、猩猩各物种间相似性大小分别为93.3％,95.5％,92.5％,94.1％,93.3％,94.9％,94.4％,88.0％,94.4％.生物信息学软件分析发现:牦牛MSTN基因编码蛋白的理论分子量约为42.6 kDa,PI值为6.14,Leu的含量最高(9.9％),其次是Lys(7.2％).牦牛MSTN基因编码蛋白二级结构以β折叠为主,属于跨膜蛋白,跨膜区位于AA6-AA23之间;具有一个分泌信号肽结构,其氨基酸序列MQKLQICVYIYLFMLIVA具有TGF-β家族的特征.     

蓖麻RcFAH12基因cDNA全长克隆及生物信息学分析

RACE技术是一项扩增基因末端序列的新技术。本研究以蓖麻籽的RNA为模板,以Gen Bank上FAH12基因序列设计特异引物,运用RT-PCR和RACE技术扩增并获得了特异片段。该片段经PCR、酶切和测序验证,证实所克隆序列为蓖麻FAH12的cDNA全长序列。生物信息学分析,此片段包含1 164 bp组成的开放读码框(ORF),编码387个氨基酸,分子量为44 426.21 Da,p I=8.95。同源性分析结果表明,它与麻疯树、陆地棉、百脉根和杏的FAH12基因的同源性均高于70%。构建了系统进化树,蓖麻和麻风树、橡胶、木薯聚类到一起,这与生物学分类相同,都为大戟科植物。成功克隆蓖麻FAH12基因c DNA全长,这为后续进一步的分子生物学研究提供了帮助。     

银杏FLS基因启动子克隆及序列分析

黄酮醇合成酶基因（FLS）是黄酮类化合物合成通路中的重要基因,直接决定着银杏黄酮类化合物的积累量。为了探索FLS基因在转录水平上的表达调控机制,本文在克隆银杏FLS基因启动子序列的基础上,利用生物信息学方法,分析了该基因的启动子结构。结果表明,FLS基因启动子中包含了3个MYB转录因子结合位点和9个光信号应答位点,为确立银杏FLS基因与CHI基因间的共调控关系及揭示FLS基因应答光信号的转录调控机制提供了分子基础。     

桃PG基因启动子克隆及序列分析

为获得桃多聚半乳糖醛酸酶( PG)基因启动子并分析调控元件,以桃品种大久保基因组DNA为模板,采用染色体步移技术克隆了PG基因的部分序列及其5′侧翼区,并分析其调控元件组成。结果表明,克隆产物长986 bp,3′侧翼序列与 GenBank中的PG基因序列的5′端部分序列同源性为96%,登录号为FJ940722。在789~839 bp位置存在基础启动子序列,转录起始位点位于828 bp的碱基C,其可能性为0.98。除含有CAAT-Box、TATA-Box等基本启动子元件外,还存在众多参与光响应元件、干旱诱导MYB结合位点、水杨酸响应元件等应答激素和胁迫信号元件,表明PG基因的转录和表达可能受到激素、干旱、光照等外界环境的胁迫以及衰老的调控。     

新疆雪莲rbcs基因的克隆及序列分析

为获得新疆雪莲Rubisco（1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶）小亚基基因,并对其序列进行生物信息学分析;从已建立的新疆雪莲cDNA文库中,随机挑取单克隆,采用通用引物M13扩增并测序,测序结果在NCBI网址进行Blast比对,结果发现了2个与rbcs基因同源的序列并命名为sikrbcs1和sikrbcs2;生物信息学分析表明：sikrbcs1基因包含l个540 bp的完整开放阅读框,编码179个氨基酸,sikrbcs2基因包含l个420 bp的完整开放阅读框,编码139个氨基酸。sikrbcs1基因编码的蛋白质的理论等电点是8.90,分子量为20.1042 kD,具有2个跨膜区域,sikrbcs2基因编码的蛋白质理论等电点是7.58,分子量为15.1093 kD,不具有跨膜区域。氨基酸多序列比对表明,Sikrbcs1与黄顶菊和向日葵的相似性最高,达到83.89%,Sikrbcs2与向日葵的相似性最高达到57.54%;系统进化树显示表明,sikrbcs1和sikrbcs2都与菊花亲缘关系最近。     

冬瓜抗病基因同源序列的克隆及分析

以已知植物抗病基因的保守区域为基础设计简并引物,从冬瓜抗病材料B227基因组中分离NBS-LRR类抗病基因同源序列,共获得32条特异序列,其中17条具有完整开放阅读框。这17条序列的核苷酸同源性变化范围为56.4%~99.8%,氨基酸的同源性变化范围为46.2%~100.0%。序列相似性分析结果表明,这些冬瓜抗病基因同源序列均包含P-loop,Kinase-2和GLPL等保守结构域。与已知抗病基因构建系统进化树,将这17个序列分为2个亚组,均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因。本研究将为抗病基因全长序列克隆、功能分析及定位等研究提供帮助。     

鸡新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

研究旨在从分子生物学角度研究新城疫病原F基因,探究NDV F基因的遗传变异情况及其蛋白结构。提取新城疫病毒基因组RNA,根据GenBank中已知的NDV La Sota株序列设计引物扩增F基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行鉴定,对鉴定正确的重组质粒pMD-NDV-F进行测序分析。应用生物信息学软件对新城疫病毒F基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、蛋白结构跨膜区分析及F蛋白三级结构的预测。核苷酸序列测定结果表明：F基因为1792 bp,共编码553个氨基酸;生物信息学分析结果表明：F基因在种属间具有较高的保守性,试验获得的F基因与NDV La Sota、Clone30、V4、B1等弱毒株的一致性较高,具有典型的弱毒株特性,F基因的氨基酸序列与新城疫病毒La Sota株F基因的序列同源性最高可达100%;F蛋白的三级结构预测结果显示：F蛋白部分片段与新城疫病毒F蛋白融合片段的相似性为96%。研究为新城疫病毒的分子病毒学研究奠定了基础。     

Aspergillus niger 乳糖酶基因的克隆及序列分析

利用PCR及RT-PCR技术从黑曲霉(Aspergillus niger)菌株DL116中克隆到了乳糖酶基因组DNA，cDNA序列(GENBANK ACCESSION No.EF103141)。序列分析表明，乳糖酶基因组DNA序列长3368bp，其中含有8个内含子，cDNA编码区长2967bp，共编码988个氨基酸，氨基酸序列中共含有12个潜在的糖基化位点。并将此基因与不同来源的乳糖酶基因进行了同源性比较     

小麦Kr基因片段的克隆及序列分析

小麦远缘杂交不亲和性受Kr基因控制.为研究不同基因型小麦Kr基因的序列特征,从中国小麦微核心种质中选择蚂蚱麦、小白芒、托克逊1号、中国春、洋麦、郑麦9023等6种基因型小麦为试验材料,采用同源克隆方法,分离小麦Kr基因并分析其序列特征.结果表明,6种基因型小麦中有3种扩增出Kr基因片段,3条DNA序列长度均为414 b...     

莲多酚氧化酶基因的克隆及序列分析

多酚氧化酶是一类普遍存在于植物、真菌、昆虫的质体中,由核基因编码能与铜相结合的金属蛋白酶。它是许多果蔬等农产品酶促褐变的主因,也在植物的光合作用、抗病虫害、生长发育以及花色的形成中起一定作用。用RT—PCR方法,从中国莲（Nelumbo nucifera）幼叶RNA中成功扩增出ppo的部分序列,经克隆测序,得到长度在978-1057bp的序列共7个,编码326～352个氨基酸。与其他物种PPO进行比较,其核苷酸序列相似性为83％-85％,氨基酸序列相似性为84％99％。莲ppo的成功克隆为抑制莲藕的酶促褐变,提高莲的抗虫抗病性等的研究打下了良好的基础。     

植酸酶基因PhyB1的克隆及序列分析

为了进一步研究多种植酸酶之间的相互作用,利用PCR技术,从黑曲霉WP1中克隆出植酸酶PhyB基因,该基因长1 560 bp,含有3段内含子,共编码460个氨基酸,与已报道的ALKO243的植酸酶Aph基因(GeneBank Acces-sion:L02420)相比较,编码的氨基酸序列同源性为99.13%,因此将其命名为PhyB1。该基因含有植酸酶保守序列“RHGXRXP”和“HD”。黑曲霉WP1植酸酶PhyB1基因序列已在国际基因库中注册,注册号为:DQ836360。     

猪HK2基因的克隆及序列分析

为克隆猪己糖激酶2基因,分析其生物功能,采用已报道的人及小鼠HK2的cDNA序列为依据,利用电脑克隆策略获得的ESTs设计引物,扩增新的猪HK2基因cDNA序列。将PCR产物克隆测序,分析获得的核苷酸序列及其编码蛋白的特性,分离的开放阅读框全长2754bp,编码917个氨基酸,与人和小鼠的核苷酸序列同源率分别为90%和87%,与人和小鼠的氨基酸序列同源率分别为96%和94%,利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其蛋白结构,为进一步开展猪HK2基因的结构功能、表达调控的相关研究奠定了基础。     

花生蔗糖合成酶基因的克隆及序列分析

蔗糖合成酶(Sucrose Synthase,SuSy)是蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物生长、发育和渗透调节过程中起着重要作用。为揭示蔗糖合成酶基因在花生中的抗逆机理,以花生基因组DNA为模板,利用染色体步移技术(GenomeWalking)中的TAIL-PCR技术扩增花生SuSy基因组序列和启动子区域,得到基因组序列6 189 bp,启动子预测分析表明,该序列包含约800 bp的启动子上游调控序列,13个外显子,12个内含子。启动子元件分析显示,该片段含有典型的TATA-box、CAAT-box,并存在低温响应元件LTR、GA响应元件、干旱响应MYB结合位点、厌氧诱导必要的顺式作用元件ARE等调控元件,及G-box、box4等光响应元件,说明花生SuSy基因的表达可能受低温、干旱、缺氧、光照等环境因素以及激素GA的调控。     

白桦4个Dof基因的克隆及序列分析

在本研究中,根据白桦Dof基因编码区设计引物,以白桦cDNA为模板,通过PCR技术扩增出Dof基因并进行纯化,之后将T载体与胶回收产物连接并利用热激法转入大肠杆菌感受态细胞中,后经PCR检验成功将4个Dof基因构建到T载体上。然后运用软件对4个Dof基因进行生物信息学分析,亚细胞定位和跨膜结构域预测结果表明4个Dof为核内蛋白,无跨膜区域;系统树结果预测BpDof2可能与白桦形成层和维管组织的发育相关,BpDof4和BpDof11可能参与白桦种子萌发,BpDof12可能在白桦的氮素代谢中起作用。本研究结果为后续进一步在遗传转化水平上分析这4个Dof基因在白桦中的功能提供前期数据支持。     

草莓ABA结合蛋白基因的克隆及序列分析

为进一步研究ABA结合蛋白在草莓抗逆性方面的作用,本文通过CTAB法提取五叶草莓总DNA,根据NCBI数据库中的ABA结合蛋白受体的基因序列信息,设计特异引物,克隆得到4426 bp的ABA结合蛋白基因。序列分析表明该基因全长4662 bp,编码1393个氨基酸,核苷酸序列比对表明,该序列与GenBank中其他物种的CHLH序列有极高的同源性,核苷酸序列比较相似率在77%~90%,氨基酸相似性在63%~73%。     

绵羊痘病毒RPO30基因的克隆及序列分析

选择羊痘病毒RNA聚合酶RPO30进行分析,为进行RNAi羊痘病毒研究,进行目的基因的初步筛选。PCR扩增RPO30基因,连入pMD18-T simple 载体并转化DH5a大肠杆菌。经蓝白斑筛选挑选白斑制备质粒,经双酶切、PCR及测序鉴定。结果成功克隆了RPO30基因,克隆的SSPV RPO30基因ORF为585bp,编码193个氨基酸,阅读框内有一个HindIII酶切位点,测序结果与GenBank数据库中不同痘病毒毒株之间同源性存在着明显区别。进一步经过生物学软件分析表明RPO30蛋白质氨基酸4～12、18～26、50～61、68～92,176-190位之间区域形成活性中心的可能性较大,选择这些区域进行作用可能会造成该基因产物酶的失活,从而高效抑制病毒的复制。     

大蒜芥SaPOD基因的克隆及序列分析响

过氧化物酶(POD)是植物生长发育过程中调控生物体代谢及细胞抵御活性氧伤害的关键基因酶。本研究利用RACE结合RT-PCR技术克隆得到大蒜芥POD基因Sa POD全长c DNA序列。该基因全长1 315 bp,其中开放阅读框为975 bp,编码含有325个氨基酸,预测编码蛋白质的等电点为4.94,分子量为109.62 k D。Sa POD与小盐芥、拟南芥、荠菜、琴叶拟南芥、盐芥、棉花和蓖麻子的POD蛋白质序列相似性分别为96%、92%、92%、91%、78%、74%和75%,说明该基因与POD同源。Sa POD基因的克隆将为进一步基因的功能分析奠定基础。