从江香猪SIM1基因SNP位点遗传效应分析

研究SIM1基因多态性与从江香猪胴体性状的关联性,寻找影响从江香猪胴体性状的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据;利用DNA直接测序技术,对从江香猪SIM1基因的C77T、C225T、A426G位点进行基因分型,采用SHEsis在线软件构建单倍型。在受试群体中,发现SIM1基因的3个SNP位点均有3种基因型,构建7种单倍型;最小二乘分析发现,3个SNP位点与肌内脂肪、眼肌面积、皮厚之间差异均不显著(P0.05),C77T、A426G位点与从江香猪背膘厚差异显著(P0.05);MM基因型、CC基因型、GG基因型的肌内脂肪和眼肌面积高于其他基因型;NN基因型、TT基因型、AA基因型的背膘厚和皮厚低于其他基因型;肌内脂肪最高的为MMCCAA聚合基因型,眼肌面积最高的为MNCCGG聚合基因型;背膘厚和皮厚最低的均为MNTTAA聚合基因型。可以考虑将MM基因型、CC基因型、GG基因型以及MMCCAA聚合基因型、MNCCGG聚合基因型作为影响从江香猪肌内脂肪和眼肌面积的有利基因型,将NN基因型、TT基因型、AA基因型以及MNTTAA聚合基因型作为影响背膘厚和皮厚有利基因型。     

猪TLR4基因SNP位点筛选及生物信息学分析

通过构建基因组DNA混合池对猪TLR4基因进行扩增和测序,并对其编码区的SNP位点进行筛选,运用生物信息学分析软件对猪TLR4基因的理化特性和编码蛋白质的二、三级结构进行预测。结果发现,在扩增的TLR4基因上没有发现SNP位点,猪TLR4基因片段一共编码118个氨基酸,其中缬氨酸(Val)最多,甲硫氨酸(Met)最少,编码产物不稳定指数大于40,说明编码产物具有不稳定性。编码蛋白质片段的亲水性平均值为0.385,说明该基因编码的蛋白质呈现疏水性,猪TLR4基因编码的蛋白质是一种不溶性蛋白质。研究结果为猪TLR4基因深入研究提供理论基础。     

MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织中的mRNA表达规律研究

研究MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织中mRNA差异表达规律,探寻影响从江香猪能量代谢和脂肪沉积的数量性状基因座(QTL),为分子标记辅助选择提供依据。研究以从江香猪为试验材料,应用实时荧光定量PCR技术,检测MC4R基因、SIM1基因在从江香猪不同组织的mRNA相对表达量。结果显示,MC4R基因、SIM1基因在从江香猪各组织中均有表达,不同组织之间的相对表达量存在差异,MC4R基因相对表达量依次为:脾脏小肠脂肪肝脏肺胃心脏肾脏背肌,SIM1基因相对表达量依次为:脾脏肾脏脂肪肝脏小肠胃肺心脏背肌。     

半番鸭MC1R基因SNP位点的发现和PCR-RFLP多态性分析

为了检测半番鸭MC1R基因的多态性,并分析其多态性与半番鸭羽色性状的相关性,以羽色表型极端的黑白羽半番鸭为研究对象,首先采用克隆测序的方法寻找MC1R基因编码区的SNP突变位点,结果发现MC1R.基因编码区存在7个SNP,其中同义突变A399G位点为限制性内酶切Hin61的识别位点.其次针对酶切位点,利用PCR-RFLP方法鉴定A399G位点的基因多态性,结果显示,白羽半番鸭存在AG和GG两种基因型,而黑羽半番鸭只表现出1种基因型AG.最后经卡方独立性检验分析,表明A399G位点的基因型与半番鸭羽色无显著相关(P＞0.05),这可能与该突变位点未引起蛋白质相应部位的氨基酸发生改变有关.基因型GG是否为白羽半番鸭特有,尚需加大样本进一步分析验证.     

京海黄鸡MC4R基因新突变位点的分析

黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)基因突变与动物的食欲、肥胖、生长等性状有关,而鸡MC4R基因突变的研究甚少.本研究利用PCR-SSCP和DNA测序的方法,对京海黄鸡鸡群MC4R基因多态性进行了分析,发现存在2个单核苷酸多态位点,分别为第662位碱基G→C点突变和第733-734位碱基间插入一个C碱基.     

从江香猪

香猪是70年代末期,在贵州都柳江上游与广西壮族自治区接壤地带山区中新发现的一种小型地方猪种,中心产区在贵州从江县的宰便和加鸠两地。产区地处偏僻,交通闭塞,饲料贫乏,饲养管理粗放,当地少数民族有食乳猪的习惯,香猪就是在这种特定的环境条件下,经过长期近交和选育形成了具有“一小二香”和“基因纯化”的特色。     

从江香猪

从江香猪产于贵州省从江县 ,是我国稀有的优良地方微型猪种。 1 982年编入《中国猪种》第二集 ,1 993年被农业部列为二级保护畜种 ,1 999年荣获“99中国国际农业博览会名特优产品”称号 ,2 0 0 0年农业部 1 3 0号公告将其列入《国家级畜禽品种资源保护名录》。它以其体型矮小、肉质细嫩、基因纯合、纯净无污染等独特的优点而著称 ,并具有适应性好、抗病力强、饲养管理粗放等优点。它是在独特的自然生态条件和地理环境中通过当地少数民族群众特殊的饲养管理方式 ,经过长期的选种、选育而逐渐形成的优良地方微型猪种。1　自然生态概况及品种形…     

MC4R基因主效位点在中外猪种中的遗传多样性及其与生长肥育性状的关联性分析

采用PCR-TaqI-RFLP技术,检测了9个中国地方猪种、3个外来猪种和1个培育猪种的612个个体及白色杜洛克×二花脸资源家系418头F2个体在MC4R基因D298N主效位点的遗传变异,统计分析了MC4R基因型与日增重、腹脂率及肩、胸、腰、臀部膘厚等生长肥育性状的关联性。结果表明:(1)G等位基因在中国地方猪种、长白和杜洛克中呈高频分布,而大白和南昌白猪具有高频率的A等位基因;(2)GG基因型个体的胸、腰、臀部膘厚较AA基因型和AG基因型个体厚,GG基因型个体的240日龄重、至240日龄平均日增重大于AA基因型个体,GG基因型个体的腹脂率高于AA基因型个体,差异显著。试验结果进一步验证了MC4R基因对猪生长肥育性状的影响效应。     

牛MC1R基因——新的SNP

本实验克隆测序了中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛三个品种的MC1R基因。运用Blastn工具对本实验得到的序列及所有发表的牛MC1R基因序列进行比对分析，发现牛MC1R基因编码区725bp处存在一新的单核苷酸多态性（SNP）。基于此SNP我们对现发表的所有牛MC1R基因做了总结。     

MC4R基因在猪育种中的应用

生长速度、背膘厚及肉品质等性状在猪育种中占有重要地位,这些性状都受到MC4R基因的影响。MC4R基因的298位编码Asp的密码子GAU的G→A的变异构成了该基因的多态性,不同猪种的基因型频率都不一样。根据分子数量遗传学的原理,通过QTL定位分析该基因的效应指导猪育种工作。     

MC3R和MC4R基因多态性位点与犬体型性状的关系

为了探讨犬MC3R和MC4R基因多态性与体质量等体型性状的关系,本研究利用PCR-RFLP、AS-PCR方法对已培育的北方实验用犬MC3R基因A167T,MC4R基因T101N多态性位点与体质量、体长、身高、胸围等体型指标的关系进行分析.结果显示,这2个多态性位点的基因型与犬的体质量、胸围和体质量指数(BMI)等呈显著性相关.另外,方差分析显示MC3R和MC4R合并基因型对体质量、胸围和体质量指数影响显著,MC3R和MC4R基因对体型性状的影响有协同作用.结果表明,MC3R、MC4R基因可以作为犬体型性状的候选基因,可选不同MC3R和MC4R合并基因型的犬用于培育小型或大型实验用犬.     

MC4R基因研究进展

黑素皮质素受体-4(melanocortin-4 receptor,MC4R)是下丘脑腹内侧核分泌的一类肽类物质,为黑素皮质素受体家族5个亚型(MC1-5R)之一。在哺乳动物中,MC4R具有介导瘦蛋白(leptin)的功能,是一个调节能量平衡与能量动态平衡的重要信号分子,可与其内源性配体黑素皮质素激素(melanocortin,MC)或刺鼠色蛋白(agouti protein,agouti蛋白)和agouti相关蛋白(agouti related protein,AGRP)相结合,从而在控制食欲和体重稳态中起关键作用。因此,MC4R在人类肥胖研究中作为重要的调节因子倍受关注。最近有研究表明:MC4R的1232位点的G→A的突变与绵羊背膘厚度间存在关联,AG和AA型较GG型具有较高的背膘厚度。     

五个品种猪MC4R基因的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP技术,对野猪、民猪、大白猪、长白猪和杜洛克共5个猪种的MC4R基因多态性进行了检测.该基因片段经Cla I内切酶消化后获得3种基因型:CC 型(999 bp)、CD型(999 bp/899 bp/100 bp)和DD 型(899 bp/100bp).卡方检验结果表明,各基因型的分布在各猪种间均存在极显著差异(P<0.01).     

从江香猪SIM1基因SNPs筛查及生物信息学分析

本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3'非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预测多态位点对SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构的影响。结果表明,在3个群体的SIM1基因中筛查到12个SNPs,C77T位于第5外显子,T29186C、A29195C位于第9内含子,C63T、C225T位于第10外显子,C107T、A426G、T583C、A586C、A605C、A615C位于第11外显子,G267T位于3'非翻译区。其中C77T、T29186C、A29195C、C63T、C225T、C107T、G267T为同义突变,A426G、T583C、A586C、A605C、A615C为错义突变;5个错义突变分别导致异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)、谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)、谷氨酸(Glu)变为天冬氨酸(Asp)、天冬酰胺(Asn)变为组氨酸(His);根据在线软件预测,突变前后的SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构均会发生改变。     

野猪和家猪MC4R基因的分子扫描及两个变异位点的PCR-RFLP分析

黑素皮质素受体4是在人类肥胖研究中发现的重要调节因子,参与调节动物的体重、采食量和能量稳态。猪MC4R基因第7跨膜结构功能域的一个高度保守区内的错义突变(G→A)与脂肪性状相关显著。本研究对野猪、民猪、大白猪MC4R基因进行克隆测序,寻找新的多态位点;并对其中的HindⅢ和ClaⅠ位点的突变进行了酶切多态性分析,建立了基于限制性内切酶HindⅢ和ClaⅠ的MC4R基因型的PCR-RFLP分子检测方法。     

猪毛色基因MC1R的SNPs位点研究与应用

本研究旨在鉴定MC1R基因中与猪毛色紧密相关的SNP位点,明确不同SNP位点不同基因型与毛色的关系,并用于后代毛色的快速、高效预测和精准选育。通过采集不同猪种及杂交组合个体的耳组织样本共257个,提取耳组织DNA,采用Snapshot技术检测MC1R基因708bp、730bp、788bp位点SNP基因型。结果表明,在所研究群体中,可将MC1R基因708 bp、730 bp和788 bp位点作为黑毛色的分子标记,任一亲本在这3个位点基因型为AA、GG或CC时,子代(F₁代)毛色均为黑色。将鉴定的毛色相关SNPs应用于川乡黑猪世代选育,实现了川乡黑猪黑毛基因型的纯合。通过对MC1R基因的708 bp、730 bp和788 bp 3个位点中任意1个SNP进行检测,即分别选择AA、GG或CC基因型,可实现对黑毛色基因型的纯化,解决猪育种中后代毛色分离问题。     

猪MC4R基因Asp298Asn位点多态性及其与生长性状的关联

采用PCR-RFLPs方法对杜洛克、长白、大白3个品种共569头种猪的黑素皮质素受体-4(melanocortin-4 receptor,MC4R)基因的Asp298Asn位点多态性进行检测,分析了不同基因型对7个生长性状的影响。结果表明:3个品种均以GA基因型频率最高,大白猪等位基因A的频率高于G,杜洛克和长白则相反;在杜洛克中,GA基因型个体达100 kg体重日龄最短(P0.05),50~100 kg阶段的日增重最大(P0.05),100 kg活体背膘厚最薄(P0.05);在大白猪中,AA基因型个体达50 kg体重日龄、达100 kg体重日龄最短(P0.01),50~100 kg、30~100 kg阶段的日增重提高(P0.01),100 kg活体背膘厚最薄(P0.05);长白猪不同基因型在所有性状上的差异均不显著(P0.05)。研究结果进一步证实MC4R基因Asp298Asn位点确实与某些品种猪的生长性状显著关联,但在不同品种中,该位点的具体效应可能有所不同。     

猪CCKAR基因两SNP位点的遗传多态性分析

试验以9个猪品种/品系（5个地方品种：宁乡猪、大围子猪、沙子岭猪、桃源猪、五指山猪;3个外来品种：大白猪、长白猪、杜洛克猪;1个杜长大杂交品系）共计687头猪为研究对象,通过PCR-RFLP方法分析了CCKAR基因+179A/G Hpy8I酶切位点和+471C/G SatI酶切位点的基因频率和基因型频率,并进行了Hardy-Weinberg平衡检验。在所有猪种群体中,CCKAR基因+179A/G Hpy8 I酶切位点和+471C/G Sat I酶切位点均存在较丰富的遗传多态性。在+179A/G Hpy8 I酶切位点中除宁乡猪中没检测到AA基因型个体外,其他品种中都检测到AA、AG、GG 3种基因型个体的分布;而CCKAR基因+471C/G Sat I酶切位点都检测到了CC、CG、GG基因型个体的分布。     

MC4R基因遗传变异与猪生长性状的相关性分析

为了揭示猪生长性状分子辅助选择标记在不同群体中的遗传效应,本研究采用PCR-RFLP技术,在杜洛克猪、大白猪、长白猪和豫南黑猪群体中对生长性状相关候选基因MC4R的遗传多样性进行检测,并分析其与猪平均日增重、平均日采食量和料重比的相关性。本研究结果显示:MC4R的D298N变异位点在4个猪群中均存在多态性,其中G等位基因为优势等位基因;性状关联分析结果显示,在杜洛克猪群体中,GG基因型个体的平均日增重显著高于AA基因型(P0.05)、料重比显著低于AA基因型(P0.05);在长白猪群体和大白猪群体中GG基因型个体的平均日增重具有高于AA、AG基因型的趋势,料重比有低于AA、AG基因型,但均未达到显著水平(P0.05)。     

从江香猪IFN-β基因的序列分析及原核表达

试验旨在探明从江香猪β-干扰素（interferon-beta,IFN-β）基因编码区分子序列及原核表达产物特征。以从江香猪为研究对象,提取肝脏总RNA并反转录为cDNA,设计特异性引物扩增IFN-β基因编码区,将目的基因片段克隆至原核表达质粒pET-28a上,获得重组质粒pET28a-CJpoIFN-β,并利用生物学软件对江香猪IFN-β基因编码区进行序列分析;将鉴定正确的重组质粒pET28a-CJpoIFN-β转化大肠杆菌BL21（DE3）感受态细胞,经IPTG诱导表达、SDS-PAGE与Western blotting分析原核表达蛋白。结果表明,从江香猪IFN-β基因编码区长为561 bp,编码186个氨基酸;该蛋白为分泌性蛋白,前21个氨基酸为信号肽序列;二级结构主要以α-螺旋（77.42%）和无规则卷曲（17.74%）为主。从江香猪与其他猪源IFN-β基因核苷酸序列同源性为99.5%~100.0%,与禽的同源性最低（35.2%）;从江香猪与巴马猪、梅山猪IFN-β氨基酸同源性均为100.0%,但与贵州白香猪IFN-β同源性为99.5%,存在E43Q、K73R和C161R 3处氨基酸的差异。Western blotting结果显示,带His标签的重组表达蛋白能被His单抗识别,条带大小约为24 ku。本试验结果为进一步研究IFN-β基因生物学活性及加快从江香猪这一品种资源的有效利用提供参考依据。