鸭疫里默氏菌病和大肠杆菌病鉴别诊断双重PCR方法的建立和应用

本研究从鸭疫里默氏菌提取基因组DNA,采用细菌16S rRNA基因的通用引物,用PCR方法成功扩增出鸭疫里默氏菌的部分16S rRNA基因,克隆及测序结果表明其全长1512bp,G＋C含量为51％,该序列已登人GenBank,登录号为DQ078779。同时利用生物软件对GenBank收录的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的16S rRNA基因序列进行分析后,设计了鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的种特异性引物,分别能从各自的16S rRNA基因中扩增出长度为342和718bp的DNA片段。并据此建立了一种能快速准确鉴别诊断鸭疫里默氏菌和大肠杆菌病的双重PCR方法,该方法能从肝脏组织悬液煮沸后的上清、细菌培养物或提取的细菌基因组DNA中快速扩增出相应的片段,进行鉴别诊断。     

同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法的建立

为建立同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,本研究根据鸭疫里默氏菌外膜蛋白A基因和大肠杆菌的gapA基因的保守序列设计两对特异性探针,分别标记于猪线粒体基因片段的两端形成两种不同的捕获探针,将捕获探针与待检测菌的基因组杂交、补平缺口、环化后,采用1对引物反向扩增捕获探针,建立检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的环介导间接PCR方法,扩增片段分别为540 bp和328 bp,本研究建立的方法对金黄色葡萄球菌、禽多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌的检测结果为阴性;能够检测出10 pg的鸭疫里默氏菌和大肠杆菌的基因组DNA,与常规PCR的符合率为100%。本研究建立的环介导间接PCR方法是一种特异性好、灵敏度高的快速病原学诊断方法,为同时检测鸭疫里默氏菌和大肠杆菌提供了一种可行的方法。     

同时检测水禽3种常见病原菌的环介导间接PCR方法的建立

为建立同时检测大肠杆菌、禽源多杀性巴氏杆菌和鸭疫里默氏菌等水禽常见病原菌的环介导间接PCR方法,根据大肠杆菌的gapA基因、禽源多杀性巴氏杆菌的KMT1基因、鸭疫里默氏菌的OmpA基因序列,分别设计引物、标记于猪线粒体基因片段的两端,制备不同细菌的捕获探针;将捕获探针与待检测菌的基因组杂交、补平缺口、环化。采用1对引物反向扩增捕获探针,建立检测水禽3种常见病原菌的环介导间接PCR方法,扩增片段大小分别为328,422和504bp。沙门菌、金黄色葡萄球菌、小鹅瘟病毒的检测结果为阴性。该方法能检测出100pg的细菌基因组DNA,与常规PCR的符合性为100%。该方法可用于水禽3种常见病原菌的同时检测,是一种特异性好、灵敏度高的快速病原学诊断方法。     

16S rRNA基因及外膜蛋白基因分析在鸭疫里默氏菌鉴定中的应用

本实验对鸭疫里默氏菌（包括6个血清型）、大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌和多杀性巴氏杆菌进行了16S rRNA基因片段的扩增和测序，并将测序结果进行了同源性比较和酶切分析；同时根据标准血清2型鸭疫里默氏菌外膜蛋白的基因序列设计一对引物进行扩增。根据16S rRNA的测序结果及EcoRⅠ和HaeⅢ酶切片段分析，可将鸭疫里默氏菌与其它临床症状易混淆的细菌感染相区别，而外膜蛋白基因序列的特异性也为鸭疫里默氏菌的鉴别诊断提供了一种快速、准确的PCR鉴定方法。     

鸭疫里默氏菌的血清型及药物敏感性分析

为了解近期鸭疫里默氏菌的血清流行病学,明确鸭疫里默氏菌的敏感药物,本研究根据鸭疫里默氏菌的gyrB基因序列设计检测引物,建立PCR检测方法,并对收集的2006~2012年间福建省及邻近省份的疑似鸭疫里默氏菌病死亡鸭、鹅,进行细菌分离,PCR鉴定,凝集试验确定血清型,纸片法分析药物敏感性。该PCR法具有较好的特异性,检测敏感性可达102~103 CFU/mL。分离鉴定鸭疫里默氏菌423株,分属于1、2、3、6、10、11、13、14、17型和未知型,2型、11型、1型和17型合计占所有菌株数量的86.4%。50%以上分离菌株敏感的药物有氟苯尼考、头孢拉定、头孢氨苄、阿莫西林、头孢唑啉和壮观霉素。     

鸭疫里默氏杆菌巢式PCR检测方法的建立

为建立一种更加准确、敏感的鸭疫里默氏杆菌检测方法,根据鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因序列设计2对巢式PCR引物,在完成最佳反应条件筛选、特异性、敏感性、重复性试验的基础上,建立巢式PCR检测方法.结果表明,建立的巢式PCR对1、2、10、X型鸭疫里默氏杆菌的16S rRNA都能扩增出特异性片段,而对大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、沙门菌、鸭源金黄色葡萄球菌的基因组不能扩增出特异性片段,DNA最小检测量为0.392 fg/μL,是常规PCR的1 000倍.该巢式PCR方法具有快速、敏感、特异、通用的优点,可用于鸭疫里默氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定.     

鸭疫里默杆菌PCR快速检测方法的建立

为了建立一种能快速准确地检测鸭疫里默杆菌的PCR方法,试验采用GenBank中鸭疫里默杆菌42 ku主要外膜蛋白A的基因序列设计并合成1对引物,建立PCR方法,分别以21株来自广西各地区鸭场的鸭疫里默杆菌全菌体为模板,结果均能扩增出大小为660 bp的目的片段,经测序证实为鸭疫里默杆菌,而对鸭源大肠杆菌、鸭源沙门菌、鸭...     

水禽4种常见致病菌多重PCR方法的建立及应用

为建立一种能同时检测大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌的多重PCR方法,试验根据大肠杆菌phoA基因、鸭疫里默氏杆菌ompA基因、多杀性巴氏杆菌kmt 1基因、金黄色葡萄球菌FemB基因的保守区域设计4对特异性引物,通过优化退火温度和引物浓度建立多重PCR方法,检验该方法的特异性、敏感性性、重复性,应用该方法检测145份病死水禽临床样品,并与传统细菌分离鉴定方法进行比较。结果表明：优化后的最佳退火温度为52℃,引物浓度为10μmol/L。建立的多重PCR方法能特异性地扩增出靶基因,沙门氏菌、链球菌、产气荚膜梭菌等临床常见菌均未扩增出条带,对大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、多杀性巴氏杆菌、金黄色葡萄球菌4种细菌的检出下限是0.4 pg/mL,单一PCR扩增ompA、kmt 1、phoA和FemB基因的检出下限分别为4×10^-3,0.4,4×10^-3,4×10^-6 pg/mL。多重PCR方法对临床样品的检测结果与传统细菌分离鉴定方法的符合率均在90%以上。说明试验建立的多重PCR方法具有结果稳定、重复性高的特...     

应用PCR技术检测鸭疫里默氏杆菌的研究

根据已发表的鸭疫里默氏杆菌15型CVL110／89株编码42－kDa主要外膜蛋白的基因序列设计并合成一对引物，建立PCR方法，对7个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌及野外病死鸭病科组织进行检测。结果表明，7个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌DNA都可扩增出809bp的DNA片段，而对照的2株大肠杆菌和1株沙门氏菌纯培养物DNA扩增结果为阴性；在对24只不同鸭场病死鸭肝、脑的检测中，脑的检出率为19／24（高于细菌分离的13／24），肝脏的检出率为11／24（高于细菌分离的8／24）。由此可见，建立的PCR技术可用于鸭疫里默氏杆菌的鉴定和快速诊断（取脑组织）。但此方法是否对其他血清型的鸭疫里默氏杆菌也适用，有待于收集这些血清型的菌株进行验证。     

鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立

在鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白保守区设计了一对特异性引物,建立PCR方法,对5株已知血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株以及病死鸭病料组织进行检测,结果表明不同样品都可扩增出592bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,说明该PCR法具有较好的特异性,可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测.     

鸭疫里氏杆菌PCR快速检测方法的建立

本试验根据GenBank中的鸭疫里氏杆菌主要外膜蛋白A基因序列,在其保守区设计了1对引物,建立了检测鸭疫里氏杆菌的PCR方法,对鸭疫里氏杆菌进行检测,结果能扩增出预期片段,而金黄色葡萄球菌、链球菌、多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌、大肠杆菌的扩增结果均为阴性。说明该PCR法具有较好的特异性,可用于鸭疫里氏杆菌感染的检测、分子流行病学调查和分离菌株的快速鉴定。     

鸭疫里默氏杆菌PCR检测方法的建立

本研究根据鸭疫里默氏杆菌16S rRNA基因的保守序列设计一对特异性引物,建立了鸭疫里默氏杆菌的PCR检测方法。结果表明,此方法具有敏感性高、特异性好等优点,从而为鸭疫里默氏杆菌的诊断提供了有效的工具。     

鸭疫里默氏菌铁依赖抑制子基因的克隆及序列分析

本研究根据鸭疫里默氏菌铁依赖抑制子(RaDtxR)基因序列特征设计特异性引物,利用PCR方法从已鉴定为2型鸭疫里默氏菌RA-FJ株的基因组DNA中扩增目的基因片段,胶回收PCR扩增片段,克隆到pMD18-T载体后进行序列测定.采用生物信息学软件对测序结果进行分析,结果表明所获得的RaDtxR基因编码完整的开放阅读框,全基因长度为654 bp,编码217个氨基酸.所编码的蛋白大小为24.82 ku,理论等电点为5.69,不稳定系数为38.45,属于稳定蛋白质类.将其与GenBank中已发表的RaDtxR基因序列进行核苷酸同源性比对分析,结果显示其与鸭疫里默氏菌疫苗株RA-CH-1株(GenBank登录号:CP003787)的核苷酸同源性为100.0%,与其他4株核苷酸同源性均为99.8%,仅在186位处存在无义突变.利用该基因对福建省农业科学院畜牧兽医研究所分离鉴定的鸭大肠杆菌、禽多杀性巴氏杆菌和沙门氏菌进行扩增,结果显示均未扩增到条带,对福建省农业科学院畜牧兽医研究所分离鉴定的1型、2型、3型、11型和13型鸭疫里默氏菌均可扩增出特异性目的条带,表明RaDtxR基因可作为鸭疫里默氏菌鉴别诊断的靶基因.试验结果表明,本研究成功克隆到鸭疫里默氏菌RaDtxR基因,为研究其功能奠定基础.     

7种鸭源细菌的分离与16S rDNA测序鉴定

从病死鸭的脏器中无菌分离细菌.根据培养特性、菌落形态、革兰染色和生化特性,鉴定出7种细菌分离株.以分离株的基因组DNA为模板,用16S rDNA试剂盒扩增其DNA片段,测序后NCBI网站进行BLAST搜索比对,鉴定出细菌种类,分别为鼠伤寒沙门菌、大肠杆菌、鸭疫里默氏杆菌、铜绿假单胞杆菌、施氏假单胞菌、浅绿气球菌和麦氏棒杆菌.前3种为鸭的常见分离菌,其余的较为少见.因此在鸭病控制过程中应注意可能存在一些不常见细菌的混合感染.     

荧光定量PCR方法检测鸭疫里默氏菌在组织中的分布规律

为揭示鸭疫里默氏菌在鸭组织中的分布规律,用荧光定量PCR检测法,对人工感染鸭疫里默氏菌鸭组织中鸭疫里默氏菌进行检测。结果表明,获得的熔解曲线为单一的峰,扩增曲线为"s"形,标准曲线扩增效率为99.7%。人工感染鸭疫里默氏菌1、2、3、5、9、14 d鸭脾脏、脑、心脏、肺脏和肝脏组织中的鸭疫里默氏菌载菌量均在2 d达定殖高峰,载菌量多少按组织排序依次为脑>心>脾>肺>肝,按时间排序依次为2 d>3 d>1 d>5 d>9 d>14 d。     

鸭疫里默氏杆菌和大肠杆菌混合感染的诊断

通过对患病鸭群7只病死雏鸭进行了剖检,无菌采取鸭心血、肝脏、脾脏等病变组织,进行病原分离、鉴定,分离到4株鸭疫里默氏杆菌和4株大肠杆菌。初步确定这起雏鸭死亡的原因为鸭疫里默氏杆菌和大肠杆菌混合感染所致。根据流行病学,临床症状,剖检变化,细菌分离培养、培养特性鉴定和生化试验,确诊为鸭疫里默氏杆菌和大肠杆菌混合感染症．制定防治措施。     

应用PCR快速检测鸭疫里默氏杆菌的研究

根据鸭疫里默氏杆菌（RA）16SrDNA基因序列设计引物,对1株RA阳性株、9株临床分离鉴定的RA、3株大肠杆菌、1株多杀性巴氏杆菌和1株沙门氏菌进行PCR扩增,结果所有RA均出现643bp特异性扩增条带,其余非RA则均未扩增出特异性条带,表明该对引物及建立的PCR具有很强的特异性。优化的PCR反应体系能检出RA的最低DNA量为20pg。菌落直接PCR是增强RA快速检测鉴定的手段。应用PCR对病料组织直接进行RA检测,脑组织为首选检测对象,具有良好的实际应用意义。     

1型鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定及基因组文库的构建

从临床病鸭中分离并鉴定了1型鸭疫里默氏杆菌,并在提取鸭疫里默氏杆菌的基因组DNA后,用Sau3A I酶切,回收大小为0．07～4 kb的片段;将酶切片段与酶切的质粒载体pRSET连接后,电转化大肠杆菌Rosetta,成功构建了1型鸭疫里默氏杆菌的基因组文库,经检测库容量约为40000个。随机筛选30个单菌落,用pRSET通用引物进行PCR鉴定,统计结果显示插入片段的大小93．3％在1～3 kb范围内,成功构建了鸭疫里默氏杆菌基因组文库,为鸭疫里默氏杆菌功能基因的克隆及鉴定奠定了基础。     

鸭疫里默氏杆菌大罐发酵培养条件优化及验证

为进一步了解鸭疫里默氏杆菌的生长特性,本研究利用改良酵母肉汤培养基运用正交设计的方法,在10L的小型发酵罐中对鸭疫里默氏杆菌各种发酵条件进行了优化。随后将优化结果在GMP生产车间,利用200L大型发酵罐规模化试生产3批鸭疫里默氏杆菌抗原进行验证,结果显示,鸭疫里默氏杆菌活菌数比优化前提高30%,为鸭疫里默氏杆菌产业化奠定了基础。