黄姑鱼群体遗传多样性的AFLP分析

对青岛和厦门黄姑鱼群体的遗传多样性进行了AFLP分析,5对选择性引物在两个群体47个个体中,共扩增出461个位点,多态位点265个。青岛和厦门群体的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为51.70%、51.99%,0.1022、0.0996,0.1643、0.1622;两个群体遗传多样性在同一水平上。基因分化系数G_st、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示黄姑鱼的遗传变异主要来源于群体内个体间,而群体间无明显的遗传分化。群体的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示两个群体有基本相同的群体遗传结构。结果表明,黄姑鱼青岛和厦门群体间无明显的遗传差异,群体间有明显的基因交流。     

文蛤养殖群体和野生群体遗传多样性的AFLP 分析

应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤（Meretrix meretrix）养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体（3个野生群体,2个养殖群体）150个个体进行扩增,共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84．3945％～87．6465％,总多态位点比例为99．6300％。群体的Nei’s基因多样性指数（H）为0．2301～0．2634;群体的Shannon多样性指数为0．3617～0．4248,群体间的遗传距离为0．0394～0．1609,群体内个体间的遗传距离为0．2592～0．5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和群体内遗传距离均高于辽宁盘山和辽宁庄河养殖群体,辽宁庄河野生群体的遗传多样性处于中等水平。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,辽宁庄河野生群体单独成为一支,辽宁大洼野生群体与庄河养殖群体聚到一起,辽宁盘山养殖群体与山东野生群体聚到一起,但是用这5个群体的150个个体进行的聚类结果显示,所有个体基本是随机交叉聚类,不能形成明显的类群分支。分子变异分析（AMOVA）表明,文蛤群体94．04%的变异来源于群体内,群体间的变异仅占5．96％。以上结果表明,文蛤群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流。[中国水产科学,2008,15（2）：215-221]     

应用AFLP技术分析多鳞四指马鲅不同地理群体的遗传多样性

为研究多鳞四指马鲅(Eleutheronema rhadinum)不同地理群体的遗传多样性,应用AFLP技术分析了江苏东南部近海海域(QD)、广东湛江近海海域(ZJ)、上海崇明长江口附近水域(CM)和海南琼海近海海域(QH)4个地理群体的遗传特征和群体分化。120 ind个体样品、8对引物组合共扩增246条带,多态性条带为128条,多态性比例为53.4%。群体ZJ扩增位点最多,多态性比例也最高,群体内的Nei’s基因多样性指数和Shannon’s信息指数变化趋势一致,均为CM相似文献   

大口黑鲈选育群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对大口黑鲈(Micropterus salmoides)F3、F4代选育群体的遗传结构进行分析,并计算2个选育群体和一个对照养殖群体的遗传多态度、遗传距离及分化系数。结果显示,8对AFLP引物共扩增到262条带,其中多态性条带有80条,每对引物检测到的多态性条带在5～13之间。F3、F4代选育群体和对照养殖群体的多态性位点比例分别为29.36%、29.20%、30.29%。Shannon多样性指数分别为0.2017,0.1955,0.2042。结果表明,选育群体相较于对照养殖群体多态位点比例和遗传多态度均有所下降。群体间的遗传变异平均为0.0752,由此可见,92.48%的遗传变异来自于群体内,而只有7.52%的遗传变异来自于群体间,这初步显示了大口黑鲈在遗传上的稳定性,群体尚具有一定的选育潜力,可继续进行人工选育。     

西北太平洋大弹涂鱼群体遗传结构的 AFLP 分析

应用AFLP标记分析了西北太平洋沿岸大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)的遗传多样性和群体结构.利用6对选择性引物对采自日本、韩国、越南及中国广西、广东、福建、台湾和浙江8个群体的126尾大弹涂鱼进行扩增.在15～500 bp之间得到186条条带,其中多态性片段160条,多态性比例为86.02％,每对引物组合扩增片段为25～36条,每对引物组合多态位点检出率为52.0％～96.42％.各群体的多态性位点比例在27.96％～57.53％之间,其中韩国群体的多态性位点比例最高,广东群体的多态性位点比例最低.各群体间Nei's遗传距离为0.038～0.151,遗传距离较大.各群体间遗传分化指数Fst值为0.175～0.459,均检测到显著的遗传分化(P=o.ooo).基于遗传距离矩阵构建的NJ系统树显示,大弹涂鱼的8个群体被分为了两支,其中日本、韩国及台湾群体聚为岛屿支系,浙江、福建、广东、广西和越南群体聚为大陆支系.AMOVA分析显示,大部分的变异组分来自于各群体内个体间,且组群间、群体间及群体内均存在明显的遗传分化.群体间遗传分化系数Gst为0.385 7,群体间的基因流Nm为0.796 4,群体间基因交流弱于其他多数鱼类.     

基于AFLP分子标记的杂色杜父鱼遗传多样性分析

为了解吉林省杂色杜父鱼野生群体遗传多样性,应用扩增片段长度多态性（amplified fragment length polymorphism, AFLP）标记技术,对漫江、三道松江河和鸭绿江上游采捕的3个杂色杜父鱼群体总计30个个体的遗传多样性、遗传变异及遗传相似性进行分析,并构建系统进化树。8组引物组合总计扩增出915个条带,其中多态性位点843个,占比92.1%。3个群体的观测等位基因数（N_a）分别为1.316 6、1.306 7、1.203 7,有效等位基因数（N_e）分别为1.151 7、1.134 2、1.111 9,Nei’s基因多样性指数（H）分别为0.091 2、0.081 6、0.067 0,Shannon’s信息指数（I）分别为0.141 0、0.127 3、0.102 0,其中漫江群体的遗传多样性水平最高,鸭绿江上游群体最低;3个群体的遗传分化系数(G_st)平均值为0.286 0,表明3个群体之间发生了一定程度的分化;30个个体的遗传相似性在0.809 0～0.945 6,表明所采集的30尾杂色杜父...     

罗非鱼3个养殖群体的遗传多样性及特异性AFLP标记研究

对不同来源的养殖群体进行种质鉴定,探索在种苗阶段即区分新吉富罗非鱼（New GIFT strain Oreochromis niloticus）、吉诺玛罗非鱼（GenoMar strain O．niloticus）和奥杂罗非鱼（0．niloticus♀×O．aureus♂）3个养殖群体具有重要的意义。笔者选取了5对AFLP（amplified fragment length polymorphism）引物组合对3个罗非鱼养殖群体共60尾个体进行比较分析,引物组合E—ACA／M—CAT表现出较好的区分能力,有7条标记的分布在群体间表现出“有和无”的差别,引物组合E—ACA／M—CAG的扩增图谱中有2条带表现出“有和无”的差别。遗传多样性方面,平均基因多样性在新吉富罗非鱼和吉诺玛罗非鱼分别为0．1605和0．1595,而在奥尼罗非鱼为0．2214,多态位点百分数和Shannnon多样性指数也表现出相近的变化趋势。分析表明新吉富罗非鱼群体在遗传上已较为稳定,吉诺玛罗非鱼遗传多样性偏低。     

塔里木裂腹鱼群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术对喀拉喀什河、塔什库尔干河、阿克苏河多浪渠首、木扎提河4个群体共80尾塔里木裂腹鱼(Schizothorax biddulphi Günther)个体进行了遗传多样性分析。6对选择性扩增引物共扩增得到212个位点,其中多态性位点141个,多态位点比例为66.51%。4个群体的Shannon多样性指数(I)为0.316 9-0.544 3,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.213 9-0.376 2,群体间的遗传距离为0.078 1-0.250 2。塔什库尔干河群体的多态位点比例、Shannon多样性指数和Nei’s遗传多样性指数均高于其它三个群体。AMOVA分析结果显示,群体总遗传变异85.17%来自群体内差异,而14.83%来自群体间差异,表明塔里木裂腹鱼遗传变异主要来源于群体内个体间,但群体间已存在一定程度的遗传分化。用UPGMA方法构建的群体系统进化树显示,多浪渠首群体和木扎提河群体首先聚类,然后依次与塔什库尔干河群体、喀拉喀什河群体聚类,这一方面与地理位置有关,另一方面与河流的自然环境有关。     

斑点叉尾中国养殖群体遗传多样性的AFLP 分析

采用AFLP 分子遗传标记技术,对来自福建和湖北的1984 年引进的斑点叉尾(Ictalurus punctatus ) 养殖群体(P1984)、来自福建和辽宁的1997 年引进的养殖群体(P1997)、来自湖南的2004 年引进的养殖群体(P2004) 和来自湖北的1984 年与1997 年引进养殖群体的杂交群体(P8497) 的遗传     

福建东山和广东阳江褐毛鲿养殖群体遗传多样性的AFLP分析

应用AFLP分子标记技术对福建东山和广东阳江褐毛鲿养殖群体进行了遗传多样性分析。采用6对选择性引物组合对2个群体60个个体进行扩增,共扩增出313个位点,多态位点85个。东山和阳江褐毛鲿养殖群体的多态位点比例、Nei’s基因多样性指数、Shannon遗传多样性指数分别为24.60%和25.56%、0.0795和0.0768、0.1210和0.1176,2个群体的遗传多样性均处于较低水平。遗传分化系数Gst及AMO-VA分析表明,2个群体的遗传变异主要来源于群体内个体间。UPGMA聚类图及PCA分析显示,群体间具有典型的地理特征,且出现了一定程度的遗传分化。     

福建近海蓝圆鲹种群遗传多样性的AFLP分析

以往研究表明,福建近海的蓝圆鲹分属2个地理种群,即东海西部种群和闽南—粤东近海地方种群。为研究这两个群系的遗传结构,对蓝圆鲹闽东(30尾)和闽南(32尾)种群进行了AFLP分析,8对选择性引物在2个种群62个个体中,共扩增出563个位点,其中多态位点364个。闽东和闽南种群的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为62.70%、58.97%,0.1875、0.1809和0.2878、0.2763。与其他鱼类对比显示,福建近海蓝圆鲹种群的遗传多样性水平高,说明种群遗传结构尚未遭到明显破坏;基因分化系数GST、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示蓝圆鲹的遗传变异主要来源于种群内,而种群间无明显的遗传分化。Nm显示2个种群间基因交流频繁。种群的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示2个种群有基本相同的群体遗传结构。结果表明,蓝圆鲹闽东和闽南种群间无明显的遗传差异,因此可将福建海域的蓝圆鲹划归同一个管理保护单元。较强的扩散能力及海洋环流可能是造成福建近海蓝圆鲹种群间遗传同质性较高的原因。     

凡纳滨对虾6个养殖群体遗传多样性的比较分析

中国多批次引进凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei并结合生产开展了相对独立的育苗工作,但对引进群体及引进后留种形成的本地群体的遗传变异水平缺乏了解,不利于种质管理及利用。此研究采用AFLP技术对抽查的6个养殖群体进行分析,发现进口群体具有相对较高的遗传多样性水平;养殖性能较好的东方、海星和旭明群体遗传多样性水平与进口群体相近;而乾塘群体遗传变异水平最高,推测可能是与其种质混杂有关;广益群体遗传多样性水平最低,可能已出现近交衰退。通过对各个群体间的遗传距离进行分析,为下一步根据亲缘关系的远近开展群体问杂交育种提供技术依据。     

鲢中国土著群体与海外移居群体遗传多样性的AFLP分析

采用AFLP技术从长江群体内(邗江、老河)、中国长江、珠江、黑龙江群体间以及中国土著群体和海外移居群体(多瑙河、密西西比河)间3个层面分析了鲢自然群体在世界范围内的遗传格局。结果表明,邗江、老河、珠江、黑龙江群体的Nei氏基因多样性(H)分别为0.0481±0.1151、0.0659±0.1333、0.0510±0.1155和0.0661±0.1364,多瑙河、密西西比河群体分别为0.0576±0.1250和0.0540±0.1221;中国土著鲢总的遗传多样性(0.0729±0.1295)高于海外移居群体。AMOVA分析表明,群体间差异对群体总遗传变异的贡献率为8.14%,而群体内差异的贡献率为91.86%。长江石首与邗江群体间的遗传分化FST值为0.0701(P<0.01),长江、珠江、黑龙江群体间的FST值为0.0704(P<0.01),中国土著群体与海外移居群体间的FST值为0.0424(P<0.01),鲢中国土著群体内、土著群体与海外移居群体间均表现分化显著。研究结果为进一步监测海内、外鲢自然群体的遗传变化趋势积累基础资料。     

鲮原种群体的AFLP分析

运用AFLP技术,对广东鲮鱼原种场保存的鲮原种2个子群体(子群体h、q)各29个个体进行遗传多样性分析。25对AFLP引物组合中的6对引物扩增共产生173条条带,其中多态位点数为72,多态位点比例为41.5%。在6对引物产生的173条扩增条带中,有一条扩增条带在子群体h中的出现频率远远高于其在子群体q中的出现频率(72.4%>20.6%),编号为E2M4-1。遗传多样性分析结果表明,子群体h的遗传多样性指数高于子群体q(0.1367>0.0998)。该研究为筛选鲮原种群体2个子群体间的特异性分子标记做了初步尝试。     

吉富罗非鱼不同选育群体的遗传多样性

用微卫星和扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记对海南、广州和青岛吉富品系尼罗罗非鱼的遗传多样性和遗传分化进行了研究。9对微卫星引物和4对AFLP引物的分析结果一致。微卫星分析表明,青岛吉富鱼的平均等位基因数(4.8)、平均观测杂合度(0.528)、平均多态信息含量(0.605)最高,海南吉富鱼的平均等位基因数(4.4)、平均观测杂合度(0.479)、平均多态信息含量(0.549)最低。AFLP分析显示,青岛吉富鱼的多态位点比例(48.4%)和基因多样性(0.245)最高,海南吉富鱼的多态位点比例(36.3%)和基因多样性(0.147)最低。这些表明,青岛吉富鱼的遗传多样性最高,海南吉富鱼最低。遗传分化分析表明,两两群体间遗传分化显著(微卫星FST为0.07~0.11,P<0.01;AFLPFST为0.24~0.29,P<0.01)。AMOVA分析显示,大部分遗传变异(微卫星的分析结果为91.26%;AFLP的为67.6%)来源于群体内个体间,表明吉富鱼选育品系尚具有进一步选育的潜力。     

Genetic structure of yellowback sea bream Dentex tumifrons in China inferred from AFLP data

ABSTRACT:   The resource of yellowback sea bream Dentex tumifrons has declined very quickly in China due to overfishing since the 1970s. In this study, a total of 122 wild samples of the yellowback sea bream from marine waters of Qingdao (QD), Zhoushan (ZS), Shenzhen (SZ), and Beihai (BH) were analyzed using amplified fragment length polymorphism (AFLP). A total of 265 putative loci were detected by five AFLP primer sets, 116 of which were polymorphic (43.8%). The locality with the highest proportion of polymorphic loci (PPL, 29.4%) and number of polymorphic loci (PL, 78) was ZS, whereas that with the lowest was BH, in which a PL of 64 and a PPL of 24.2% were detected. The locality with the highest Nei's gene diversity was also ZS with a value of 0.2237, whereas the locality with the lowest was BH with a value of 0.1905. Analysis of Wright's F _st indicated that there existed distinct genetic differentiation among four localities ( P  ≤ 0.001). It is speculated that there exist at least four distinct geographic subpopulations of the sea bream in Chinese waters. This research provides some of the first published AFLP data in the species.     

An assessment of genetic diversity in wild and captive populations of endangered Japanese bitterling <Emphasis Type="Italic">Tanakia tanago</Emphasis> (Cyprinidae) using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers

ABSTRACT:   The Japanese bitterling Tanakia tanago (Cyprinidae) is on the verge of extinction in the wild, placing great importance on captive breeding programs for current conservation of the species. However, the loss of genetic diversity during captive breeding is an ongoing matter of concern. Since some captive populations have been almost monomorphic in mitochondrial DNA (mtDNA), this hampers assessments of their genetic diversity during captive breeding. To more accurately assess their genetic diversity, one wild and three captive populations were examined using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Estimates of average heterozygosity and nucleotide diversity ranged 0.0479–0.1920 and 0.0023–0.0088, respectively, enabling comparison of genetic diversity among the wild and captive populations, and among year-classes of captive populations. Significant differences in numbers of amplified fragments and proportions of polymorphic fragments were observed among year-classes of all populations. The indices of genetic diversity calculated from AFLP seemed to be, however, less sensitive to weak bottlenecks. No continuous decrease in genetic diversity in nuclear DNA was detected in presently captive populations. This supports the possibility of re-introduction of the captive populations into the original habitats, although survival and reproductive ability in the wild must be taken into consideration.     

RAPD分析野生和养殖三角帆蚌的遗传多样性

用150个随机引物对野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析，最终筛选出2．0个引物，分别能扩增出1-10条大小不等的片段，片段长度在500—2000bp之间。野生三角帆蚌和养殖三角粤蚌的种内相似系数分别为0．787和0．833，显示野生种群基因组发生的变异较养殖种群大。野生三角帆蚌和养殖三角帆蚌种群间遗传距离为0．054，表明三角帆蚌野生和养殖种群亲缘关系比较接近。     

脊尾白虾3个野生群体遗传多样性的微卫星分析

利用12对微卫星标记分析了莱州湾(LZ)、海州湾(HZ)、象山(XS)脊尾白虾野生群体的遗传多样性.12个位点在3个群体中均表现出高度的多态性.12个微卫星位点共得到115个等位基因,各个位点的等位基因数介于6～14,平均每个位点上的等位基因数为9.583 3个;各个位点的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)、平均多态信息含量(PIC)分别为0.8278、0.517 5、0.705 1,表明3个脊尾白虾野生群体均有良好的多态性.经F-统计分析,各个群体间的遗传分化指数均值为0.093 0(0.05＜Fst＜0.15),呈中等水平分化.基于Nei's遗传距离的UPGMA聚类分析显示莱州湾群体与象山群体距离最近,聚为一类,海州群体单独聚为一类.