稻属叶绿体DNA限制性片段长度多态性

 对稻属（Oryza）的14个种和李氏禾属（Leersia）的 2个种共 138份材料进行了叶绿体 DNA限制性片段长度多态性的分析。用内切酶EcoRⅠ酶切、4 个叶绿体 DNA探针杂交,共发现10种叶绿体 DNA变异类型。在稻属各个种内没有观察到叶绿体 DNA的变异,叶绿体 DNA变异类型基本上以稻属的染色体组型水平划分,因此认为稻属的叶绿体 DNA在进化过程中变异程度很低。推测 CCDD组的O. alta、O. grandiglumis和O. latifolia 及 CC组的 O.officinalis 和 O. eichingeri各有共同的原始祖先。遗传距离分析显示 CC、CCDD、BBCC组之间亲缘关系很近,这3个组与 EE组亲缘关系也较近。李氏禾属的 2个种 L. perrieri 和 L. tisseranti 与稻属的遗传距离很远。     

基于叶绿体rbcL和trnH-psbA序列的湖南茶树资源遗传多样性与亲缘关系研究

DNA序列分析在物种进化、亲缘关系、遗传多样性研究中得到了广泛应用。采用筛选的叶绿体rbc L序列和trn H-psb A序列对湖南新收集的26份茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。结果表明:扩增的序列在去除边缘不准确的部分后,分别获得了582 bp(rbc L)和426 bp(trn H-psb A)的片段序列,rbc L序列的变异位点共27个,占扩增位点数的5.15%,trn H-psb A序列的变异位点共134个,占扩增总位点数的31.46%。rbc L序列在26个参试材料中共产生17个单倍型,Hd和π分别为0.961和0.008 32,trn H-psb A序列共产生26个单倍型,Hd和π分别为0.998和0.046 79,收集的茶树资源具有较高的遗传多样性。采用MEGA 6.0软件按照UPGMA法分别对rbc L序列和trn H-psb A序列构建了分子系统树,各序列对参试材料的聚类结果有一定差异,rbc L序列和trn H-psb A序列在自展数值大于50%情况下分别将参试材料分为了3个类群和4个类群。参试资源除部分江华苦茶由于亲缘关系较近而聚在一起外,大部分资源都单独形成1个分支,彼此间亲缘关系较远。     

水稻DNA限制性片段长度多态性的初步研究

 应用19个不同的探针／限制性内切酶组合，测定了8个不同基因型水稻间的DNA限制性片段长度多态性(RFLP)。结果表明：RFLP在水稻中普遍存在，同一亚种内的RFLP较少，而在不同亚种间则较大；栽培稻与野生稻间的RFLP较多，而以粳稻和野生稻之间RFLP最多，达58％－68％。用IBM ／PC计算机分析了这些基因型之间的遗传距离，粳稻和籼稻可明显地分成二组，野生稻与籼稻的亲缘大于与粳稻的亲缘。具有广亲和能力的爪哇型品种Ketan Nangka偏向籼型。     

海南石斛属植物亲缘关系的SRAP分析

利用SRAP技术对海南9种石斛种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。从30对SRAP引物中筛选获得18对多态性引物,对石斛属9个种的基因组DNA进行扩增。共获得285条多态性条带,平均每个引物产生15．8个多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0．179～0．636,说明本实验所测试的材料具有较广的遗传变异。根据SRAP标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析。将石斛属的9个种分为4类。结果表明：密花石斛和华石斛之间的亲缘关系最近,美花石斛和海南石斛之间亲缘关系最远;同时也说明海南省内分布的石斛具有丰富的遗传多样性,SRAP标记技术很好地从分子水平上揭示了石斛种质资源的遗传背景、亲缘关系。     

东北地区大豆根瘤菌遗传多样性与系统发育研究

为明确我国东北地区大豆根瘤菌的系统发育地位及主要类群的分布情况,采用BOX-PCR、IGS PCR-RFLP、16SrDNA PCR-RFLP和16S rDNA基因序列分析法对分离自我国东北地区14个地点18个大豆品种的312株大豆根瘤菌及部分参比菌株进行了遗传多样性和系统发育分析。结果表明:供试菌株均为大豆慢生根瘤菌,以Bradyrhizobiumjaponicum为优势种;在IGS PCR-RFLP 72%和16S rDNA PCR-RFLP 76%相似性水平上,供试菌株可分别被分为6和4个群;在BOX-PCR 90%相似性水平上,可将供试菌株分为31个群,表明东北地区慢生大豆根瘤菌具有丰富的遗传多样性。综合考察各种分析结果发现,供试菌株的遗传多样性与其地理来源有一定的相关性,而与大豆品种间相关性不明显。     

芭蕉属植物基于线粒体ccb256序列的分类研究

利用PCR和PCR产物直接序列分析技术,获得了芭蕉属42份材料ccb256线粒体DNA片段的序列。采用MEGA4软件构建了芭蕉属植物的MP树。结果表明,Australimusa组和Callimusa组聚到一起,真蕉组的AA、其它种和观赏蕉组聚到一起,无法明显区分。真蕉组的BB单独聚到一起,且位于MP的基部,揭示了其在芭蕉属植物进化中占据着最原始的地位。另外,栽培蕉Ice cream(ABB)与M.balbisiana聚到一起,可能是由M.balbisiana为父本提供B型供体杂交而来,而除Improved lady finger(AAB)外,其它的栽培蕉均与M.acuminata的亚(变)种聚到一起,推测由M.acuminata为父本提供A型供体杂交而来。被认为是所有栽培蕉最原始亲本的M.acuminata.ssp.banksii与大量的栽培蕉聚到了一组,证明其与栽培蕉具有较近的亲缘关系。结果还表明ccb256序列进化速率适中,能用于研究芭蕉属内种间及亚种间的系统进化关系。     

基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究

采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数F_IS为正值(F_IS=0.177 5),群体间的遗传分化系数F_ST较小(F_ST=0.034 5),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbcL)、704 bp(matK)和320 bp(psbH-trnA)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.001 39。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。     

茶树cpDNA测序及基于cpDNA序列的山茶属植物亲缘关系研究

叶绿体基因组在物种鉴定、系统进化分析及亲缘关系研究等领域应用前景广阔。本文应用Illumina高通量测序技术对龙井43（Camellia sinensis cv. Longjing 43）的叶绿体全基因组进行测序;利用叶绿体trnL-trnF序列研究茶树及其近缘植物的亲缘关系。结果表明,龙井43叶绿体基因组全长为157 096 bp,反向互补重复区（Inverted repeat, IR）为26 080 bp,小单拷贝区（Small single copy region, SSC）、大单拷贝区（Large single copy region, LSC）分别为18 283 bp、86 653 bp。共注释叶绿体基因133个,其中蛋白编码基因86个,rRNA基因8个,tRNA基因39个。对所选植物的trnL-trnF序列进行比对,序列长度变异范围为481~501 bp,序列最长为岔河大茶,最短为金花茶,基于此序列构建亲缘关系树,山茶属茶组植物聚成一个组。研究结果对茶树优良品种培育及山茶属植物亲缘关系的研究具有重要价值。     

莺歌海盐场30%盐度晒盐池底泥中可培养芽胞杆菌资源遗传多样性研究

采用80℃水浴处理与稀释涂布法从莺歌海盐场30%盐度晒盐池底泥中分离获得215株芽胞杆菌。采用16S rDNA PCR-RFLP与16S rDNA序列分析技术,对分离的菌株进行遗传多样性分析。16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱UPGMA聚类分析结果表明,在100%的相似性水平上,分离菌株归属到9种酶切类型。16S rDNA测序结果显示,这些菌株主要分布在Pontibacillus、Halobacillus、Oceanobacillus和Bacillus等4个属,其中Pontibacillus为优势属。有7株芽胞杆菌的16S rDNA序列与数据库中相应模式菌的最大相似性在97.4%~99.0%之间,有可能为芽胞杆菌新种资源。     

利用多态性片段长度扩增(AFLP)法对印度大吉岭茶树遗传多样性的研究

大吉岭地区的茶树因其特殊的地理环境而具有遗传特点。其不同品系的基因组DNA指纹分析证明有很高的多态性,所以适合以AFLP来研究其无性品系茶树的基因。聚类分析显示,其遗传系统树图谱与先前以形态特征为依据的分类结果一致。大吉岭茶树各品系间的遗传相似性达到70%。在中国类型品种中遗传变异程度较大。在三个种质类型(viz. China, Assam and Cambod type)之间及内部的变异程度分别为63%和36%。     

46份菌草种质资源PEPC基因的PCR-RFLP多样性分析

根据近缘种间同源基因序列保守的原理,设计20对可用于扩增菌草PEPC基因的特异性PCR反应引物。利用PCR-RFLP技术对46份菌草种质资源进行PEPC基因多样性分析。结果表明：12对引物可对供试材料实现有效特异性扩增,PCR产物经限制性核酸内切酶Hae III酶切,在46份材料上共给出176(平均每对引物14.7)个变异类型。UPGMA聚类分析结果表明,材料间遗传相似系数(SM)在0.86～1,在遗传相似系数为0.865时,46份材料可分为四大类群,这表明PCR-RFLP技术可有效用于菌草资源的遗传多样性分析。     

基于ISSR标记的火龙果种质资源遗传多样性分析

为明确火龙果种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系,以69份火龙果核心种质为研究对象,采用ISSR分子标记进行火龙果遗传分析.结果表明:13条ISSR引物共检测到247个位点,其中多态性位点数为232个,多态性条带百分比(PPB)为93.93％,平均多态性信息含量(PIC)为0.9189;平均观测等位基因数(Na)为1.9...     

利用SSR分子标记研究白菜类亚种资源的遗传多样性

为研究几种白菜类亚种资源的演变过程,利用白菜SSR引物对94份白菜类亚种种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,19对SSR引物扩增出137个条带,平均每对引物可扩增出7.16个;多态性位点百分率(P)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、Shannon-Wiener指数(H’)和多态信息含量(PIC)的均值分别为:99.9%、0.897、11.598、2.454、0.886,除P值外,4个指标间相关性极显著;94份白菜类亚种种质资源的UPGMA聚类结果表明:在遗传相似系数为0.58时实验材料分为3类,多数地方种菜心与小白菜亲缘关系更近。白菜SSR引物对大(小)白菜基因组具有较好的多态性、红菜苔次之、野生芥菜最低。     

利用SSR标记分析栽培种花生多态性及亲缘关系

利用11对SSR引物对24个栽培种花生品种(包括四大类型)进行PCR扩增分析,其中4对检测到明显的多态性,共检测到33个等位基因变异,每一个位点上检测到的等位变异数为5～13个,平均为8.25个.根据扩增结果可以将24个品种中的21个相互区分.供试品种间的遗传相似系数值在0.2～1.0之间,平均为0.4788.根据UPGMA聚类分析结果显示供试品种大多数按亚种聚为两大类群(Ⅰ、Ⅱ);在两大类群下,大多数品种也基本上按类型分类.本研究结果表明,SSR在分析栽培种花生DNA多态性和遗传关系方面非常有用.     

山西省西伯利亚远志种质资源的ISSR分析

应用ISSR标记对山西省7个野生居群和1个人工栽培居群共60份西伯利亚远志种质进行遗传多样性分析。结果表明：从100对ISSR引物中共筛选出20条多态性好、条带稳定的引物,60份材料DNA共获得338个扩增位点,其中多态性位点334个,多态性比率为98.82%;有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)及Shannon多样性信息指数(I)分别为1.433 7、0.265 6和0.414 2,居群的遗传相似度在0.655 2～0.977 9,表明8个居群具有丰富的遗传多样性,这与其自身繁殖特点有     

16S rDNA序列分析法对香蕉根部内生细菌种群多样性初析

采用16S rDNA序列分析法对香蕉根部内生细菌种群多样性进行初步研究,随机选择12个阳性克隆测序。结果表明,该序列与未培养及可培养的芽孢杆菌、雷尔氏菌、伯克氏菌、戴尔福特菌、肠杆菌等细菌的序列同源性在97%～100%之间,说明香蕉根部存在大量未培养及可培养的内生细菌。     

叶用甜菜随机扩增多态DNA(RAPD)分析

利用ＲＡＰＤ技术,对３０（１份糖甜菜,对照）份Ｂｅｔａ属叶用甜菜种质资源材料的总ＤＮＡ进行ＲＡＰＤ分析,并利用ＵＰＧＭＡ法绘制聚类分析图谱。结果表明：１）２９份叶用甜菜样品和１份糖甜菜样品护增多态性高,１２个引物共扩增出１１０条带,公共带９条,多态性频率高达９１．８１％,平均每个引物扩弱９．１７条带,特有带６条;２）３０个材料间遗传距离变异范围为０．１５００～０．６７１２,亲缘关系最近的是ＢＣ００４和ＢＣ００５（０．１５００）,最远的是ＢＣ０２７和甜研７号（０．６７１２）;３）来源于希腊、土耳其的叶用甜菜与中国叶用甜菜种质间存在一定的种内遗传变异,一部分与中国叶用甜菜亲缘关系更近一些。本研究首次建立了以叶用甜菜聚类在一起,尤其是与中国叶用甜菜亲缘关系更近一些。本研究首次建立了以叶用甜菜嫩花蕾为试材,采用略有改进     

75份腰果种质资源的RAPD分析

利用RAPD技术,对75份国内现有的腰果种质资源进行遗传亲缘关系及分类研究。利用45个随机引物对75份腰果种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,共扩增出407条谱带,其中多态性谱带为294条,多态率达72.24%,表明75份腰果种质资源具有丰富的多态性。75份国内现有的腰果种质遗传相似性分析结果表明,各种质资源间的遗传相似系数在0.690~0.936之间,平均相似系数为0.841;通过UPGMA法建立了75份腰果种质资源的亲缘关系聚类图,当D=0.79时,将75份腰果种质划分成16个类群。分析结果表明多数来源相同的种质资源表现出较为密切的亲缘关系。