鸡新城疫病毒F基因的克隆及序列分析

研究旨在从分子生物学角度研究新城疫病原F基因,探究NDV F基因的遗传变异情况及其蛋白结构。提取新城疫病毒基因组RNA,根据GenBank中已知的NDV La Sota株序列设计引物扩增F基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行鉴定,对鉴定正确的重组质粒pMD-NDV-F进行测序分析。应用生物信息学软件对新城疫病毒F基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、蛋白结构跨膜区分析及F蛋白三级结构的预测。核苷酸序列测定结果表明：F基因为1792 bp,共编码553个氨基酸;生物信息学分析结果表明：F基因在种属间具有较高的保守性,试验获得的F基因与NDV La Sota、Clone30、V4、B1等弱毒株的一致性较高,具有典型的弱毒株特性,F基因的氨基酸序列与新城疫病毒La Sota株F基因的序列同源性最高可达100%;F蛋白的三级结构预测结果显示：F蛋白部分片段与新城疫病毒F蛋白融合片段的相似性为96%。研究为新城疫病毒的分子病毒学研究奠定了基础。     

H7N7亚型禽流感病毒血凝素B细胞和Th细胞表位预测及初步鉴定

摘　要 　目的 预测H7N7亚型禽流感病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)B细胞和Th细胞相关抗原表位,并对所获表位的抗原性进行初步鉴定。方法 根据禽流感流行趋势,从GeneBank下载H7N7禽流感病毒HA氨基酸序列,使用生物信息学方法,对所下载序列进行预测与分析,获得H7N7亚型禽流感病毒血凝素B细胞和Th细胞相关抗原表位。通过H7亚型禽流感病毒阳性血清,初步验证所选表位抗原性。结果 获得了5个H7N7亚型禽流感病毒候选B细胞和Th细胞表位,经过间接ELISA方法分析,其中HA165~178,HA180~193,HA241~255表序列相对保守,与流行的H7N7亚型禽流感病毒HA相应区域具有较好的一致性,同时具有与H7型禽流感病毒阳性血清抗体结合能力,预示了其成为功能表位的可能。结论 所筛选的表位具有成为H7N7亚型禽流感病毒HAB细胞和Th细胞相关抗原表位的可能,为H7N7亚型禽流感表位疫苗的研究奠定基础。     

高抗体水平肉种鸡H9N2的分离鉴定及HA基因序列分析

从抗体水平较高、产蛋下降的种鸡群分离到一株具有血凝特点的病毒,经HI交叉抑制试验证实为H9N2病毒,命名A/Chicken/Shandong/LY/08,病毒对SPF鸡无致病性,IVPI为0。对其HA基因进行克隆测序,HA基因氨基酸裂解位点的基序为RSSR↓GL,与弱毒基序一致。A/chicken/Shandong/LY/08分离毒株与GenBank上发表的山东参考株HA基因的核苷酸之间的同源性为95.2%～99.6%,氨基酸序列之间的同源性为95.4%～99.5%。与国外A/ck/Korea/ms96/96、A/Parakeet/chiba/1/97和A/turkey/Wisconsin/1/1966 HA基因核苷酸序列同源性为82.6%～91.6%,氨基酸序列同源性为87.9%～92.2%。系统进化树分析表明,该毒株与近年来国内流行的H9N2禽流感毒株类似。     

鸡白细胞介素2的克隆及其序列分析

旨在从分子生物学角度进一步研究鸡免疫刺激因子白细胞介素2(IL-2),探究IL-2蛋白结构。根据GenBank发表的IL-2序列设计引物扩增IL-2基因,将其克隆到p GM-T载体后进行鉴定,鉴定正确的pT-IL-2重组质粒,然后对其进行序列分析。应用生物信息学软件对IL-2序列进行跨膜区、磷酸化位点、氨基酸序列、开放阅读框进行分析和IL-2蛋白的三级结构进行预测。核苷酸序列测定结果表明:IL-2基因片段为430 bp,编码143个氨基酸。生物信息学分析结果表明:本实验获得的IL-2基因编码的蛋白质中含有1个丝氨酸和3个苏氨酸,这可能成为蛋白激酶磷酸化的位点。IL-2蛋白可能在5~28位含有跨膜区。其蛋白二级、三级结构预测结果显示其属于亲水性蛋白,多为α-螺旋、β-转角和N端无规卷曲结构。该结果为IL-2的分子生物学探究奠定了基础。     

2009年山东H9N2亚型禽流感M基因的分子进化分析及对哺乳动物致病性的研究

根据GenBank公布的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)M基因序列设计引物,通过反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法扩增H9N2亚型禽流感病毒M基因,并与GenBank中AIV M基因序列进行了同源性比较和氨基酸编码分析,绘制了M基因的系统发育进化树。结果表明：这6株病毒的M基因的核苷酸同源性在95.9-99.4%。M1蛋白的同源性在97.6-99.6%。M2蛋白的同源性在95.1-100%。进化分析这6株病毒都属于A/Quail/Hong- Kong/G1/97 (G1)-like 分支。这6株病毒的M2蛋白的第31位氨基酸存在S→N（AGT→AAT）的变异,都具有金刚烷胺的抗性。以106 EID50 的剂量,将H9N2 病毒鼻腔感染BALB/c 小鼠,结果表明H9N2 亚型流感病毒可以对哺乳动物小鼠可使得体重下降,也可致死。.本研究结果对于揭示H9N2 亚型禽流感流行规律和病毒的致病机理具有一定的意义。     

产蛋异常蛋鸭H9N2亚型禽流感病毒的分离鉴定

从表现产蛋异常的蛋鸭中分离到1 株病毒, 经血凝抑制试验（HI）和聚合酶链反应（PCR）方法鉴定为H9N2亚型禽流感病毒。在GenBank中,BLAST分析扩增的该病毒3个基因片段表明,该株病毒与96年我国山东鸡H9N2亚型禽流感病毒(A/chicken/Shandong/6/96(H9N2))各相应的基因片段同源性最高,均为99%,所扩增的3个片段均为禽源H9N2亚型禽流感病毒的相应基因片段。对HA基因的遗传进化分析表明,该病毒与参考毒株（A/CK/BJ/94）处于同一进化分支上。     

H1N1亚型猪流感病毒SW/HN/405/10株神经氨酸酶基因来源的探究

为了研究H1N1亚型猪流感遗传演化与变异的特性,2010年2月从河南省某发病猪场采集疑似猪流感的病猪鼻拭子,通过鸡胚尿囊腔传代接种法分离病毒,利用血凝试验(HA)、血凝抑制试验(HI)及RT-PCR方法对病毒分离株进行鉴定,并对分离株的NA基因进行了序列扩增及遗传进化分析。结果表明：分离到一株H1N1病毒,命名为A/swine/Henan/405/2010(H1N1)(SW/HN/405/10);同源性分析结果发现：分离毒株NA基因与GeneBank中登录的类禽型H1N1流感病毒代表株有较高的同源性(92.1%~99.4%),与A /swine/ Hong Kong/ NS62 /2005的同源性最高;NA核苷酸序列分析发现：没有核苷酸插入或缺失,其酶活性中心,二硫键及糖基化位点高度保守,但抗原位点有变异;系统进化树分析发现：该分离株的NA基因与类禽型H1N1猪流感病毒进化关系最近且处于同一分支上。由此推测该分离株NA基因可能来源于类禽型H1N1猪源谱系,遗传特征相对稳定,但同时也发生了一定的变异,说明该分离株还在不断地变异和演化。     

新城疫病毒La Sota株HN基因的克隆与序列分析

旨在从分子生物学角度进一步研究新城疫病毒La Sota株HN基因,探究NDV La Sota HN基因的遗传变异情况。研究以试验室冻存的p NDV-HN为模版,根据Gen Bank中登录的NDV La Sota株序列设计引物扩增HN基因,将其克隆到pMD18-T载体后进行鉴定,对鉴定正确的重组质粒p MD-NDV-HN进行测序分析。应用生物信息学软件对新城疫病毒Lasota株HN基因进行系统进化树分析、氨基酸序列同源性分析、糖基化位点、蛋白结构跨膜区分析及磷酸化位点预测分析。核苷酸序列测定结果表明:HN基因的序列长度为1743bp,该基因的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)总长为1716 bp,编码571个氨基酸。生物信息学表明:试验获得的HN基因具有6个潜在糖基化位点及12个半胱氨酸残基,第5个潜在糖基化位点(508-510 aa)发生缺失及第123位半胱氨酸残基被色氨酸残基取代。La Sota株HN基因编码的蛋白质中有29个丝氨酸、10个酪氨酸和16个苏氨酸可能成为蛋白激酶磷酸化位点。将试验获得的La Sota株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫毒株的HN基因相应序列比较后发现,它们的核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高均可达到99%,表明HN基因在种属间具有较高的保守性。研究为新城疫病毒的分子病毒学研究奠定了基础。     

10株不同年代H9N2 AIV NA基因的克隆及序列分析

利用RT-PCR技术克隆了10株涵盖不同分离年代和不同毒力的H9N2亚型AIV的NA基因,序列分析表明,10株AIV的NA基因的核苷酸和推导的氨基酸同源性高,进化稳定。系统进化树分析表明,其NA基因都属欧亚大陆禽分支,H9N2流感病毒的分布与地域有相关性。其NA蛋白氨基酸序列潜在的糖基化位点以及氨基酸红细胞吸附位点出现的变化尚不能解释这些毒株生物学特性上的差别。但这些研究结果从理论上丰富了H9N2亚型禽流感的分子流行病学,也为进一步研究该类毒株的进化提供了依据。     

洞庭湖区H10亚型禽流感监测及其遗传进化分析

为了解洞庭湖区H10 亚型禽流感病毒的流行分布及遗传进化情况,为该地区H10 亚型禽流感的防控及该亚型病毒在禽流感病毒进化中所起的作用提供一些参考。在环洞庭湖地区活禽批发市场和水禽场上采集家禽和环境拭子,对其进行病原分离、鉴定和测序,应用Mega 5 软件包对病毒基因进行多序列比对和进化树的绘制与分析。结果显示：在活禽批发市场上总共分离到11 株H10 亚型禽流感病毒,分离的H10 亚型禽流感阳性样品全来源于鸭拭子;在1 个鸭场分离到2 株H10 亚型禽流感病毒;其中2株分离毒株序列分析显示其HA蛋白的裂解位点为PELMQGR/GLF,属于低致病性病毒,与以往在其他国家（蒙古、瑞典、荷兰、泰国、日本等）野鸟中分离的H10亚型病毒处于同一分支。     

表达禽流感HA基因的重组马立克氏病病毒的构建

本试验首先用RT-PCR方法扩增出H9N2亚型禽流感病的HA基因,大小约1 700 bp,将其克隆到真核表达载体pcDNA中,并将该真核表达载体上的CMV启动子控制的含LacZ和HA基因表达盒克隆入马立克氏病病毒US2基因中,成功的构建了马立克氏病病毒的转移载体。然后,通过脂质体方法转染已感染马立克氏病病毒的鸡胚成纤维细胞(CEF)中,通过蓝斑筛选获得重组病毒。该重组病毒通过PCR方法鉴定证实其基因组中含有完整的HA基因。免疫酶反应和Western-blot证实重组病毒表达了禽流感HA蛋白,表达的HA蛋白具有血凝活性。     

H9N2亚型禽流感安徽分离株CK/AH/1/10的分子特征

为了了解H9N2亚型禽流感病毒安徽分离株CK/AH/1/10基因组的分子特征,本研究采用RT-PCR方法扩增了CK/AH/1/10分离株8个片段的基因,克隆测序后进行同源性比较及遗传进化分析。结果显示:分离株CK/AH/1/10 HA蛋白的裂解位点为低致病性禽流感病毒,参照Guan等[4]对H9亚型禽流感病毒HA基因的分类标准,可将CK/AH/1/10株归属于欧亚系G9-like亚分支。     

H9N2亚型AIV HA基因的克隆及其在昆虫细胞中的表达

[研究目的]利用杆状病毒表达系统表达AIV H9N2亚型HA基因以获得可以利用的HA蛋白;[方法]应用DNAStar软件,参照Genbank中注册的AIV H9N2亚型HA基因序列,设计了一对引物,用RT-PCR方法成功地扩增出带双酶切位点的H9亚型AIV的HA基因,通过BamH Ⅰ和Xho Ⅰ双酶切位点将H9HA基因插入转移质粒载体pFastbacHTa中,获得重组转移载体pFastbacHTa-H9HA并将其转化DH10 Bac细胞,与Bacmid发生位点特异性转座作用,得到重组穿梭载体Bacmid-H9HA,再将其转染昆虫细胞High Five,进行PCR鉴定、SDS-PAGE和Westem Blot检测;[结果]HA基因正确地插入到病毒基因组的多角体蛋白基因启动子下游,HA基因在High Five细胞中得到了表达,H9HA大小约为67 KD,而且表达的产物具有特异免疫学反应性;[结论]HA基因在昆虫细胞获得表达,为进一步生产检测H9N2亚型流感病毒的检测试剂或者构建亚单位疫苗奠定了基础.