贵州3个地方猪种的mtDNA D-loop序列遗传多样性分析

为了研究3个贵州地方猪种(白洗猪、从江香猪和黔北黑猪)mt DNA D-loop区的遗传多样性,本试验采用PCR直接测序的方法测定了3个贵州地方猪种共57个个体的mt DNA D-loop区全序列。结果表明,3个贵州地方猪种mt DNA D-loop区序列长度为1254~1314bp,可分为高变区、串联重复区和保守区,串联重复片段有4种,可分为A型和B型;D-loop区的碱基含量特点为A+T明显高于G+C;在白洗猪、从江香猪和黔北黑猪的高变区分别检测到6、6、8个均为转换的突变位点,分别定义了4、4、6种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.6386~0.8974,核苷酸多样度为0.0025~0.0035,3个贵州地方猪种均表现出较为丰富的遗传多样性。     

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析

荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。     

6个猪品种PODXL基因中ALGA0105966位点多态性与体尺指标的关联分析

采用等位基因特异性PCR方法,对香猪、黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪、大白猪6个中外猪品种足细胞标记蛋白(podocalyxin,PODXL)中的1个单核苷酸多态性位点ALGA0105966进行基因分型,研究该位点的多态性与猪的体尺指标之间的关联。从6个猪品种的PODXL基因中检测到ALGA0105966位点的基因频率存在多态性变化,香猪、柯乐猪和荣昌猪中以AA纯合型为优势基因型,A等位基因的频率明显高于G(P0.01);黔北黑猪、糯谷猪、大白猪以杂合的AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P0.05);关联分析结果表明:ALGA0105966位点的基因型与香猪的管围、柯乐猪的体高、体长、胸围、腹围、体重以及黔北黑猪的胸围、体重存在弱的正相关关系,与荣昌猪的体宽呈中度正相关。推测PODXL基因中ALGA0105966位点可能与地方猪的体尺和体重变化有关。     

5个安徽地方猪种和5个引进猪种微卫星标记遗传多样性分析

采用30个微卫星DNA标记检测5个安徽地方猪种(定远猪、圩猪、安庆六白猪、皖南黑猪、皖南花猪)和5个引进猪种(巴克夏、杜洛克、皮特兰、大约克夏、长白)的等位基因,并进行了遗传多样性、F统计量、Nei's遗传距离和UPGMA聚类分析。结果表明,30个微卫星座位共检测到380个等位基因,10个猪种的遗传多样性丰富:有效等位基因数2.274 2~4.513 1,期望杂合度范围为0.496 3~0.777 7,多态信息含量范围为0.466 8~0.750 4,安徽地方品种的有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量均高于引进品种。5个安徽地方品种和5个引进品种的遗传分化系数变化范围分别为0.059 1~0.239 4和0.113 1~0.407 5。地方品种和引进品种的基因流平均分别为1.418 7和0.887 3。10个品种之间的遗传距离和遗传相似系数分别为0.341 4~1.628 6和0.196 2~0.710 8。聚类分析显示,5个地方品种和5个引进品种分别聚为一类,地方品种中圩猪和安庆六白猪首先聚为一小类,再与定远猪聚为一小类,皖南黑猪和皖南花猪单独聚为一小类,最后聚为地方品种类中;引进品种中,杜洛克与大约克夏首先聚为一小类,再先后与长白、巴克夏聚为一小类,最后与皮特兰聚在引进品种类中。该研究中30个微卫星座位在10个品种猪中具有丰富的遗传多样性,客观地反映了5个安徽地方品和5个引进品种的遗传关系和遗传分化,为地方品种资源的保护和利用工作提供科学依据,也为研究引进品种的多样性提供基础数据。     

5个猪种HSD17B12基因结构变异SV225的多态性研究

基于香猪基因组重测序结果,发现HSD17B12基因内含子3中存在一个254 bp的结构变异位点,命名为SV225。为探索SV225在不同猪群体间多态性分布以及基因型与香猪产仔数的关系,选取4个贵州地方猪种(香猪、柯乐猪、江口萝卜猪、黔北黑猪)和1个欧洲猪种(大白猪)为动物样本,利用PCR检测5个猪种中结构变异SV225的分布频率。结果显示,4个贵州地方猪种中均检测到3种基因型:插入型Ⅱ,杂合型DI与缺失型DD,SV225多态性丰富,大白猪仅检测到Ⅱ型。4个贵州地方猪群相比,香猪和柯乐猪的D等位基因占优势,江口萝卜猪和黔北黑猪中Ⅰ等位基因比例更高。经卡方检验,香猪、柯乐猪的D等位基因频率显著高于江口萝卜猪和黔北黑猪(P0.01),且4个贵州地方猪种的D等位基因均显著高于大白猪(P0.01)。分析3种基因型与香猪产仔数的关系,发现Ⅱ型个体的第三胎平均产仔数比DI型多2.25头(P0.01)。本研究结果提示HSD17B12基因中的结构变异SV225与地方猪的产仔数可能存在一定的联系。     

七个贵州地方猪种RYR1基因突变的分布

兰尼定受体1(Ryanodine Receptor1,RYR1)基因中的单个氨基酸(R615C)是导致猪应激综合征、影响肉质的重要原因。采用RFLP方法,以大白猪、二个杂交猪群(杜洛克×长白猪×大白猪和长白猪×大白猪)为对照,研究了糯谷猪、萝卜猪、柯乐猪、宗地花猪、香猪、关岭猪和黔南黑猪7个贵州地方猪种RYR1基因突变的分布类型。结果表明,从柯乐猪中检测到一例杂合基因型RYR1Nn,杂合基因型的发生频率为2.08%,其余6个贵州地方猪种糯谷猪、萝卜猪、宗地花猪、香猪、关岭猪和黔南黑猪均为正常的基因型RYR1NN,对照组中,外三元、外二元杂交猪和大白猪中均检测到RYR1Nn基因型,杂合基因型的发生频率分别为11.11%、12.12%和5.77%,说明贵州地方猪种中RYR1基因的突变频率低于商品猪,但也存在一定的比例,应加强对地方猪种的利用和保护。     

贵州白香猪群体遗传结构的微卫星分析

采用27对微卫星标记对贵州大学香猪育种场F₁₁、F₁₂世代贵州白香猪的2个品系进行遗传结构分析。试验结果显示,F₁₁世代贵州白香猪Ⅰ、Ⅱ系的平均有效等位基因、平均期望杂合度、平均多态信息含量和平均近交系数分别为1.9281、1.8189,0.4582、0.4221,0.3664、0.3348和0.5418、0.5779;F₁₂世代贵州白香猪Ⅰ、Ⅱ系的有效等位基因、平均杂合度、平均多态信息含量和平均近交系数分别为1.8289、1.7100,0.4315、0.3868,0.3430、0.3063和0.5685、0.6132。结果表明,经过多个世代的近交繁育,贵州白香猪群体的基因多态性低,近交程度高,已成为一个稳定的遗传群体。     

安徽省3个地方鸡品种的遗传多样性分析

运用微卫星标记对淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡和五华鸡3个地方品种遗传多样性进行了分析.在5个座位中,共检测到23个等位基因数,平均有效等位基因数为1.5396,杂合度为0.2920,多态信息含量为0.4156.3个地方品种中,淮南麻黄鸡遗传多样性最低,五华鸡遗传多样性最高.根据5个微卫星座位等位基因频率计算群体遗传一致度和标...     

贵州白香猪选育群体遗传结构变化分析

为了开发贵州白香猪的利用价值,试验采用微卫星标记对白香猪选育群体和原始种群的遗传变异进行了检测.结果表明:2个种群的平均等位基因差距较大,平均杂合度、PIC和平均近交系数均有明显变化,说明贵州白香猪选育群体已成为一个稳定的遗传群体,符合封闭群动物的遗传特征.     

贵州白香猪选育群体遗传结构变化分析

为了开发贵州白香猪的利用价值,试验采用微卫星标记对白香猪选育群体和原始种群的遗传变异进行了检测。结果表明:2个种群的平均等位基因差距较大,平均杂合度、PIC和平均近交系数均有明显变化,说明贵州白香猪选育群体已成为一个稳定的遗传群体,符合封闭群动物的遗传特征。     

微卫星标记分析福建地方品种猪的遗传多样性

采用8个微卫星座位对福建省5个地方猪种(槐猪、官庄花猪、莆田黑猪、闽北花猪、武夷黑猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、Nei氏标准遗传距离。结果表明:8个位点均为高度多态位点;5个猪种群体内的遗传多样性比较高,8个微卫星位点平均杂合度介于0.7006～0.7760之间;多态信息含量在0.6917～0.7609之间;槐猪与武夷黑猪的遗传距离最小0.5531,官庄花猪与闽北花猪的遗传距离最大0.8618。     

布拖黑绵羊微卫星标记遗传多样性研究

本文旨在研究布拖黑绵羊群体的遗传特性,选择了位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,统计等位基因、多态信息含量、杂合度等,分析布拖黑绵羊群体的遗传多样性。结果表明,布拖黑绵羊群体30个微卫星标记具有4~13个等位基因,平均为7.27个等位基因;30个微卫星标记的观察杂合度为0.3269~0.8846,平均为0.6269;期望杂合度为0.3620~0.8865,平均为0.6769;多态信息含量为0.3338~0.8660,平均为0.6257,显示布拖黑绵羊群体具有丰富的遗传多样性。     

安徽省3个地方鸡品种的遗传多样性分析

运用微卫星标记对淮南麻黄鸡、皖南三黄鸡和五华鸡3个地方品种遗传多样性进行了分析。在5个座位中,共检测到23个等位基因数,平均有效等位基因数为1.5396,杂合度为0.2920,多态信息含量为0.4156。3个地方品种中,淮南麻黄鸡遗传多样性最低,五华鸡遗传多样性最高。根据5个微卫星座位等位基因频率计算群体遗传一致度和标准遗传距离并构建系统发生树,五华鸡与皖南三黄鸡遗传关系最近,皖南三黄鸡与淮南麻黄鸡最远。研究结果与这些地方品种的地理分布、育成历史相一致,同时也佐证了微卫星标记是研究鸡群体遗传关系的一个有用工具。     

贵州地方猪品种与欧洲猪品种MUC13基因的多态性比较

产肠毒素大肠杆菌(Enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)是导致仔猪腹泻的主要病原,MUC13基因被认为是控制仔猪ETEC易感或抗性的候选基因。本文通过等位基因特异性PCR(Allele-specific PCR)方法对4个贵州地方猪种MUC13基因的多态性进行研究,并与两个欧洲猪群相比较。结果显示:贵州地方猪群中MUC13基因的G等位基因频率较高,特别是香猪和黔北黑猪群体分别达到了95.21%和96.43%,与贵州地方猪品种优良的抗腹泻表现相符。提示贵州地方猪品种MUC13基因的G119A位点可以作为抗腹泻筛选的SNP分子标记。     

贵州地方猪BF基因遗传变异分析

本试验运用PCR和序列测定法对香猪、可乐猪、黔北黑猪3个贵州地方猪种共计95头猪进行BF基因检测及序列分析。3个品种猪群均在BF基因的第16外显子45 bp出检测出A→C的突变,命名为BF-exon 16-A45C,该突变产生了AA、AC、CC 3种基因型,并且致使编码氨基酸由谷氨酸(E)变为天冬氨酸(D)。3个品种猪群中等位基因频率分布不均匀,分别为:可乐猪(A:0.6667、C:0.3333),香猪(A:0.8788、C:0.1212),黔北黑猪(A:0.7812、C:0.2188)。经χ2适合性检验,只有可乐猪群体在该位点上达到了Hardy-Weinberg平衡,而香猪群体和黔北黑猪群体该位点偏离Hardy-Weinberg平衡。     

南阳黑猪与栾川黑猪的种群遗传关系研究

利用10个微卫星位点对南阳黑猪和栾川黑猪的遗传关系进行研究。计算并统计了平均观察等位基因数、平均有效等位基因数、平均多态信息含量、平均期望杂合度、平均观察杂合度、遗传相似系数和遗传距离等遗传参数,并进行t检验分析。结果表明,10个微卫星位点在南阳黑猪46个个体中共检测到116个等位基因,平均每个位点有11.6个等位基因;在栾川黑猪30个个体中共检测到88个等位基因,平均每个位点8.8个。各遗传参数t检验分析结果显示:南阳黑猪与栾川黑猪间均有极显著性差异(P<0.01)。南阳黑猪和栾川黑猪群体间遗传相似系数为0.7317,遗传距离为0.3124。研究表明,南阳黑猪与栾川黑猪两群体间存在显著遗传分化,因而可能属于不同的黑猪品种。     

小尾寒羊微卫星DNA多态性研究

本研究利用5个微卫星标记BL1038、BM757、BM4621、OarFCB304、OarFCB48对小尾寒羊的遗传多样性进行了分析。结果表明,小尾寒羊群体在5个微卫星标记中共发现有57个等位基因,小尾寒羊群体的有效等位基因数(Ne)在5.7315~12.3025之间,5个微卫星标记的有效等位基因数平均达到7.4888个,其中OarFCB48的有效等位基因数最高为12.3025个。5个微卫星标记中平均杂合度为0.8559 ,其中OarFCB48的杂合度最高为0.9187。微卫星标记OarFCB48的多态信息含量(PIC)最高为0.9130,BM757的PIC最低为0.8091,平均PIC为0.8439。说明小尾寒羊群体属于多态信息含量较高的遗传群体。     

两种分子标记对我国斗鸡遗传多样性的联合分析比较

为了准确评价我国斗鸡遗传多样性,以我国重要的5个斗鸡品种为研究素材,应用SSR标记和mtDNA细胞色素b基因标记联合分析5个斗鸡品种的遗传多样性并作相应的比较。微卫星标记分析结果显示:西双版纳斗鸡群体杂合度最高,为0.662;河南斗鸡群体杂合度较低,为0.532。说明河南斗鸡基因型趋于一致。线粒体DNA细胞色素b基因分析结果:5个斗鸡品种共有6种单倍型,单倍型多样度为0.42857~0.78571;核苷酸多样度为0.00081~0.00659。研究表明,微卫星标记比较适合斗鸡群体遗传多样性分析,评价结果更符合品种的历史形成和实际状态。     

利用微卫星标记对四个绵羊品种遗传多样性的初步研究

采用3个微卫星标记，对4个中国地方绵羊品种进行遗传多样性检测。利用POPGENE软件分析了受试羊等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数、遗传杂合度。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。