11个猪群体BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异分析

本研究旨在对猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因的多态性进行系统分析,为今后探讨猪BPI基因与疾病抗性的关系提供理论依据。采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外10个猪品种BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异进行检测及序列分析。结果表明:11个猪品种中共检测到AA、BB和AB 3种基因型,2个等位基因,其中野猪、藏猪、荣昌猪和淮猪群体中AA基因型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因;外来商业化猪品种中,杜洛克群体AA基因型频率较高。序列分析表明AA基因型与GenBank中的序列一致,BB基因型存在A27G同义突变位点和T118G错义突变位点。基于BPI基因的等位基因频率构建11个猪群体的系统发生树,第1类群包括野猪、淮猪、藏猪、荣昌猪、杜洛克;第2类包括约克夏、长白猪、枫泾猪、梅山猪、二花脸、苏太猪。本研究结果显示,猪群体间基于BPI基因多态性上存在的差异与体型、生产类型及地理分布等因素没有显著的联系。     

绵羊骨骼肌特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态检测

试验旨在研究骨骼肌中特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态,分析其与绵羊骨骼肌发育表型的相关性。采用PCR-SSCP技术对miR-133前体序列在特克赛尔羊、中国美利奴细毛羊、阿勒泰羊和湖羊四种不同产肉性能的绵羊群体进行了多态性检测,并分析多态性位点对miR-133前体序列二级结构、二级结构稳定性及加工、成熟的影响。结果表明,miR-133前体序列下游194bp(g.54047535)处检测到AG突变,并且该SNP与绵羊的产肉性能存在明显的相关性,在特克赛尔羊中GG是优势基因型,G等位基因频率高达0.86,是中国美利奴细毛羊群体该位点频率的4倍。二级结构的生物信息学预测结果表明,该SNP位点致使miR-133前体的二级结构发生明显改变,自由能值降低3.2kJ/mol。以上结果提示,绵羊miR-133前体序列的SNP(g.54047535)位点可能对miR-133前体的加工成熟具有重要影响,并最终影响绵羊的产肉性能。     

合作猪γ-IFN基因外显子4多态性分析

为了研究合作猪γ-IFN基因的多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点,各等位基因是否符合Hardy-Weinberg平衡状态、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度,采用PCR-SSCP方法检测了138头合作猪γ-IFN基因外显子4的等位基因,并克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,就基因型和等位基因单倍型序列数据开展分析。序列比对分析发现5个核苷酸多态位点,其中5 284 bp(A→G)、5 341 bp(G→A)、5 371 bp(A→G)为新发现突变位点。试验群体发现4种基因型AA、AB、AC和AD,其中A等位基因频率为0.963 8,为优势等位基因。经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。γ-IFN基因遗传多态指数中,杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)均较低,表明合作猪γ-IFN基因比较保守。     

布莱凯特黑牛心脏脂肪酸结合蛋白基因单核苷酸多态性的研究

利用PCR-SSCP方法测定96头布莱凯特黑牛H-FABP基因外显子2和内含子2的部分序列多态性,并对含有多态序列的片段进行了序列分析。结果表明,引物1、3的扩增序列不存在多态性,引物2、4的扩增序列存在多态性;引物2在内含子第323位点处存在G→A突变,在群体中产生了AA、AB、BB 3种基因型,基因型频率分别为0.448、0.146、0.406,多态信息含量(PIC)为0.375,属于中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率不处于Hardy-Weinberg平衡状态;引物4在内含子2第872位点处存在C→G的突变,产生了HH、Hh、hh3种基因型,基因型频率分别为0.104、0.417、0.479,多态信息含量(PIC)为0.337,为中度多态(0.25χ²检验该位点基因型频率达到Hardy-Weinberg平衡状态。     

TAP1基因外显子3在9个不同猪群体中的遗传多态性分析

本研究利用PCR-RFLP法检测了TAP1基因在4个中国地方猪品种、1个培育猪品种、3个引进猪品种和亚洲野猪等9个群体中的遗传多态性。结果表明:TAP1基因外显子3发现1处SNP位点G729A,并且在所有群体中均检测到3种基因型(AA、AB和BB型),其中引进猪品种B等位基因频率较高,地方猪品种和亚洲野猪的A等位基因频率相对较高。G729A位点上不同基因型的分布在多数群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,但在苏太猪群体中发生了极显著偏离(P0.01)。群体内变异分析表明,地方猪品种和亚洲野猪的杂合度、有效等位基因数以及Shannon’s信息指数都普遍高于引进猪品种。UPGMA法聚类分析结果表明,9个群体共出现3个分支,3个外来猪品种聚为一类,苏太猪、梅山猪与二花脸猪聚为一类,淮猪、亚洲野猪与荣昌猪聚为一类。     

朗德鹅A-FABP基因内含子2多态性及其与产肝性能的关联分析

采用PCR-SSCP法检测77只朗德鹅A-FABP基因内含子2的多态性,并对基因多态性与肥肝性能进行关联分析。结果表明:扩增序列大小为482 bp,发现有2个突变位点,在162 bp处发生T→C突变,在322 bp处发生C→T突变,鹅群中表现出AA、AB和BB 3种基因型,且基因型频率分别为0.1948、0.5455、0.2597,A和B等位基因基因频率分别为0.4676、0.5324,群体该多态位点处于Hardy—Weinberg遗传平衡状态。单因素方差分析显示,AB型个体的肝重和肝体比均最高,其中AB、AA型个体肝体比差异显著(P<0.05),AB、BB型个体肝重差异显著(P<0.05)。初步推断,A-FABP基因可作为影响朗德鹅产肝性能的候选基因,其中基因型AB为有利基因型。     

河北太行鸡含黄素单氧化酶3基因型频率分布研究

本试验旨在研究含黄素单氧化酶3(Flavin-Containing Monooxygenase 3,FMO3)基因T329S突变在河北太行鸡群体中的分布。本研究根据Gen Bank中公布的鸡FMO3基因序列设计引物,采用PCR-RFLP方法对517只河北太行鸡FMO3基因频率及基因型频率进行检测。结果显示,该位点在河北太行鸡群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);等位基因A、T频率分别为0.9023、0.0976;AA、AT、TT基因型频率分别为0.8201、0.1644、0.0155。结果表明,河北太行鸡群体中鱼腥味综合症易感基因型频率不高,可以通过PCR-RFLP的方法予以剔除。     

安卡鸡TLR4基因外显子2多态性及其与经济性状的关联分析

研究采用PCR-SSCP对安卡鸡TLR4基因外显子2多态性进行检测,并分析其多态性对经济性状的影响。结果表明:安卡鸡TLR4基因存在AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.3143、0.4000和0.2857,等位基因A、B的频率分别为0.5143和0.4857。χ2适合性检验表明,安卡鸡TLR4基因外显子2等位基因的分布处于Hardy-Weinberg平衡状态。序列分析结果显示,TLR4基因外显子2的114 bp和142 bp处各有1个G/A突变,G114A为沉默突变,没有引起氨基酸改变,G142A为错义突变,氨基酸由谷氨酸转变为赖氨酸。分析这3种基因型与安卡鸡一些重要经济性状间的关联性,表明,3种基因型个体间的生长发育性状、屠宰性状以及常规肉质等重要经济指标差异不显著,安卡鸡TLR4基因外显子2对重要经济性状没有显著的影响。     

不同绵羊群体KAP2基因多态性分析

为了探究KAP2基因在不同绵羊群体的多态性,本次试验利用PCR-SSCP的方法,分析新吉细毛羊、道赛特羊和小尾寒羊的基因型和突变位点,并对KAP2基因编码区序列进行多态性分析。结果:新吉细毛羊基因序列第292位点处发生T→C的突变,绵羊群体基因型可分为AA、AB、BB基因型;A基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.3261、0.3696、0.5217,B基因频率中新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6739、0.6304、0.4783,AA基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.2609、0.3043、0.3913,AB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.1304、0.2174、0.2609,BB基因型频率新吉细毛羊、道赛特羊、小尾寒羊分别为0.6087、0.4783、0.3478。结论:绵羊群体分为AA、AB、BB基因型,BB基因型为优势基因型。     

PRLR基因多态性与深县猪繁殖性能的关联分析

实验旨在研究催乳素受体（PRLR）基因多态性对深县猪繁殖性能的影响。通过PCR-RFLP技术结合混合池一代测序技术检测基因多态性，并与71头深县猪的繁殖性能进行关联分析，结果显示PRLR基因外显子8有2个突变位点，分别为A394G和A44G位点。A394G位点上存在AA、AG和GG 3种基因型，其中AG基因型个体的初生窝重显著高于GG基因型个体；A44G位点上存在AA、AG和GG3种基因型，其中AG基因型个体的总产仔数显著高于GG基因型个体。各位点皆为错义突变，且均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。因此，PRLR基因多态性与深县猪的繁殖性状显著相关，可作为深县猪分子遗传育种的候选基因。     

五指山猪FUT1基因SNP检测及生物信息学分析

为获得五指山猪FUT1基因序列并分析其基因结构,检测FUT1基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点在五指山猪群体中的分布情况,本试验利用PCR扩增猪FUT1基因组序列,通过基因测序寻找该基因中的SNP位点,使用PCR-RFLP方法对120头五指山猪进行了FUT1基因型检测,并运用生物信息学方法对FUT1基因序列进行分析。在猪FUT1基因组中共发现两个单碱基突变,分别位于编码区(A+307G)和3'非翻译区(A+1856C);在FUT1基因A+307G突变位点上,五指山猪均为GG基因型;此外,FUT1基因启动子区域和第2外显子处存在CpG岛。本研究成功获得五指山猪FUT1基因序列信息,为下一步五指山猪FUT1基因的功能研究奠定基础。     

五指山猪FSHβ基因克隆测序及生物信息学分析

为了克隆五指山猪的促卵泡素(follicle-stimulating hormone,FSHβ)基因,获得该基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,试验采用PCR扩增FSHβ基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,采用PCR产物直接电泳法检测FSHβ基因位点的多态性。结果表明:在猪FSHβ基因组中共发现6处单碱基突变位点,分别位于第1内含子(A-757G、A-645G、A-531G)和第2内含子(C+1 431T、A+1 434G、C+1 502T);多态性分析发现,在五指山猪中存在AA和AB两种基因型,其中A等位基因频率为0.96,B等位基因频率为0.04。     

6个猪品种PODXL基因中ALGA0105966位点多态性与体尺指标的关联分析

采用等位基因特异性PCR方法,对香猪、黔北黑猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪、大白猪6个中外猪品种足细胞标记蛋白(podocalyxin,PODXL)中的1个单核苷酸多态性位点ALGA0105966进行基因分型,研究该位点的多态性与猪的体尺指标之间的关联。从6个猪品种的PODXL基因中检测到ALGA0105966位点的基因频率存在多态性变化,香猪、柯乐猪和荣昌猪中以AA纯合型为优势基因型,A等位基因的频率明显高于G(P0.01);黔北黑猪、糯谷猪、大白猪以杂合的AG为优势基因型,A与G等位基因频率间的差异不明显(P0.05);关联分析结果表明:ALGA0105966位点的基因型与香猪的管围、柯乐猪的体高、体长、胸围、腹围、体重以及黔北黑猪的胸围、体重存在弱的正相关关系,与荣昌猪的体宽呈中度正相关。推测PODXL基因中ALGA0105966位点可能与地方猪的体尺和体重变化有关。     

猪微小RNA-15b前体突变对其生物学加工过程及前体脂肪细胞分化的影响

基于在猪微小RNA-15b(miR-15b)前体（pre-miR-15b）基因位点第58位碱基上发现了1个C>T突变（+58C>T）,本试验旨在探究此突变对微小RNA(miRNA)生物学加工过程以及对猪前体脂肪细胞分化的影响。试验通过构建野生型（pmR-miR-15bW）和突变型（pmR-miR-15bM）miR-15b过表达载体,分别转染猪原代前体脂肪细胞进行miR-15b的过表达试验,然后利用实时荧光定量PCR对比2组细胞pre-miR-15b和miR-15b成熟体的表达量,在体外细胞水平明确+58C>T对miR-15b生物学加工过程的影响;随后,诱导转染了不同基因型miR-15b过表达载体（pmR-miR-15bW和pmR-miR-15bM）的猪前体脂肪细胞成脂分化,利用实时荧光定量PCR对比2组细胞miR-15b靶基因叉头框蛋白O1(FOXO1)（可抑制脂肪细胞分化）以及成脂分化相关基因的相对表达量,同时结合油红O染色,明确此突变对猪前体脂肪细胞分化的影响。结果表明：2组细胞miR-15b初级转录本（pri-miR-15b）的表达量没有显著差异（P>0....     

枣庄黑盖猪群体中脊椎数候选基因的多态性与遗传分析

为了解枣庄黑盖猪种质特性,研究利用PCR和PCR-RFLP方法对影响脊椎数的2个候选基因NR6A1和VRTN在枣庄黑盖猪群体中的多态性进行检测,并应用生物学软件进行群体遗传分析及Hardy-Weinberg平衡检验。结果表明:枣庄黑盖猪群体中NR6A1基因c.575 AG位点有AA、AG和GG 3种基因型,AA基因型为优势基因型,VRTN基因存在ins/ins、ins/-和-/-3种基因型,缺失型基因型(-/-)为优势基因型,而且NR6A1和VRTN基因突变位点为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态。由此可见枣庄黑盖猪以前没有对NRA61和VRTN基因的突变位点进行选育,利用分子标记辅助选择可快速提高这两个基因的有利基因型频率,从而提高黑盖猪群体的脊椎数。     

皱皮香猪HAS2基因SNPs的鉴定及生物信息学分析

为了探究皱皮香猪全身性皮肤褶皱是否与透明质酸合成酶2（hyaluronan synthase 2,HAS2）基因变异有关,本研究以普通香猪为对照,采用特异性PCR方法克隆HAS2基因的外显子编码区,应用生物信息学方法分析测定基因编码区的碱基变异,检测变异位点在群体中的分布频率。结果显示,皱皮香猪HAS2基因中检测到4个SNPs位点：位于外显子1的T221A错义突变（导致亮氨酸替换为赖氨酸）和A228G同义突变,位于外显子2的T183C和外显子4的C537T同义突变。生物信息学分析发现,T221A和A228G位点构成4种单倍型,其中T-A为皱皮香猪群体的主要单倍型（27.5%）,且在皱皮香猪群体中紧密连锁（r²=0.253）,而且T221A和A228G突变可引起mRNA自由能和蛋白质结构发生变化,TA组合的自由能为-573.29 kJ·mol^-1,TG组合的自由能为-580.89 kJ·mol^-1,AG组合的自由能为-572.66 kJ·mol^-1;AA组合的自由能为-571.03 kJ·mol^-1;蛋白序列中亮氨酸替换为赖氨酸后,α螺旋由35.52%降为32.97%,自由卷曲由43.17%升至44.51%,同时引起蛋白序列三级结构的改变。位点T221A和A228G在香猪群体中呈现出丰富的多态性,均表现出3种基因型;关联分析结果显示,皱皮香猪T221A位点的A等位基因频率显著高于普通香猪（P<0.05）,A228G位点中皱皮香猪的G等位基因频率极显著高于普通香猪（P<0.01）。T183C位点的C等位基因频率和C537T位点的T等位基因频率在皱皮香猪和普通香猪间未达到显著性差异（P>0.05）。研究结果揭示,HAS2基因的外显子1中发生的两个碱基变异可能影响基因转录后mRNA的稳定性以及蛋白的三维结构,影响HA的合成量,并与皱皮香猪体侧皮肤不均匀增厚且发生褶皱有关。     

苏淮猪IFNGR1基因多态性及其与猪气喘病抗性的相关分析

猪气喘病是由猪肺炎支原体引起的一种慢性、接触性呼吸道传染病,其流行范围广、难治愈,给养猪业造成了巨大的经济损失。本试验在前期RNA测序结果的基础上,首先选出了差异表达基因干扰素γ受体1(INFGR1),利用PCR扩增和PCR产物直接测序筛查了INFGR1基因外显子区域的SNP位点,进一步在苏淮猪群体开展了基因型分型检测,同时利用实时荧光定量PCR技术检测了苏淮猪群体的猪肺炎支原体感染水平,最后统计分析了INFGR1基因SNP位点不同基因型与苏淮猪群体猪肺炎支原体感染水平的相关。结果发现在苏淮猪IFNGR1基因外显子5上检测到一个SNP(A12557G),苏淮猪群体A等位基因频率为0.555,G等位基因频率为0.445;不同基因型猪肺炎支原体感染量差异极显著(P0.01),GG基因型感染水平显著高于AA基因型,初步推测IFNGR1基因SNP(A12557G)可作为影响苏淮猪气喘病抗性选育潜在的分子遗传标记。     

BMPR-IB、BMP15、ESR、GDF9与ADAMTS1基因多态性与杜泊羊繁殖性状的关联性分析

为揭示绵羊繁殖力的影响机制,利用分子标记辅助选择来快速提高绵羊的繁殖性能,本实验采用直接测序法对杜泊羊与湖羊群体5个基因中的突变位点进行了比较分析。结合测序后序列通过DNAStar软件预测蛋白质二级结构;统计基因型频率、基因频率、纯合度、杂合度和多态信息含量并将基因多态性与产羔数进行关联分析。结果表明:杜泊羊ESR2基因中的RS428438934位点处发生T→C突变,导致氨基酸发生了改变,CC与CT、TT与CT基因型之间产羔数差异显著;RS418841713在杜泊羊与湖羊中都具有多态性,处于不平衡状态;RS398521635、RS402413016、G7、G8、RS417060437、RS604746425在杜泊羊与湖羊中均只有1种基因型,无突变类型,处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

细毛羊KRT26基因多态性及其与羊毛细度的关联性分析

本研究旨在揭示影响绵羊重要经济性状的功能基因的分子遗传特征及其与细毛羊群体的遗传关系,为高效选育绵羊品种经济性状及其种质资源的保护与利用提供分子遗传学依据。试验利用PCR-SSCP、DNA测序和生物信息学对289个细毛羊的KRT26基因进行遗传变异分析及其与细毛羊羊毛细度的关联性分析。结果表明,KRT26基因在该细毛羊群体中存在AA、AB、BB 3种基因型,其基因型频率分别为0.221、0.426和0.353,A、B等位基因频率分别为0.434、0.566,细毛羊群体的多态信息含量为0.371,呈中度多态水平,且处于Hardy-Weinberg非平衡状态(P0.05)。经过BioEdit软件比对序列和Chromas软件分析测序结果显示,KRT26基因发现5处碱基突变:83bp(G/C)、86bp(T/C)、112bp(C/T)、140bp(G/A)和247bp(C/T),并通过氨基酸序列的比对结果表明,2处发生了氨基酸的替代,即Val/Ile和Asn/Lys。KRT26基因在细毛羊群体中AA基因型个体极显著高于AB和BB基因型(P0.01)。因此,KRT26基因可能作为羊毛细度性状的一个新的分子标记。     

猪TYR基因外显子1的克隆测序及序列分析

本研究对荣昌猪和内江猪的TYR基因外显子1进行了克隆测序及序列分析，结果发现3个新的突变位点：319C→T，537C的插入，551A→G。部分突变序列已被GenBank收录，登录号为：AY236997。将突变序列翻译成氨基酸序列后发现，319C→T和551A→G是同义交变。537C的插入是移码突变，其是否会对猪的毛色造成影响，还有待进一步研究。