猪嵴病毒RT-PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中登录的猪嵴病毒3D基因保守序列,设计合成1对引物,以腹泻哺乳仔猪的小肠为起始材料,建立了猪峭病毒的RT-PCR检测方法,并用该方法对收集的50份哺乳仔猪腹泻样本进行检测。结果显示,该方法对模板的最小检测量是2.3 pg,检测猪其他常见致腹泻病毒均为阴性,同一样品3次试验结果一致;所扩增的序列经测序分析均为猪嵴病毒的3D核苷酸序列;仔猪腹泻样本的猪嵴病毒检出率达58%。结果表明,该方法敏感度高、重复性和特异性良好,可用于猪嵴病毒的分子流行病学调查和临床病例的快速诊断。     

猪嵴病毒非结构蛋白2C的生物信息学分析

本研究运用RT-PCR方法从猪嵴病毒感染阳性样品中扩增出其非结构蛋白2C全基因,并将其克隆到T载体后进行序列测定。研究结果表明,猪嵴病毒非结构蛋白2C全长为1005 bp,编码335个氨基酸。所编的非结构蛋白2C大小为36.9297 ku,理论等电点为7.18;不稳定系数为39.41,属于稳定蛋白质类;脂肪族氨基酸指数为87.10,平均亲水性为-0.242。与其核苷酸同源性最高的是CH/HZ/2011株(GenBank登录号:JX827598),同源性为91.6%;同源性最低的是XX株(GenBank登录号:KC204684),同源性为88.8%。遗传进化分析结果显示,猪嵴病毒非结构蛋白2C在遗传进化树呈3个明显的结构分支,猪源嵴病毒匈牙利株和泰国株处于第Ⅲ遗传进化分支,猪嵴病毒中国分离株分处于第Ⅰ和第Ⅱ遗传进化分支,呈一定的区域流行性。     

Cloning and Sequence Analysis of the VP0 Gene of Porcine Kobuvirus

In this study, specific primers were designed according to VP0 gene of porcine kobuvirus (PKV), and the full-length coding region of VP0 gene was amplified by RT-PCR method and sequenced, then bioinformatics analysis were conducted to investigate the structure and function of the porcine kubovirus VP0 gene.The results showed that the porcine kobuvirus VP0 gene was 1 098 bp in length, coding an open reading frame (ORF) with 366 amino acids.The isoelectric point, molecular weight and instability index of porcine kubovirus VP0 were 6.71, 38.489 ku, 34.65, respectively.The maximum and minimum hydrophobicity were 2.622 and —2.122, respectively.Compared with the porcine kubovirus VP0 genes published previously in GenBank, the sequenced gene shared the highest homology with HNXX-4 strain, which was 89.1%;And shared the lowest homology with S-1-HUN strain, which was 81.1%.The porcine kubovirus VP0 gene shared two different phylogenetic genotype branches, and the Chinese porcine kubovirus isolates distributed in the two phylogenetic genotype branches.     

猪嵴病毒3C蛋白的原核表达及其结构分析

为获得猪嵴病毒3C蛋白并了解其晶体结构,本试验以中国西北地区猪嵴病毒swKoV CH441株RNA为模板,通过RT-PCR克隆出3C基因,将其连接到pMD19-T Simple Vector,通过PCR和双酶切鉴定后进行基因序列测定。选择测序正确的质粒经双酶切获得目的片段并将其连接到pET-30a载体以构建重组质粒,将重组质粒转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,经IPTG诱导后,检测3C蛋白的表达情况。结果显示,本试验成功获得全长为576 bp的3C基因,可编码192个氨基酸。SDS-PAGE结果显示,重组菌在37℃经0.5 mmol/L IPTG诱导6 h时重组蛋白表达量最高,表达的蛋白主要以包涵体的形式存在,大小约为28 ku。生物信息学分析结果显示3C蛋白为不稳定的非分泌蛋白,没有跨膜区,有多个磷酸化位点,主要参与蛋白水解过程,不同嵴病毒株间3C序列差异较大。3C蛋白作为小RNA病毒的共同裂解酶,在病毒复制、转录、翻译及多聚蛋白成熟过程中起着极为重要的作用。本研究成功构建了3C蛋白原核表达载体并对其结构进行了预测为进一步制备猪嵴病毒3C蛋白晶体及研究其结构奠定了基础。     

猪嵴病毒VP0基因的克隆与序列分析

本研究根据猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)VP0基因序列特征设计特异性扩增引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒VP0基因全长编码区。将特异性扩增目的片段克隆后进行序列测定,将结果进行拼接后获得猪嵴病毒VP0基因全长并进行相关生物信息学分析。所扩增的目的片段编码有完整的VP0基因开放阅读框,全长为1 098 bp,编码有366个氨基酸,理论等电点为6.71,理论分子质量为38.489 ku,不稳定系数为34.65,最大疏水指数为2.622,最小疏水指数为-2.122。将获得的VP0基因和GenBank中的猪嵴病毒代表株VP0基因序列进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析,其与HNXX-4核苷酸同源性最高,为89.1%,与S-1-HUN核苷酸同源性最低,为81.1%。从遗传进化上看,猪嵴病毒VP0基因在遗传进化上呈两个独立的基因亚群,猪嵴病毒中国分离株在两个遗传基因亚群上均有分布。     

猪嵴病毒PCR检测方法的建立及其应用

本研究根据GenBank上猪嵴病毒核苷酸序列设计了一对特异性引物,建立猪嵴病毒的PCR检测方法。该方法特异性强,敏感度高,重复性好。应用该PCR方法对2010年在上海周边地区采集的116份猪粪样品进行检测,结果45份为猪嵴病毒阳性,表明上海地区猪群中猪嵴病毒相当流行。本研究建立的PCR方法可以用于猪嵴病毒的流行病学监测。     

一株鹅星状病毒变异毒株的基因组特征与致病性分析

旨在研究引起雏鹅痛风的新型鹅星状病毒流行株特征。本试验从安徽省鹅星状病毒阳性雏鹅组织中进行病毒分离,并对分离的毒株进行全基因组测序,随后进行遗传进化分析。结果表明,病毒液接种9~11日龄鹅胚可成功分离到病毒,将其命名为GASTV-ZM株。IFA （indirect immunofluorescence assay）鉴定为阳性。基因组序列分析表明,ZM株鹅星状病毒基因组全长7 175 nt,ORF2基因核苷酸和氨基酸与2014—2020年间分离毒株的同源性分别为96.7%~98.9%和96.9%~99.0%,ORF2基因编码的氨基酸序列结果显示,3个氨基酸突变位点与以往存在显著差异,ZM株与2016年以来在我国流行的新型鹅星状病毒处于同一进化分支,与2020分离株HNSQ-6株和XT1株同源性较高。本研究为进一步研究该病毒的致病性和致病机理奠定基础。     

10例犬胰腺炎的诊断与治疗

胰腺炎是胰腺自身被消化所导致的炎症,是兽医临床的常见病,给犬带来极大危害。论文采用发病情况调查,临床症状观察,实验室检查方法相结合对2012年-2016年西北农林科技大学西安动物医院所确诊的10例犬胰腺炎病例进行统计分析。发病情况调查的主要内容包括既往病史调查,既往用药史调查,问诊等;临床症状主要有剧烈的呕吐,食欲废绝,腹部按压疼痛;实验室检查采用美国IDEXX胰腺炎检测试纸条检测宠物脂肪酶水平,若发现脂肪酶水平显著升高,试纸条呈阳性,即可确诊。胰腺炎患犬的治疗原则为禁食、止吐、补液、止痛、消炎,补充营养物质,调节内环境平衡。经过治疗,所有病犬均康复,转归良好。通过对这10例胰腺炎患犬的诊断和治疗,能够为临床上该病的诊断、治疗以及预后评估等提供一定的参考。     

实时荧光定量RT-PCR检测牛库布病毒

牛库布病毒（bovine kobuvirus,BKoV）可能是一个腹泻相关病原,目前还没有检测该病毒的实时荧光定量RT-PCR方法的报道。依据BKoV 3D核苷酸序列,采用Primer 6.0设计了一对引物,通过优化反应条件和反应体系,成功建立了检测BKoV的TB Green染料法实时荧光定量RT-PCR方法。结果显示此方法在4.86×10⁸~4.86×10² copies·μL^-1病毒浓度之间具有良好的线性关系,相关系数为0.999 5,扩增效率为92.75%;此方法只特异性检测BKoV,而与其他常见的腹泻病原没有交叉反应;组内及组间的变异系数均小于2%;最低检测下限为4.86×10² copies·μL^-1。本研究所建的实时荧光定量RT-PCR方法对奶牛和牦牛腹泻粪便样本中BKoV的检出率明显高于已报道的3篇有关RT-PCR方法。对2018年5月-2019年5月采集自青藏高原地区（青海、西藏和四川藏区）的131份牦牛腹泻粪便样本进行检测,结果显示BKoV检出率为31.30%。首次成功建立了检测BKoV的实时荧光定量RT-PCR方法,具有良好的特异性和稳定性,且灵敏度高,为BKoV的检测及流行病学调查提供了一种新的技术手段;并且首次证实BKoV在牦牛中的流行,为牦牛腹泻的防控问题提供了参考。     

猪嵴病毒病原特性及检测技术研究进展

猪嵴病毒（porcine kobuvirus,PKV）是近年来在健康猪和腹泻猪粪便中新检测到的小核糖核酸病毒科嵴病毒属成员,可能引起猪的腹泻,对养猪业造成重大经济损失。研究发现,PKV广泛分布在猪中,在腹泻和临床健康猪中均已被检测到,阳性率从3.9%~100.0%各不相同。一个典型的PKV病毒粒子直径为30 nm,基因组全长为8 120 bp,包括1个含2 488个氨基酸的开放性阅读框（ORF）;PKV是典型的小RNA病毒科的基因组结构：1个5'非编码区,1个L蛋白,结构蛋白P1（VP0、VP3和VP1）,非结构蛋白P2（2A、2B和2C）和P3（3A、3B、3C和3D）,1个3'非编码区和1个Poly（A）尾巴。PKV的2B编码区存在30个氨基酸的缺失,VP1蛋白是小RNA病毒科变异最频繁的结构蛋白,其含有主要的抗原表位,可促进机体产生中和抗体。检测PKV的方法有反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）、TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR和逆转录环介导扩增（RT-LAMP）方法。作者对PKV的分类学、流行概况、基因组结构、遗传特性及检测技术等研究现状做一简要概述,以期为进一步研究及了解PKV提供参考。     

Isolation,Identification and Complete Genomic Sequence Analysis of Goose Astrovirus

From October 2017 to May 2019, 67 samples of typical goslings gout were collected from Guangdong, Sichuan, Hebei, Shandong, Anhui, Liaoning provinces and other vast goose-raising areas in China. The results showed that goose astrovirus was detected in all samples and about 94.03% of the samples were infected by two different kinds of goose astrovirus. The pathogenicity of goose astrovirus FLX variant strain (named SCCD) which could stably proliferate in goose embryos and kill 10-day-old goose embryos was more virulent than goose astrovirus FLX strain. The new type of goose astrovirus strain (named SDPD) could't stably proliferate in goose embryos and SPF chicken embryos. The whole genome nucleotides homology of goose astrovirus FLX strain with goose astrovirus SCCD strain and the new type goose astrovirus SDPD strain were 89.7% and 58.1%, the amino acids homology of ORF1b gene were 98.4% and 61.0%, the amino acids homology of ORF2 gene were 81.0% and 42.5%, respectively. The newly isolated goose astrovirus strains were inoculated into 1-day-old healthy goslings, the results showed that although the goose astrovirus SCCD strain and the new type goose astrovirus SDPD strain could cause the death of goslings and the changes of hepatitis, kidney swelling and weight loss, none of the goslings showed typical gout characteristics (urate deposition in the organs of the body), however, 44% of goslings were characterized with typical gout which was consistent with the symptoms of natural disease after coinfected by the two goose astrovirus strains. Therefore, the pathogenic agents of goslings gout may be two different kinds of goose astrovirus, namely the new type of goose astrovirus and the variant of goose astrovirus FLX.