应用BLUP方法对猪繁殖性状和生长性状遗传评估的研究

【目的】估计杜洛克猪(Duroc,DD)、长白猪(Landrace,LL)、大白猪(Yorkshire,YY)繁殖性状和生长性状的遗传参数,分析不同年份育种值变化的遗传趋势,为制定合理的育种方案提供理论依据。【方法】以杜洛克猪、长白猪、大白猪繁殖性状和生长性状的性能测定数据为研究材料,其中繁殖性状数据10 963条,包括总产仔数(total number born,TNB)、产活仔数(number born alive,NBA)、出生窝重(litter born weight,LBW)和21日龄窝重(litter weight at 21 days,LW21);生长性状数据25 257条,包括达100 kg体重日龄(age at 100 kg live weight,AGE)和达100 kg体重背膘厚(backfat adjusted to 100 kg,BF)。采用基于动物模型的最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction,BLUP)方法,使用ASReml统计分析软件进行遗传力、遗传相关和育种值估计。【结果】TNB、NBA和LBW的遗传力在0.08~0.20之间,LW21的遗传力在0.02~0.05之间;AGE和BF的遗传力在0.22~0.37之间。繁殖性状TNB、NBA、LBW、LW21的遗传相关系数总体分布在0.20~0.97之间,呈中等偏上正相关;生长性状AGE和BF的遗传相关系数分布在-0.07~-0.03之间,呈微弱的负相关。杜洛克猪繁殖性状的遗传趋势上升幅度较大,长白猪、大白猪繁殖性状的遗传趋势上升幅度较小;生长性状中AGE的遗传趋势均呈下降趋势,且下降幅度较大,BF的遗传趋势变化幅度较小。【结论】本研究对杜洛克猪、长白猪、大白猪繁殖性状和生长性状的遗传参数和遗产趋势进行了准确的评估,结果可为该育种场的育种工作提供参考。     

利用关联组估计中国大白、长白及杜洛克猪繁殖性状的遗传参数

本研究旨在分析大白、长白及杜洛克3个品种猪在不同联合遗传评估组中总产仔数的遗传参数,为将来全国猪联合遗传评估奠定基础。利用DMU软件的DMU4过程计算74个国家生猪核心育种场间的关联率,根据联合遗传评估组内各场相互存在关联且每个场的平均关联率在3%以上原则,每个品种筛选出3个联合遗传评估组(组1、组2和组3)。利用DMU软件和动物模型估计3个联合遗传评估组中大白、长白及杜洛克猪总产仔数(TNB)性状的加性遗传、永久环境效应方差,分析时同时考虑管理组的固定效应,其中大白猪在组1、2和3中的繁殖记录数分别为61 161、19 974和18 002条;长白猪分别为28 239、11 918和3 064条;杜洛克猪分别为7 174、6 512和2 417条。结果表明,场间关联总体情况较差(平均关联率为0.20%),全国范围的联合遗传评估条件还不满足,但可根据本研究结果进行局部联合遗传评估。永久环境效应估计值的变化为0.05~0.11,不同组及不同品种的总产仔数遗传力估计值约为0.10,在文献推荐范围之内。结果提示,组1中各品种猪的遗传力估计结果要优于其他联合遗传评估组,因此将来进行全国猪联合遗传评估时,可参考组1中各品种的TNB遗传力估计结果。     

长白、大白猪窝性状遗传参数估计

本研究旨在估计北京、天津地区长白猪、大白猪窝性状的遗传参数，为该群体进一步制定合理的育种计划和方案提供依据。收集种猪场2016—2021年3 906头长白母猪的11 583窝数据和22 070头大白母猪的62 210窝数据，利用R v4.2.2软件对影响窝性状的固定效应进行显著性检验，运用DMU 6.0软件对长白猪、大白猪的总产仔数（Total Number Born,TNB）、产活仔数（Number Born Alive,NBA）、初生窝重（Litter Birth Weight,LBW）、平均个体初生重（AverageBirth Weight,ABW）、仔猪均匀度（PigletUniformity,PU）进行遗传参数估计，采用单性状重复力模型估计各性状的方差组分，采用双性状动物模型估计性状之间的遗传相关，并分析分娩胎次对各性状的影响。结果显示：分娩场次、年份、胎次对窝性状影响显著（P<0.001），长白猪的TNB、NBA、LBW、ABW、PU遗传力分别为0.095±0.015、0.090±0.014、0.106±0.017、0.192±0.021、0.023±0.014，大白...     

我国杜洛克、长白、大白猪区域性联合遗传评估研究

旨在根据我国杜洛克、长白和大白猪3个品种的场间遗传联系情况进行区域性跨场联合遗传评估,为全国联合遗传评估奠定基础。本研究利用杜洛克、长白和大白3个猪种分别在9个遗传关联组共39家国家生猪核心育种场2011-2016年的生长性状数据126 070条、187 975条和491 350条,繁殖性状数据36 542、78 409条、195 031条。生长性状包括达100 kg体重日龄(age to 100 kg,AGE)、100 kg活体背膘厚(backfat to 100 kg,BF),繁殖性状为总产仔数(total number born,TNB)。遗传参数和育种值分别采用约束极大似然方法(restricted maximum likelihood,REML)和最佳线性无偏预测法(best linear unbiased prediction,BLUP)进行估计。结果表明,区域性联合遗传评估的遗传力比单场评估更准确,同样,跨场联合评估育种值估计的准确性要高于单场遗传评估。杜洛克、长白、大白猪AGE联合评估的平均准确性比单场评估分别提高了20. 9%、11. 9%、17. 3%; BF联合评估的平均准确性比单场评估分别提高了21. 3%、16. 3%、21. 0%; TNB联合评估的平均准确性比单场评估分别提高了31. 2%、14. 4%、6. 6%。联合评估后群体规模变大,遗传变异增大,个体育种值估计准确性提高,有助于联合育种。因此,我国开展杜洛克、长白和大白猪3个品种的区域性联合遗传评估是可行的。     

大白猪、长白猪繁殖性状的遗传参数估计

<正>养猪生产中,随着胴体瘦肉率逐渐达到最佳水平,母猪繁殖性能的改良对追求利益最大化更加重要。而准确的估计繁殖性状遗传参数,对估计育种值、预测遗传进展及优化育种方案是必不可少的~([1])。本文根据全国生猪遗传改良计划遗传评估的方法,对天津市某两家国家核心育种场主要品种大白猪、长白猪的繁殖性状总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、初生窝重(LBW)的遗传参数进行估计,包括各性状的方差组分、遗传力和遗传相关的分析。目的是奠定目     

长白和大白猪主要生长性状的遗传参数估计

旨在分析母猪的出生年份、出生季节、初生重、开测日龄等固定效应对长白、大白猪主要生长性状的影响,并对目标生长性状进行遗传参数估计（遗传力、遗传方差、表型相关和遗传相关）,为猪的遗传改良提供基本依据。本试验利用GLM模型分析试验猪群（398头长白猪和1 176头大白猪）的固定效应对猪生长性状的影响,并采用多性状动物模型对目标性状进行遗传参数估计。目标生长性状包括达100 kg体重日龄（age to 100 kg,AGE）、达100 kg背膘厚（backfat to 100 kg,BF）、100 kg平均日增重（average daily gain to 100 kg,ADG）。研究表明,在大白和长白猪中,猪的出生年、出生季、初生重以及开测日龄对生长性状均具有极显著的影响（P<0.001）;长白猪的AGE、ADG和BF的遗传力分别为0.321、0.327和0.324,大白猪对应性状的遗传力分别为0.454、0.469和0.408;长白猪的ADG和AGE之间的遗传相关、表型相关分别为-0.990、-0.995,大白猪的ADG和AGE之间的遗传相关、表型相关分别为-0.993、-0.998,均呈现较强的负相关。长白、大白猪的生长性状（AGE、ADG、BF）均属于中等遗传力性状,其出生年份、出生季节、初生重和开测日龄对猪的生长性状影响较大。在遗传参数估计分析时,提高样本数量并提升表型数据质量,可以增加遗传参数估计的可靠性。本研究中的生长性状遗传参数估计结果较为可靠,可为后续的遗传改良提供参考。     

杜洛克母猪繁殖性状遗传参数估计

本研究旨在分析某杜洛克群体包括总产仔数（TNB）、产活仔数（NBA）、健仔数（NHB）、弱仔数（NWB） 4个繁殖性状的遗传参数。利用R软件对影响杜洛克猪繁殖性状的固定效应进行方差分析，并利用DMU软件计算了繁殖性状的遗传参数。结果显示：TNB、NBA、NHB和NWB的遗传力分别为0.082±0.0085、0.075±0.0082、0.066±0.0075和0.029±0.0075；此外，TNB与NBA、NHB和NWB的遗传相关变化范围是0.32～0.93。可见，在该群体中上述繁殖性状均为低遗传力性状，且遗传趋势分析表明，该杜洛克群体的母猪繁殖性状可能未经过系统的遗传改良，现有遗传进展可能与杜洛克猪生长性状的协同选择相关。本研究旨在为杜洛克猪的繁殖效率改良提供参考，为终端父本本土化贡献力量。     

湖北白猪优质系主要生长和胴体性状的遗传参数估测

应用非求导约束最大似然法（DFREML）对湖北白猪优质系生长和胴体性状的遗传参数进行估计。结果表明,湖北白猪优质系生长性状平均日增重（ADG）、90 kg体质量日龄（AGE）、达90 kg体质量背膘厚（BF）和饲料转化率（FCR）的遗传力估计值分别为0.42、0.34、0.22和0.48。各性状的窝效应变化范围为0.09~0.31。胴体性状遗传力变化范围为0.13~0.72,其中瘦肉率、胴体直长、肋膘厚、腿臀比、眼肌面积和肌内脂肪含量的遗传力估计值分别为0.65、0.72、0.48、0.67和0.32,均属于中高遗传力性状。生长性状ADG/AGE、ADG/BF、ADG/FCR、AGE/BF、AGE/FCR、BF/FCR的遗传相关分别为-0.72、0.25、-0.48、-0.17、0.55和-0.04。胴体性状肌内瘦肉率、眼肌面积和腿臀比与脂肪含量的遗传相关分别为-0.28、-0.15和-0.23,眼肌面积、腿臀比与瘦肉率的遗传相关分别为0.62、0.59。     

全基因组关联分析鉴定大白猪生长性状遗传变异及候选基因

生长性状是猪重要的经济性状之一，提升生长性状是生猪遗传改良的主要目标。为鉴定与猪生长性状显著相关的位点，筛选与猪生长性状相关的功能基因，本研究利用GeneSeek Genomic Profiler(GGP)猪50K SNP芯片对1 805头大白猪百公斤日龄（Age to 100 kg,AGE）、百公斤背膘厚（Backfat Thickness to100kg,BF）、眼肌深度（LoinMuscleDepth,LMD）3个性状进行全基因组关联分析。结果显示，AIREMLF90软件计算AGE、BF和LMD遗传力分别是0.17、0.53和0.28，属于中高遗传力性状。AGE与BF遗传相关为-0.08，表型相关为-0.16，均为负相关关系。AGE与LMD遗传相关为-0.11，表型相关为-0.36，均为负相关关系。BF与LMD遗传相关为0.04，表型相关为0.12，均为正相关关系。AGE筛选到6个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,BF筛选到11个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,LMD筛选到3个全基因组水平显著SNPs和11个染色体水平显著SNPs。利...     

杜洛克猪新品系生长和胴体性状遗传参数的初步估测

应用多性状动物模型DFREML方法估计了杜洛克猪新品系生长和胴体性状的遗传参数。生长性状平均日增重(ADG)、100Kg体重日龄(AGE)、达100Kg体重背膘厚(BF)和料重比(FCR)的遗传力估计值分别为0.48、0.30、0.21、0.57。各性状均存在明显的窝效应,变化范围为0.05-0.51。胴体性状宰前活重、胴体重、胴体长、肋皮厚、肋膘厚、眼肌面积、腿臀比、屠宰率和瘦肉率的遗传力估计值分别为0.17、0.49、0.58、0.19、0.76、0.50、0.48、0.55和0.37。生长性状ADG/AGE、ADG/BF、ADG/FCR、AGE/BF、AGE/FCR、BF/FCR的遗传相关分别为-0.35、0.33、-0.70、-0.38、0.25和-0.12。胴体性状屠宰率和瘦肉率与胴体重呈较强的正相关,分别为0.575和0.498;肋膘厚与宰前活重、胴体重、胴体直长呈正相关,与肋皮厚、眼肌面积、腿臀比、屠宰率和瘦肉率呈负相关,但相关程度不高。屠宰率和腿臀比与瘦肉率的遗传相关分别为0.687和0.558。     

猪VEGF基因5′调控区多态性与产仔数的关联分析

研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响。结果表明:在VEGF 5′调控区内有2个突变位点。P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因。长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P<0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P<0.05),NBA差异极显著(P<0.01)。P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因。TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P<0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P<0.05)。P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究。     

猪VEGF基因5'调控区多态性与产仔数的关联分析

研究通过PCR-SSCP技术对大白猪、长白猪和杜洛克猪共计574头母猪的VEGF基因进行多态分析,并将基因多态性与猪总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)进行关联分析,旨在探讨猪VEGF基因多态性对其产仔数的影响.结果表明:在VEGF 5'调控区内有2个突变位点.P1产物第191位点处由A突变为G,在3个猪品种中只发现AA、AG 2种基因型,其中AG为优势基因型,A为优势等位基因.长白猪第1胎中AG型的TNB和NBA比AA型分别高出1.34头和1.44头(P＜0.01),杜洛克猪所有胎次中AG与AA的TNB差异显著(P＜0.05),NBA差异极显著(P＜0.01).P2产物第103位点处由C突变为T,在3个猪品种中发现TT、TC、CC 3种基因型,T为优势等位基因.TT、TC分别比CC型的TNB高出2.63头(P＜0.05),在杜洛克所有胎次中TC比TT的TNB和NBA分别高出0.84头和0.94头(P＜0.05).P1位点和P2位点能否作为产仔性状的标记基因还需进一步研究.     

基于SNP芯片的杜洛克种猪生长和体尺性状遗传参数估计及相关分析

研究旨在利用高通量芯片数据对温氏集团某核心场3334头美系杜洛克猪的生长性状和体尺性状进行遗传参数估计,以期为杜洛克猪的生长性状和体尺性状遗传评估和改良提供参考。利用GCTA软件的REML方法对上述杜洛克种猪个体的50 k SNP芯片数据和达100kg体重日龄(AGE)、达100kg日增重(ADG)、达100kg体重背膘厚度(BF)、达100 kg瘦肉率(LMP)、体长(BL)、体高(BH)、管围(CC)、腹围(AC)、胸围(CHC)和腰围(WAC)性状的表型值进行分析,估计各性状的遗传力和性状间的遗传相关,固定效应包括场、年、季节和性别。结果表明：AGE、ADG、BF、LMP、BL、BH、CC、CHC、AC和WAC的遗传力分别为0.40、0.41、0.31、0.39、0.16、0.17、0.16、0.05、0.03和0.14。此外,各性状间的遗传相关变化范围介于-0.98～0.99,部分性状间呈强相关性,可对美系杜洛克种猪的相关性状进行协同选择,进而加快目标性状的遗传改良进展。     

湘村黑猪繁殖性能的遗传效应分析

依据调查记录的育种数据资料,运用多性状非求导约束最大似然法(multiple traits derivative free restricted maximum likelihood,MTDFREML)数学模型,对湘村黑猪繁殖性状进行了遗传参数估计。结果表明,窝总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、初生窝重(LW)和21日龄窝重(LW21)的遗传力分别是0.18、0.15、0.07、0.09。母体效应率、窝效应率的变化范围分别是0.07~0.11、0.14~0.33;性状间遗传相关、永久环境相关、残差相关、表型相关范围分别为0.40~0.91、0.68~0.97、0.33~0.62、0.31~0.87。     

猪ITGB1基因多态性与产仔数的关联性分析

本研究以643头母猪为实验材料,利用CRS-RFLP技术对猪ITGB1基因第14外显子C42241T位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析,旨在探讨该多态位点能否作为猪产仔数性状的分子遗传标记。结果表明:42241多态位点的基因型效应对长白猪的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响不显著;对于大白猪和杜洛克猪,不同基因型个体之间的TNB和NBA差异显著(P<0.05),其效应为TT>TC>CC,且TT型个体具有较高的产仔数主要是由基因的加性效应导致的。因此,42241位点TT基因型可作为大白猪和杜洛克猪TNB和NBA性状的标记基因型。     

湘村黑猪繁殖性能的遗传参数估计

应用多性状非求导约束最大似然法(multiple traits derivative free restricted maximum likelihood,MTDFREML)对湘村高科农业发展有限公司湘村黑猪原种场湘村母猪2005~2010年的共823胎次的繁殖性状育种记录进行遗传参数估计。结果表明,窝产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、初生窝重(LW)和21日龄窝重(LW21)的遗传力分别是0.19、0.15、0.07、0.11。母体效应率、窝效应率的变化范围分别是0.07~0.11、0.14~0.34;两两性状间遗传相关、永久环境相关、残差相关、表型相关范围分别为0.40~0.91、0.68~0.97、0.33~0.62、0.31~0.87。     

上海市闵行区畜禽种场大白猪繁殖性能分析

繁殖性能对于养猪而言,因其直接关乎生产成本,进而影响经济效益,所以意义重大。但这类性状的遗传力很低,例如产仔数的遗传力只有0~0.16,因此需研究影响繁殖性能的因素并结合运用现代BLUP育种技术和先进的人工授精技术,以提高母猪的繁殖性能。本文以上海闵行区畜禽种场大白猪为研究对象,对其繁殖性能的影响因素进行分析。通过分析可知,年季和胎次对总产仔数、产活仔数、初生窝重、校正21日龄窝重的影响均达到极显著水平(P0.01);胎次对TNB、NBA、LBW的作用规律是一致的,头胎的TNB、NBA、LBW较低,第3、4胎达到最大,7胎以后繁殖性能呈明显的下降趋势。     

爱平系大白猪繁殖性能的遗传参数估计

本研究应用多性状非求导约束最大似然法(multiple traits derivative free restricted maximum likelihood,MTDFREML)对湖南省衡东县爱平养殖集团大白母猪2004～2008年的共1737胎次的繁殖性状育种记录进行遗传参数估计。结果表明,窝总产仔数(TNB)、产仔活数(NBA)、初生窝重(LW)和21日龄窝重(LW21)的遗传力分别是0.18、0.14、0.07、0.12;4个繁殖性状的母体效应率、窝效应率的范围分别是0.08～0.10、0.10～0.35;两两性状间遗传相关、永久环境相关、残差相关、表型相关范围分别为为0.41～0.90、0.69～0.95、0.35～0.61、0.32～0.88。     

MTDFREML法估算杜洛克猪遗传参数

运用MTDFREML法,对两种猪场的杜洛克母猪1998-2005年间繁殖母猪1147胎次繁殖记录和575头后备猪的测定记录进行遗传参数估算,结果表明：4个繁殖性状遗传力范围为0．12～0．22,W160、BF180的遗传力分别为0．48．0．43,W120．BF120的遗传力分别为0．35、0．29。6月龄体尺性状的遗传力为0．39～0．44。繁殖性状和生长发育性状存在一定的窝效应,估计范围为0.02～0．26。繁殖性状间的遗传相关为0．35～0．82。永久环境相关为0．62～0．86。表型相关为0．33～0．68;生长发育性状间的遗传相关为0．50～0．84,永久环境相关为0．27～0．67,表型相关为0．61～0．84。遗传参数估计为杜洛克猪选育提供了依据。     

我国杜洛克、长白和大白猪场间遗传联系分析

旨在分析我国杜洛克、长白、大白猪3个主流猪品种的场间遗传联系情况,为全国或区域性猪联合遗传评估和联合育种奠定基础。本研究采用关联率(Connectedness rating,CR)方法,利用国家种猪数据库杜洛克、长白和大白猪达100kg体重日龄性状的514 226、924 717和2 031 688条数据,计算95家国家生猪核心育种场3个品种2011-2016年场间的关联率。通过聚类分析,将每个品种划分为若干区域性联合遗传评估组。结果表明,我国杜洛克、长白和大白猪场间关联率逐年上升,平均关联率从2011年的0.04%、0.06%和0.06%,分别提高至2016年的0.32%、0.43%和0.44%;我国整体场间遗传联系偏低,大部分场间无遗传联系。但分别存在3、2、4个局部遗传评估联合体,可以进行联合遗传评估。其中,杜洛克猪3个局部联合体的平均关联率分别为1.89%、1.05%、1.58%,分别包括16、7、8个场;长白猪2个局部联合体的平均关联率分别为3.53%、1.56%,包括14和9个场;大白猪的局部联合体平均关联率为2.79%、1.01%、1.37%、1.23%,包括15、6、5、4个场;3个品种局部联合体的场数占核心场数的比例分别为35.1%、24.5%和31.6%。目前进行大规模的跨场联合评估还不可行,然而可以进行局部跨场联合评估。场间遗传交流、区域性公猪站建设、中心测定站和规范引种猪系谱登记等措施有助于增强场间联系。