CSFV、PRV和PRRSV多重PCR检测方法的建立及其应用

由猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的繁殖障碍性疫病在中国的不断暴发,增加了猪的发病率和死亡率。为了建立同时检测这3种病毒的多重PCR方法,本研究根据GenBank中这3种病毒的参考基因序列设计引物,并对反应中的影响因素进行优化,建立了同时检测CSFV、PRV和PRRSV的多重PCR方法。该方法扩增的基因片段大小分别为570(CSFV),232 (PRRSV)和173bp(PRV)。敏感性和特异性试验结果显示,该方法对3种病毒的核酸最低检出量分别为23.88(CSFV),13.10(PRRSV)和14.60pg(PRV),对大肠杆菌(Ec.oli)、沙门菌(Salmonella)、猪乙型脑炎病毒(JEV)及猪圆环病毒2型(PCV2)的检测结果均为阴性。对2015年5月至2016年1月收集的168份临床样本检测结果显示,CSFV阳性率为24.4%,PRRSV阳性率为21.4%,提示河北省该段时间内引起猪繁殖障碍性疫病的主要病原为CSFV和PRRSV。经多重PCR检测为PRRSV、PRV或CSFV阳性的临床样本,再次使用商品化的试剂盒进行检测,符合率为100.0%。这些结果表明,本试验建立的多重PCR方法省时、高效,可用于PRRSV、PRV和CSFV感染的临床诊断。     

JEV、PRRSV、PPV及PRV多重PCR检测方法的建立及应用

为了建立一种能快速鉴别猪日本脑炎病毒(JEV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)和猪伪狂犬病病毒(PRV)的准确、高效的多重常规PCR检测方法,针对JEV、PRRSV、PPV、PRV基因保守区域合成特异性引物,优化后获得最优反应条件,对该方法特异性、敏感性、重复性进行了测定,并应用该方法对临床样品进行初步应用。结果显示,该方法对JEV、PRRSV、PPV、PRV可进行特异性扩增,对混合阳性质粒检测下限达2×10⁶ copies/μL,对猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪流行性腹泻病毒、猪丁型冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒等相关病毒均无扩增,且重复性良好。用该方法检测51份2021年采集的广西区内组织样品,检出JEV、PRRSV、PPV、PRV阳性率分别为7.84%、50.98%、5.88%、23.53%,且存在多重混合感染的情况。所建立的多重PCR方法具有良好的特异性、敏感性及重复性,可应用于临床常见猪繁殖障碍性病毒病的快速诊断和监测预警,为猪繁殖障碍性病毒病提供了诊断技术支持。     

CSFV、PRRSV和PCV2多重PCR检测方法的建立及初步应用

为建立同时检测猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型的多重PCR,参照GenBank中发表的3种病毒的基因序列,针对猪瘟病毒的E2、猪繁殖与呼吸综合征病毒的ORF7和猪圆环病毒2型的ORF2等基因,分别设计出3对特异引物,通过优化反应条件,建立了同时检测3种病毒的多重PCR,该PCR可同时扩增出204 bp(猪瘟病毒)、314 bp(猪繁殖与呼吸综合征病毒)和485 bp(猪圆环病毒2型)的目的条带,猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒和猪流行性腹泻病毒的扩增结果为阴性。选取96份疑似有繁殖障碍病的母猪,采集病猪血清样品进行检测,其中感染2种以上病毒的样品比例为34.3%(33/96)。结果表明,多重PCR与单一PCR的符合率为100%,该方法可用于猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型等病毒的临床快速检测与流行病学调查。     

多重PCR检测猪伪狂犬病病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪流感病毒

应用Primer3.0和Omega2.0,根据猪伪狂犬病毒(PRV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪流感病毒(SIV)保守基因设计了3对多重PCR引物,建立PRRSV,SIV和PRV单项PCR检测方法,并在优化单项PCR反应条件(引物浓度、Mg2 浓度、退火温度等)基础上,初步建立了PRRSV-PRV-SIV多重PCR检测方法,并分别用多重PCR和单项PCR/RT-PCR检测10份临床病料,两者符合率为96.6%,表明该多重PCR检测方法有较高的敏感度,可以用于临床病料的检测。     

PRRSV和PCV-2二重PCR检测方法的建立及初步应用

参考GenBank上已发表的猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2基因序列和猪圆环病毒2型ORF1基因序列,分别设计并合成了可用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型的2对引物,扩增目的片段大小分别为421 bp和714 bp。在建立了用于检测猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型的单项PCR检测方法并优化单项PCR条件的基础上,建立了针对两种病毒的二重PCR检测方法。通过检测143份临床病料对二重PCR方法和单项PCR/RT-PCR方法进行了对比验证。结果显示,两者的总符合率在92.6%以上,表明该二重PCR检测方法可以用于临床病料的检测。     

猪繁殖与呼吸综合征3种毒株多重PCR检测方法的建立

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因序列设计2对特异性引物,第1对通用引物扩增美洲型经典毒株和变异毒株Nsp2基因(466bp/376bp),第2对引物特异性扩增欧洲型毒株ORF7基因(580bp)。反应条件优化后,建立了能够同时检测美洲型经典毒株、美洲型变异毒株和欧洲型毒株的多重PCR检测方法。该方法可以特异性扩增3种毒株的基因,目的基因片段大小差异在90bp以上便于电泳观察,重组质粒标准品检测下限为1.93×103拷贝。应用该方法检测183份临床疑似病例,结果 PRRSV阳性35份,其中美洲型经典株2份,美洲型变异株31份,欧洲型毒株3份,美洲型变异株和欧洲型毒株混合感染1份。表明建立的多重PCR检测方法具有快速、准确、敏感等优点,对PRRSV 3种毒株的快速诊断有十分重要的意义。     

CSFV及美洲型、欧洲型PRRSV多重qRT-PCR鉴别检测方法的建立及应用

根据猪瘟病毒(CSFV)以及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)基因组序列特点,设计3对特异性引物和3条TaqMan探针,经过反应条件的优化,建立了能同时检测并区分CSFV以及美洲型、欧洲型PRRSV的多重TaqMan荧光定量RT-PCR(qRT-PCR)方法。该方法具有特异性强、敏感性高、重复性好的特点,可以特异扩增CSFV和PRRSV,而与猪的其它常见病毒无交叉反应;对CSFV及美洲型、欧洲型PRRSV3种重组质粒标准品的检出下限均为2.68拷贝/μL;组内及组间重复试验的变异系数均小于1.5%。应用该方法对253份临床疑似样品进行检测,结果病原阳性106份,其中20份为CSFV阳性,86份为美洲型PRRSV阳性,11份为CSFV和美洲型PRRSV混合感染,未检测到欧洲型PRRSV。试验表明,研究建立的多重qRT-PCR方法可用于CSFV和PRRSV的快速鉴别检测及流行病学调查。     

FRRSV和PCV-2双重PCR检测方法的建立及应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型标准株(ATCCVR-2332)的ORF7保守序列和猪圆环病毒2型(PCV-2)(AF381175)的ORF2基因保守序列,设计合成了两对特异性引物。用这两对引物,通过优化的PCR条件,对PRRSV阳性毒株反转录后的cDNA模板和PCV-2毒株的DNA模板进行双重PCR扩增,同时得到两条与试验设计相符的432bp(PRRSV)和630bp(PCV-2)特异性条带,建立了同时检测PRRSV和PCV-2的双重PCR方法。并用此方法对在安徽省不同地区所采集的72头份病猪的淋巴结、肺、肝、脾、肾等组织进行检测,证明建立的PCR方法可用于临床诊断。     

一步法RT—PCR检测猪繁殖与呼吸综合征病毒的方法建立及应用

根据GeneBank公布的猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒（PRRSV）美洲型毒株VR-2332序列设计了一对特异性引物P1／P2,扩增片段为508bp,从而建立了检测PRRSV的一步法RT—PCR蛤测方法,特异性试验表明,该引物均不能扩增其它常见的与繁殖障碍有关的病毒基因。敏感性实验表明,该引物可以检测到10^-5TCID50的病毒含量。利用该方法对青海某猪场中20份临床上疑似PRRS的组织进行检测,其中16份样品呈PRRSV阳性结果,阳性率为80％,表明建立的该方法完全可以快速检测组织中的PRRSV。     

检测PRRSV—Ⅰ、PRRSV—Ⅱ和PCV-2多重PCR方法的建立及初步应用

猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virns,PRRSV）欧洲株（PRRSV-Ⅰ）、北关株（PRRSV-Ⅱ）常与猪圆环病毒2型（Porcine Circorirnstype 2,PCV-2）呈混合感染,严重影响养猪业的经济效益。本文根据GenBank上已发表的PRRSV北美型（PRRSV-Ⅰ）、PRRSV欧洲型（PRRSV-Ⅱ）、圆环病毒2型（PCV-2）的基因组全序列,分别设计了3对能特异性扩增PRRSV-Ⅰ、PRRSV-Ⅱ和PCV-2的引物,建立并优化了可同时检测PRRSV-Ⅰ、PRRSV-Ⅱ和PCV-2三种病毒的多重PCR方法,通过对临床病料的检测,证实了此方法具有高特异性、高灵敏度、高效率、低成本的特点,适合大量样本的分析与鉴定。利用该方法能在24h内对样品进行检测并获得结果,因此本方法的建立对这3种病毒的早期快速诊断有十分重要的意义。     

猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法的建立

对我国分离到的猪流感病毒和GenBank数据库中已有的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型毒株的HA、NA基因核苷酸序列进行分析,分别选出各个病毒亚型HA和NA基因中高度保守且特异的核苷酸区域,设计扩增猪流感病毒H1和H3、N1和N2亚型的2套多重PCR特异性引物,建立了猪流感H1N1、H1N2和H3N2亚型病毒多重RT-PCR诊断方法。采用该方法对H1N1、H1N2、H3N2亚型猪流感病毒标准参考株进行RT-PCR检测,结果均呈阳性,对扩增得到的片段进行序列测定和BLAST比较,表明为目的基因片段。其它几种常见猪病病毒和其它亚型猪流感病毒的RT-PCR扩增结果都呈阴性。对107EID50/0.1mL病毒进行稀释,提取RNA进行敏感性试验,RT-PCR最少可检测到102EID50的病毒量核酸。对40份阳性临床样品的检测结果是H1N1、H1N2和H3N2亚型分别为16份、1份和20份,其它3份样品同时含有H1N1和H3N2亚型猪流感病毒,和鸡胚分离病毒结果100%一致。试验证明建立的猪流感病毒H1N1、H1N2和H3N2亚型多重RT-PCR诊断方法是一种特异敏感的诊断方法,可用于临床样品的早期快速诊断和分型。     

PRRSV、CSFV与SIV三重RT-PCR检测方法的建立

为建立可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)与猪流感病毒(SIV)三重RT-PCR方法,根据Gen Bank登录的相关病毒基因序列,选择保守区域设计引物,经过反应条件的优化,建立了可同时检测以上3种病毒的RT-PCR诊断方法,扩增的目的片段长度分别为364 bp(PRRSV)、530 bp(CSFV)和981 bp(SIV)。通过试验证明该方法具有良好的特异性和较高的敏感性,对PRRSV、CSFV和SIV的核酸检测最低浓度分别为3.2×10-2、8.3×10-2和3.7×10-2ng。该方法的成功建立为快速高效地检测以上3种病毒提供了有力手段。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒与猪流感病毒二重RT-PCR 检测方法的建立

为建立可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）与猪流感病毒（SIV）二重RT-PCR 方法,研究根据GenBank 登录的相关病毒基因序列,选择保守区域设计引物,经过反应条件的优化,建立了可同时检测以上2 种病毒的RT-PCR 诊断方法,扩增的目的片段长度分别为364 bp（PRRSV）和981 bp（SIV）。通过实验证明该方法具有良好的特异性和较高的敏感性,对PRRSV 和SIV 的核酸检测最低浓度分别为 3.2×10-3 ng 和2.7×10-3 ng。应用该方法对32 、份临床样品进行检测发现PRRSV 阳性率为43.8%,SIV 阳性率为31.3%,二重感染率为9.4%。该方法的成功建立为快速高效地检测以上2 种病毒提供了有力手段。     

猪繁殖与呼吸综合征和猪流感复合RT-PCR方法的建立及应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）美洲型标准株（ATCC VR-2332）的部分ORF7保守序列、猪流感（SIV）A/Swine/HeNan/703/2001(H₃N₂)株的NP基因保守序列,设计合成了2对特异引物,分别扩增出大小为300和457 bp的特异性基因片段,通过优化RT PCR条件,最终建立了可同时检测PRRSV和SIV的复合RT-PCR诊断方法,该方法能检出约10 pg总RNA病毒。应用该方法分别对河南省不同地区送检的26头份病死猪的鼻腔分泌物、气管、血液、肺组织等进行检测,结果9头份PRRSV阳性,4头份SIV阳性,其中4头份SIV和PRRSV同时为阳性,其余猪为阴性,健康猪对照样品全部阴性。结果表明,PRRSV和SIV复合RT-PCR诊断方法具有高度特异性和敏感性,为在分子水平上对PRRSV、SIV的混合感染进行早期快速诊断提供了科学依据。     

CDV、CPV和CPIV多重PCR检测方法的建立

为了建立一种快速诊断犬瘟热病毒、犬细小病毒和犬副流感病毒的多重PCR方法,参照GenBank中的犬瘟热病毒(CDV)、犬细小病毒(CPV)、犬副流感病毒(CPIV)基因序列,设计了3对引物分别用于特异扩增犬瘟热病毒F基因、犬细小病毒VP2基因和犬副流感病毒F基因上的目的片段.通过优化反应条件,建立同时扩增CDV(740 bp)、CPV(419 bp)和CPIV(559 bp)的多重PCR方法.结果表明特异性和敏感性良好,对CDV、CPV、CPIV3种病毒的最低核酸检测量为1 ng/μL.临床样品的多重PCR检测结果表明,建立的多重PCR方法能够对CDV、CPV、CPIV单个感染或混合感染的临床样品进行快速鉴别诊断.     

多重实时荧光定量PCR鉴别欧洲型、美洲型和高致病性PRRSV检测方法的建立

根据欧洲型N基因、美洲型M基因和高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)nsp2基因的各自保守序列设计特异性的引物和不同荧光标记的TaqMan荧光探针,通过优化反应体系和扩增条件,建立了能够检测欧洲型、美洲型和高致病性PRRSV的多重实时荧光定量PCR方法。该方法的重复试验表明其批内和批间的变异系数最高值分别为1.84%和1.76%;灵敏性试验表明其检测下限为10copies/μL;特异性试验表明与其他一些猪源病毒无交叉反应,具有良好的特异性;临床试验表明,该方法能够快速准确地检测出临床组织样本中美洲型及高致病性PRRSV的核酸;此外,本研究用欧洲型PRRSV质粒进一步验证了该方法可以检测出欧洲型PRRSV的目的基因。该方法的建立为不同类型的PRRSV快速检测提供了有效手段,可用于猪繁殖与呼吸综合征疫情的监测及防控。     

猪6种常见病毒多重PCR检测方法的建立及应用

旨在建立一种可同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV-2)、猪细小病毒(PPV)和猪巨细胞病毒(PCMV)的多重PCR检测方法。参考相关文献及序列比对结果设计6对特异性引物,建立了可同时检测以上6种病毒的多重PCR方法并应用此方法对临床病例进行了检测。结果表明,所建立的多重PCR方法灵敏度高,对6种病毒的最低核酸检测量分别为12.8pg(PRRSV)、46pg(CSFV)、16pg(PRV)、23.5pg(PCV-2)、72pg(PPV)、8.6pg(PCMV),对猪流感病毒(SIV)、猪乙型脑炎病毒(JEV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)和猪轮状病毒(PoRV)无特异性扩增。应用该方法对临床145份样品进行检测,总阳性率为83.45%,2种以上病毒混合感染阳性率为69.66%。说明所建立的多重PCR检测方法敏感,可用于猪群中上述6种猪病病原的单一感染或混合感染的鉴别诊断。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪伪狂犬病病毒双重PCR检测方法的建立及初步应用

为快速鉴别诊断高致病性猪繁殖与呼吸综合征和猪伪狂犬病,根据GenBank中登录的高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)Nsp2基因缺失区和猪伪狂犬病病毒(PRV) gB基因保守区序列,分别设计并合成了2对特异性扩增引物,通过对反应条件的优化,建立了能够同时检测HP-PRRSV和PRV的双重PCR诊断方法.利用建立的双重PCR方法对30份临床可疑样品进行检测,并与商品化单项PCR试剂盒进行对比验证.结果表明,本试验建立的双重PCR方法具有较高的灵敏度和特异性,与商品化单项PCR试剂盒检测结果完全一致.因此,该双重PCR方法能够用于HP-PRRSV和PRV单项或混合感染的临床样品快速鉴别检测.     

BVDV、IBRV和AKAV多重PCR检测方法的建立与应用

牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus, BVDV)、牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)和阿卡斑病毒(Akabane virus, AKAV)是引起牛发生繁殖障碍性传染病的主要病原。本研究根据BVDV的5′-UTR、IBRV的gB基因和AKAV的S基因设计了3对特异性引物,构建了检测BVDV、IBRV和AKAV的多重PCR方法,并优化反应体系和条件,验证了该方法的特异性和敏感性。结果显示,构建的多重PCR方法对其他牛源病毒无扩增,对BVDV、IBRV和AKAV的最低检测限分别为10³、10³和10⁴ 拷贝/μL。对采集的184份临床血清样品进行检测,BVDV、IBRV和AKAV的阳性率分别为18.48%、14.13%和1.63%,BVDV和IBRV 2种病原混合感染的阳性率为3.8%,BVDV和AKAV两种病原混合感染的阳性率为1.63%。该结果与我国出入境检疫行业标准符合率达92%以上,BVDV+IBRV和...     

PRRSV、PCV2与CSFV多重SYBRGreenⅠ实时荧光PCR检测方法的建立与初步应用

旨在建立一种能快速、灵敏、同时检测出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)与猪瘟病毒(CSFV)3种病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。参照GenBank中登录的相关基因序列,设计了3对引物分别用于扩增PRRSV ORF7基因、PCV2ORF2基因与CSFV 5′端保守序列的部分片段。将测序正确的3段基因片段分别克隆入pGEM-T Easy载体,转化大肠杆菌DH5α,经测序鉴定后得到阳性重组质粒,作为标准品模板建立SYBR GreenⅠ荧光定量PCR标准曲线和溶解曲线,并对其灵敏性、特异性和重复性进行验证。结果表明,PCV2、PRRSV与CSFV荧光定量PCR的标准曲线的Tm值分别为84.6、86.7、89.3℃,溶解曲线特异,灵敏度分别可达181、202、177拷贝/μL,是普通PCR检测方法的100倍。本试验建立的PRRSV、PCV2与CSFV的荧光定量PCR检测方法实现了3种病毒的同时检测,能够对PRRSV、PCV2、CSFV混合感染的临床病料进行快速诊断。